Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT

D
S
U
S
U
N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama
Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN
JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
DARUSSALAM-BANDA ACEH
2011
 KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim…

Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan
rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan.

Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam

pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN
KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan
dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang
bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini.

Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta
menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah
ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi
saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

 BAB I
PENDAHULUAN

I.I Latar Belakang

Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme,
termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme memiliki dua
arah lintasan reaksi kimia organik. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu
reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. Dan
anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-
molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.
Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan
oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya, “Ars de statica medecina” yang
membuatnya terkenal di Eropa. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang
dilakukannya, yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang
digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan, tidur, bekerja,
berpuasa makan atau minum, dan buang air besar. Dia menemukan bahwa bagian
terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio
insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak).
Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu:
1. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk
mendapatkan energy.
2. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-
molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.
Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme
untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu
senyawa yang disebut sebagai hormon, dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Pada
senyawa organik, penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu
mempercepatan reaksi kimia disebut katalis.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N).
Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and
Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada
virus.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti
(nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya
adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa
nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus
fosfat. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam
nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2-
deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam
nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin, sitosin, dan guanin dapat ditemukan
pada RNA maupun DNA, sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan
urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang
tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu
gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan
berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari
nukleotida yang lain.
 Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau
komponen dalam sel hidup. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses
penguraian disebut katabolisme. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim,
termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan
karbondioksida, proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel
melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses
penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut, lambung,
usus, dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus, serta
penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya, begitu juga dengan
proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme.

I.2 Tujuan Makalah ini

Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme
dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Metabolisme Protein

Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh.
protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino. Di dalam tubuh
mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non
esensial. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh
tubuh. Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan
asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam
tubuh.
Metabolisme protein meliputi:
1. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler)
menjadi asam amino
2. Oksidasi asam amino
3. Biosintesis asam amino
4. Biosintesis protein
Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen.
Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme
dalam tubuh. Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah
menjadi CO2, H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai
pernafasan. Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur
sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya
alanin). Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme
utama seperti pada gambar 1.
 Gambar 1. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat

Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat
lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut
glikogenik atau glukoneogenik. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan
fenilalanin, hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis
glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat
digunakan untuk sintesis glukosa.

A. Protein Tubuh dan Fungsinya

1. Protein Tubuh
Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot, enzim,
protein plasma, antibodi, hormon. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan
ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi
protein fibrosa, ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon,
kartilago, tulang); elastin (arteri); keratin (rambut, kuku); dan aktin-miosin.

Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut:
a. Macam-macam protein:
1. Peptide: 2 – 10 asam amino
2. Polipeptide: 10 – 100 asam amino
3. Protein: > 100 asam amino
4. Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide
5. Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein
6. Lipoprotein: gabungan lipid dan protein
b. Asam amino
1. Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non
esensial
2. Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin, triptofan, lisin, leusin,
valin → histidin, arginin, metionin, isoleusin, fenilalanin)
3. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin, alanin, glisin, asparadin
→ sistein, asam aspartat, tirosin, glutamin, asam glutamat)
c. Transport protein
1. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam
darah
2. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan
3. Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan
menggunakan enzim)
4. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein
d. Penggunaan Protein Untuk Energi
1. Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino
untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak.
 2. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi
atau transaminasi
3. Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino
sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam
ket
2. Fungsi Protein
Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua
kelompok besar, yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada
tingkat molekular. Apabila tulang dan kitin adalah beton, maka protein struktural
adalah dinding batu-batanya. Beberapa protein struktural, fibrous protein, berfungsi
sebagai pelindung, sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit,
rambut, dan kuku. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai
perekat, seperti kolagen.
Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti
halnya polimer lain, protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami
cross-linking dan lain-lain. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis
untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. Makromolekul ini
mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga
kelangsungan hidup suatu organisma. Suatu sistem metabolisme akan terganggu
apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan.

B. Struktur Protein
Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem
makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya. Struktur protein terdiri
dari empat macam struktur. Struktur pertama adalah struktur primer. Struktur ini
terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen
melalui ikatan peptida. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein
tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. Sebelum kode genetik ini
diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein,
mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan
kode genetik pada DNA, yaitu dalam bentuk molekul RNA. Urutan RNA inilah yang
kemudian diterjemahkan menjadi.
Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino
(Gambar 1).

Gambar 1. Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein

Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Pada struktur sekunder, protein
sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan
yang membentuk struktur ini, didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping
yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada
dua jenis struktur sekunder, yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2). b-sheet itu sendiri
ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel, bergantung pada orientasi kedua
rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut.

a-heliks b-sheet
Gambar-2. Struktur Sekunder Protein

Struktur-struktur sekunder ini, kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga

membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika.
Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. Disini
interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen, ikatan ion, van der Waals,
hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3).
Gambar-3. Struktur Tersier Protein

Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier, dengan
kata lain multi subunit. Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk
struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). Setiap subunit protein dapat melakukan
komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular
ini.

Gambar-4. Struktur Kwaterner Protein.

Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam
amino. Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang
mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. Hingga saat ini tidak satu sintetik
polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein. Bila saja protein memiliki
panjang 100 residu asam amino, bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino
tersebut dipakai untuk mensintesis protein, maka jumlah struktur 3 dimensi yang
mungkin adalah 20100 struktur. Tentu saja struktur yang paling pavorable secara
termodinamika saja yang akan terbentuk. Karena banyaknya kemungkinan struktur
ini, maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. Perubahan pada struktur
akan mempengaruhi fungsi dari protein. Beberapa penyakit pada manusia disebabkan
oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut.
Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena
yang sangat terkenal saat ini, yaitu penyakit sapi gila di Inggris. Penyakit ini
belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. Pada
awalnya, para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa
menjadi desease agent dan dapat diturunkan. Hasil penelitian menunjukan bahwa
protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. Protease
adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. Penelitian lain juga
mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem, aktivitas
prion tidak menurun, tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. Dari sini
para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA.
Lalu, bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh
tanpa adanya gen yang mengkodenya. Virus saja untuk berkembang biak harus
memasukan DNAnya ke dalam inang, lalu bagaimana dengan prion?
Dari hasil pencarian yang panjang, ternyata ditemukan bahwa gen yang
mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk
berkembangnya prion. Gen tersebut dikenal sebagai PrP. Tetapi, saat gen ini
diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan, tidak
dideteksi adanya penyakit. Dari hasil ini, para ahli biokimia memprediksi adanya
struktur lain diluar struktur protein PrP normal, yang menyebabkan penyakit.

C. Pencernaan Protein
Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Di sini
pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2
bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin, tirosin, triptofan), hidrofobik
(leusin, isoleusin, metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). PH optimum
ialah 2, sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung. Enzim ini tidak
bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus
halus.
Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen.
Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis
juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. Pada proses pengaktifan ini,
dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi.
Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut.
Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja
enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida,
maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim
ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital. Peristiwa sekresi
ini berlangsung dengan melawan gradien, karena konsentrasi H + di dalam sel ialah
sebesar 10-7 M, sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. Dengan demikian
jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi, yang pada kenyataannya didapat
dengan cara hidrolisis ATP. Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+
dengan H+. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat,
seperti yang terlukis pada Gambar .
I – Iphe – met -- val – lis– –lisleu – tir– –tirtrp – arg – gli– –gliala – ile– –ileasp –I–I
– phe – met -- val – leu – trp – arg – ala – asp

      


Gambar . Pemecahan protein oleh pepsin.
Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan
konsentrasi cAMP intrasel. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein.
Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme
glikogen, kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya
pun bertambah. Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP
meningkatkan sekresi asam lambung. Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama.
Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga
terbentuklah histamin. Akibatnya, segala peristiwa yang telah diuraikan tadi
meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung.
Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang
berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung. Keadaan ini disebut
“achlorhydrea”. Pada orang-orang dengan keadaan ini, pepsin mereka tidaklah aktif
dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus. Oleh karena ada
beberapa enzim yang khas mencernakan protein, keadaan ini tidaklah menimbulkan
gejala klinik yang berat.
Selain pepsin, lambung juga mensekresikan enzim rennin, yang
mengkoagulasikan susu. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini
mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat. Dengan bantuan kalsium, kasein
yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein, yang selanjutnya
dihidrolisis oleh pepsin. Di dalam usus, protein diolah oleh sejumlah enzim yang
disekresikan oleh pancreas, yaitu tripsin, kimotripsin, karboksipeptidase dan elastase.
Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. Enteropeptidase atau
enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin. Sebaliknya tripsin yang
sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen,
yaitu kimotripsinogen,
prokarboksipeptidase dan poelastase. Tripsin memutus ikatan peptida yang
dibentuk oleh asam-asam amino basa. Kimotripsin memutus ikatan peptida yang
dibentuk oleh asam amino aromatik, sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap
ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik. Babungan hasil kerja enzim ini
ialah monopeptida, dipeptida dan tripeptida. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim
karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa
pada berbagai peptida tadi, dari sisi gugus karboksil bebas; dan juga enzim
aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas.
Tripsin, kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik
masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan
protease serin. Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung,
ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin
yang ada di situs katalitik. Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh
dibebaskan oleh enzim. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air, reaksipun
selesai. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya
secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat.
Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel.
Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus. Pemecahan berbagai \at dan
menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif,
negatif ataupun keseimbangan yang normal. Blutaminase, asparaginase, berbagai
oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. Histidase, serin
dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel.
Sekali pun demikian, sumber terbesar dari ammonia sel, terutama dalam jaringan hati,
ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam
mitokondria. Nitrogen yang diikat oleh glutamat, yang sebelumnya berasal dari reaksi
transaminasi asam-asam amino yang lain, dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh
kerja enzim ini. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria, ammonia yang
dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea.
Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan
nitrogen. Alanin dibuat dari piruvat, suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana
sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai -
ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. Glutamat ini sebaliknya dapat pula
mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia. Glutami yang sampai ke hati
dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan
glutamat dihidrogenase. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis
glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya.
Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia, CO2 dan nitrogen
dari aspartat menjadi urea. Daur ini terlukis pada gambar . Perlu diperhatikan bahwa
dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria, sedangkan sisanya
terjadi di sitoplasma. Dalam reaksi yang pertama, CO2 yang berada di dalam
mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan
ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP
lainnya. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. Reaksi ini adalah reaksi yang
mengatur laju sintesis urea, dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan
memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Dalam reaksi kedua yang juga
terjadi de dalam mitokondria, karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin
sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang
mengatur laju sintesis urea.
Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria. Di dalam sitoplasma sitrulin
ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga. Dalam reaksi ini
ATP diubah menjadi AMP. Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah
dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat. Fumarat dapat masuk ke dalam
mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs. Dengan
transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. Arginin dihidrolisis untuk
menghasilkan urea dan ornitin. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam
mitokondria dan menyelesaikan daur. Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan
fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. Dua ikatan
diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi
aspartat dengan sitrulin. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan
penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik
menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4).
Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin
indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa
Nformilkinurenin. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin,
dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. Sebagian enzim
yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan
pengaktifan. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi
penguraian proteolitik. Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh
derivat asam nikotinat, termasuk NADPH. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada
N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan
menghasilkan senyawa kinurenin. Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi
transaminasi. Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan
kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk
kinurenat. Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini
menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3- hidroksiantranilat.
Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH
dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin. Hidroksilasi triptofan menjadi 5-
hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati.
Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin).
Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis
enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5).
Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL).
Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan. Ginjal mamalia, hati
dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi
triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat. Hasil utama
katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5- hidroksiindolasetat
dan indol-3 asetat.

D. Proses Glikolisis
Protein pengikat, DNA Girase.
Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke
protein. Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi.
Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi. Proses
sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana
kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk,
pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA, hanya gen atau
kolompok gen yang ditarnskripsi. Produk yang terbentuk adalah RNA yang
komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan.
Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA
polimerase mengikat urutan basa spesifik,k edua RNA polimerase mengkatalisis
pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat
melalui cara seperti DNA polimerase I,ketiga, komplemen DNA-RNA (hibrid DNA-
RNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti
hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. Keempat, terjadi
pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk.
Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan
informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Pada tahap ini asam-asam
amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain, sesuai pesan yang diberikan
DNA. Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam
amino; inisiasi rantai polipetida, pemanjangan (elongasi) rantai polipetida; terminasi
dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. Nukleotida
merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat
(gugus fosfat) dengan ikatan ester. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau
ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan
glikosida. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah
ribosa. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin, guanin, sitosin
dan timin. Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin, guanin, sitosin dan urasil.
Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama
trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut :

II. Metabolisme Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat
atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid
(RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah
ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O
pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya.
Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin
aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua
golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin
(bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada
DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk
pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin
terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya
terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil
pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.
A. Komponen-komponen asam nukleat
a). gugus fosfat
b). gula pentosa
c). basa N
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya
basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang
urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi
spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan
berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan
suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.
Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-
monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat,
sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada
asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian
nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih
gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida
yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin,
dan deoksitimidin.
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA
dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme
hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen
DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet',
tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan
satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang menyusun protein. Lihat
ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA
menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA', yang menyatakan bahwa
pada awal proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal sebelum
organisme hidup memakai DNA.

A. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam
nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh
alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.

a. Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder
RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya
ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah
demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama
kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada
dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap
stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan
basa. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang bersifat
hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan
basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

b. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC,
asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya.
Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula
dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.

C. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status
tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan
struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut
kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami
denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun,
RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena
adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.

d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada
pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid
(COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat
merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi
berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.

e. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena
diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa
sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu,
DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai
viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan
terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita
hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.

f. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat
molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang
sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi
dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi
ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA
akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini
dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density
gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan
analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi
kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).

B. Nukleosida dan nukleotida

Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda
aksen (1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran
posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada
basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau
glikosilik. Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung
bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang
masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa
N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai
nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya
adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul
ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga
gugus fosfat.
 Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, , dan uridin sitidin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin,
dan deoksitimidin.

Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg

lebih sederhana, jalur de novo untuk nukleotida, mirip utk setiap organism.
Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada 
salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang
mati (regenerasi) atau dari makanan.

C. Degradasi nukleotida
Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease
(pankreas) à oligonukleotida. Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim
exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase
dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate.
Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate. Jika
basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways, basa akan lebih
lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin), ureidopropionat (pyrimidine).
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan

1. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot

molekul tinggi,
2. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan
protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme
hidup.
3. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosin, guanosin, , dan uridin sitidin.
4. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-
lah yang memungkinkan terjadinya variasi.
5. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan
protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme
hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa
nitrogen DNA dalam proses transkripsi.
6. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa
N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin
aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi
dua golongan, yaitu purin dan pirimidin.
7. Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Di sini
pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi
NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin, tirosin, triptofan),
8. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya
polimer lain, protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami
cross-linking dan lain-lain.
9. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme,
termasuk yang terjadi di tingkat selular.
10. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein
intraseluler) menjadi asam amino,Oksidasi asam amino, Biosintesis asam amino,
Biosintesis protein
 DAFTAR PUSTAKA

Sreeranjit,C. V. K. and Lal, J. J., Glucose : Properties and Analysis. In Encyclopedia

of Food Sciences & Nutrition, 2nd Edition, Caballero, B. Trugo, L.C., &
Finglas, P.M.,Eds,. Academic Press. 2003.
Rocha Leao, M. H. M., Glycogen.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition, 2nd
Edition, Caballero, B. Trugo, L.C., &
Finglas, P.M.,Eds,. Academic Press. 2003. Dennis, S. C. and Noakes, T. D., Exercise
Muscle. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition, 2nd Edition, Caballero,
B. Trugo, L.C., & Finglas, P.M.,Eds,. Academic Press. 2003.
Tester, R. F. and Karkalas, J., Carbohydrates: Classification and Properties. In
Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition, 2nd Edition, Caballero, B. Trugo,
L.C., & Finglas, P.M.,Eds,. Academic Press. 2003.
Mac donald, I., Carbohydrates : Metabolism of Sugar. In Encyclopedia of Food
Sciences & Nutrition, 2nd Edition, Caballero, B. Trugo, L.C., & Finglas,
P.M.,Eds,. Academic Press. 2003.
Bender, D. A. , Glucose : Function and Metabolism.In Encyclopedia of Food
Sciences & Nutrition, 2nd Edition Caballero, B. Trugo, L.C., & Finglas,
P.M.,Eds,. Academic Press. 2003.
Rubinstein-Litwak, S., Energy Metabolism.In Encyclopedia of Food Sciences &
Nutrition, 2nd Edition, Caballero, B. Trugo, L.C., & Finglas, P.M.,Eds,.
Academic Press. 2003.