MEMBRAN DAN PERMUKAAN SEL

PENDAHULUAN

 Membran memiliki sejumlah fungsi seluler yang essensial.

Membran menyusun batasan dari sel dan organel-organel
intraseluler. Membran juga menyediakan suatu permukaan
sebagai tempat terjadinya berbagai proses dan reaksi biologis.
 Membran memiliki protein yang berperan sebagai perantara,
mengatur transpor metabolit, makromolekul dan ion-ion.
 Hormon, agen-agen pengatur, dan molekul pemberi signal
biologis menunjukkan efeknya dengan interaksi pada
membran
 Fotosintesis, transpor elektron, fosforilasi oksidatif, kontraksi
otot bergantung pada membran dan protein yang ada di
dalamnya.
 Membran biologis merupakan lipid dan protein
(salah satu di antaranya dapat mengandung
gugus karbohidrat) yang tersusun secara unik
dan rapi
 Lipid yang ditemukan pada sistem biologis
merupakan molekul amfifatik (memiliki gugus
polar dan gugus non-polar)
 Bagian polar dari molekul amfifatik akan berada
pada permukaan membran dan berinteraksi
dengan molekul=molekul polar
 Protein berinteraksi dengan lipid dalam
berbagai cara yang akan dijelaskan pada bab ini
1. MEMBRAN
 Semua sel memmiliki membran sitoplasmik (plasma membrane) yang
berfungsi untuk memisahkan sitoplasma dari lingkungan di sekeliling
 Membran sitoplasma memiliki kewajiban untuk
1. Mengeluarkan ion-ion atau molekul-molekul yang bersifat toksik
terhadap sel
2. Mengumpulkan nutrien-nutrien yang dibutuhkan oleh sel
3. Transduksi energi
4. Lokomosi sel
5. Reproduksi sel
6. Proses transduksi sinyal
7. Interaksi dengan molekul atau sel lain yang berada di dekatnya
 Membran sitoplasma pada sel prokariotik relatif kompleks karena
tidak ada organel intraseluler, sehingga tidak ada pembagian kerja.
Bakteri menjalankan semua aktivitasnya pada membran plasma atau
di dalam sitoplasmanya
 Pada sel eukariotik, terdapat sejumlah organel
intraseluler yang memiliki tugas masing-masing.
 Proses yang terjadi pada masing-masing organel
melibatkan peran membran secara aktif.
 Beberapa enzim yang terlibat dalam metabolisme
asam nukleat terasosiasi dengan membran.
 Sistem yang terasosiasi dengan rantai transpor
elektron untuk mensintesis ATP terikat pada
membran mitokondrial
 Enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid terdapat
pada membran rektikulum endoplasma
1.1 Struktur Lipid yang terbentuk dengan spontan

A. Monolayers dan misel

 Lipid yang bersifat amfifatik membentuk variasi
struktur ketika ditambahkan pada larutan. Struktur-
struktur tersebut terbentuk untuk meminimalkan
kontak antara rantai lipid yang hidrofobik dan larutan.
 Sebagai contoh, apabila asam lemak dalam jumlah
yang sedikit ditambahkan pada larutan, akan
terbentuk monolayer lipid pada perbatassan air dan
udara, dengan kepala gugus polar yang berhubungan
dengan permukaan air dan ekor hidrofobik yang
berhubungan dengan udara.
 Penambahan asam lemak yang lebih lanjut
mengakibatkan pembentukan misel,
 Misel yang dibentuk dari molekul lipid amfifatik di
dalam air, menempatkan bagian ekor di dalam pusat
dan bagian kepala pada bagian permukaan misel
 Molekul amfifatik yang membentuk misel
dikarakterisasi oleh nilai CMC (critical micelle
concentration) yang unik.
 Di bawah nilai CMC, molekul lipid individual
mendominasi
 Di atas nilai CMC, molekul lipid membentuk misel
secara spontan
B. Lipid Bilayers
 Lipid bilayers terdiri atas pengaturan monolayers
yang disusun bertolak-belakang
 Fosfolipid lebih cenderung membentuk struktur
bilayer dikarenakan pasangan rantau asam
lemaknya tidak terbungkus dengan baik pada
bagian dalam misel
 Bilayers dapat terbentuk secara spontan pada luas
daerah yang besar
 Dikarenakan bagian ujung dari bilayers tidak
tertutup dan bagian yang ter-expose pada pelarut
sangat tidak diinginkan, maka bilayers yang
ekstensif pada umumnya membungkus dirinya dan
membentuk vesikel yang tertutup.
 Fosfolipid dapat membentuk vesikel unilamelar
(dengan lipid bilayer tunggal), yang dikenal juga
sebagai liposom; atau vesikel multilamelar yang dikenal
juga dengan istilah bangosomes
 Liposom merupakan struktur dengan tingkat kestabilan
yang tinggi dan dapat dimanipulasikan dengan
kromatografi gel filtrasi dan dialisis
 Liposom dapat digunakan sebagai sistem transpor obat-
obatan dan enzim dalam aplikasi terapi
 Sebagai contoh, liposom dapat digunakan sebagai agen
yang mengintroduksi agen kontras ke dalam
tubuhuntuk prosedur CT dan MRI
 Liposom dapat bergabung dengan sel. Jika liposom
dapat diarahkan enuju sel-sel tertentu , maka liposom
dapat digunakan untuk mengantarkan obat, enzim atau
agen kontras menuju sel tertentu, misalnya sel kanker.
 Bentuk vesikel dan liposom merupakan
konsekuensi atas sifat lipid yang amfifatik dari
molekul fosfolipid
 Interaksi antara gugus polar pada kepala dengan
air dimaksimalkan sedangkan interaksi hidrofobik
terjadi diantara rantai-rantai hidrokarbon
 Pembentukan vesikel mengakibatkan peningkatan
entropi di dalam lartua, karena molekul air
menjadi tidak teratur di sekeliling lipid.
 Bilayers memiliki bagian polar dan non-polar.
Bagian non-polar menghalangi masuknya ion
maupun pelarut air. Hal ini mengakibatkan
pergerakan ion melewati membran akan sangat
lambat
1.2 Fluid Mosaic Model

 Pada tahun 1972, S.J. Singer dan G.L. Nicolson

mengajukan fluid mosaic model untuk struktur
membran, yang mengusulkan bahwa mwembran
merupakan struktur dinamis yang tersusun atas protein
dan fosfolipid
 Pada model ini. Bilayer merupakan matriks fluida yang
secara essensial merupakan pelarut dua dimensi untuk
protein
 Lipid dan protein dapat bergerak rotasi atau ke arah
lateral.
 Kedua peneliti tersebut mendefinisikan dua buah kelas
protein membran : protein periferal dan protein integral
 Protein periferal (atau protein ekstrinsik) meliputi
protein-protein yang bagian molekulnya tidak
mempenetrasi lapisan bilayer. Protein tersebut hanya
menempel pada permukaan bilayer atas dasar interaksi
ionik dan ikatan hidrogen antara permukaan membran
dengan permukaan protein.
 Protein periferal dapat didisosiasikan dari membran
dengan cara penambahan larutan garam, maupun
dengan perubahan pH yang dapat mengganggu ikatan
yang terhjadi.
 Protein Integral (atau protein intrinsik), memiliki
permukaan hidrofobik sehingga dapat menpenetrasi ke
dalam lapisan bilayer. Protein ini dapat tertanam
sebagian atau tertanam menembus kedua sisi bilayer
 Fluid Mosaic Models merupakan paradigma untuk
penelitian struktur dan fungsi membran.
A. Ketebalan Membran Bilayer
 Model Singer-Nicolson mengusulkan ketebalan
membran bernilai sekitar 5 nm, sama dengan
ketebalan lipid bilayer
 Difraksi sinar-X dengan sudut rendah, pada awal
tahun 1970, menunjukkan banyak membran alami
memiliki ketebalan sekitar 5 nm
 Diketahui pula bahwa bagian interior dari membran
tersebut memiliki densitas elektron yang rendah. Hal
ini konsisten dengan model yang diajukan karena
rantai hidrokarbon memiliki densitas elektron yang
rendah
 Bagian luar dari membran yang sama menunjukkan
densitas elektron yang tinggi. Hal ini konsisten dengan
pengaturan gugus kepala yang berada di luar
permukaan membran
B. Orientasi Rantai Hidrokarbon dalam
lapisan bilayer
 Pada umumnya rantai hidrokarbon di dalam
biayer digambarkan tegk lurus terhadap bidang
permukaan membran
 Pada kenyataannya, fosfolipid dapat memiliki
orientasi yang miring berkelok atau variasi
lainnua
 Pada umumnya, rantai non-polar pada lipid yang
terletak paling dekat dengan permukaan akan
memiliki orientasi yang tegak lurus terhadap
bidang membran, dan bagian rantai yang terletak
lebih jauh dari permukaan membran akan
berkurang keteraturan orientasinya.
C. Mobilitas membran bilayer
 Percobaan pertama yang mendemonstrasikan pergerakan
protein lateral di dalam membran dideskripsikan oleh
L.Fyre dan M. Edidin pada 1970.
 Pasa percobaan itu, sel manusia dan sel tikus difusikan
bersama untuk menentukan apakah protein membran
integral dari dua sel yang berbeda dapat bergerak di dalam
sel fusi yang baru.
 Antobodi yang spesifik untuk protein sel manusia ditandai
dengan rhodamine (fluoroesen merah)dan antibodi yang
spesifik untuk protein sel tikus ditandai dengan
fluorescein (fluoroesen hijau)
 Ketika kedua antibodi ditambahkan ke dalam sel fusi,
terindikasikan bahwa protein membran integral dari
kedua sel telah bergerak dalam arah lateral dan
terdisperdi ke seluruh permukaan sel fusi
1.3 Membran memiliki Struktur Asimetri
A. Lipid menunjukkan asimetri membran lateral
 Lipid pada sistem pada umumnya ditemukan dalam kelompok
asimetrik. Kelakuan tersebut dinamakan sebagai pemisahan
fasa, yang mana muncul secara spontan maupun akibat
pengaruh dari luar
 Sebagai contoh, Ca2+ menginduksi pemisahan fasa di dalam
membran yang terbentuk dari fosfatidilserin (PS), dan
fosfatidiletanolamin (PE) atau membran yang terbentuku dari
PS, PE dan fosfatidilkolin. Ca2+ yang ditambahkan ke dalam
membran membentuk kompleks dengan karboksil serin yang
bermuatan negatif, sehingga mengakibatkan PS untuk
membentuk kelompok dan berpisah dengan lemak lain.
 Contoh lain, Kolesterol dapat berada di antara rantai asam
lemak membran bilayers dalam kondisi tidak simetri.
B. Protein menunjukkan asimetri membran
lateral
 Protein membran pada umumnya terdistribusi secara
acak pada bidang membran secara menyeluruh. Hal
ini ditunjukkan denan mikrograf elektron
 Akan tetapi, protein membran dapat juga terdistribusi
dalam keadaan yang tidak acak pada membran. Hal
ini dapat terjadi karena beberapa sebab. Beberapa
protein harus berinteraksi erat dengan protein lain,
sehingga membentuk kompleks dengan multisubunit
yang memiliki fungsi spesifik
 Bakteriorhodopsin membentuk pengelompokkan yang
sangat teratur pada membran Holobacterium
halobium, dikenal juga sebagai bercak ungu pada
membran.
C. Asimetri transverse Protein
 Penemuan fakta bahwa protein membran tidak simetri
dalam arah transverse ditemukan karena percobaan dengan
glikophorin secara tidak sengaja
 Glikophorin merupakan glikoprotein pada membran
eritrosit. Perlakuan keseluruhan eritrosit dengan tripsin
dapat melepaskan gugus karbohidrat dari glikophorin.
 Dikarenakan tripsin terlalu besar dan tidak dapat masuk
melalui membran eritrosit, maka ujung-N dari glikophorin
yang mengandung karbohidrat harus dikeluarkan dari sel
eritrosit.
 Bretscher menunjukkan bahwa [35S]-formilmetionilsulfon
metil fosfat dapat mengenali ujung-C dari glikophorin pada
saat membran eritrosit dipecahkan, namun ujung-C tidak
dapat dikenali ketika membran eritrosit masih bersifat utuh.
 Hal ini menunjukkan bahwa ujung-C hanya ter-expose pada
bagian interior sel eritrosit.
D. Asimetri Transverse Lipid
 Fosfolipid juga terdistribusikan secara asimetrik pada
membran.
 Pada eritrosit, fosfatidilkolin (PC) menyusun hampir 30%
dari fosfolipid total pada membran. Dari jumlah tersebut,
76% dari PC ditemukan pada bagian luar dari monolayer
dan 24% ditemukan pada bagian dalam dari monolayer.
 Distribusi lipid secara asimetrik penting untuk sel dalam
beberapa hal. Gugus karbohidrat dari glikolipid (dan
glikoprotein) akan selalu mengarah ke permukaan luar
membran plasma dan berperan dalam pengenalan sel.
 Muatan total pada permukaan dalam dan permukaan luar
membran bergantung pada persebaran lipid. Perbedaan
muatan mempengaruhi potensial membran, yang
kemudian mengaktifkan membran protein sebagai
penyalur ion
 Dari sudut pandang termodinamika, asimetri
hanya dapat terjadi karena sintesis bilayer yang
asimetri pula atau dikarenakan mekanisme
transpor yang bergantung pada energi dan tidak
simetri.
 Pada sel-sel eukariotik, fosfolipid, glikolipid dan
kolesterol disintesis oleh enzim yang terdapat di
dalam atau pada permukaan rektikulum
Endoplasma dan sistem golgi. Sebagian besar
dari proses biosintetik tersusun tidak simetri
pada membran RE dan golgi. Selain itu, terdapat
protein transfer lipid yang mentransfer
fosfolipid, glikolipid, dan kolesterol menuju
membran lain.
E. Flippase
 protein yang dapat membalikkan fosfolipid dari
satu sisi bilayer menuju sisi lainnya
 Protein ini mengurangi waktu yang dibutuhkan
oleh fosfolipid untuk menyeberangi membran
dari 10 hari menjadi hanya dalam beberapa
menit saja.
 Beberapa sistem dapat beroperasi tanpa input
energi, namun pergerakan pasif tidak dapat
mempertahankan bentuk asimetri transverse
 Pergerakan yang bergantung pada energi
mungkin bertanggung jawab terhadap
pembentukan lapisan lipid asimetri transverse.
1.4 Transisi Fasa Membran
 Lipid pada lapisan bilayer mengalami perubahan radikal pada
keadaan fisik di dalam rentang temperatur tertentu (temperatur
transisi atau tempertur leleh) yang dinamakan transisi fasa.
 Melibatkan perubahan substansial pada organisasi dan
pergerakan rantai asil lemak di dalam bilayer.
 Pada keadaan sebelum transisi, bilayer menunjukkan kondisigel
yang tersusun secara rapi. Pada kondisi ini ikatan karbon-
karbon pada rantai lipid mengadopsi konformasi anti. Luas
permukaan per jumlah lipid diminimalkan dan ketebalan bilayer
menjadi maksimal.
 Pada keadaan setelah transisi, terbentuk kristalin cair, yang
mana mobilitas rantai asil lemak menjadi intermediate antara
alkana padat dan alkana cair. Ikatan karbon-karbon pada rantai
lemak mengadopsi konformasi gauche. Sebagai akibatnya, luas
permukaan per lipid meningkat dan ketebalan bilayer menurun.
 Karakteristik umum pada transisi fasa bilayer :
1. Transisi selalu endotermik
2. Fosfolipid khusus menunjukkan sifat temperatur transisi yang
khas. Tm meningkat seiring dengan bertambahnya panajang
rantai; menurun seiring dengan sifat ketidakjenuhan, dan
bergantung pada sifat kepala (gugus polar)
3. Pada fosfolipid bilayer yang murni, transisi terjadi pada
rentang temperatur yang sempit. Transisi fasa pada dimiristol
lesitin hanya memiliki rentang 0,2 °C
4. Membran biologi menunjukkan transisi fasa yang luas dan
bergantung pada komposisi lipid dan protein pada membran
5. Pada lipid bilayer tertentu, keadaan pra-transisi terjadi 5°
hingga 15 °Cdi bawah fasa transisi
6. Pada transisi fasa lipid bilayer, juga terjadi perubahan volume
7. Transisi fasa bilayer sangat sensitif terhadap keberadaan zat
terlarut yang berinteraksi dengan lipid, seperti kation
multivalen, peptida, dll.
2. Struktur protein membran
 Lipid bilayer menyusun unit struktural fundamental pada
semua membran biologis
 Protein mengerjakan semua fungsi aktif membran, seperti
aktivitas transpor, fungsi reseptor, dan proses lainnya
 Protein periferal adalah protein globular yang berinteraksi
dengan membran melalui interaksi elektrostatik dan ikatan
hidrogen dengan protein integral.
 Protein integrl adalah protein yang terasosiasi secara kuat
dengan lapisan lipid bilayer, yang mana sebagian dari protein
tertanam pada bilayer ataupun menembus lapisan bilayer
 Protein yang terjangkar pada lipid (lipid-anchored protein)
merupakan protein yang berasosiasi dengan membran
dikarenakn jangkar lipid yang terhubung secara kovalen
dengan protein
2.1 Protein membran Integral
 Dapat dibedakan ke dalam dua buah kelas:
 Protein yang terhubung atau tersangkut pada membran
oleh sebagian kecil segmen hidrofobik, sementara
sebagian besar segmen lainnya berhubungan dengan
pelarut air, baik hanya pada satu sisi membran atau pada
kedua sisinya
 Protein yang berbentuk globular dan tertanam secara
hampir sempurna di dalam membran, hanya
mengeluarkan permukaan yang sangat kecil untuk
berhubungan dengan air di luar membran.
protein yang berada pada pusat non-polar dari lapisan
lipid bilayer didominasi bentuk α-heliks atau lembaran-β,
karena struktur-struktur ini dapat menetralisasi gugus N-
H dan C=O yang sangat polar pada rantai tulang belakang
peptida, dengan pembentukan ikatan hidrogen.
A. Protein dengan segmen transmembran
tunggal
 Pada protein yang hanya terhubung pada membran oleh
segmen polipeptida hidrofobik yang kecil , segmen tersebut
cenderung membentuk struktur α-heliks
 Sejumlah protein membran terhubung pada membran
dengan bagian hidrofobik yang membentuk struktur α-
heliks, sementara bagian hidrofilik berhubungan dengan
sitoplasma atau ruang ekstraseluler. Protein sejenis ini pada
umumnya berperan sebagai reseptor molekul ekstraseluler
atau sebagai tempat pengenalan yang membuat sistem imun
dapat mengenali dan membedakan sel virus atau bakteri
 Contoh : Glikophorin. Sebagian besar dari glikophorin
berorientasi pada permukaan luar sel. Bagian ekstraseluler
berperan sebagai reseptor untuk virus influenza.
Glikophorin memiliki berat molekuler total sekitar 31.000
serta terdiri dari 40% protein dan 60% karbohidrat
B. Protein dengan 7 segmen transmembran -
Bakteriorhodopsin
 Protein membran yang mengadopsi bentuk globular
pada umumnya sering terlibat dalam aktivitas transpor
dan fungsi lain yang memerlukan bagian tertentu dari
peptida untuk tertanam di dalam membran
 Protein-protein ini dapat mengandung sejumlah α-
heliks hidrofobik yang terhubung dengan daerah
‘engsel’ sehingga protein dapat berbentuk zig-zag
melewati membran
 Sebagai contoh : Bakteriorhodopsin berkelompok
dalam pola heksagonal. Rantai polipeptida ini
memnyeberangi membran sebanyak 7 kali dalam
bentuk 7 segmen α-heliks, hanya sedikit bagian yang
terpapar pada bagian luar membran.
C. Protein membran dengan motif lembaran-β :
Porin
 Protein porin yang ditemukan pada bagian luar
membran dari bakteri gram negatif dan bagian luar
membran mitokondrial sel eukariotik menggulung
membran dengan lembaran-β yang sangat luas
 Sebagai contoh maltoporin (Protein LamB atau
reseptor Lambda) yang berpartisipasi dalam
memasukkan maltosa dan maltodekstrin ke dalam
E.Coli
2.2 Protein Membran yang
terhubung dengan Lipid
 Dikenal dengan istilah protein yang terjangkar pada
lipid
 Beberapa protein ditemukan terhubung secara
kovalen dengan molekul lipid. Molekul lipid
tersembunyi ke dalam lapisan bilayer, sehingga
protein berada dalam keadaan terhubung pada
permukaan membran.
 Lipid yang mengikat dapat dipasangkan dan
dipisahkan dari protein secara reversibel. Hal ini
merupakan faktor dalam pengendalian jalur
transduksi sinyal pada sel eukaryotik
A. Jangkar miristoil yang terhubung dengan
amida
 Asam miristat dapat terhubung dengan ikatan
amida pada gugus α-amino pada ujung
terminal N residu glisin pada protein tertentu.
 Proses ini dinamakan n-miristoilasi dan
dikatalisis oleh miristoil-CoA, protein N-
miristoiltransferase (NMT)
 B. Jangkar asil lemak yang terhubung dengan tioester
 Sejumlah protein viral dan seluler mengandung
asam lemak yang terhubung secara kovalen melalui
ikatan ester pada rantai samping residu sistein atau
serin atau threonin yang terdapat pada rantai
polipeptida
 Miristat, palmitat, stearat dan oleat dapat
terseterifikasi dengan cara ini.
C. Jangkar Prenil yang terhubung secara tioeter
 Poliprenil atau prenil merupakan rantai panjang
gugus poliisoprenoid yang diturunkan dari unit
isopren
 Melibatkan gugus farnesil atau geranilgeranil
 Penambahan gugus prenil terjadi pada residu sistein
dari ujung karboksil urutan CAAX dari protein target
(C=sistein, A=residu alifatik, X=Asam amino apa saja)
 Hasilnya adalah farnesil atau geranilgeranil yang
terhubung secara tioeter
 Setelah reaksi prenilasi terjadi protease akan
memotong tiga residu dengan ujung karboksil dan
gugus karboksil dari residu tersisa (sistein) dimetilais
untuk memproduksi ester
D. Jangkar glikosil fosfatidilinositol
 Glikosil Fosfattidilinositol (GPI) memodifikasi
asam amino dengan ujung karboksil dari protein
target melalui residu etanolamin yang terhubung
pada oligisakarida, yang terhubung pula pada
bagian inositol dari Fosfatidilinositol
 Oligosakarida pada umumnya terdiri dari pusat
tetrasakarida dengan tiga residu manosa dan
satu buah glukosamin, yang dapat diubah
dengan memodifikasi residu manosa atau
penambahanrantai samping galaktosil dengan
berbagai ukuran, fosfoetanolamin ekstra, atau
penambahan N-asetilgalaktosa atau residu
manosil.
3. Membran dan Polisakarida permukaan sel

3.1 Dinding sel bakteri

 Beberapa dari polisakarida yang menarik
ditemukan pada dinding sel bakteri
 Bakteri menggunakan polisakarida untuk
melindungi sel karena kekuatan dan kekakuan
yang merupakan sifat polisakarida
 Bakteri memiliki tekanan osmotik internal yang
relatif tinggi dan sering menghadapi kondisi
lingkungan yang hipotonik, atau sebaliknya.
Dinding sel berguna untuk mempertahankan
bentuk sel dan ukurannya, mencegah terjadi
penyusutan ataupun pembengkakan
A. Peptidoglikan
 Semua dinding sel bakteri memiliki lapisan peptida-
polisakarida yang kuat dan protektif, yang dinamakan
peptidoglikan
 Peptidoglikan merupakan sebuah molekul tunggal yang
dibuat mengelilingi sel dengan struktur ikatan silang yang
kontinu
 Rantai tulang belakang adalah polimer dari N-
asetilglukosamin dan asam N-asetilmuramik yang saling
bergantian dan terhubung dengan ikatan β (14)
 Bakteri gram positif memiliki dinding sel yang tebal (sekitar
25 nm) yang terdiri atas lapisan peptidoglikan yang banyak
 Bakteri gram negatif memiliki dinding sel yang lebih tipis
(hanya 2-3 nm) yang terdiri atas hanya satu lapisan
peptidoglikan yang terjepit di antara membran lipid bilayer
luar dan dalam
B. Dinding sel dari bakteri gram negatif
 Pada bakteri gram negatif,dinding peptidoglikan
merupakan bingkai kaku yang menyusun struktur
membran yang detail.
 Lapisan peptidoglikan terhubung dengan membran luar
melalui sekelompok protein hidrofobik. Protein-protein
tersebut, masing-masing memiliki 57 residu asam
amino yang dihubungkan melalui ikatan amida dari
rantai samping residu lisin pada ujung-C protein
dengan gugus asam diaminopimelik pada peptidoglikan.
 Asam diaminopimelik menggantikan salah satu dari
residu D-alanin pada 10% dari peptida pada
peptidoglikan. Pada ujung lain dari protein hidrofobik,
residu ujung-N (serin) membuat ikatan kovalen dengan
lipid yang merupakan bagian dari membran luar
 Bagian luar dari membran bakteri gram
negatif dilapisi dengan kompeks
lipopolisakarida, yang terdiri atas gugus lipid
pada membran luar dan polisakarida rantai
panjang dari struktur yang berbeda-beda.
 Unit yang berbeda-beda dan unik menentukan
antigenesitas dari bakteri (antigenesitas =
sistem imun hewan mengenali sebagai zat
asing dan meningkatkan antibodi terhadap
mereka). Determinan antigenik dinamakan O-
antigen
C. Dinding sel dari bakteri gram-positif
 Bagian eksterior sel bakteri gram positif lebih
sederhana
 Dikarenakan tidak ada membran luar, sel
gram positif memiliki dinding sel yang lebih
tebal.
 Asam teichoic (polimer dari ribitol fosfat atau
gliserol fosfat yang terhubung dengan ikatan
fosfodiester) terhubung secara kovalen pada
lapisan peptidoglikan
3.2 Polisakarida pada Permukaan sel

 Bagian unik dari setiap sel dimulai dari bagian

permukaan sel. Hal ini dikarenakan sel
menghabiskan seluruh kehidupannya berkontak
dengan sel lain, sehingga diperlukan komunikasi
antar sel
 Sel mampu mempertukarkan informasi.
 Sebagai contoh, miosit dari jantung, ketika dibiakan
pada kultur mengjasilkan sinkronisasi ketika terjadi
kontak, sehingga miosit-miosit tersebut berdetak
dengan seragam. Ketika sel-sel tersebut dipisahkan,
sifat kesinkronan antara kedua sel hilang. Ketika
kedua sel dihubungkan kembali, maka kesinkronan
antara kedua sel kembali terwujud.
 Contoh lainnya sel ginjal yang ditumbuhkan
pada kultur sel hati akan memisahkan diri,
mencari sel ginjal yang lain dan menghindari
kontak dengan sel hati. Pertumbuhan kedua sel
akan terjadi secara bebas hingga suatu saat
pertumbuhan terhenti karena sel ginjal
bertemu dengan sel hati. Fenomena ini
dinamakan inhibisi kontak
 Struktur molekular dari sel mengenali dan
memberikan respon terhadap sel yang
berdekatan. Banyak dari interaksi ini
melibatkan glikoprotein pada permukaan sel
dan proteoglikan pada matriks ekstrseluler.
 4. Glikoprotein
 Banyak protein yang ditemukan di alam merupakan glikoprotein,
karena mengandung gugus oligo sakarida dan polisakarida yang
terhubung secara kovalen. Glikoprotein meliputi protein
struktural, enzim, reseptor membran, protein transpor dan
imunoglobin
 Gugus karbohidrat dapat terhubung dengan rantai polipeptida
melalui gugus hidroksil dari serin, threonin, atau hidroksilisin
(dalam sakarida yang terhubung dengan O) atau melalui nitrogen
amida dari asparagin (dalam sakarida yang terhubung dengan N)
 Sakarida yang terhubung dengan O (O-linked saccharides) sering
ditemukan pada glikoprotein permukaan sel dan di dalam musin
(glikoprotein besar yang melapisi dan melindungu membran
mukos dalam daerah pernafasan dan pencernaan
 Interaksi sterik yang permanen antara residu gula dan residu
protein mengakibatkan inti peptida terlipat dan menghasilkan
konformasi yang relatif keras
 Glikoprotein membran yang mengandung sakarida
yang terhubung dengan O (O-linked saccarides)
dapat dibedakan menjadi dua buah kelompok :
 Glikoprotein yang terglikosilasi pada O sepanjang
domain ekstraseluler. Contoh :Leukosialin.
Leukosialin mengadopsi struktur terulur yang
mengakibatkan glikoprotein menjulur jauh, mungkin
ditujukan untuk melindungi sel dari interaksi yang tidak
diinginkan
 Glikoprotein yang terglikosilasi pada O hanya pada
batang protein yang memisahkan domain
transmembran dengan domain globular. Contoh : LDL.
Batangan protein yang terglikosilasi berfungsi untuk
menjauhkan domain globular sehingga dapat
berinteraksi dengan molekul tertentu .
Glikoprotein anti-beku
 Glikoprotein anti beku atau Antifreeze glycoproteins
(AFGPs) ditemukan pada darah hampir semua ikan
antartika dan setidaknya lima ikan artik.
 Glikoprotein itersebut memiliki struktur peptida :
[Ala-Ala-Thr]n-Ala-Ala, yang mana n dapat berupa
4,5,6,12,17,28,35,45,atau 50.
 Setiap residu threonin diglikosilasikan dengan
disakarida β-galaktosil-(13)-α-N-
asetilgalaktosamin
 Glikoprotein anti beku menghambat pembentukan
es pada ikan dengan mengikat secara spesifik pada
tempat pertumbuhan kristal es, sehingga
menginhibisi pertumbuhan kristal lebih jauh
Oligosakarida yang terhubung dengan N
 Oligosakarida yang terhubung dengan N
ditemukan pada banyak protein yang berbeda,
termasuk imunoglobin G dan M, Ribonuklease
B, Ovalbumin, dan hormon peptida
 Banyak gugus yang diketahui atau dicurigai
merupakan glikosilasi N pada protein
 Glikosilasi dapat mempengaruhi sifat fisik dan
kimiawi dari protein
 Karbohidrat yang diglikosilasikan telah
dibuktikan dapat menstabilkan konformasi
protein dan melindungi protein dari proteolisis
Pemotongan oligosakarida sebagai penentu
waktu degradasi protein
 Pemotongan residu monosakarida secara perlahan-lahan dari
glikoprotein yang terhubung dengan N (N-linked glycoproteins) yang
mengalir di dalam darah berfungsi untuk menargetkan degradasi
protein pada waktunya.
 Hati memiliki protein reseptor spesifik yang mengenali dan mengikat
glikoprotein yang siap didegradasi dan didaur ulang
 Serum glikoprotein yang baru disintesis memiliki tiga rantai
oligosakarida (triantennary) yang terhubung dengan N, yang mana
asam sialic menutupi residu galaktosa
 Ketika glikoprotein disirkulasikan di dallam darah, enzim di dalam
darah akan memotong gugus asam sialic , memaparkan residu
galaktosa.
 Di dalam hati, reseptor asialoglikoprotein mengikat galaktosa yang
terpapar dari glikoprotein dengan afinitas yang sangat tinggi
 Kompleks reseptor dan glikoprotein kemudian dibawa ke dalam sel
dengan cara endositosis. Glikoprotein didegradasai di dalam lisosom
seluler.
 Afinitas pengikatan glikoprotein oleh reseptor
asialoglikoprotein akan semakin besar apabila
jumlah galaktosayang terpapar semakin banyak, dan
sebaliknya
 Dalam periode waktu tertentu, enzim di dalam darah
akan memotong asam sialic pada glikoprotein,
sehingga galaktosa hanya akan terpapar ketiga-
tiganya setelah selang waaktu tertentu.
 Semakin lamah glikoprotein telah bersirkulasi dalam
darah, semakin besar pulakemungkinan asam sialic
telah diputuskan.
 Hal ini merupakan sistem pengaturan di dalam
tubuh yang sangat elegan
 5. Proteoglikan
 Merupakan kerabat dari glikoprotein, yang mana bagian
karbohidratnya merupakan glikosaminoglikan. Hanya sedikit dari
struktur proteoglikan yang diketahui
 Memiliki variasi ukuran, dari serglisin dengan 104 residu asam
amino hingga Versikan dengan 2409 residu asam amino.
 Pada proteoglikan yang telah dikenali, unit glikosaminoglikan
terhubung dengan O pada residu serin dari urutan dipeptida Ser-
Gly
 Serglisin dinamakan karena keunikan domain pusat dari 49 asam
amino yang tersusun atas residu glisin dan serin secara bergantian
 Proteoglikan pada matriks kartilago memiliki 117 pasang Ser-Gly
 Decorin, proteoglikan kecil yang disekresikan oleh fibrblas dan
ditemukan pada matriks ekstraseluler dari jaringan penghubung,
hanya mengandung tiga pasang Ser-gly, yang amana hanya satu
yang diglikosilasi dengan normal
Fungsi dari Proteoglikan

 Proteoglikan dapat larut dan terletak di dalam

matriks ekstraseluler (pada kasus serglisin,
versikan dan proteoglikan matriks kartilago) atau
merupakan protein integral transmembran
 Berfungsi dengan berinteraksi dengan molekul lain
melalui komponen glikosaminoglikan dan domain
reseptor spesifik di dalam polipeptida tersebut
 Sindekan, Merupakan proteoglikan transmembran
yang berasosiasi dengan aktin sitoskeleton di
dalam sel, namun apabila berada di luar sel
berinteraksi dengan fibronektin
Proteoglikan dapat membuat kartilago
menjadi fleksibel dan resilient
 Pada kartilago, filamen panjang dari asam
hialuronik didibungkus oleh molekul proteoglikan
 Rantai haluronik dapat memiliki panjang 4μm dan
mengendalikan 100 atau lebih unit proteoglikan
 Proteoglikan kartolago memiliki domain
pengikatan asam hialuronik pada bagian ujung
terminal NH2 polipeptida, yang berikatan dengan
asam hialuronat dengan bantuan protein
penghubung.
 Agregat proteoglikan-hialuronat memiliki berat
molekul sebesar 2 juta atau lebih
 Agregat proteoglikan-hialuronat sangat terhidrasi
dikarenakan interaksi yang kuat anatara molekul
air dan kompleks polianionik
 Ketika kartilago ditekan (pada saat berjalan atau
berlari), air diperas dari jaringan kartilago. Akan
tetapi, ketika tekanan dihilangkan, air kembli
diabsorbsi
 Hidrasi reversible memberikan sifat kartilago
yang reversibel, pengamanan bagi sambungan
tulang yang menghindari terjadi cedera jaringan
pada saat aktivitas berat, dan lainnya