Microbio cours 1

Définition
1. Stricte : science qui étudie les organismes microscopiques..

2. Large : science qui se définit par les techniques qu’elle emploie.

Domaines
1. Bactériologie

2. Mycologie

3. Phycologie (algues)

4. Protozoologie [premiers animaux] (eucaryotes unicellulaires

hétérotrophes).

5. Virologie

Composants principaux cellule (macromolécules)

1. Protéines

2. Acides nucléiques

3. Lipides

4. Polysaccharides

Caractéristiques des systèmes vivants

1. Métabolisme : prélèvent les nutriments dans l’environnement et les
transforment, conservant une partie de l’énergie présente dans ces
substances sous une forme assimilable (genre ATP) puis les déchets
sont éliminés.

2. Reproduction : capacité de diriger une suite d’événements

biochimiques permettant la croissance et la division, permettant de
former deux cellules.

3. Différenciation : formation d’organes ou autres structures ou autres

substances spécialisées (exemple des spores).

4. Communication : répondre à des signaux de l’environnement (signaux

chimiques). Exemple de quorum sensing : permet d’évaluer le nombre
d’organismes adjacents par petites molécules solubles (diffusibles).

5. Mouvement : propulsion autonome par flagelle

1
 6. Évolution : capacité de changer leurs caractéristiques et les
transmettre à leur descendances (hérédité).

Les cellules en tant que machinerie cellulaire ou

dispositif de codage
• Machines : effectuent les transformations cellulaires.

• Dispositifs de codage : analogues des ordinateurs.

Elles sont des dispositifs de codage en même temps d’être des machines.
Pour la survie, une grande coordination entre ces deux fonctions est
nécessaire.

Toutes les cellules CONNUES sont basées sur le même système. La possibilité
d’un ancêtre commun est donc valable.

La cellule possède la fonction de machine pour permettre la transmission de

l’information. L’information sans moyen de la transmettre ne sert à rien et
l’inverse est aussi vrai.

Classification des organismes vivants

Vue ancienne
A- Linné (18e siècle) :

• Plantes : immobiles/ photosynthétiques

• Animaux : mobiles /non photosynthétiques

Problèmes de la classification de Linné :

1. Algues et champignons : Non photosynthétiques donc sont classés

comme plantes par les botanistes et comme animaux par les zoologies
(bande de profiteurs).

2. Euglène : mobiles et photosynthétiques, plantes par les botanistes et

animaux par les zoologistes.

3. Bactéries : paroi rigide (non mobiles on supposait =) : plantes

B- Maeckel (19e siècle) : classification basée sur l’organisation cellulaire :

1. Unicellulaire

2. Pluricellulaire

3. Tissus spécialisés (oui ou non)

2
 4. Donne les plantes, les animaux et nouvellement, les protistes : algues,
champignons, bactéries...

Vue moderne
C- Whittaker (1969) : Classification basée sur :

1. Type cellulaire

2. Organisation

3. Nutrition

Donne les règnes :

1. Monères : Bactéries [procaryotes]

2. Protistes : Algues, Protozoaires

3. Mycètes : Champignons, levures

4. Plantes

5. Animaux

 Virus : Non vivants mais considérés comme micro-organismes.

 Règne des mon`res devrait être séparé en deux

 En général, protistes sont unicellulaires et les mycètes sont

pluricellulaires. C’est la principale différence entre les deux.

 Les mycètes sont absolument hétérotrophes.

D- Woese (1981) : basée sur caractères moléculaires

• Tous les organismes descendent du progénote, l’ancêtre commun.

1. Bacteria

2. Archaea : (biodiv 1)

3. Eukarya

• Mitochindries et chloroplastes proviennent de bactéries aérobiques et

photosynthétiques (respectivement).

• Atchaea est le plus proche d’Eukarya que bacteria

 Organismes qui se développent dans des conditions particulières

 C’est un état (proximité ) qui n’est pas évident d’un point de vue
anatomique.

3
 • Le séquençage du gène de l’ARN ribosomique 16s a permi de définir
les 3 domaines de la vie.

Description comparative
Trait Bacteria Archaea Eukarya

Dimension 1-10 um 1- 10 um

Organelles Pili Pas de pili Beaucoup

d’organelles

ADN Pas d’introns Introns Chromosomes

1 chromosome 1 chromosome Histones

Plasmides Plasmides

Aperçu historique
• Leeuwenhoek (1632 à 1723) : père de la microscopie, premier à
décrire des micro-organismes (spermatozoïdes)

• Pasteur (1822-1895) : Réfute la théorie de la génération spontanée

• Pasteurisation

• Fermentation : aérobie/anaérobie

Génération spontanée
Spallanzani (1729-1799) : expérience de Spallanzani

4
Pasteur : réfute la théorie de la génération spontanée et démontre que c’est
l’air qui transporte les germes.

• Utilise des ballons à col de cygne

• Si la poussière accumulée entrait avec le bouillon nutritif, la

croissance microbienne est très rapide
5
Robert Koch(1843-1910)
• Méthode de culture pure

• Isolation par striation (mène éventuellement à l’agar)

• Démontre que les micro-organismes peuvent causer des maladies

• Injecte des bactéries issues de cultures pures chez des animaux

• Postulat de Koch

Hans Christian Gram (1884)

• Coloration de Gram : Permet d’augmenter le contraste mais surtout de
différencier les deux grands types de bactéries

6
Joseph Lister(ine) (1827-1912)
• Les méthodes antiseptiques : laver les mains, stériliser outils à la
chaleur ou aux phénols.

Alexander Fleming (1881-1955)

• Découverte accidentelle de la pénicilline, il travaillait sur
Staphylocoque, son voisin a contaminé son espace de travail avec le
champignon Penicilium notatum.

Caractéristiques des bactéries

• Font partie du règne des monères selon Whittaker (1969)

• S’adaptent très facilement : le rapport volume/surface est relativement

petit, il y a donc un bon taux d’échange à travers la membrane.
Permet une division très rapide et une bonne chance d’accumuler des
mutations et permettre une adaptation marquée.

• La paroi bactérie maintient l’osmolarité

• Ils dominent la biosphère par leur activité métabolique

 Environ 50% du carbone organique se trouve dans les bactéries

 90% de l’azote organique se trouve dans les bactéries

• Décomposent et recyclent les éléments chimiques

• Eucaryotes ne sont pas essentiels aux procaryotes.

Morphologie bactérienne
La morphologie bactérienne peut servir de critère de reconnaissance.

1. Cocci :

 Diplocoque

 Longue chaîne : streptocoque

 Grappe de raisin : staphylocoque

 Tétrades : micrococcus

7
  Cube : sarcina

2. Bacilles : forme de bâtonnets.

3. Autres formes : Hélices/spirale, filamenteuse, bourgeonnante et

appendiculée...

Composition des bactéries

Le nucléoïde est équivalent au chromosome.

Membrane plasmique
• Structure fine qui entoure la cellule

• Chez Bacteria

 Hopanoïdes : molécule très abondante et importante. Remplacent

les stérols. Ce sont des homologues. Ils influencent la rigidité de la
membrane plasmique.

 Il y a beaucoup plus de protéines membranaires pour combler le

manque d’organelles.

 Il y a une différence de transporteurs dans la membrane

 Il y a une controverse sur la présence de glycolipides.

 Chimiotactisme : Orientation spatiale grâce à des récepteurs

membranaires.

Systèmes membranaires internes

Permet une augmentation de la surface

• Cyanobactéries

• Bactéries pourpres

• Bactéries nitritiantes

8
Inclusions cytoplasmiques
Granules de matière organique ou inorganique.

Ce sont des éléments nutritifs en excès

Organiques :

• Glycogène : Carbone et énergie

• Polyhydroxybutyrate (PHB) : Carbone et lipides

• Vacuole gazeuses : Flottaison pour permettre d’obtenir des nutriments

au fond de l’eau ou de la lumière plus en surface.

Inorganiques :

Phosphate : granules de volutine ou de polyphosphate

Soufre : H2S, donneur d’électrons pour les bactéries pourpres.

Fer : Permet une orientation magnétique (on parle de magnétite) par

magnétosome.

Nucléoïde (corps nucléaire)

• Dense et irrégulier : Contient 60% d’ADN, 30% d’ARN, 10% de
protéines

• 1 chromosome qui code environ 3000 gènes

• Plasmides

 Petits ADN extra-chromosomiques

 Facultatifs au cycle de vie normal

 Porte des gènes particuliers

 20 à 30 gènes maximum

 Possibilité d’en avoir plusieurs

• Repliement dans le nucléoïde : environ 500 fois, ordonné, replié

comme un élastique tourné.

9
Ribosomes
• Sites de synthèse

 Protéines

intracellulaires : Cytoplasme

 Protéines extracellulaires : Membrane plasmique, utilisent

un peptide signal. Il y a aussi un système d’exoenzymes
pour dégrader les molécules trop grosses pour entrer la
membrane.

• 10000 ribosomes ou plus par cellule

• Sous-unités 30s et 50s pour un total de 70s. Le ribosome bactérien est

plus petit que celui des eucaryotes.

• La transcription et la traduction se font simultanément.

• Possèdent une structure très conservée par l’évolution. Permet de

comprendre des liens évolutifs (genre la phylogénie par ARNr 16s)

Paroi bactérienne
• Rigide. Situé à l’extérieur de la membrane plasmique qui elle est molle.

• Protège contre le milieu hypotonique en appliquant une pression et en

limitant le volume maximal.

• Ne protège pas contre le milieu hypertonique puisqu’il n’empêche pas

l’eau de quitter le cytoplasme. On utilise ce principe dans la
conservation par le sel ou le sucre.

10
Composition peptidoglycane :Unique aux bactéries (bonne cible pour les
médicaments).

Le peptidoglycane est composé d’un dimère de

• N-Acétylglucosamine (G)

• Acide N-acétylmuramique (M) : Lié à un tétrapeptide de

 L-alanine

 Acide mésodiaminopimélique (analogue lysine)

 Acide D-Glutamique

 D-alanine

Il est important de réaliser que les peptides sont D. Normalement c’est le

type L qui se retrouve dans les organismes vivants. Ils sont très rares. Cela
fait en sorte qu’il n’y a pas de peptidases pour les dégrader et sont donc
stables.

Pontage du peptidoglycane
• Lien au niveau d’e l’alanine qui termine (D-alanine)

• Les Gram négative ont un pontage direct.

• Les Gram positive ont des ponts de pentaglycine (5 glycines)

11
Paroi des Gram+

Caractéristiques importantes

• Couche importante de peptidoglycanes

• Présence d’acides téichoïque et lipotéichoïques (liés aux

phospholipides)

• L'acide téichoïque est un acide qui permet au peptidoglycane de

s'attacher à la membrane des bactéries. Il est présent sur les Gram +
mais pas sur les Gram -, ce qui explique le fait que les bactéries à
Gram - possèdent beaucoup moins de peptidoglycane

• Espace périplasmique (périplasme) peu abondant

12
Paroi des Gram-

Caractéristiques importantes

• Peu de peptidoglycanes

• Absence d’acide teichoïque et lipotéichoïques

• Espace périplasmique (périplasme) important

• Chez les GRAM-, le périplasme désigne l'espace situé entre la

membrane cytoplasmique (ou membrane interne) et la membrane
externe, il contient le peptidoglycane (ou muréine).

• Membrane externe composée de lipopolysaccharides (feuillet externe)

et phospholipides (feuillet interne) (bicouche lipidique)

• Protéines transmembranaires : Porines (perméabilité) et lipoprotéines

(points d’ancrage)

• La membrane externe permet la résistance à certains antibiotiques

• La membrane externe permet la rétention d’enzymes au niveau du

périplasme.

13
Lipopolysaccharides (LPS) Seulement chez Gram-
Composition

• Chaîne latérale O ou antigène O,

polysaccharide très variable

• Polysaccharide central chargé négativement,

composé de cétodésoxyoctanes (KDO) et de
sucres

• Lipide A (enfoui dans le feuillet externe).

Souvent toxique et faisant du LPS une
endotoxine pour certains animaux

Espace périplasmique
• Protéines de liaison (transport de
substances

• Chimiorécepteurs (locomotion par

chimiotactisme?)

• Enzymes hydrolytiques permettant la

dégradation de grosses molécules

• Une des fonctions majeures de la

membrane externe est de prévenir la
sortie de protéines à l’extérieur du
cytoplasme.

14
Coloration de Gram

• Technique permettant de différencier les 2 types de parois

bactériennes.

• Mis au point par M. Hans Christian Gram

• Dans la coloration de Gram, un complexe insoluble de violet de

gentiane et d’iodure apparaît à l’extérieur de la cellule. CE complexe
est extrait par l’alcool chez les bactéries Gram – mais pas chez les
bactéries Gram +. Les bactéries Bram+ ont une paroi très épaisse
constituée de plusieurs couches de peptidoglycane. Celles-ci sont
déshydraté par l’alcool causant la fermeture des pores dans la paroi et
empêchant alors la sortie des complexes de violet de gentiane et
d’iodure de la bactérie.

Le lysozyme et la paroi bactérienne

Cette protéine a été découverte par Alexander Fleming en 1922.

Le lysozyme est une protéine globulaire formée d'acides aminés (129 chez
l'être humain), que l'on rencontre dans un certain nombre de sécrétions
(larmes, salive, lait maternel, mucus...) et dans le blanc d'œuf.

Il s'agit d'une hydrolase acide. Elle détruit la paroi bactérienne en catalysant

l'hydrolyse des peptidoglycanes la constituant.

Hydrolyse (coupe) la liaison (lien glycosidique) qui unit le N-acétylmuramique

(NAM) au N-acétylglucosamine (NAG).

15
Pénicilline et paroi bactérienne
Les pénicillines et les autres antibiotiques β-lactames agissent par inhibition
de la formation des liens inter-peptidoglycanes dans la paroi cellulaire
bactérienne. La moitié bêta-lactame des pénicillines se lie à l'enzyme
(transpeptidase) qui devrait se lier aux molécules de peptidoglycane des
bactéries et empêche ainsi la multiplication des bactéries.

Les pénicillines tuent les bactéries contre lesquelles elles sont actives (les
gram +,et quelques gram - par passage intrabacterien possible chez ces
gram -). En inhibant la synthèse de la paroi bactérienne pendant la division
cellulaire des bactéries (scissiparité) les cellules ne sont plus complètement
formées à la fin de la phase de division ainsi la bacteries "s'autodétruit"
pendant sa phase de division. Les pénicillines sont donc actives sur des
bactéries en multiplication et non en phase de repos.

Cependant, certains agents pathogènes développent une résistance à la

pénicilline en dégradant le noyau β-lactame (par hydrolyse de la liaison
amide) grâce à la β-lactamase, ce qui cause l'inactivation de l'antibiotique.
Pour contrer cela, on utilise un inhibiteur de cette enzyme, l'acide
clavulanique.

En somme

• Empêche la formation des ponts peptidique (inhibe la transpeptidase)

• Bactéries sont les seuls à posséder du peptidoglycane donc elles sont

les seules affectées

• Gram- sont plus résistants parce qu’une membrane externe protège le

peptidoglycane.

16
Structures en périphérie de la paroi
1-Glycocalyx
Couche visqueuse de polysaccharides et/ou polypeptides entourant la paroi
bactérienne ou une colonie (agrégat multicellulaire)

Il existe deux types de glycocalyx

• Capsule : Structure bien organisée qui s’enlève difficilement

• Couche mucoïde : structure diffuse non-organisée qui s’enlève

facilement

Fonction :

• Adhérence

• Protection contre les bactériophages et le système immunitaire

(phagocytose)

• Protection contre la déshydratation

• Réservoir d’éléments nutritifs

• Glycocalyx is a general term referring to extracellular polymeric

material (glycoprotein) produced by some bacteria, epithelia and other
cells. The slime on the outside of a fish is considered a glycocalyx. The
term was initially applied to the polysaccharide matrix excreted by
epithelial cells forming a coating on the surface of epithelial tissue.
External to the plasma membrane, all animal cells have a fuzzy coat
called the glycocalyx. This coat consists of the carbohydrate moieties
of membrane glycolipids and glycoproteins. Only identical twins have
chemically identical glycocalices; everyone else is unique. The
glycocalyx is a type of identification that the body uses to distinguish
between its own healthy cells and transplanted tissues, diseased cells,
and invading organisms. The glycocalyx also includes the cell-adhesion
molecules that enable cells to adhere to each other and guide the
movement of cells during embryonic development.[2] Studies have
shown that the glycocalyx plays a role in modulating red blood cell
filling in capillaries and it is also believed to be important in many
other functions of the vascular system, but studies are ongoing

2-Fimbriae (~1000 /cellule)

Structures filamenteuses à la surface qui ne sont visible qu’au microscope
électronique.

Composées de protéines disposées en forme d’hélice (environ 3 à 10 nm de

diamètre et plusieurs μm de long)
17
Fonctions

• Adhérence

• Biofilms

• Facteurs de virulence : Les fimbriae jouent un rôle majeur pour

expliquer la virulence de certaines bactéries dont E. coli,
staphylocoques et streptocoques, gonocoques..) qui peuvent ainsi
s'accrocher à leurs hôtes et mieux les infecter.

 Virulence : En médecine, la virulence correspond au degré de rapidité

de multiplication d'un virus dans un organisme donné, donc à sa
vitesse d'envahissement. Cela ne présume nullement de la gravité de
l'affection (éventuellement) engendrée.

• Mobilité (fimbriae de type IV): Some pili, designated type IV pili,

generate motile forces.[3] The external termini of the pili adhere to
solid substrate, either the surface to which the bacteria are attached or
to other bacteria, and subsequent pilus contraction pulls the bacteria
forward, not unlike a grappling hook. As type IV pilus-mediated
movement is typically jerky, it is called twitching motility, as distinct
from other forms of bacterial motility, such as are mediated by flagella.

3-Pili sexuels (1 à 10/cellule)

• Structure similaire aux fimbriae, mais un peu plus épaisse (10 nm de
diamètre)

• Déteminés génétiquement par des plasmides.

• Permet la conjugaison

• A pilus is typically 6 to 7 nm in diameter. During bacterial conjugation,

a sex pilus emerging from one bacterium ensnares the recipient
bacterium, draws it in, and eventually triggers the formation of a
mating bridge, which establishes direct contact, merging the
cytoplasms of two bacteria via a controlled pore. This pore allows for
the transfer of bacterial DNA from the bacteria with the pilus (donor) to
the recipient bacteria. Through this mechanism of genetic
transformation, advantageous genetic traits can be disseminated
amongst a population of bacteria. Not all bacteria have the ability to
create sex pili, however sex pili can form between bacteria of different
species.

• The fertility factor is required to produce sex pili. C’est un plasmide.

18
 • Role of F Pili in the Penetration of Bacteriophage fl: The results showed
that the average number of F pili with f1 attached decreased with time
as phage deoxyribonucleic acid (DNA) entered the cell. Concomitant
with this loss, the remaining F pili became shorter. The rate of entry of
phage DNA into the cell followed, with a short lag, the rate of loss of F
pili with f1 attached. During the lag period, intact phage particles
accumulated at the surface of the cell. The results from
radioautographs showed that no phage DNA could be located within
the F pilus. These results suggest that F pili are resorbed by the cell
during infection with the bacteriophage f1. Parallel experiments with
noninfected cultures further suggest that pilus resorption may be a
normal cellular phenomenon.

4-Flagelles
• Appendices locomoteurs s’étendant à l’extérieur de la membrane
cytoplasmique et de la paroi cellulaire

• Ils mesurent de 15 à 20 μm de long et ont 20nm de diamètre

• Présents chez environ 50% des procaryotes

Ultrastructure du flagelle
Contient trois éléments : Filament, crochet, corps basal

19
Filament : Partie la plus longue qui émane de la surface de la cellule. Cylindre
creux non flexible formé de sous-unités protéiques de flagelline. Forme
d’hélice pouvant se régénérer.

Crochet : Segment court et courbe qui unit le filament au corps basal. Plus
large que le flagelle.

Corps basal : C’est le moteur fournissant l’énergie nécessaire à la rotation du

flagelle. Enfoui dans la cellule (paroi et membrane). Différente selon Gram+
ou Gram-.

Mécanisme de propulsion
L’essieu tourne dans la membrane, entraînant le flagelle qui propulse la
bactérie

Vitesse absolue de 100 μm/seconde

Vitesse relative de 50 unités corporelles /seconde

Chimiotactisme bactérien
• Deux types : Chimiotactisme positif (la bactérie s’approche vers la
substance nutritive) et chimiotactisme négatif (la bactérie s’éloigne
d’une substance nocive).

• Le chimiotactisme est la tendance des cellules et plus particulièrement

des leucocytes ou des organismes mobiles à se déplacer dans une
direction déterminée sous l'influence de divers stimuli (stimulations).

20
 Ces stimuli sont émis par des substances chimiques. Le
chimiotropisme appelé
également profond tropisme se
caractérise par une simple
orientation non
accompagnée de
mouvements, c'est-à-dire de
déplacement dans l'une ou
l'autre direction.

Endospore bactérien
Définition : Organite facultatif qui se forme au sein du cytoplasme de
certaines espèces bactériennes au moment de stress. L’endospore diffère de
la cellule végétative par sa forme, sa structure, son équipement enzymatique
et sa résistance.

La sporulation est le phénomène de différenciation qui conduit de la forme

végétative à l’endospore. La cellule mère restante est appelée sporange.

Caractéristiques des endospores

• Résistance à la chaleur, sécheresse, U.V. et désinfectants chimiques.

Les tuniques internes et externes rendent la spore imperméable et
sont responsable de sa résistance aux antibiotiques.

• Certains endospores sont restés viables pendant plus de 100 000ans.

• Composés d’acide dipicolinique complexé au Ca2+ (15% du poids sec).

Stabilise les acides nucléiques de la spore en s’intercalant entre les
bases et empêchant ainsi sa dénaturation par la chaleur. Réduit la
biodisponibilité de l’eau favorisant la déshydratation de la spore.

• pH légèrement acide

• Petites protéines acido-solubles

• Le cortex est composé d’une structure analogue au peptidoglycane

classique.

Anatomie des spores

Types d’endospores

- Centrale (a)

- Subterminale (b)

21
 - Terminale (c)

- Sporange gonflé (d)

Structure de l’endospore
Exosporium (EX) : -Enveloppe mince et délicate

Tunique(SC) : Plusieurs couches protéiques assez épaisses procurant une

imperméabilité aux toxines et produits chimiques.

Cortex (CX): Occupe plus de la

moitié du volume de la spore.
Constitué de peptidoglycanes.
La paroi de la spore est dans le
cortex.

Protoplaste : Nucléoïde(N) et
ribosomes cytoplasmiques
(CR). Le métabolisme est
inerte.

• La sporulation est une

série d’événements
complexes de
différenciation cellulaire.
Elle intervient lorsque la
reproduction cesse par
manque de nutriments. Chez Bacillus subtilis, le processus entier de
sporulation dure environ 8 heures.

22
Sporulation

23
Les 7 stades de sporulation
Stade I (ou stade du filament axial) : Se caractérise par la présence d'un
matériel nucléaire qui s'étend sur toute la longueur de la cellule et qui
correspond à 2 génomes.

Stade II : Les deux génomes se séparent et en même temps la membrane

cytoplasmique s'invagine près d'un pôle de la cellule pour former un septum
de sporulation qui partage la cellule en deux parties inégales.

Stade III : Ce septum de sporulation va envelopper le cytoplasme

(enkystement) de la plus petite partie pour former une préspore
caractéristique du stade III. Formation du protoplaste.

Stade IV : Entre les deux membranes limitant la préspore se forme

l’exosporium puis apparaît rapidement le cortex dont la présence est
caractéristique du stade IV.

Stade V : Incorporation de Ca2+, déshydratation avancée, synthèse de SASP

et d’acide dipicolinique, formation des tuniques.

Stade VI : Maturation, développement de la résistance à la chaleur et aux

agents chimiques.

Stade VII : La cellule mère se lyse et libère la spore mature.

24
Germination
Lorsque les conditions deviennent favorables, l’endospore peut germer et
donner naissance à une cellule active.

La germination est un processus habituellement rapide (de l’ordre de

quelques minutes).

Chapitre III Nutrition et

croissance des micro-
organismes

25
Besoins nutritifs courants

• Les macroéléments représentent 95% de la masse sèche

Métabolisme
Désigne l’ensemble des réactions chimiques au sein d’une cellule

Catabolisme : La complexité des molécules diminue (dégradation).

Oxydation.

Anabolisme : La complexité des molécules augmente (biosynthèse).

Réduction.

Sources d’énergie
• Phototrophie :Les mécanismes utilisent la lumière comme source
d’énergie sont uniques et complexes et génèrent une force proton-
motrice qui est employée pour synthétiser l’ATP par un processus
appelé photophosphorylation. La plupart des phototrophes ont
reecours à l’énergie de l’ATP pour assimiler du CO2 comme source de
26
 carbone pour leurs biosynthèses; ce sont les photoautotrophes.
Certains utilisent des composés organiques comme source de carbone
et la lumière comme source d’énergie. Ce sont des
photohétérotrophes. Il existe deux processus photosynthétiques
différents mais apparentés : la photosynthèse oxygénique et la
photosynthèse anoxygénique.

• Chimiolithotrophie : Utilisation de composés inorganiques à la place de

composés organiques comme donneurs d’électrons (réducteurs). H2S
(hydrogène sulfureux), H2 (gaz hydrogène) et NH3 sont des exemples
de donneurs de réducteurs inorganiques.

• Chimioorganotrophie : Utilisation de composés organiques comme

donneurs d’électrons.

Besoins nutritifs
• Source de carbone : CO2 pour les autotrophes, molécules organiques
préformées et réduites pour les hétérotrophes.

• Source d’énergie : Lumière pour les phototrophes. Oxydation des

composés organiques et inorganiques (H2S, NH4+, Fe2+)

• Source d’électrons : Litotrophies ont besoin de molécules inorganiques

réduites. Les organotrophes ont besoin de molécules organiques
réduites.

27
Pour les bactéries non sulfureuses, relativement au premier groupe qui
utilisent le sulfure d’hydrogène comme donneur d’électrons, eux utilisent une
source de carbone organique.

Le dioxyde de carbone est une source de carbone extrêmement oxydée qui

fait en sorte que ce n’est pas une source d’énergie utilisable pour beaucoup
d’organismes.

Exigences nutritionnelles

1-Carbone
Unité structurale de base de toutes molécules organiques

• Source de carbone inorganique pour les autotrophes : Les

chimioautotrophes et les photoautotrophes peuvent utiliser le CO2
comme seule source de carbone pour la biosynthèse de leurs
macromolécules.

• Source de carbone organique pour les hétérotrophes

1. Substances hydrocarburées pour les organismes hétérotrophes:

glucides, protides, lipides, hydrocarbures, acides organiques,
polyalcools.

Presque toutes les substances carbonées peuvent être dégradées.

Lorsqu’aucun chimiohétérotrophe ne peut dégrader une substance, elle est

considérée comme non-biodégradable.

2-Azote
Essentiel pour la synthèse des acides aminés (permet protéines), bases
azotées (purines et pyrimidines), certains glucides/lipides, cofacteurs
enzymatiques

Forme inorganique pour certains micro-organismes

• Azote atmosphérique (N2) : Fixation de l’azote atmosphérique (besoin

de nitrogénase). Certaines bactéries seulement : Rhizobium et
Azotobacter.

28
 • Ammoniaque (NH3) : Oxydation de l’ammoniaque en nitrites
(nitrosation). Exemple de Nitrosomas

• Nitrites (NO2) : Oxydation des nitrites en nitrates (NO3) par nitration.

Exemple de Nitrobacter. Nitrification= nitrosation + nitration.

• Sels d’ammonium (NH4+) : Plusieurs espèces par exemple E. coli

Forme organique utilisée par un grand nombre de micro-organismes

• Composés azotés tels que les acides aminés, les bases azotées, les
phospholipides.

3-Phosphore
Élément essentiel des acides nucléiques, de nombreux coenzymes et de
l’ATP. Absorbé sous forme inorganique (PO42-)

4-Soufre
Élément essentiel de certains acides aminés (cystéine,méthionine)

Principalement absorbé sous forme de sulfate (SO42-) ou de composés soufrés

organiques (cystéine)

5-Ions inorganiques
(Na+,K+, Mg2+, Fe2+, Ca2+, Co2+, Cu2+ ,Mn2+ ,Zn2+)
Essentiels pour l’équilibre physicochimique de la cellule. Constituants
d’enzymes et coenzymes, constituants des structures cellulaires, cofacteurs
enzymatiques.

6-Facteurs de croissance
Composés organiques essentiels à la croissance que la bactérie ne peut
synthétiser elle-même (doivent être préformés)

Trois types : Acides aminés, vitamines et bases azotées.

• Prototrophe : micro-organisme de type sauvage du point de vue

nutritionnel. Autonome, pouvant croître sur un milieu minimal. C’est
relativement à la souche et non pas par rapport à tous les micro-
organismes (voir la définition d’auxotrophe)
29
Pour définir un milieu minimal, il faut déterminer les exigences nutritionnelles
minimales du micro-organisme (différent d’un organisme à l’autre).

• Auxotrophe : Mutant biochimique d’un organisme dont la différence

avec le type sauvage (prototrophe) porte sur une exigence
nutritionnelle (facteur de croissance). Il y a perte de capacité à
synthétiser certains métabolites essentiels (comparé au type sauvage).
Incapable de croître sur un milieu minimal.

Exemple du mutant E. coli arg- : il nécessite un ajout d’arginine dans le milieu

minimal du prototrophe pour pouvoir croître.

7-Eau
Principal constituant cellulaire des micro-organismes. Indispensable comme
solvant et dans les réactions biochimiques.

Les états de l’eau : Eau liée : liée aux macromolécules, ions ou toute surface
hydrophile

Eau libre : suffisamment éloignée d’une surface chargée et libre de ses

mouvements, propriétés physico-chimiques normales.

Seule l’eau libre du milieu est disponible pour les micro-organismes

Activité de l’eau libre : indice de la disponibilité de l’eau pour les micro-

organismes.

Si on prend un bécher avec de l’eau pure, l’eau n’est pas liée et peut
s’évaporer comme normalement. Si on ajoute des solutés, plus l’eau est liée
et plus l’activité de l’eau est base.

Par définition l’activité de l’eau est inférieure à 1, automatiquement inférieur

à l’eau pure s’il y a formation de ponts H.

Aw (Activity water) =

La plupart des micro-organismes nécessitent une grande quantité d’eau libre

pour leur croissance.

30
L’eau n’est plus disponible pour permettre la croissance.

8-Oxygène
Accepteur final d’électrons dans la chaîne respiratoire pour les organismes
aérobiques. Toxique pour les bactéries anaérobiques.

• Eucaryotes : L’oxygène est presque toujours essentiel. Certaines

levures peuvent croître en absence d’oxygène (fermentation).

• Procaryotes (bactéries) : L’oxygène peut être essentiel, toléré ou

encore toxique.

5 groupes de bactéries selon leur réponse à l’égard de l’oxygène.

1. Aérobies stricts : Bactéries qui exigent obligatoirement l’oxygène

libre pour se multiplier. L’oxygène libre est utilisé comme accepteur
final d’électrons dans la chaîne respiratoire.

Exemples : Nitrobacter, Nitrosomas, la plupart des Pseudomomas.

2. Microaérophiles : Bactéries qui ne se développent qu’en présence

d’une faible pression d’oxygène libre, inférieur à celle de l’atmosphère.
Pression d’oxygène libre de 2 à 10% et non 21% comme l’air

Exemples : Azotobacterm Hydrogenomonas, Campylobacter

3. Anaérobie strict ou obligatoire : Bactéries qui ne peuvent se

multiplier qu’en absence totale d’oxygène libre. L’oxygène libre ne
peut être utilisé comme accepteur final d’électrons dans la chaîne
31
 respiratoire. Elles utilisent d’autres substances oxydatrices comme des
nitrates, des sulfates ou des carbonates comme accepteur final
d’électrons. C’est la respiration anaérobie.

Exemple : Clostridium, Veillonella, Desulfovibrio, Bacteroides.

Si l’accepteur final est un composé organique, on parle alors de la

fermentation. Il y a alors dégradation incomplète du glocuse.

4. Anaérobie facultatif (aéro-anaérobies) : Bactéries capables de

croître en présence ou en absence totale d’oxygène libre. Ces
bactéries peuvent se développer à l’airde de la respiration (aérobie) ou
de la fermentation (anaérobie)

Exemple : la très grande majorité des espèces bactériennes.

5. Anaérobies aérotolérants : Bactéries anaérobies mais qui ne sont

pas tuées par la présence d’oxygène. En présence d’oxygène, leur
croissance est plus faible que celle des anaérobies facultatifs car elles
n’utilisent pas l’oxygène.

Exemple : Enterococcus faecalis

La respiration anaérobie : L’accepteur final d’électrons n’est pas l’oxygène

mais des nitrates, sulfates, carbonates...

32
Bouillon nutritif au thioglycolate (agent réducteur)

Toxicité de l’oxigène :il est potentiellement toxique car la réduction de

l’oxygène (gain d’électrons) produit une suite de radicaux libres.

La réduction de l’oxygène provoque une série de radicaux libres toxiques

O2 + e- = O2-. (anion superoxyde, très réactif)

O2-. + e- + 2H+ = H2O2 (peroxyde d’hydrogène)

H2O2 + e- + H+ = H2O + OH. (radical hydroxyle)

OH. + e- + H+ = H2O (eau)

Le processus est accéléré par deux enzymes :

1. Superoxyde dismutase (SOD) : Dismutation

2 O2- + 2 H+ = H2O2 + O2

2. Catalase : transformer le peroxyde en eau et en oxygène

2 H2O2 = 2 H2O + O2

33
Il semble y avoir une corrélation directe entre la présence des enzymes et le
mode de respiration.

Croissance
On peut faire croître les bactéries anaérobies par

1. Bouillon thyoglycolate

2. Système GasPak : Contenant hermétique dans lequel on met le GasPak

qui élimine l’oxygène dans le récipient.

3. Chambre de travail anaérobie.

34
Facteurs physiques influençant la croissance des
micro-organismes

Température
• La température est un facteur très important dans la croissance des
micro-organismes à cause de l’activité enzymatique.

• Elle affecte directement les réactions enzymatiques (métabolisme)des

micro-organismes

• Température minimale: Température la plus basse à laquelle un micro-

organisme peut croître

• Température optimale: Température idéale permettant aux micro-

organismes un taux de croissance maximal

• Température maximale: Température la plus élevée à laquelle un

micro-organisme peut croître

• La température optimale de croissance des pathogènes de l’humain

est très près de la température du corps humain

35
Le pH
L'activité enzymatique des micro-organismes est directement influencée par
le pH. En milieu acide ou en milieu alcalin, les enzymes sont normalement
inactivées.

• pH minimal: valeur de pH la plus basse à laquelle un micro-organisme

peut croître

• pH optimal: valeur de pH idéale permettant aux micro-organismes un

taux de croissance maximal

• pH maximal: valeur de pH la plus élevée à laquelle un micro-organisme

peut croître

• Type de micro-organismes selon le pH optimal:

Acidophiles : pH 0-5.5

Neutrophiles : pH 5.5-8.0

Alcalophiles: pH 8.5-11,5
36
 • Les bactéries préfèrent un milieu à pH 6-7 tandis que les mycètes
préfèrent un pH à ~5-6

Pression osmotique : Les solutés et l’activité de l’eau

• La présence d’une membrane plasmique à perméabilité sélective fait
en sorte que les micro-organismes sont affectés par des modifications
de la concentration en solutés (concentration osmotique) de leur milieu

• Lorsque les bactéries sont placées en milieu hypotonique, l'eau entre

dans la cellule mais la paroi oppose une certaine résistance mécanique
à la pression osmotique

• Lorsqu’une bactérie est placée en milieu hypertonique, l'eau quitte la

cellule au profit du milieu ambiant (déshydratation)

- Plasmolyse (la membrane se rétracte de la paroi)

- Faible disponibilité en eau libre

Types de micro-organismes selon leur réponse à la

pression osmotique
• Osmotolérants: tolèrent une pression osmotique élevée

Ex: Champignons et confitures, Staphylococcus (tolère de 5-20% NaCl)

• Osmophiles: nécessitent une pression osmotique élevée pour croître

(milieux hypertoniques)

37
 • Halophiles: nécessitent une concentration en NaCl > 2%
Ex: Pseudomonas, Vibrio vulnificus (3.5% NaCl), Halobacterium, Vibrio
costicolus (20-30% NaCl) (bactéries des saumures)

• Composés osmocompatibles ou osmorégulateurs: Glycine,

bétaïne, glycérol, etc. Permettent d’ajuster l’activité de l’eau du
cytoplasme sans nuire aux réactions biochimiques des cellules. Petites
molécules relativement inertes et faciles à synthétiser.

Milieux de culture
1. Milieux de culture liquides : Bouillon de culture

2. Milieux solides : Même composition que les bouillons sauf qu’on ajoute
de l’AGAR à 1,2-1,5%

 Agar : Polysaccharide extrait d’une algue rouge utilisée comme agent

gélifiant (non métabolisable par les micro-organismes).

 Colonie : une seule cellule qui se divise pour former une population
d’individus identiques (culture pure).

Aspect macroscopique des colonies

Aspect macroscopique : Taille, forme, couleur, texture, relief, odeur, … sont

des caractéristiques génétiques de l'espèce microbienne (critères
d'identification)

38
Types de milieux de culture
1. Synthétique ou définis : Composition chimique connue. Milieux pauvres
permettant la croissance de certains micro-organismes seulement.

2. Complexes (empiriques) : Composition chimique imprécise. Milieux

riche permettant la croissance d’une grande variété de micro-
organismes.

3. Enrichis : Milieux complexes enrichis de certains additifs (sang,

sérum...). Favorisent la croissance de certains micro-organismes
exigeants comme les hétérotrophes fastidieux.

Milieux de culture selon l’usage

• Milieux de base ou de propagation : Permettent la croissance de la
plupart des micro-organismes

Ex : bouillon nutrient broth (NB) pour E. coli

• Milieux sélectifs : Contiennent Contiennent des composés qui inhibent

de façon sélective la croissance de quelques micro-organismes sans en
affecter d’autres

Ex: La gélose MacConkey contient des sels biliaires et du cristal violet

qui inhibent la croissance des bactéries Gram + (favorise Gram-)

• Milieux différentiels: Contiennent des agents spécifiques permettant de

déterminer la présence (ou l’absence) de caractères particuliers

Ex: La gélose MacConkey contient du lactose et du rouge

neutre(indicateur de pH); La fermentation du lactose change le pH du
milieu et par le fait même la coloration du rouge neutre (indicateur du pH)

Culture pure
• Définition : culture composée d’une seule espèce de micro-organisme

• L’isolement se fait toujours sur gélose et non en milieu liquide

1. Isolement par striation: A l'aide d'un manche de Koch stérile (fil de

platine), les micro-organismes sont étalés progressivement par des
mouvements de va-et-vient (stries) à la surface d'une gélose.
L'épuisement de l'inoculum lors de ces striations produira
normalement des colonies isolées dont chacune constituera une
culture pure.

2. Isolement par dilution en milieu liquide: dilutions successives en milieu

liquide afin d'obtenir une dilution de l'inoculum permettant la
croissance de colonies isolées sur une gélose
39
Croissance des micro-organismes
• Définition : La croissance est définie par un accroissement du
nombre de cellules ou de la masse cellulaire totale

• Chez la plupart des procaryotes, la croissance d’une cellule se

poursuit jusqu’à sa division en deux nouvelles cellules par fission
binaire

Mesure de la croissance bactérienne

Décompte total des micro-organismes

• Chambre de comptage observée au microscope

 Hémocytomètre: Les levures et cellules mammifères

 Cellule de Petroff-Hausser: Les bactéries

• Avantage

 facile à utiliser, rapide et peu coûteux

 informations sur la taille/morphologie des micro-

organismes

• Désavantages

 densité microbienne élevée

 décompte des cellules mortes et vivantes

*Il existe maintenant des kits commerciaux permettant de distinguer les

cellules mortes et vivantes (Live/Dead BacLight Bacterial Viability)

Hémocytomètre

• Dimensions: 0.1cm x 0.1cm x 0.01cm = 1/10000 cm3

• Cellules/ml: 10000 x cellules comptées x facteur de dilution

Cellule de Petroff-Hausser

40
 • Dimensions : 10 fois plus petit que l’hémocytomètre

• Cellules/ml: 100000 x cellules comptées x facteur de dilution

Décompte des unités viables (capables de se

reproduire)
• Méthode des dilutions en milieu liquide et d'étalement sur
gélose

• Avantages

 Les colonies proviennent seulement des cellules vivantes

capables de se reproduire

• Désavantages

 Amas de cellules = 1 colonie (Unités Formant des

Colonies) (UFC)

 Cellules Viables Non Cultivables (VNC)

• Méthode des filtres de cellulose : L’échantillon est passé sur un filtre de

cellulose dont la porosité retient les micro-organismes.

41
Méthode de mesure de la croissance des micro-
organismes indirectes

1. Mesure de l’activité

• En mesurant la consommation de substrats (C, N2, O2 ou un facteur

spécifique de croissance), la concentration des constituants cellulaires
(ATP, FAD ou FMN, ADN, gr de protéines) ou l'excrétion de certains
produits (CO2 ou NH3), il est possible d'évaluer la concentration
microbienne d'un échantillon

2. Mesure de la masse cellulaire

• Mesure de la masse cellulaire par le poids sec

 Récolte des micro-organismes (filtration sur membrane)

 Lavage + dessiccation (100 à 110oC)

 Pesée (toutes les bactéries, mortes ou vivantes sont pesées)

 Valeurs exprimées en g/L

 Valeurs exprimées en cellules/ml (nécessite un décompte cellulaire

avant de récolter les bactéries)

• Mesure de la masse cellulaire par la turbidité par la densité optique

(D.O.)

 Évaluation de la concentration cellulaire à l'aide de sa densité

optique [D.O.] (absorption lumineuse) à une certaine longueur
d'onde (Ex 600 nm)

 Dans une certaine limite (106/ml < [ ] < 108/ml), la D.O. d'une
suspension microbienne est directement proportionnelle à sa
concentration cellulaire

42
  Pour évaluer la concentration microbienne d'une suspension
inconnue, on doit établir à l'aide d'un spectrophotomètre une
courbe de référence pour des concentrations microbiennes
connues

Cycle cellulaire procaryote

Courbe de croissance microbienne

La courbe de croissance d'une population bactérienne se développant dans

un milieu de culture liquide (système fermé) peut être représentée par le
log10 de la concentration bactérienne (bact./ml) en fonction du temps
d'incubation (heures).

On observe alors 4 phases de croissance

43
1) Latence

• Phase d’adaptation dans laquelle il n’y a aucune division cellulaire

• Synthèse de nouvelles composantes cellulaires

• Augmentation de la masse cellulaire (fin de la phase de latence)

• La durée de la phase de latence varie en fonction

 de l'âge des bactéries

 de l'origine (composition et température du milieu)

2) Exponentielle (logarithmique)

• Accélération de la croissance des bactéries ainsi que de la division

cellulaire (début de la phase)

• Les micro-organismes se développent et se divisent à la vitesse

maximale

• Les constituants cellulaires sont synthétisés à des vitesses constantes

les unes par rapport aux autres (croissance à l’équilibre)

• La phase de croissance exponentielle est de courte durée

3) Stationnaire

44
 • Le nombre total de micro-organismes viables reste constant (Équilibre
entre division et mort cellulaire)

• Causes

 Limitation des nutriments (système fermé)

 Accumulation de conditions défavorables (déchets toxiques,

acidité,…)

 Niveau de densité cellulaire critique

Un milieu pauvre va faire entrer en phase stationnaire très

rapidement. Dépend des nutriments.

4) Phase de mortalité : Arrêt de la division cellulaire

• Le nombre de bactéries viables ou cultivables diminue de façon

constante en fonction du temps

• Cause

 Dégâts irréparables conduisant à une perte de viabilité

 Réponse génétique déclenchée dans les cellules carencées en

phase stationnaire

 Formation de cellules viables non cultivables (VNC)

 Mort cellulaire programmée

Expression mathématique de la croissance

bactérienne
1. Temps de génération ou de doublement (g) : intervalle entre deux
divisions cellulaires successives.

G= temps/nombre de générations

2. Taux de croissance (k) : Nombre de générations par unité de temps,

inverse du temps de génération.

3. Nombre de génération (n) : Nombre de génération à un moment,

dépend du nombre de cellules initiales évidemment.

N= (Log(nombre de cellule au temps t)-Log(nombre initial de cellule de la

population))/log2

45
Chémostat
Système de culture continue (ouvert)

Chapitre IV : Rôle des agents

physiques et chimiques sur les
bactéries
• Contribution des bactéries au bien être de l’humain :

 Production de médicaments/additifs alimentaires,…

 Produits alimentaires (yogourt, fromage,...)

46
  Décontamination des sols

• Cause des problèmes de santé et économiques :

 Maladies, infections

 Contamination et détérioration des aliments

• Il faut des méthodes pour éliminer l’effet indésirable des micro-

organismes

 Importance d’outils stériles lors de chirurgie

 Importance de ne pas contaminer une chaîne de production

• Historiquement

 Les gens préservaient les aliments par des méthodes de salage,

séchage, sucrage et cuisson.

Terminologie
INANIMÉS

• Stérilisation [PARFAIT]: L’élimination complète ou la destruction de

tous les micro-organismes viables (forme végétative et forme
sporulée). Utilisée sur les objets inanimés.

• Désinfection [IMPARFAIT, INANIMÉ]: Destruction ou élimination des

agents pathogènes végétatifs mais pas des endospores bactériennes.
Ordinairement utilisée uniquement sur les objets inanimés.

• Décontamination [moins poussé que la désinfection, INANIMÉ]:

Réduction de la population microbienne à un niveau sans danger selon
les normes d’hygiène publique. Utilisée sur les objets inanimés.

VIVANTS

• Antisepsie :Agents chimiques appliqués sur des surfaces du corps

pour détruire ou inhiber les agents pathogènes.

• Chimiothérapie: Agents chimiques utilisés pour tuer ou inhiber la

croissance de micro-organismes à l’intérieur des tissus de l’hôte,
toutes les thérapies à base d’agents chimiques dont les
antimicrobiens.

47
S

Antimicrobiens
Deux types, statiques ou -cides (tueurs)

1. Substances qui empêchent temporairement le développement des

micro-organismes sans les tuer

• EFFET RÉVERSIBLE

• Activité ‘statique’

• (Bactériostatique, fongistatique)

2. Substances qui tuent les micro-organismes

• EFFET IRRÉVERSIBLE

• Activité ‘cidique ou cide’

• (Bactéricide, fongicide, algicide, virucide)

• Meilleur moyen de s’assurer que les bactéries sont mortes : remettre

l’objet dans un milieu de croissance propice à la croissance des micro-
organismes et examiner s’il y a croissance microbienne.

Cinétique de la mort bactérienne

Courbe de létalité

• Une population microbienne n’est pas tuée instantanément lorsqu’elle

est exposée à un agent létal

• La population est réduite de la même fraction (et non du même

nombre de bactéries) à intervalles constants (taux de mortalité)

• Tout comme la courbe de croissance d’une population la courbe de

létalité est logarithmique. La pente de la droite est cependant négative

• *Courbe logarithmique à pente négative*

• Plus le taux de mortalité est grand et plus la pente de la droite est

forte

48
s

Pente du taux de mortalité

49
Facteurs affectent l’efficacité d’un agent
antimicrobien

1- Facteurs
biologiques
• Taille de la population

 Il faut
plus de
temps
pour
détruire
une
grosse

population qu’une petite (préférable de nettoyer avant

d’appliquer le traitement)

50
• Composition de la population

 Les endospores sont plus résistantes que les formes

végétatives

 Les bactéries avec une capsule (glycocalyx) sont plus

résistantes

 Les cellules plus jeunes plus vulnérables que les cellules

matures

2-Facteurs chimiques
• Concentration de l’agent

 La plupart du temps l’efficacité croît avec la concentration d’un produit

chimique ou de l’intensité d’un agent physique

 Courbe d’efficacité d’un agent n’est pas nécessairement linéaire

 Parfois un agent est plus efficace à plus faible concentration (Ex:

l’éthanol est plus efficace à 70% qu’à 95%, car l’eau augmente son
efficacité)

• Temps de contact

 Plus longue est la durée d’exposition et plus nombreux sont les micro-
organismes tués

 Temps de contact varie selon les agents chimiques/physiques

 Pour réussir une stérilisation, il faut utiliser une durée d’exposition

suffisante pour réduire la probabilité de survie à 10-6 ou moins. On ne
retrouve presque jamais autant d’endospores donc c’est effectivement
une stérilisation.

3- Facteurs environnementaux
• La température

51
  L’efficacité d’un agent croît généralement avec l’augmentation de la
température

 À une température élevée on peut utiliser un agent en concentration

moindre (coûts moins élevés)

• Le pH

 Modifie les charges électriques des macromolécules et influencent la

dissociation et l’ionisation

 Selon l’agent considéré le pH aura une influence positive ou négative. :

La chaleur tue plus facilement à pH acide

 Présence de matière organique

 Les protéines ont une grande affinité pour de nombreux antiseptiques

(réduit le nombre de molécules pouvant tuer les micro-organismes) Ex:
Action des antiseptiques diminuée par la présence de sang, pus, …

Méthodes physiques dans le contrôle des micro-

organismes

Basse température
• Les basses températures ne tuent pas les micro-organismes mais
ralentissent leur métabolisme et par conséquent leur multiplication
(effet statique)

• La basse température est une méthode très importante en

microbiologie alimentaire

1) Réfrigération

• Ralentit fortement la croissance et la multiplication microbienne, mais

ne l’arrête pas complètement.

• On peut conserver des micro-organismes durant une longue période

en les réfrigérant entre 4 et 7oC

52
2) Congélation

• Une température de -20oC ou plus bas arrête la croissance des micro-

organismes à cause de la température basse et de l’absence d’eau
liquide. (Congélateur: -18oC ; Glace sèche : -70oC ; Azote liquide : -195oC)

• Certains micro-organismes seront tués par la rupture des membranes

suite à la formation des cristaux de glace, mais la congélation ne détruit
pas tous les germes.

• Permet aussi de conserver certains micro-organismes.

• Lyophilisation: permet d’éviter la formation de cristaux de glace à

l’aide de la surgélation puis une évaporation sous vide de la glace sans la
faire fondre. Le principe de base est que lorsqu’on réchauffe de l’eau à
l’état solide à très basse pression, l’eau se sublime, c’est-à-dire qu’elle
passe directement de l’état solide à l’état gazeux. La vapeur d’eau (ou de
tout autre solvant) quitte le produit et on la capture par congélation à
l’aide d’un condenseur, ou piège froid. Cette technique permet de
conserver à la fois le volume, l’aspect et les propriétés du produit traité.

Haute température
• Le traitement thermique est la méthode la plus employée pour
contrôler le développement des micro-organismes

• La chaleur agit en tuant les micro-organismes

• La chaleur humide agit essentiellement en dénaturant les protéines et

l’ADN alors que la chaleur sèche, par oxydation

1) Stérilisation thermique

• La stérilisation consiste à tuer tous les micro-organismes (forme

végétative et forme sporulée) contenus dans une préparation (effet
bactéricide, fongicide et virucide)

1-1) Stérilisation par la chaleur humide (L’autoclave (inventé par

Chamberland en 1884))

Les micro-organismes (incluant les endospores) sont normalement tués

(stérilisation) à l’autoclave en 15 minutes à 121oC sous 103,4 kPa (15
livres/pouce2) de pression (la chaleur humide est très pénétrante)

53
 Avantages:- simple, rapide, efficace et peu dangereux

1-2) Stérilisation par la chaleur sèche (Le four Pasteur et le flambage

direct)

• Stérilisation au four Pasteur pendant 2 heures à 170oC (La chaleur

sèche est moins pénétrante que la chaleur humide)

• Objets en verre ou en métal, matières grasses peu miscibles avec

l’eau

• Le flambage direct est l’une des méthodes les plus simples de

stérilisation à la chaleur sèche (Ex: Anse de repiquage au
laboratoire, incinérateur…)

2) Désinfection thermique: Consiste à tuer les pathogènes sans

nécessairement stériliser (exclue les endospores donc croissance
subséquente possible)

2-1) Ébullition

• L'ébullition (100oC) pendant 10 minutes ne peut être considérée

comme une méthode de stérilisation

• Ce procédé détruit rapidement les micro-organismes non

sporulants (bactéries végétatives) et la majorité des virus sans
affecter les endospores

54
 • Par contre c’est un moyen pratique pour détruire les
entérobactéries et les entérovirus

2-2) Appertisation

• Comme pour l'ébullition, ce procédé thermique ne peut être

considéré comme une méthode de stérilisation

• L'appertisation est un procédé de conservation des denrées

alimentaires par l'ébullition (100oC) prolongée des aliments dans
des récipients hermétiquement fermés (pas de contamination de
l’air)

3-2) Tyndallisation

• Consiste à chauffer le milieu à 60oC ou 70oC durant 30 minutes ou

1 heure, trois fois consécutives, en ménageant un intervalle de 24
heures entre chaque chauffage

• Repose sur le principe que les endospores peuvent germer entre

les périodes de chauffage; les formes végétatives qui en découlent
vont être détruites durant les périodes de chauffage suivantes

• Stérilisation incertaine

4) Pasteurisation

• Comme pour l'ébullition et l'appertisation, la pasteurisation ne peut

être considérée comme une méthode de stérilisation

• La pasteurisation est plutôt un procédé par lequel on expose un

produit thermosensible (ex: produits laitiers) à une température
modérée pendant une courte période

• Cette pasteurisation permet l'inactivation des micro-organismes

non sporulants pathogènes (ex: Mycobacterium tuberculosis) sans
altérer les caractères organoleptiques et nutritifs du produit

• Pasteurisation LTH (Low Temperature Holding) : 30 min à 62,8oC

55
 • Pasteurisation HTST (High Temperature Short Time) : 15 sec à
71,7oC : Lait, jus et autres liquides thermosensibles

• Pasteurisation UHT (Ultra High Température) : 2 sec à 141,0oC: -

Lait Grand Pré qui se conserve à la température de la pièce avant
ouverture, crème/lait à café

Efficacité de la destruction thermique

• Temps de réduction décimale (D ou valeur D):

• Temps requis pour tuer 90 % des micro-organismes ou des endospores

d’un échantillon à une température spécifique.

Filtration
Très utile pour réduire le nombre de bactéries dans une solution
thermosensible ou même la stériliser si aucun micro-organisme n’a traversé
le filtre
56
Ex: produits pharmaceutiques, milieux de culture, huiles, antibiotiques, etc.

Les bactéries ne sont pas détruites, elles sont simplement éliminées de la

solution. Le récipient sous le filtre doit être préalablement stérilisé.

Par contre, certains micro-organismes sont plus petits que le diamètre des
pores ou n’ont pas de paroi (mycoplasmes, rickettsies, chlamydia, virus).

Filtration des solutions

1) Les filtres épais (très poreux)

• Constitués de matières fibreuses ou granuleuses

• Retiennent les bactéries par piégeage dans des canaux sinueux ou

en surface

• Ex: - Filtres de Berkefield en terre de diatomées (système de

traitement d’eau), filtres de porcelaine (Chamberlain)

2) Les membranes filtrantes

• Disques poreux et minces de 0,1 mm d’épaisseur.

• Taille des pores disponible dans une grande variété, mais souvent 0,2
mm

Filtration de l’air
• Stérilisation de l’air en le faisant passer dans des filtres qui retiennent
les micro-organismes

• Ex.: Masques chirurgicaux, bouchon de ouate sur les flacons de

culture, Hottes à flux laminaire avec filtres HEPA (High-Efficiency
Particulate Air filters) qui retiennent 99,97% des particules de 0,3 μm
de diamètre.

Radiations
Les radiations ultraviolettes(UV)

57
 • Région de 260-270 nm est très létale (les protéines et l’ADN absorbent
les UV) mais ces radiations ne pénètrent pas bien (ex: bloquées par le
verre, la poussière,…)

• Utilisations

 Désinfecter/décontaminer les surfaces, l’air et les matériaux qui

n’absorbent pas les radiations UV, l’eau,…

Les radiations ionisantes (rayons X et gamma)(60Co et 137

Cs)

• Très énergétiques; production d’ions et autres espèces moléculaires

réactives à partir des molécules auxquelles les particules de
rayonnement se heurtent

• Excellents agents de stérilisation car pénétration en profondeur dans

les objets

• Toutefois, dispendieux et dangereux. Utilisation limitée.

• Utilisations

 Stérilisation à froid d’antibiotiques, hormones, fils de suture,

seringues en plastique, pansements, champs opératoires,
boîtes de Pétri, aliments, etc.

Pression osmotique
• L’utilisation de grande concentrations de sel (10-15%) ou de sucre (50-
70%) pour la des aliments repose sur les effets de la pression
osmotique

• Une concentration élevée de sel ou de sucres autour des micro-

organismes crée un milieu hypertonique autour des micro-organismes,
ce qui provoque la sortie de l’eau de la cellule microbienne vers le
milieu (plasmolyse et faible Aw).

• Ex: Solutions salines concentrées pour saler la viande ou le poisson,

solutions sucrées pour conserver les fruits (confitures)

• Attention !!! osmophiles et halophiles = micro-organismes

potentiellement résistants

58
s

Agents chimiques

59
Métaux lourds se complexent avec les protéines et précipite ainsi les protéines.

ss

60
Agents alcalins sont aussi appelés agents pontant parce qu’ils provoquent la
formation de liens.

61
 Évaluation de l’efficacité d’un agent antimicrobien
Coefficient phénol : comparer l’efficacité d’un désinfectant à celle du phénol

Calcul du coefficient :

Dilution la plus élevée capable de tuer les bactéries après 10 minutes

d’exposition

Ex : Phénol = 1/4 versus Produit = 1/160

Conclusion : votre produit est 4 fois plus puissant que le phénol

Mise en garde : L’efficacité peut varier lorsque l’agent est utilisé dans un
usage normal (in vivo)...

62
Antibiotiques
• Problématique

 Il faut détruire le micro-organisme sans tuer l’hôte infecté mais

encore faut-il réduire le plus possible les effets secondaires
indésirables

 De nombreux produits chimiques détruisent les bactéries et autres

micro-organismes tout en étant également fatals pour l’organisme
infecté. Ils sont bien sûr à mettre à l’index

• Solution

 Tirer profit de la diversité structurale et métabolique des micro-

organismes

 Plus approfondies seront nos connaissances en ce domaine et plus

nous pourrons fabriquer des molécules spécifiques pour cibler
adéquatement l’envahisseur sans affecter l’hôte

• Chimiothérapie

 Traitement des maladies en utilisant des agents chimiques

(s’emploie souvent dans le sens anti-cancéreux)

• Antibiotique

 Agent chimiothérapeutique capable de tuer ou d’inhiber la

croissance de micro-organismes

Historique
• Paul Ehrlich (1854 - 1915)

 Père de la chimiothérapie moderne

 Découvre que le rouge Trypan affecte le trypanosome (protozoaire

transmis par la mouche Tsé-tsé) responsable de la maladie du
sommeil

 Arséphamine (dérivé de l’arsenic) contre le spirochète causant la

syphilis

• Gerhard Domagk (1935)

63
  Découvre que le rouge Prontosil, utilisé pour colorer le cuir, tue les
streptocoques et les staphylocoques pathogènes sans affecter les
animaux

 Prix Nobel en 1939

• Alexander Fleming (1928)

 Découvre la pénicilline. Prix Nobel 1945

• Selman Waksman (1944)

 Découvre la streptomycine isolée de l’actinomycète Streptomyces

griseus (Actinomycètes: Gram + qui produisent des hyphes
semblables aux mycètes)

 Prix Nobel 1952

Propriétés des antibiotiques

• Toxicité sélective: Toxique pour les micro-organismes mais non
toxique pour l’hôte (Tuer ou inhiber l’agent pathogène en affectant le
moins possible l’hôte)

• Dose thérapeutique: Concentration du produit requise pour le

traitement clinique d’une infection

• Dose toxique: Concentration du produit qui devient toxique pour

l’hôte

• Indice thérapeutique: C’est un indice de la toxicité sélective

Plus l’indice est élevé, meilleur est l’agent thérapeutique car plus
grande est la différence entre la sensibilité de l’hôte et celle du micro-
organisme

• Spectre d’action (champ d’activité): Quantité d’espèces attaquées

par un agent

64
 • Spectre étroit: Affecte une variété restreinte de micro-organismes

Ex: - pénicilline vs Gram +, Gentamycine vs Gram –

• Large spectre: Affecte une grande variété de micro-organismes

Ex: - Sulfamides peuvent agir contre les bactéries et certains

protozoaires

- Tétracycline et chloramphénicol agissent contre les Gram + et

Gram –

• Nature de l’activité antimicrobienne

statique (inhibe la croissance; réversible)

cide (tue le micro-organisme; irréversible)*

* Peut dépendre de la concentration et de l’espèce microbienne

• Types d’antimicrobiens

- Antibactériens (bactéries)

- Antifongiques (mycètes)

- Antiprotozoaires (protozoaires)

- Antiviraux (virus)

• Provenance des antibiotiques

Naturels: synthétisés par des micro-organismes (bactéries Gram+ et

mycètes)

Purement synthétiques: Synthétisés chimiquement (sulfamides,

chloramphénicol,…)

Semi-synthétiques: Antibiotiques naturels ayant subis une

modification par l’addition d’un groupement pour les rendre moins
sensibles à la dégradation par les pathogènes (Ex: ampicilline et
méthicilline qui dérivent de la pénicilline)

65
Mesure de l’activité antimicrobienne
1) Concentration minimale inhibitrice (CMI)

Concentration la plus faible d’un antibiotique capable d’empêcher la

croissance d’un micro-organisme

2) Concentration minimale létale (CML) (CMB: CM Bactéricide)

Concentration la plus faible d’un antibiotique capable de tuer un micro-

organisme

**Mesure des concentrations d’un antimicrobien dans le sang

Un agent doit atteindre au siège de l’infection une concentration supérieure à

la CMI du germe pathogène pour être efficace

Dans les cas de maladie grave, potentiellement mortelle, il est

souvent nécessaire de contrôler la concentration des agents
chimiothérapeutiques dans le sang et autres liquides corporels

Détermination de la des CMI et CML

• Méthode des dilutions en milieu liquide

1. Série de tubes contenant du bouillon de culture qui assure une bonne

croissance

2. Addition d’un antibiotique à des concentrations variant de 0,1 jusqu’à

128 μg/ml

3. Inoculation des tubes avec le micro-organisme à tester

4. Incubation de 16 à 20 heures dans un environnement adéquat

5. La concentration la plus faible qui inhibe la croissance bactérienne = CMI

Pour déterminer la CML

6. Un échantillon de chacun des tubes qui ne présentent pas de croissance

est inoculé dans des tubes de bouillon frais sans antibiotique ou sur un
agar sans antibiotique

7. La concentration d’antibiotique la plus faible à laquelle les bactéries

furent soumises dans la détermination de la CMI et qui ne présente pas
de croissance dans ce nouveau milieu sans antibiotique = CML. Donc les
bactéries ont été tuées

66
67
Méthode de diffusion sur gélose (méthode de Kirby-
Bauer, antibiogramme)
1. Ensemencer uniformément la surface d’une gélose avec un écouvillon
stérile trempé dans une suspension bactérienne

2. Déposer sur la gélose des disques imprégnés d’antibiotique

3. L’antibiotique diffuse à partir du disque en formant un gradient de

concentration (plus forte concentration près du disque)

4. Après incubation (16 à 18 h) il y a un halo autour des disques où les

bactéries ne se sont pas développées. Plus le diamètre du halo est grand et
plus l’espèce est sensible à l’antibiotique (pour un antibiotique donné)

* En général plus la zone est grande et plus l’antibiotique est efficace

* Il est difficile d’évaluer l’efficacité de deux antibiotiques différents en

mesurant les diamètres d’inhibition contre une espèce bactérienne:

- Les vitesses de diffusion et leur solubilité peut être différentes…

E-test : gradient de concentration d’antibiotique sur la bandelette.

68
Effets secondaires
• Les agents antimicrobiens, bien que dotés d’une toxicité sélective, ne
sont pas sans effet sur l’hôte.

• Atteintes hépatiques ou rénales

 Élévation du taux sanguin des pigments biliaires (jaunisse)

 Les glomérulonéphrites et les tubulopathies sont les atteintes rénales

les plus fréquentes

• Allergies (hypersensibilités)

 Allant de simples éruptions cutanées au choc anaphylactique

(pénicilline)

• Troubles gastro-intestinaux

 Nausées, vomissements, diarrhées…

• Surinfections

 Les antibiotiques ne frappent pas suffisamment de façon sélective le

micro-organisme qui cause l’infection. Les populations des bactéries
commensales (intestin, vagin) peuvent être déséquilibrées au point de
ne plus agit à titre de barrière pour des micro-organismes pathogènes

• Altération de l’hémocytopoïèse (production de cellules

sanguines)

 Altération temporaire et bénigne

 Production moindre d’érythrocytes ou fragilité accrue (hémolyse)

 Immunodéficience légère et temporaire (diminution leucocytes)

 Atteintes irréversibles de la moelle osseuse

 diminution de la production des divers types de globules

(Ex.:chloramphénicol)

69
Facteurs influençant l’activité des antibiotiques

Capacité d’atteindre le siège de l’infection

• Importance du mode d’administration

 Orale : Résistance acidité de l’estomac, facilement absorbé par

l’intestin

 Cutané (topique): Directement sur la peau pour les infections cutanées

 Parentérales (injections intraveineuses, intramusculaires, timbres)

• Caillot sanguin et tissus nécrotiques peuvent empêcher l’antibiotique

d’atteindre les bactéries (absorption, liquide corporel qui ne peut y
diffuser)

Sensibilité de la bactérie à l’agent

• Bactérie en phase de latence sera insensible aux antibiotiques (absence

de réplication, absence de synthèse de la paroi)

• Mycoplasmes sans paroi insensibles à la pénicilline

• Résistance

Concentration plus élevée que la CMI

• Influencée par:

1. quantité administrée

2. voie d’administration

3. vitesse d’absorption

70
 4. vitesse d’élimination du corps

Substances antibactériennes

Pénicillines [Inhibition de la synthèse de la paroi]

• Indice thérapeutique élevé

• La pénicilline G (Fleming, 1929) est produite par Penicillium chrysogenum

• Maintenant versions semi-synthétiques

• Cycle b-lactame essentiel pour l’activité (b-lactamines), les bactéries

développent une résistance en utilisant la bêta-lactamase

• Bactéricide

• Les moins toxiques des antibiotiques, mais 1-5% des adultes allergiques

• Il y a de plus en plus de résistance envers les pénicillines

Céphalosporines [Inhibition de la synthèse de la paroi]

71
• Indice thérapeutique élevé

• Le premier découvert est produit par le mycète Cephalosporium (1948)

• Maintenant versions semi-synthétiques

• Spectre d’activité plus large que les pénicillines

• Cycle β-lactame comme les pénicillines, mais plus résistant aux

pénicillinases

• Prescrits souvent aux patients souffrant d’allergie aux pénicillines

• Bactéricides

Sulfamides [Substance antagoniste du métabolisme (antimétabolites)]

• Indice thérapeutique élevé

• Entrent en compétition avec l’acide p-aminobenzoïque (précurseur de la

biosynthèse de l’acide folique essentiel chez les bactéries)

• Synthèse des nucléotides est inhibée, il en va de même pour l’ADN et les

ARN - Bactériostatiques (besoin du système immunitaire)

• Les humains sont incapables de synthétiser l’acide folique

• Efficacité limité: résistance croissante + effets secondaires (allergies)

Aminoglycosides (noyau cyclohexane +sucre aminé) [Inhibent la synthèse

protéique]

• Indice thérapeutique relativement élevé

• Inhibent la synthèse protéique en se fixant sur la sous-unité 30S des

ribosomes, provoquant ainsi des erreurs de lecture de l’ARNm

• Bactéricides et plus efficaces contre les gram -

72
• La streptomycine, la kanamycine, la néomycine sont synthétisés par le
genre Streptomyces. La gentamycine est synthétisé par le genre
Micromonospora

• De moins en moins utilisés (résistance et assez toxiques)

Tétracyclines [inhibent la synthèse protéique]

• Indice thérapeutique relativement élevé

• Structure à 4 cycles, avec diverses chaînes latérales

• Produites par Streptomyces sp, mais aussi versions semi-synthétiques

• Fixation sur la sous-unité 30 S (empêchent la fixation des aminoacyl-ARNt

sur le site A des ribosomes)

• Effet bactériostatique et non bactéricide (besoin du système immunitaire)

• Large spectre, mais effets secondaires importants

Chloramphénicol [inhibent la synthèse protéique]

• Indice thérapeutique relativement élevé

• Produit au départ par Streptomyces venezuelae

• Maintenant obtenu par synthèse chimique

• Fixation sur l’ARN 23 S où il inhibe l’élongation de la chaîne peptidique

• Très large spectre, mais affecte la moelle osseuse de façon temporaire ou

permanente. À utiliser en dernier recours. Bactériostatique.

Macrolides [inhibent la synthèse protéique]

• Indice thérapeutique relativement élevé

• Cycle lactone de 12 à 22 carbones associé à un ou plusieurs sucres

• Synthétisé par Streptomyces erythraeus

• Bactériostatique et spectre relativement large

• Se fixe sur l’ARN 23 S de la sous-unité 50S et inhibe l’élongation de la

chaîne peptidique. Ex: Érythromycine, l’azithromycine, …

• Prescrits aux patients allergiques aux pénicillines

73
Quinolones [Inhibe la synthèse des acides nucléiques]

• Indice thérapeutique peu élevé

• Antibiotiques synthétiques avec un noyau de 4-quinolone

• Inhibe la topoisomérase II (gyrase) en se fixant au complexe ADN-gyrase

• Réplication et réparation de l’ADN sont sévèrement perturbées au point

de tuer la bactérie (Bactéricide)

• Large spectre et couramment utilisées

Polymixine B [Détruit la membrane plasmique]

• Indice thérapeutique peu élevé

• Se fixe à la membrane plasmique et en perturbe sa structure et ses

propriétés de perméabilité sélective

• Bactéricide

• Utilisation restreinte (pommades topiques), car trop toxique…

74
75
Production et utilisation d’antibiotiques

76
Résistance aux antibiotiques
Origines et transmission de la résistance

1. Mutation – sélection (rare)

 Mutation spontanée dans le chromosome qui rend la bactérie

résistante

 Si elle n’est pas détruite par le système immunitaire de l’hôte elle est
sélectionnée et peut se développer plus rapidement que les bactéries
non mutantes demeurées sensibles à l’antibiotique. Sélection naturelle

2. Plasmide de résistance (R) (fréquent)

 Plasmide qui contient des gènes codant des enzymes qui affectent
l’antibiotique

 Transfert du plasmide à d’autres bactéries par conjugaison,

transduction ou transformation (transfert horizontale)

Mécanismes de résistance
1. Blocage de la pénétration de l’antibiotique

Membrane externe des Gram - qui empêchent le passage de la pénicilline G

Perméabilité réduite des sulfamides (doivent atteindre le cytoplasme)

Mycobactéries et couche lipidique complexe externe (acides mycoliques)

2. Excrétion

Pompage vers l’extérieur de la cellule. Présence de pompes effluentes non-

spécifiques (Multirésistance)

3. Inactivation des antibiotiques par les bactéries (modifications

chimiques)

Pénicillinase (β-lactamase) qui hydrolyse le noyau β-lactame des pénicillines

Addition de groupes chimiques sur les antibiotiques (phosphorylation,

acétylation)

4. Modification de la cible de l’antibiotique

Une fois modifiée, l’enzyme ou l’organelle n’est plus sensible à l’antibiotique

Ex.: Modification d’un ribosome

5. Utilisation d’une voie alternative

77
Résistance aux sulfamides en utilisant l’acide folique de leur environnement
au lieu de le synthétiser

Stratégies pour réduire le risque d’émergence des résistances

1. Concentration de l’antibiotique assez élevée pour détruire les mutants

spontanés

2. Combinaison d’antibiotiques: exige que la bactérie soit multirésistante

3. Réduire l’utilisation des antibiotiques à large spectre : Identification de

la bactérie, détermination de sa sensibilité aux antibiotiques et utilisation
de l’antibiotique à spectre étroit approprié

4. Éviter l’abus d’antibiotiques : S’assurer qu’il s’agit bien d’infections

bactériennes…

5. Nouvelles approches (Ex. les virus bactériophages)

Chapitre V, génétique
bactérienne
Transformation
Frederick Griffith (1928):

Étudie le transfert de la virulence de la bactérie pathogène

Streptococcus pneumonia

Principe de l’expérience de Griffith

A) Types morphologiques de pneumocoques

1) Pneumocoques sauvages encapsulés et virulents (forme S)

Les pneumocoques entourés d'une capsule de polysaccharides (encapsulés)

sont virulents (septicémie mortelle) et ils forment sur un milieu solide des
colonies dont le contour est lisse (forme S: smooth ou forme L: lisse)

2) Pneumocoques mutants non capsulés et non virulents (forme R)

78
 Les pneumocoques mutants sans capsule ne sont pas virulents et ils forment
sur un milieu solide des colonies dont le contour est dentelé (forme R : rough,
rugueuse)

B) Transformation des pneumocoques de forme R en pneumocoques

de forme S

Des souris inoculées avec un mélange de pneumocoques S virulents tués par

la chaleur (non pathogènes) et de pneumocoques R non virulents vivants
(non pathogènes) meurent. De plus, des pneumocoques S virulents vivants
sont isolés à nouveau de ces souris mortes.

Il semble que les débris (agent transformant) des pneumocoques S chauffés

(non vivants) transforment des pneumocoques R vivants en forme S.

C) Agent transformant: l’ADN

En 1944, Oswald Avery, C.M. Macleod et McCarthy ont démontré que l'ADN
présent dans les débris des pneumocoques S tués par la chaleur est la seule
classe de molécules qui transforme des colonies rugueuses (pneumocoques R
vivants) en colonies lisses (pneumocoques S vivants). Les protéines et les
lipides n’ont aucun pouvoir de transformation

La démonstration que l'ADN est l'agent transformant constituait pour la

première fois une preuve que la substance responsable de l'hérédité (gènes)
était l'ADN. On croyait jusque là que c’était les protéines car elles sont plus
complexes que l’ADN

Définition de la transformation bactérienne

• Processus dans lequel une bactérie receuveuse absorbe de

l'ADN nu libéré dans le milieu par la lyse accidentelle ou provoquée de
bactéries donneuses

• Ces fragments d'ADN absorbés peuvent se recombiner au

chromosome de la bactérie réceptrice pour ainsi produire des
transformants (recombinants bactériens)

79
Caractéristiques de la transformation bactérienne
Compétence bactérienne: Aptitude de certaines bactéries à absorber des
fragments d’ADN libre et de les incorporer dans son génome, au cours de la
transformation.

Facteurs de compétence: récepteurs, nucléases, protéines liant l’ADN simple

brin

Paramètres pouvant influencer la compétence:

• Espèce bactérienne

• Phase de croissance

• Changement rapide de température

• Milieux de culture

B) Exemples de bactéries compétentes

Bactéries Gram + : Streptococcus pneumoniae, Bacillus subtilis, …

Bactéries Gram - : Neisseria gonorrhoeae, Haemophilus influenzae, …

80
Importance de la transformation bactérienne
• Transfert génétique horizontal ou latéral : Processus dans
lequel un organisme intègre du matériel génétique d’un autre
organisme sans en être le descendant.

• Cartographie génétique à l’aide de la transformation

bactérienne

 Position des gènes sur le chromosome bactérien

• Génie génétique

 Induction de la compétence chez E. Coli (bactérie naturellement non

transformable) par traitement au chlorure de calcium [CaCl2] et d’un
choc thermique.

 De l’ADN de n’importe quelle origine peut être introduit dans des

bactéries en l’insérant dans un plasmide avant transformation (107 à
108 transformants/mg d'ADN)

Conjugaison bactérienne
Découverte de J. Lederberg et E. Tatum (1946)
81
 Ils utilisèrent deux souches auxotrophes, présentant plusieurs exigences
nutritionnelles différentes (poly-auxotrophes), obtenues par mutation de la
souche prototrophe E. Coli K12

Souche A: Bio - Phe- Cys- Thr+ Leu+ Thi+

Souche B: Bio+ Phe+ Cys+ Thr- Leu- Thi-

(+ = synthèse; - = absence de synthèse)

(Bio: biotine; Phe: phénylalanine ; Cys: cystéine ; Thr: thréonine; Leu:

leucine; Thi: thiamine)

Principe de l’expérience de Lederberg et Tatum

Ils étalèrent soit environ 108 bactéries de la souche A ou de la souche B

(groupes témoins), soit un mélange de bactéries des deux souches (groupe
expérimental: lemélange est préalablement incubé pendant 4 à 5 heures
dans un milieu riche) sur des boîtes contenant du milieu minimal (eau, sels
minéraux, glucose et agar)

Résultats

A) Groupes témoins

Aucune colonie n’apparaît sur les milieux ensemencés avec des bactéries de la
souche A ou de la souche B car milieu minimal

B) Groupe expérimental

Environ 10 colonies deviennent visibles (croissance) sur le milieu ensemencé

avec le mélange de bactéries de la souche A et de la souche B (fréquence:
101 / 108 = 10-7 = 1/10 000 000).

Ces colonies sont nécessairement prototrophes puisqu'elles sont capables de

croître sur un milieu minimal sans supplément nutritionnel

Conclusion

Les nouvelles colonies de type prototrophe (Bio+ Phe+ Cys+ Thr+ Leu+ Thi+)
obtenues sur le milieu minimal sans supplément nutritionnel (groupe
expérimental) sont des bactéries recombinantes résultant probablement d'un
échange de matériel génétique entre les deux souches bactériennes.

82
 Caractéristiques de la conjugaison bactérienne
1. Nécessite un contact physique entre les bactéries (B. Davis 1950)

Un contact physique entre les deux souches est essentiel pour produire des
bactéries prototrophes (recombinants) (Expérience du tube en U).

Il fallait s’assurer que c’était un contact physique qui transmettait l’information

génétique et donc il y avait un filtre laissant passer seulement le milieu de
culture et après quelques heures, il les ensemença sur milieu minimum et
n’observa pas de croissance.

2. Présence d’un facteur de fertilité (F) dans les bactéries

donneuses (W. Hayes 1952)

Hayes démontra que le transfert de gènes observé par Lederberg et Tatum

s’effectuait dans un sens déterminé. Il émit donc l'hypothèse de la présence
d'un facteur de fertilité (F) dans les bactéries donatrices

A) Bactéries receveuses: F- (sans facteur de fertilité)

B) Bactéries donneuses: F+ (avec un facteur de fertilité F)

• Lors d’un croissement F+ x F-, les descendants ne sont que rarement

modifiés dans leur auxotrophie, mais les souches F- deviennent
fréquemment F+

• Le Facteur de fertilité F est sur un plasmide

C) Bactéries donneuses: Hfr (haute fréquence de

recombinants)

• Les bactéries donneuses transferts des gènes chromosomiques avec une

grande efficacité, mais ne transforment pas les bactéries receveuses en
cellule F+. (croissement Hfr x F- : recombinants bactériens)

• Le facteur de fertilité F est intégré dans le chromosome

bactérien à des sites spécifiques

3. Transfert linéaire de l’ADN (plasmide ou chromosome) de la

bactérie donneuse dans la bactérie receveuse F- (E. Wollman et
F. Jacob 1957)

Le chromosome circulaire (Hfr) ou le plasmide F de la donneuse est transféré

dans la receveuse F- de façon linéaire à partir d'un point spécifique appelé
origine de transfert [O] (transfert orienté et progressif).

83
Définition de la conjugaison bactérienne

Mécanisme qui consiste en un transfert linéaire et unidirectionnel du

chromosome bactérien (Hfr) ou du plasmide F de la cellule donneuse à la
cellule receveuse (F-) à l'aide d’un contact direct entre les cellules (contact
initié par le pilus sexuel)

84
85
 Plasmide F
Structure générale du plasmide F (plasmide conjugatif)

• Le plasmide F est une petite molécule d'ADN bicaténaire circulaire de 95-

100 kpb, extra ou intrachomosomique (épisome), autoréplicable et
autotransférable

Épisomes

Plasmides libres ou intégrés au chromosome de l’hôte

Éléments génétiques susceptibles de se répliquer dans l’un des deux états:

1) Intégrés au chromosome de la cellule hôte

2) Libres dans le cytoplasme

Ex: Plasmide F (F+ ou Hfr)

Principaux types de plasmides

• Plasmide F: Facteur de fertilité (Escherichia, Pseudomonas,

Staphylococcus,…)

• Plasmides R: Résistance aux antibiotiques et autres inhibiteurs…

• Plasmides Col: Production et résistance aux bactériocines (colicine)

• Plasmides de virulence: enterotoxines, invasion, antigènes,…

• Production d’antibiotique (Streptomycine)

• Plasmides métaboliques: dégradation de substances inhabituelles,…

Peuvent être conjugatifs (transférables d’une bactérie à une autre durant une
conjugaison promue ou non par un autre plasmide)

Intégration du plasmide F

Le plasmide F peut s’intégrer dans le chromosome bactérien en de nombreux

sites différents au niveau de séquences d’insertion. Dans l’exemple il s’afit de
IS3 localisée entre les gènes chromosomiques pro et lac. Certains gènes du
plasmide sont présents.

86
Lors du transfert chez Hfr, il y a une coupure à l’origine de transfert puis un
transfert de l’ADN à la cellule receveuse. C’est pour cela que le plasmide F est
essentiel au transfert parce que c’est là que se produit l’ouverture.

Les plasmides conjugatifs sont les premiers plasmides qui ont été découverts
chez la bactérie Escherichia coli dans les années 1950. On les appelle aussi
facteurs de fertilité ou plasmides F. Ces plasmides confèrent à la bactérie hôte
la capacité de synthèse de pili dit sexuels. Par l'intermédiaire de ces pili, la
bactérie porteuse (donneuse) peut transférer une copie du plasmide F par
processus de conjugaison bactérienne. Les plasmides F possèdent au minimum
une origine de réplication et tous les gènes nécessaires à la synthèse des pili et
du transfert du plasmide. Certains plasmides F sont des épisomes, c'est-à-dire
qu'ils peuvent s'intégrer dans le génome chromosomique.

Conjugaison bactérienne : Hfr x F-

87
Conjugaison F’ ou sexduction

Comme le plasmide F est un épisome, il peut quitter le chromosome bactérien

et reprendre son statut autonome de facteur F. Au cours de ce processus, il
arrive que le plasmide fasse une erreur d’excision et emporte une portion du
chromosome. On l’appelle alors le plasmide F’ car in est génétiquement distinct
du plasmide F.

88
Conjugaison F’ ou sexduction : Acquisition par une bactérie receveuse (F-),
lors du processus de conjugaison, de gènes chromosomiques liés au plasmide F
(F’)

Importance de la conjugaison bactérienne

• Transfert génétique horizontal ou latéral

• Cartographie du chromosome bactérien à l’aide de la

conjugaison bactérienne

89
 Cartographie par conjugaison interrompue: unité de minute

Principe de la méthode

1. Croisement Hfr x F-

2. Échantillons prélevés à intervalles de temps réguliers

3. Agitation courte mais violente (inhibition du transfert: conjugaison

interrompue)

4. Étalement sur des milieux sélectifs différents permettant de dénombrer

différents types de recombinants bactériens (conjugants)

* La vitesse de transfert de l'ADN étant relativement constante, le temps

d'entrée des marqueurs génétiques donne une idée exacte de la distance
relative (en unité de temps) qui les sépare

À l'aide de différentes souches Hfr, la carte chromosomique d' E. Coli fut

divisée en 100 minutes, chaque minute correspondant à environ 20 loci. Par
convention, la position 0 (zéro) se situe au locus thr de la souche HfrH
(Hayes) et la direction du transfert s'effectue dans le sens horaire

Loci: locus (plural loci) is the specific location of a gene or DNA sequence on
a chromosome. A variant of the DNA sequence at a given locus is called an
allele. The ordered list of loci known for a particular genome is called a
genetic map. Gene mapping is the process of determining the locus for a
particular biological trait.

90
Transduction bactérienne
Bactériophages

Description d’un bactériophage

 Virus de bactéries constitué d'une capside protéique contenant une

molécule mono ou bicaténaire d'ADN ou d'ARN et pouvant se retrouver
sous deux stades: intracellulaire et extracellulaire

 Les phages sont des parasites intracellulaires obligatoires

Types de bactériophages

 Phages virulents: cycle lytique

Les phages qui lysent (destruction) toutes les bactéries qu'ils infectent
sont appelés phages virulents

Ex.: phages de la série T

 Phages tempérés: cycle lytique ou cycle lysogénique

Le phage tempéré peut se comporter comme un phage virulent et suivre

le cycle lytique ou demeurer à l'état latent dans une bactérie hôte (cycle
lysogénique)

Ex.: P1 tempéré, P22 tempéré, lambda tempéré

 Bactéries lysogènes

Bactéries qui possèdent et transmettent à leur descendance le pouvoir de

produire des phages en absence d’infection (elles possèdent l’ADN du
phage)

Ex : E. coli (lambda), E. Coli (P1)

 Prophage

Forme latente du génome viral qui réside dans l’hôte sans le détruire

Ex : Prophage lamda de E. coli

L’ADN du phage lambda s’intègre par recombinaison dans un site

spécifique du chromosome d’E. coli et y demeure dans un état passif
(prophage)

91
Certains bactériophages (appelés phages tempérés) peuvent demeurer dans
un état quiescent en intégrant leur matériel génétique à l'ADN de la bactérie.
On parle alors de provirus ou de prophage, c'est-à-dire un virus dont le
matériel génétique est intégré au génome de l'hôte. Ces phages endogènes,
sont copiés à chaque division cellulaire avec l'ensemble de l'ADN de la
bactérie, que l'on qualifie alors de lysogène. Pendant cette phase de latence,
l'expression des gènes codés par le génome du phage est en général
réprimée par une protéine répresseur.

Transduction bactérienne

Définition

Transfert génétique au cours duquel un ou plusieurs gènes bactériens sont

transmis d’une bactérie donneuse à une bactérie receveuse par
l’intermédiaire d’un bactériophage transducteur qui agit comme vecteur en
transportant une portion du chromosome bactérien de la donneuse à la
receveuse

Il existe deux types de transduction: généralisée ou spécialisée

**Importance de la transduction bactérienne (généralisée et

spécialisée)

• Transfert génétique horizontal ou latéral

• Cartographie du chromosome bactérien

1. Transduction généralisée

Transduction dans laquelle les phages tempérés ou virulents transportent un

exogénote bactérien qui peut correspondre à n'importe quel fragment du
chromosome de la bactérie donneuse. Ex.: P1 / E. Coli, P22 /
S. typhimurium

Cinétique de la transduction généralisée (ex.: P1 / E. Coli)

Comme pour la transformation et la conjugaison, la cinétique de la

transduction bactérienne consiste en deux grande étapes:

Transfert de marqueurs génétiques de la donneuse à la receveuse par

l’entremise d’un vecteur phagique

Recombinaison de ces marqueurs au génome de la bactérie receveuse

92
Cinétique de la transduction généralisée
1) Infection phagique des bactéries donneuses

2) Erreur lors de l’assemblage des phages (encapsidation)

Lors de l’encapsidation du génome phagique, un court fragment d’ADN peut

être incorporé (encapsidé) par erreur et au hasard dans la tête phagique, soit
la formation d’un phage transducteur

3) Lyse des bactéries donneuses et libération de phages normaux et

transducteurs

La très grande majorité (>99%) des phages produits sont normaux tandis
qu’une minorité possèdent seulement de l’ADN bactérien dans leur capside
(Phages)

Les phages transducteurs ne contiennent pas d’ADN viral !

4) Infections des bactéries réceptrices par les phages normaux et

transducteurs

L’infection d’une bactérie par un phage transducteur (incapable de lyser la

bactérie) produira un transductant (après intégration de l’ADN par
recombinaison dans le génome de la bactérie réceptrice)

 On peut se servir de la transduction générale pour déterminer la

distance entre deux gènes si on suppose que l en déterminant la
fréquence de cotraduction.

Transduction spécialisée
Transduction dans laquelle un phage tempéré, défectif pour une partie de
son information génétique, a inséré, de manière stable dans son génome, un
fragment d'ADN de la bactérie donneuse correspondant à quelques gènes
bactériens spécifiques

Ex.: lambda / E. Coli, φ80 / E. Coli

Cinétique de la transduction spécialisée (ex.: lambda / E. Coli)

1) Libération du prophage du chromosome d’une bactérie sauvage lysogène

donneuse

Sous certaines conditions de culture (ex.: irradiation aux ultraviolets), le

prophage devient susceptible à son excision du chromosome bactérien

2) Erreur d’excision du prophage

93
À l'aide d'enzymes phagiques spécifiques, il y a excision normale du
prophage produisant ainsi un génome phagique et un génome bactérien
intact

Avec une fréquence très faible (10-6 à 10-7), il peut se produire une
erreurd'excision suite à des clivages incorrects. Cette erreur d'excision
produit des fragments hybrides d'ADN (ADN phagique + ADN bactérien)

Puisque le prophage lambda s'intègre dans le chromosome bactérien entre

les gènes bactériens gal et bio, certains phages transducteurs contenant
gal [phage lambda défectif gal] ou bio [phage lambda défectif bio] peuvent
être produits suite aux erreurs d'excision, d'où la transduction spécialisée

3) Lyse des bactéries donneuses et libération des phages normaux et des

phages défectifs

La majorité des phages libérés sont normaux tandis qu'une faible proportion
sont transducteurs (fréquence de phages lambda défectifs: 10-6 à 10-7)

4) Infection de bactéries receveuses par des phages normaux/défectifs

5) Recombinaison homologue de l’ADN transduit au génome de la bactérie

receveuse (transductant)

Résumé transduction

L’ADN est transféré d’une cellule à une autre par un bactériophage.

Le virion transducteur est généralement non0infectieux car les gènes

bactériens ont remplacé les gènes viraux impliqués dans sa virulence
(désigne le caractère pathogène, nocif et violent d'un micro-organisme).

• Transduction généralisée : Phage P22/ Salmonella et P1/E. coli. L’ADN

peut théoriquement provenir de n’importe quelle partie du génome et
devenir l’ADN du virion mature à la place du génome viral. Si les
gènes du donneur ne subissent pas une recombinaison homologue
avec le chromosome bactérien du récepteur, ils sont perdus. Ils ne
peuvent se répliquer indépendamment et ne font pas partie d’un
génome viral.

Particule transductrice : virion qui ne porte pas d’ADN viral mais plutôt
l’ADN bactérien.
94
 Les phages qui forment des particules transductrices peuvent être
tempérés ou virulents.

• Transduction spécialisée : Phage Lambda. Implique la transduction de

l’opéron galactose. Seulement chez certains phages spécialisés. L’ADN
d’une région spécifique de l’hôte est directement intégré dans le
génome viral remplaçant certains gènes viraux. Il peut y avoir
recombinaison homologue mais l’ADN bactérien donneur constitue une
partie du phage tempéré. Le gène peut donc être intégré dans le
chromosome de l’hôte lors de sa lyogénisation ou bien être répliqué
dans une infection lytique.

Chapitre VI relation hôtes-

micro-organismes
Généralité

Un écosystème se définit comme un ensemble dynamique composé d’une

communauté (ensemble de populations) et de facteurs abiotiques (humidité,
lumière, température) avec lesquels les organismes interagissent

Le corps humain peut être comparé à une multitude d’écosystèmes dans le

sens où il est formé de plusieurs communautés de cellules qui vivent dans
des conditions environnementales différentes

En plus des cellules eucaryotes (~60 000 milliards) qui nous constituent, il
faut ajouter les micro-organismes qui habitent les divers écosystèmes de
notre corps. En fait nous transportons tous les jours plus de cellules
procaryotes que nos propres cellules eucaryotes. En réalité nous pourrions
renommer les divers systèmes qui nous composent d’écosystèmes
(respiratoire, digestif, uro-génital, …) tant les conditions abiotiques et
biotiques diffèrent

Les micro-organismes interagissent non seulement avec leurs

environnements, mais également avec d’autres organismes

95
Microflore normale du corps humain
Définition: Mélange de micro-organismes que l’on trouve régulièrement
dans un site anatomique donné (microbiota normale; flore
commensale)

• Résidants : - Micro-organismes rencontrées en permanence

chez l’hôte

• Temporaires: - Micro-organisme rencontrées de façon

temporaire (jours/mois) chez l’hôte. Fixation et multiplication
difficiles.

Milieu intérieur/extérieur:

• Le milieu extérieur d’un animal est le milieu dans lequel vit cet animal

C’est le milieu en contact avec sa surface (peau/muqueuses)

La peau et les muqueuses sont toujours en contact avec les micro-

organismes de l’environnement et sont rapidement colonisés par
diverses espèces microbiennes

• Le milieu intérieur est liquide interstitiel qui remplit les espaces entre
les cellules

Cerveau, sang, liquide céphalorachidien, muscles,…

Milieu très riche dans lequel tout micro-organisme aimerait baigner

Normalement dépourvus de micro-organismes chez une personne en

bonne santé.

Colonisation

Le développement du fœtus se fait dans un milieu stérile; le liquide

amniotique. À ce moment le fœtus ne possède aucune flore commensale

Colonisation au moment de la naissance par la flore vaginale et

l’environnement (gens, nourriture, peau de la mère, …)

• L’alimentation semble un facteur déterminant dans la colonisation

bactérienne:

• L’enfant nourri au sein possède les mêmes espèces qu’un enfant nourri
au lait maternisé, mais la concentration de chacune des espèces varie

96
Ex.: Bifidobacterium bifidus en plus grande concentration que E. Coli ou
Bacteroides chez les enfants allaités

en lactose/lipide/prébiotiques dans le lait diffère chez la femme et la vache.

Bifidobacterium transformerait le lactose en acide lactique acidifiant ainsi le
contenu intestinal et formant un effet de barrière contre les pathogènes

2 jours après la naissance la peau et les muqueuses sont colonisées, mais

évolution…

97
98
Animaux gnotobiotiques (microflore connue) et axéniques
(dépourvus de microflore)

Permet d’examiner les interactions entre des animaux et des micro-

organismes spécifiques

Établissement d’une colonie axénique (ex souris)

Césarienne dans des conditions aseptiques dans une chambre stérile

Transfert des animaux nouveau-nés dans des incubateurs stériles (air, eau et
nourriture fournis stérilement)

Une fois accoutumé, reproduction pour maintenir une lignée

Principales caractéristiques des animaux axéniques

Plus sensibles aux pathogènes (absence de l’effet barrière des commensaux)

Absence de carie/plaque dentaire

Tissus lymphoïdes peu développés

Parois intestinale peu épaisse et selles plus molles (absorption d’eau ralentit)

Plus faible titre d’anticorps

Exigent de grande quantité de vitamine K et de complexes B

Débit cardiaque et taux métabolique réduit

Relations entre l’hôte et la microflore normale

Généralités

Quel type de relation symbiotique les micro-organismes ont-ils établi avec

l’Homme ?

Mutualisme : Les micro-organismes apportent un certain bénéfice

(vitamines produites par les bactéries du côlon). Chez les ruminants, les
micro-organismes (bactéries et protozoaires) de la panse sont indispensables
car ils digèrent la cellulose

Commensalisme :Certains micro-organismes tirent un avantage certain de

l’hôte humain (nourriture, humidité, température) sans l’affecter

99
Parasitisme : Oui, lorsque seuls les micro-organismes en tirent profit.
L’hôte est généralement lésé. Ex.: Pathogène lorsque l’hôte est affecté

Commensalisme vs parasitisme

La relation entre un hôte et les micro-organismes qu’il abrite est un équilibre

précaire qui peut basculer en faveur de l’un ou de l’autre

Normalement les micro-organismes commensaux établissent un équilibre

durable avec l’hôte. Ils profitent de l’hôte sans l’affecter. Ils peuvent même
offrir une certaine protection contre l’invasion par les pathogènes (effet
barrière)

Par contre si par mégarde ils sont introduits dans un endroit qu’ils n’occupent
pas normalement, ils peuvent se comporter comme des parasites et il peut
s’en suivre une infection

Ex.: E. coli et infections urinaires

De même si les défenses immunitaires de l’hôte sont affaiblies l’équilibre

précaire peut être rompu à la faveur du micro-organisme

Ex.: les personnes infectées par le VIH

**Pathogène opportuniste: micro-organisme de la flore normale qui devient

pathogène dans certaines circonstances

Protections naturelles
A) Les barrières mécaniques

Ce sont des structures épithéliales passives qui forment un obstacle physique

ou mécanique à la pénétration des micro-organismes vers l’intérieur

C’est la première ligne de défense contre les micro-organismes

1) Le système tégumentaire

Il comprend la peau et les annexes cutanées (poils, cheveux, ongles,

glandes). C’est un épithélium stratifié, squameux kératinisé soutenu par un
tissu conjonctif dense non-orienté et qui forme la surface de notre corps.
Très résistant

2) Les muqueuses

Structures anatomiques qui tapissent la surface interne des cavités

corporelles. Constituées d’un épithélium en surface, d’un conjonctif sous-
100
jacent (lamina propria, chorion) et d’une couche musculaire. Ex.: muqueuses
intestinale, respiratoire, vaginale, …

B) Les barrières physiologiques

1) Sécrétion ou formation de produits antibactériens par l’organisme

a) Kératine de la peau: Couche de cellules mortes en surface de la peau que

peu de bactéries peuvent hydrolyser. Desquamation de la peau…

b) Sécrétions des glandes cutanées qui ont un pH acide ralentissent le

développement des nombreuses bactéries

c) Mucus et cils des voies respiratoires

d) Péristaltisme, mictions,…

e) Acidité de l’estomac, vagin, …

f) Lysozyme, lactoferrine et lactoperoxydase dans diverses sécrétions

2) Effet de barrière (ou barrière biologique)

Activité des bactéries commensales de la peau/muqueuses qui créent des

conditions défavorables à l’implantation de micro-organismes
indésirables

Exemple de défenses non spécifiques

101
Pathogénicité bactérienne

Pour induire une maladie, une bactérie pathogène doit conserver un

réservoir et pouvoir être transportée vers un hôte pour y entrer
102
Origines de l’infection

Exogène: - Agents infectieux proviennent de l’extérieur de l’organisme

(grippe, rhume,…)

- Contamination par des personnes (animaux) infectées, vecteurs,

environnement

1) Transmission directe: D’un hôte à une autre personne (toux,

éternuements, contact corporel (MTS))

2) Transmission indirecte: - Agents pathogènes dispersés dans

l’environnement par un hôte infecté (air, sol, eau, aliments, …)

3) Transmission par un vecteur: - Organisme différent de l’humain qui

transmet les agents pathogènes d’un hôte à une autre personne

4) Transmission par des aliments: - Viande cru, conserves mal préparés, …

Endogène: - Agents infectieux proviennent de l’intérieur de l’organisme

suite à un déséquilibre entre l’hôte et les micro-organismes qu’il abrite.

- Suite à un affaiblissement du système immunitaire, rupture d’une barrière,

infection d’une plaie,…

Adhérence cutanée ou mucosale

1) Après avoir été transmit à un hôte approprié, l’agent pathogène doit être
capable de se fixer et de coloniser les cellules et les tissus de l’hôte

103
Invasion
2) L’entrée dans les cellules et les tissus de l’hôte est une stratégie
spécialisée assurant la survie et la multiplication de nombreuse
bactéries pathogènes

Mécanismes actifs

• Sécrétion par les bactéries de substances lytiques qui altèrent le

tissu de l’hôte

104
 Ex: Collagénases, protéases, phospholipases, H2O2,…

Mécanismes passifs

• Profite de fissures, lésions, ulcères dans une muqueuse

• Blessures, éraflures et brûlures à la surface de la peau

• Voies d’internalisation eucaryotes (endocytose/phagocytose)

**Une fois sous la muqueuse, le pathogène peut atteindre des tissus

plus profonds et continuer à se disséminer dans le corps de l’hôte:
c’est le pouvoir invasif

Colonisation et croissance

3) Pour qu’une bactérie soit efficace dans son développement et sa

multiplication, elle doit trouver un environnement approprié chez
l’hôte:

Éléments nutritifs, acidité, température, oxygénation,…

Multiplication à la porte d’entrée sous la muqueuse (foyers localisés) Ex:

Staphylococcus et Furoncle

Relocalisation vers d’autres sites de l’hôtes via le système lymphatique

(ganglions, rate,…) et/ou la circulation sanguine

**La présence de bactéries viables dans le courant sanguin est appelée

bactériémie. Une maladie associée à la présence de pathogènes dans le sang
est appelée septicémie. Ces infections ont toujours un point de départ
tissulaire (généralement reins, intestins, poumons) avec une infection
localisée qui se généralise

Virulence
Niveau de pathogénicité défini par un micro-organisme

Généralités

- La virulence tient compte autant du potentiel d’agression du micro-

organisme

(pouvoir pathogène) que de la susceptibilité de l’hôte

105
 - Quantitatif et mesurable

Variabilité de la virulence
Exaltation: Augmentation progressive de la virulence (potentiel d’agression)

- Naturelle

- Micro-organismes plus virulents en période d’épidémie qu’en

période normale

- Expérimentale
106
 - Transferts successifs d’un microorganisme pathogène sur des
hôtes sensibles. Mécanisme inconnu

Atténuation: Perte graduelle de la virulence

- Naturelle

- Conditions plus favorables aux micro-organismes moins

virulents

- Perte de l’information génétique conduisant à la virulence

- Expérimentale

- Vieillissement des cultures, actions de divers agents physiques

(lumière, température) ou chimiques

- Repiquages successifs sur certains milieux de culture

►Importante pour la mise au point de vaccin (BCG, bacille de Calmette et

Guérin, Sabin

contre la polio). Pouvoir pathogène atténué n’affecte pas le pouvoir

immunogène. Un

organisme vivant mais atténué est généralement plus immunogène qu’un

organisme mort

Facteurs de virulence
Composantes bactériennes qui contribuent à la virulence ou au
pouvoir pathogène

A) Facteurs d’adhésion (adhésines; voir le tableau 21.3)

B) Facteurs biochimiques et métaboliques

1) Sécrétion d’enzymes de dégradation (protéases, lipases,

collagénases,…)

favorisant la colonisation, la croissance et l’invasion des

pathogènes chez l’hôte.

2) Les toxines:

107
 - Molécules toxiques pour l’hôte provenant du métabolisme
ou constituants cellulaire des micro-organismes
pathogènes

- Une bactérie peut produire plusieurs toxines en même

temps !

- Empoisonnement vs infection

C) Facteurs antigéniques

La défense d’un hôte repose en grande partie sur la capacité de

reconnaître

des antigènes bactériens par le système immunitaire. Les

mutations que

subissent les bactéries entraînent des modifications des

antigènes qu’elles

portent. Les anticorps antérieurement produits sont inefficaces

Types de toxines
1) Exotoxines:

• Protéines toxiques sécrétées lors de la croissance de certaines

bactéries (Gram+ et -)

• Ces toxines diffusent, circulent et provoquent des lésions tissulaires

à distance de l’infection

• Sensibles à la chaleur, formaldéhyde et iode, capables de les

inactiver

• Inactivation des exotoxines = anatoxines (pouvoir antigénique

et/ou immunogène conservé) Ex: Vaccins contre tétanos ou
diphtérie

• Généralement un mode d’action spécifique et elles agissent à faible

dose (mg/kg) avec une période de latence Ex: 100 g de toxine
botulique pour anéantir l’humanité !!!

• Ce sont généralement des toxines qui se fixent sur des récepteurs

cellulaire (spécificité) et qui perturbent le fonctionnement des
cellules cibles par:

 Inhibent la synthèse protéique, la neurotransmission

108
  Perturbation du transport membranaire

 Dommages membranaires

A) Les toxines cytolytiques ou désorganisatrices de la membrane

• Enzymes provoquant la lyse cellulaire). Favorisent la dissémination

des bactéries à l’intérieur des tissus Ex: hémolysines,
phospholipases, leucocidines,…

B) Les toxines A-B (deux sous-unités)

A: enzymatique et responsable de l’effet toxique

B: fixatrice à un port, ouvre la cellule

Ex.: toxine botulique, tétanique, cholérique, coquelucheuse, charbonneuse,…

C) Les toxines superantigéniques

Stimulent un grand nombre de cellules de la réponse immunitaire de l’hôte,

créant une réaction inflammatoire étendue

109
L’entérotoxine du choléra

2) Endotoxines

- Contenues à l’intérieur des bactéries mais libérées par la lyse cellulaire (à

leur mort) ou pendant la multiplication.

- Proviennent principalement des Gram - Ex: - Le lipide A du LPS

(lipopolysaccharide) de la paroi des Gram-

- Résistent à la chaleur (ne forment pas d’anatoxine)

- Faiblement antigéniques (peu de réponse immunitaire)

Mode d’action: - Peu spécifique en général et aucune période de latence

- Pouvoir pyrogène (incitent les macrophages à libérer des

pyrogènes
110
 endogènes comme l’interleukine-1) rôle prééminent dans la
réponse inflammatoire du corps aux infections. Elle
augmente l'expression de facteurs d'adhésion sur les cellules
endothéliales, afin de faciliter la transmigration des
leucocytes (globules blancs) sur le ou les sites de l'infection.

- Agissent à concentration beaucoup plus forte (mg/kg) que les

exotoxines

- Causent plus souvent qu’autrement des symptômes peu

spécifiques (céphalées, fièvres, diarrhées,
inflammation)

Ex: Escherichia coli (avec LPS) et Bacilus subtilis (Gram+ sans

LPS). LPS va causer la mort de l’organisme par endotoxine
vs survie

Susceptibilité de l’hôte

Facteurs de risque d’infection chez l’hôte

Un certain nombre de facteurs de l’hôte le sensibilise aux

maladies infectieuses

A) Âge

- Jeunes:

- système immunitaire immature

- microflore intestinale moins bien développée

111
- barrière placentaire chez le fœtus

- anticorps maternels

- Personnes âgées:

- baisse des défenses antimicrobiennes

- moins de mictions (hypertrophie de la prostate)

B) Le stress (fatigue, exercice, changement climatique, …)

- La cortisone produite en grande quantité en période de stress réduit la

réponse inflammatoire et donc diminution de la réponse immunitaire

C) État nutritionnel

- La résistance aux maladies infectieuses est plus élevée chez une

personne bien

nourrie (protéines, vitamines, etc) que chez celle souffrant de

malnutrition

- Nutriments nécessaires au maintien et renouvellement des

tissus

Ex.: Vitamine C/scorbut; sucres/carie dentaire

- Modification de la microflore intestinale

D) Prédispositions génétiques

- Selon les gènes hérités un individu possède un système immunitaire

+/- efficace

- Mutation F508del dans le gène CFTR (fibrose kystique/mucoviscidose)

- Mutation delta 32 dans le gène CCR5: résistance VIH-1

E) Facteurs environnementaux

- Salubrité, surpopulation, installations sanitaires, qualité de l’eau,

situations géographiques, conditions climatiques, latitude

F) Circonstances favorables

112
 - Tout événement (rupture d’une barrière naturelle, affaiblissement du
système immunitaire) qui permet à un organisme pathogène de
pénétrer et de se multiplier à l’intérieur d’un hôte

• Accidentelle: brûlure, traumatisme, éraflure

• Chirurgicale: incision, points de suture

• Affaiblissement du système immunitaire

(immunosuppresseurs, HIV, cancers, etc.).

** De nombreuses personnes contracteront une infection à la suite de leur

admission dans un établissement de santé (infection nosocomiale)

Infection neusocomiale : infection suite à l’admission dans un établissement

de santé, infection ironique?

Maladie infectieuse

Le cycle infectieux (4 phases)

1) Incubation

- Phase comprise entre l’entrée du micro-organisme dans l’hôte et

l’apparition

des premiers symptômes de sa présence

Caractéristiques: - Silencieuse, sans symptômes

- Porteur peut cependant transmettre la maladie

Durée: - Très variable selon l’agent infectieux en cause

Jours: Scarlatine 4, varicelle 15, oreillons 21

Semaines: Tétanos 1 à 3

Mois: Tuberculose, rage

Années: Sida

2) Invasion

- Phase marquée par l’apparition des premiers symptômes

113
 Caractéristiques: - Fièvre, courbatures, malaises non spécifiques ne
permettant pas de

poser un diagnostic précis.

3) Période d’état

- Apparition des signes spécifiques permettant de diagnostiquer la

maladie

4) Guérison

- Rétablissement des fonctions normales de l’organisme et réparation

des

dommages tissulaires le cas échéant

Avec immunisation:

- L’organisme devient réfractaire à l’agent infectieux

Sans immunisation:

- Rechute: L’organisme redevient sensible à l’agent infectieux avant la

guérison

complète

- Récidive: L’organisme redevient sensible à l’agent infectieux après la

guérison

Complète

Complications infectieuses

- Aggravation de l’infection qui se manifeste par l’apparition de

nouveaux

symptômes

Ex.: infection localisée qui se généralise et devient systémique

Séquelles

- Lésions définitives suite au passage d’un agent infectieux

Ex.: varicelle, polio,…

114
Contagiosité

- Il n’y a pas de règles uniformes concernant la période et le degré de

contagion

- Ce phénomène varie selon les agents infectieux en cause

- De façon générale la contagion est maximale au cours de la période

d’état mais

on peut également la retrouver à la fin de la période d’incubation et

au moment

de l’invasion. Dans quelques cas on peut même la retrouver en pleine

convalescence

ou après la guérison

115