Tutorial Hari ke 2 21 Oktober 2010 Langkah 7 : SINTESA DAN UJI INFORMASI yang telah DIPEROLEH 1.

Struktur dan fungsi DNA

2. Struktur dan fungsi RNA RNA memiliki bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA merupakan polinukleotida yang tersusun atas banyaak ribonukleotida. Tiap ribonukleotida tersusun atas gula ribose, basa nitrogen dan fosfat. Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil cincin gula pentosa, sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada DNA disebut deoksiribosa. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa timina pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya. Tipe-tipe RNA 1. mRNA (messenger-RNA) yg melakukan tranfer informasi mengenai deretan asam amino pada protein yang akan dibangun sesuai dengan urutan kode pada DNA asal. 2. rRNA (ribosomal-RNA) yang membangun ribosom bersama dengan protein 3. tRNA (transfer-RNA) yang mentransfer asam amino ke ribosom untuk sintesis protein. Fungsi RNA: Sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang menyusun protein. 3. Perbedaan DNA dengan RNA Berdasarkan penjelasan sebelumnya kita dapat menyimpulkan beberapa perbedaan antara DNA dengan RNA sebagai berikut : PERBEDAAN Komponen - gula - basa nitrogen bentuk letak Kadar basa nitrogen Hidrosa alkali DNA deoksiribosa purin : adenin , guanin pirimidin : sitosin, timin Rantai panjang, ganda, dan berpilin (double helix) Nukleus, sentriol, nitokondria tetap Tidak bisa RNA ribosa purin : adenin, guanin pirimidin : sitosin, urasil Rantai pendek, tunggal, dan tidak berpilin Sitoplasma, ribosom, nukleus Tidak tetap bisa

4. Proses Replikasi DNA dan Rekombinasi Replikasi DNA Secara umum

1. Sebelum melakukan replikasi, molekul induk mempunyai 2 untai DNA

komplementer. Setiap basa dipasangkan oleh ikatan hydrogen dengan pasangan spesifiknya. Contoh : A-T dan C-G 2. Langkah I yaitu helikase. Pemisahan rantai ganda 3. Untaian yang lama berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida disepanjang untai kompkementer yang baru. Nukleotda terpasang pada daerah spesifik disepanjang permukaan cetakan berdasarkan aturan pemasangan basa. 4. Nukleotida baru tesebut disambung satu sama lain unt membentuk tulang gugus fosfat dari untai baru molekul DNA yang terbentuk sekarang terdiri atas untai lama dan baru. Secara Spesifik (sumber : Biologi Campbell hal. 305) Model Rekayasa genetika (sumber : Biologi Campbell hal. 305) Rekombinasi DNA Rekombinasi adalah sebuah proses yang berakibat sebuah segmen DNA yang biasanya menjadi lanjutannya,dan bersambung dengan segmen DNA yang lainnya. Sebagai hasilnya adalah komposisi dan urutan nukleotida menjadi berubah. Jenis rekombinasi DNA : 1. REKOMBINASI HOMOLOGUS yang sering dijumpai secara natural dalam proses crossing over yang terjadi pada meiosis eukariotik. Proses ini melibatkan dua kromosom homolog. 2. SITE SPECIFIC RECOMBINATION proses ini tidak memerlukan kromosom homolog yang panjang. Proses ini dijumpai pada replikasi bakteriofage. 3. TRANPOSISI bukan proses rekombinasi. Pada prinsipnya adalah sebuahsegmen DNA tertentu di dalam genome eukariotik maupun prokariotik,memiliki kemampuan berpindah dari satu tempat ke tempat lainnya. Perpindahan ini bisa : (a)disertai pengkopian,segmen DNA aslinya masih ada di tempat semula sementara yang berpindah adalah kopinya. (b)Tanpa proses pengkopian,seperti layaknya mekanisme cut and paste. Contoh rekombinasi DNA

5. Proses sintesis protein Transkripsi:

Inisiasi:

pengikatan faktor transkripsi(protein) dan RNA polimerase pada daerah promoter DNA, tepatnya pada box TATA

Elongasi: RNA polimerase berjalan disepanjang DNA dan mengikat sekitar 10-20 basa nukleotida sehingga RNA yang terbentuk semakin panjang. At the same time, DNA repair itself. Terminasi: pada prokariot, RNA polimerase berhenti di akhir sinyal terminasi pada daerah terminator. Pada eukariot, RNA polimerase lanjut sampai kode AAUAAA dan membentuk pra-mRNA Modifikasi(RNA processing) : penambahan Ujung 5 by Guanin, sebagai pelindung supara mRNA tidak terdegradasi oleh enzim hidrolitik yang banyak di sitoplasma dan pengikat pada ribosom nantinya. Dan penambahan pada ujung 3 by ekor poli [A] RNA splicing : pemotongan dan penyambungan ekson (coding base) dan intron(non-coding base) oleh snRNP yang terdapat pada ujung-ujung intron dan di spliosom. Completed mRNA => hanya ekson saja.

Translasi

Inisiasi: pengikatan tRNA aminoasil, mRNA, pada Ribosom

Elongasi: proses penerjamahan kodon (tempat A), perangkaian polipeptida (tempat P) oleh tRNA melalui antikodonnya kepada kodon pada mRNA

Terminasi: penerjemahan kodon stop (UAA, UAG, UGA), pengikatan relation factor di tempat A yang akan mengikat banyak air untuk hidrolisis sehingg rangkaian polipeptida lepas dari tRNA yang kembali ke sitoplasma dan polipeptida itu secara spontan menggulung dan menjadi protena fungsional

6. Faktor yang mempengaruhi kestabilan DNA Faktor faktor yang mempengaruhi kestabilan DNA : 1) Tumpukan ( stacking ) basa nukleotida pada satu rantai. a. Interaksi hidrofobik antara basa basa nukleotida 2) Ikatan hidrogen. a. Antara basa basa yang berpasangan pada rantai ganda Contoh : Semakin banyak pasangan C G, semakin stabil struktur DNA kerana terdapat 3 ikatan hidrogen padanya. 3) Faktor fisika : a. Sinar Ultraviolet : i. Dimerisasi timin yang dapat menganggu replikasi DNA. b. Panas : penyebab ikatan hidrogen terputus secara spontan. c. Sinar X : i. Dipakai oleh Muller ( 1927 ) untuk menimbulkan mutasi artificial (mutasi induksi ).
ii. Sinar X atau sinar pengion lainnya akan menimbulkan radikal

bebas (HO ) yang jangka hidupnya pendek dan sangat reaktif. 4) Faktor kimia : a. Auto oxidizing agent atau tradiomimetic agents bekerja seperti radiasi. Contoh : Ion Ferro (Fe++) Persamaan: Fe++ + O2 Fee +++ + H2O b. Asam Nitrit :
i. Dapat menyebabkan deaminasi oksidatif basa adenine, guanine,

dan sitosin. Contoh : Deaminasi adenin menjadi hypoxanthine yang akan mengadakan pasangan dengan sitosin.

Deaminasi guanin menjadi xanthine. Deaminasi sitosin menjadi urasil.

c. Hydroxylamine ( NHOH ) : i. Mungkin hanya menyerang sitosin di DNA dan urasil di RNA.

Contonh : sitosin dengan hydroxylamine menjadi hydroxylamine cytosine yang berpasangan dengan adenin. d. Basa analog : i. Zat kimia yang strukturnya mirip dengan basa nitrogen DNA. Contoh : 5 hologenated (5-bromouracil) = 5 methyuracil (thymin)

7. Prinsip dasar rekayasa genetika Yaitu memanipulasi atau melakukan perubahan susunan asam nukleat dar DNA (gen) / menyelipkan gen baru ke dalam struktur DNA organisme penerima Contoh : PCR, Insulin, Vaksin, Terapi gen Tipe rekayasa genetika : 1. Manipulasi gen (DNA rekombinan) Dna yang urutannya telah direkomendasikan agar memiliki sifat-sifat fungsi yang kita inginkan sehingga organisme penerimanya melakukan fungsi yang kita inginkan. 2. Transfer sifat genom Suatu bioteknologi dimana materi genetik secara utuh (genom) difusikan ke dalam sel inang. Prinsip dasar rekayasa genetika : 1. Mengidentifikasi dan mengisolasi gen yang diinginkan 2. Membuat DNA salinan dari mRNA 3. Pemasangan cDNA pada cincin plasmid 4. Penyisipan DNA rekombinan pada tuduh bakteri 5. Membuat klon bakteri yang mengandung DNA rekombinan

6. Pemanenan produk 8. Manfaat, kerugian, dan etika rekayasa genetika Manfaat rekayasa genetika : 1. Meningkatkan derajat kesehatan manusia. 2. Tersedianya bahan makanan yang diperlukan. 3. Tersedianya sumber energy yang dapat diperbaharui. 4. Proses idustri lebih murah. 5. Berkurangnya polusi. 6. Terapi penyakit.
7. Keperluan hukum

Kerugian: 1. kerusakan organisme terkait( tumbuhan, hewan, maupun manusia) 2. kerusakan ekosistem (pada penerapan tanaman transgenik) 3. keanekaragaman atau varietas semakin berkurang bahkan terancam punah

Aspek etikanya:
1. prinsip human being pada manusia. 2. status hukum hasil rekayasa itu sendiri, for human.

3. manusia sebagai objek.

4. kodrat manusia sebagai mahluk ciptaan Allah swt.

9. prinsip Stem cell, kloning, dan DNA rekombinan Stem cell ialah Stem cell memilki sifat yang antara lain : - kemampuan untuk berdiferensiasi menjadi sel lain(differentiate). - Kemampuan untuk memperbaharui atau meregenerasi dirinya sendiri (self-regenerate/self-renew) Jenis Stem Cell Berdasarkan kemampuan berdiferensiasi, stem cell dibagi menjadi: 1. Totipotent. Dapat berdiferensiasi menjadi semua jenis sel. Contoh : zigot (telur yang telah dibuahi). 2. Pluripotent. Dapat berdiferensiasi menjadi 3 lapisan germinal: ektoderm, mesoderm, dan endoderm, tapi tidak dapat menjadi jaringan ekstraembryonik seperti plasenta dan tali pusat. Contoh : embryonic stem cells 3. Multipotent. Dapat berdiferensiasi menjadi banyak jenis sel. Misalnya: hematopoietic stem cells. 4. Unipotent. Hanya dapat menghasilkan 1 jenis sel. Tapi berbeda dengan non-stem cell, stem cell unipoten mempunyai sifat dapat memperbaharui atau meregenerasi diri (self-regenerate/self-renew)

Berdasarkan sumbernya, stem cell dibagi menjadi: 1. Zygote. Yaitu pada tahap sesaat setelah sperma bertemu dengan sel telur 2. Embryonic stem cell. Diambil dari inner cell mass dari suatu blastocyst (embrio yang terdiri dari 50 150 sel, kira-kira hari ke-5 pasca pembuahan). Embryonic stem cell biasanya didapatkan dari sisa embrio yang tidak dipakai pada IVF (in vitro fertilization). Tapi saat ini telah ikembangkan teknik pengambilan

embryonic stem cell yang tidak membahayakan embrio tersebut, sehingga dapat terus hidup dan bertumbuh. Untuk masa depan hal ini mungkin dapat mengurangi kontroversi etis terhadap embryonic stem cell. 3. Fetus. Fetus dapat diperoleh dari klinik aborsi. 4. Stem cell darah tali pusat. Diambil dari darah plasenta dan tali pusat segera setelah bayi lahir. Stem cell dari darah tali pusat merupakan jenis hematopoietic stem cell, dan ada yang menggolongkan jenis stem cell ini ke dalam adult stem cell. 5. Adult stem cell. Diambil dari jaringan dewasa, antara lain dari: Sumsum tulang. Ada 2 jenis stem cell dari sumsum tulang: - hematopoietic stem cell. Selain dari darah tali pusat dan dari sumsum tulang, hematopoietic stem cell dapat diperoleh juga dari darah tepi. - stromal stem cell atau disebut juga mesenchymal stem cell. Jaringan lain pada dewasa seperti pada: - susunan saraf pusat - adiposit (jaringan lemak) - otot rangka - pankreas Adult stem cell mempunyai sifat plastis, artinya selain berdiferensiasi menjadi sel yang sesuai dengan jaringan asalnya, adult stem cell juga dapat berdiferensiasi menjadi sel jaringan lain. Misalnya: neural stem cell dapat berubah menjadi sel darah, atau stromal stem cell dari sumsum tulang dapat berubah menjadi sel otot jantung, dan sebagainya. Keuntungan dan kerugian menggunakan jenis stem cell tertentu dalam cell-based therapy Embryonic stem cell Keuntungan embryonic stem cell: 1. Mudah didapat dari klinik fertilitas. 2. Bersifat pluripoten sehingga dapat berdiferensiasi menjadi segala jenis sel dalam tubuh. 3. Immortal, berumur panjang, dapat berproliferasi beratus-ratus kali lipat pada kultur. 4. Reaksi penolakan rendah.

Kerugian embryonic stem cell: 1. Dapat bersifat tumorigenik artinya setiap kontaminasi dengan sel yang tak berdiferensiasi dapat menimbulkan kanker. 2. Selalu bersifat allogenik sehingga berpotensi menimbulkan penolakan. 3. Secara etis sangat kontroversial.

 Stem cell darah tali pusat Keuntungan stem cell dari darah tali pusat: 1. Mudah didapat (tersedia banyak bank darah tali pusat). 2. Siap pakai, karena telah melalui tahap prescreening, testing dan pembekuan. 3. Kontaminasi virus minimal dibandingkan dengan stem cell dari sumsum tulang. 4. Cara pengambilan mudah, tidak berisiko atau menyakiti donor. 5. Risiko GVHD (graft-versus-host disease) lebih rendah dibandingkan dengan menggunakan stem cell dari sumsum tulang, dan transplantasi tetap dapat dilakukan walaupun HLA matching tidak sempurna atau dengan kata lain toleransi terhadap ketidaksesuaian HLA matching lebh besar dibandingkan dengan stem cell dari sumsum tulang. Kerugian stem cell dari darah tali pusat: 1. Kemungkinan terkena penyakit genetik. Ada beberapa penyakit genetik yang tidak terdeteksi saat lahir sehingga diperlukan follow up setelah donor beranjak dewasa. 2. Jumlah stem cell relatif terbatas sehingga ada ketidaksesuaian antara jumlah stem cell yang diperlukan resipien dengan yang tersedia dari donor, karena jumlah sel yang dibutuhkan berbanding lurus dengan usia, berat badan dan status penyakit. Adult stem cell Keuntungan adult stem cell: 1. Dapat diambil dari sel pasien sendiri sehingga menghindari penolakan imun. 2. Sudah terspesialisasi sehingga induksi menjadi lebih sederhana. 3. Secara etis tidak ada masalah. Kerugian adult stem cell: 1. Jumlahnya sedikit, sangat jarang ditemukan pada jaringan matur sehingga sulit mendapatkan adult stem cell dalam jumlah banyak. 2. Masa hidupnya tidak selama embryonic stem cell. 3. Bersifat multipoten, sehingga diferensiasi tidak seluas embryonic stem cell yang bersifat pluripoten. KLONING Prinsip Kloning: Menghasilkan individu baru yang secara genetis sama dengan induk] Menggabungkan sel telur dengan sel somatik induk

Manfaat cloning: 1. Memproduksi organ tubu untuk transpalasi 2. Menghindarkan penyakit

3. Menciptakan manusia unggul 4. Menyediakan bahan riset 5. Bisnis 6. Immortalitas Genetis 7. Memecahkan masalah reproduksi

Etika cloning: 1. Agama dianggap tidak etis Karena pda hakikatnya manusia berasal dari pembuahan (generative) bukan vegetative 2. Hukum-embrio sbg calon manusia dijadikan obkjek 3. Sosial-si anak nantinya tidak tau siapa orang tuanya. DNA REKOMBINAN Pada dasarnya upaya untuk mendapatkan suatu produk yang diinginkan melalui teknologi DNA Rekombinan melibatkan beberapa tahap : 1. Isolasi DNA genomik (kromosom yang akan diklon) 2. Pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen 3. Isolasi DNA vektor 4. Penyisipan fragmen DNA kedalam vektor untuk menghasilkan molekul DNA rekombinan 5. Transformasi sel inang menggunakan molekul DNA rekombinan

10. Mutasi gen Substansi basa : a. Silent mutation Perubahan triple kodon tapi menghasilkan asam amino yang sama b. Nonsense mutation Triple kodon menghasilkan kodon terminasi(stop) c. Missense mutation Triple kodon berubah dan mengakibatkan asam amino juga berubah Perubahan jumlah a. Frameshift mutation Mutasi pergeseran kerangka basa

Mutasi akibat tidak stabilnya basa nukleotida dalam DNA ( pergeseran tautometrik) a. Transisi Perubahan basa purin menjadi purin, dan pirimidin menjadi pirimidin. b. Transversi Perubahan basa purin menjadi pirimidin atau perubhan basa pirimidin menjadi purin.