Professional Documents
Culture Documents
BIOSINTESIS POLIHIDROKSIALKANOAT
OLEH BAKTERI GAMMA PROTEOBACTERIUM WD-3
DARI ASAM LEMAK VOLATIL
DIMAS SETIYONO
NRP 1408100028
DosenPembimbing
Prof. Dr. Surya Rosa Putra, Msc
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA
2011
i
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
KOLOKIUM
BIOSYNTHESIS OF POLYHYDROXYALKANOATE
BY GAMMA PROTEOBACTERIUM WD-3
FROM VOLATILE FATTY ACIDS
DIMAS SETIYONO
NRP 1408100028
Supervisor
Prof. Dr. Surya Rosa Putra, Msc
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA
2011
ii
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BIOSINTESIS POLIHIDROKSIALKANOAT
OLEH BAKTERI GAMMA PROTEOBACTERIUM WD-3
DARI ASAM LEMAK VOLATIL
KOLOKIUM
Disusun sebagai syarat untuk menyelesaikan mata kuliah kolokium program S-1
di Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Teknologi Sepuluh Nopember, Surabaya
DIMAS SETIYONO
NRP 1408100028
Dosen Pembimbing
Prof. Dr. Surya Rosa Putra, Msc
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA
2011
iii
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BIOSINTESIS POLIHIDROKSIALKANOAT
OLEH BAKTERI GAMMA PROTEOBACTERIUM WD-3
DARI ASAM LEMAK VOLATIL
KOLOKIUM
Disusun sebagai syarat untuk menyelesaikan mata kuliah kolokium program S-1
di Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Teknologi Sepuluh Nopember, Surabaya
DIMAS SETIYONO
NRP 1408100028
Mengetahui :
KetuaJurusan Kimia,
LukmanAtmaja, Ph.D
NIP. 196108 16198903 1 001
iv
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
SURAT PENGESAHAN
DOSEN PENGUJI
v
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Karya ini kupersembahkan untuk
Adikku tersayang
vi
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
ABSTRAK
vii
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
ABSTRACT
viii
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
KATA PENGANTAR
Segala puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT, yang telah
1. Prof. Dr. Surya Rosa Putra sebagai dosen pembimbing atas semua
3. Lukman Atmadja, PhD selaku ketua jurusan kimia atas fasilitas yang telah
4. Ayah, ibu, seluruh keluarga, serta teman-teman mahasiswa kimia ITS atas
doa yang selalu menyertai langkah penulis dalam penyusunan makalah ini.
Penulis menyadari bahwa penulisan naskah ini masih sangat jauh dari
sempurna. Oleh karena itu saran dan kritik sangat dibutuhkan penulis untuk
Penulis
ix
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DAFTAR ISI
SURAT PENGESAHAN v
ABSTRAK vii
ABSTRACT viii
KATA PENGANTAR ix
DAFTAR ISI x
LAMPIRAN xiii
DAFTAR TABEL xv
BAB I PENDAHULUAN
2.1 Plastik 5
x
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
2.2.1 Penggolongan PHA 9
2.3 Proteobakteri 17
2.4 Filogenetik 17
2.7 Sentrifugasi 26
3.2 Prosedur 28
xi
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
3.2.3 Kultur Flask 30
3.2.5 Analisis 31
5.1 Kesimpulan 39
5.2 Saran 40
DAFTAR PUSTAKA 41
xii
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DAFTAR LAMPIRAN
xiii
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DAFTAR GAMBAR
sphaeroiides 2.4.1
xiv
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DAFTAR TABEL
xv
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DAFTAR LAMBANG DAN SINGKATAN
PHA Polihidroksialkanoat 2
PHV Polihidroksivalerat 8
PHB Polihidroksibutirat 8
ST Dari tanah 32
xvi
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BAB I
PENDAHULUAN
bahan-bahan lain yang tidak tahan lama. Akan tetapi plastik juga banyak
Penanganan sampah plastik antara lain dilakukan dengan cara daur ulang,
sampah plastik, tetapi cara ini memerlukan biaya yang tinggi dan hanya dapat
1
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
mengatasi sebagian kecil sampah plastik sehingga masih menimbulkan
pencemaran.
sekarang banyak digunakan. Lebih dari 40 jenis PHA dan kopolimernya telah
polimer ini terbiodegradasi sempurna menjadi karbon dioksida dan air setelah
polimer PHA yang berbeda. Jenis sumber karbon yang dikonsumsi oleh
baku glukosa. Tetapi produksi PHA ini mengalami kendala terutama dari segi
biaya produksi yang tinggi yang disebabkan oleh biaya bahan baku, yaitu
(Rahayu, 2007).
Upaya untuk mengurangi biaya produksi PHA antara lain dilakukan dengan
mencari bahan baku pengganti glukosa yang harganya relatif lebih murah.
Salah satu bahan baku yang dapat digunakan adalah air limbah industri yang
2
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
mempunyai kandungan organik yang relatif tinggi. Senyawa organik dalam
PHA.
bakteri, seperti asam lemak volatil (VFAs) dari asidifikasi air limbah dari
bahan karbon organik. Material organik ini dapat dikonversi ke VFAs dalam
meneliti penggunaan VFAs, seperti asam asetat, propionat dan butirat pasca-
kultur murni. Penggunaan kultur murni memerlukan biaya yang tinggi untuk
lumpur aktif dapat mengakumulasi PHA pada rasio C:N tertentu. Penggunaan
menggunakan karbon dari air limbah untuk pembentukan sel baru. Hal ini
ditandai dengan penurunan chemical oxygen demand (COD) dalam air limbah.
2007).
3
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Isolasi strain bakteri yang dapat menghasilkan kopolimer PHA menggunakan
VFAs sebagai sumber karbon tunggal akan menjadi alternatif untuk produksi
kopolimer PHA lebih ekonomis. Dalam studi ini, suatu strain dari γ-
proteobacterium yang dapat menghasilkan PHA dari VFAs diisolasi dari limbah
pabrik kedelai. Jenis ini mampu mensintesis PHA berisi baik monomer 3-
4
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Plastik
Plastik adalah polimer rantai-panjang dari atom yang mengikat satu sama
lain. Rantai ini membentuk banyak unit molekul berulang, atau "monomer".
namun ada beberapa polimer alami yang termasuk plastik. Plastik terbentuk
dari kondensasi organik atau penambahan polimer dan bisa juga terdiri dari
Ratusan juta ton plastik yang digunakan di bumi ini, maka ratusan juta ton
juga sampah plastik yang dihasilkan dan menjadi polutan utama dunia. Karena
yang bersifat stabil, sukar diuraikan oleh mikroorganisme sehingga kita terus-
dikemas dalam bungkus plastik, adanya migrasi zat-zat monomer dari bahan
plastik ke dalam makanan, terutama jika makanan tersebut tak cocok dengan
kemasan atau wadah penyimpannya yang tidak mungkin dapat dicegah 100 %
(terutama jika plastik yang digunakan tak cocok dengan jenis makanannya).
5
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Plastik mudah terbakar, ancaman terjadinya kebakaran pun semakin
sempurna. Hal inilah yang menyebabkan sampah plastik sebagai salah satu
pemanasan secara global pada atmosfer bumi. Sampah plastik yang berada
berkurang, hal ini menyebabkan jarangnya fauna tanah, seperti cacing dan
dalam tanah semakin sedikit, sehingga fauna tanah sulit untuk bernafas dan
akhirnya mati. Ini berdampak langsung pada tumbuhan yang hidup pada area
mencapai 1.200.000 ton atau menjadi 1/10 dari total produksi bahan plastik.
menjadi hasil akhir berupa air dan gas karbondioksida setelah habis terpakai
resources) seperti dari bahan tanaman pati dan selulosa serta hewan seperti
plastik yang berasal dari sumber tertentu seperti lumpur aktif atau limbah
cair yang kaya akan bahan-bahan organik sebagai sumber makanan bagi
2.2 Polihidroksialkanoat
PHA telah diteliti oleh Beijerinck pada tahun 1888 di bawah mikroskop
penelitian saat ini ditujukan pada aspek yang berbeda dari mikroorganisme
7
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Berbagai mikroorganisme seperti Alcaligenes, Azotobacter, Bacillus,
menghasilkan komposisi polimer PHA yang berbeda. Jenis sumber karbon yang
yang bersifat amorf lebih mudah terdegradasi daripada PHA yang bersifat
bahwa saat ini polimer plastik biodegradabel yang telah diproduksi adalah
8
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
b. Poli (ß-hidroksi butirat) (PHB) : PHB adalah poliester yang diproduksi
leleh yang tinggi (Tm = 180 °C), tetapi karena kristalinitasnya yang
tinggi menyebabkan sifat mekanik dari PHB kurang baik (Ping KC,
2006).
c. Poli (butilena suksinat) (PBS): PBS mempunyai titik leleh yang setara
d. Poli asam laktat (PLA) : PLA merupakan poliester yang dapat diproduksi
yang tinggi sekitar 175 oC, dan dapat dibuat menjadi lembaran film
atom karbon. Struktur dari PHA termasuk homo dan heteropolimer. Lebih dari
9
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
91 kemungkinan konstituen biosintesis PHA (Ojumu dkk, 2004; Purwadi R,
2006). Lebih dari 250 bakteri yang berbeda, termasuk spesies gram negatif
dan gram positif mampu mengakumulasikan PHA. PHA dapat dibagi atas dua
gugus besar berdasarkan jumlah rantai atom karbon pada unit monomernya:
dkk, 2004).
= metil poli(-3-hidroksibutirat/3HB)
= etil poli(-3-hidroksivalerat/3HV)
= propil poli(-3-hidroksiheksanoat/3HH)
= pentil poli(-3-hidroksioktanoat/3HO)
= nonil poli(-3-hidroksidodekanoat/3HDD)
R = metil poli(-4-hidroksivalerat/4HV)
R = etil poli(-5-hidroksiheksanoat/5HH)
substrat yang terbatas selain karbon, seperti nitrogen, posfor atau oksigen.
Pengakumulasian PHA terjadi pada saat karbon dan sumber energi lainnya
Berikut adalah beberapa sumber karbon dan bakteri yang digunakan dalam
Tabel 2.1 Beberapa jenis bakteri dan sumber karbon pada pembuatan PHB
Alcaligenes Alcaligenes Recombinant M.
Bakteri
Eutrophus Lactus E. Coli Organophilum
Sumber Glukosa Sukrosa Glukosa Metanol
Karbon
Nutrisi Nitrogen - Potassium -
Pembatas
Kontrol Kontrol
Moetode
Konsentrasi PH-stat PH-stat Konsentrasi
Fermentasi
Glukosa Methanol
Waktu 50 jam 28.45 jam 39 jam 70 jam
Fermentasi
Konsentrasi 164 143 110 250
Sel (g/l)
Konsentrasi 121 71.4 85 130
PHB (g/l)
Kandungan 76 50 77.3 52
PHB (%)
Yield PHB (g 0.3 0.17 0.19 0.19
PHB / g
Substrat)
Yamane,dkk Unpublished
Referensi Kim, dkk 1994 Kim, dkk 1996
1996 Result
memperoleh kandungan PHA pada sel bakteri dan dilanjutkan dengan proses
pemisahan PHA dari sel Ekstraksi. Pada proses fermentasi terjadi sintesa
11
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
substrat menjadi PHA. Jenis PHA yang dihasilkan dipengaruhi oleh jenis
mikroba, sumber karbon dan substrat pembatas. PHA diperoleh dari hasil
1990). Saat ini telah diketahui banyak bakteri yang dapat mengakumulasi
1. Fed-Batch
Pada proses pemisahan PHA dari sel bakteri diketahui beberapa metode
yang intinya adalah untuk memecahkan dinding sel bakteri dan memisahkan
kandungan PHA yang terdapat pada bakteri tersebut. Beberapa metode yang
Pada table 2.3 telah diberikan beberapa contoh bakteri yang dapat
menghasilkan PHA. PHA yang dihasilkan ini tergantung dari bakteri yang
Sedangkan proses pemisahan bakteri dari PHB yang sudah tersintesa didalam
sel bakteri terdapat beberapa metode pemisahan. Berikut ini adalah beberapa
a) Solvent Extraction
Metode ini adalah salah satu metode tertua dalam pemisahan PHA.
Salah satu yang menjadi masalah pengunaan method ini ialah limbah
b) Digestion Method
(Timer, dkk. 1998). Contoh metode ini antara lain: Bead Mill Disruption
d) Supercritical CO2
Pada metode Using cells fragility tidak bisa digunakan untuk setiap
mikroba. Pada metode ini bakteri yang digunakan ialah E. Coli dan A.
(PhbB) dan PHB sintase (PhbC). Jika PHA yang diproduksi dalam bentuk
kopolimer seperti PHBV, maka langkah pertama yang diproduksi adalah PHB
14
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Gambar 2.4 Jalur Biosintesis PHA
tinggi, kristalinitas yang tinggi, optis aktif dan isotaktik (sifat stereokimia
dalam pengulangan unitnya), piezoelektrik dan tidak larut dalam air. Sifat-
gugus fungsi yang berbeda mengubah sifat fisika dan kimianya. PHA dengan
gugus rantai pendek lebih keras, kristalinitasnya lebih tinggi, namun PHA
dengan gugus rantai yang panjang lebih bersifat elastomer. PHB jauh lebih
tinggi kristalinitasnya, kaku dan rapuh. Sumber karbon dan strain bakteri yang
dalam menghasilkan polimer yang kaku, rapuh atau elastis. Sebagai tambahan
15
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
untuk memperjelas gugus samping, monomer PHA dengan percabangan,
juga gugus fungsi dalam rantai samping seperti halogen, karboksil, hidroksil,
kejenuhan, dan gugus fungsi dari rantai samping juga mempengaruhi sifat titik
ini:
Tabel 2.2 Perbandingan sifat - sifat fisika dan kimia PHB dan PP
16
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
2.3 Proteobakteri
mitokondria dan kloroplas. Struktur sel mereka dijelaskan lebih lanjut dalam
disebut eukariot.
Proteobakteri adalah salah satu dari filum bakteri yang didasarkan pada
beta, gamma seperti pada lampiran A. Bakteri dalam filum ini dapat
subtrat tertentu seperti glukosa, maltosa, gliserol dan lainnya seperti pada
lampiran B.
2.4 Filogenetik
molekuler, seperti PCR dan pengurutan DNA, penggunaan urutan DNA dalam
17
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
penelitian filogenetik telah meningkat pesat dan telah dilakukan pada semua
Sekuens DNA telah menarik perhatian para praktisi taksonomi dunia untuk
basa nukleotida di dalam lokus yang berbeda adalah besar. Dan ketiga, urutan
urutan DNA atau protein sehingga diperoleh suatu hasil yang menggambarkan
asumsi yang harus diperhatikan sebelum menggunakan data urutan DNA atau
protein ke analisis, diantaranya yaitu (1) sekuens berasal dari sumber yang
18
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
spesifik, apakah dari inti, kloroplas atau mitokondria; (2) sekuens bersifat
homolog (diturunkan dari satu nenek moyang); (3) sekuens memiliki sejarah
evolusi yang sama (misalnya bukan dari campuran DNA inti dan mitokondria);
dan (4) setiap sekuens berkembang secara bebas. Paling sedikit, ada tiga
statistik (Cavalli-Sforza,1997).
daerah tertentu yang sama dalam genom kelompok tersebut. Beberapa faktor
primer, konsentrasi ion Mg, dan suhu hibridisasi primer harus dikontrol dengan
hati-hati agar dapat diperoleh pita-pita DNA yang utuh dan baik.
efisiensi dan optimasi proses PCR. Primer yang tidak spesifik dapat
19
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
menyebabkan teramplifikasinya daerah lain dalam genom yang tidak dijadikan
sasaran atau sebaliknya tidak ada daerah genom yang teramplifikasi. Optimasi
ini menyangkut suhu denaturasi dan annealing DNA dalam mesin PCR. Suhu
penempelan primer pada utas DNA yang sudah terbuka memerlukan suhu
optimum, sebab suhu yang terlalu tinggi dapat menyebabkan amplifikasi tidak
menempel pada sisi lain genom yang bukan sisi homolognya; akibatnya dapat
yang dipengaruhi oleh panjang dan komposisi primer. Suhu penemelan ini
sebaiknya sekitar 5°C di bawah suhu leleh. Secara umum suhu leleh (Tm)
Berikut ini disajikan contoh hasil amplifikasi gen 16S-rRNA pada gel
elektroforesis dari bakteri dengan primer domain Bacteria 63f (5'-CAG GCC
TAA CAC ATG CAA GTC) dan 1387r (5'-GGG CGG WGT GTA CAA GGC) (Marchesi
et al., 1998).
20
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Gambar 2.5 Hasil elektroforesis gel mini hasil amplifikasi gen 16S rRNA.
DNA secara in vitro. Teknik ini melibatkan penempelan primer tertentu yang
dirancang sesuai dengan kebutuhan. Tiap primer boleh jadi berbeda untuk
karena amplifikasi DNA secara in vitro dapat dilakukan dengan baik dan cepat
dengan teknik molekuler lainnya. Teknik ini juga mampu menghasilkan jumlah
21
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
karakter yang relatif tidak terbatas, sehingga sangat membantu untuk
mitokondria (Suryanto,2001).
Teknik ini mirip dengan RAPD pada prinsip penggunaan primer. Untuk
enzim ini akan memotong situs tertentu yang dikenali oleh enzim ini. Situs
menyebabkan situs tersebut tidak lagi dikenali oleh enzim, atau enzim
restriksi akan memotong daerah lain yang berbeda. Proses ini menyebabkan
(Suryanto,2001).
22
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Teknik RFLP sering digunakan untuk mengetahui perbedaan jenis bakteri
teknik ini seringkali pula disebut ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction
untuk 16S-rRNA telah dapat diungkap adanya jenis-jenis mikroba baru. Dengan
menggunakan primer tertentu, teknik ini juga dapat digunakan untuk gen-gen
Analisis sekuen merupakan suatu teknik yang dianggap paling baik untuk
prinsipnya polimorfisme dilihat dari urutan atau sekuen DNA dari fragmen
rRNA merupakan alat yang baik untuk mendeduksi hubungan filogeni dan
(Suryanto,2001).
23
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
2.6.4 Teknik PCR-DGGE
Teknik analisis ini sebenarnya mirip dengan RAPD ataupun RFLP, hanya
stabilitas produk PCR. Dengan demikian sangat tergantung dari jumlah ikatan
Pada prinsipnya semua teknik pemisahan DNA, misalnya pada RFLP dan
RAPD, menggunakan suatu teknik elektroforesis medan listrik tetap dan satu
gel akrilamid, tetapi memilik spektrum pemisahan yang lebih besar. Teknik
memisahkan fragmen DNA dengan ukuran relatif kecil dengan ukuran sekitar
24
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
200 bp sampai kira-kira 50 kb. Fragmen dengan ukuran di atas 50 kb tidak lagi
fragmen ini akan bergerak dalam kecepatan yang sama dalam gel agarosa.
Batas kemampuan linier tersebut melampaui ukuran pori-pori gel. Agar dapat
Masalah ini akhirnya dapat diatasi oleh Schwartz dan Cantor (1984) yang
teknik ini molekul DNA secara periodik merubah arah migrasi selama
electrophoresis (PAGE).
dalam cairan, teknik PFGE ini membutuhkan DNA yang kurang lebih utuh.
dengan ukuran rata-rata kurang dari 1000 kb. Untuk keperluan PFGE genom
suatu organisme biasanya diisolasi utuh dengan cara memerangkap sel dalam
Teknik identifikasi dengan PFGE atau MFLP ini sangat diskriminatif dalam
Oleh karenanya teknik ini sering digunakan untuk melihat perbedaan strain-
25
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Gambar 2.7 Profil MFLP genom total bakteri fotosintetik anoksigenik DS-1, DS-
4, dan Cas-13 yang dipotong dengan Asel. M = genom total Rhodobacter
sphaeroiides 2.4.1.
2.7 Setrifugasi
Pada suatu larutan, partikel-partikel yang berat jenis lebih besar dari berat
kecil maka partikel tersebut akan mengapung, makin besar perbedaan berat
jenis makin cepat partikel itu bermigrasi. Apabila tidak ada perbedaan berat
larutan.Gaya tarik bumi dapat digantikan oleh tenaga sentrifugal yang jauh
percepatan gaya tarik bumi (9.8 ms-1). Dengan bantuan sentrifugasi dapat
dicapai nilai percepatan hingga lebih kurang 10.000 g. dengan alat sentrifugasi
dingin dapat dicapai percepatan hingga 50.000 g dan ultra sentrifugasi yang
bekerja dalam keadaan dingin dan vakum dapat mencapai percepatan hingga
500.000 g.
26
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Untuk pemisahan makromolekul antara satu dengan yang lain yang
memiliki perbedaan ukuran atau berat jenis yang tidak berarti, digunakan
pemisahan gradien berat jenis. Di dalam alat sentrifugasi, bahan uji yang akan
oleh gradien berat jenis.Gradien berat jenis adalah suatu larutan karbohidrat
atau gel silika koloid yang konsentrasinya dari permukaan larutan hingga dasar
27
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BAB III
METODOLOGI
3.1.1 Alat
Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah peralatan dari gelas
3.1.2 Bahan
Kalsium klorida dihidrat (CaCl2·2H2O), Asam borat (H3BO3), Kobal (II) klorida
3.2 Prosedur
NaCl 5 g L-1. PH pada medium kultur dinetralkan dengan NaOH 3 M dan HCl 3
28
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
dihasilkan diisolasi pada agar dengan media yang sama yang mengandung Nile
sumber nitrogen dan larutan mineral logam. Komposisi dari larutan mineral
yaitu : Na2HPO4.7H2O 8,9 g L-1, KH2PO4 1.5 g L-1, MgSO4.7H2O L-1 0.2 g, besi
trace element dibuat dari: H3BO3 0,3 g L-1, CoCl2.6H2O 0,2 g L-1, ZnSO4.7H2O
CuSO4.5H2O 10 mg L-1.
Kultur murni yang sudah diisolasi pada agar diuji menggunakan fluoresens
urutan parsial 16S rDNA dari bakteri diproses di Shanghai Sangon Biological
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
osmium tetroksida 1 %. Bagian ultra tipis pada sampel yang menempel di resin
timah sitrat, dan diperiksa di bawah mikroskop transmisi elektron (TEM) JEM-
29
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
3.2.3 Kultur Flask
Pada kultur ini dilakukan percobaan rasio C/N, asam butirat digunakan
sebagai satu-satunya sumber karbon. Rasio C/N yang diteliti adalah 35, 40 dan
asam butirat, asetat dan propionat sebagai sumber karbon untuk produksi
percobaan.
dalam medium bibit. Bibit murni kemudian ditumbuhkan dalam labu 250 mL
pada 180 rpm selama 24 jam. Suhu dijaga pada suhu 30 °C. Sel dipanen
setelah disentrifugasi pada 8000g selama 2 menit dan dicuci dengan larutan
(v/v) inokulum dan difermentasi selama 72 jam (untuk percobaan rasio C/N)
Bibit kultur ini dipersiapkan dalam labu 250 mL pada suhu 30 °C selama 24
jam. Sel-sel yang sudah dicuci kemudian ditransfer ke dalam medium yang
sebagai sumber karbon dan 1 g L-1 amonia sulfat sebagai sumber nitrogen,
masing-masing dengan volume inokulasi 0,5 % (v/v). Rasio C/N adalah 35 dan
suhu dalam proses kultur dikontrol pada suhu 30 °C. Sampel diambil secara
30
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
3.2.5 Analisis
Berat sel kering diukur setelah pengeringan vakum pada 50 °C selama 24 jam.
asam sulfat pekat dan 1 g asam benzoat L-1. Campuran kemudian dikocok
320 μm, ketebalan film 0,25 μm) untuk menentukan komposisi PHA. VFAs juga
31
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BAB IV
PEMBAHASAN
Empat puluh dua koloni berbeda yang dipilih dari piring agar yang
mengandung Nile Blue, lalu diberi nama sebagai ST1-ST11 (dimana ST berarti
WZ1-WZ17 (dimana WZ berarti dari pengolahan limbah pabrik bir) dan WS1-
WS4 (dimana WS berarti dari pengolahan air limbah perkotaan). Dari empat
puluh dua koloni yang dipilih diambil enam koloni secara acak untuk studi
fermentasi lebih lanjut setelah dilakukan analisis GC. Sel dari enam koloni
yang telah dipilih ditumbuhkan dalam medium fermentasi dan dipanen setelah
Tabel 4.1.
Tabel 4.1 Kandungan PHA dan berat sel kering dari 6 strain
Strain bakteri Berat sel kering (gL-1) Kandungan PHA (%)
WD-1 2,5 ± 0,17 18 ± 1
WD-3 6,25 ± 0,21 21 ± 1
ST-4 3,57± 0,13 11 ± 1
ST-8 1,8± 0,18 11± 1
WS-10 1,67± 0,16 6± 1
WS-11 2,87±0,12 9±1
Kandungan PHA: PHA/BSK
Tabel 4.1 menunjukkan bahwa bakteri strain WD-3 tumbuh dengan baik
dan, dari 6 strain yang diuji, akumulasi PHA paling besar (hingga 21 % dari
32
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DCW) pada eksperimen.Oleh karena itu, bakteri strain WD-3 digunakan dalam
Urutan rDNA 16S parsial (sekitar 1500 bp) dari bakteri strain WD-3 itu
urutan 16S rDNA) sehingga bakteri strain WD-3 diidentifikasi sebagai γ-proteo-
bacterium spp. Filogenik didasarkan pada urutan parsial 16S rDNA dan γ-
rDNA dari bakteri strain WD-3 yang ditentukan dalam penelitian ini telah
dengan mikroskop karena memiliki indeks bias yang tinggi (Kourmentza et al,
2009). Dalam studi ini, sel-sel yang ditumbuhkan dalam medium fermentasi
dengan asam butirat sebagai sumber karbon dan dipanen setelah pembiakan
33
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
48 jam. Ketika bagian dari bakteri strain WD-3 diamati oleh mikroskop
Gambar 4.2 Mikroskop electron dari bagian WD-3 strain (a) perbesaran
Tabel 4.2 Kandungan PHA dan pertumbuhan sel WD-3 pada subtrat dengan
rasio C/N berbeda
Rasio C/N Natrium Amonia sulfat Berat sel Kandungan
(mol mol-1) butirat (g L-1) (g L-1) kering (g L-1) PHA (%)
35 17,01 1 6,68 ± 0,18 22 ± 1
40 17,84 1 4,00 ± 0,17 14 ± 1
45 18,74 1 9,00 ± 0,19 17 ± 1
Pada tabel, hasil difokuskan pada dua konsentrasi, yaitu dari DCW dan
diperoleh pada rasio C/N 35. Namun, pada rasio C/N 45 berat sel kering yang
mungkin perlu lebih banyak waktu untuk menghasilkan PHA. Oleh karena itu
dimungkinkan bahwa jika proses pembiakan itu semakin lama, komposisi PHA
Karena identifikasi komponen lain selain 3HB di PHA lebih dari dua dekade
lalu, diketahui bahwa enzim bertanggung jawab untuk sintesis PHA dalam
yang menentukan sifat dari unsur PHA dihasilkan oleh bakteri adalah sumber
35
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Tabel 4.3 Efek sumber karbon pada akumulasi PHA dari bakteri WD-3 setelah
inkubasi 48 jam
Sumber Berat PHB:PHV Kandungan
karbon (g L-1) sel kering (g L-1) PHA (%)
Asetat 12,2 ± 0,79 53 : 47 25 ± 1
Propionat 8,76 ± 0,21 35 : 65 21 ± 1
Butirat 9,66 ± 0,12 77 : 23 34 ± 1
Dalam studi ini, PHB dan PHV adalah konstituen yang paling umum dalam
produk PHA, seperti yang ditunjukkan pada Tabel 4.3. Hasil penelitian
ganjil dari n-alkanoat (Seperti asam propionat atau asam valerik) sebagai
sumber karbon yang dihasilkan dalam akumulasi kopolimer 3HV. Tabel 4.3
dapat mensintesis kopolimer PHA dari 3HB dan 3HV baik dari substrat C-genap
atau substrat C-ganjil. Hal ini berarti bahwa bakteri strain WD-3 dapat
menimbun PHA yang mengandung monomer 3HB dan 3HV setiap satu sumber
monomer 3HB:3HV dari polimer menjadi 35:65 Namun, ketika asetat dan
butirat digunakan sebagai sumber karbon, komposisi monomer 3HB: 3HV dari
36
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
4.5 Kultur Fed-batch
amonia dan VFA dalam media dan produksi PHA selama proses fermentasi Fed-
Diamati pada gambar bahwa produksi PHA, DCW dan pH meningkat dengan
sulfat menurun, terutama pada saat fase pertumbuhan sel. Selama fermentasi
tersebut, DCW meningkat secara signifikan dari 0,1 sampai 6,45 g L -1 antara 6
dan 100 jam, dan setelah 100 jam, sel tumbuh melambat. Berbeda dengan
dilaporkan oleh Campbell et al. (1982) dan Stal (1992), yang mengamati
bahwa akumulasi maksimum PHB terjadi selama tahap stasioner pada bakteri
Spirulina platensis dan Oscillatoria limosa. Alasan yang paling mungkin untuk
nitrogen mengalami penurunan sedangkan rasio C/N masih relatif tinggi pada
tetapi memiliki persediaan karbon yang banyak. PH pada sistem yang tidak
sel kering. Proporsi PHV menempati sepertiga dari produk akhir PHA.
Observasi ini memberikan spektrum polimer yang luas dengan variasi sifat
fisik, karena kopolimer PHA terdiri dari terutama 3HB dengan fraksi monomer
rantai yang panjang, seperti 3HV, dimana lebih kuat dan fleksibel. Beberapa
38
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
BAB V
5.1 Kesimpulan
Kesimpulan yang diperoleh dari penelitian ini adalah sebuah bakteri, yang
C/N menimbulkan hasil yang beragam pada proses fermentasi. Ketika natrium
DCW didapat apabila rasio C/N 35 setelah pembiakan 72 jam, namun produksi
PHA lebih tinggi sebesar 41 % dari DCW dibawah rasio C/N 45 dicapai setelah
sebagai sumber karbon tunggal, komposisi monomer 3HB: 3HV dari polimer
sebesar 53:47 dan 77:23, bakteri strain WD-3 dapat menimbun PHA yang
mengandung monomer 3HB dan 3HV jika terdapat satu sumber karbon
39
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
akumulasi PHA maksimum oleh bakteri strain WD-3 dalam penelitian ini adalah
asam dari limbah organik atau limbah lumpur, seperti molekul kecil asam
5.2 Saran
40
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
DAFTAR PUSTAKA
Chien, C.C., Chen, C.C., Choi, M.H., Kung, S.S., Wei, Y.H., 2007.
Production of poly- hydroxybutyrate(PHB) by Vibrio spp. isolated from
marine environment, J. Biotechnol. 34, 259–263.
Coats, E. R., Loge, F.J., Wolcott, M. P., Englund, K., Mcdonald, A.G., 2007.
Synthesis ofPolyhydroxyalkanoates in Municipal Waste Water Treatment.
Water Environment Research; Nov; 79, 12; Proquest Agriculture Journals.
41
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Daniel, M., Choi, J.H., Kim, J.H., Lebeault, J.M., 1992.
Effect of nutrient deficiency on accumulation and relative molecular
weight of poly-hydroxybutyric acid by methylotrophic bacterium
Pseudomonas 135, Appl. Microbiol. Biotechnol. 37, 702–706.
Fernández, D., Rodríguez, E., Bassas, M., Viñas, M., Solanas, A.M., Llorens,
J.,Marqués, A.M., Manresa, A., 2005.
Agro-industrial oily wastes as substrate for PHA production by the new
strain Pesudomonas aeruginosa NCIB 40045: effect of culture
conditions”, Biochem. Eng. J. 26, 159–167.
Fuller, R.C., O’Donnell, J.P., Saulnier, J., Redlinger, T.E., Foster, I., Lenz,
R.W., 1992.
The supramolecular architecture of the polyhydroxyalkanoate inclusions
in Pseudomonas oleovorans, FEMS Microbiol. Rev. 103, 279–288.
Khopkar,S.M, (1990).
Dasar-dasar Kimia Analitik”, Universitas Indonesia Press, Jakarta.
42
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Production of PHAsfrom mixed and pure cultures of Pseudomonas sp.
using short-chain fatty acids as carbon source under nitrogen limitation,
Desalination 248, 723–732.
Luengo, J.M., García, B., Sandoval, A., Naharro, G., Olivera, E.R., 2003.
Bioplastics from microorganisms, Curr. Opin. Microbiol. 6, 251–260.
Marchesi, J.R., T. Sato, A.J. Weightman, T.A. Martin, J.C. Fry, S.J. Hiom &
W.G. Wade. 1998.
Design and evaluation of useful bacterium-specific PCR primers that
amplify genes coding for bacterial 16S rRNA. Appl. Environm. Microbiol.
64: 795-799.
Nath, A., Dixit, M., Bandiya, A., Chavda, S., Desai, A.J., 2008.
Enhanced PHB production and scale up studies using cheese whey in fed
batch culture of Methylobacterium sp. ZP24, Bioresour. Technol. 99,
5749–5755.
Nei M. 1996.
Phylogenetic analysis in molecular genetic, Ann Rev Genet 30:371-403
43
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Purwadi, R., 2006. Manuscript Fermentation Production of Poly(3-
hydroxyalkanoats). School of Engineering – Hogskolan i Boras Allegatan 1–
501 90 Boras, Sweden.
Reis, M.A.M., Serafim, L.S., Lemos, P.C., Ramos, A.M., Aguiar, F.R., Van
Loosdrecht, M.C.M., 2003.
Production of polyhydroxyalkanoates by mixed microbial cultures,
Bioprocess Biosyst. Eng. 25, 377–385.
Slater, S., Houmiel, K. L., Tran, M., Mitsky T. A., Taylor N. B., Padgette, S.
R., Gruys, K. J., 1998.
Multiple b-Ketothiolases Mediate Poly(b-Hydroxyalkanoate) Copolymer
Synthesis in Ralstonia eutropha. Journal of Bacteriology, p. 1979–1987.
Steinbuèchel, A., Hustede, E., Liebergesell, M., Pieper, U., Timm, A.,
Valentin, H.,1992.
Molecular basis for biosynthesis and accumulation of polyhydroxyalkanoic
acids in bacteria, FEMS Microbiol. Rev. 10, 217–230.Suchada, C., Songsri,
K., 2006.
Suryanto, D. 2001.
Selection and characterization of bacterial isolates for monocyclic
aromatic degradation. Disertasi. IPB Bogor.
Tobella, L.M., Bunster, M., Pooley, A., Becerra, J., Godoy, F., Martínez, M.,
2005.
Biosynthesis of poly-beta-hydroxyalkanoates by Sphingopyxis chilensis
S37 and Wautersia sp. PZK cultured in cellulose pulp mill effluents
containing 2,4,6- trichlorophenol, J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 32, 397–
401.
45
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
LAMPIRAN
46
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Xylose Burkholderia
Methylobacterium
Agricultura Bacillus Alcaligenes Bacillus Haloferax
Klebsiella
l
Waste Staphylococcus Azotobacter Pseudomonas
Burkholderia Rhizobium
a
Escherichia Haloferax Sphingomonas
a
Klebsiella Ralstonia
a
Dairy Escherichia Pseudomonas
Products Hydrogenophaga Ralstonia
Methylobacterium
Pseudomonas
Sinorhizobium
Oily Waste Ralstonia Comamonas
Pseudomonas
Ralstonia a
Industrial Actinobacillus Azotobacter Azotobacter
Waste Bacillus Burkholderia
Rhodococcus Pseudomonas
47
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
B. Anggota Kelas Proteobakteri
References
16S rRNA-23S
Taxon* 16S rRNA 5S rRNA
Subclass rRNA
sequences hybridization sequences
Rhodobacter 25 9
Rhodomicrobium 25
Rhodopseudomonas 25 9
Rhodopila 25
Rhodospirillum 25 9 13
Acetobacter 9
"Alpha"
Acidiphilium 13
Agrobacterium 25 9
Ancalomicrobium NP(
Aquaspirillum 25 9
Azospirillum 25 9
Beijerinckia NP 9
Blastobacter 17
Bradyrhizobium 8 9
Caulobacter NP
Erythrobacter 25
Filomicrobium 17a
Gemmobacter 17
Gluconobacter 9
Hyphomicrobium 17a 17a
Hyphomonas 17a
Methylobacterium NP
Mycoplana 9
“Alpha”
Nitrobacter 25 17a
Paracoccus 25 13
Pedomicrobium 17a
Phyllobacterium 9
Phenylobacterium 25
Prosthecomicrobium NP
Rhizobium 25
Rochalimaea 25
Stella 17a NP
Xanthobacter NP
Zymomonas 9
Rhodocyclus 25 13
Achromobacter 11
Alcaligenaceae 4
"Beta" Alcaligenes 25 15
Bordetella 15
Aquaspirillum 25
Chromobacterium 25 5
48
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Comamonas 25 6
Derxia NP 5
Janthinobacterium 25 5
Kingella 16
Leptothrix 19
Methylomonas clara 28
Methanolomonas 28
Methanomonas 28
Neisseria 25 16
Nitrosococcus 25
Nitrosolobus 25
Nitrosospira 25
Nitrosovibrio 25
Oligella 15
Pseudomonas
25 5
acidovorans complex
Pseudomonas 13
25 5
solanacearum complex
Simonsiella NP
Sphaerotilus 25
Spirillum 25
“Beta” Taylorella 15
Thiobacillusd 25 19
Vitreoscilla 25 19
Xylophilus 24
Chromatia
ceae
"Gamma" Amoeboba 25 7
cter
Chromatium 25 13
Lamprocystis 25
Thiocapsa 25
Thiocystis 25
Thiodictyon 25
Thiospirillum 25
Ectothiorhodospiraceae 25
Ectothiorhodospira 25
Acinetobacter 25 16
Aeromonadaceae 3
Aeromonas 27 3
Alteromonas 27 3 13
Alysiella NP
Azomonas 5
Azotobacter 5
Beggiatoa 25 19
Branhamella 16
Deleya NP 5
Enterobacteriaceae 27 3
49
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Budvicia (1)
BuUiauxeilaf
Cedecea1'
Citrobacter1'
Edwardsiellae
Enterobacter 27
Erwiniae
Escherichia 27 3
Hafniae
Klebsiellae
Kluyverae
Leclercia (21)
Leminorellae
Moellerellae
Morganellae
Obesumbacteriunf
Proteus 27
Providencia"
Rahnellae
Salmonella''
Serratia 27 3
Shigella"
Tatumellae
Yersinia 27 3
Yokenella ( =
Koserella) (12)
Xenorhabdus 6a
Frateuria 5
Halomonas 27
Legionella 27
Leucothrix 27
Lysobacter 27
Marinomonas 5
Moraxella 16
Oceanospirillum 25
Pasteurellaceae 3
Pasteurella 25 3
Plesiomonas 3
Pseudomonas fluorescens 13
25 5
complex
Psychrobacter (10)
Ruminobacter 18, 25
Serpens 25 19
Thiomicrospira
Thiothrix 19
Vibrionaceae 3 3
50
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang
Enhydrobacter (20)
Listonella 3
Vibrio 27 3
Photobacterium 27 3 3
Shewanella 3
Xanthomonas 25 5
Xylella 23
"Delt Bdellovibrio
25
a"
Desulfobacter 25
Desulfobulbus 25
Desulfococcus 25
Desulfonema 25
Desulfovibrio 25
Desulfuromonas 25
Myxococcaceae 25
Chondromyces NP
Cystobacter 25
Myxococcus 25
Nannocystis 25
Sorangium 25
Stigmatella 25
Pelobacter NP
51
Ditulis kembali dari jurnal “Biosynthesis of polyhydroxyalkanoate by gamma proteobacterium
WD-3 from volatile fatty acids” oleh Zhiqiang Chen, Yunbei Li, Qinxue Wen, Huichao Zhang