BAB I

PENDAHULUAN
LATAR BELAKANG
Biokimia adalah disiplin ilmu yang meninjau organisme hidup serta proses kimia yang
terjadi di dalamnya. Jadi biokimia antara lain meliputi studi tentang susunan sel, sifat senyawa
serta reaksi kimia yang terjadi di dalam sel. Salah satu reaksi kimia dalam biokimia adalah reaksi
dari proses pembentukan protein dalam sel yang terjadi pada sitoplasma.

Protein mempunyai peranan penting dalam organisasi structural dan fungsional dari sel.
Protein structural menghasilkan beberapa komponen sel dan beberapa bagian di luar sel seperti
kutikula, serabut dan sebagainya. Protein fungsional misalnya enzim dan hormon mengawasi
hampir semua kegiatan metabolisme, biosintesa, pertumbuhan, pernapasan dan
perkembangbiakan dari sel. Namun demikian sebuah sel tidak mungkin membuat protein yang
dibutuhkan oleh individu bersel banyak. Berbagai protein dibuat oleh berbagai tipe sel.

Dalam sel, protein disintesis oleh DNA yang ada pada inti sel. Kode genetic pada DNA
mengalami transkripsi menjadi RNA yang kemudian RNA mengalami translasi. Dari proses
translasi inilah protein terbentuk. Tetapi masalahnya sekarang adalah bagaimana proses
transkripsi dan tramslasi itu? kemudian ada atau tidak perbedaan sintesis protein pada eukariot
dengan prokariot?

Dalam makalah ini akan dibahas pertanyaan-pertanyaan di atas. Dimulai dari penjelasan
tentang sintesis protein, bahan-bahan yang diperlukan oleh sel untuk melakukan proses sintesis,,
proses dari sintesis protein mulai dari transkripsi sampai translasi, dan perbedaan eukariot dan
prokariot.

1
 BAB II
PEMBAHASAN

A. MOLEKUL-MOLEKUL YANG DIGUNAKAN DALAM PROSES SINTESIS

PROTEIN
1. Asam Amino
Oleh karena protein adalah polimer dari asam amino, maka proses sintesa protein
membutuhkan asam-asam amino sebagai bahan mentah. Asam amino yang umum
dijumpai berjumlah 20 dan berkumpul di dalam sitoplasma membentuk suatu kumpulan
asam amino. Semua asam amino keciuali prolin memiliki gugus amina dan karboksil
yang bebas.

Asam amino 1 dengan lainnya berbeda pada gugus tambahannya. Selama sintesa
protein, asam-asam amino terangkai oleh peptide yang dihasilkan oleh hidrolisa dari
gugus amino dan karboksil.

2. DNA
Sepeti diketahui, molekul DNA mengandung keterangan genetic, oleh karena itu
sintesis protein dikontrol oleh molekul DNA

3. RNA
Ada 3 macam RNA non genetic yaitu, mRNA, tRNA, rRNA. Ketiga macam RNA
itu berperan aktif dalam sintesis protein. mRNA setelah, menerima informasi genetic
dari DNA segera meninggalkan nucleus untuk menempel pada ribososom. tRNA
mengikat asam amino dari kumpulan asam amino yang terdapat dalam sitoplasma dan
2
 membawanya ke mRNA yang telah siap di ribosom. rRNA meskipun belum jelas
fungsinya, namun ada cukup banyak tanda-tanda yang member petunjuk bahwa rRNA
memiliki fungsi umum pada sintesis protein

4. Ribosom dan Enzim

Ribosom adalah struktur makromolekular di dalam sel yang memimpin berbagai
interaksi yang ada hubungannya dengan sintesa protein. Oleh karena itu, ribosom
mengandung factor-faktor yang berfungsi sebagai enzim. Dalam menjalankan fungsinya,
ribosom-ribosom berderet membentuk kelompok yang dinamakan poliribosom atau
polisom, sedangkan banyaknya ribosom dalam suatu polisom berhubungan erat dengan
panjangnya protein yang akan dibuat. Misalnya untuk polipeptida dari haemoglobin
digunakan 5 ribososm (pentamer).

Fungsi serta aktivitas lainnya dari ribososm dan subunitnya adalah sebagai
berikut:
a. Bersatu dan memisahnya subunit ribosom
Dua subunit ribosom (subunit 30S dan 50S) mengadakan penukaran pada ujung-
ujung polisom. Subunit ribosom yang lepas akan berkumpul dan membentuk
kumpulan subunit ribosom bebas.

b. Fungsi subunit 30S

Berfungsi sebagai tempat melekatnya mRNA pada ribosom. mRNA melekat
dengan subunit 30S dengan menggunakan kodon yang pertama (AUG) dan
membentuk permulaan. Subunit 30S mengandung 3 faktor yang disebut IF1, IF2,
IF3, masing-masing mempunyai peranan penting selama permulaan sintesis protein.

c. Fungsi Subunit 50S

Pembentukan rantai polipeptida berlangsung di dalam subunit 50S. subunit 50S
diperkirakan mempunyai dua sisi untuk mengikat tRNA yang masuk, yaitu sisi A
(sisi amino asil tRNA) dan sisi P (sisi peptidil tRNA). tRNA yang membawa asam
amino masuk ke dalam subunit 50S dan melekat pada sisi A. setelah asam amino itu
dilepaskan di sisi P, maka tRNA pun keluar dari subunit 50S dari sisi yang

3
 berlawanan. Tetapi W.D. Stanfield 1969 memperkirakan adanya tiga sisi pada
ribosom, yaitu adanya tambahan sisi E (exit). Melalui tRNA melepaskan diri dari
polipeptida, mRNA, dan ribosom.

d. Terbentuknya poliribosom
Pada mkhluk tingkat tinggi biasanya pita tunggal mRNA melalui beberapa ribosom
dan merangkainya menjadi poliribosom.
Dalam setiap reaksi pasti dibutuhkan adanya katalisator. Katalisator adalah zat yang
mempercepat reaksi,tetapi tidak berubah karena reaksi tersebut. katalistor itu sendiri
ada 2 macam yaitu:
1. Katalisator protein: enzim
2. Katalisator non protein: H, OH, ion logam
Enzim adalah senyawa protein yang disintesiskan ke dalam sel secara biokimiawi.
Enzim merupakan biokatalis yaitu senyawa yang diproduksi oleh organisme. Dalam
mempelajari enzim kita sering menemukan istilah kofaktor, koenzim,holoenzim dan
apoenzim. Banyak enzim-enzim yang memerlukan bantuan dari komponen non
protein untuk aktivitas katalitiknya. Komponen ini yang disebut dengan kofaktor.
Kofaktor beberapa enzim adalah molekul anorganik seperti atom logam zink, besi
dan tembaga. Jika kofaktor itu merupakan molekul organic maka molekul itu secara
lebih spesifik disebut koenzim. Koenzim adalah molekul organic yang non protein
yang diperlukan untuk bekerjanya enzim. Contoh : vitamin.NAD, koenzim A
Holoenzim adalah enzim lengkap yang terdiri dari enzim dan koenzim. Apoenzim
adalah bagian protein dari holoenzim. Tanpa bantuan enzim maka reaksi-reaksi
biokimia akan berjalan lambat dan membutuhkan suhu dan tekanan yang ekstrem.
Enzim akan mempercepat jalannya reaksi kimia tanpa ikut hadir dalam produk akhir
reaksi tersebut. reaksi antara enzim dan substrat akan membentuk kompleks enzim
substrat yang selanjutnya akan berpisah menjadi enzim dan produk.

Perbedaan antara enzim dan koenzim ;

1. Enzim
Enzim merupakan suatu biokatalisator yang bersifat termolabil, bersifat spesifik
dalam melaksanakan fungsinya, dirusak oleh logam berat. Aktivitas enzim
diukur dengan kecepatan reaksi enzimatik. Letak enzim tertentu di dalam sel.
Hanya mengkatalis satu macam reaksi.

4
 2. Koenzim
Senyawa organic yang diperlukan untuk aktivitas suatu enzim tertentu bersifat
termostabil, berat molekul rendah. Banyak koenzim yang merupakan derivat
vitamin B. bisa dianggap sebagai substrat kedua.

Enzim yang digunakan pada sintesis protein adalah RNA polymerase. RNA
polymerase merupakan katalis dari proses transkripsi. Pada bakteri, sebuah RNA
polymerase menghasilkan precursor mRNA, rRNA, dan tRNA.

Enzim yang bekerja pada proses translasi adalah amino asil tRNA sintetase. Yaitu
enzim yang spesifik untuk menarik asam amino ke tRNA.

B. MEKANISME SINTESA PROTEIN

Sintesa protein melibatkan dua peristiwa penting, yaitu transkripsi (pemndahan
informasi genetic dari DNA ke RNA) dan translasi (pemindahan informasi genetic dari RNA
ke protein).

5
1. Transkripsi
Pada organisme yang inti selnya berdinding eukariot, DNA terdapat di dalam
kromosom artinya di dalam inti sel. DNA akan tetap berada dalam inti sel, sedangkan
protein di buat dalam sitoplasma. Oleh karena itu DNA tidak mungkin ikut berperan
secara langsung pada sintesa protein. Sebagai pengganti sebuah pita dari double helix
molekul DNA digunakan untuk mencetak pita tunggal mRNA, proses inilah yang
dinamakan dengan transkripsi. Enzim yang menjadi katalisator pada proses ini adalah
enzim RNA polymerase. Seperti halnya dengan DNA, sintesis RNA selalu terjadi
menurut arah 5’ ke 3’. Pita DNA yang mencetak mRNA biasanya disebut dengan pita
sens sedangkan DNA komplementernya yang tidak mencetak mRNA dinamakan pita
antisens.

mRNA yang telah selesai dicetak ( artinya selesai menerima informasi genetic
dari DNA) akan meninggalkan DNA, keluar dari int sel melalui pori-pori dari membrane
inti an menempelkan diri pada ribosom yang terdapat di dalam sitoplasma.

2. Translasi
Pada proses translasi dapat dibedakan beberapa peristiwa penting sebagai
berikut:
a. Menempelnya mRNA pada ribosom 30S dan pembentukan poliribosom.
Pada prokariot (makhluk yang memiliki inti tanpa dinding) ribosom-ribosom
tersebar didalam sitopasma. Tetapi pada eukariot (makhluk yang inti selnya
berdinding) ribosom-ribosom kerapkali berkumpul pada reticulum endoplasma.
Dalam sel bakteri E.coli ribosom mempunyai ukuran 70S ( unit Spedberg, ialah
ukuran berdasarkan perbandingan sedimentasi), yang terdiri dari dua bagian. Bagian
yang kecil disebut sub unit 30S, sedangkan yang besar disebut sub unit 50S. pada
eukariot, ribosom mempunyai ukuran lebih besar, yaitu 80S. namun ukran ini
bervariasai dari spesies ke spesies.

Sebelum proses sintesa protein berlangsung di dalam sel-sel prokariot, maka

ribosom 30S masih terpisah dari ribosom 50S. mula-mula mRNA yang keluar dari
nucleus itu menempel pada ribosom 30S dengan perantaraan factor IF1, IF2,IF3 dan
GTP (Guanosin Trifospat). Setelah mRNA menempel pada ribosom 30S maka
terbentuklah kompleks permulaan.

6
b. Pengikatan asam amino oleh tRNA
Sementara itu, tRNA akan mengikat asam amino yang terdapat dalam
sitoplasma. Tetapi sebelum asam amino diikat oleh tRNA, terlebih dahulu asam
amino diaktifkan dengan adenosine tripospat. (ATP) yaitu molekul yang kaya akan
energi dan sangat berguna untuk berbagai reaksi. Proses ini dipengaruhi enzim amino
asil sintetase dan dihasilkan aminoasil adenosine monopospat (AA-AMP) dan
pospat anorganik (P).

c. Permulaan dari sintesa protein

Permulaan dari sintesa protein ditandai dengan terbentuknya ribosom
terbentuknya ribosom 70S. di dalamnya mRNA selalu mempunyai kodon triplet
pertama (AUG) sebagai permulaan (yaitu pada ujung 5’). Kodon AUG adalah kode
untuk asam amino metionin. Oleh karena dalam sintesa protein itu rantai selalu
bertambah panjang dalam urutan dari gugus amino (NH 2) ke karboksil (COOH) maka
fungsi dari formilmetionin-tRNA ialah untuk menjamin bahwa sintesa protein
berlangsung ke arah itu.

d. Memanjangnya rantai polipeptida

Dengan terbentuknya ribosom 70S yang fungsional yaitu (70S-mRNA-Fmet
tRNA), maka memanjangnya rantai polipeptida dimungkinkan dengan terjadinya
penambahan asam amino dan menggesernya ribosom serta mRNA dengan hadirnya
molekul-molekul GTP. Pada tiap tahap tersedia aminoasil tRNA baru pada sisi A dari
ribosom. Jadi F/med tRNA harus bergerak dari sisi A ke sisi P (sisi peptidil), sebelum
amino asil tRNA yang kedua (AA 2-tRNA) dapat ment an dua proteingikatkan diri
pada triplet berikutnya. Aminoasil-tRNA mengikatkan diri dengan kodon dari sisi A
dengan hadirnya GTP dan dua protein yang disebut factor transfer. Pada tahap
berikutnya triplet kodon UUU mengikatkan diri dengan amino asil AA 2-tRNA pada
sisi P. enzim yang memperlancar berbagai proses ini disebut peptidil transferase. Jadi
selama memanjangnya rantai polipeptida, tiap tRNA yang bermuatan ( yaitu
aminoasil tRNA masuk ke sisi A bergerak ke sisi P kemudian ke sisi E dan akhirnya
tRNA dikeluarkan dari ribosom proses ini berlangsung sangat cepat.

7
 e. Penghentian Translasi
Tiga langkah pemanjangan diulang sampai kodon terminasi (stop) bergerak ke
tempat A pada ribosom. Karena di dalam sel secara normal tidak ada tRNA dengan
anti kodon yang dapat membentuk basa dengan kodon stop, yang berikatan dengan
ribosomadalah factor pelepasan release factor, menyebabkan peptidil transferase
melakukan hidrolisis terhadap ikatan antara rantai peptide dan tRNA.polipeptida yang
baru di sintesis dilepaskan dari ribosom, yang terurai menjadi subunit masing-masing,
membebaskan mRNA.

C. PERBEDAAN SINTESIS PROTEIN PADA SEL EUKARIOT DAN SEL

PROKARIOT
Perbedaan Eukariot Prokariot
Pengikatan mRNA ke Cap diujung-5’ mRNA berikatan Urutan shine-dalgarno hulu
subunit ribosom kecil dengan eIF dan subunit ribosom pada AUG yang mengalami
kecil 40S. dilakukan scan inisiasi berikatan dengan
terhadap mRNA untuk urutan komplementer pada
menemukan AUG yang pertama. rRNA 16S
Asam amino pertama Metionin Formil-metionin
Factor inisiasi eIF (12 atau lebih) IF (3)
Ribosom 80S 70S
(subunit 40S dan 60S) (subunit 30S dan 50S)

Pada eukariot, inisiasi translasi terdiri dari pembentukan kompleks yang terdiri dari
metionil-tRNA, mRNA, dan sebuah ribosom. Metionil tRNA mula-mula membentuk kompleks
dengan suatu factor inisiasi (eIF2) dan GTP. Kompleks ini kemudian mengikat sub unit ribosom
kecil (40S). cap pada ujung 5’ mRNA mengikat factor inisiasi (eIF4E) yang dikenal sebagai cap
binding protein. Kemudian beberapa eIF turut bergabung dan mRNA kemudian berikatan
dengan komplek 40S-met-tRNA. Dalam suatu reaksi yang memerlukan hidrolisis ATP, subunit
8
ribosom melakukan scan terhadap mRNA sampai kodon AUG pertama ditemukan. eIF lain
terikat, GTP mengalami hidrolisis, dan faktor inisiasi dibebaskan dan subunit ribosom besar 60S
terikat. Ribosom sekarang menjadi lengkap. Ribosom ini mengandung satu subunit kecil dan
satu subunit besar terdapat dua tempat berikatan untuk tRNA yang dikenal tempat P (peptidil)
dan aminoasil, pada ribosom. Selama inisiasi, met-tRNA berikatan dengan tempat peptidil.
Pada prokariot metionil tRNA yang sedang dalam proses inisiasi mengalami formilasi,
menghasilkan formil metionil tRNA yang ikut serta dalam pembentukan kompleks inisiasi. Pada
prokariot diperlukan hanya 3 IF untuk menghasilkan komplek ini, sedangkan eukariot
memerlukan lebih dari selusin eIF. Ribosom juga berbeda ukurannya, prokariot memilki ribosom
70S yang terdiri dari subunit 30S dan 50S sedangkan eukariot memilki ribosom 80S, yang terdiri
dari subunit 60S dan 80S. mRNA bakteri tidak memiliki cap. Identifikasi triplet AUG untuk
inisiasi pada prokariot terjadi sebagai konsekwensi pengikatan sebuah urutan yang dikenal
sebagai urutan Shine-dal Garno pada mRNA dengan urutan komplementer dekat ujung 3’ rRNA
16S pada subunit ribosom kecil.
Walaupun mekanisme dasar trankripsi dan translasi serupa untuk prokariot dan eukariot,
terdapat suatu perbedaan penting dalam aliran informasi genetic di dalam sel-sel tersebut. karena
prokariot tidak memiliki nucleus,DNAnya tidak tersegregasi dari ribosom dan perlengkapan
pensintesis protein lainnya. Trankripsi dan translasi dipasangkan, dengan ribosom menempel
pada ujung depan molekul mRNA sewaktu transkripsi masih terus berlangsung. Sebaliknya
dalam sel eukariotik, selubung nucleus memisahkan transkripsi dari translasi dalam ruang dan
waktu. Transkripsi terjadi dalam nucleus,dan mRNA dikirim ke sitoplasma tetapi sebelum
mRNA itu meninggalkan nucleus trankrip-transkrip RNA eukariotik dimodifikasi dengan
berbagai cara untuk menghasilkan mRNA akhir yang fungsional.