Prof. Dr. H. Muslimin Ibrahim, M.Pd.

Musllimin_ibrahim@yahoo.com
 PERTEMUAN INI BERTUJUAN
Menjawab pertanyaan:
 Mengapa pengetahuan dasar-dasar kimia sangat diperlukan
untuk memahami mikrobiologi?
 Istilah-istilah apa yang mendeskripsikan organisasi materi dan
unsur mana yang ditemukan di dalam tubuh makhluk hidup?
 Apa sifat-sifat ikatan kimia dan reaksi kimia?
 Sifat yang manakah dari air, larutan, dipersi kolodi, asam, dan
basa yang membuatnya penting bagi makhluk hidup?
 Bagaimana struktur dan sifat-sifat lipid, fosfolipid, dan steroid
yang mendukung peranannya di dalam tubuh makhluk hidup?
 Bagaimana struktur dan sifat-sifat protein termasuk enzim
yang mendukung peranannya di dalam tubuh makhluk hidup?
 Bagaimana struktur dan sifat-sifat nukleotida yang mendukung
peranannya di dalam tubuh makhluk hidup?
MENGAPA BELAJAR KIMIA?
Pengetahuan kimia dasar diperlukan
untuk memahami cara
mikroorganisme berfungsi dan cara
mikroorganisme mempengaruhi
manusia dan lingkungan kita.
Semua proses di dalam tubuh
mikrobia adalah reaksi kimia.
Bahan Pembangun Kimia
Materi adalah segala sesuatu yang
memiliki massa dan memerlukan
tempat--- wujudnya bisa padat, cair,
maupun gas
Beberapa materi dapat berada dalam
ketiga wujud tergantung pada suhu
lingkungan - H2O (air)
Bahan Pembangun Kimia
Atom adalah satuan materi kimia
terkecil.
Atom adalah unit materi yang tak
bermuatan, tersusun dari 3 macam
partikel
Bahan Pembangun Kimia
Unsur adalah suatu macam materi
dasar, dan satuan terkecil suatu unsur
adalah atom. Unsur tersusun dari hanya
satu jenis atom.
Unsur-unsur paling lazim dalam semua
bentuk kehidupan adalah karbon (C),
hidrogen (H), oksigen (O), dan nitrogen
(N)
 Tabel. Beberapa Sifat Unsur Penting yang Ditemukan pada Organisme
Hidup
Massa
No. Elektron
Unsur Simbol atom Peristiwa Biologi
atom terluar
relatif
Oksigen O 8 16,0 6 Komponen molekul biologi, dibutuhkan dalam
metabolisme aerob
Karbon C 6 12,0 4 Atom esensial pada semua senyawa organic
Hidrogen H 1 1,0 1 Komponen molekul biologi, H+ membentuk asam
Nitrogen N 7 14,0 5 Komponen protein dan asam nukleat
Kalsium Ca 20 40,1 2 Ditemukan pada tulang dan gigi, mengatur banyak proses
seluler
Fosfor P 15 31,0 5 Ditemukan pada asam nukleat, ATP, dan beberapa lemak
Sulfur S 16 32,0 6 Ditemukan pada protein, hasil metabolisme beberapa
bakteri
Besi Fe 26 55,8 2 Pembawa oksigen, hasil metabolisme beberapa bakteri
Kalium K 19 39,1 1 Ion intraseluler penting
Natrium Na 11 23,0 1 Ion ekstraseluler penting
Klorin Cl 17 35,4 7 Ion ekstraseluler penting
Magnesi Mg 12 24,3 2 Dibutuhkan beberapa enzim
Tembaga Cu 29 63,6 1 Dibutuhkan beberapa enzim; menghambat pertumbuhan
beberapa mikroorganisme
Yodium I 53 126,9 7 Komponen hormon tiroid
Fluorin F 9 19,0 7 Menghambat pertumbuhan mikribia
Mangan Mn 25 54,9 2 Dibutuhkan beberapa enzim
Seng Zn 30 65,4 2 Dibutuhkan beberapa enzim; Menghambat pertumbuhan
mikribia
Bahan Pembangun Kimia
Molekul terdiri dari dua atau lebih atom
yang tergabung secara kimia, dan
Senyawa terdiri dari dua atau lebih jenis
atom berbeda yang tergabung secara kimia.
Struktur Atom
Atom-atom terdiri dari proton-
proton bermuatan positif dan
neutron-neutron netral dalam inti
atomnya dan elektron-elektron
bermuatan negatif sangat kecil yang
mengorbit inti itu.
Struktur Atom
 Jadi pada struktur atom….
Jumlah proton dalam suatu atom sama
dengan nomor atomnya. Jumlah total proton
dan neutron menentukan massa atom
relatif unsurnya.
Ion adalah atom-atom yang telah
mendapatkan atau kehilangan satu atau lebih
elektron.
Isotop adalah atom dari unsur yang sama
yang mengandung jumlah neutron berbeda;
sebagian mungkin radioisotop.
Atom-atom sangat besar memiliki beberapa
kulit elektron lebih banyak dengan
kapasitas lebih besar, tetapi unsur-unsur
yang terdapat dalam makhluk hidup, kulit
luarnya secara kimia stabil jika ia
mengandung 8 elektron. Prinsip ini, yang
dikenal sebagai kaidah oktet
Tabel Beberapa Ion yang Umum
Ion Nama Deskripsi Singkat
Na+ Natrium Memberi kontribusi pada salinitas alami air dan cairan tubuh organisme
multiseluler
K+ Kalium Ion penting yang mengatur turgor sel
H+ Hidrogen Mengatur keasaman larutan dan umumnya mengatur motilitas
Ca2+ Kalsium Seringkali berperan sebagai pesan kimia
Mg2+ Magnesium Umumnya diperlukan untuk terjadinya reaksi kimia
Fe2+ Ferrous iron Pembawa elektron ke oksigen melalui beberapa reaksi kimia yang menghasilkan
Besi (II) energi. Dapat mencegah pertumbuhan beberapa mikroba yang menyebabkan
penyakit pada manusia.
NH4+ Amonium Biasanya ada dalam jumlah yang berlebihan pada larutan dasar dimana H +
Cl- Klorida Biasanya ditemukan bersama ion bermuatan positif, dimana biasanya bermuatan
netral
OH- Hidroksil Seringkali ada dalam jumlah yang berlebihan dalam larutan dasar dimana H +
kurang
HCO3- Bikarbonat Biasanya menetralkan asam dari badan air dan badan aliran
NO3- Nitrat Dihasilkan dari kegiatan bakteri tertentu yang mengubah nitrit dalam bentuk
yang dapat digunakan tumbuhan
SO42- Sulfat Penyusun asam sulfat pada polusi atmosfir dan hujan asam
Fosfat Dapat bergabung dengan molekul tertentu lain untuk membentuk ikatan
PO43-
berenergi tinggi dimana energi disimpan dalam tubuh makhluk hidup yang dapat
digunakan.
Satu mol, adalah massa suatu zat dalam
gram (g) yang sama dengan jumlah dari
berat-massa atom relatif dari atom-atom
dalam sebuah molekul zat itu. Misalnya, 1
mol glukose, C6H12O6, berberat 180 gram: [6
atom karbon X 12 (massa atom relatif )] +
[12 atom hidrogen X 1( massa atom relatif )]
+ [6 atom Oksigen X 16 (massa atom
relatif )] = 180 gram. Mol diartikan
sedemikian sehingga 1 mol dari segala zat
selalu mengadung 6,023 X 1023 partikel.
Ikatan Kimia
Atom-atom molekul-molekul terikat oleh
ikatan-ikatan kimia.
Ikatan ionik menyangkut tarikan ion-ion
bermuatan berlawanan. Dalam ikatan-
ikatan kovalen, atom-atom berbagi pasang-
pasang elektron. Ikatan-ikatan hidrogen
adalah gaya tarik lemah antara daerah-
daerah polar dari atom-atom hidrogen dan
atom-atom oksigen atau nitrogen.
Ikatan Ionik:
Ion yang bermuatan berlawanan
saling tarik menarik

+ -
Na Cl
Ikatan kovalen:
satu atau lebih saling berbagi
antara inti atom yang berikatan
Ikatan Hidrogen:
perlekatan hidrostatik antara 2
bagian molekul bermuatan
Reaksi Kimia
Reaksi kimia melibatkan pemutusan atau
pembentukan ikatan-ikatan kimia dan perubahan
energi terkait.
Katabolisme, penguraian molekul-molekul,
melepaskan energi. Anabolisme, sintesis molekul-
molekul yang lebih besar, memerlukan energi.

X—Y X+Y+ energi (exergonik)

X+Y+ energiX—Y (endergonik)
Air
Air adalah senyawa polar, bekerja sebagai pelarut,
dan membentuk lapisan-lapisan tipis karena ia
memiliki tegangan permukaan yang tinggi.
Air juga memiliki kalor jenis tinggi, dan ia berguna
sebagai medium bagi dan ikut dalam banyak reaksi
kimia.
Air
Air membentuk lapisan tipis karena ia memiliki
tegangan permukaan tinggi. Tegangan
permukaan adalah suatu gejala di mana
permukaan air bertindak sebagai suatu selaput
elastis tipis yang tak terlihat
Larutan dan Koloid
Larutan terdiri dari campuran dari satu atau lebih
zat terlarut (solut) yang secara merata tersebar ke
seluruh pelarut.
Koloid mengandung partikel-partikel yang terlalu
besar untuk membentuk larutan sejati.
SUSPENSI

.. . .
.. ..... ..... Waktu

. .
. ... .. . .... .............
. . ...
LARUTAN

Waktu
KOLOID

.. . .
.. ..... ..... Waktu
....

..
.
...
.
. ... .. . .. .. ...
.
Asam, Basa, dan pH
Dalam kebanyakan larutan yang mengandung
asam atau basa, asam melepaskan ion-ion H+, dan
basa menerima ion-ion H+ (atau melepaskan ion-
ion OH-).
pH suatu larutan adalah ukuran keasaman atau
kebasaannya. Suatu pH 7 adalah netral, di bawah 7
asam, dan di atas 7 basa, atau alkali.
Hubungan pH dengan lingkungan
hidup mikroorganisme dan sifat
zat

Tiap satuan skala pH-nya mewakili kenaikan atau penurunan 10-kali

dalam konsentrasi ion-ion hidrogen. Jadi, cuka, misalnya, adalah
10.000 kali lebih asam daripada air murni.
Molekul Organik
Kimia organik adalah ilmu tentang senyawa-
senyawa mengandung-karbon.
Senyawa-senyawa organik seperti alkohol, aldehid,
keton, asam organik, dan asam amino bisa dikenali
dari gugus-gugus fungsional nya.
Molekul Organik Kompleks
Karbohidrat
Karbohidrat terdiri dari rantai-rantai karbon di
mana kebanyakan atom karbonnya memiliki suatu
gugus alkohol terkait dan satu karbon memiliki gugus
aldehid atau keton
Karbohidrat paling sederhana adalah monosakarida,
yang bisa bergabung membentuk disakarida dan
polisakarida. Rantai-rantai panjang dari unit-unit
berulang disebut polimer.
Tubuh menggunakan karbohidrat terutama untuk
energi.
Tiga Cara menggambar molekul Glukosa (a) Dalam larutan, bentuk rantai-
lurusnya jarang terdapat. (b) Tetapi, molekulnya mengikat ke dirinya sendiri,
yang membentuk suatu cincin 6-anggota. Cincin itu menurut kesepakatan
dilukiskan sebagai suatu heksagon datar. (c) Struktur tiga-dimensi
sesungguhnya lebih kompleks. Bola-bola dalam lukisan ini melambangkan
atom-atom karbon.
(a) “Deoksi” menandakan satu atom oksigen lebih sedikit. Salah satu
atom karbon dari gula deoksi deoksiribose tak memiliki suatu gugus
hidroksil yang (b) ribose miliki. (c) Gliserol, suatu alkohol gula tiga-
karbon yang merupakan komponen dari lemak. (d) Mannitol, suatu
alkohol gula yang digunakan dalam tes-tes diagnostik bagi mikroba-
mikroba tertentu.
Tabel Tipe-tipe Karbohidrat .

Kelas Contoh Deskripsi dan peristiwa

Karbohidrat
Monosakarida Glukosa Gula yang ditemukan pada banyak organisme
Fruktosa Gula yang ditemukan pada buah
Galaktosa Gula yang ditemukan pada susu
Ribosa Gula yang ditemukan pada RNA
Deoksiribosa Gula yang ditemukan pada DNA

Disakarida Sukrosa Glukosa dan fruktosa, gula meja

Laktosa Glukosa dan galaktosa, gula susu
Maltosa Dua unit glukosa, hasil pencernaan tepung

Polisakarida Tepung Polimer dari glukosa yang tersimpan pada tumbuhan,

dapat dicerna oleh manusia
Glikogen Polimer dari glukosa tersimpan dalam hati hewan dan
otot rangka
Selulosa Polimer dari glukosa ditemukan pada tumbuhan, tidak
dapat dicerna oleh manusia, dicerna oleh beberapa
mikroba
Lipid
Semua lipid tak terlarut dalam air tapi terlarut dalam
pelarut-pelarut nonpolar.
Lemak terdiri dari gliserol dan asam-asam lemak.
Fosfolipid mengandung suatu gugus fosfat
menggantikan suatu asam lemak.
Steroid memiliki struktur empat-cincin yang
kompleks.
(a) Steroid adalah lipid dengan struktur
4-cincin yang khas. Gugus-gugus kimia
khusus yang melekat ke cincin-
cincinnya menentukan sifat-sifat
steroid-steroid berbeda. (b) Salah satu
steroid yang terpenting secara biologis
adalah kolesterol, suatu komponen dari
selaput sel-sel hewan dan satu
kelompok bakteri
Protein
Protein terdiri dari rantai-rantai asam amino yang
tersambung oleh ikatan peptida.
Protein membentuk bagian dari struktur sel-sel,
bekerja sebagai enzim-enzim, dan berperan dalam
fungsi-fungsi lain seperti motilitas (gerakan),
pengangkutan, dan penga-turan.
Enzim adalah katalis biologis yang sangat khusus
berfungsi meningkatkan laju reaksi kimia dalam
organisme-organisme hidup. Tiap enzim memiliki
suatu situs aktif tempat pengikatan substratnya.
Dua asam amino dihubungkan dengan melepaskan
satu molekul air (sintesis dehidrasi) dan pembentukan
suatu ikatan peptida antara gugus –COOH dari satu
asam amino dan gugus –NH2 dari satu asam amino
lainnya
a) Struktur umum suatu asam
amino, dan (b) enam contoh wakil
asam amino. Semua asam amino
memiliki empat gugus yang
melekat ke atom karbon pusatnya:
suatu gugus amino (–NH2), suatu
gugus karboksil (–COOH), suatu
atom hidrogen, dan suatu gugus
ber-tanda R yang berbeda dalam
tiap asam amino. Gugus R itu
menentukan banyak dari sifat-sifat
kimia molekulnya—misalnya,
apakah ia nonpolar, polar, asam,
atau basa
Struktur Protein
Fungsi Protein
Nukleotida & Asam nukleat
Nukleotida terdiri dari suatu basa nitrogen, suatu
gula, dan satu atau lebih fosfat.
Sebagian nukleotida mengandung ikatan-ikatan
energi-tinggi.
Asam-asam nukleat adalah molekul-molekul
penting mengandung-informasi yang terdiri dari
rantai-rantai nukleotida. Asam-asam nukleat yang
terdapat dalam organisme hidup adalah asam
ribonukleat (RNA) dan asam deoksiribonukleat
(DNA).
(a) Suatu nukleotida
terdiri dari suatu
basa nitrogen, suatu
gula 5-karbon, dan
satu atau lebih gugus
fosfat. (b) Suatu
nukleosida terdiri
dari gula dan basanya
tanpa fosfatnya. (c)
Nukleotida
adenosine trifosfat
(ATP), sumber energi
langsung bagi
kebanyakan kegiatan
sel-sel hidup.
Kelima basa yang terdapat dalam asam-asam nukleat.
 Tabel Komponen DNA dan
RNA
Komponen DNA RNA
Asam fosfot V V
Gula V V
-Ribosa V
-Deoksiribosa V
Basa
-Adenin V V
-Guanin V V
-Sitosin V V
-Timin V
-Urasil V