BAB I

PENDAHULUAN

Mikroorganisme terdapat dimana-mana disekitar kita; mereka menghuni tanah, air,

dan atmosfer pelanet kita. Adanya mikroorganisme diplanet lain diluar bumi kita telah
diselidiki, namun sejauh ini luar angkasa belum menampakan adanya mikroorganisme luar
bumi.

Studi tenteng mikrorganisme dilingkungan alamiahnya disebut juga ekologi mikrobe.

Ekologi merupakan bagian biologi yang berkenaan dengan studi mengenal hubungan
organisme atau kelompok organisme dengan lingkungannya. Penghuni suatu lingkungan
tertentu dipandang sebagai bagian suatu sistem ekologi atau ekosistem. Ekosistem yang
paling besar adalah pelanet bumi atau disebut juga biosfer. Suatu ekosistem mempunyai dua
komponen utama : (1) komunitas organisme yang terdapat didalamnya,dan (2) komponen tak
bernyawa (keadaan fisik dan kimiawi). Ekosistem merupakan sistem dinamis suatu kenyataan
yang menjadi jelas bila kita mengenali adanya populasi yang sedemikian besar dengan
keanekaragaman organisme yang juga besar. Diantara semua organisme yang terdapat daam
suatu ekosistem tertentu, mikroorganisme adalah yang terdapat paling banyak dan memiliki
kemampuan paling tinggi untuk menyebabkan terjadinya perubahan.

Adanya keprihatinan yang besar diantara masyarakat akan kualitas lingkungan telah
membantu dicurahkannya minat yang kian besar untuk mempelajari ekologi mikrobe. Sebagai
contoh, mikroorganisme memegang peranan yang menentukan dalam menguraikan sampah
yang bersasal dari manusia dan industri yang dibuang kedalam air atau tanah; mereka mampu
melaksanakan daur ulang terhadap banyak macam bahan. Kualitas dan produktifitas peraiaran
alamiah saling berkaitan, terutama dengan populasi mikrobanya. Udara yang bersih serta
bebas debu mengandung relatif sedikit mikroorganisme. Dengan demikian nyatalah bagi kita
bahwa penilaian terhadap kualitas suatu lingkungan mempunyai kaitan yang rumit dengan
flora mikroba yang ada.

Beberapa ciri ekosistem mikroba

Ekosistem mikroba berfungsi dalam berbagai macam lingkungan. Misalnya, suatu

ekosistem mungkin mencakup suatu kolam atau danau. Yang lain dapat berupa komunitas
mikroba tanah didaerah sistem perkaraan suatu tumbuhan. Walaupun demikian, ada beberapa
ciri yang dipunyai bersama oleh semua ekosistem.
Keanekaragaman spesies mikroba

Mikroorganisme dalam lingkungan alamiah jarang terdapat sebaga biakan

murni. Berbagai spesimen tanah atau air boleh jadi mengandung bermacam-macam
spesies cendawan, protozoa, algae, bakteri, dan virus. Karena itu konsep kultur murni
yang diterapkan terdahulu harus dinilai kembali didalam penelaahan ekosistem mikroba.
Teknik-teknik biakan murni diperlukan untuk dapat mengidentifikasi berbagai spesies
dalam suatu habitat tertentu. Namun, transformasi kimiawi yang diwujudkan oleh
kumpulan mikroorganisme ini tidak dapat ditentukan hanya dengan semata-mata
menghimpun sifat-sifat biokimiawi setiap spesies sebagaimana ditentukan dalam biakan
murni. Dalam hal ini, jumlah sifat tiap bagian tidak selalu sama dengan keseluruhannya.
Hal ini disebabkan karena beberapa macam interaksi dapat terjadi diantara spesies,
mengakibatkan diperolehnya suatu hasil akhir yang berbeda dari yang dihasilkan oleh
spesies masing-masing individu didalam biakan murni. Dipandang dari segi ekosistem
mikroba alamiah, biakan murni merupakan suatu keadaan artifisial (tidak asli)

Dinamika populasi

Setiap spesies mikroorganisme akan tumbuh dengan baik didalam lingkungannya

hanya selama kondisinya menguntungkan bagi pertumbuhannya dan untuk
mempertahankan dirinya. Begitu terjadi perubahan fisik atau kimiawi, seperti misalnya
habisnya nutrien atau terjadinya perubahan radikal dalam hal suhu atau pH, yang
membuat kondisi bagi pertumbuhan spesies lain lebih menguntungkan, maka organisme
yang telah teradaptasi dengan baik didalam keadaan lingkungan terdahulu terpaksa
menyerahkan tempatnya kepada organisme yang dapat beradaptasi dengan baik didalam
kondisi yang baik itu. Dengan demikian, faktor-faktor lingkungan memilimi pengaruh
selektif, artinya, memilih-populasi mikroba.

Adaptasi dan mutasi

Bertahan hidupnya suatu spesies dan kelangsungan pertumbuhannya didalam komunitas

biologis membutuhkan suatu kemampuan untuk menyesuaikan diri terhadap perubahan
keadaan lingkungan. Adaptasi fenotipik merupakan respon mikroorganisme terhadap
perubahan terbatas yang bersifat sementara. Misalnya, banyak spesies mikroorganisme
dapat tumbuh dalam selang suhu yang luas. Namun, aktifitas metaboliknya tidak selalu
sama ada suhu-suhu ekstrim didalam selang tersebut. Kemampuan adaptasi ini terletak
didalam batas-batas genotip mikroorganisme yang bersangkutan. Disamping itu ada
kesempatan untuk terjadinya perubahan didalam genotip. Perubahan genotipik
mengakibatkan mutasi. Mutan yang dihasilkan merupakan organisme yang telah
berubah secara permanen. Apabila muatan tersebut mampu hidup dengan baik didalam
lingkungan, naka akan berkembangbiak, bila tidak akan musnah.

Hubungan antar mikroba dalam ekosistem

Mikroorganisme yang menghuni suatu ekosistem mempertunjukan bemacam-macam

tipe asosiasi dan interaksi diantara spesies. Beberapa diantaranya bersifat netral (artinya
spesies yang bersangkutan tidak terpengaruh); beberapa bersifat menguntungkan atau positif
bagi satu anggota atau lebih; yang kain bersifat merugikan atau negatif bagi satu anggota atau
lebih. Dengan dijabarkannya setiap tipe asosiasi atau interaksi yang berlainan, maka
diberikanlah suatu etiket deskriftif khusus. Sebagaimana dapat diduga, banyak dari antara
asosiasi ini tidak dapat dengan mudah dimasukan kedalam kategori yang pasti. Istilah umum
simbiosis digunakan untuk menamakan hubungan yang ada bila dua atau lebih organisme
hidup bersama. Tipe-tipe simbiosis dapat digambarkan sebagai berikut:

 Netralisme : anggota-anggota asosiasi tidak terpengaruh meskipun tumbuh didalam

lingkungan yang sama.
 Mutualisme: kedua anggota asosiasi memperoleh keuntungan
 Komensalisme : salah satu anggota asosiasi menerima keuntungan yaitu: dapat tumbuh
lebih cepat, dapat mencapai populasi total yang besar: dan pada umumnya tumbuh “lebih
baik”. Anggota yang lain tidak terpengaruh.
 Antagonisme, kompetisi atau parasitisme : salah satu anggota asosiasi dihambat atau
dimusnahkan: sedangkan anggota yang lain mendapat keuntungan.
BAB II
PEMBAHASAN

 Mikrobiologi Tanah

Baik secara langsung maupun tidak langsung, bahan buangan dari manusia dan hewan,
jasad mereka, serta jaringan tumbuh-tumbuhan, dibuang atau dikubur dalam tanah.
Setelah beberapa lama, bahan-bahan tersebut berubah menjadi beberapa komponen
organik dan beberapa komponen anorganik tanah. Perubahan-perubahan ini dilakukan
oleh mikroorganisme yaitu perubahan bahan organik menjadi substansi yang
menyediakan nutrien bagi dunia tumbuhan. Tanpa aktivitas mikroba maka segala
kehidupan dibumi ini lambat laun akan terhambat.

Keadaan lingkungan tanah

Untuk tujuan kita, tanah dapat dipandang sebagai permukaan lahan diatas bumi yang
menyediakan substrat bagi kehidupan tumbuh-tumbuhan dan hewan. Ciri-ciri
lingkungan tanah bervariasi menurut letak dan iklimnya. Tanah juga memiliki
kedalaman, sifat-sifat fisik, komposisi kimiawi dan asal yang berbeda. Ada lima
katagori utama unsur tanah, yaitu: partikel mineral, bahan organik, air, gas, dan jasad
hidup.

Flora mikroba tanah

Hanya ada beberapa lingkungan dibumi ini yang mengandung sedemikian banyak
macam ragam mikroorganisme seperti yang terkandung dalam tanah subur. Bakteri,
cendawan, alga, protozoa dan virus secara bersama membentuk kumpulsn
mikroorganismeyang dapat mencapai jumlah total sampai berlilyar-milyar organisme
per gram tanah. Keanekaragaman yang luas flora mikroba tersebut merupakan masalah
disetiap usaha untuk menghitung populasi total mikroorganisme yang hidup dalam
suatu contoh tanah. Metode-metode biakan dilaboratorium hanya akan menampakan
tipe-tipe fisiologis dan nutrisional yang dapat tumbuh didalam lingkungan yang
disedikan di laboratorium. Misalnya, bila suatu contoh tanah diinokulasikan pada agar
nutrien dan diinkubasikan pada suhu 350 C, maka beberapa tipe bakteri yang tudsak akan
tumbuh ialah termofit obligat, disamping psikrofil, anaerob dan autotrof. Protozoa tidak
akan tumbuh, dan hanya beberapa alga dan cendawan akan tumbuh. Hal ini berarti
bahwa bila suatu contoh tanah dibiakan dilaboratorium, maka suatu prosedur pembiakan
 tertentu hanya akan memungkinkan tumbuhnya sebagaian kecil saja dari populasi total
mikroorganisme. Hitungan mikroskopik langsung secara teoritis harus memungkinkan

terhitungnya semua mikroorganisme kecuali virus, tetapi teknik ini juga mempunyai
keterbatasan, terutama didalam membedakan mikroorganisme hidup dari yang mati.

Kegiatan biokimiawi mikroorganisme didalam tanah

Peranan terpenting mikroorganisme ialah fungsinya yang membawa perubahan kimiawi pada
substansi-substansi didalam tanah, terutama perubahan persenyawaan organik yang
mengandung karbon, nitrogen, sulfur, dan fosfor menjadi persenyawaan anorganik. Proses ini
disebut mineralisasi. Didalamnya terlibat sejumlah besar perubahan kimiawi serta berperanan
bermacam-macam spesies mikroba. Serangkaian peristiwanya dapat digambarkan sebagai
suatu proses siklik yang dapat diawali misalnya dengan suatu unsur seperti nitrogen, yang
mengalami sederetan perubahan dari persenyawaan anorganik menjadi organik. Kemudian
nitrogen itu dibebaskan dari protein, dan proses tersebut berulang kembali. Salah satu proses
siklik semacam itu yang dipahami paling baik ialah yang menggambarkan transformasi
nitrogen beserta persenyawaannya.

Daur nitrogen. Nitrat merupakan bentuk nitrogen yang dapat diambil oleh tanaman. Melalui
serangkaian reaksi mikrobial, persenyawaan nitrogen organik, juga nitrogen gas dari atmosfer,
diubah menjadi nitrat. Rangkaian perubahan ini, dari nitrogen bebas diamosfer menjadi
persenyawaan organik yang sederhana dan yang kompleks didalam jaringan tumbuhan,
hewan, dan mikroorganisme, serta penglepasan nitrogen pada akhirnya kembali menjadi
nitrogen atmosfer.

Fiksasi (penambatan) nitrogen. Proses ini merupakan sdalah satu dari banyak proses
biokimiawi didalam tanah yang memainkan salah satu peranan paling penting, yaitu
mengubah nitrogen atmosfer ( N 2, atau nitrogen bebas) menjadi jitrogen dalam persenyawaan
(nitrogen tertambat).

Dua kelompok mikroorganisme terlibat dalam proses ini: (1) mikroorganisme nonsimbiotik,
yaitu yang hidup bebas dan mandiri didalam tanah ; dan (2) mikroorganisme simbiotik, yaitu
yang hidup dalam akar tanaman kacang-kacangan.

Fiksasi nitrogen nonsimbiotik telah dipelajari secara ekstensif pada Clostridium pasteurianum
dan spesies-spesies Azotobacter. Selama bertahun-tahun hanya kedua jenis mikroba itulah
yang diketahui mampu menambat nitrogen secara nonsimbiotik. Fiksasi nitrogen simbiotik
dilakukan oleh bakteri Rhizobium yang bersimbiosis dengan tanaman kacang-kacangan.
Sebelum bakteri ini dapat menambat nitrogen, mereka harus mapan dulu di dalam sel-sel
jaringan akar tanaman inangnya. Infeksi sistem perakaran berkaitan erat dengan pembentukan
“benang infeksi” pada rambut-rambut akar tertentu oleh bakteri tersebut. Bakteri penambat

nitrogen itu masuk kedalam sel-sel tanaman inang melalui benang infeksi ini. Beberapa
sel tanaman itu menjadi terinfeksi diikuti dengan pembesaran sel serta menibgkatnya
laju pembelahan sel; ini akan menghasilkan pembentukan nodul (bintil) pada sistem
perakaran. Tanaman kacang-kacangan, bakteri, dan bintil akar tersebut membentuk
suatu sistem penambatan nitrogen simbiotik. Pada proses ini baik bakteri maupun
tanaman mendapatkan keuntungan dari hubungan tersebut. Bakteri menjadikan nitogen
tersedia untuk tanaman, dan sebagai imbalannya bakteri memperoleh zat nutrien yang
dibutuhkan dari jaringan tanaman.

Siapan bakteri nitrogen simbiotik sudah dapat diperoleh secara komersial. Para petani
menggunakannya untuk menginokulasi biji kacang-kacangan sebelum ditanam. Tetapi,
antara bakteri dan tanaman kacang-kacangan terdapat derajat spesifisitas tertentu; tidak
semua spesies Rhizobium menghasilkan nodulasi dan penambatan nitrogen dengan
sembarang tanaman kacang-kacangan.