E.

Hasil
Berdasarkan hasil percobaan isolasi DNA genom bulbus akar rambut dapat
dilihat melalui tabel dibawah ini:
Tabel 1. Jumlah DNA dan indeks kemurnian DNA dari bulbus akar rambut ayah,
ibu dan anak pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm.
Sumber Panjang Gelombang Jumlah Indeks
260 nm 280 nm
DNA Kemurnian
Ayah 0,018 0,025 0,0009 µg 0,72
Ibu 0,028 0,023 0,0014 µg 1,2
Anak 0,014 0,014 0,0007 µg 1

Perhitungan
Konsentrasi DNA ayah:
DNA µg/mL = A260 x 50 µg/mL : C
= 0,018 x 50 : 1000
= 0,0009 µg/mL
Indeks Kemurniaan DNA ayah = A260/A280
= 0,018/0,025
= 0,72
DNA murni bila indeks kemurniaan DNA > 1,75
0,72 < 1,75 = DNA tidak murni

Konsentrasi DNA ibu:

DNA µg/mL = A260 x 50 µg/mL : C
= 0,028x 50 : 1000
= 0,0014 µg/mL
Indeks Kemurniaan DNA ayah = A260/A280
= 0,028/0,023
= 1,2
DNA murni bila indeks kemurniaan DNA > 1,75
1,2 < 1,75 = DNA tidak murni
Konsentrasi DNA anak:
 DNA µg/mL = A260 x 50 µg/mL : C
= 0,014x 50 : 1000
= 0,0007 µg/mL
Indeks Kemurniaan DNA anak = A260/A280
= 0,014/0,014
=1
DNA murni bila indeks kemurniaan DNA > 1,75
1 < 1,75 = DNA tidak murni

F. Pembahasan
DNA genom dapat diisolasi dari semua bahan biologis yang mengandung
sel berinti, seperti darah, semen, rambut, tulang, liur, dan lain-lain. Bahan yang
paling sering digunakan untuk tujuan isolasi DNA adalah darah dan akar rambut
karena kedua bahan tersebut relative mudah diperoleh. DNA genom yang
diisolasi dapat digunakan untuk identifikasi DNA suatu organisme.
Pada percobaan kali ini DNA diisolasi dari bulbus akar rambut. Tujuan
utama dari percobaan ini yaitu untuk mempelajari prinsip dan teknik isolasi DNA
genom dari bulbus akar rambut. Isolasi DNA genom yang digunakan yaitu
berasal dari bulbus akar rambut satu keluarga yang terdiri atas ayah, ibu, dan
anak.
Pada prinsipnya isolasi DNA terdiri dari beberapa tahapan, antara lain
(Lodish, dkk., 1999):
1. Pemecahan dinding sel maupun jaringan. Proses ini bisa secara fisik
maupun kimiawi. Secara fisik pemecahan ini dilakukan dengan menggerus
sampel (homogenasi) dan secara kimiawi dengan pemberian larutan buffer
lisis yang akan merusak struktur dinding sel.
2. Pemisahan DNA dari debrisnya
3. Presipitasi awal
4. Pemurnian DNA
5. Presipitasi akhir DNA
 Terlebih dahulu bagian bulbus akar rambut ayah, ibu, dan anak dipotong
masing-masing sebanyak 3 lembar dan dimasukkan ke dalam tabung mikro.
Penggunaan folikel ini dikarenakan merupakan jaringan hidup berinti dari sampel
bagian tubuh manusia yang mudah diambil dan representatif untuk isolasi DNA.
Sel bulbus akar rambut dalam tabung mikro kemudian ditambahkan dengan
larutan buffer. Larutan buffer yang digunakan merupakan hasil campuran dari 0.5
M KCl, Tris 0.1 M dengan pH 9, triton X-100 0.1%, MgCl2 15 mM, dan Tween-20
10% sebanyak 2.5 µL.
Triton X-100 berfungsi sebagai surfaktan, tween 20 merupakan bahan
pengawat DNA berfungsi dalam melarutkan komponen seluler. Tween 20
merupakan senyawa polysorbate surfaktant yang bersifat stabil dan non toksik.
Senyawa ini sering digunakan sebagai detergen atau pengemulsi dan agen
pelarut membrane protein. Pada konsentrasi 0.05 sampai 0.5%, tween 20 juga
dapat melisiskan sel-sel pada mamalia (Qiagen, 2006). Tris berfungsi menjaga
pH larutan agar DNA tetap stabil dan mempengaruhi kelarutan protein.
Penambahan larutan buffer memiliki fungsi ganda yaitu berfungsi sebagai
stabilisator DNA dan pembentukan chelat (kompleks).
Langkah selanjutnya yaitu campuran rambut dan lysis buffer pada tabung
mikro dan diinkubasi pada suhu 55oC selama 1 jam. Inkubasi pada suhu 55oC ini
dilakukan untuk mengoptimalisasi kerja enzim dalam mendegradasi protein serta
optimalisasi reaksi pelisisan membran sel oleh Tris-HCl, dan tween 20. Pada
suhu 55oC, DNA yang terlepas banyak. Setelah itu, inkubasi kembali pada
penangas pada suhu 95oC selama 10 menit. Hal ini dilakukan untuk memastikan
DNAnya sudah terlepas dari sel. Bila suhu yang diperlukan kurang dari suhu
optimum maka dikhawatirkan proses untai ganda DNA hanya terjadi sebagian
dan bila suhu optimumnya berlebih maka aktivotas enzim polymerase akan
menurun dan pada akhirnya reaksi polimerisasi terhenti.
Penginkubasian pada suhu 95oC telah selesai maka tahapan selanjutnya
yaitu melihat indeks kemurnian dan konsentrasi DNA dari masing-masing bulbus
akar dengan spektrofotometer. Sisa dari isolasi DNA tersebut kemudian
disimpan dalam freezer untuk mencegah kerusakan DNA apabila DNA belum
akan digunakan atau digunakan untuk penelitian lanjutan. Spektrofotometer
digunakan untuk mengukur kadar dan kemurnian DNA/RNA. Cahaya UV diserap
oleh struktur molekul yang berbentuk cincin. DNA dan RNA dapat menyerap
secara kuat pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm.
Pada panjang gelombang 260 nm, DNA menyerap cahaya dengan kuat
sehingga nilai absorbansi pada panjang gelombang tersebut (A260) dapat
dipergunakan untuk memperkirakan konsentrasi DNA. Pada panjang gelombang
280 nm, residu tirosin menyerap dengan kuat pada panjang gelombang ini
sehingga nilai absorbansinya dapat dipergunakan sebagai indikator kontaminasi
protein.
Berdasarkan hasil pengamatan didapatkan konsentrasi dan kemurnian
DNA dari sampel darah menggunakan spektrofotometer yaitu sebesar 0,0009 µg
dan 0,72 untuk ayah, 0,0014 µg dan 1,2 untuk ibu, dan 0,0007 µg dengan indeks
kemurnian 1 untuk anak. Nilai 0,72; 1,2 dan 1 menandakan mungkin masih
terdapat adanya protein pada saat proses pengendapan DNA sehingga benang-
benang kromosom masih bercampur dengan protein dan sampel akar rambut
yang digunakan sudah lama atau rontok sehingga hasil yang didapat kurang dari
standar. Hasil yang didapatkan mungkin lebih rendah atau bila sampel bulbus
akar rambut dikumpulkan tanpa EDTA atau penyimpanannya tidak tepat atau
bila sampel disimpan lebih dari 5 hari sebelum digunakan dalam prosedur isolasi
DNA ini.
Solusi mengatasi agar DNA menjadi murni dengan menambahkan
berbagai macam larutan. Larutan A berfungsi sebagai resuspensi yaitu
penggabungan kembali pellet yang telah terbentuk dengan larutan yang
dicampurkan. Larutan B yang terdiri atas SDS dan NaOH sebagai larutan pelisis
dan larutan C untuk merenaturasikan kembali.
Proteinase-K yang dapat mendegradasi protein penyusun komponen sel
atau penambahan NaCl yang berfungsi untuk mendenaturasi protein histone
sehingga menyebabkan presipitasi protein yang akan terlihat sebagai presipitat
berwarna putih dibagian dasar tabung. Selain itu, dapat pula dilakukan
sentrifugasi untuk memisahkan antara DNA dengan kotoran yang bercampur
 dengan DNA. Cairan DNA yang dihasilkan dipisahkan kemudian ditambahkan
RNase untuk melisiskan RNA supaya hasil yang diisolasi berupa DNA murni.
DNA bermuatan negatif, hal ini dapat diketahui ketika DNA berada dalam aliran
listrik maka DNA akan bermigrasi melalui gel menuju kutub positif

G. Kesimpulan
Berdasarkan hasil percobaan tersebut dapat diketahui bahwa:
1. Prinsip dan teknik isolasi DNA yaitu penghancuran dinding sel, lisis sel,
membersihkan debris sel,
2. Tahapan-tahapan dalam melakukan tes DNA yaitu isolasi DNA,
pelaksanaan PCR, elektroforesis, dan data analisis.
3. Berdasarkan hasil pengukuran DNA secara kualitatif diketahui bahwa
konsentrasi DNA yang diuji yaitu 0,0009 untuk ayah, 0,0014 untuk ibu dan
0,0007 untuk anak dan kemurnian DNA sebesar 0,72 ayah, 1,2 ibu, dan anak
1 yang menunjukkan bahwa DNA tersebut tidak murni.
4. Larutan kimia yang digunakan pada proses isolasi DNA berpengaruh
terhadap hasil isolasi DNA. Bila pelarutnya kurang maka DNA yang
dihasilkan kemungkinan DNA tidak murni.

H. Daftar Pustaka
Chinnery, P. F. 2003. Mitochondrial Disorder Overview. Departement of
Neurology University of Newcastle. Newcastle.
Holt, IJ., A.E. Harding & J.A. Morgan-Hughes. 1988. Deletion of Muscle
Mitochondrial DNA in Patient with Mitochondrial Myopathies. Nature, 331,
717-719.
Ligthtowlers, R. N., P.F.Chinnery, D.M. Tumbull & N. Howell. 1997. Mammalian
Mitochondrial Genetics: Heredity, Heteroplasmy and Disease. Trends
Genet. 13,450-455.
Lodish, H., A. Berk., S. L. Zipursky., P. Matsudaira., D. Baltimore dan J. Darnell.
1999. Molecular Cell Biology. 4th edition.W. H. Freeman & co. Altadena
Qiagen. 2006. Genomic DNA Purification. http://www.qiagen.
com/literature/brochures/index.asp. Diakses Tanggal akses 12 April 2011.
Schwartz, M. & Vising, J. 2002. Paternal in Heritance of Mitochondrial DNA. N
Engl J Med. 347, 578-580.