pohádky

BIOCHEMICKÉ

MARTIN HASSMAN
BIOCHEMICKÉ POHÁDKY

OBSAH

O DNA a nukleasách ..................................................................................................... 3

O Popelase .................................................................................................................... 4
Poděkování ................................................................................................................... 5

Martin Hassman

www.met.cz/pohadky Page 2
BIOCHEMICKÉ POHÁDKY

O DNA a nukleasách Ach ty nukleasy, potvory jedny škaredý a huby

Za jednou buněčnou nevymáchaný! Aby se poznalo, o koho se jedná, vytrhl
stěnou a cytoplasmatickou jim Pán Bůh mikroorganismů několik zoubků z jejich
membránou, v jedné nenasytné tlamy, takže se poznají po šišlavém hlase.
gramnegativní bakterii žila, "Rožbal še trochu. Jen dvě aktivní míšta tam vštrčíme
byla, replikovala se jedna a hned žaše půjdeme."
Deoxyribonukleová "Ne, já vás nepustím, mne před vámi varovala DNA-
kyselina. Z žití, bytí polymerasa," ozvalo se z nedobytného klubka.
a replikování ji nejvíce "Ty, hele potvůrko," ozvala se z nukleas nejchytřeji
bavilo replikování. vypadající," DNA-polymeraša tomu nerožumí. Nevím, čo
To přišla RNA-polymerasa, proti nám má. Jen še podívej. Vypadáme šnad na to,
holka jedna ureplikovaná. Poklepala lehce na DNA, ta jí že bychom štěpily bílkoviny?"
nabídla své rámě a začaly replikovat. Všechno se zdálo DNA se nepatrně rozbalila, aby si je pořádně prohlédla
být v pořádku, až se holky najednou nějak nepohodly, a musela uznat, že vůbec nevypadají jako proteolytické
pohádaly, vjely si do vlasů, RNA-polymerasa si sebrala enzymy, o jejichž strašné síle tak často vypravovaly staré
fidlátka a odbrownovala si to replikovat někam jinam. bajky. DNA totiž vůbec nerozuměla biochemii. A to je
DNA bylo smutno. "Co si jen počnu," naříkala moudré ponaučení : Lepší než mnohé znát, je něčemu
rozreplikovaná, "kdo mne doreplikuje?" z toho rozumět. A jak si tak DNA nedávala pozor, vrhla se
Sotva na to pomyslela, jak už to v pohádkách bývá, kde na odkryté reakční místo nejchytřejší nukleasa a začala ji
se vzala, tu se vzala DNA-polymerasa a postavila se štěpit. Nukleotid za nukleotidem.
rychle do pozoru, až se jí rozcuchaly alfa-helixy. Rychle je "Au to bolí," naříkala DNA.
učísla svými beta-hřebeny, představila se a dala se "A bude to horší," radovaly se pilně pracující nukleasy.
do replikování. Vlastně doreplikování. A tak si holky spolu Aktivační energie se zoufale rozhlížela kolem a ptala se
replikovaly, replikovaly a replikovaly, rep... až...... sama sebe, jak se z obra může stát trpaslík. Kdo ví?
Konečně. "Hotovo!" prohlásila pyšně DNA-polymerasa. DNA si ještě včas vzpomněla, co jí poradila DNA-
"To bylo krásné," povzdechla si DNA, "cítím se teď tak polymerasa, porodní bába jedna starostlivá. Rafinovaně
nějak dvojnásob šťastná." přeskupila base a začala pomocí fluorescence vysílat
"Já jsem se tou prací musela opít, vidím tě totiž jaksi signály SOS v širokém spektru vlnových délek. Donesly
dvakrát," vzdychla DNA-polymerasa, "ale to se mi stává se až do zapomenutého kouta, kde pomalu ale jistě
po každé dobře vykonané práci." difundoval k lysosomu starý inhibitor v.v. Opřel se o svou
"Teď ale už musím jít." hůl, postavil se a vyrazil ke zdroji rychlostí 10-4 m/s.
"Počkej, to už se neuvidíme?" dvojhlasně zaznělo. Byl to lítý boj starého důchodce na polo už
"Vydrž do dalšího dělení, pak snad. ALE PAMATUJ! Dávej zdenaturovaného a tří mladých čilých nukleas. Ale
pozor na nukleasy. Potvory jedny darebný. Jsou ze všech allosterický efekt stál na správné straně zákona a brzo
nejhorší a vlezou všude. Ale znám starého inhibitora a ten z nukleas zbyla bezcenná klubka polypeptidů potupně se
je chytá." plazících po zemi a žadonících o zbytky spadnuvší
"A co s nima dělá, když je takhle chytá?" "A co s nima ostatním ze stolu. Aktivační energie si protáhla páteř
dělá, když je takhle chytá?" a podívala se na všechny řádně svrchu. S kufříkem
"On ví jak s nima zatočit. Měj se na pozoru," a zmizela lékařského náčiní přispěchal dr. Opravný Faktor a dal
DNA z očí. DNA do pořádku.
Buňka se rozdělila a DNA si žila a byla. Teď na to byl čas. A to je konec pohádky.
Ale přišlo, co přijít muselo. Začalo to šuškáním, Dětem bych měl dodat,
pokračovalo klepáním a skončilo málem katastrofou. že přišel švarný
Aktivační energie se zrovna procházela kolem s hlavou deoxyribonukleový
v oblacích. kyselináč, vzal si DNA
"Ne, já vás nepustím," křičela DNA zoufale stočená do co za kyselinu a měli spolu
nejmenšího klubíčka. spoustu malých
"Tak ši dej říct,"volaly tři nukleasy jedna přes druhou kyseliňátek. Ale my
a třetí na DNA. odrostlejší víme, že DNA je
obojetník.
BIOCHEMICKÉ POHÁDKY

O Popelase "Popelaso nemeškej, odštěp epsilon-aminoskupinu

Reagovalo či nereagovalo, z lysinu a uvidíš." Popelasa odštěpila a tu se lysin
v jedné eukaryotní buňce, kouzlem proměnil v modifikační činidlo a oblékl Popelasu
vlastníc celou mitochondrii, do zcela nové vyzáže. "Ale pamatuj, musíš odejít
si to katalyzovala bohatá do půlnoci." Popelasa nemeškala a spěchala
vdovasa se třemi do endoplasmatického retikula. Jen stěží mohla
dcerasami. Boženasa zahlédnout, jak se jedné holubase začaly protáčet
a Dorotasa byly její vlastní panenky střídavě doleva a doprava. "To zas na nás
dcerasy, ale ta třetí - někdo měří cirkulární dichroismus. Jako by s tím už
chudák - byla nevlastní. jednou nemohli dát pokoj lidi jedni achirální. Taky by se
Ani nevím, jak se správně jim nelíbilo, kdybych se v nich hrabala a začala je
systematicky jmenovala, ale nikdo ji nenazval jinak než zkoumat. Kámoš to zkusil a nadávali mu do prionů."
triviálním názvem Popelasa. To proto, že si to často Zatím vrátný pan Chaperon vpustil Popelasu
difundovala mezi anorganickými ionty a vířila je matrixem. do endoplasmatického retikula a urovnal jí rozcuchaný
Mezitím co Boženasa a Dorotasa si celé dny jen tak účes z alfa-helixů. Ples byl dávno v plném proudu,
difundovaly, flákaly se Brownovým pohybem a o substrát ale princ Kofaktor si dosud žádnou z krasavic nevybral
ani nezavadily, Popelasa se činila a jak jen trochu mohla, k reakčnímu tanci. Již dvakrát se téměř rozhodl, ale pak
tak si zakatalyzovala. Také se dobře učila. Zatímco její oddisocioval, neboť se mu nezamlouval tvar vazebného
sestry již po třetí opakovaly druhou třídu, Popelasa místa. Ale teď disocioval přímo k nové příchozí a pustil
patřila již mezi lyasy a vypadalo to, že brzy dosáhne met se s ní do reagování. To byl tanec. Produkty od těch dvou
nejvyšších a bude moci ke svému názvu připojit titul jen lítaly a princ se jentaktak stíhal regenerovat
dipl. enz. spřaženou reakcí. Tu se blížila půlnoc. Popelasa se
Macechasa jí záviděla a jak jen mohla, podstrkovala jí vysmekla a utíkala ven z endoplasmatického retikula.
nespecifický substrát a semtam i nějaký ten inhibitor. Vrátný pan Chaperon byl již ospalý, nedával dost pozor,
Jednou přišly Boženasa a Dorotasa z hlavní mitochondrie a tak Popelase odpadla jedna kovalentně modifikující
celé rozjařené. Slyšely, že v endoplasmatickém retikulu molekula z lysinového oříšku, když procházela
se pořádá ples, během kterého si mladý princ Kofaktor membránou. Princ Kofaktor ji sebral a zavolal stráže,
vybere svou životní družku. A hned žádaly matkasu, aby aby ten krásný enzym dohonily.
vyrazila na nákupy kovalentně modifikujících látek, Popelasa utíkala, ale spletla si cestu a zabloudila. Ocitla
ve kterých by se princi Kofaktoru líbily. Macechasa se se v zcela neznámém koutě cytoplasmy a nemohla ani
žertem ptala Popelasy, zda chce také něco přivést. za nic najít cestu ke své rodné mitochondrii. Potkala dva
Popelasa řekla: "Nic drahého mi matkaso nekupujte, zvláštní enzymy. Tlačily se okolo podivného zařízení
spokojím se s tím, co se vám cestou na Asp 127 a vypadaly značně nervózní. Byly to dvě vědasy -
přichytí." Matkasa pokynula doménou a vyrazila na trh nadprůměrně inteligentní enzymy s vysokým obsahem
do Golgiho aparátu. nestandardní aminokyseliny iquinu. Tlačily se okolo
Když se pak odpoledne vrátila a kovalentně své dcerasy přístroje zvaného makroskop. To je zařízení, kterým
modifikovala, všimla si, že jí na Asp 127 cosi silou 32 kJ/ mohou enzymy pozorovat a zkoumat nás lidi. Byly
mol visí. "A to se podívejme, té naší umouněné se přání do svého pozorování tak zabraní, že si sličné Popelasy
splnilo." A předala Popelase tři lysinové oříšky o úhrnné vůbec nevšímaly. Ale zato se sem hrnuly stráže a ty si
hmotnosti 390 Da. Tu jakoby z dálky ozvala se píseň: zase Popelasy všímaly až moc. Popelasa nevěděla, co
"Kdepak aktivní místo máš?" Všichni se rozhlíželi, ale má dělat. Za strážemi
zpěvák nebyl v dohledu, "vždyť inhibici málo znáš, málo, běželi totiž hosté z plesu a
zdá se mi..." mezi nimi její sestrasy.
Nešť, přišel večer a s ním odjezd na ples. Macechasa Popelasa nechtěla být
přišla k Popelase s mísou oxidačních a mísou redukčních poznána. Odštěpila tedy
činidel. "Aby tě nenapadlo jet náhodou za námi," řekla epsilon-aminoskupinu z
a obě mísy smíchala v jednolitou reakční směs, "až se druhého lysinového
vrátíme, vše bude ve svých správných oxidačních oříšku. Lysin se proměnil v
stavech, sic uvidíš." Popelase bylo smutno. Když tu modifikační činidlo a
odkudsi přilétly tři holubasy a daly se do reagování. udělal z Popelasy stařenu.
BIOCHEMICKÉ POHÁDKY

Stráže okolo ní proběhly, naděje se pilně připravovaly. Macechasa na ně vázala

ani si jí nevšimly.
Boženasa a Dorotasa si jí
všimly a ptaly se, zda
tudy neběžely dvě děti.
Popelasa dělala,
že špatně slyší a řekla,
že je asi půl třetí. Obě
sestry se zamračily
a oddisociovaly pryč.
Pro prince Kofaktora to byla katastrofa. Jediné, co mu
zbylo, byla jedna jediná kovalentně modifikující
molekula, kterou Popelasa ztratila v membráně.
Rozhodl se k zoufalému kroku. Prohlásil, že enzym,
kterému tato skupina padne, si vybere za svou životní
družku. (Je poněkud zavádějící, že slovo enzym je
mužského rodu, zatímco všechny enzymy jsou dle
názvů ženského pohlaví.) Putoval buňkou s ministrasou
a zkoušel. Enzymy se k němu jen hrnuly, ale žádnému
kovalentně modifikující molekula nepadla.
Už zbývalo navštívit poslední mitochondrii v buňce.
Zklamaně k ní princ Kofaktor difundoval, naděje ho již
opouštěla. Zato macechasa se svými dcerasami plné
různé reakční skupiny, aby se na ně kovalentně
modifikující molekula při zkoušce navázala. Popelasa
zůstávala o samotě. Když byl princ Kofaktor
za membránou co by vodíkem dohodil, macechasa
pro jistotu imobilizovala Popelasu k jednomu
membránovému enzymu, aby ji Kofaktor nenašel.
Obě dcerasy prošly zkouškou a jak se dalo čekat,
špatně. "Ale genomová matrika říká, že zde s vámi žije
ještě jeden enzym," zjišťoval enzym ministrasa.
Macechasa chtěla říci, že to není pravda, ale v tom se
objevila Popelasa svatebně kovalentně modifikovaná
a nad ní tři holubasy volaly: "Ta imobilizace byla vratná,
vratná, vratná..." Princ Kofaktor podal Popelase
kovalentně modifikující molekulu, která dosud žádnému
enzymu nepadla, a ta se rázem navázala, jako by
na Popelase byla odjakživa. Macechasa s dcerasami
padly na kolena a prosily Popelasu o odpuštění. Ta jim
odpustila a ještě je obdarovala.
A byla velká svatební reakce. A jestli nezhydrolyzovali,
tak tam katalyzují dodnes.
Inspirováno pohádkou Josefa Lady O Popelákovi

Poděkování
Obě pohádky vyšly v bulletinu České společnosti pro biochemii a molekulární mikrobiologii. Za podporu v jejich
publikování děkuji Prof. Milanu Kodíčkovi. Svým spolužákům a kolegům z VŠCHT Praha pak děkuji za zpětnou vazbu
a morální podporu během psaní.
V dokumentu jsou použity následující obrázky s Creative Commons licencí.
Jessep: http://www.flickr.com/photos/j242/2551700308
Daniel: http://www.flickr.com/photos/ydhsu/3723519851
BIanca Polak: http://www.flickr.com/photos/whitecatsg/3623732907
Vik Nanda: http://www.flickr.com/photos/viknanda/403371973
U. Salvagnin: http://www.flickr.com/photos/kaibara/4482548444
Chiarality: http://www.flickr.com/photos/chiaralily/5230775221
http://www.flickr.com/photos/chiaralily/4416376010
http://www.flickr.com/photos/chiaralily/4974131300

www.met.cz/pohadky Page 5