Replikasi DNA

Sekarang kita telah melihat bagaimana informasi generik yang dikodekan dalam
urutan nukleotida DNA diterjemahkan ke dalam struktur protein yang melakukan
sebagian besar fungsi sel, kita dapat menghargai pentingnya penyalinan tepat
urutan DNA selama replikasi DNA. Pasangan teratur basa dalam struktur DNA
heliks ganda disarankan untuk Watson dan Crick yang untai DNA baru disintesis
dengan menggunakan (orang tua) helai yang ada sebagai template dalam
pembentukan baru, putri untai komplementer dengan untaian orangtua.

Model template dasar pasangan teoritis bisa dilanjutkan baik oleh

konservatif atau mekanisme semikonservatif. Dalam suatu mekanisme konservatif,
kedua untai putri akan membentuk ganda baru beruntai (dupleks) molekul DNA
dan duplex orangtua akan tetap utuh. Dalam suatu mekanisme semikonservatif,
alur orangtua secara permanen terpisah dan masing-masing membentuk molekul
dupleks dengan dasar untai putri dipasangkan untuk itu. Bukti-bukti pasti bahwa
DNA dupleks direplikasi oleh mekanisme semikonservatif berasal dari percobaan
sekarang klasik yang dilakukan oleh M. Meselson dan WF Stahl.

Menyalin dari template untai DNA menjadi sebuah untai komplementer

dengan demikian merupakan fitur umum dari replikasi DNA dan transkripsi DNA
menjadi RNA. Dalam kedua kasus, informasi di dalam template adalah
diawetkan. Pada beberapa virus, molekul tunggal RNA berfungsi sebagai template
untuk sintesis RNA atau untai komplementer DNA. Namun, mayoritas luas RNA
dan DNA dalam sel disintesis mondar-mandir, yang sudah ada sebelumnya DNA
dupleks.

DNA polimerase membutuhkan primer untuk memulai replikasi

 Sejalan dengan RNA, DNA disintesis dari prekursor trifosfat
deoxynucleoside 5 '(dNTP).Juga seperti sintesis RNA, sintesis DNA selalu hasil
pada 5 '-> 3' arah karena hasil rantai pertumbuhan dari pembentukan ikatan
phosphoester antara 3' oksigen dari untai tumbuh dan fosfat alfa dari sebuah
dNTP. Seperti telah dibahas sebelumnya, sebuah polimerase RNA dapat
menemukan memulai situs transkripsi yang sesuai pada DNA dupleks dan
memulai sintesis dari RNA komplementer ke untai DNA template. Sebaliknya,
DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis de novo rantai, melainkan, mereka
memerlukan pendek, sudah ada RNA atau untai DNA, calle primer, untuk memulai
pertumbuhan rantai. Dengan basis primer dipasangkan ke untai template, sebuah
DNA polimerase menambahkan deoxynucleotides ke grup kebakaran hidroksil
pada ujung 3 'dari primer seperti yang diarahkan oleh urutan untai template.

Ketika RNA primer, untai putri yang terbentuk adalah RNA di ujung 5 'dan DNA
pada ujung 3'.

DNA dupleks dibatalkan, dan untaian anak dibentuk di cabang replikasi

DNA

Dalam rangka untuk DNA dupleks berfungsi sebagai template selama replikasi,
dua untai terjalin harus dibatalkan, atau meleleh, untuk membuat dasar yang
tersedia untuk basis pasangan dengan basis dari dNTP yang polimerase ke untai
yang baru disintesis putri. Ini pembalikan dari untai DNA orangtua adalah dengan
helicases spesifik, mulai dari segmen unik dalam molekul DNA yang disebut asal
replikasi, atau asal yang sebenarnya. Urutan nukleotida dari asal-usul dari
organisme yang berbeda sangat bervariasi, meskipun mereka biasanya berisi urutan
AT kaya. Setelah helicases telah melakukan pembatalan DNA orang tua di asal,
sebuah polimerase RNA khusus yang disebut bentuk primase primer RNA pendek
melengkapi untaian template dibatalkan. Primer tersebut, masih bergantung
dipasangkan untuk untai DNA komplementer, adalah kemudian memanjang oleh
polimerase DNA, sehingga membentuk untai putri baru.

Daerah DNA di mana semua protein datang bersama-sama untuk

melaksanakan sintesis untai putri disebut garpu replikasi, atau tumbuh garpu.
Sebagai hasil replikasi, garpu tumbuh dan protein yang terkait menjauh dari titik
asal. Seperti disebutkan sebelumnya, unwinding (tidak melepaskan) lokal DNA
dupleks menghasilkan tegangan torsional, yang lega oleh topoisomerase 1. Agar
DNA polimerase bergerak sepanjang dan salinan DNA dupleks, helikase berurutan
harus bersantai dupleks dan topoisomerase harus menghapus supercolls yang
membentuk.

Sebuah komplikasi utama dalam pengoperasian garpu replikasi DNA timbul

dari dua sifat: dua untai dari DNA duplex parental antiparalel, dan DNA
polimerase (seperti polimerase RNA) dapat menambahkan nucleotudes ke untai
baru tumbuh hanya dalam 5 '-> 3 'arah. Sintesis satu untai putri, disebut untai
terkemuka, dapat dilanjutkan terus menerus dari sebuah primer RNA tunggal
dalam 5 '-> 3' arah, arah yang sama dengan pergerakan garpu replikasi. Masalah
muncul dalam sintesis untai putri lain, yang disebut untai tertinggal.

Karena pertumbuhan untai tertinggal harus terjadi dalam 5 '-> 3' arah,
menyalin untai cetakan yang sebagian harus bagaimana terjadi dalam arah yang
berlawanan dari pergerakan garpu replikasi. Sebuah sel menyelesaikan prestasi ini
dengan mensintesiskan primer baru setiap beberapa ratus basa atau lebih pada untai
orangtua kedua, sebagai lebih dari untai terkena oleh unwinding. Masing-masing
primer, dasar dipasangkan untuk untai template mereka, yang memanjang di 5 '->
3' arah, membentuk segmen yang disebut fragmen Okazaki terputus setelah mereka
penemunya Reiji Okazaki. Primer RNA dari setiap fragmen Okazaki akan dihapus
dan diganti dengan pertumbuhan rantai DNA dari fragmen Okazaki tetangga;
akhirnya sebuah enzim yang disebut DNA ligase bergabung dengan fragmen yang
berdekatan.

DNA polimerase, helikase, Primase, dan protein lain berpartisipasi dalam

replikasi DNA
Pemahaman rinci protein eukariotik yang berpartisipasi dalam replikasi DNA telah
datang sebagian besar dari studi dengan DNA virus samll, terutama SV40 DNA,
genom melingkar sebuah virus kecil yang menginfeksi monyet. Gambar 4-34
menggambarkan beberapa protein yang mengkoordinasikan penyalinan DNA
SV40 pada garpu replikasi. Protein berkumpul di sebuah garpu replikasi lebih
lanjut menggambarkan konsep dari molekul mesin molekuler diperkenalkan dalam
bab 3. Multikomponen kompleks ini memungkinkan sel untuk melaksanakan
memerintahkan urutan peristiwa yang mencapai fungsi sel penting.

Dalam mesin molekul yang mereplikasi DNA SV40, sebuah heksamer

protein virus yang disebut besar T-antigen unwinds untaian orangtua pada garpu
replikasi. Semua protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA SV40 disediakan
oleh sel inang.Primer untuk memimpin dan lagging putri untai DNA disintesis oleh
kompleks Primase, yang mensintesis primer RNA pendek, dan DNA polimerase
alfa (alfa pol), yang memperpanjang primer RNA dengan deoxynucleotides,
membentuk primer RNA DNA campuran.

Primer tersebut diperpanjang menjadi DNA untai putri oleh Teta DNA
polimerase (Teta pol), yang kurang cenderung untuk membuat kesalahan saat
menyalin dari untai template daripada alfa pol. Teta Pol membentuk kompleks
dengan RFC (replikasi faktor C) dan PCNA (berkembang biak sel antigen nuklir),
yang menggantikan alfa Primase-pol sintesis primer kompleks berikut. Seperti
digambarkan dalam gambar 4-34b, PCNA merupakan protein hormotrimeric yang
memiliki lubang centarl melalui mana DNA dupleks putri berlalu, sehingga
mencegah kompleks Teta PCNA-RFC-Pol dari memisahkan dari template.

Setelah DNA orang tua adalah sepaarted menjadi beruntai tunggal template
pada garpu replikasi, itu pasti oleh banyak salinan dari RPA (replikasi protein A),
sebuah protein heterotrimeric. Mengikat RPA mempertahankan template dalam
konformasi optimal seragam untuk menyalin oleh DNA polimerase. Bound RPA
protein copot dari untai parental oleh alfa Pol dan Pol Teta saat mereka mensintesis
dasar untai komplementer dipasangkan dengan untaian orangtua.

Beberapa protein eukariotik yang berfungsi dalam replikasi DNA tidak

digambarkan dalam gambar 4-34. asosiasi topoisomerase A dengan DNA orang tua
menjelang helikase untuk menghilangkan stres torsi diperkenalkan oleh unwinding
dari untaian orangtua. Ribonuklease H dan FEN 1 menghapus ribonucleotides di
ujung 5 'fragmen Okazaki; ini digantikan oleh deoxynucleotides ditambahkan oleh
DNA polimerase Teta karena memperpanjang fragmen Okazaki hulu. Berturut-
turut Okazaki fragmen yang digabungkan dengan ligase DNA melalui 5 standar '->
3' obligasi phosphoester.

Replikasi DNA umumnya terjadi bidireksional dari asal masing-masing

Sebagaimana ditunjukkan dalam gambar 4-33 dan 4-34, kedua untai DNA
orang tua yang terkena oleh lokal unwinding pada garpu replikasi akan disalin ke
dalam untai putri. Secara teori, DNA replikasi dari asal tunggal bisa melibatkan
satu garpu replikasi yang bergerak dalam satu arah. Atau, dua garpu replikasi akan
berkumpul di asal tunggal dan kemudian bergerak dalam arah berlawanan,
mengarah ke pertumbuhan dua arah dari kedua untai putri. Beberapa jenis
percobaan, termasuk yang ditampilkan dalam gambar 4-35, memberikan bukti
awal untuk mendukung pertumbuhan untai dua arah.

Konsensus umum adalah bahwa semua sel prokariotik dan eukariotik

menggunakan mekanisme dua arah replikasi DNA. Dalam kasus SV40 DNA,
replikasi diawali dengan mengikat dua antigen T besar helicases hexameric ke asal
SV40 tunggal dan perakitan protein lain untuk membentuk dua garpu replikasi. Ini
kemudian pindah dari asal SV40 dalam arah yang berlawanan dengan terkemuka
dan sintesis lagging strand terjadi di garpu keduanya. Seperti yang ditunjukkan
pada gambar 4-36, garpu replikasi kiri meluas sintesis DNA dalam arah ke kiri,
sama, garpu replikasi sintesis DNA yang tepat meluas ke arah kanan.

Tidak seperti SV40 DNA, molekul DNA eukariotik kromosom mengandung

asal beberapa replikasi dipisahkan oleh puluhan hingga ratusan kilobases. Sebuah
protein subunit enam disebut ORC, untuk kompleks asal rekognition, mengikat
asal masing-masing dan yang terkait dengan protein lain yang diperlukan untuk
memuat selular protein MCM h helicases hexameric terdiri dari enam
homolog. Dua menentang MCM helicases memisahkan untai parental di sebuah
asal dengan protein RPA mengikat DNA beruntai tunggal yang dihasilkan. Sintesis
primer dan langkah-langkah subseqquent dalam replikasi DNA selular dianggap
analog dengan orang-orang dalam replikasi DNA SV40.

Replikasi DNA selular dan acara lainnya menyebabkan proliferasi sel yang
diatur secara ketat, sehingga angka-angka yang tepat dari sel-sel yang merupakan
jaringan masing-masing dihasilkan selama pembangunan dan sepanjang kehidupan
organisme.Seperti dalam transkripsi gen yang paling, pengendalian langkah
intitiation adalah mekanisme utama untuk mengatur replikasi DNA
selular. Aktivasi kegiatan helikase MCM, yang diperlukan untuk memulai replikasi
DNA selular, diatur dengan protein kinase spesifik disebut S kinase cyclin fase
dependen. kinase cyclin lain tergantung regul; makan tambahan aspek proliferasi
sel, termasuk proses kompleks mitosis di mana sebuah sel eukariotik terbagi
menjadi dua sel anak. Kami membahas mekanisme berbagai regulasi yang
menentukan tingkat pembelahan sel dalam bab 21.