HEM 111 Biyokimya Seyhun YURDUGL

Ders 2 Proteinler ve Karbonhidratlar

Dersin ieri i
y Aminoasitler y Aminoasitlerin s n fland r lmas y Zwitterion y Peptid ba lar y Proteinler:birincil, ikincil, ncl, drdncl yap lar y Ya asitleri ve lipidler, vcuttaki grevleri

Aminoasitler(aa)
y Proteinlerin ve polipeptid zincirlerinin yap ta lar d r. y Tm peptid ve polipeptidler alfa-amino asitlerin polimerleridir. y 20 -amino asit:tm memeli hayvan gruplar nda temel olarak

proteinleri olu turur.

Aminoasitlerin kimyasal yap s

y Di er baz amino asitler:vcutta serbest veya ba ka gruplarla

birle ik halde bulunur. y ( peptid veya proteinlerle bile ik olmaz ise). y Bu proteinlerle birle ik olmayan amino asitler vcutta zel grev stlenirler.

Aminoasitlerin kimyasal yap s

y -aminoasitler(prolin) haricinde: y Bir karboksilik asit (-COOH) y ve bir amino (-NH2) fonksiyonel grup ierir. y Bu gruplar ayn tetrahedral karbon atomuna ba l

olmal d r y Tetrahedral karbon : -karbon.

Aminoasitlerin yap lar

y Farkl R-gruplar (de i ken gruplar), bir aminoasidi y y y y

di erinden ay rt etmeye yarar. Bunlar da -karbonuna ba l d r. En basit aminoasit olan Glisinde: R-grubu: hidrojen -karbonuna hidrojen do rudan ba l d r.

Aminoas Aminoasitlerin grevleri:

y Proteinlerde bulunan baz amino asitler kendi ba lar na da birok

grev stlenir: y r. Tirozin amino asidi y Tiroid hormonunun yap m nda. y r. Glutamik asit y Nrotransmitter madde olarak grev al r.

Aminoasitlerin s n fland r lmas

y 20 -amino asidin her biri y R-grubunun -karbon atomundaki farkl haliyle s n fland r l r. y R-grubundaki: y hidrofobik y veya hidrofilik amino asit olabilir.

Aminoasitlerin s n fland r lmas

y Hidrofobik aminoasitler sudan daima uzak durmaya al r(suyu

iter). y Bundan dolay proteinlerin i k sm nda olmay tercih eder. y Bu amino asitler H-ba lar n n iyonizasyonu veya olu umunda yer almaz.

Aminoasitlerin s n fland r lmas

y Hidrofilik amino asitler:su ile daima birlikte olmay tercih

ederler y H-ba lar n n olu umunda s ka grlr. y Proteinlerin d yzeyinde veya enzimlerin tepkime vermeye haz rlanan aktif blgelerinde yer al r.

Aminoasitlerin s n fland r lmas

y y y y y y

-COOH ve -NH2 gruplar amino asitlerde: daima iyonizasyon iin haz rd r. nk asidik ve bazik R-grubu yap s n temsil eder. A a daki denge tepkimeleri iyonizasyon iin saptanm t r: R-COOH <--------> R-COO- + H+ R-NH3+ <---------> R-NH2 + H+

Aminoasitlerin s n fland r lmas

y Bu denge tepkimelerine gre: y amino asitler iki zay f asidik grup ierir. y Karboksil grubu: y amino grubuna gre daha kuvvetli asit zelli i gsterir. y Sadece fizyolojik pHda(7.4 civar ) karboksil grubu: proton iermemekte olup y amino grubu bnyesinde proton bar nd r r.

Aminoasitlerin Asit-Baz zellikleri Asity Amino asitler e er iyonize olan R-grubu iermiyor ise elektriksel a dan ntr y y y y

bir zelli e sahiptir. Bu pH: zwitterion olarak adland r l r. Organik asitler gibi, karboksil, amino ve iyonize olabilen Rgruplar , amino asitlerde: ayr ma katsay s ile (Ka) tan mlan r. ya da Kan n negatif logaritmas , pKa olarak ifade edilir.

De i ik R-gruplar iin rnekler Ry Histidin: midazol ad verilen zel bir halka yap ya sahip: y ya proton verici ya da proton kabul edici bir zelli i fizyolojik pHta

gsterir: y Bu yap enzimlerin reaktif merkezinde s ka bulunur. y Histidin hemoglobin yap da yer al p H+ iyonlar n karbonik asit iyonizasyonu iin tamponlar. y Hemoglobin bu zelli i ile dokularda O2 ve CO2 de i imini sa lar.

Aminoasitlerin optik zellikleri

y Tetrahedral yap daki bir karbon atomu e er drt farkl bile enden

olu ursa: iral olarak adland r l r. y Bu zelli i gstermeyen bir amino asit rne i : y Glisin y nk 'R-grubu" bir hidrojen atomudur.

Aminoasitlerin optik zellikleri

y y y y y

iral zelli e gre: Bir molekl polarize(ykl) n dzlemini ya sa a (dekstrorotatr)(D-formu) ya da sola (levorotatr)(L-formu) evirebilir. Proteinlerde genelde L formu bask nd r.

Peptid ba
y Peptid ba y y y y y y

olu umu: Kondensasyon (yo unla ma) tepkimesi olup amino asidlerin peptidlere ve proteinlere polimerizasyonunu sa lar. Peptidler bazen ok az amino asitten olu abilir, Bazen de polipeptidler(oklu peptidler) olarak r. Baz hormonlar ve nrotransmitterler, baz antibiyotik ve antitmr maddeler(polipeptid tabiat nda) bulunur.

Peptid ba
y En basit peptid, bir dipeptiddir: y Bir peptid ba

ierir. y Bir amino asidin karboksil grubu ile ikinci bir amino asidin amino grubunun y yo unla mas (kondensasyonu) sonucu olu ur.

Peptid Ba
y

-C=C- ba ndan fark :

y K smi ift ba zelli i gstermesidir.

Peptid ba n n yap s
y Resonans stabilizasyonu(kararl l k)hali:

Proteinlerin birincil(primer) yap s

y Amino asitlerin dzenli s ras n gsteren yap d r. y S ralamada: y N-terminal (u) (serbest -amino grubu) en solda (1. amino asit) y C-terminal (u) serbest alfa-karboksil grubu)

Proteinlerin ikincil(sekonder) yap s

y Aminoasitlerin birincil yap zerinden k vr lmak yolu ile y y y y

konformasyon(uzaydaki boyutlu konum) olu turmalar . Proteinlerin sekonder yap lar n olu turur. Proteinler bu yap grubunda ikiye ayr l r: Globler(kremsi)proteinler Fibrz proteinler.

Proteinlerin ikincil(sekonder)yap s
y Globler proteinler: y S k ca katlanm

ve yay eklindedir. y fibrz proteinler ise filamentli(ipliksi) eklindedir.

Alfa-heliks: Alfa-heliks: rnek yap

y Tipik bir ikincil yap (globler) y -heliks kendili inden olu maktad r. y H-ba lar ile amid nitrojenleri ve karbonil karbonu aras ndaki

peptid ba drt aminoasitte bir tekrar eder.

-pileli yap
-heliks gibi sarmal(helikal) yap yerine: y -pileli yap : 5-10 amino asidin 2 veya daha fazla k vr m ile olu ur. y -pileli yap da: y H-ba lar amid nitrojenleri ve karbonil karbonlar aras nda olu arak stabilizasyon sa lar.
y

-pileli yap
y K vr m n alt yap s

-karbonlar n etraf ndaki bile iklerin: y a a ve yukar do ru peptid ba ndaki dizilimi ile belirlenir.

-pileli yap

y paralel y ya da antiparalel ekilde bulunur y Kom u peptid zincirleri paralel yap da ayn ynde

bulunur(N-ucundan C-ucuna), y Antiparalel yap da ise z t yndedir.

Proteinlerin ncl(tersiyer)yap s
y kincil yap lar uzayda iie geerek ncl yap lar olu turacakt r. y Bu katlanma yard m ile olur. y kincil yap lardan alt birimler olu arak ncl yap lara zemin haz rlan r.

Hemolizin: Bir bakteri tr olan Staphylococcus aureus tan safla t r lm

Proteinlerin ncl(tersiyer)yap s
y Farkl alt yap lar aras ndaki ba lar:

e itli ba larla kararl l k kazan r: y hidrojen ba lar , y hidrofobik etkile imler, y Elektrostatik(iyonik) etkile imler y van der Waals kuvvetleri.

DrdnclDrdncl-Kuvaterner yap
y o u proteinler iki veya daha fazla polipeptid zinciri iermekte olup: y Aralar nda kovalent olmayan ba larla boyutlu yap lar stabilize olur. y Bu yap proteinlerin en organize, en dzenli yap s d r.

Hemoglobinin yap s

Drdncl(Kuvaterner yap )
y Proteinler ok farkl polipeptid zincirlerinden olu ur ise:

drdncl yap y Hemoglobin: oksijen ta y c kan proteini y ki alfa ve iki beta alt biriminden olu ur.

Karma k(Kompleks) Protein Yap lar

y Proteinler: karbonhidratlarla karma k(kompleks) yap lar olu turur. y Bu sentez proteinlerin translasyonu sonras nda olur ve post-translasyonal

de i iklikler olarak adland r l r.

Karma k protein yap lar

y Bu proteinler zel grevler stlenir. y Karbonhidratlar ile kompleks olu tururlar ise:glikoproteinler y Glikoproteinler: y N-ba l y ve O-ba l y

ekerin proteinde kovalent ba land

blgeye gre ba lan r.

Kompleks protein yap lar

y N-ba l ekerler: amid grubu nitrojenine (R-grubundaki) asparajin; y O-ba l ekerler: serin veya treoninin hidroksil grubuna ba lanarak

glikoproteinleri olu turur.

Kompleks protein yap lar

y Glikoproteinler: y Eritrositlerin yzeyinde. y Glikoprotein ve glikolipid yzeyindeki ekerler eritrositlerden kan

grubu zelliklerinin belirlenmesini sa lar. y 100 civar nda kan grubu belirleyici eker mevcuttur.

Karbonhidratlar
y Karbon bile enlerinden olu an ayn zamanda ok miktarda hidroksil

grubu da ieren molekllerdir. y En basit karbonhidratlar: y bir aldehit grubu (polihidroksialdehitler) veya y bir keton grubu (polihidroksiketonlar) iermektedir.

Karbonhidratlar:
y S n f olarak e ayr l r: y Monosakkaritler, y Oligosakkaritler, y Polisakkaritler.

Monosakkaritler
y Basit karbonhidratlar y Bir adet polihidroksialdehit veya keton ierir. y r. Glukoz(En basit eker) y r. Fruktoz(Bal kkenli) y r. Galaktoz(stn ve yo urdun iinde)

Glukoz

ki tr monosakkarit: (Kimyasal formle gre)

y Aldoz eker y Ketoz eker

Aldoz
y E er karbonil grup: y karbon zinciri: y Monosakkaritler:aldehit iererek aldoz eker ad n al r. y r. Gliseraldehit

D-gliseraldehit

Ketozlar
y E er karbonil grubu: y Farkl bir konumda ise: bu monosakkarit keton olarak

tan mlan r ve ketoz eker ad n al r. y r. dihidroksiaseton

(2) Dihidroksiaseton

Di er monosakkaritler: monosakkaritler:
y Tetrozlar (4 karbon ieren) y Pentozlar (5 karbon ieren) y Hekzozlar (6 karbon ieren) y Heptozlar (7 karbon ieren)

Disakkaritler: Disakkaritler:
y Basit ekerlerin birle mesinden olu ur: y r.maltoz: glukoz + glukoz

(malt ekeri) y r. Laktoz: glukoz + galaktoz (st ekeri) y r. Sukroz: glukoz + fruktoz (ay ekeri)

Oligosakkarit ve polisakkaritler: polisakkaritler:

y ki ile on monosakkarit birimi glikozidik ba larla

birbirine ba l olup bir oligosakkaridi olu tururlar. y (Disakkaritler de bu tan ma dahildir.) y Polisakkaritler: ok daha byk yzlerce monosakkaritin birle mesiyle olu ur.

Karbonhidrat yap s :
y Hidroksil gruplar n n ekerlerdeki yap s : y Karbonhidratlar n su ortam ile birlikte olmas n sa lar. y Hidrojen ba

ile bu birliktelik sa lan r.

Karbonhidrat yap s :
y Karbonhidrat trevleri y azot, y fosfatlar y ve slfr bile ikleri ierir. y Karbonhidratlar ayr ca lipidlerle birle erek

glikolipidleri olu turur ve: y proteinler ile birle erek glikoprotein yap lar n olu turur.

y Halkasal Fischer Gsterimi(Projeksiyon): alfa-D-

Glukoz

Haworth Gsterimi(Projeksiyonu): -D-Glukoz

Halka a larak ve kapanarak, reaktif karbon atomu etraf ndaki karbon atomu etraf nda dn e olanak tan r.

-D-Glukoz yap s : Sandalye konformasyonu

Disakkaritlerin olu mas

y ki halkasal yap daki ekerin hidroksil gruplar aras nda: y Glikozidik ba lar(kovalent) y Disakkarit olu umuna izin verir.

Disakkaritler
y sukroz, y laktoz y ve maltoz.

Sukroz
9 ekerkam ve pancar nda 9 Glukoz ve fruktozdan ibaret 9 -(1,2)- -glikozidik ba ile ba l .

Sukrozun yap s

y Laktoz: y memeli stnde y Galaktoz ve glukoz

(1,4) glikozidik ba ba l d r.

ile

y Maltoz: y Ni astan n en byk paralanma rn: y ki glukoz monomeri -(1,4) glikozidik ba ile

birbirine ba l ise olu ur.

Polisakkaritler
y Do adaki tm karbonhidratlar: y byk molekl a rl kl polimerler halinde

bulunur(polisakkaritler) y Polisakkaritlerin monomerleri : y de i ken olabilir, y Genelde bulunan monosakkarit: y D-glukoz.

Glikojen
y Hayvanlarda en byk depo karbonhidrat trdr. y Glukoz homopolimeri olup -(1,4) ba lar ve her 8-10 glukoz

biriminde -(1,6) ba lar ile ba l d r.

Glikojen
y S k yap da y Polimer zincirlerin yay zelli i gstermesi ile bu s k l k sa lan r. y Bu s k l k yksek enerjiyi bar nd r r ve, y hcresel ozmolarite bundan etkilenmez.

Ni asta
y Bitki hcrelerinin temel karbonhidrat formu. y Yap glikojene benzer, y Daha az dall birim gzlenir(her 20-30 birimde bir) y Dallanmam ni asta: amiloz; y Dall ni asta: amilopektin

Amilozun yap s

Amilopektinin yap s

Canl larda di er yap sal polisakkaritler

y En yayg n rnek:Selloz y Bitki hcre duvar (kk,gvde, yaprak vb.)yap s nda y Do rusal dallanmam

homopolisakkarit birimlerinden olu ur(10000 -15000 D-glukoz birimi). y Amiloz ve di er ana glikojen zincirlerine benzer.

Selloz yap s

Canl larda di er yap sal polisakkaritler

y Kitin: y zellikle bceklerde d iskeleti olu turan yap d r.

Kitin yap s

YARARLANILAN KAYNAKLAR