in silico

thymic selection experiment

สมชาย แสงอำานาจเดช 27 พฤษภาคม 2553 เซลล์ลิ ้มโฟไซต์ชนิด T-Cell ที ่เจริญสมบูรณ์และทำาหน้าที ่ ในระบบภูมิคุ ้มกันสำาหรับปกป้อง ร่างกายจากการติดเชื ้อ เป็นเซลล์ที ่ผ่านกระบวนคัดเลือกภายในต่อมไธมัส การทดลองศึกษาการคัดเลือกสามารถทำาโดยการใช้ โปรแกรมคอมพิวเตอร์บทความนี ้จะ กล่าวถึงการทดลองดังกล่าวที ่เพิ ่งตีพิมพ์ ในวารสารเนเจอร์[1.] สมมุติฐานของการทดลองจากข้อมูลเดิมที ่พบว่า ความหลากหลายของชนิดของเปปไทด์ที ่เป็นของร่างกายที ่นำาเสนอ ในต่อมไธมัสจะกำาหนดคุณลักษณะของเซลล์ลิ ้มโฟไซต์ชนิดที(T cell) ทั ้งหมดที ่เจริญสมบูรณ์เต็ม ที ่ของร่างกายที ่จะออกไปทำางานในระบบภูมิคุ ้มกัน (mature T-cell repertoire) และจากผลที ่ ได้ จากการทดลองและการศึกษาเชิงทฤษฎีพบว่า T Cells ที ่พัฒนาภายในหนูเม้าส์ที ่ถูกนำาเสนอใน ต่อมไทมัสด้วยเปปไทด์เพียงชนิดเดียวจะแสดงผล cross-reactive ต่อการกลายพันธุ ์ที ่อิพิ โทบ ของเปปไทด์ ได้มากกว่า T cell จากหนูเม้าส์ที ่มีการนำาเสนอด้วยชนิดของเปปไทด์ของตัวเอง จำานวนมากมาย ดังนั ้นต้องการจะใช้แอลกอริธึมหรือแบบจำาลองทางคอมพิวเตอร์เพื ่อพิสูจน์ว่า "เซลล์T cell ที ่มี โมเลกุล MHC Class I เป็นชนิด HLA-B57 (เรียกว่า HLA-B57-restricted CD8

T cells) เมื ่ออยู ่ ในระหว่างการพัฒนาของ T Cell ในต่อมไทมัสที ่ถูกนำาเสนอด้วยเปปไทด์ ของร่างกายในจำานวนน้อยชนิดกว่า ควรจะสามารถแสดงผลต่อการกลายพันธุ ์ต่างๆของเปปไทด์ที ่ เป็นเป้าหมายของไวรัสได้มากกว่า" วิธีการ

เลือกเปปไทด์ของร่างกาย (self-peptides) ที ่เข้าไปนำาเสนอในต่อมไทมัส (เลือกชนิดที ่ต้อง อาศัย HLA) มาจำานวนหนึ ่ง โดยแต่ละเปปไทด์ต้องมีกรดอะมิ โนที ่จะจับกับ TCR ทั ้งนี ้เลือก ตามความถี ่ที ่ปรากฏในโปรที โอมของมนุษย์(human proteome)

กำาหนดความหลากหลายของ เซลล์ ไธโมไซต์หรือที ่เรียกว่าเซลล์CD8

-T cell ชนิดที ่ยังไม่ สมบูรณ์(immature) โดยกำาหนดจากการเลือกลำาดับของกรดอะมิ โนที ่สัมผัสในลักษณะ เดียวกับข้อ 1 ร่วมกับการเปลี ่ยนอันตรกริยา (interaction) ระหว่าง TCR และ HLA ด้วย

เกณฑ์กำาหนด เซลล์CD8

-T cell ที ่สมบูรณ์คือเซลล์ ไธโมไซต์ที ่ออกจากต่อมไธมัส ที ่มี คุณลักษณะ คือมี โมเลกุล TCR ที ่จับกับโมเลกุลเชิงซ้อนระหว่าง MHC และเปปไทด์ของ ร่างกายตนเอง (self-peptide) อย่างน้อยหนึ ่งโมเลกุลด้วยอัฟฟินิตี ้ที ่สูงกว่าระดับ