Lahirnya IAIN Ambon tidak terlepas adanya dorongan arus bawah dari kalangan masyarakat Islam yang diprakarsai

ulama yang menyadari arti pentingnya kehadiran Pendidikan tinggi Islam di Provinsi Maluku. Memperhatikan banyaknya sekolah dan madrasah/pesantren yang berhasil menyelesaikan program studinya pada tingkat menengah atas atau yang sederajat, sementara belum ada pendidikan tinggi yang dapat menampung tamatan tersebut. Pendirian tersebut didasari atas Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985 dan Keputusan Presiden Nomor 9 tahun 1987. Dan ditindaklanjuti Keputusan Menteri Agama Nomor 18 tahun 1988, maka pada tanggal 29 Agustus 1988 IAIN Ambon yang pada waktu itu bernama IAIN Alauddin di Ambon secara resmi sebagai Perguruan Tinggi Negeri (PTN) di bawah Departemen Agama yang ada di Ambon. Dalam perkembangan selanjutnya, pada tahun 1997 berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ambon, dan pada tahun 2006 beralih status menjadi IAIN Ambon sesuai Peraturan Presiden Nomor 111 Tahun 2006, dengan 3 (tiga) fakultas sebagai bagian dari pengembangan IAIN Ambon dalam menyikapi perubahan dan kebutuhan stakeholders akan variasi ilmu-ilmu keislaman saat ini. Kini, IAIN Ambon telah berkomitmen melakukan pengembangan dan perluasan berbagai program studi melalui Wider Mandate (mandat yang diperluas). Untuk pengembangannya lebih lanjut, IAIN Ambon telah mendirikan Lembaga Pengembangan, sebuah lembaga yang diharapkan dapat merencanakan, mempersiapkan dan mengurusi pengembangan dan restrukrisasi seperti pengembangan program studi baru dan langkah teknis untuk menjadikan IAIN Ambon sebagai lembaga yang mendapatkan kepercayaan di bidang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU).

[sunting] Lokasi
Kampus IAIN Ambon memiliki luas lahan kurang lebih mencapai 30,8 hektar dengan atmosfer green campus karena hanya 25% lahan digunakan sebagai sarana akademik, riset dan kemahasiswaan. 75% luas lahan bisa dikatakan adalah area hijau berwujud semak belukar yang akan dikembangkan menjadi hutan kota dimana di dalamnya terdapat sumber mata air yang masih alami . Sebuah area yang menjanjikan nuansa akademik bertradisi yang tenang dan asri. Perkembangan global dewasa ini membawa indikasi bahwa masa depan dunia berada pada bayang-bayang suramnya lingkungan hidup. Pemanasan global adalah refleksi dari perkembangan teknologi yang tidak sinkron dengan kepedulian manusia terhadap lingkungan hidup pada tataran moral dan etika. Untuk mengantisipasi hal tersebut, IAIN Ambon memiliki obsesi untuk menciptakan lingkungan kampus yang hijau atau green campus. Ekosistem di Kampuas IAIN Ambon yang asri dan hijau adalah wujud nyata dari kepedulian IAIN terhadap lingkungan hidup. Usaha ini tentunya banyak didukung oleh para pemerhati lingkungan dan civitas akademika IAIN Ambon. Berdasarkan alokasi Rencana Tata Ruang Kawasan Kampus, terdapat empat komponen ekosistem di lingkungan Kampus IAIN Ambon, yaitu:
y y

Bangunan fisik gedung dan penyangga hijauan lansekap 12 ha. Ekosistem Perairan 1,5 ha.

y y

Kawasan Hutan konservasi 13 ha dan Sarana prasarana penunjang termasuk penyangga lingkungan 4 ha.