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Techniques Microbiologiques
(E.C.B.U)
Ed. 2009
- M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal Diagnostic bactriologique et srologique de la brucellose. ANDS 1998, 1ere dition, 33pages - R.Bellouni-H.tali-Maamar-K.Rahal Etude cytobactriologique et cphalorachidien. ANDS 2000. 52pages - A.Benslimani-K.Rahal. Prlvements gnitaux. ANDS 2001. 128 pages. - A.S Merad-H.Tali-Maamar-K.Rahal Diagnostic bactriologique et antibiothrapie des infections oculaires . ANDS 2003 . 40 pages. - M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal Diagnostic bactriologique et srologique de la brucellose humaine. ANDS 2005 2eme dition. 58 pages - N.Ramdani-Bouguessa-K.Rahal Diagnostic bactriologique des infections respiratoires ANDS 2006 . 48 pages. - M.Azouaou.M.Lazri.S.Mahrane.H.Senouci Diagnostic de la diphtrie ANDS 2007 . 94 Pages biochimique du liquide
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SOMMAIRE
CHAPITRE I................................................................................................................ 4 INTRODUCTION .......................................................................................................... 5 GENERALITES............................................................................................................. 6 RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE .................................................................................. 7 Rappel anatomique ............................................................................................... 7 Portes d'entres..................................................................................................10 Facteurs favorisants linfection urinaires ....................................................................11 Moyens de dfense de lhte ..................................................................................12 RAPPEL CLINIQUE ..................................................................................................... 14 Cystite .............................................................................................................14 Pylonphrite ....................................................................................................14 Prostatite .........................................................................................................14 LE PRELEVEMENT...................................................................................................... 16 Indications de lE.C.B.U ........................................................................................16 Les conditions du prlvement ................................................................................17 Le matriel....................................................................................................17 Moment du prlvement ....................................................................................18 Toilette ........................................................................................................18 Recueil des urines ...........................................................................................18 Prlvement durine pour des recherches spcifiques.................................................23 Transport ......................................................................................................24 Conservation ..................................................................................................24 CHAPITRE II ............................................................................................................. 25 Examen cytobactriologique des urines...........................................................................26 Examen macroscopique...............................................................................................26 Dtermination du PH urinaire ...................................................................................... 26 Examen microscopique .............................................................................................. 27 Examen ltat frais ............................................................................................27 Examen direct aprs coloration ...............................................................................33 Culture .................................................................................................................. 35 Techniques densemencement ................................................................................35 1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie.................................................35 2- Mthode lanse calibre ...............................................................................36 3- Lames immerges .........................................................................................37 4- Tests rapides ..............................................................................................38 5- Techniques base de milieux chromogniques ......................................................40 Choix des milieux de culture...................................................................................44 1- Milieux pour numration bactrienne .................................................................44 2- Milieux disolement ......................................................................................44 Incubation.........................................................................................................45 Aspect des colonies..............................................................................................45 Identification biochimique des colonies......................................................................48 1- Caractres biochimiques dorientation rapide .......................................................48 2- Identification classique ..................................................................................49 3- Identification rapide (API system)......................................................................50 4- Identification des colonies sur milieux chromognes ...............................................51 5- Identification antignique ...............................................................................52 6- Antibiogramme ...........................................................................................52 Chapitre III.............................................................................................................. 53 Interprtation de lECBU ............................................................................................ 54 Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie......................................................... 55 Interprtation selon les germes ................................................................................... 60 Interprtation chez le transplant rnal......................................................................... 62 Chapitre VI ............................................................................................................. 63 Epidmiologie .......................................................................................................... 64 Annexe .................................................................................................................. 70 Rfrences bibliographiques....................................................................................... 74
CHAPITRE I
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INTRODUCTION
Linfection urinaire est une pathologie frquente, cest ainsi quelle constitue le principal motif dexploration microbiologique (lexamen cytobactriologique des urines reprsente plus de la moiti des examens bactriologiques), de mme quelle est la 2me pathologie infectieuse rencontre en pratique extra hospitalire et ncessite un traitement antibiotique, do des consquences sur le cot des soins et le dveloppement des rsistances. Si lECBU permet un diagnostic formel de toute infection, sa qualit est conditionne par un bon prlvement, une technique rigoureuse au laboratoire et lutilisation de critres dinterprtation reconnus. La prise en charge correcte dune infection urinaire ncessite la prise en compte de 4 lments dcisionnels : Clinique : - Sexe du patient - Linfection : siges, symptmes, tiologie, volution, complexit Bactriologique : Bactrie : - Espce - Sensibilit aux antibiotiques Epidmiologique : Connatre les rsistances rgionales ou nationales. Pharmacologique : Antibiotiques - Diffusion - Demivie Le diagnostic de la tuberculose sera seulement voqu suivantes : Mthodes de diagnostic bactriologique diffrentes Germe particulier (mycobactries) Atteinte souvent mixte (appareil gnital et urinaire) Traitements diffrents. pour les raisons bactriennes locales,
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GENERALITES
Les infections des voies urinaires sont dfinies par la prsence dun nombre significatif de bactries qui se dveloppent au niveau des voies excrtrices urinaires hautes ou basses. Il existe trois types dinfections urinaires selon lorgane de lappareil urinaire quelle touchent : La cystite ou linfection de la paroi vsicale avec pullulation bactrienne dans les urines. La pylonphrite ou infection du parenchyme rnal La prostatite ou infection de la prostate
Une autre situation infectieuse urinaire est constitue par la bactriurie asymptomatique ou la colonisation, ainsi dnomme en labsence de signes cliniques urinaires dorientation, elle correspond lune des 3 infections prcdentes. Linfection est dite simple en labsence danomalies urologiques dcelables ou jouant lvidence un rle dans sa survenue et / ou sa prsentation. Elle est dite complique ( ne pas confondre avec une infection urinaire grave ou svre) lorsquune anomalie urologique haute ou basse entrane une stase urinaire ou lorsquun corps tranger tel un calcul mme minime constitue un gte bactrien. Les infections urinaires peuvent tre compliques galement par une maladie gnrale : insuffisance rnale, maladie de systme notamment diabte ou maladie immunosuppressive (cancer, SIDA), ou traitement immunosuppressif au long cours. Sont aussi considres comme compliques la pylonphrite aigu survenant chez la femme enceinte et dune faon plus gnrale les pylonphrites aigus de lhomme.
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Portes dentres
Tout larbre urinaire est physiologiquement strile, lexception des derniers milimtres de lurtre et ceci, bien que lurine soit pour de nombreux germes un bon milieu de culture, linfection peut se faire par plusieurs voies. 1- Colonisation par voie ascendante : Elle est la plus frquente, les germes dorigine intestinale ou prinale cheminent le long de lurtre jusqu la vessie. La contamination est spontane ou provoque. Spontane : Normalement, lurine et larbre urinaire sont striles sauf les derniers millimtres de lurtre La bactrie migre au niveau du prine puis le mat urinaire, remonte le long de lurtre et colonise la vessie : signes de cystite Linfection peut se propager vers (pylonphrite), la prostate (prostatite). luretre, le rein
Provoque (infection iatrogne) Le germe est apport de lurtre vers la vessie par des manuvres instrumentales :cystoscopie, cathtrisme vsical et sonde vsicale.
2- Colonisation par voie hmatogne Plus rare que la voie ascendante Contexte de sepsis gnralis Contamination du rein donnant une pyelonphrite ou plus rarement un abcs du rein Est plus frquente chez le nouveau n
3 Autre voie (Exceptionnellement) : Urines infectes par effraction de larbre urinaire : traumatisme, tumeurs, fistules .
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Staphylococcus saprophyticus : - Il adhre fortement lurothlium par des lsions relatives un rsidu lactosamine. Son pouvoir pathogne est amplifi par la production du slime.
Pseudomonas aeruginosa possde une capsule polysaccharidique paisse qui le protge de la phagocytose et de la fixation par les anticorps.
b. linoculum bactrien : quantit des bactries qui arrivent au niveau du tractus urinaire 2- Facteurs lis lenvironnement : Le principal facteur cest le pH Le pH urinaire est acide, donc inhibe la croissance bactrienne. Une variation du pH urinaire vers lalcanisation entrane une multiplication bactrienne. 3- Facteurs lis lhte a- Anomalies morphologiques de larbre urinaire b- Limmunit humorale : (rle des IgA scrtoires dans la dfense vis-vis des agressions bactriennes : leur diminution peut entrainer une augmentation du taux dinfection du tractus urinaire). c- Faible rponse immunitaire de lhte : grossesse, diabte, manuvre instrumentale (sondage), jeune enfant d- Hygine de vie : boissons en quantit insuffisante.
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Intgrit de la muqueuse vsicale avec une couche de mucopolysaccharides acides. La proteine de Tamm-Horsfall (secrte par le rein) inhibe les fimbriae et amliore la clarance bactrienne lors de la miction. Rle bactricide du mucus vsical La prsence dIgA scrtoires empche ladhrence des bactries sur les cellules pithliales.
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RAPPEL CLINIQUE
Cystite
Cest linfection de la vessie, elle se manifeste par un ou plusieurs des signes suivants : Dysurie habituellement associe une pollakiurie Un besoin imprieux de miction Des brlures mictionnelles Une douleur supra-pubienne
Pylonphrite
Le syndrome infectieux signe latteinte parenchymateuse. La fivre peut saccompagner de frissons vocateurs dune bactrimie. Les douleurs lombaires et/ ou abdominales orientent vers une pylonphrite aigu. Ces lombalgies sont en rgle gnrale unilatrales irradiation descendante vers le pubis et les organes gnitaux externes, elles peuvent saccompagner de signes digestifs tels que nauses et vomissements. A lexamen les fosses lombaires sont souvent emptes.
Prostatite
Prostatite aigu Comme pour la pylonphrite aigue latteinte du parenchyme prostatique saccompagne de fivre et de frissons. La prostate est trs douloureuse, tendue associant un ou plusieurs signes cliniques : Pollakiurie Rtention aigu durines Parfois tableau de septicmie
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La prostatite chronique : Elle est souvent pauci symptomatique, on peut trouver : Une douleur prinale Une dysurie Des brlures mictionnelles Des douleurs pelviennes Des douleurs scrotales Une jaculation douloureuse Une hmospermie urinaire ou bactrienne
Elle est souvent lorigine dinfection asymptomatique rcidivante chez lhomme. Abcs du rein
Cest une maladie rare et de pronostic grave sans traitement. Son diagnostic est souponn sur la clinique, (tat gnral altr, fivre prolonge, frisson, douleur lombaire unilatrale par la palpation) et la biologie (hyperleucocytose, VS acclere, ECBU ngatif). Il est confirm par limagerie (Echographie, UIV, angiographie du rein). Labcs du rein est conscutif une bactrimie ou une pylonphrite non ou mal traite.
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LE PRELEVEMENT
Le Prlvement durine est une tape essentielle dans le diagnostic dune infection urinaire, sa bonne excution conditionne la qualit de lexamen cytobactriologique des urines, son but est de rcuprer les urines vsicales et dviter leur contamination par la flore de la rgion prinale.
Indications de lE.C.B.U
Situations cliniques qui conduisent demander un ECBU. 1- Syndrome douloureux Douleurs lombaires, douleurs pelviennes, brlures mictionnelles (per, pr ou post miction) sensibilit au toucher rectal de la prostate (prostatite). 2- Troubles fonctionnels de la miction Pollakiurie, incontinence urinaire, rtention urinaire, nursie secondaire chez lenfant. 3- Fivre inexplique : Elle reprsente dans ce cas un signe en faveur de la pylonphrite et de la prostatite. Chez le nourrisson et lenfant la temprature peut atteindre 39 - 40. 4- Aspect anormal des urines : Hmaturie et/ou trouble. 5- Cas particuliers du nouveau n et du nourrisson Il nexiste aucun signe spcifique. Il faut savoir voquer le diagnostic et faire un ECBU devant des signes parfois trompeurs : Fivre variable (parfois trs leve, pouvant entraner une convulsion inaugurale, mais souvent modre ou totalement absente) Septicmie surtout avant lge de 02 mois Mauvaise prise de poids ou cassure de la courbe pondrale Ictre persistant. En cas de dficience immunitaire : - Diabte - Grossesse - Transplantation rnale.
7- LECB des urines peut galement tre ralis avant tout geste invasif sur lappareil urognitale, quil soit but diagnostic (U.C.R, Cystoscopie, rsection per endoscopique) ou thrapeutique (intervention chirurgicale).
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Toilette
Aprs un lavage hyginique des mains, la toilette locale doit tre effectue en ralisant une toilette de la rgion uro-gnitale avec un antiseptique doux (dakin, chlorhexidine) ou un savon neutre (savon de Marseille) : Chez la femme : La toilette est ralise au niveau de la rgion vulvaire davant en arrire pour liminer les germes vulvovaginaux et digestifs. La toilette concerne le mat urinaire (verge, gland) et aprs rtraction du prpuce (dcalotter le prpuce) pour le garon non circoncis.
Chez lhomme :
Aussi bien chez la femme que chez lhomme, on rince abondamment leau claire, pour liminer lantiseptique qui peut entraver la culture des bactries, et essuyer avec une compresse strile ou une serviette propre. Le prlvement des urines doit tre effectu avant toute antibiothrapie. Une fentre thrapeutique de 48h 72h est ralise si le malade est sous traitement antibiotique. Chez un enfant prsentant une malformation de larbre urinaire avec une antibioprophylaxie, le prlvement est ralis malgr la prsence de lantibiotique.
Pour un contrle, dune infection urinaire traite, le prlvement doit tre ralise 48 h aprs larrt du traitement antibiotique.
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Elle consiste liminer le premier jet urinaire (20 ml) qui peut contenir jusqu 104 UFC/ml de bactries provenant de la flore urtrale, le milieu du jet qui correspond lurine vsicale est rcupr dans un pot strile qui nest ouvert qu la fin de la toilette sans toucher le bord suprieur du rcipient, et aprs limination du dernier jet, le tube est ferm hermtiquement. Chez la femme il faut carter les grandes lvres, et en cas de leucorrhes importantes il faut placer une compresse au niveau de la rgion vulvaire, afin dviter toute contamination par la fore vaginale. - Sachet collecteur : Le collecteur ou la poche urine est une technique simple et non invasive. Elle est rserve aux nouveaux ns et nourrissons qui ne font pas de miction la demande. Le collecteur durine prsente une partie adhsive quon colle sur la rgion prinale pralablement dsinfecte et essuye afin dassurer son adhrence et viter le contact avec la partie anale. Le collecteur est laiss en place vingt trente minutes. Si le nourrisson na pas urin au bout de 30 mn, il faut placer un nouveau collecteur aprs une nouvelle toilette ; la miction peut tre stimule en donnant boire au nourrisson. la fin de la miction on retire le collecteur et on le ferme en collant les parties adhsives entre elles. Chaque laboratoire doit disposer de fiches techniques pour expliquer la toilette, la technique du milieu du jet ainsi que celle du sachet collecteur, car ces deux techniques sont ralises souvent la maison par le malade ou son parent. - La ponction sus pubienne La ponction sus pubienne permet de rcuperer les urines intra vsicale, mais cest un acte invasif de pratique peu courante. La ponction de vessie est un acte mdical invasif, ralise chez les nourrissons fbriles ncessitant une antibiothrapie en urgence, ainsi que devant des rsultats douteux sur plusieurs prlvements raliss par voie basse.
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Elle est ralise au moins 4 heures aprs la dernire miction (vessie pleine) afin de visualiser le globe vsical. Le nourrisson est allong, les rgions sous ombilicale et sus pubienne sont nettoyes puis badigeonnes dalcool iode, le mdecin porte des gants striles et ponctionne avec une seringue strile verticalement sur la ligne mdiane en plein matit un centimtre au dessus de la symphyse pubienne. Lurine est aspire, laiguille est capuchonne et le point de ponction est comprim. - Sondage vsical ou Cathtrisme vsical : Cest une technique invasive indique dans des cas particuliers tel que : Rtention vsicale, Problme dincontinence chez les personnes ges et chez la femme Cette technique est viter car elle prsente des risques dinfections iatrognes lors de la pose de la sonde et doit tre ralise dans les conditions dasepsie rigoureuse.
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On distingue diffrents systmes de sondage vsical : - Le sondage demeure avec un systme ouvert : Le prlvement est ralis par ponction au moment de la miction des urines avec une seringue strile au niveau de la paroi de la sonde aprs dsinfection et clampage en aval, le point du prlvement est obtur par du sparadrap. Ce prlvement nest pas reprsentatif de lurine vsicale car les bactries adhrent la paroi de la sonde et un biofilm se forme autour delle. Il est donc prfrable de raliser le prlvement au moment du changement de la sonde, si possible. - Le sondage demeure avec systme clos : Cette technique est plus representative, car elle soppose la colonisation par les bactries grce aux valves anti retour. Il existe un site de prlvement et un site de drainage du collecteur . Lurine doit tre prleve au niveau du site de prlvement sur la tubulure de la poche aprs sa dsinfection avec un antiseptique. Lurine est recueillie laide dune seringue strile. Pour les deux types de sondage, le prlvement au niveau de la poche de collection des urines est proscrit car il y a une pullulation microbienne importante.
- Le sondage urinaire intermittant : Il est ralis uniquement au moment du prlvement en introduisant une sonde urinaire dans la vessie. Le recueil de lurine se fait directement dans un tube strile. - Cathtrisme urtral : Il permet davoir les urines du rein gauche ou droit, aprs dsinfection de lextrmit de la sonde, on recueille les urines en demandant au malade en dcubitus latral de tousser plusieurs reprises. - Cathtrisme sus pubien : Il constitue le seul moyen pour raliser un prlvement quand lurtre nest pas accessible ou trop abm, cest un mode de drainage assez confortable mais il ncessite un spcialiste pour la technique. En cas durtrostomie et sans sondage, le prlvement est ralis avec un collecteur durine aprs un nettoyage de la stomie urinaire
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- Etui pnien : Le prlvement par lintermdiaire dun tui pnien est ralis en cas dincontinence sans rtention urinaire, ce systme est non traumatisant et reste confortable pour le malade,il est prfr au sondage pour le sexe masculin. Si le malade porte dj un tui pnien il faut lenlever, raliser une toilette et placer un nouvel tui pnien avec un sac vidangeable. Ltui pnien, comme le sac collecteur, ne doit pas tre gard plus de vingt 30 minutes. Les urines sont recueillies directement de ltui penien, a travers son orifice, vers le pot strile.
Cas particulier de la prostatite : dans ce cas le prlvement est ralis selon la technique de MEARS-STAMEY. Aprs une abstinence sexuelle dau moins 03 jours et aprs une toilette soigneuse, on rcupre les premires urines et 10ml du milieu du jet. Aprs arrt de la miction, le mdecin pratique un massage prostatique et les gouttes du liquide prostatique tombent directement dans le pot strile, les trois pots sont tiquets avant dtre envoys au laboratoire
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Transport
Le tube est ferm hermtiquement et tiquet correctement portant nom, prnom et heure du prlvement. Le tube doit contenir 10 20ml durine accompagn dune fiche de renseignements qui doit comporter : Lidentit du malade. Lorigine du malade hospitalis ou externe. Pathologie existante. Notion dintervention chirurgicale sur lappareil urinaire. Les signes cliniques. La prise ou non dantibiotiques, avec le nom de (ou des)antibiotique(s) et la posologie ainsi que la dure de prise. La technique de prlvement pratique.
Ces renseignements jouent un rle trs important et permettent une interprtation adquate selon les diffrents cas qui peuvent se prsenter. Le transport doit tre rapide et ne doit pas dpasser trente minutes aprs la miction. Si le transport ncessite une deux heures, lurine est place dans de la glace afin dviter les faux positifs car temprature ambiante on a une pullulation bactrienne.
Conservation
Lurine peut tre conserve douze vingt quatre heures +4C sans effet sur la bactriurie, nanmoins la leucocyturie en sera altre. La conservation est donc viter sauf en cas de ncessit.
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CHAPITRE II
Examen cytobactriologique des urines
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Dtermination du PH urinaire
Le but tant dvaluer ltat dacidit ou dalcalinit des urines. Principe : Mesure de la concentration en ions H+. Technique : Recueil des urines fraches labri de lair et mesure du pH grce llectrode dun pH-mtre. Celui i doit etre calibr avec des solutions tampon pH = 4 ou 10 et pH = 7. Les valeurs doivent tre peu prs les mmes. Une seconde mthode, plus simple, fait appel des bandelettes revtues de deux indicateurs colors et dont le changement des couleurs allant de lorange au bleu couvre une gamme de pH de 5,0 8,5. La ralisation de ce test seffectue galement sur urines fraches. Rsultats : Le pH normal des urines varie de 4,5 7,8 en fonction de lalimentation et des modifications du pH sanguin. En cas dinfection urinaire, en particulier germes urasiques, il existe une alcalinisation intempestive. Physiologiquement, on observe une acidose de jene (la nuit) et une alcalose post-prandiale. Interprtation et intrts Cest un examen fiable permettant linterprtation des dsordres acidobasiques et laide au diagnostic ou la surveillance dun certain nombre daffections dans : - Le diagnostic des acidoses tubulaires ; - Lexploration des lithiases uriques ou cystiniques (on sait que la solubilit de ces cristaux est beaucoup plus grande en milieu alcalin) ; - La surveillance des infections urinaires rcidivantes ou urolytiques (il est alors important dassurer un pH urinaire acide). germes
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Examen microscopique
Cet examen doit tre effectu dans les deux heures qui suivent le prlvement afin de limiter laltration des lments cellulaires.
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Nombre de leucocytes par champs microscopiques 0-5 5-10 10-20 Plus de 20 leucocytes isols et intacts Paquets de plus de 20 leucocytes agglutins et altrs Paquets de plus de 50 leucocytes agglutins et altrs Chez lenfant : Garon : 0-10 Fille : 0-50
Expression du rsultat Rares leucocytes (= valeur normale) Quelques leucocytes Leucocytes en quantit un peu suprieure la normale Nombreux leucocytes intacts Nombreux leucocytes altrs et prsence de pus Pus abondant Rares leucocytes (=valeurs normales)
c- Description des lments de lurine sur une prparation ltat frais Lexamen de lurine totale entre lame et lamelle ( x 40) permet de distinguer les lments suivants : 1- Les leucocytes Lorsquils sont intacts, ils se prsentent comme des disques granuleux lintrieur desquels le noyau apparat plus rfringent ; lorsquils sont altrs, les leucocytes ont des contours irrguliers, frips. La prsence de leucocytes dans les urines signe lexistence dune raction inflammatoire. Cependant de vritables ractions inflammatoires peuvent ne pas saccompagner dune leucocyturie leve (foyer inflammatoire bien circonscrit, dilution des urines, lyses des leucocytes dans lchantillon) La prsence de leucocytes en amas tmoigne de louverture dun foyer inflammatoire (micro-abcs). Laltration des leucocytes peut tre lie de mauvaises conditions de conservation du prlvement avant son examen.
Chapite II : Examen Cytobactriologique des Urines
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2- Les hmaties : Intactes , elles se prsentent comme de petits disques de sept mm de diamtre aux bords plus rfringents ; altres, elles ont un aspect en oursin : petits disques de cinq six mm de diamtre, hrisses de spicules priphriques. La prsence dhmaties tmoigne dune lsion des muqueuses de lappareil urinaire. Au-del de 5 hmaties par champs, le passage des globules rouges dans les urines peut tre considr comme pathologique ; les hmaties intactes ont une forte probabilit de provenir de la vessie ou de lurtre. Les hmaties altres viennent du rein. Lhmaturie sobserve : dans les formes hmorragiques des nphrites : on pourra alors dcouvrir des cylindres hmatiques lexamen du sdiment. dans le cas dune atteinte glomrulaire. dans les cystites hmorragiques tuberculeuses, gonococciques, germes banaux. dans la tuberculose rnale. lhmaturie peut tre associe dautre affections dtiologie non infectieuse : cancer, lithiase rnale, tumeurs de la vessie.
3- Les cellules pithliales : Peuvent tre observes dans les urines : des cellules rnales, urtrales vsicales et urtrales.
4- Les cylindres
Cylindres granuleux
Cylindres hyalins
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Les cylindres sont des lments de grande taille pousant la forme dune partie du tubule rnal. Ils sont reprs partir dun examen entre lame et lamelle de lurine totale lobjectif x 10. Ils peuvent tre exclusivement protiques : Les cylindres hyalins. Ou alors plus rarement, ils peuvent provenir de la dgnrescence de cellules pithliale : les cylindres granuleux. Une cylindrurie na pas une grande signification. On peut lobserver chez des individus normaux lorsque lurine est trs concentre ou trs acide, ou encore aprs un effort musculaire trs intense. Lexcrtion de cylindres hyalins peut accompagner dautre part nimporte quelle protinurie quelle quen soit lorigine. En rgle gnrale la prsence de cylindres signe une atteinte tubulaire. Lobservation de cylindres hyalins en nombre important indique, par contre, une affection svre du parenchyme rnal. La prsence de cylindres granuleux est presque toujours pathologique et signe alors une nphrite grave. 5- Les cristaux urinaires Lurine contient des substances peu solubles qui sy trouvent pratiquement ltat de solution sature. Dans le cas dune excrtion accrue de ces substances, celles-ci peuvent prcipiter sous forme cristalline et on les retrouve dans lurine. Les cristaux observs peuvent correspondre un constituant normal de lurine ou bien un mtabolite anormal dont elle est physiologiquement dpourvue. Certains cristaux sont retrouvs exclusivement dans une urine acide et dautres dans une urine alcaline. Les cristaux amorphes sont souvent identifis par le pH. Ainsi, si lurine est alcaline, on identifie des phosphates amorphes, tandis que si elle est acide, on identifie des urates amorphes. Cette pratique est un peu risque, car les phosphates amorphes et les triples phosphates sont possibles un pH lgrement acide (6,5). Certaines situations cliniques, qui peuvent expliquer la formation de calculs, sont aussi susceptibles de favoriser la formation de cristaux. PH alcalin Phosphates amorphes Triple phosphates Biurate dammonium Phosphate de calcium Carbonate de calcium pH acide Urates amorphes Acide urique Oxalates de calcium Cystine
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Cristaux de substances prsents dans lurine normale : Des cristaux assez frquents :
Acide urique : en losange, en carr, en fleur, en fins filaments rassembls de couleur jaune ou brun rougetre.
Carbonate de calcium : trs petits cristaux groups par deux, ovodes, solubles dans lacide actique, incolores.
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Lobservation en quantit importante de cristaux correspondant une de ces substances doit tre signale. Elle peut tre lie une lithiase. Leur limination en petite quantit na pas grande signification. Cristaux de substances anormalement prsentes dans lurine. - Leucine : cristaux jauntres, de forme ronde avec nombreuses situations radiales (affection hpatique grave).
Tyrosine : cristaux longs et fins, aiguilles en bottes de foin (affection hpatique grave).
Sulfamides : retrouvs chez des malades traits aux sulfamides, leurs prsences peuvent endommager le rein. Cholestrol : plaque carre avec cot en escalier, soluble dans lther. Elment minraux amorphes Sont de deux types : Phosphates amorphes : petites granulations blanchtres (Culot blanchtre, urine alcaline ou neutre)
Urates amorphes : petits grains jauntres rassembls en amas plus denses et plus larges que les phosphates (Culot ros, urine acide)
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6- Les bactries : A ltat frais on peut apprcier la prsence ventuelle de bactries, leurs formes (cocci ou bacilles) et leurs mobilits.
7- Les parasites : Trichomonas vaginalis : parasite protozoaire globuleux, dun diamtre de 15 m en moyenne, mobile dans les urines fraches ou il se dplace en tourbillonnant grce une membrane ondulante et 4 flagelles. ufs de Schistosoma haematobium.
8- Autres lments : Levures : Elles prsentent ltat frais une forme sphrique ou ovalaire, de taille variable (5 12 mm). Certaines montrent un bourgeonnement lun de leur ple. Spermatozodes : Peuvent tre observs dans les urines fraches. Mobiles, ils sont constitus dune trs petite tte (5 mm) prolonge dun long flagelle souple de 50 mm.
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Le GRAM Permet dapprcier limportance de la population bactrienne, son caractre monomorphe ou polymorphe et la morphologie des bactries : cocci ou bacille Gram positif ou Gram ngatif (aspect morpho-tinctorial) et le mode de groupement des cocci. (Orientation pour la culture). Une goutte (10 ou 50 ul) durine non centrifuge est dpose sur une lame et sche lair sans talement, fixe puis colore au Gram. (Une grande concentration de bactries va migrer vers le sommet de la goutte).
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CULTURE
Techniques densemencement 1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie
Dscription de la technique 0.1 ml durine bien mlange est dilue dans 9.9 ml deau distille strile laide dune pipette calibre 0.1 ml ; puis 0.1 ml de cette dilution est ensuite aussitot tale sur une glose nutritive avec un rteau pralablement strilis. Une double dilution de lurine est effectue dans certaines situations : sonds et paraplgiques. (Voir annexe pour schma des dilutions). On ensemence paralllement lurine non dilue sur un milieu slectif (hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet dinhiber lenvahissement du proteus) ou enrichie (Glose au sang) dans le cas ou on suspecte lexamen direct ou au Gram des germes exigeants ou dficients. Lecture : La numration se fait selon la formule de Kass : Ou : N=n.102 .10 bactrie / ml n : Nombre de colonie sur la bote. 2 10 : Inverse de la dilution. 10 : Inverse de linoculum. 1-9 10-99 + 100 : 103 Bact/ml Numration ngative : 104 Bact/ml Numration douteuse : 105 Bact/ml Numration positive
Nombre de colonie :
Interprtation : UFC=Units formant colonie Chaque colonie qui pousse partir de lurine dilue correspond 1000 UFC dans 01 ml dchantillon. Une bactriurie significative est considre devant une numration > 100 colonies sur glose nutritive ce qui correspond > 10 5 UFC / ml.
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3- Lames immerges
Description de la technique Une lame porte objet munie dun quadrillage en relief est recouverte de glose CLED(Cystine Lactose Electrolyte Dficient) sur une face et de glose Mac Conkey sur lautre. Lintrt de la glose de Mac Conkey est dinhiber les bactries Gram+ et le dveloppement en nappe des Proteus. La lame est conserve dans un flacon cylindrique strile en matire plastique. Elle est fixe au couvercle du mme flacon. Utilisation Saisir la lame par lintermdiaire du couvercle auquelle elle est fixe, immerger compltement les deux faces, retirer immdiatement, laisser goutter lexcs. Incubation 18 24 heures 35C. Lecture et Interprtation La lecture est faite sur la glose CLED (face verte) en comparant la densit des colonies prsentes sur chaque face avec une srie de reproductions talons correspondant : 103, 104, 105, 106, 107 bactries/ml durine. Avantages et inconvnients La glose CLED (Cystine Lactose Electrolyte Dficient) : Milieu peu slectif. Indicateur color (Bleu de bromothymol) variation de pH aprs consommation du milieu (Lactose) par les bactries. Aspect des colonies oriente lidentification des germes mais le diagnostic est prsomptif et devra toujours tre confirm par une identification complte biochimique. Inhibition de lenvahissement de Proteus par la faible teneur en lectrolytes.
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4- Tests rapides
Ces techniques de dtection rapide de la bactriurie consistent soit mettre en vidence la prsence denzymes bactriennes, soit dtecter prcocement la croissance bactrienne : Dtection prcoce de la croissance bactrienne : Se fait grce des automates qui enregistrent en continue laugmentation de la masse bactrienne dans un milieu standard incub 35C avec parfois une agitation pour acclrer la croissance. La dtection des bactries se fait le plus souvent par turbidimtrie mais peut galement faire appel la bioluminescence (mesure de lATP bactrien) ou la radiomtrie (dtection du C14 du CO2). Le rapport qualit / cot de ces mthodes est mdiocre et elles sont peu utilises. Mthode de criblage rapide : Consiste rechercher simultanment une bactriurie et une leucocyturie par dtection dans les urines denzymes bactriennes (nitrate rductase) et leucocytaire (leucocytes estrases). Ces mthodes qui donnent un rsultat en quelques minutes par immersion dans lurine de bandelette ractives, sont simples et peu coteuses. Cependant, elles ne doivent tre utilises qu deux conditions : Elles doivent dtecter simultanment une bactriurie et une leucocyturie Elles ne doivent tre utilises que pour dpister les urines ngatives (bactriurie et leucocyturie ngatives). Ces chantillons pourront ne pas tre examins sauf exception et dans ce cas, un ECBU classique devra tre effectu. Exemple : MULTISTIX, URITEST 2, NEPHUR TEST.
Principes : Permettent de rechercher simultanment : Nitrate-rductase (Test de Griess), enzyme produite par les entrobactries. Leucocyte-estrase (Test de la LE) produite par les polynuclaires endommags prsents dans les urines infectes. Lorsque la bandelette se positive, elle dmontre une hmaturie et une leucocyturie.
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Avantages des Bandelettes urinaires Les mthodes de criblages rapides ont un bon pouvoir prdictif ngatif et permettent de rduire de 30% environ le nombre dECBU raliss au laboratoire.
Inconvnients : Les bactries Gram positif et les Pseudomonas ne possdent pas de nitrate-rductase, On ne peut pas rvler (<104 bactries/ml). les infections faible inoculum
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Activits enzymatiques utilises dans les milieux de culture chromogniques D-glucuronidase ou -D-galactosidase : spcifiques dEscherichia coli. D-glucosidases : spcifiques dEnterococcus spp. , et groupe KES-C (Klebsiell spp. - Enterobacter spp. - Serratia spp. - Citrobacter spp.). Tryptophane daminase : spcifique du groupe Proteus / Morganella Providencia. D-galactosaminidase : spcifique de Candida albicans. Parmis ces produits nous avons :
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Chromagar Orientation (Becton Dickinson) - Milieu non slectif. - Enzymes utilises : D-glucosidase, D-galactosidase Tryptophane desaminase (test complmentaire) - Substances nutritives fournies par des peptones slectionnes, sources dlectrolytes limits (rduction du nombre despces de Proteus). - Conservation : + 2 8 C labri de la lumire. - Ensemencement par se calibre pour permettre la numration bactrienne (comparaison avec brochure). - Incubation 35 +/- 2C en arobie 20 24 heures. - Identification : Directe sur bote de : E.coli, entrocoques et la plupart des souches de S. saprophyticus. Par dcoloration du milieu de : KES (Klebsiella-EnterobacterSerratia) et PMP (Proteus-Morganella-Providencia). Les autres pathognes urinaires ne pourront tre identifis quavec des tests biochimiques. - Tests de confirmation Indispensable pour diffrencier Enterococcus sp et Streptococcus agalactiae (test pyroglutamate) et le groupe PMP (test indole par DMCA : dimthylaminocinnamaldhyde) ; conseill pour E.coli - Limites : - Ne permet pas la croissance dorganismes exigeants (Neisseria, Haemophilus, Mycoplasma). - Pas didentification directe des autres bactries Gram ngatif. - Aeromonas hydrophila peut produire des colonies roses similaires E.coli (ncessit du test indole). Uriselect 4 (BIO RAD) - Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase, D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test complmentaire). - Milieu gris opaque (lecture plus difficile pour certains techniciens). - Limites : - Quelques souches de staphylocoques peuvent tre inhibes. - Quelques souches de levures ne se dveloppent pas. - Queleques souches de Citrobacter spp indolognes dpourvues de D-galactosidase peuvent pousser comme une E.coli (colonies roses).
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- UTI 4 (OXOID) - Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase, D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test complmentaire). - CPS ID 2 (bioMrieux) - Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucuronidase, D-glucuronosidase et tryptophane dsaminase.
Une tude ralise au laboratoire de microbiologie du CPMC sur une priode de 2 mois (Nombre dchantillons = 100) comparant le milieu chromogne : Uriselect 4 aux milieux classiques : glose nutritive(numration bactrienne) et hektoene(isolement) a dmontr des sensibilits quivalentes concernant le taux de dtection et le compte bactrien. Ces milieux peuvent donc tre utiliss pour lensemencement primaire des urines. Ils ont surtout dmontr leur supriorit pour la dtection des urines pluri microbiennes par rapport aux milieux classiques. Limites : Vu la couleur du milieu : gris ce qui rend lapprciation des couleurs produites par les colonies diffrente selon les techniciens Les IU levure ne sont pas dtectes Prparation du milieu ncessite une rigueur quand lutilisation de la verrerie strile, autoclavage et du stockage.
En rsum, les milieux chromognes prsentent les caractres suivants : Mme capacit dtecter les germes urinaires communs du tractus urinaire que lassociation de deux milieux non chromognes. Les milieux chromognes peuvent donc tre utiliss comme milieu primaire disolement pour les cultures durines. Ces milieux permettent une meilleure discrimination des colonies donc une meilleure sensibilit de dtection des urines poly-microbiennes, ceci les rend plus faciles utiliser pour les personnes ayant peu dexprience.
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Ils permettent une identification directe de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis. Lensemble de ces germes est retrouv environ 60 % en milieu hospitalier. Cette identification rapide de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis, prsente des avantages cliniques puisque le rsultat est rendu plus rapidement au clinicien. Tous ces milieux inhibent lenvahissement par Proteus.
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2- Milieux disolement
On utilise pour lisolement des bactries peu exigeantes, des milieux slectifs tels que : glose lactose au bromocrsol pourpre (BCP), milieu de Mac Conkey qui permet dinhiber les bactries Gram+ et le dveloppement en nappe du Proteus et le milieu Hektone (milieu lactos). Si on suspecte des bactries croissance difficile, dautres milieux de culture devront tre utiliss. Une glose au sang frais ou cuit peut permettre disoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu Loweinstein Jensen pour les Mycobactries, Une glose Columbia au sang pour une recherche exceptionnelle danarobies strictes. BCP : Glose lactose au bromocrsol pourpre. Milieux non inhibiteur. Les germes fermentant le lactose sont reconnus par une coloration jaune tmoin de lacidification du milieu. Glose Mac Conkey : Milieu slectif. Glose lactose au rouge neutre (indicateur de pH color mettant en vidence la fermentation du lactose par les bactries). Prsence de sels biliaires vitant lenvahissement par Proteus et de cristal violet inhibant la croissance des germes Gram positif en Europe ; attention aux Etats Unis, les gloses Mac Conkey ne contiennent pas de cristal violet.
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Glose au sang : - Milieu non slectif, sans indicateur color. - Convient pour la culture des germes exigeants et hmolytiques. - Si on veut inhiber lenvahissement des Proteus, on peut, lors de lensemencement, mettre un peu dalcool dans le couvercle de la bote. - Lassociation acide nalidixique + colistine (ANC) inhibe les bactries Gram ngatif et les Bacillus. - Milieu adapt la culture des bactries Gram positif notamment les streptocoques.
Incubation
Lincubation des milieux se fait 35C pendant 18-24 h ltuve. Latmosphre dincubation pour les milieux enrichis se fait sous CO2 et en anarobiose pour la recherche de germes anarobies strictes. La dure dincubation peut tre prolonge pour la recherche de germes croissance difficile : anarobies jusqu 72 h voir une semaine et Mycobactries une semaine jusqu 1 mois.
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Les aspects particuliers Proteus vulgaris et mirabilis : envahissement de la glose en voile montrant des vagues successives
Salmonella donne des colonies petites et transparentes, centre noir sur milieu hektoene
P.aeruginosa donne de petites colonies plates et pigmentes en vert sur glose nutritive.
Les Staphylocoques : Colonies volumineuses ventuellement pigmentes en jaune pour S.aureus sur glose nutritive. Les Streptocoques : nutritive. Fines colonies transparentes sur glose
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2- Milieux spcifiques Glose au sang frais :(GSF) Les Staphylocoques et les Streptocoques : peuvent faire apparatre sur GSF une hmolyse bta = halo clair autour de la colonie.
Glose chromogne : Les colonies apparaissent colores (la couleur dpend du type de milieux chromogne utilis). Exp colonies sur Uriselect 4 (Bio rad)
E.coli + E.faecalis
K.pneumoniae
Glose Loweinstein Jensen Dans le cas dune tuberculose urinaire, les colonies de Mycobactrium tuberculosis apparaissent sur ce milieu de couleur beige clair, chamois avec un aspect de chou fleur.
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Principe : Loxydase cytochrome assure la molculaire sur le cytochrome rduit. fixation de loxygne
On met une colonie en prsence de la NN-dimethylparaphnylne-diamine rduite et incolore soit en solution, soit en imprgnant un disque de papier buvard et en le desschant. Cette enzyme possde la capacit doxyder la NN-dimethylparaphnylne-diamine rduit et incolore en driv semi quinonique rose violac. Technique : Sur une lame propre et dgraisse (se trouvant lintrieur dune bote de Petri vide), dposer dans un angle une goutte deau distille laide dune pipette Pasteur. A laide dune pince en plastique, saisir un disque pour la recherche doxydase, rhydrater avec de leau distille et le dposer au milieu de la lame, veiller ce que le liquide ne dborde pas du disque. Avec une pipette Pasteur boutonne, prlever un peu de culture pure de 18h sur milieu disolement et dposer la colonie sur le disque, attendre quelques secondes.
Lecture : Oxydase + : le disque devient rose fonc puis violet au niveau du dpt. Oxydase - : pas de changement de couleur.
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Catalase
Principe : Cette enzyme catalyse la dgradation du peroxyde dhydrogne H2O2 produit toxique du mtabolisme arobie de nombreuses bactries, en H2O et O2. Cest laction directe de cette enzyme qui est mise en vidence dans la masse microbienne, cette action est caractrise par un dgagement gazeux rsultant de la dcomposition de leau oxygne. Technique : A laide dune pipette Pasteur dposer au milieu dune lame propre et dgraisse se trouvant lintrieur dune bote de Petri vide une goutte deau oxygne. Avec une pipette boutonne, prlever un peu de culture pure de 18h sur milieu disolement et dposer les bactries dans leau oxygne.
Lecture : Catalase + : Bulles de gaz dans leau oxygne. Catalase - : Pas de dgagement gazeux.
2- Identification classique
A laide dune suspension bactrienne, on ensemence des milieux de culture de compositions diffrentes en tubes permettant de mettre en vidence les principaux caractres biochimiques identifiant les entrobactries. Lincubation se fait 35C pendant 18-24h ; la lecture des caractres se fait selon le tableau 1 (annexe 1). Suivant lalgorythme des principaux caractres biochimiques rvls les bactries seront identifies (voir annexe). Chaque milieu utilis doit au pralable tre contrl pour viter les diagnostics rons.
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LAPI est un systme standardis pour lidentification des bactries selon les caractres biochimiques. Principe : La galerie API comporte 20 micro tubes contenant des substrats dshydrats. Les micro tubes sont inoculs avec une suspension bactrienne qui reconstitue les milieux dshydrats, les ractions produites pendant la priode dincubation se traduisent par des virages colors spontans lors de laddition des ractifs . La lecture de ces ractions se fait laide du tableau de lecture et lidentification est obtenue laide du catalogue analytique ou dun logiciel didentification. Technique : A laide dune pipette, prlever 1 4 colonies morphologiquement identiques et raliser une suspension avec le mdium (2ml) "solution saline" ou avec leau physiologique. Remplir les tubes (et non les cupules) des tests avec la suspension prcdente pour viter la formation de bulles dair au fond des tubes. Poser la pointe de la pipette sur le cot de la cupule en inclinant lgrement la bote dincubation vers lavant. Remplir les tubes et cupules des tests qui portent un cadre. EX : GLU Remplir dhuile de paraffine les cupules des tests souligns EX : ADH, ure Remplir dun peu deau la bote dincubation pour viter la dessication lors de lincubation 35C pendant 24h. La lecture : Apres incubation, la galerie sera lue et les rsultats compars au tableau de lecture.
Noter sur la fiche de rsultats toutes les ractions spontanes ou rvles par laddition des ractifs.
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La lecture automatise : Il existe un automate pour la lecture des Api System (Biomrieux) en fonction des caractres rvls par la galerie biochimique, ceci constitue un gain de temps pour linterprtation des galeries Api . Cependant la lecture par cet automate peut poser quelques problmes lors de la rvlation tardive de quelques caractres biochimiques. Interprtation : Lidentification est obtenue partir du profil numrique. Sur la fiche de rsultats, les tests sont spars par groupes de trois et les valeurs 1, 2 ou 4 sont indiques pour chacun. En additionnant lintrieur de chaque groupe les valeurs correspondant des ractions positives, on obtient 7 chiffres, la raction de loxydase est affecte de la valeur 4 lorsque elle est positive. Lidentification est ralise laide du catalogue analytique (recherche le profil numrique dans la liste des profils). EX : 4144532 => E.Coli
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5- Identification antignique
Srogroupage des streptocoques Le groupage concerne les streptocoques bta-hmolytiques du groupe A,B,C,Fet G et les streptocoques du groupe D. Le groupage rapide se fait facilement par des techniques dagglutination au moyen de particules de latex sensibilises aprs extraction enzymatique (Slidex strepto kit de Biomrieux).
Srotypage des Pseudomonas aeruginosa Il sagit dun dun srotypage de lantigene O, qui est ralis grace aux antisrums commercialiss (Diagnostic Pasteur), 16 srogroupes sont individualiss. La technique est celle de lagglutination sur lame qui demande quelques minutes pour apparatre. Lintret du srotypage des P.aeruginosa est beaucoup plus pidmiologique.
6- Antibiogramme
Un antibiogramme est ralis par mthode de diffusion en disque selon les recommandations du CLSI pour chaque germe isol (cf. Fasicule de standardisation de lantibiogramme en mdecine humaine lechelle nationale 5me Edition 2008.
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CHAPITRE III
Interprtation de lECBU
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Interprtation de lECBU
Linterprtation de lexamen cytobactriologique des urines doit se faire avec un sens critique et une collaboration troite entre le clinicien et le microbiologiste et dpend de plusieurs facteurs tels que : La qualit du prlvement : respect des conditions dhygine, du temps de transport et de la temprature de conservation de lchantillon La technique de prlvement utilise (milieu du jet, sonde .etc.) le germe ou les germes identifis (espce bactrienne et son pouvoir pathogne reconnu) Etat du malade et de ses antcdents Renseignements cliniques dantibiotiques, sonde). (fivres, brlures mictionnelles, prise
En plus de ces lments importants linterprtation dpend galement des rsultats des diffrents examens cytologiques et bactriologiques raliss partir de lurine savoir : Numration des lments cellulaires (leucocytes) Les rsultats des examens microscopiques (bleu de mthylne et Gram) La numration bactrienne, quelque soit la technique choisie
Linterprtation des cultures est base sur les critres de KASS : 1- Bactriurie 105UFC/ml avec un seul type de bactrie : infection urinaire 2- Bactriurie 103 UFC/ml : absence dinfection urinaire 3- Bactriurie entre 103 UFC /ml et 105 UFC/ml : zone dincertitude, elle est fonction de lespce bactrienne et du contexte clinique contrler si ncessaire. KASS dfinit un seuil 105 UFC/ml comme tant significatif, alors que dans plusieurs situations ce taux est revu la baisse.
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Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105UFC/ml, avec un seul type de bactrie, il sagit dune infection urinaire certaine. Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105 UFC/ml avec deux types de bactries chez la femme et un examen direct qui retrouve de nombreuses cellules pithliales, il sagit de deux probables possibilits : - Infection gnitale. - Infection urinaire mais contamine Un second prlvement durine est demand tout en expliquant les modalits de prlvement. Les prlvements gyncologie. gnitaux sont effectus dans un service de
Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105 UFC/ml, avec un seul type de bactrie, cest une infection urinaire dans les cas suivants : Femme enceinte : confirmer par un deuxime ECBU. Immunodprim diabtique Nourrisson Personne ge
Ce cas est retrouv chez 20% de la population, ainsi quen dbut dinfection urinaire, dans ces cas un deuxime prlvement simpose dans lequel on doit identifier la mme bactrie (genre, espce et profil antibiotique). Une bactriurie sans leucocyturie peut tre galement observe lorsque le prlvement est gard trop longtemps +4C ou lorsque les urines sont hypertonique ou trop alcalines. Ces conditions contribuent dtruire les leucocytes. En cas de non respect des conditions dhygine, du temps de transport et de la temprature de conservation, il peut sagir dune contamination bactrienne dune urine strile (faux positifs). Dans certains cas il peut sagir dune bactriurie asymptomatique (colonisation sans infection).
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Leucocyturie 104/ml ou 104/ml (prsence ou absence de leucocytes) et la bactriurie 105UFC/ml, avec deux types de bactries, linfection urinaire poly microbienne est admise dans les cas suivants : - Uropathie : Reflux vsiculo-urtral, Maladie de la jonction pylo-urtrale - Sond - Paraplgique
En dehors des cas cits il peut sagir dune souillure, un deuxime prlvement est demand au malade en rappelant les modalits de recueil des urines. Leucocyturie 104/ml ou 104/ml (prsence ou absence de leucocytes) et la bactriurie 105UFC/ml, avec plus de deux types de bactries, la souillure est certaine, un deuxime prlvement est demand au malade en rappelant les modalits de recueil des urines. Leucocyturie 104/ml et une bactriurie comprise entre 103 105UFC/ml : - Diurse abondante lorigine dune dilution des bactries. - Prsence dans les urines de substances antibactriennes utilises pour la toilette - Un PH urinaire bas entrave la multiplication des bactries - Micro organisme croissance lente (cocci) - Obstruction urtrale complte - Infection Pseudomonas sp - Traitement antibiotique en cours Leucocyturie 104/ml et une bactriurie 103 UFC/ml : - Prise dantibiotique dans les cinq jours qui prcdent le prlvement on parle dinfection dcapite, refaire le prlvement 48 h aprs larrt du traitement si ncessaire, car une seule prise dantibiotique suffit dcapiter linfection en 06h 12h avec conservation des leucocytes. - La coloration de Gram montre une prsence de bactries extracellulaire avec une numration bactrienne infrieure 103 UFC/ml : infection anarobies probable, utiliser les milieux de culture et les techniques de diagnostic adquates et rechercher le foyer de linfection (fistule rnale ou digestive). et
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- La coloration au Bleu de mthylne montre une prsence de cocci intra et extra leucocytaire : infection Neisseria gonorrhoeae probable, demander un prlvement urtral. - Clinique en faveur de bactries quon ne peut mettre en vidence par les techniques classiques : Chlamydia, Mycoplasme, et Mycobactries. Rechercher ces bactries par les techniques spcifiques. La prsence de Leucocyturie sans bactriurie peut tre observe dans dautres situations : - Maladie fbrile systmique. - La fivre chez le nourrisson. - Le rein polykystique, ou les kystes ne communiquent pas avec un systme collecteur. - Lithiase rnale ou calculs rnaux. - Nphropathie interstitielle. - Inflammation de lurothlium par laction mcanique dun dispositif (cathter). - Infection mycosique. - Infection parasitaire : la bilharziose uro-gnitale. - Personnes ges (tumeur vsicale). - Transplant rnal : les leucocytes type lymphocytes orientent vers une raction de rejet de greffe. Depuis les critres de Kass le diagnostic bactriologique de linfection urinaire est rest bas sur lassociation dune leucocyturie 104 /ml et surtout dune bactriurie 105UFC/ml. Le seuil significatif de la leucocyturie est rest remarquablement consensuel fix dans tous les crits un nombre 104/ml (10/mm3), par contre le seuil de la bactriurie qui est certes trs spcifique manque de sensibilit et doit tre aujourdhui rvis la baisse dans beaucoup de situations cliniques : - Les infections urinaires rcidivantes Bactriurie 104 UFC/ml - Cystite simple chez la femme de 15-65 ans Bactriurie > 103 UFC/ml pour les coliformes Bactriurie > 104 UFC/ml pour les autres espces bactriennes - Pylonphrite non complique Bactriurie 104 UFC/ml
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- Prostatites aigues Bactriurie 104 UFC/ml Pour le diagnostic dune prostatite aigue lECBU est ncessaire mais reste insuffisant, car sil est ngatif il faut raliser lanalyse fractionne des urines ainsi que lanalyse des scertions prostatiques recueillies au mat urtral, aprs massage de la glande ( viter en cas de prostatite fbrile risque de bactriemie). - Prostatites chroniques infectieuses : Le diagnostic est bas sur au moins un des critres suivants selon lpreuve de Mears et Stamey : les secrtions prostatiques et les 10 ml durine permettant dobtenir une bactriurie 103 UFC/ml avec un seul type de bactrie. les secrtions prostatiques et les 10 ml durine limins, contiennent la mme bactrie que les urines vsicales savoir du milieu du jet mais une concentration 10 fois plus importante. Il faut savoir que la technique de Mears et Stamey a ses limites, cette technique ne peut tre applique lors de pousse infectieuse, car le massage est douleureux et il y a risque de bactrimie. On ne peut prouver la prostatite par cette mthode que si lurine vsicale est strile, de plus elle exige un personnel entran et un patient cooprant.
b) La ponction sus-pubienne : Linterprtation est base sur la prsence de culture bactrienne. La prsence dune seule colonie sans dilution de lurine signe linfection urinaire, les bactries proviennent directement de lurine vsicale. c) Le sondage vsical La leucocyturie ne constitue pas un facteur prdictif dinfection urinaire chez le malade sond, elle nest corrle la bactriurie qu des concentrations microbiennes suprieures 107 UFC/ml. La symptomatologie est un critre important pour linterprtation de lECBU chez le porteur de sonde et permet de faire la diffrence entre la colonisation et linfection urinaire proprement dite. Selon la confrence de consensus sur les infections urinaires nosocomiales de ladulte entre la socite francaise des pathologies infectieuses et la socite francaise durologie qui a eu lieu lInstitut Pasteur de Paris en 2002 : 4 situations peuvent tre observes :
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Sonde + ou -
Symptmes +
Bactriurie UFC/ml
+ ou -
105 1 ou 2 espces isoles quelque soit lespce bactrienne 103 1 ou 2 espces isoles uropathogne reconnues (E.coli) Seuil de dtection 103
+ ou -
+ ou -
colonisation
Cette interprtation nest valable que si les conditions de prlvement sur sonde sont respectes. Si la bactriurie est dcouverte au moment de lablation de la sonde, il est conseill de raliser un deuxime prlvement durine 48h plus tard. Rappelons que les urines du sachet collecteur de la sonde ne sont analyses que si le sachet est chang (un sachet neuf) et ne reste en place que 20 30 minutes, de mme la culture de la sonde est proscrite (colonisation de la sonde ne veut pas dire que ces bactries sont dans lurine vsicale).
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une prise dantibiotiques large spectre, il ne faut pas hsiter demander un deuxime prlvement durine au moindre doute surtout en labsence de leucocyturie. Chez le garon non circoncis les Proteus retrouvs dans les urines peuvent tre une simple souillure lie ladhrence prputiale de la bactrie ou de phimosis. Les entrocoques peuvent tre de simples contaminants, seule la prsence de signes cliniques de cystite et dune leucocyturie leve tmoignent dune infection vraie. Les lactobacilles, streptocoques hmolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobactrium sp, bacilles diphtrimorphes sauf Corynbactrium uralyticum sont des contaminants qui appartiennent la flore urtrale ou gnitale de proximit. Leur isolement associ la prsence de cellules pithliales urinaires lexamen direct des urines signe de faon quasi certaine une contamination loccasion du prlvement. Seul leur isolement partir dune ponction durine utilisant un cathter sus pubien pourrait permettre dvoquer leur rle pathogne. Corynbactrium uralyticum ncessite une incubation de 48 heures. Il est retrouv dans les infections suite une greffe du rein ou une intervention urologique.
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Une tude ralise au CHU de Montpellier a rpertori les principaux agents pathognes responsables dinfections urinaires chez le transplant rnal.
Micro-organismes Bacilles Gram ngatif E. coli E. coli (BLSE) Pseudomonas aeruginosa Klebsiella pneumoniae Morganella morganii Champignons Candida krusei
Enterococcus faecalis
2 (3.5%)
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CHAPITRE VI
Epidmiologie
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Principales tiologies des infections urinaires dans les diffrents hpitaux dAlger
CHUBM 2001-2005 N % E. coli Klebsiella spp Proteus spp Autres enterobactries Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp Enterocoque spp CHU BM : HCA : CHU M : EHS Kettar : N: 878 166 159 21 46 68 31 5 62.7 11.8 11.3 1.5 3.3 5 2.2 0.4
HCA 2001-2005 N % 2349 439 196 165 77 199 192 3 63.69 11.90 5.31 4.47 2.09 5.40 5.21 0.08
CHUM 2005 N 538 182 55 _ 64 66 37 16 % 52.03 17.60 5.31 _ 6.18 6.38 3.57 1.54
EHS KETTAR 2001-2005 N % 1411 258 210 12 110 131 46 22 62.8 11.5 9.3 0.5 5 6 2 1
Centre hospitalo-universitaire de Beni Messous Hopital central de larme Centre hospitalo-universitaire Mustapha Bacha Etablissement hospitalier spcialis dEL Kettar Nombre
Chapitre VI : Epidmiologie
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Ed. 2009
Rpartition des principales tiologies des infections urinaires en fonction des tranches dges de sexe et de lorigine du malade dans les hpitaux dAlger
0- 2 ANS H(N) F E.coli Klebsiella spp CHUBM Proteus spp Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp E.coli Klebsiella spp HCA Proteus spp Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp E.coli Klebsiella spp CHUM Proteus spp Pseudomonas spp Staphylocoque spp Streptocoque spp 42 3 2 6 / / 10 5 3 1 0 1 10 4 0 0 0 / M 14 19 8 2 / 1 19 18 10 11 1 0 5 10 3 6 1 / F 21 / 5 / / / 39 12 1 0 0 2 11 1 1 0 0 1 Ext(N) M 30 7 12 4 2 / 21 9 9 4 1 4 14 6 3 2 1 0 F 37 6 2 1 / / 24 6 1 7 0 2 14 5 2 / 1 / 3-6 ANS H(N) M 17 4 3 1 / / 17 1 5 6 0 1 8 5 4 / 1 / F 88 / 6 / 4 / 88 6 6 5 1 1 22 4 1 1 / / Ext(N) M 8 2 6 3 1 / 14 8 11 1 2 1 6 1 4 0 / / F 112 6 11 6 / 4 32 3 3 3 0 2 11 0 0 0 / / 7-15 ANS H(N) M 21 2 4 / 5 3 11 10 10 1 2 4 3 11 2 4 / / F 128 14 8 2 3 2 99 13 1 0 3 3 22 2 1 1 1 / Ext(N) M 8 5 7 1 9 1 16 2 4 0 2 0 4 2 0 0 1 / F 108 13 10 / 7 1 517 117 40 50 33 48 26 8 7 2 1 0 H(N) M 5 / / / 1 / 235 105 44 104 28 30 15 16 4 13 2 1 F 138 41 15 / 27 / 669 109 20 14 63 49 204 37 4 2 32 18 16 ANS Ext(N) M 10 2 4 / / / 318 76 56 21 24 34 45 17 2 8 3 5
Chapitre VI : Epidmiologie
65
Ed. 2009
Rsistances aux antibiotiques des principaux germes isols des Urines des diffrents hopitaux dAlger
70 66,6 60 50
1,9
6,8
Taux de rsistance %
Ampicilline Cefotaxime Ofloxacine Amoxicilline+Ac Clavulanique Gentamicine Cotrimoxazole Cefazoline Amikacine
70 60 50 40 30 20 10 0 Taux de rsistance %
Amoxicilline+Ac Clavulanique Cotrimoxazole Ofloxacine Cefazoline Gentamicine Cefotaxime Amikacine
Chapitre VI : Epidmiologie
66
Ed. 2009
60 50 54,1 40 30 20 44,4
Cefazoline Cotrimoxazole
10 0
4,4
2,3 8,5
Taux de rsistance %
Chapitre VI : Epidmiologie
67
Ed. 2009
S.aureus (HCA) N= 14
14 13 Amikacine Chloramphenicol Erythromycine Gentamicine Oxacilline Penicilline G Pristinamycine Rifamycine Tetracycline Cotrimoxazole Vancomycine Ac Fusidique Fosfomycine Lincomycine Kanamycine
12
10
8 7 6 4 4 2 0 6 6
2 0 0 0 0 0 0
Urine (N=65)
45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 Taux de rsistance %
Penicilline G Erythromycine Oxacilline Lincomycine Gentamicine Tetracycline Kanamycine Vancomycine
43,1
27,3 23,8
12,1 3,2
14,1 4,6 0
Chapitre VI : Epidmiologie
68
Ed. 2009
5 4,5 4 3,5 3 2,5 2 1,5 1 0,5 0 Taux de rsistance en Nombre Ticarcilline Tobramycine Piperacilline Ofloxacine Ceftazidime Ciproloxacine Imipenem Amikacine Gentamicine 0 0 0 0 0 0 0 2 5
Chapitre VI : Epidmiologie
69
ANNEXE
Ed. 2009
Anse
0 .1 m l
0 .1 m l
H K ,B C P ,M c C o n k e y GSF
U rin e
9 .9 m l E a u p h y s io lo g iq u e
GN
Is o le m e n t s u r m ilie u x s e le c tifs
N u m ra tio n b a c t rie n n e
Urine
Annexe
71
Ed. 2009
Catalase
r
Staphylocoques
s
Streptocoques Culture sur GN
Coagulase
r
S.aureus
s
SCN
Enterococcus sp
Srogroupage
Annexe
72
Ed. 2009
TDA
Marron
Brun rouge
Vp1+vp2 / 10minute VP Incolore RM / IMMEDIAT RM Incolore Jaune Bleu Jaune Jaune Zone intermdiaire Jaune Jaune Jaune Rouge Rose / rouge
TSI (glucose, saccharose, Rouge lactose) Citrate de simmons Vert Disque OPNG Incolore Tmoin dacide amine Violet LDC ODS ADH Violet Violet Violet
Annexe
73
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76