电子克 隆

利用公共数据库信息 , 借助
计算机软件分析 , 推测目的基因的编
码区序列 , 辅助全长 cDNA 克隆的方
法
 est
5’ 3’ Seed est (start est)
Search in est database

Search in est database

Search in est database

Search in est database

5’ Complete cDNA 3’
 AU184451

RICR2584A 99AS825

C25822 D004D07
AAAAAA

RICS1291A

ATG TAA
AU184451 D004D07
C25822 AAAAAA

RICR2584A 99AS825
RICS1291A

一个 est walking 的示 例 ---- 苹果酸脱 氢酶同 功酶 基因的 拼接

est walking 的优点和局限

优点 ：快 速，无 须实 验操作

局限 ：

5. est 库不均 一；

7. est 库测序 精度不 高

9. est 库中有 不完全 剪切 产物

 est, partial cds
Search in genomic
sequence database
Genomic sequence of est

gene Homolog search Search in

annotation based on a.a sequence est database

Correct annotated gene

by est and homolog

predicted gene
Design 5’-, 3’-primers based
on predicted sequnce

RT-PCR for cDNA

cloning and sequencing

WEBSITE FOR GENE PREDICTION

http://www.ebi.ac.uk/genemark/

http://www.softberry.com/

http://www.mattox.com/genome/exons.html
水稻 emf2 基因 的注 释和校 读示 例
 电子克隆优缺点

优点：
1. 充分利用现有的信息资源
A. 基因组测序结果
B. 其他物种的 est ， cDNA 信息
2. 特别适用于低丰度基因克隆
3. 高效 , 快速 , 工作量小

缺点和 局限 :
1. 必须经实验验证
2. 不适用以下种类的基因预测
A. 种间保守性差的基因
B. 外显子数目多而且每个外显子短的基因
Francis S. C. Nature. 2003,422:835-
847