Las enzimas de restricción, también conocidas como endonucleasas, son

enzimas que cortan los enlaces fosfodiester del material genético a partir de
una secuencia que reconocen.Las mismas permiten cortar DNA de hebra
doble, donde reconocen secuencias palindrómicas (secuencias que se leen
igual en ambas direcciones)
Son extraídas de organismos procarióticos (bacterias), donde actúan como un
mecanismo de defensa, para degradar material genético extraño que entre en
la célula.  Las bacterias tienen la capacidad de metilar su DNA, lo cual sirve
para distinguir entre el DNA extraño y el DNA propio.  Las enzimas de
restricción no pueden cortar DNA metilado, de este modo solo afectan el
DNA extranjero y no el DNA bacterial.
Existen 3 tipos de enzimas de restricción:
 1.      Tipo I y Tipo III:
a.      Tienen actividad de restricción (cortan) y modificación (metilan).
b.     Cortan a cierta distancia de la secuencia de reconocimiento, las Tipo I
cortan lejos de la secuencia de reconocimiento, ya sea río arriba o río abajo.  
Las Tipo III cortan de 5-8 bases antes o despúes de la secuencia que
reconocen.
c.    Necesitan ATP para moverse a través de la molécula de DNA, desde el
lugar de reconocimiento hasta el sitio del corte.
2.         Tipo II:
a.      Sólo tienen actividad de restricción.
b.      Cortan de manera consistente y predecible dentro de la secuencia que
reconocen.
c.      Sólo requieren Mg++ como cofactor.
d.      No necesitan ATP.
 Aplicaciones de las enzimas de restricción:
1.    Hacer mapa de restricción de un plásmido o bacteriófago.
2.    Fragmentar DNA genómico para separación de electroforesis y “Southern
Blot”.
3.   Generación de fragmentos para ser usados  como sondas marcadas en
“Southern”y “Northern” blotting.
4.      Generación de fragmentos para ser subclonados en los vectores
apropiados, creación de DNA recombinante
Las endonucleasas se nombran a partir de las bacterias de las que son
extraídas, su nombre está dado según el género y la especie de la bacteria de
donde se aisló por primera vez esta enzima.  La primera letra representa el
género de la bacteria, las próximas dos indican la especie, una cuarta letra
indica la cepa, y un número al final indica la cantidad de enzimas que se han
aislado de esa cepa.  Ej:

Eco RI à   E = género Escherichia

                 co = especie coli

                   R = cepa RV 13

                  I = primera endonucleasa aislada de esta cepa

Una enzima de restricción (o endonucleasas de restricción) es aquella que
puede reconocer una secuencia característica de nucleótidos dentro de una
molécula de ADN y cortar el ADN en ese punto en concreto, llamado sitio o
diana de restricción, o en un sitio no muy lejano a éste, dependiendo de la
enzima. Los sitios de restricción cuentan con entre 4 y 12 pares de bases, con
las que son reconocidos.
El mecanismo de corte de DNA se realiza a través de la ruptura de dos enlaces
fosfodiéster en la doble hebra, lo que da lugar a dos extremos de DNA. Éstos
pueden ser romos (cuando los enlaces rotos coinciden) o
Cohesivos/escalonados. Estos últimos tienen tendencia a volver a unirse de
modo espontáneo, ya que los extremos se pueden unir a otros extremos
coincidentes que pueda haber en la cercanía (Apareamiento de Watson &
Crick).
Los fragmentos de ADN obtenidos de este modo pueden unirse por otras
enzimas llamadas ligasas. Conocemos así el ADN vector, que sería aquel que
es capaz de replicarse independientemente del ADN de la célula anfitriona en
la cual crece. Dentro de este grupo de vectores están los plásmidos, moléculas
circulares de ADN halladas en las bacterias.
Las enzimas de restricción que a pesar de ser distintas y provenir de distintas
especies, tienen la misma secuencia de reconocimiento y dejan el mismo
extremo cohesivo, pero no cortan en el mismo sitio, son llamadas
isoesquizómeros. Por ejemplo, están los isoesquizómeros Asp718 y KpnI.
Uno de los campos en los que el uso de enzimas de restricción ha tenido
mayor implicación ha sido el diagnóstico de enfermedades genéticas
relacionadas con cambios en la secuencia del ADN, ya sean mutaciones
puntuales, inserciones o deleciones de fragmentos. Si éstas se producen en un
sitio de reconocimiento de la enzima de restricción, al producirse eliminarán o
agregarán nuevos sitios de corte. Al aplicar esta enzima al gen de una persona
sana y una enferma se deberían observar distintas cantidades de fragmentos
para cada caso en una electroforesis.