Welcome to Scribd, the world's digital library. Read, publish, and share books and documents. See more
Download
Standard view
Full view
of .
Save to My Library
Look up keyword
Like this
18Activity
0 of .
Results for:
No results containing your search query
P. 1
LTM 1 - Struktur DNA

LTM 1 - Struktur DNA

Ratings: (0)|Views: 718 |Likes:
Published by evanregar

More info:

Published by: evanregar on May 24, 2010
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

07/21/2013

pdf

text

original

 
 
1
Struktur DNA
 
Laporan Tugas Mandiri – Pemicu 1 – Modul Biologi Molekular 2010untuk Diskusi Kelompok: Kamis, 25 Januari 2010
oleh Evan Regar, 0906508024
 
Nukleotida Sebagai Unit Monomerik DNA
Sebagai salah satu materi genetik yang terkandung di dalam tubuh manusia, DNA (
Indonesia:
asam deoksiribosa nukelat, disebut juga ADN;
Inggris: deoxiribosenucleic acid 
) merupakan unit polimer yang tersusun dari unit monomer yang dinamakan
nukleotida
. Nukelotida kemudian terpolimerisasi, membentuk ikatan antara satu nukleotida dengan nukleotida lain. Strukturnukleotida sendiri tersusun dari basa nitrogen, gula, dan gugus fosfat. Basa nitrogen yang menyusun DNA dapat dibagi menjadidua jenis, yakni basa purin yang terdiri atas
adenin
(A) dan
guanin
(G); serta basa pirimidin yang terdiri atas
guanin
(G) dan
sitosin
(S). Perlu diperhatikan bahwa basa purin memiliki struktur disiklik (dua cincin), sementara pirimidin berstrukturmonosiklik (satu cincin).
Adenin (A)
NNNHNNH
2
 Guanin (G)
NNHNHNNH
2
O
 Sitosin (C)
NNHNH
2
O
 Timin (T)
NHNHOOCH
3
 
Gambar 1
– Basa nitrogen yang menyusun unit nukelotida dari DNASementara itu, gula yang menyusun nukleotida merupakan gula ribosa, yang merupakan salah satu jenis dari pentosa (gula yangmengandung 5 atom karbon dalam strukturnya, contoh lainnya adalah xilosa, arabinosa, dan likosa), yang kehilangan gugushidroksil (-OH) yang terikat di atom karbon nomor 2. Oleh karena itu, struktur gula pada DNA dinamakan
2-deoksiribosa
.
Ribosa
OHOOHOHOH
 2-deoksiribosa
OHOOHOH
 
Gambar 2
– Perbandingan struktur ribosa (gula yang menyusun unit nukleotida RNA) dengan 2-deoksiribosa (gula penyusun unitnukleotida DNA). Perhatikan bahwa atom karbon dari C nomor 2 kehilangan gugus hidroksil.Gugus fosfat (memiliki struktur PO
43-
) hadir pada struktur nukleotida dalam jumlah satu (nukleotida seperti ini disebut denganNMP,
nucleoside monophosphate
); dua (NDP,
nucleoside diphosphate
); atau sebanyak-banyaknya tiga (NTP,
nucleosidetriphosphate
).
Kaitan Struktur-Struktur Pembentuk Unit Monomerik Nukleotida
 Basa nitrogen, gula, dan fosfat tidak begitu saja menyusun nukleotida. Mereka semua saling tersambung secara khas sehinggaterbentuk suatu struktur monomerik nukleotida. Struktur gula dan basa nitrogen terjalin melalui ikatan yang dinamakan
β-N-glikosida
. Ikatan ini terbentuk melalui pengikatan melalui atom C nomor 1 pada struktur gula (disebut juga atom karbon anomerpada gula) dengan atom N terdapat pada tiap-tiap basa nitrogen (pada umumnya atom N nomor 1 untuk basa pirimidin danatom N nomor 9 untuk basa purin). Struktur yang tersusun dari gula dan basa nitrogen dinamakan
nukleosida
. Nukleosida diberinama sesuai dengan basa nitrogen yang menempel pada struktur 2-deoksiribosa. Basa nitrogen adenin membentuk nukleosida
deoksiadenosin
; guanin membentuk
deoksiguanosin
; timin membentuk
deoksitimidin
; dan sitosin membentuk
deoksisitidin
.Perhatikan penambahan kata deoksi- di semua penamaan nukleosida sebagai pembeda dengan struktur nukeleosida yangmenyusun RNA.
 
 
2
Gugus fosfat (pertama) akan berikatan dengan gugus hidroksil yang terikat di atom C nomor 5 dari struktur gula. Ikatan inidinamakan ikatan
ester
. Sementara itu, gugus fosfat kedua akan membentuk ikatan dengan gugus fosfat pertama dengna ikatananhidrida. Demikian juga gugus fosfat ketiga dengna ikatan anhidrida dengan gugus fosfor kedua.
Dengan demikian, struktur nukelotida terdiri dari nukleosida(gula; basa nitrogen) dan gugus fosfat.Gambar 3
– Contoh struktur nukelotida yang tersusun atasbasa adenin. Perhatikan ikatan β-N-glikosida dan ikatan ester.Penamaan juga menggunakan tambahan 5’ untukmenekankan pengikatan gugus fosfat pada struktur karbonnomor 5 dari gula 2-deoksiribosa
Kaitan Antarnukleotida (Polimerisasi)
 Seperti yangtelahdikatakansebelumnya,nukelotidapenyusun DNA terkait membentuk suatu rantai (menghasilkan sebuah strukturpolimer). Bagaimana nukleotida satu dengan nukleotida di bawah atau diatasnya terkait akan lebih mudah ditunjukkan melalui
Gambar 4
di samping kiriini.Perhatikan jalinan dari empat macam nukelotida, yakni G, T, A, dan C yangkebetulan menyusun struktur polimer nukleotida hipotesis ini, secara berurutandari atas ke bawah. Gula yang dimiliki nukleotida G terikat dengan gugus fosfatyang dimiliki T melalui ikatan dari atom C-3 yang dimiliki gula G dan atom C-5yang dimiliki oleh gula T (yang tersambung melalui gugus fosfat). Demikian pulanukleotida T dan A tersambung dengan cara yang sama dengan gugus G dan T.Hal ini mengakibatkan konsekuensi bahwa kedua ujung di mana polimer berakhirmemiliki
polaritas
(atau pengutuban). Pada kasus ini, ujung yang satu mengandung gugus fosfat yang terikat pada atom C nomor5 pada gula G, dan secara umum dinamakan
ujung 5’
. Sementara itu, ujung lainnya merupakan gugus –OH yang terikat padaatom C nomor 3 pada gula C (untuk kasus ini), dan secara umum dinamakan
ujung 3’
. Adanya polaritas di kedua ujung inimenyebabkan struktur polimerisasi nukleotida ini tidak dapat dibalik-balik secara sembarangan, dan harus dituliskan secara jelas,(misal: transkripsi membaca rantai DNA dengan arah 3’
5’). Selain itu, adanya polaritas ini menjadi penting dalam kasustranskripsi, karena enzim DNA-polimerase hanya bisa menghasilkan untai anakan dengan arah 5’
3’, sehingga informasi sepertiini perlu dicantumkan untuk kejelasan.
Struktur DNA:
Double-helix 
Polimerisasi nukleotida seperti yang telah dibahas di atas belum menyusun struktur DNA. Hal ini disebabkan penemuan olehWatson dan Crick yang mengatakan bahwa struktur DNA adalah
double
dan
helix
(double helix). Kata
double
perlu disorotikarena mengungkapkan bahwa struktur DNA tersusun dari
dua
 
rantai polimer nukleotida yang saling berinteraksi antara basa-basa
. Struktur ini digambarkan sebagai tangga, dengan pegangan kiri dan kanan tangga masing-masing terdiri dari satu rantaipolimer nukleotida, sementara anak-anak tangga dapat disimbolisasikan sebagai interaksi antara basa-basa nitrogen dari “keduapegangan tangga” yang terwujud melalui interaksi
ikatan hidrogen
.
 
 
3
Lebih lanjut lagi, “kedua pegangan tangga” ini tersusun dari unit nukleotida yang tidak sembarangan berinteraksi. Artinya,nukleotida di pegangan (rantai polimer nukleotida) kiri pasti berpasangan dengan nukleotida
tertentu
di rantai kanan.Terungkap bahwa nukleotida dengan basa nitrogen
adenin
selalu berpasangan dengan basa nitrogen
timin
denganterbentuknya
dua ikatan hidrogen
. Sementara itu,
sitosin
selalu berpasangan dengan
guanin
dengan
terbentuknya tiga ikatanhidrogen
. Dari fakta ini,
Chargaff 
menyatakan aturannya bahwa konsentrasi (yang otomatis menyatakan jumlah) nukleosidadeoksiadenosin selalu sama dengan deoksitimidin (A = T); sementara deoksisitidin selalu sama dengan deoksiguanosin (C = G).Dapat disimpulkan bahwa basa
purin
 
berpasangan
dengan basa
pirimidin
.Ada perbedaan polaritas antara kedua pegangan tangga ini. Jika pegangantangga kiri berawal dari ujung 5’di sebelah atas dan ujung 3’ di sebelah bawah;pegangan tangga kanan
pasti
berawal dari ujung 3’ di sebelah atas dan ujung 5’di sebelah bawah. Demikian pula sebaliknya. Oleh karena itu, untai DNAdinamakan sebagai
antiparalel
(anti = berlawanan; parallel = sejajar).Ke-heliks-an DNA ternyata bukan hanya 1 macam. Salah satu jenis heliks yangditemukan lagi oleh Watson dan Crick adalah heliks B, dengan perputaran kekanan. Satu putaran penuh terdiri dari sekitar sepuluh pasangan basa. Bentuklain, yakni bentuk A banyak ditemukan pada struktur hibrid DNA-RNA (akanditemukan pada proses transkripsi RNA). Struktur heliks A ini lebih rapat. Selainitu, terdapat pula bentuk Z dengan ciri khas perputaran kearah kiri dan adanyabentuk zig-zag dari gugus-gugus fosfat yang saling berikatan.
Gambar 5
– Model heliks pada DNA. 1 putaran penuh memiliki panjang kuranglebih 34 angstrom (1 angstrom = 10
-10
m). S menggambarkan
sugar 
atau gula danP menggambarkan
 phosphate
atau gugus fosfat. Kedua ujung rantai polimer kiridan kanan berakhir ditandai dengan perbedaan polaritas (5’ dan 3’).
Pengemasan DNA
Pada organisme prokariotik seperti bakteri, DNA tidak dikemas secara khusus, melainkan langsung dalam bentuk telanjang(naked form). Bentukan DNA ini langsung terlihat pada struktur kromosom bakteri yang memiliki struktur sirkuler. Kedua ujungDNA bertemu dan membentuk struktur kromosom lingkar. Sementara itu, ditemukan dalam organisme eukariotik adanyapengemasan DNA yang memang lebih rumit akan dibahas lebih mendalam. Salah satu alasan pengemasan DNA pada organismeeukariotik adalah jumlah DNA yang kurang lebih 1.000 kali lebih banyak daripada jumlah DNA pada organisme prokariotik.Pada tingkat paling awal, DNA untai ganda mengelilingi 8 protein histon yang tersusun berbentuk seperti kubus (terdiri darimasing-masing dua protein H2A, H2B, H3, dan H4), yang kemudian di-“kunci” oleh protein histon lainnya yang dinamakan H1.Struktur seperti ini dinamakan
nukleosom
. Nukleosom satu dengan nukleosom yang lain terpisah dengan DNA untai ganda yangtidak mengelilingi histon, dengan panjang kurang lebih 20 sampai 200 pasang nukleotida (kurang lebih 68 hingga 680 angstrom).Penampilan seperti ini mirip dengan kancing-kancing yang berada di sepanjang benang (
beads-on-a-string appearance
).Nukleosom-nukleosoom ini membentuk sebuah struktur koil (kumparan) yang disebut solenoida, dengan jumlah 6 hingga 8nukleosom tiap putaran solenoida.
Gambar
6 – Nukleosom yang terdiri dari lilitan DNA pada 8 protein histon yang dikunci oleh 1 protein histon, dihubungkandengan histon lain melalui DNA yang tidak melilit dengan panjang kurang lebih 20 hingga 200 pasangan nukleotida

Activity (18)

You've already reviewed this. Edit your review.
1 hundred reads
1 thousand reads
Cicy Irna liked this
Darwis Husaini liked this
firmanct liked this
Lili Cutecutee liked this
taryerviany liked this
923011 liked this
Afri Scout liked this

You're Reading a Free Preview

Download
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->