Mikroorganisme dan Mikrobiota

Perairan alami memiliki sifat yang dinamis dan aliran energi yang
kontinyu hal ini terjadi selama sistem di dalamnya tidak
mendapatkan gangguan atau hambatan, antara lain dalam bentuk
pencemaran. Lingkungan perairan meliputi air laut, air payau
(peralihan air tawar ke air laut), dan air tawar, Di lingkungan laut
lepas memiliki populasi mikroorganisme yang relatif lebih rendah, di
lingkungan pantai populasi mikroorganisme terdapat lebih banyak,
hal ini karena lingkungan pantai kaya akan nutrien yang berasal dari
daratan.
Pada lingkungan perairan terdapat mikroorganisme sama seperti
lingkungan yang lainnya. Kelompok mikroorganisme yang hidup di
dalam air terdiri dari :
1. bakteri
2. alga biru-hijau
3. fungi
4. mikroalgae
5. virus
6. protozoa

Mikroorganisme di perairan berdasarkan sifat tropiknya meliputi :

1. Mikroba autotrof adalah organisme yang mampu
menyediakan/mensintesis makanan sendiri yang berupa bahan
organik dari bahan anorganik dengan bantuan energi seperti
matahari dan kimia
Contohnya : Thiobacillus, Nitrosomonas, Nitrobacter

2. Mikroba heterotrof adalah organisme yang memanfaatkan bahan-

bahan organik sebagai makanannya dan bahan tersebut disediakan
oleh organisme lain
Contohnya antara lain : Saprolegnia sp., Candida albicans,
Trichopnyton rubrum
Bakteri
Bakteri yang hidup di perairan umumnya uniseluler, tidak memiliki
klorofil, berkembangbiak dengan pembelahan sel secara transversal
atau biner, sebagian besar (± 80%) berbentuk batang, Gram
negatif, bergerak secara aktif. Secara umum hidupnya saprofitik
pada sisa buangan hewan atau tanaman yang sudah mati, ada juga
yang bersifat parasitik pada hewan, manusia dan tanaman yang
dapat menyebabkan penyakit. Contoh bakteri yang banyak dijumpai
di laut : Pseudomonas, Vibrio, Flavobacterium, Achromobacter dan
Bacterium.

Alga Biru Hijau

Alga tidak memiliki akar, batang dan daun yang mempunyai fungsi
seperti tumbuhan darat, wujud alga terdiri dari batang yang disebut
thallus. Umumnya alga hidup secara bebas di air atau bersimbiose
dengan jasad lain. Mempunyai bentuk uniseluler, filamen yang
mengelilingi tubuhnya banyak diselimuti dengan lendir. Merupakan
divisi Cyanophyta dengan beberapa kelas yaitu : Nostocales,
Chroococcales, dan Stigonematales.

Fungi
Hidup tersebar luas. Berbentuk uniseluler, umumnya berbentuk
filamen atau serat yang disebut miselia atau hifa. Contoh :
Saprolegnia sp., Branchiomyces sanguinis, Icthyophonus hoferi

Mikroalgae
Contoh : Chlorella sp., Pyrodinium bahamense, Trichadesmium
erythraeum, salah satu spesies dari Cyanobacterium, Noctiluca
scintillans (satu spesies dari Dinoflagellata).

Virus
Bentuk virus bermacam-macam antara lain : bentuk batang pendek,
batang panjang, bulat, bentuk polihedral. Ukurannya lebih kecil
daripada bakteri. Hanya memiliki satu jenis asam nukleat.
Contoh virus Coli-fag

Protozoa
Protozoa merupakan protista unisel, mikroskopis, berukuran yang
bervariasi antara 10 – 500 mikron, hidup sebagai satu individu ada
pula yang berkoloni. Protozoa terbagi menjadi 3 yaitu
amoeba/pseudoodia, siliata dan flagelata. Contoh : Cryptocaryon
irritans, Stylonycia sp. Entamoeba histolitika

1. Lingkungan Perairan Laut

Pada lingkungan perairan laut mikroorganisme terdapat di seluruh
bagian laut dari permukaan air laut sampai dasar relung yang
terdalam. Terdapat 8 habitat/ wilayah yang dihuni oleh
mikroorganisme laut, yaitu :

1. Habitat permukaan laut disebut neuston/pleuston (mikrohabitat di

perbatasan antara udara dan air yang kaya polisakarida-protein)
Plankton : organisme yang pasif bergerak sebagian besar adalah
organisme fotosintetik yang berdiam di wilayah fotik.

Berdasarkan komposisi penyusunnya plankton dapat dibedakan :

a. fitoplankton (plankton tumbuhan)
b. zooplankton (plankton hewan)/bakterioplankton (bakteri)
berdasarkan asal-usulnya plankton dibedakan menjadi 2 yaitu :
a. autoplankton yaitu plankton yang berasal dari habitat tersebut
b. alloplankton yaitu plankton yang berasal dari luar habitat
tersebut.
sedangkan berdasarkan ukurannya plankton dapat dibedakan
menjadi 2 yaitu:
a. femtoplankton ( 0,02 – 0,2 µm);
b. pikoplankton (0,2 – 2,0 µm);
c. nanoplankton (2,0 – 20 µm); plankton yang lolos dari plankton-net
no 25
d. mikroplankton (20 – 200 µm);
e. mesoplankton (0,2-20 mm); atau netplankton merupakan
plankton yang dapat ditangkap dengan plankton-net no 25
f. makroplankton (20 – 200 mm); plankton yang dapat dilihat
dengan mata telanjang
g. megaplankton (200 – 2000 mm).

2. Habitat epibiotik : permukaan benda mati yang dilekati oleh

komunitas mikroorganisme
3. Habitat endobiotik : lingkungan dalam jaringan tubuh organisme
yang lebih besar.
4. Habitat epipelagik : dari permukaan sampai kedalaman 100 m
Diantara lapisan epipelagik dan mesopelagik terdapat lapisan
termoklin (lapisan yang selalu mengalami perubahan suhu yang
cepat), terutama dijumpai di perairan dalam daerah iklim sedang.

5. Habitat mesopelagik : sampai kedalaman 2000 m

6. Habitat batipelagik
7. Habitat abisopelagik
8. Habitat bentik/dasar laut : daerah perbatasan antara air laut
dengan sedimen.

Distribusi bakteri di laut dipengaruhi oleh antara lain gerakan air

laut, jarak dari pantai, kedalaman, cahaya matahari, iklim dan
organisme lain.

2. Lingkungan Perairan Tawar

Pada umumnya lingkungan perairan tawar lebih banyak

mengandung nutrien jika dibandingkan dengan lingkungan perairan
laut. Lingkungan perairan tawar dibagi menjadi 2 kategori yaitu :
1. habitat lentik contoh : danau, kolam
2. habitat lotik contoh : mata air, sungai
3. Lingkungan Perairan Payau
Merupakan daerah transisi antara perairan tawar dan laut.
Mikroorganisme yang hidup di perairan payau antara lain : Vibrio,
Psedomonas, Bacillus, Chromobacterium, Cyanobacteria, anggota
actinomycetes, algae, protozoa, dan virus.

Mikroorganisme tidak saja terdapat dan hidup di lingkungan, akan

tetapi juga di tubuh manusia. Tubuh manusia tidaklah steril atau
bebas dari mikroorganisme, begitu manusia dilahirkan ia langsung
berhubungan dengan mikroorganisme. Mikroorganisme yang secara
alamiah terdapat di tubuh manusia disebut flora normal atau
mikrobiota.

Faktor-faktor yang mempengaruhi kehadiran flora normal pada

tubuh manusia adalah :
1.nutrisi
2.kebersihan seseorang (berapa seringnya dibersihkan)
3.kondisi hidup
4.penerapan prinsip-prinsip kesehatan

Mikroflora pada tubuh berdasarkan bentuk dan sifat kehadirannya

dapat digolongkan menjadi 2 yaitu :

1. Mikroorganisme tetap/normal (resident flora/indigenous) yaitu

mikroorganisme jenis tertentu yang biasanya ditemukan pada
bagian tubuh tertentu dan pada usia tertentu dan pada usia
tertentu. Keberadaan mikroorganismenya akan selalu tetap, baik
jenis ataupun jumlahnya, jika ada perubahan akan kembali seperti
semula. Flora normal/tetap yang terdapat pada tubuh merupakan
organisme komensal. Flora normal yang lainnya bersifat
mutualisme. Flora normal ini akan mendapatkan makanan dari
sekresi dan produk-produk buangan tubuh manusia, dan tubuh
memperoleh vitamin atau zat hasil sintesis dari flora normal.
Mikroorganisme ini umumnya dapat lebih bertahan pada kondisi
buruk dari lingkungannya.
Contohnya : Streptococcus viridans, S. faecalis,Pityrosporum
ovale,Candida albicans.

2. Mikroorganisme sementara (transient flora) yaitu mikroorganisme

nonpatogen atau potensial patogen yang berada di kulit dan selaput
lendir/mukosa selama kurun waktu beberapa jam, hari, atau
minggu. Keberadaan mikroorganisme ini ada secara tiba-tiba (tidak
tetap) dapat disebabkan oleh pengaruh lingkungan, tidak
menimbulkan penyakit dan tidak menetap. Flora sementara
biasanya sedikit asalkan flora tetap masih utuh, jika flora tetap
berubah, maka flora normal akan melakukan kolonisasi, berbiak dan
menimbulkan penyakit.

Flora normal pada manusia tidak tetap, selalu mengalami fluktuasi

yang disebabkan oleh :
1.nutrisi
2. usia
3.hormon
4.kesehatan umum

Flora normal pada tubuh manusia terdapat di :

1. kulit
Flora dapat hidup lama di kulit karena kulit mengeluarkan zat
bakterisidal, contohnya kelenjar keringat akan mengeluarkan enzim
lisozim, kelenjar lemak mengeksresikan lipid yang kompleks.
Spesies yang biasanya ada di kulit antara lain : Staphylococcus
epidermidis, S. aureus, Streptococcus viridans, Peptostreptococcus
sp., sianobakteri aerobik, difteroid. Pada kelenjar lemak antara lain
bakteri anaerob lipolitik misalnya Propionibacterium acnes yang
menyebabkan timbulnya jerawat. Faktor-faktor yang menghilangkan
flora normal sementara pada kulit adalah asam lemak pada sekresi
sebasea, adanya lisozim, dan pH yang rendah. Flora normal tidak
berubah secara signifikan oleh pencucian/ mandi/ keringat yang
berlebihan, tetapi pemakaian tutup yang rapat pada kulit akan
mengakibatkan populasi mikroorganisme secara keseluruhan akan
meningkat dan mengakibatkan perubahan kualitatif flora normal.

2. saluran nafas :
- hidung
- nasofaring
Flora normal yang menghuni hidung dan nasofaring antara lain :
Staphylococcus epidermidis, S. aureus, Branhamella catarrhalis,
Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Prevotella
melaninogenica, Neisseria meningitidis.

3. saluran cerna :
- mulut
- orofaring
- perut
- usus kecil
- usus besar
Air liur mengandung air, asam amino, protein, lipid, karbohidrat dan
senyawa anorganik. Air liur merupakan medium yang kaya
kompleks yang dapat digunakan oleh mikroorganisme yang hidup di
mulut sebagi sumber nutrien. Mikroorganisme yang menghuni
orofaring (bagian belakang mulut) antara lain S. aureus dan S.
epidermis dan streptococcus viridians (merupakan penghuni asli
orofaring). Adanya flora normal dalam saluran cerna akan
memberikan keuntungan bagi hospesnya :
1. menghambat pertumbuhan atau menimbulkan resistensi
terhadap bakteri patogen
2. menghasilkan vitamin B kompleks dan vitamin
3. konversi pigmen empedu dan asam empedu
4. absorbsi zat makanan
Contohnya : B. fragilis, C. perfringens

4. saluran urogenitalis : saluran kemih

Pada saluran urogenitalis laki-laki dapat ditemukan bakteri :
Staphyllococcus epidermis, Mycobacterium smegmatis, dan E. coli.
Pada saluran urogenitalis perempuan ditemukan antara lain : E. coli,
Enterobacter aerogenes, Staphyllococcus, Streptococcus,
Veillonella, Mycobacterium smegmatis, Neiserria catarrhalis, N.
sicca, dan Yeast.
Sumber Buku MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN Karya Elizabeth Novi
Kusumaningrum

ttp://gassskehidupan.blogspot.com/2009/06/mikroorganisme-dan-
mikrobiota.html