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Microbiologie

Microbiologie

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Microbiologie
La microbiologie est une sous-discipline de la biologiebasée sur l'étude des micro-organismes.
La
microbiologie
est une sous-discipline de la biologiebasée sur l'étude des micro-organismes.Lesmicro-organismesforment un groupe extrêmement diversifié d'organismes  microscopiques, unicellulaires et répartis dans les trois domaines du vivant ( bactérie,archéeet eucaryote). Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille et leur mode de vie.Lesvirus, incapables de se reproduire sans détourner la machinerie cellulaire d'un autreorganisme, ne sont pas reconnus par l'ensemble des spécialistes comme vivants. Lamicrobiologie étudie quelquefois leurs actions sur les micro-organismes mais n'a pas pour butde les étudier comme entités. Cette étude est réalisée dans une autre discipline de la biologie :lavirologie.On parle aussi désormais de «
microbiologie moléculaire
»
, dans le domaine des biotechnologiessurtout
[1]
.
H
istorique
y
 
s l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux transmissibles invisibles àl'il nu.
y
 
1546:Jérôme Fracastor impute la transmission des maladies à des germes vivants, qu'il appelait «seminaria
»
.
y
 
1677:
D
écouverte des bactéries par le microscopiste hollandaisAntoine vanLeeuwenhk .
y
 
1828:Christian Gottfried Ehrenbergutilise pour la premi
è
re fois le terme bactérie.
y
 
1840: Le pathologiste allemandJacob Henlepropose une «théorie des germes
»
pour les maladies.
y
 
1857-1876:Louis Pasteur met en évidence les rôles des micro-organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il développe les techniques de pasteurisationet destérilisationlui donnant la possibilité la mise en place de cultures pures de micro-organismes. La possibilité de culture a permis de démontrer que lagénérationspontanéeétait une aberration.
y
 
1877-1895:Louis Pasteur démontre que des maladies sont la conséquence de la  présence de ces micro-organismes. Premi
è
res recherches systématiques sur l'origine decertaines maladies, mais aussi la vaccination (connue depuisEdward Jenner pour lavariole - maladie virale).
y
 
1873-1882:Robert Kochmet en évidence le bacille responsable de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis). Koch a établi les r 
è
gles (toujours utilisées) qui permettent de démontrer rigoureusement qu'une bactérie donnée est à l'origine d'uneinfection.
y
 
1884:Hans Christian Gramdéveloppe une technique de coloration qui est la plus utilisée dans l'étude et la classification des bactéries en deux grands groupes : les bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif.
 
y
 
1912:Paul Ehrlichdécouvre le premier traitement efficace (dérivé d'arsenic) contre la syphilis. C'est la premi
è
re fois qu'on traite avec un agent chimiothérapeutique unemaladie bactérienne.
y
 
1917:
D
écouverte des bactériophages par Frederick TwortetFélix d'Hérelle.
y
 
1928: Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et établit lesfondements de la génétique moléculaire.
y
 
1929:Alexander Flemingdécouvre les propriétés antibactériennes de la pénicilline   produite par 
 P 
enicillum
. L'humanité entre dans l'
è
re des antibiotiques.
y
 
1944: Albert Schatz etSelman Waksmandécouvrent un autre antibiotique : la streptomycinequi sera bientôt utilisée contre la tuberculose.
y
 
1960:François Jacob,
D
avid Perrin, Carmen Sanchez etJacques Monodproposent leconcept d'opéronpour le contrôle de l'expression des g
è
nes bactériens.
y
 
1977:Carl Wseétudie l'ARN ribosomiquepour découvrir une troisi
è
me forme devie, les Archæa, différente génétiquement des bactéries et des eucaryotes.
y
 
1986: En utilisant une enzyme de la bactérie
Th
ermus aquaticus
,Kary Mullisinventela technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La technique de PCR estdevenue l'outil de base de la biologie moléculaire.
y
 
1995: Séquençage complet du premier génome bactérien (
 Hæ
mop
h
ilus influenz
æ
) par Craig Venter et ses coll
è
gues duTIGR . La microbiologie entre dans l'
è
re de lagénomique.
C
lassification
L'analyse de l'anatomie des différents micro-organismes recensés a permis de les classer endeux grands groupes : les
procaryotes
(munis d'un proto-noyau) et les
eucaryotes
(possédantun vrai noyau)
y
 
 procaryotes(groupe polyphylétique comprenant en fait des taxons de rangs différents)
o
 
archæa, (anciennement archéobactéries)
o
 
eubactéries 
y
 
eucaryotes(groupe monophylétique outaxonssimples)
o
 
alguesunicellulaires
o
 
champignonsunicellulaires
o
 
 protozoaires 
D
es analyses génétiques ou prouvé que les archæa sont aussi différentes deseubactériesquedes eucaryotes d'un point de vue phylogénétique, mais on ignore toujours quel a été le pointde départ de la différenciation de ces trois groupes.
C
aractéristiques
Les procaryotes
Les procaryotes
 P 
rokaryota ou
 P 
rokarya), du grec pro (avant) et caryon (noyau)
, sont desorganismes dont la cellule ne poss
è
de pas de noyau cellulaire ni d'autres organites, ilsappartiennent à au moins deux taxons différents :
y
 
Les archéobactéries ouarchéessont un groupe spécifique, car il ne comprend principalement que des esp
è
ces anaérobies (n'ayant pas besoin d'oxyg
è
ne, ou alors
 
fréquemment ne tolérant pas l'oxyg
è
ne), vivant dans des environnements extrêmes : on parle d'organisme extrémophile. Les environnements extrêmes sont à la limite desconditions tolérées par les cellules biologiques (milieu salin particuli
è
rement acide ou particuli
è
rement alcalin, milieu à température proche de l'ébullition). Lesarchéobactéries ne sont pas que des extrémophiles, ce sont aussi des organismes pluscommuns qui vivent dans des conditions de vie classique comme les marais ou lesrumens des ruminants. Il ne faut pas associer toujours archéobactéries à desorganismes extrêmes même si on retrouve parmi eux la majorité des extrémophiles.
y
 
On retrouve leseubactériesdans notre quotidien, sol, nourriture... Ce sont les bactériesles plus connues. Cependant certaines eubactéries sont aussi extrémophiles.Ces micro-organismes ont des mécanismes pour résister à ces conditions.
A
utres règnes
La systématique moderne phylogénétique am
è
ne à reclasser parmi les procaryotes des esp
è
ces jadis classées dans le r 
è
gne animal, végétal, ou même fongique (normalement des esp
è
cestoutes eucaryotes selon la classification moderne du vivant).
D
e plus, les esp
è
ces eucaryotes multicellulaires (végétales comme animales) ne peuvent vivresans la présence de certaines bactéries dans le milieu intercellulaire ou dans des organescavitaires : elles participent à la synth
è
se (surtout chez les plantes fourrag
è
res qui utilisent des bactéries de la famille
 R
h
izobium
pour la synth
è
se et l'assimilation de l'azote) ou ladégradation (par exemple pour la digestion) de certains composés organiques ainsi qu'à lalutte active contre d'autres esp
è
ces bactériennes ou virales (pathog
è
nes à cause de leur développement anarchique non symbiotique).
D
e même la
microbiologie
s'intéresse de plus en plus aux «esp
è
ces
»
pseudo-cellulaires(organites) présentes dans lenoyauou lecytoplasmede l'ensemble des eucaryotes et la  plupart de procaryotes, où ils «vivent
»
en symbiose endog
è
ne (endocytose), et sert à penser que leur origine est celle des archéobactéries ou d'esp
è
ces toujours plus anciennes.Ce mode de colonisation des êtres cellulaires eucaryotes ou procaryotes est proche de celleutilisée dans un autre domaine du vivant, lesvirus, toujours classés dans aucun r 
è
gne,actuellement étudiés activement par lavirologiemoderne, en particulier pour les besoins de lamédecine(traitements antiviraux, ou thérapie génique), mais également en botanique etzoologie pour les besoins agricoles (organismes génétiquement modifiés). Occasionnellemen,des bactéries sont utilisées comme vecteurs de culture et de transport de ces virus(fréquemment aussi génétiquement modifiés) chargés d'opérer les modifications génétiquescellulaires.L'étude principale des procaryotes est principale par conséquent pour comprendre l'évolutionde l'ensemble des autres esp
è
ces des cinq r 
è
gnes classiques et s'appuie aussi désormais sur larecherche plus récente en virologie et biologie moléculaire.
Les eucaryotes
Les eucaryotes ont un dispositif membranaire interne enfermant des organites (noyau, plaste, mitochondrie... ) ; ils présentent uncytosqueletteinterne (actine, tubuline) absent chez les  procaryotes, qui leur conf 
è
re une taille fréquemment plus importante que les procaryotes.

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