Professional Documents
Culture Documents
1. Nomenklatur Enzim
Biasanya enzim mempunyai akhiran –ase. Di depan –ase
digunakan nama substrat di mana enzim itu bekerja., atau nama reaksi yang
dikatalisis. Misal : selulase, dehidrogenase, urease, dan lain-lain. Tetapi
pedoman pemberian nama tersebut diatas tidak selalu digunakann. Hal ini
disebabkan nama tersebut digunakan sebelum pedoman pemberian nama
diterima dan nama tersebut sudah umum digunakan. Misalnya pepsin, tripsin,
dan lain-lain. Dalam Daftar Istilah Kimia Organik (1978), akhiran –ase
tersebut diganti dengan –asa.
2. Struktur Enzim
Pada mulanya enzim dianggap hanya terdiri dari protein dan
memang ada enzim yang ternyata hanya tersusun dari protein saja. Misalnya
pepsin dan tripsin.Tetapi ada juga enzim-enzim yang selain protein juga
memerlukan komponen selain protein. Komponen selain protein pada enzim
dinamakan kofaktor. Koenzim dapat merupakan ion logam/ metal, atau
molekul organik yang dinamakan koenzim. Gabungan antara bagian protein
enzim (apoenzim) dan kofaktor dinamakan holoenzim.
Enzim yang memerlukan ion logam sebagai kofaktornya
dinamakan metaloenzim.. Ion logam ini berfungsi untuk menjadi pusat katalis
primer, menjadi tempat untuk mengikat substrat, dan sebagai stabilisator
supaya enzim tetap aktif.
Mg2+ Fosfohidrolasa
Fosfotransferasa
3. Aktivitas Enzim
Seperti halnya katalisator, enzim dapat mempercepat reaksi Kimia
dengan menurunkan energi aktivasinya. Enzim tersebut akan bergabung
sementara dengan reaktan sehingga mencapai keadaan transisi dengan energi
aktivasi yang lebih rendah daripada energi aktivasi yang diperlukan untuk
mencapai keadaan transisi tanpa bantuan katalisator atau enzim.
amilase
2 (C6H10O5)n + n H2O n C12H22O11
amilum maltosa
maltase
C12H22O11 + H20 2 C6H12O6
maltosa glukosa
5. Koenzim
Dalam peranannya ,enzim sering memerlukan senyawa organik
tertentu selain protein. Ditinjau dari fungsinya, dikenal adanya koenzim yang
berperan sebagai pemindah hidrogen, pemindah elektron, pemindah gugusan
kimia tertentu (“group transferring”) dan koenzim dari isomerasa dan liasa.
DAFTAR PUSTAKA
1. Hidrolase
Hidrolase merupakan enzim-enzim yang menguraikan suatu zat dengan
pertolongan air. Hidrolase dibagi atas kelompok kecil berdasarkan substratnya
yaitu :
A. Karbohidrase, yaitu enzim-enzim yang menguraikan golongan karbohidrat.
Kelompok ini masih dipecah lagi menurut karbohidrat yang diuraikannya, misal :
a. Amilase, yaitu enzim yang menguraikan amilum (suatu polisakarida) menjadi
maltosa 9 suatu disakarida).
c. Sukrase, yaitu enzim yang mengubah sukrosa (gula tebu) menjadi glukosa dan
fruktosa.
d. Laktase, yaitu enzim yang mengubah laktase menjadi glukosa dan galaktosa.
e. Selulase, emzim yang menguraikan selulosa ( suatu polisakarida) menjadi
selobiosa ( suatu disakarida)
f. Pektinase, yaitu enzim yang menguraikan pektin menjadi asam-pektin.
2. Oksidase dan reduktase , yaitu enzime yang menolong dalam proses oksidasi
dan reduksi.
Enzim Oksidase dibagi lagi menjadi;
a. Dehidrogenase : enzim ini memegang peranan penting dalam mengubah zat-
zat organik menjadi hasil-hasil oksidasi.
b. Katalase : enzim yang menguraikan hidrogen peroksida menjadi air dan
oksigen.
BAB I
PENDAHULUAN
1.3 Tujuan
Berdasarkan rumusam masalah maka makala ini bertujuan sebagai berikut:
1) Mengetahui Klasifikasi Enzim berdasarkan tipe dan mekanism reaksi.
2) Mengetahui bahwa Enzim memerlukan koenzim.
3) Mengetahui Enzim murni berfungsi sangat penting bagi pemahaman
struktur, fungsi, mekanisme reaksi, dan pengaturan enzim.
4) Mengetahui Enzim dapat ditemukan di dalam organel spesifik
BAB II
PEMBAHASAN
Satu abad lalu, baru ada beberapa enzim yang dikenal dan kebanyakan di
antaranya mengatalisis reaksi hidrolisis ikatan kovalen. Semua enzim ini
diidentifikasi dengan penambahan akhiran –ase pada nama substansi atau substrat
yang dihidrolisisnya. Jadi, lipase menghidrolisis lemak (Yunani lipos), amilase
menghidrolisis pati (Yunani amylon), dan protease menghidrolisis protein.
Meskipun banyak sisa peristilahan ini masih tetap bertahan sampai sekarang,
pemakaiannya sudah terbukti tidak memadai ketika ditemukan berbagai enzim
yang mengatalisis reaksi yang berbeda terhadap substrat yang sama, misal,
oksidasi atau reduksi terhadap fungsi alcohol suatu gula. Sementara akhiran -ase
tetap digunakan, nama enzim yang ada sekarang ini lebih menekankan pada tipe
reaksi yang dikatalisisnya. Sebagai contoh, enzim dehidrogenase mengatalisis
pengeluaran hidrogen, sementara enzim transferase mengatalisis reaksi
pemindahan gugus. Dengan semakin banyaknya enzim yang ditemukan,
ketidakjelasan juga semakin tak terelakkan, dan kerap kali tidak jelas enzim mana
yang tengah dibicarakan oleh seorang penyelidik. Untuk mngatasi permasalahan
ini, International Union of Biochemistry (IUB) telah mengadopsi sebuah sistem
yang kompleks tetapi tidak meragukan bagi peristilahan enzim yang didasarkan
pada mekanisme reaksi. Meskipun kejelasan dan pengurangan keraguan tersebut
membuat sistem nomenklatur IUB dipakai untuk ujian riset, nama yang lebih
pendek tetapi kurang begitu jelas tetap digunakan dalam buku ajar dan
laboratorium klinik. Karena alasan tersebut, sistem IUB hanya disampaikan secara
sepintas.
1) Reksi dan enzim yang mengatalisis reaksi tersebut membentuk enem
kelas, masing-masing mempunyai 4-13 subkelas.
2) Nama enzim terdiri atas 2 bagian. Nama pertama menunjukkan substrat.
Nama kedua, yang berakhir dengan akhiran –ase, menyatakan tipe reaksi yang
dikatalisis.
3) Informasi tambahan, bila diperlukan untuk menjelaskan reaksi, dapat
dituliskan dalam tanda kurung pada bagian akhir; misal, enzim yang mengatalisis
reaksi L-malat + NAD+ piruvat + CO2 + NADH + H + diberi nama 1.1.1.37 L-
malat: NAD+ oksidoreduktase (dekarboksilasi).
4) Setiap enzim mempunyai nomor kode (EC) yang mencirikan tipe reaksi
ke dalam kelas (digit pertama), subkelas (digit kedua), dan subsubkelas (digit
ketiga). Digit keempat adalah untuk enzim spesifik. Jadi, EC 2.7.1.1 menyatakan
kelas 2 (transferase), subkelas 7 (transfer fosfat), subsubkelas 1 (alcohol
merupakan aseptor fosfat). Digit terakhir menyatakan heksokinase atau ATP: D-
heksosa 6-fosfotrasferase, sebuah enzim yang mengatalisis pemindahan fosfat dari
ATP ke gugus hidroksil pada atom karbon keenam molekul glukosa.
OH O
CH O C O
H3C C H3C C
I-Laktat Piruvat
NAD+ NADH + H+
Gambar : NAD+ bekerja sebagai kosubstrat dalam reaksi laktat
hidrogenase.
Tabel . Mekanisme bagi regenerasi Anaerob NAD+
D–G+A A–G+D
Yang memindahkan gugus molekul fungsional (G) dari molekul donor (D-
G) kepada sebuah molekul aseptor akhir (misal, reaksi dahidrogenasi) atau
sebagai pembawa gugus intermediet (misal, reksi transaminasi). Diagram berikut
melukiskan konsep yang disebut terakhir ini.
D– H KoE A–H
D KoE - H A
Meskipun diagram ini mengesankan pembentukan hanya satu kompleks
KoE-G tunggal saat berlangsungnya seluruh reaksi, sebenarnya ada berbagai
kompleks intermediet KoE-G yang dapat terlibat dalam suatu reaksi tertentu
(misal, transaminasi).
Jika gugus yang dipindahkan merupakan hydrogen, adalah biasa untuk
menggambarkan hanya “separuh reaksi” di sebelah kiri:
D– H KoE
D KoE - H
Bahwa hal ini sebenarnya merepresentasikan hanya suatu kasus khusus dari
pemindahan gugus yang biasa dapat paling mudah dipahami dalam pengertian
reksi yang berlangsung di dalam sel utuh.
Gambar : Pelekatan tiga titik sebuah substrat ke tapak – aktif enzim yang
berbentuk planar
0,8
Densitas Optik
0,6
NADH
0,4
0,2
NAD+
0
200 250 300 350 400
Panjang gelombang (nm)
Gambar : Spektrum Absopsi NAD+ dan NADH. Densitas yang tampak di sini
adalah untuk 44 Mg/L, larutan di dalam sebuah sel dengan lintasan cahaya 1 cm
NADP+ mempunyai spectrum yangmasing-masing analog dengan spectrum NAD+
dan NADH.
ADP, Mg2+
Glukosa-6-Fosfat
NADP+
GLUKOSA-6-FOSFAT
DEHIDROGENAE
NADP + H+
6-Fosfoglukonolakton
Enzim Diperoleh dari Sumber-Sumber Alami atau dari Sel Tempat Enzim
Tersebut Siekspresikan oleh Gen yang diKlon.
Dulu, riset awal terhadap enzim terbatas pada protein yang dapat dimurnikan
dari sel-sel binatang, tanaman, atau bakteri tempat enzim tersebut terdapat secara
alami. Sekarang, teknologi DNA rekombinan telah memungkinkan ilmuwan
memprouksi protein di dalam sel tempat protein tersebut normalnya tidak
ditemukan. Sel-sel hospes tipikal adalah bakteri dan ragi yang secara kuantitas
mudah tumbuh. Kemmapuan mengekspresikan protein rekombinan pada tingkat
yang relatif tinggi menjadikan para ilmuwan mempu mengisolasi enzim yang sulit
dimurnikan karena konsentrasi rendahnya di dalam sel tempat mereka ditemukan
secara alami. Lebih lanjut, melalui perubahan DNA yang mengkodekan protein
melalui mutagenesis berorientasi –tapak (site-directed mutagenesis), para
Ilmuwan dapat menambah, menghilangkan, atau mengubah asam-asam amino
spesifik dalam enzim rekombinan untuk untuk memfasilitasi penentuan peran
fungsional dan strukturalnya. Perubahan dapat pula dilakukan untuk membuat
protein lebih mudah dimurnikan. Bagaimanapun, pmurnian enzim dan sumbernya
yang alami tetap merupakan hal yang penting, khususnya guna mengidentifikasi
sifat serta peran modifikasi posstranslasi yang yang berfungsi mengatur lokasi
enzim serta efisiensi katalik.
Pemurnian Dilakukan menggunakan Kromatografi pada pertukaran Ion
atau pada Penyangga Penyisih Ukuran.
Porosdur pemurnian klasik yang bermanfaat adalah pengendapan dengan berbagai
konsentrasi garam (umumnya garam ammonium atau natrium sulfat) atau pelarut
(aseton atau etanol), pemanasan diferensial atau denaturasi PH Diferensil,
sentifugasi diferensial, filtrasi gel, dan elektroferosis. Adsopsi selektif dan elusi
protein dari zat penukar anio selulosa, yaitu deitilaminoetil (DEAE) selulosa dan
zat penukar anion selulosa, yaitu karboksimetil selulosa (CMC,
carbokxymethylcellulose) juga telah memberikan hasil yang sangat baik bagi
pemurnian protein secara cepat dalam jumlah besar.
Sebagi contoh,PH ekstrak ekuesosa jaringan hati diatur hingga 7, 5 yang pada PH
ini, sebagian besar protein akan memiliki muatan netto negatif. Campuran protein
dapat larut ini kemudian dialirkn lewat kolom selulosa DEAE pada PH 7.5
bemuatan negatif akan terikat ke DEAE lewat interkasi muatan yang berlawanan,
sementara protein yang tidak bermuatan atau yang mempunyai muatan positif
mengalir langsung lewat kolom tersebut. Kemudian, kolom selulosa DEAE ini
dielusikan menggunakan gradien NaCl, yang memiliki kisaran dari konsntrasi
rendah hingga tinggi, dan dilarutkan dalam pendapan denganPH 7,5. karena Cl-
bersaing dengan protein untuk berikatan ke penyangga yang bermuatan positif,
protein untuk elusikan secara selektif; protein yang memiliki ikatan paling lemah
diikat paling awal, dan protein yang memiliki ikatan paling kuat diikat palinh
akhir. Pemisahan protein analog dolakukan mengyunakn penyangga bermuatan
negatif seperti karboksimetilselulosa atau fosfoselulosa pada PH yang sedikit
lebih rendah untuk memastikan bahwa protein bermuatan lebih positif.
Pemisahan protein dapat pula dilakukan pada baha berpori yang dikenal
sebagai “ayakan molecular”.. Kalau campuran protein dialirkan lewat kolom yang
mengandung ayakan molecular, protein yang berukuran kecil akan tersebar baik di
dalam ruang antar partikel maupun di dalam ruang internal atau pori-pori
penyangga. Ketika campuran protein dengan ukuran yang berbeda-beda mengalir
lewat kolom, mobilitas protein yang berukuran kecil akan terhambat, relatif
terhadap protein yang ukurannya terlalu besar untuk masuk ke dalam pori- poi ini.
Dengan demikian,protein berukuran besar akan muncul dari dalam kolom
sebelum protein yang berukuran kecil.
Tabel : Rangkuman skema pemurnian enzim tipikal
Fraksi Enzim Aktivitas Protein Aktivitas Pemulihan
1
Total (mU) Total Spesifik Keseluruhan
(mg) (mU/mg)
Homogenat hati mentah 100.000 10.000 10 (100)
Cairan supernatan, pemusingan 100.000 x 98.000 8.000 12, 2 98
g 90.000 1.500 60 90
Endapan [NH4]2SO4 40 – 50 % 60.000 250 240 60
Endapan aseton 20 – 35 % 58.000 29 2.000 58
Fraksi kolom DEAE 80 – 110 52.000 20 2.600 52
Endapan [NH4]2SO4 43 – 48 % 50.000 12 4.160 50
Kristal pertama 49.000 10 4.900 49
Rekritalisasi
GST
Enzim
GST T Enzim
GST Enzim
GST
GST Enzim
GST
Gambar : Penggunaan protein –fusi glutation S-tranferae (GST) untuk pemurnian
enzim rekombinan
Elektroforesis Gel Poliakrilamida Dapat Mendeteksi Kontaminan
Penilaian homogeneitas protein paling baik dilakukan dengan elektroforesis
gel poliakrilamida (PAGE, polyacrylida gel electrophoresis) di bawah berbagai
kondisi. Yang paling popular di antaranya adalah elektroforesis gel poliakrilamida
atau PAGE dengan sodium dodesil sulfat (SDS), suatu detergen ion yang
memisahkan protein multimerik menjadi protomer. Karena setiap ikatan peptida
mengikat kurang lebih dua buah molekul SDS, polipeptida tersebut memiliki
muatan negatif yang kuat. Dengan demikian, jarak yang ditempuh setiap
polipeptida ketika bermigrasi kearah anoda bergantung pada massa molecular
relatifnya (Mr). Sebagai alternatif lain, PAGE dapat dilaksanakan dalam kondisi
asli yaitu, tanpa adanya SDS atau denaturan lain sehingga struktur kuaterner dan
kerap kali pula aktivitas katalitik enzimnya dapat dipertahankan. Dalam PAGE
dua dimensi (O’Farrell), dimensi pertama memisahkan protein yang terdenaturasi
berdasarkan nilai pl-nya dengan melakukan ekuilibrasi protein tersebut di dalam
medan listrik yang mengandung urea dan dengan gradien pH yang dipertahankan
oleh amfolit terpolimerisasi. Setelah pemrosesan dengan SDS selesai, dimensi
kedua kemudian memisahkan protein berdasarkan ukuran molecular unit
protomernya.
LAKTAT DEHIDROGENASE
(Laktat) SH2 S (piruvat)
NAD+ NADH + H+
3.1 KESIMPULAN
1. Enzim merupakan katalisator yang mengatur kecepata berlangusngnaya
berbagai proses fisiologik
2. Cacat pada fungsi enzim sering menyebabkan penyakit
3. Enzim yang mengatalisis reaksi yang melibatkan pemindahan gugus
isomerisasi, oksido-reduksi, atau sintesis ikatan kovalen memerlukan
substrat yang dikenal dengan koenzim
4. Sebagian besar enzim bersifat sangat spesifik terhadap substratnya, koenzim
serta tipe reaksi yang dikatalisisnya. Meskipun demikian, beberapa enzim
protease juga memecah ester. Bagi enzim yang bekerja pada substrat dapat
pula ikut bereaksi, tetapi umumnya dengan kecepatan yang lebih rendah.
5. Pengukuran aktivitas enzim merupakan hal sentral bagi penentuan kuantitas
enzim dalam riset atau laboratorium klinik.
6. Aktivitas enzim dehidrogenase yang bergantung –NAD(P) + diperiksa secara
spektrofotomentris dengan mengukur perubahan absorbsi pada 330 mm
yang menyertai oksidasi atau reduksi NAD (P)H.
7. Perangkaian enzim lain pada dehidrogenase dapat memperlancar
analisisnya.
8. Untuk menyelidiki struktur mekanisme kerja, dan pengaturan aktivitasnya,
enzim harus dimurnikan hingga mencapai homogeneitas sekitar 95%.
9. teknik pemurnian enzim mencakup presipitasi selektif dengan pelarut garam
atau organic dan kromatografi pada penyangga pertukaran ion, filtrasi gel,
afinitas substrat, ligand zat warna, atau interaksi hidrofobik.
10. kemampuan memanfaatkan teknik rekombinan DNA untuk
mengekspresikan enzim dalam tubuh hospes yang dipilih telah membawa
revolusi dalam teknik pemurnian enzim dengan menghasilkan enzim dalan
jumalh besar yang dalam sebagian besar keadaan, mudah dimurnikan hingga
mencapa homogeneitas.
11. Kemajuan pemurnian dinilai dengan mengukur peningkatan aktifitas
spesifik suatu enzim (aktivitas per unit masa) dan homogenitas akhir lewat
elektroforesis gel poliakrilamida (PAGE).
12. Penentuan lokasi enzim intrasel yang tepat disimpulkan lewat teknik
histokimia dan fraksionasi sel, yang dirangkaiakn dengan analisis enzimatik,
terhadap sayatan jaringan atau fraksi homogenat sel, isozim, bentuk yang
secara fisik berbeda pada enzim nonfungsional di dalam serum menunjukan
kerusakan pada jaringan tertentu manusia, dan memberikan informasi
diagnostik seta prognostic yang berharga.
13. Kemampuan enzim restriksi endonuklease mendeteksi perubahan yang
sangat kecil pada struktur gen telah memungkinkan dokter mendiagnosis
penyakit genetic akibat mutasi yang menghasilkan enzim yang cacat atau
enzim nonfungsional.
14. RNA katalitik yang dikenl sebagai ribozim mengatalisis reaksi hidrolisis
yang sangat spesifik ikatan fosfodiester pada RNA. Reaksi ini amat penting
dalam berbagai pristiwa pemrosesan yang terlibat di dalam maturasi pra-
mRNA
3.2 SARAN
Peranan enzim dalam kesehatan sangat penting, untuk itu manusia
hendaknya lebih menjaga kesehatan. Dan kami penyusun mengharapkan masukan
untuk penyempurnaan makalah ini.
KEPUSTAKAAN
Pemanfaatan enzim untuk alat diagnosis secara garis besar dibagi dalam tiga
kelompok:
1. Enzim sebagai petanda (marker) dari kerusakan suatu jaringan atau organ
akibat penyakit tertentu.
Uricase yang berasal dari jamur Candida utilis dan bakteri Arthobacter
globiformis dapat digunakan untuk mengukur asam urat.
Pengukuran kolesterol dapat dilakukan dengan bantuan enzim kolesterol-
oksidase yang dihasilkan bakteri Pseudomonas fluorescens.
Pengukuran alcohol, terutama etanol pada penderita alkoholisme dan
keracunan alcohol dapat dilakukan dengan menggunakan enzim alcohol
dehidrogenase yang dihasilkan oleh Saccharomyces cerevisciae, dan lain-
lain.
a) Pada terapi di mana enzim sel individu sebagai sasaran kinerja terapi,
digunakan senyawa-senyawa untuk mempengaruhi kerja suatu enzim sebagai
penghambat bersaing. Contoh penyakit yang dapat diobati dengan terapi ini
adalah:
a) Pengendalian tekanan darah yang diatur oleh hormon adrenalin. Reseptor yang
terdapat pada hormon adrenalin, yaitu α-reseptor dan β-reseptor dapat dihambat
oleh senyawa-senyawa yang berbeda. Penghambatan pada β-reseptor dapat
menimbulkan efek pelemasan otot polos dan penurunan detak jantung. Obat-
obatan yang bekerja dengan cara tersebut dikenal sebagai β-blocker.