Apunte de Bioqumica: Regulacin de la actividad enzimtica. Regulacin de la velocidad. Codificacin de la concentracin de enzima. Dependencia de Km.

MECANISMOS MOLECULARES DE LA REGULACION ENZIMATICA Regulacin de la actividad enzimtica

Controlando la actividad del enzima se controla su velocidad y as se puede obtener el producto final antes o despus segn convenga. La clula sigue el principio de mxima economa dentro del mayor orden posible, minimizando la cantidad de intermediarios sin utilidad. Tambin se integran la reacciones de manera que no obtendr energa si no la va a utilizar. Tampoco se regula la actividad de los enzimas porque con regular slo uno de la ruta de reacciones se controla el resto, En una ruta hay reacciones que estn continuamente en equilibrio y otras que no, el punto de control estar siempre estar en las ltimas porque el enzima ms lento ser el paso limitante de la velocidad. Es preferible que el paso limitante est al principio de la ruta porque as no se acumulan los intermediarios.

Regulacin de la velocidad
Una reaccin enzimtica depende de la concentracin de enzima presente, modificndola se vara la velocidad de dos maneras: - Sntesis de la molcula. - Degradacin de la molcula. Normalmente son respuestas a largo plazo, se puede dar cuando ------ la fuente de alimentacin en las clulas. Otra posibilidad ms rpida es controlar la actividad del enzima ya sintetizado. Esta actividad depender de la concentracin de enzima, Km y K CAT.

Codificacin de la concentracin de enzima

La regulacin de la sntesis de enzimas se puede hacer a nivel transcripcional o traduccional. Este tipo de regulacin existe en eucariotas y en procariotas. En eucariotas es a dos niveles. En procariotas es a nivel transcripcional. La bacteria E. Coli vara los enzimas dependiendo del medio en el que se encuentre. Los enzimas que no varan nunca su concentracin en la clula de denominan constitutivos y a los otros inducibles. Opern LAC. Propuesto por Jacob y Monod. La bacteria puede utilizar como fuente de carbono la glucosa, pero si no hay usar lactosa para obtenerla. En el DNA habr un sitio donde est codificado el enzima que romper la lactosa en glucosa y galactosa. Cuando no hay lactosa este sitio no se puede leer porque estar bloqueado por delante por una protena. Si hay lactosa sta se unir a esa protena que ya no podr bloquear al no poder unirse, consiguindose el enzima encargado de la ruptura de la lactosa, la -galactosidasa. Un opern es un mensajero con informacin de varios genes. Es frecuente en procariotas y raro en eucariotas. Otra manera de modificarlo es actuando sobre la degradacin, a cargo de enzimas proteolticos llamados proteasas. Al disminuir la degradacin aumenta la concentracin de enzima. Se puede incidir sobre el mismo enzima o sobre el que lo degrada. Existen seales para marcar a los enzimas que van a ser degradados o no por las proteasas. La velocidad de reaccin tambin se puede regular de otra forma ms rpida modificando la actividad del enzima presente. La actividad del enzima depender de la concentracin de sustrato presente, Km y K CAT. La regulacin e la actividad sirve para bloquear o poner en marcha una ruta metablica en pocos segundos. El caso ms sencillo es cuando el enzima es autorregulable: - Si la concentracin de sustrato aumenta la actividad del enzima aumenta. - Si la concentracin de producto aumenta la actividad del enzima disminuye. Hay enzimas regulados por otros ligandos distintos, moduladores de la actividad del enzima. S unen a un sitio distinto del centro activo llamado centro regulador, que no poseen todos los enzimas. Los que s tienen se llaman enzimas alostricos. Saturacin del enzima por el sustrato: cuando [S]0,9/[S]0,1 80 el cambio en la concentracin de sustrato es muy grande y la clula no lo permite. Si el enzima presenta cooperatividad en la unin el cambio es mucho ms pequeo ya que ser ms sensible a los cambios en la concentracin de sustrato: [S]0,9/[S]0,1 4. Por lo tanto ser muy ventajosa la cooperatividad en la unin del sustrato. Cabe pensar que la protena ser oligomrica y tendr varios sitios activos.

Dependencia de Km.
Si el producto se parece mucho al sustrato puede entrar en el centro activo actuando como un inhibidor competitivo haciendo que Km aumente y K afinidad disminuya. Hay molculas que se unen a otro sitio regulador distinto del activo haciendo que la velocidad de la reaccin disminuya y Km aumente. - Los que hacen que Km suba, bajando la velocidad para la misma concentracin de sustrato son inhibidores. - Los que hacen que Km baje, aumentando la velocidad para la misma concentracin de sustrato son activadores. Con un activador o un inhibidor modificamos la cooperatividad. Los enzimas reguladores tienen varios centros activos (oligomricos) con cooperatividad. Feed-back: el producto final de una serie de reacciones suele actuar como inhibidor del primer enzima unindose a un centro regulador. Es una inhibicin alostrica. Este sistema no es bueno cuando hay una ramificacin en la ruta. Ejemplo de enzimas alostricos: aspartato carbamoilasa.

Cataliza la adicin: Asp + Carbamoil-P Asp-carbamoil + P Es la primera reaccin de una ruta metablica. El enzima que acta es la aspartato carbamoilasa que tiene 12 subunidades de las cuales 6 son catalticas (organizadas en 2 dmeros) y 6 reguladoras (3 dmeros). Presenta cooperatividad respecto al sustrato (Asp). Est regulada por los niveles de ATP y CTP que son moduladores alostricos ya que no se parecen a la Asp. El CTP es un inhibidor porque es el producto final de la ruta metablica e inhibe al primer enzima de la ruta de manera alostrica y Km aumenta. El ATP es una muestra de que hay mucha energa, por lo que se podrn sintetizar muchos cidos nucleicos y la ruta puede funcionar. Por lo tanto el ATP acta de activador. Dependencia de K CAT. v0 = K CAT.[ES]

Otra manera de modificar la accin del enzima es variar el valor de K CAT,cuanto mayor es sta mayor es la velocidad. Para modificar K CAT hay que cambiar la constante cintica de la reaccin. Se la conoce como modificacin covalente y es muy efectivo para aumentar la velocidad de la reaccin. Modificar covalentemente es cambiar las cadenas laterales de los enzimas, pudiendo existir en dos formas: enzima libre y enzima modificado. esta modificacin es reversible. Las dos formas se diferencian en su K CAT, siendo uno mayor que el otro. Normalmente sufren una transferencia de grupo, siendo la ms comn la de grupos fosfato (fosforilacin). Los grupos que se pueden fosforilar son normalmente los OH (Ser, Thr, Tyr). Siempre se requiere la presencia de otro enzima para pasar de libre a modificado o viceversa, aunque los enzimas son diferentes. Para fosforilar se requiere ATP que es el dador de grupos fosfato. La eliminacin la produce una reaccin hidroltica. Los enzimas que fosforilan a expensas del ATP son las quinasas y los que hidrolizan el fosfato fosfatasas. Las reacciones que catalizan E1 y E2 son irreversibles y slo se dan en el sentido que indica el esquema. Una de las formas es siempre activa y la otra inactiva. La forma activa podr ser las fosforilada o la otra. Para regular la velocidad de la reaccin por modificacin covalente es imprescindible que slo se d una de las dos, esto es, que E1 y E2 nunca sean activos al mismo tiempo en las condiciones celulares. Esto se consigue sometiendo a regulacin coordinada. Como E1 y E2 son enzimas alostricos el mismo modulador activa a uno e inhibe al otro. El aumento de la velocidad de reaccin puede ser mucho mayor que variando Km.

Amplificacin de seales.
En la regulacin de la actividad enzimtica puede conseguirse una amplificacin muy grande de la seal utilizando cascadas enzimticas, una serie de enzimas cuya actividad est regulada por modificacin covalente y que actan secuencialmente.

Suponemos que cuando E0 acta, 10 molculas de E1 se transforman en 10 de E*1, como tambin podemos transformar 10 molculas de E2tendremos finalmente 100 molculas activas de E*2 y 1000 de E*3. Cuantos ms pasos demos el factor de amplificacin ser mejor y slo tendremos una seal. Hay otra modificacin covalente pero irreversible, lo que implica la ruptura de uno o varios enlaces peptdicos. Ocurre en protenas que se sintetizan en forma de precursores inactivos que se transforman en protenas activas ms cortas. Todos los enzimas intestinales siguen este modelo, y as se controla el lugar y el momento de la activacin.

Existen cascadas de modificacin covalente irreversible formadas nicamente por proteasas. La coagulacin de la sangre sigue este modelo, la seal inicial es la ruptura de un tejido y el precursor ser el fibringeno.

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Regulacin alostrca
En cada ruta bioqumica hay una o varias enzimas cuya actividad cataltica puede modularse en respuesta a las necesidades celulares. Estas enzimas reguladoras normalmente catalizan el primer paso de la ruta. Otro punto caracterstico de control es el primer paso de una ramificacin en una ruta que conduce a un producto alternativo. Existen dos estrategias principales para controlar las enzimas reguladoras: la modificacin covalente y la regulacin alostrica. Debe tenerse en cuenta que el control de los procesos metablicos es complejo. No existen reglas sencillas que expliquen todos los aspectos de la regulacin de las rutas metablicas. Normalmente han fracasado los intentos para aumentar la marcha de rutas como la gluclisis en bacterias modificadas mediante un incremento de las concentraciones de las enzimas reguladoras especficas. Se ha observado que en algunas circunstancias se requiere el aumento de la sntesis de todas las enzimas de una ruta para lograr un aumento sustancial de la formacin del producto. Las clulas utilizan la regulacin alostrica para responder de forma eficaz a determinadas variaciones de las condiciones intracelulares. Recuerde que las enzimas alostricas habitualmente estn formadas por varios protmeros cuyas propiedades estn afectadas por molculas efectoras. La unin de un efector a una enzima
Ouimotripsingeno
F"IGURA 6 -21 mckee

Activacin del quimotripsingeno.

El zimgeno inactivo quimotripsingeno se activa en varios pasos. Tras su secrecin al intestino delgado, el quimotripsingeno se convierte en n-quimotripsina cuando la tripsina, otra enzima proteoltica, rompe el enlace peptdico entre Arg 15 e Ile 16. Posteriormente, la quimotripsina rompe otros enlaces peptdicos y diversos cambios conformacionales dan lugar a la formacin de a-quimotripsina.

Tipos de alosterismo
Las interacciones heterotrpicas se definen como el efecto de un ligando sobre la fijacin de un ligando diferente. Esto es lo que sucede si un efector negativo acta, al fijarse, sobre la fijacin del sustrato. Lo mismo sucedera con un efector positivo. En enzimas alostricos oligomricos, el efecto en una subunidad modificara el sitio de unin del sustrato en el resto. El alosterismo homotrpico (interacciones homotrpicas) es conocido como cooperatividad. Se trata de la influencia que tiene la fijacin de un ligando a un protmero sobre la fijacin del ligando a un segundo protmero de una protena oligomrica. El protmero al que se une el efector cambia su conformacin, y esto causa el cambio de conformacin del protmero adyacente, modificando su afinidad hacia el ligando efetor o hacia un segundo ligando. El cambio conformacional puede ser inducido por un efector alostrico o por el sustrato. Este ltimo caso es el que se da en la hemoglobina.

Modelo concertado y secuencial

Las curvas de saturacin de ligando que se han observado experimentalmente han sido descritas matemticamente por varios modelos, de los cuales destacan el modelo concertado y el del encaje inducido secuencial. El modelo concertado se debe a Monod, Wyman y Changeaux. Segn este modelo solo existen dos estados, tenso y relajado, de los enzimas. Estos dos estados se encuentran en equilibrio. Los activadores y sustratos desplazan el equilibrio hacia la conformacin R, en la que se une al sustrato. Los inhibidores lo desplazan al estado T. El cambio conformacional en el protmero causa un cambio igual en el resto de subunidades del enzima. As pues, no hay estados intermedios. Este modelo no puede explicar la cooperatividad negativa y es muy restrictivo. El modelo secuencial se debe a Koshland, Nmethy y Filmer. En este modelo, el cambio conformacional en un protmero induce parcialmente un cambio conformacional en el adyacente. As, los protmeros contiguos van presentando una afinidad creciente o decreciente hacia el ligando. En este modelo existen gran cantidad de estados hbridos, intermedios. Estos estados dan lugar tanto a la cooperatividad como a las grficas sigmoideas de la velocidad inicial respecto a la concentracin de sustrato. A diferencia de lo que suceda con el anterior modelo, tanto la cooperatividad negativa como la positiva se pueden adaptar a este.

Subunidad reguladora
Por ltimo, hay que sealar que existen algunos enzimas importantes que tienen una subunidad reguladora distinta. Se unen al protmero cataltico provocando un cambio conformacional capaz de modular la actividad enzimtica.

MODULACIN ALOSTRICA DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones interconvertibles llamadas R (relajada) y T (tensa). R es la forma ms activa porque se une al sustrato con ms afinidad. Las formas R y T se encuentran en equilibrio R <==> T (Figura inferior):

Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R. Son los llamados moduladores positivos. El propio sustrato es a menudo un modulador positivo. Las molculas que favorecen la forma R pero que actan sobre una regin del enzima distinta del centro activo son los activadores alostricos (Figura inferior izquierda).
Activador alostrico: favorece la unin del sustrato Inhibidor alostrico: impide la unin del sustrato

Las sustancias que favorecen la forma T y disminuyen la actividad enzimtica son los moduladores negativos. Si estos moduladores actan en lugares distintos del centro activo del enzima se llaman inhibidores alostricos (Figura superior derecha) .
http://payala.mayo.uson.mx/Programa/regulaci%C3%B3n_de_la_actividad_enzim.htm