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Microbiologia do Solo

Introdução

Solo: maior reservatório de microrganismos do planeta


• direta ou indiretamente recebe todos os dejetos dos seres
vivos
• local de transformação da matéria orgânica em substâncias
nutritivas

• com grande abundância e diversidade de


microrganismos
• 1 hectare de solo pode conter até 4 tons de
microrganismos
Definição:
Em agricultura e geologia, solo é a
camada que recobre as rochas, sendo
constituído de proporções e tipos
variáveis de minerais de húmus

Perfil do solo
O solo como hábitat microbiano

Principais fatores que afetam a atividade:


- Umidade
- Status nutricional
Rizosfera
Região onde o solo e as raízes das plantas entram em contato

O efeito rizosférico
Constituintes do solo
• Minerais:
– sílica (SiO2), Fe, Al, Ca,Mg, K
– P, S, Mn, Na, N ...

• Matéria orgânica: origem vegetal, animal e microbiana


– insolúvel (húmus): melhora a estrutura, libera nutrientes
• efeito tampão, retenção de água
– solúvel: produtos da degradação de polímeros complexos:
• Açúcares, fenóis, aminoácidos
Constituintes do solo

• Água
– livre: poros do solo
– adsorvida: ligada aos colóides (argilas)

• Gases:
CO2, O2, N2 ...

– composição variável em função dos processos


biológicos
Constituintes do solo

• Sistemas biológicos:
– plantas
– animais
– Microrganismos: grande diversidade e abundância

Dependendo de:
nutrientes
umidade
aeração
temperatura
pH
interações
Presença de microrganismos nas várias profundidades do solo

Profundidade Umidade Mat. orgânica Bactérias Fungos


(cm) (%) (%) (x 106)/g (m/g)

aeróbias anaeróbias
0-8 18,2 4,4 24 2,7 280

8- 20 10,0 1,5 3,1 0,4 43

20-40 11,5 0,5 1,9 0,4 0

40-60 13,5 0,6 0,9 0,04 0

60-80 7,9 0,4 0,7 0,03 0

80-100 5,3 0,4 0,15 0,01 0

Fonte: Lindegreen & Jensen, 1973


A microbiota do solo
• Bactérias:
– grupo mais numeroso e mais diversificado
3 x 106 a 5 x 108 por g de solo seco
• limitações impostas pelas discrepâncias entre técnicas
• heterotróficos são mais facilmente detectados

Gêneros mais freqüentes:


• Bacillus, Clostridium, Arthrobacter, Pseudomonas, Nocardia,
Streptomyces, Micromonospora, Rizóbios
• Cianobactérias: pioneiras, fixação de N2

Streptomyces
A microbiota do solo

• Fungos:
– 5 x 103 - 9 x 105 por g de solo seco
– limitados à superfície do solo
– favorecidos em solos ácidos
– ativos decompositores de tecidos vegetais
– melhoram a estrutura física do solo

Gêneros mais freqüentes:


• Penicillium, Mucor, Rhizopus, Fusarium, Aspergillus,
Trichoderma
A microbiota do solo

• Algas
– 103 - 5 x 105 por g de solo seco
– abundantes na superfície
– acumulação de matéria orgânica

• Protozoários e vírus
- equilíbrio das populações
- predadores de bactérias
- parasitas de bactérias, fungos, plantas, ...
Microrganismos e os ciclos da matéria

• Terra: quantidade praticamente constante de matéria

Mudanças no estado químico produzindo uma grande diversidade


de compostos.

• Ciclo carbono
• Ciclo nitrogênio
• Ciclo do enxofre
• Ciclo do ferro
O ciclo do carbono

Principais reservatórios de carbono na Terra

Reservatório Carbono (gigatons) % total de carbono na Terra


Oceanos 38 x 103 (>95% C inorgânico) 0,05
Rochas e sedimentos 75 x 106 (>80% C inorgânico) > 99,5
Biosfera terrestre 2 x 103 0,003
Biosfera aquática 1-2 0,000002
Combustíveis fósseis 4,2 x 103 0,006
Hidratos de metano 104 0,014
Transformações bioquímicas do carbono
O mecanismo mais rápido de transferência global do carbono ocorre pelo CO2

• Fixação do CO2
• CO2 + 4H (CH2O) + H2O
– Plantas
– bactérias verdes e púrpuras fotossintetizantes
– algas
– cianobactérias
– bactérias quimiolitróficas
– algumas bactérias heterotróficas:
» CH3COCOOH + CO2 HOOCCH2COCOOH
ácido pirúvico ácido oxaloacético
Transformações bioquímicas do carbono

• Degradação de substâncias orgânicas complexas


• celulose (40-50% dos tecidos vegetais)
• hemiceluloses (10-30% dos tecidos vegetais)
• lignina (20-30%)

Celulose celobiose (n moléculas)


celulases

Celobiose 2 glicose
β-glicosidase

Glicose + 6CO2 6CO2 + 6H2O


Transformações bioquímicas do nitrogênio
O N é encontrado em vários estados de oxidação (-3 a +5)
O nitrogênio gasoso corresponde a forma mais estável, assim a atmosfera é o
maior reservatório (contrário do carbono)

- A alta energia para quebra de


N2 indica que o processo
demanda energia.
-Relativamente, um número
pequeno de microrganismos é
capaz disso

- Em diversos ambientes, a
produtividade é limitada pelo
suprimento de N.
- Importância ecológica e
econômica envolvida na
fixação
Transformações bioquímicas do nitrogênio
• Fixação do nitrogênio atmosférico
N2 NH3 aminoácidos

• Fixação simbiótica: 60-600 Kg/ha.ano


• 90% pelas leguminosas
• Economia em fertilizantes nitrogenados

• Associações simbióticas fixadoras:


– Anabaena - Azolla
– Frankia - Alnus
– Rizóbios - Leguminosas
Transformações bioquímicas do nitrogênio
Rizóbios - Leguminosas

• etapas da formação de um nódulo:


– reconhecimento: lectinas
– disseminação:
• citocininas células tetraplóides
– formação dos bacteróides nas células
– leghemoglobina
– maturidade: fixação do nitrogênio
– senescência do nódulo: deterioração
Associação simbiótica rizóbios-leguminosas
Associação simbiótica rizóbios-leguminosas
Redução de acetileno: medida da capacidade fixadora
Transformações bioquímicas do nitrogênio

• Proteólise:

Proteínas Peptídeos  Aminoácidos

• Amonificação (desaminação)

– CH3-CHNH2-COOH + ½O 2  CH3-CO-COOH + NH3


» alanina ác. pirúvico amônia

» A amônia é rapidamente reciclada, mas uma parte volatiliza


Transformações bioquímicas do nitrogênio

Nitrificação: - produção de nitrato


- Solos bem drenados e pH neutro
Embora seja rapidamente utilizado pelas plantas, também pode ser
lixiviado quando chove muito (muito solúvel).
Uso de inibidores da nitrificação na agricultura
- Etapas:

Nitritação: oxidação de amônia a nitrito


2NH3+ 3O2  2HNO2 + 2H2O
(Nitrosomonas, Nitrosovibrio, Nitrosococcus, Nitrosospira, Nitrosolobus)

Nitratação: oxidação de nitrito a nitrato


NO2- + ½O 2  NO3-
(Nitrobacter, Nitrospina, Nitrococcus, Nitrospira)
Transformações bioquímicas do nitrogênio

Utilização do nitrato:
• Redução assimilatória: plantas e microrganismos
– NO3- + 8e- + 9H+  NH3 + 3H2O

• Desnitrificação: ocorre em condições de anaerobiose


como aceptor de elétrons.

redução de nitratos a N2 (nitrogênio atmosférico)


– 2NO3  2NO2  2NO  N2O  N2
(Agrobacterium, Alcaligenes, Thiobacillus, Bacillus etc.)

- Como o N2 é menos facilmente utilizado que o nitrato como fonte de N, esse


processo é prejudicial pois remove o N fixado no ambiente.
-
Transformações bioquímicas do enxofre

As transformações do enxofre são ainda mais complexas que do nitrogênio:


-
Alguns componentes do ciclo:

• Oxidação do enxofre elementar:


– 2S + 2H2O + 3O2 2H2SO4

2H+ + SO4=
– ex. Thiobacillus thioxidans

• O S0 também pode ser reduzido pela respiração anaeróbia


Transformações bioquímicas do enxofre

• Degradação (oxid/red) de comp. orgânicos sulfurados:


– cisteína + H2O ácido pirúvico + NH3 + H2S

• Utilização dos sulfatos:


– plantas
– microrganismos
• S é incorporado a aminoácidos:
» cistina
» cisteína
» metionina
Transformações bioquímicas do enxofre

• Redução de sulfatos (por bactérias amplamente distribuídas na natureza)


– anaerobiose
• CaSO4 + 8H H2S + Ca(OH)2 + 2H2O
» Desulfovibrio
- Necessidade da presença de compostos orgânicos (doadores de e-)

• Oxidação de sulfato

– bactérias fototróficas
• CO2 + 2H2S (CH2O) + H2O + 2S
enzimas/luz
Transformações bioquímicas do ferro
Um dos elementos mais abundantes
Naturalmente encontrado em apenas dois estados de oxidação

O O2 é o único aceptor
de elétrons que pode
oxidar o ferro Fe2+, e
em pH neutro.
Comum em solos
alagados e pântanos
Em condições ácidas
ocorre o crescimento
de acidófilos oxidantes
do ferro.

Precipitação de depósitos
marrons de ferro
MS
MS

Resíduos
Máquina orgânicos
decompositora
Nitrogênio
MS
Carbono MS

Fósforo MS
Potássio
Cálcio
Magnésio
Ferro
Enxofre
Manganês Microrganismo
Cobre operário
outros

MS

Húmus
Decomposição de restos vegetais no solo: máquina decompositora
operada pelos microrganismos (Siqueira & Franco, 1988)
Microbiologia do Ar
MICROBIOLOGIA DO AR

 COMPOSIÇÃO DA ATMOSFERA
79% de nitrogênio,
21% de oxigênio,
0,032% de dióxido de carbono e outros
gases (neônio, argônio e hélio);

 PARTÍCULAS DE PÓ E ÁGUA (sob forma de


vapor líquido ou cristais de gelo)
MICROBIOLOGIA DO AR

População transitória e variável

O ar é um portador de poeira e gotículas que podem


ser carregadas de microrganismos

Os microrganismos introduzidos no ar podem ser


transportados por poucos centímetros ou muitos
quilômetros.

Alguns morrem em segundos outros sobrevivem por


semanas ou anos

Temperatura, umidade, luz solar, tamanho das


partículas
MICROBIOLOGIA DO AR

NATUREZA DOS MICRORGANISMOS :

Microrganismos que formam esporos ou cistos provavelmente


vivem no ar por um período longo.
MICROBIOLOGIA DO AR

Microrganismos do Ar Externo
(Atmosfera)

♦Superfície da Terra ( solo e água)


representa a principal
fonte dos microrganismos na atmosfera;

♦Gotículas d’água produzidas pela ruptura


de bolhas de ar na
microcamada

microcamada (camada superficial da água)


Microrganismos do Ar Externo (Atmosfera)

Instalações industriais, agrícolas e municipais


que produzem aerossóis microbianos:

1-Irrigação de lavouras com efluentes de esgoto,


mediante o uso de borrifadores

2-Operações de debulhamento

3- Filtros gotejadores de despejo de esgoto

4- Abatedouros de animais
MICROBIOLOGIA DO AR

MICRORGANISMOS DO AR

•Fungos predominantes: Cladosporium,


Alternaria, Penicillium, Aspergillus, Pullularia e
Agaricus; maior parte da microflora aérea;
• Bactérias: bacilos Gram-positivos esporulados
(Bacillus) e não-esporulados (Kurthia), bacilos
Gram-negativos (Alcaligenes) e cocos Gram-
positivos (Micrococus e Sarcina);
• Leveduras e actinomicetos têm sido detectados
em alguns locais, mas em baixa porcentagem.
MICROBIOLOGIA DO AR

Intensidade da contaminação microbiana é


influenciada por:

• mecanismos de dispersão a partir da


superfície da Terra,
• a hora do dia,
• a estação do ano,
• situações de ordem climática
Técnicas de análise microbiológica do ar

Aparelhos de impacto sólido


• os microrganismos são colhidos diretamente na
superfície sólida de um meio a base de agar ou de
membranas filtrantes;
• inclusão da amostra
• desenvolvimento de colônias de microrganismos.

• Técnica de sedimentação em placa


• Coletores do tipo crivo
• Técnica da membrana filtrante
• Amostrador automático de ar ( SAS)
APARELHOS DE IMPACTO SÓLIDO: Técnica de
sedimentação em placa
Aparelhos de impacto sólido – Técnica
de sedimentação em placa

• técnica muito utilizada, porém não se pode


avaliar o volume de ar que foi efetivamente
analisado;
• somente os microrganismos presentes no ar
que possuem certas dimensões poderão ser
retidos;
• obtém-se uma estimativa aproximada da
contaminação aérea e dos tipos de
microrganismos presentes numa determinada
área.
APARELHOS DE IMPACTO SÓLIDO:
Coletores do tipo crivo
APARELHOS DE IMPACTO SÓLIDO:
Técnica da membrana filtrante

• os aparelhos são semelhantes aos usados para analise


bacteriológica de água e apresentam a vantagem de reter
todo tipo de partículas;
• essa técnica permite medir o volume de ar amostrado e
não é indicada para amostras de ar muito contaminadas
APARELHOS DE IMPACTO SÓLIDO:
Amostrador automático de ar (SAS)

• ar é aspirado num amostrador, a uma velocidade e


tempo pré-fixados, através de um sistema móvel, que
contém em seu interior uma placa de Petri (com meio de
cultura especifico);
• a placa é retirada do aparelho e incubada;
•contagem e identificação dos microrganismos;
• sistema portátil;
• amplamente empregado no controle microbiológico da
qualidade do ar de ambientes hospitalares, industrias,
farmacêuticas e de cosméticos em geral, etc...
AMOSTRADOR DE ANDERSEN DE 6 ESTÁGIOS
APARELHOS DE IMPACTO LIQUIDO:

• a atmosfera de ar, sob a


forma de fino borrifo,
passa através de um caldo
nutritivo ou outro liquido,
onde os microrganismos são
→ saída retidos;
de ar
• alíquotas do líquidos são
↓ plaqueadas e cultivadas, a
fim de se determinar o
conteúdo microbiano;
●●●●●●● ⁄─ Pérolas de vidro
●●●●●●●
●●●●
Microbiologia da água
Introdução

• Os microrganismos podem:

• mudar a composição química da água


• fornecer nutrientes para outros organismos aquáticos
► CICLOS DA MATÉRIA

• representar um grande risco para a saúde humana e


animal
► PATÓGENOS
Ciclo hidrológico
Águas naturais

• Água atmosférica: nuvens, chuva, neve, geadas

• Água de superfície: lagos, riachos, rios, oceanos

• Água subterrânea: lençol freático, poros do solo

- habitat para muitos microrganismos


Introdução

• No meio aquático os nutrientes estão diluídos


- baixa diversidade de microrganismos

• Com a presença de matéria orgânica ocorre:


- aumento da atividade microbiana
- inúmeros exemplos

• Uma gota d’água parece simples mas é bastante complexa:


- diferentes substâncias químicas
- diferentes tipos de microrganismos
Tipo de microrganismo presente depende:
- condições físicas e químicas

• Temperatura
• superfície:
» varia de 0 ºC nos pólos a 40 ºC nos trópicos
• sob a superfície:
» 90 % do ambiente marinho estão a 5 ºC
– PSICRÓFILOS

• mas, nas fendas oceânicas:


– TERMÓFILOS
» Pyrodictium occultum (ótimo 105ºC, Itália)
O ambiente aquático

• Pressão hidrostática
– pressão no fundo de uma coluna d’água:
• 1 atm/10 m - no fundo dos oceanos é enorme:
– danos às células

– BAROFÍLICOS, encontrados a ≥ 2500 m de


profundidade (possuem vesículas de gás)
– em profundidades acima de 4000 m, ocorrem
os BAROFÍLICOS EXTREMOS
O ambiente aquático

• Luz
– a vida na água depende, direta ou
indiretamente, dos produtos da fotossíntese
• algas e cianobactérias são os principais
microrganismos fotossintetizantes encontrados
nos ambientes aquáticos
- estão limitados às regiões superficiais
O ambiente aquático

• Salinidade da água
– água doce: 0 %

– água do mar: 2,75 % de NaCl + outros sais = 3,3 - 3,7 %


► HALOFÍLICOS

– lagos salgados (ex.: Salt Lake, EUA): 32 %


► HALOFÍLICOS EXTREMOS
O ambiente aquático

• Turbidez
– material suspenso:
• partículas minerais: erosão das rochas, solo
• microrganismos suspensos
• matéria orgânica: tecidos vegetais e animais
- superfície de adesão dos microrganismos
- fonte de nutrientes

TURBIDEZ x LUZ
O ambiente aquático

• pH
– A maioria dos microrganismos aquáticos cresce
melhor próximo à neutralidade: 6,5 - 8,5
– pH dos oceanos: 7,5 - 8,5
– organismos marinhos: 7,2 - 7,6
– lagos e rios: variação ampla
• Archaea de lagos do sul da África: 11,5
• Archaea de geisers: 1,0
O ambiente aquático

• Nutrientes
• orgânicos e inorgânicos
– nitratos e fosfatos:
» algas eutrofização O2 crescimento
de outros organismos
• carga de nutrientes:
– águas próximas à praia: variável (esgotos)
– águas de mar aberto: estável e baixa
» baixo fitoplâncton (baixo N e Fe)
» baixa atividade heterotrófica
» atividade fotossintetizante: cianobactérias
• efluentes industriais: presença de antimicrobianos
» alguns microrganismos convertem tais substâncias
em formas menos nocivas: Pseudomonas spp.:
mercúrio metil mercúrio (volátil)
Microbiologia da Água Potável
• rios, riachos, lagos,
– sujeitos a freqüente poluição:
• esgoto doméstico
• agricultura
• dejetos industriais
– reutilização da água
• processo natural, parte do ciclo hidrológico
• mas, atualmente, há enormes pressões
–  crescimento populacional
–  uso industrial
–  irrigação
Microbiologia da Água Potável

– necessidade de uma reciclagem mais rápida


e eficiente da água

– necessidade de métodos de purificação


• Poluição
– água pode ser límpida, inodora e sem sabor e
mesmo assim ser não potável devido à
presença de contaminações

• Água potável: livre de microrganismos


patogênicos e de substâncias químicas nocivas
• contaminantes:
– químicos
– físicos
– biológicos
Poluentes Possível fonte Efeitos adversos

Físicos
Asbestos Resíduos industriais Câncer
Argila suspensa Precipitação Interfere com
tratamentos sanitários
Químicos
Metais pesados Indústrias Várias doenças
Sulfatos Algicidas e minas Diarréias
Nitratos Fertilizantes Metemoglobinemia
Sódio Amaciantes de água Retenção de fluidos
Doenças do coração
Pesticidas Agricultura Várias doenças
Clorofórmio Indústria Câncer

Biológicos
Bactérias Fezes e urina Febre tifóide
Shigeloses
Salmoneloses
Gastroenterites
Tularemia
Leptospirose
Vírus Fezes Hepatite
Poliomielite
Gastroenterites
Protozoários Fezes Disinteria amébica
Giardíase
Balantidíase
Microbiologia da Água Potável

• Purificação da água
– abastecimento residencial:
• áreas rurais: poços e fontes: filtração no solo
• cidades: estações de tratamento:
– sedimentação
– filtração
– cloração
Microrganismos patogênicos na água
• Bactérias
–Salmonella spp.
–Vibrio cholerae
» principais problemas associados à falta de cuidados
sanitários
–Shigella spp.
–Yersinia enterocolitica: gastroenterite aguda
–Escherichia coli: linhagens patogênicas: enterites
–Clostridium perfringens: enterite, gangrena gasosa
–Vibrio parahaemolyticus: gastroenterites
–Pseudomonas aeruginosa: infecções nos olhos, ouvidos
–Staphylococcus aureus: infecções cutâneas, garganta e
intoxicações alimentares
–Leptospira: hepatite, conjuntivite e insuficiência renal
Microrganismos patogênicos na água

• Fungos

• aquáticos: saprófitas, parasitas de peixes


• oriundos do solo: leveduras
– Candida albicans: infecções da pele, mucosas
• fungos dermatófitos
– Geotrichum
• Protozoários
– ciliados
• Giardia lamblia: esporos resistentes ao cloro
– amebas
• Entamoeba hystolytica (amebíase-doença intestinal)

• Vírus
– Hepatites A e B
– Gastroenterite infecciosa não bacteriana
– Poliomielite
O monitoramento de todos os microrganismos patogênicos
é difícil e anti-econômico: meios e metodologias diferentes,
dificuldade de analisar os resultados
Microrganismos indicadores de
qualidade da água

• o que é um microrganismo indicador?

• qual é o indicador ideal?


Escherichia coli e outros coliformes

• bacilos curtos, Gram -, fermentam a lactose com


produção de ácido e gás, dentro de 48 h a 35ºC
– lac+
• Escherichia coli: coliforme fecal
• Klebsiella pneumoniae: coliforme fecal
• Enterobacter aerogenes, Citrobacter, Klebsiella: (fezes,
vegetais e solo): coliforme ambiental

► a fermentação da lactose é a chave do teste

• Presença de coliformes totais não indica necessariamente


contaminação fecal ou ocorrência de enteropatógenos.
• Análise bacteriológica da água
Colônias típicas: azuis

Teste da membrana
filtrante

Colônias típicas: brilho metálico


Método substrato cromogênico/fluorogênico

Baseia-se na utilização de substratos análogos à lactose (glicopiranosídeos)


Específicos para Escherichia coli.
• Exemplos: ONPG (Orto Nitrofenil galactopiranosídeo)
MUG (Metil-Umbeliferone Galactopiranosídeo)

Ferramenta poderosa para identificação de Escherichia coli (teste confirmativo)


Classificação das águas interiores do território nacional

Classe Características microbiológicas DBO DO Utilização


colif. totais colif. fecais mg/L mg/L

1 <1 <1 ----- ------ Potável

2 ≤ 5.000 ≤ 1.000 ≤5 >5 Recreação


Irrigação (frutas,
hortaliças)
3 ≤ 20.000 ≤4.000 ≤ 10 >4 Pesca
Consumo animal

4 > 20.000 > 4.000 > 10 >0,5 Navegação


Indústria
Irrigação (grandes
culturas)

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