AUTORE: Elena Papamichail e Maria Kandilaki

TITOLO APPUNTO: SINTESI PROTEICA

DISCIPLINA: Microbiologia
ANNO DI PUBBLICAZIONE: 2001
UNIVERSITA’: PERUGIA
SEDE: TERNI
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SINTESI PROTEICA:
L'attivita di sintesi delle proteine si esprime,mediante la sequenza di due
fasi distinte:
1)TRASCRIZIONE: consiste nella sintesi di tre tipi di RNA;m-RNA,che
contengono ciascuno il progetto di una specifica catena polipeptidica,r-
RNA,t-RNA che contengono ,insieme,l'informazione necessaria alla sintesi
di qualsiasi catena polipeptidica.
2)TRADUZIONE: gli aminoacidi che costituirano la catena polipeptidica
reagiscono tra di loro e formano legami peptidici.Durante questa fase si
richiede la partecipazione indispensabile dei t-RNA e dei ribosomi.
Negli eucarioti la trascrizione avviene nel nucleo e la traduzione nel
citoplasma,mentre negli organismi procarioti tutti e due i processi
avvengono nel citoplasma.
LA TRASCRIZIONE:
L'informazione genetica contenuta nel DNA sottoforma di sequenza di
basi,viene riprodotta in nuove catene polinucleotidiche(RNA),sintetizzate
usando il DNA come modello per allineare i ribonucleotidi secondo le
regole della complementarita.I tratti di DNA che devono essere trascritti
in una singola molecola di RNA sono esattamente identificati da segnali di
inizio e di termine che indicano all'apparato trascrizionale dove iniziare e
terminare la trascrizione.Nell'ambito di ogni singola unita di
trascrizione,una sola delle due catene polinucleotidiche che compongono la
porzione codificante del gene viene trascritta.La catena prescelta come
modello per la trascrizione e sempre la stessa e si chiama catena
stampo.La catena di DNA complementare allo stampo e chiamata catena di
senso:la sua sequenza di basi e uguale a quella dell'RNA trascritto,salvo la
presenza in quest'ultima dell'uracile al posto della timina.
Nell'intero processo della trascrizione,un ruolo fondamentale svolgono gli
enzimi RNA-polimerasi.Questi :
-riconoscono I segnali d'inizio e di termine della trascrizione.
-controllano il corretto appaiamento tra le basi del modello e le basi del
trascritto in formazione.
-catalizzano le reazioni necessarie alla formazione del ponte
fosfodiesterico tra i monomeri che entrano nella composizione del
trascritto.(esterificazione tra il gruppo -OH presente al terminale 3' di
ogni monomero ed il gruppo fosfato presente nella posizione a del
terminale 5' del monomero seguente).
Ci sono tre tipi di RNA-polimerasi:
I :catalizza la polimerizzazione e l'inizio della sintesi dell'r-RNA.
II :catalizza la polimerizzazione e l'inizio della sintesi dell'm-RNA.
III :catalizza la polimerizzazione e l'inizio della sintesi del t-RNA.
Le cellule procariotiche possiedono un unico tipo di RNA-polimerasi capace
di sintetizzare tutte le classi di RNA.La trascrizione avviene in tre fasi
distinte:
Fase di inizio,formazione della catena,fase di terminazione.
In un primo momento le elicasi srottolano la doppia catena del DNA in un
suo tratto e in questo tratto si rompono i legami intermolecolari H tra le
basi complementari delle due eliche.Su una sola delle due eliche che
funziona da stampo e contiene determinati geni,con l'azione delle RNA -
polimerasi si sintetizza una catena complementare (singola) di m-RNA con
orientamento 5'-3'.Dopo la sua sintesi l'm-RNA si stacca dallo stampo con
rottura dei legami H e si allontana,mentre le due eliche del DNA si
riuniscono e si riavvolgono(rinaturazione).
L'm-RNA neosintetizzato ha una sequenza di basi complementare a quella
del gene o dei geni da cui deriva.Il meccanismo di appaiamento delle basi
complementari e identico a quello che avviene durante la replicazione del
DNA.(l'unica differenza e che al posto della timina complementare
all'adenina c'e uracile).La sintesi dell'm-RNA commincia dal 5'-OH
terminale.
Dopo la trascrizione e all'interno del nucleo,l'm-RNA subisce delle
modificazioni,perdendo delle sequenze nucleotidiche interposte tra geni
diversi.Queste sequenze degradano e si chiamano introni perche non si
esprimono nel citoplasma con la sintesi proteica,cioe rimanendo nel nucleo
non possono codificare una proteina.Il resto delle sequenze nucleotidiche
(dell'm-RNA) possono esprimersi verso l'esterno e codificare
proteine,infatti si chiamano esoni.L'm-RNA modificato,si chiama RNA
maturo, mentre l'RNA originale (contenente ancora gli introni) si chiama
hn-RNA.L'RNA maturo deriva dall'unione degli esoni frammentati.La
polimerizzazione degli esoni avviene con l'aggiunta di gruppi metilici(-CH )
legati con basi azotate e con l'azione delle ligasi (RNA-ligasi).Oltre ai
gruppi metilici si addizionano i cosidetti poli A che sono sequenze di
nucleotidi adenilici(la loro base azotata e l'adenina).
Questa modificazione dell'm-RNA (da hn a maturo) si chiama
splicing,(secondo alcuni autori lo splicing consiste solamente nella
polimerizzazione degli esoni).
L'RNA polimerasi agisce un po' dopo una determinata sequenza di
basi(TATA) che si trova sull'elica stampo del DNA.Alcune volte per una
corretta trascrizione si ha bisogno anche di altre sequenze che servono
da promotori.La perdita degli introni avviene perche probabilmente queste
sequenze impediscono il passaggio dell'm-RNA al citoplasma dove avviene
la traduzione.La perdita degli introni dalla sequenza dell'm-RNA si facilita
grazie agli enzimi endonucleasi,mentre la ricuccitura degli esoni(i tratti
restanti dell'RNA) si facilita grazie agli enzimi ligasi.Il promotore e una
sequenza a monte del gene che si deve trascrivere e si trova vicino
all'inizio di questo gene.(la TATA si trova circa 25 nucleotidi prima del
sito di inizio della trascrizione;funziona da sito di aggancio della RNA-
polimerasi).Un'altro promotore molto frequente e un pentanucleotide,il
CCAAT che si trova molto piu a monte rispetto al punto di inizio.Altre
sequenze nucleotidiche che possono attivare la trascrizione da parte
dell'RNA-polimerasi e si trovano lontano dal gene che si deve
trascrivere,a monte o a valle si chiamano stimolatori o enhancers.Questi
stimolatori possono allungare la trascrizione,quindi possono "provocare"
una sintesi di un m-RNA piu lungo.(migliorano quantitativamente la
trascrizione).
L'arresto della trascrizione consiste nel distacco tra RNA-
polimerasi,catena DNA stampo ed RNA neosintetizzato (m-RNA).Perche
l'arresto avvenga e necessario un segnale di termine o
terminatore.Esistono molti terminatori diversi che agiscono con diversi
meccanismi.E stato identificato un vero e proprio terminatore,formato da
una successione di una trentina di coppie A-T variamente alternate che in
qualche modo induce l'arresto della trascrizione.
STRUTTURA E MATURAZIONE FUNZIONALE DEI t-RNA:
La funzione dei t-RNA e quella di associare specificamente gli amminoacidi
al messaggero.Ciascun t-RNA possiede:
a)un sito accettore dell'aminoacido adatto a legare l'aminoacido
corrispondente.
b)un sito di riconoscimento per il messaggero.
c)un sito con cui si attacca al ribosoma.
d)un sito con l'enzima che catalizzera il legame peptidico tra gli
aminoacidi.
L'associazione tra t-RNA ed m-RNA si ottiene grazie all'esigenza di
complementarita tra sequenze di basi delle due molecole interagenti.Il t-
RNA contiene nella sua testa un gruppo di tre basi consecutive (tripletta)
chiamate anticodone.Questo andra a legarsi tramite legami H ad una
determinata (complementare) sequenza di basi (tripletta) appartenente al
m-RNA chiamato codone.Il tipo di aminoacido trasportato dal t-RNA e
sempre dipendente dalla tripletta di basi esistenti nel suo anticodone.La
famiglia degli enzimi che "aiutano" il riconoscimento tra l'aminoacido e il
t-RNA corrispondente e catalizzano la loro combinazione vengono chiamati
aminoacil-t-RNA sintetasi.Il t-RNA assume una conformazione a trifoglio.
Osservato nello spazio il t-RNA apparre a struttura terziaria
(L-irregolare).Alcune volte,i t-RNA possono subire eliminazione di alcuni
loro parti in eccesso,con l'aiuto degli enzimi ribonucleasi(RN-asi) che
catalizzano la reazione.Precisamente,le endonucleasi tagliano ponti
fosfodiesterici situati in posizioni interne della catena,spezzandola in
segmenti piu corti e creando il terminale 5'-monofosfato definitivo ed un
terminale 3'-OH ancora provvisorio.
Le esonucleasi "rosicchiano", per cosi dire, un nucleotide alla volta a
partire dall'estremita 3' della catena, che viene cosi progressivamente
accorciata fino alla rimozione completa della parte eccedente.

STRUTTURA E MATURAZIONE FUNZIONALE DEGLI r-RNA:

Fanno parte integrante degli organelli chiamati ribosomi i quali sono
costituiti dall'associazione di r-RNA piu proteine specifiche chiamate
proteine ribosomali.I ribosomi sono costituiti da due subunita chiamate
subunita maggiore e subunita minore e sono unite da ponti elettrostatici di
Mg .La strategia utilizzata per produrre in tempi brevi r-RNA in quantita
sufficiente a provvedere la cellula dei ribosomi necessari, consiste nel
disporre all'interno del genoma, di molte copie di geni ribosomali, i tratti
di DNA che codificano l'RNA dei ribosomi.Il tratto di DNA contenente i
geni ribosomali costituisce la struttura definita organizzatore nucleolare;
intorno a questi ultimi si costituiscono i nucleoli che sono le sedi della
sintesi dell'r-RNA e del montaggio delle subunita ribosomali.La subunita
ribosomale minore ha un tempo di maturazione di circa mezz'ora,mentre la
subunita maggiore richiede un tempo alquanto piu lungo.I ribosomi
acquisiscono la loro definitiva capacita funzionale solo immediatamente
dopo il loro trasferimento nel citoplasma.
IL TRASPORTO DEGLI RNA DAL NUCLEO AL CITOPLASMA:
Una volta fatta l'elaborazione post-trascrizionale dei diversi tipi di RNA
,avviene la loro identificazione da parte dei complessi dei pori nucleari, e
la loro fuoriuscita dal nucleo al citoplasma, essendo ora pronti per
partecipare alla traduzione.Questo trasporto avviene con spesa di energia
(ATP).
CODICE GENETICO:
E il complesso di regole che guidano l'uso dell'informazione genetica nel
montaggio delle catene polipeptidiche.
Segnale inizio lettura: AUG-------aminoacido=METIONINA.
Segnale fine lettura: UAA , UGA , UAG : non corrispondono ad alcun
aminoacido.In realta si legano con anticodoni complementari di t-RNA che
non portano alla loro coda alcun amminoacido.
Il codice genetico e universale.Esso e identico in tutti i tipi di organismi
finora studiati.
DEGENERAZIONE DEL CODICE GENETICO:
Riunendo a gruppi di 3 le 4 diverse basi esistenti si possono costruire
4 =64 triplette diverse,che rappresentano tutti i codoni teoricamente
possibili.Dai 64 codoni possibili ,61 di essi ,detti codoni di senso servono
ad identificare gli aminoacidi.I rimanenti 3,chiamati codoni senza senso
,sono i rispettivi 4 segnali di fine lettura (codoni stop,non corrispondono a
nessun aminoacido).Poiche gli aminoacidi naturali sono soltanto 20 e
devono quindi corrispondere a 61 triplette ,ci domandiamo come questo sia
possibile.La degenerazione del codice genetico e il fenomeno che consente
l'uso di 61 codoni diversi per identificare 20 aminoacidi attribuendo a
molti di essi piu di un codone.Questi codoni che corrispondono allo stesso
aminoacido si chiamano codoni sinonimi.
LA TRADUZIONE:
E la fase in cui ,i venti aminoacidi fondamentali vengono combinati tra loro
in catena lineare mediante la formazione del legame peptidico.
L'attivazione degli aminoacidi:
L'attivazione degli aminoacidi consiste nella combinazione di ciascuno di
essi con i t-RNA corrispondenti mediante un legame ad alto contenuto
energetico ,che porta alla formazione di un composto chiamato aminoacil-
t-RNA.Questa combinazione e catalizzata dall'enzima aminoacil-t-RNA
sintetasi che contiene 3 siti:uno per l'aminoacido, uno per il t-RNA e uno
per l'ATP.
Funzioni dei ribosomi:
Una volta entrato nel citoplasma,il filamento di m-RNA che porta
l'informazione genetica,andra ad unire le due subunita
ribosomali(maggiore e minore). Lungo il filamento dell'm-RNA si trova una
determinata tripletta di basi AUG chiamata codone iniziatore o
precursore che dara inizio alla traduzione (lettura).In questo punto di
inizio andra a finire il primo t-RNA portante nella sua testa l'anticodone
corrispondente(UAC).Questo t-RNA ,nella sua coda portera
necessariamente l'aminoacido metionina perche e l'unico aminoacido che
corrisponde al codone AUG.L'estremita di sinistra del t-RNA porta
l'enzima che catalizzera il legame peptidico tra la metionina e il successivo
aminoacido ,mentre l'estremita di destra del t-RNA porta un sito che si
attachera alla subunita minore del ribosoma(e si leghera).Quindi il primo
aminoacido di tutte le proteine formate in questo modo e sempre la
metionina.
Con questo meccanismo pian-piano arriverano i successivi t-RNA e
porterano con se i successivi aminoacidi.In un certo momento,che lungo
l'm-RNA si trovera un codone stop, la sintesi della proteina avra fine.Il t-
RNA corrispondente al codone stop non trasporta nessun aminoacido con
la sua coda.Successivamente grazie all'elevato peso molecolare della
proteina e alla debolezza dei legami H tra le basi azotate, la proteina
neosintetizzata si stacchera dai t-RNA e sara pronta a trasferirsi alla sua
destinazione(o nel citoplasma o nell'apparato di Golgi per la sua
rielaborazione).Avvenuta la sintesi proteica, l'm-RNA comincia a
degradarsi, mentre i t-RNA sono pronti a legare un altro aminoacido
(diventando aminoacil-t-RNA) e comminciare cosi una nuova traduzione.