MB7 : Bactériologie
B2 - Physiologie bactérienne
Janvier 2007H. Marchandin 1 Faculté de Médecine Montpellier - Nîmes
PHYSIOLOGIE BACTÉRIENNE
Objectifs
Connaître :• les principaux éléments de la physiologie bacté-rienne :- les conditions de la croissance bactérienne:* nutritionnelles* environnementales- la croissance bactérienne proprement dite :* division bactérienne* dynamique de la croissance• leurs implications dans la conduite d’un examenbactériologique et donc le diagnostic d’une infectionbactérienne
Plan
Principaux éléments dela physiologie bacté-rienneImplication lors del’examen bactériologi-que
Besoins nutritifs Choix des milieux decultureConditions environne-mentalesChoix de la températureet de l’atmosphèred’incubation des milieuxde cultureDivision bactérienne Délais de croissance et derendu des résultatsDynamique de la crois-sanceDénombrement, identifi-cation et antibiogramme
1. Définition
La physiologie bactérienne est la science des fonc-tions et des constantes du fonctionnement normaldes bactéries.
2. Besoins nutritifs des bactéries et milieuxde culture
2.1. Les besoins nutritifs des bactéries
Les bactéries sont des organismes vivants devanttrouver dans l’environnement l’ensemble des subs-tances nécessaires à leur énergie et à leurs synthèsescellulaires.Leur
source d’énergie
peut être de nature lumi-neuse (bactéries phototrophes) ou représentée par descomposés minéraux ou organiques divers : on parlealors de bactéries chimiotrophes. Parmi cette dernièrecatégorie de bactéries, on distingue les bactéries chi-miolithotrophes tirant leur d’énergie d’un élémentminéral et les bactéries chimioorganotrophes pourlesquelles la source d’énergie est un
élément organi-que. La plupart des bactéries d’intérêt médical sontdes bactéries chimioorganotrophes.La
source de carbone
nécessaire à la vie bactériennepeut être le dioxyde de carbone qui est la source decarbone exclusive pour les bactéries autotrophes alorsque les bactéries dites hétérotrophes utilisent le car-bone de substances organiques diverses comme unalcool, l’acide acétique, l’acide lactique, des sucresdivers, …).Les bactéries doivent également trouver dans leurenvironnement une
source d’azote
et une
source desoufre
. Les bactéries ont des
besoins inorganiques
(exemple du phosphore). Les autres éléments néces-saires à la vie bactérienne sont les
ions
comme lesodium, le potassium, le magnésium, le chlore ; divers
oligo-éléments
comme le manganèse, le nickel, lezinc, le sélénium, … ; divers
facteurs de croissance
comme des acides aminés (acide folique, acide nicoti-nique, …) ou des dérivés de l’hème et des
vitamines
: B6 (pyridoxine), K et dérivées, ...
2.2. Les milieux de culture
Leur
composition
doit
permettre la croissancebactérienne et doit donc tenir compte des besoinsnutritifs des bactéries. La composition de base de cesmilieux comprend :• des substrats nutritifs : acides aminés, peptides,bases nucléiques, sucres, …,• un système tampon assurant la constance du pH• des sels minéraux,• des vitamines,• d’autres facteurs de croissance pour certaines bacté-ries dites exigeantes : sang, protéines, hémoglobine, vitamines supplémentaires.On distingue
plusieurs types de milieux deculture
selon leur composition :- les milieux
synthétiques
de composition définie,- les milieux
semi-synthétiques
qui sont des milieuxsynthétiques additionnés d'un extrait d’organismescomme un extrait de levures contenant des facteursde croissance pour les bactéries,- des milieux
complexes
de réalisation empirique(extraits de viande, de levure, extraits enzymatiques,protéines ou peptones).On distingue également les milieux de cultureselon leur fonction :- les
milieux d’isolement
permettant la croissancede plusieurs espèces bactériennes,- les
milieux d’enrichissement
permettant de favo-riser la croissance d’une espèce en faible quantité dansun échantillon,
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- les
milieux enrichis
permettant la croissance desbactéries exigeantes,- les
milieux sélectifs
favorisant la croissance d’untype bactérien particulier tout en inhibant celle desautres types bactériens (exemple des milieux sélectifspour les bactéries à Gram positif contenant des anti-biotiques inhibiteurs des bactéries à Gram négatif).Ces milieux peuvent se présenter sous forme
liquide
: bouillons de culture en tubes ou en flacons(exemple des flacons d’hémoculture). La croissancebactérienne peut alors être objectivée par un troubledu bouillon après incubation de 2 à 15 jours à 37° Cle plus souvent. Les
milieux solides
sont le plussouvent des milieux gélosés en boîte de Pétri. Aprèsincubation de 24 à 72 heures à 37° C, la croissancebactérienne est objectivée par la mise en évidence decolonies bactériennes à la surface du milieu gélosé.Chaque bactérie présente initialement dansl’échantillon cultivé va donner une colonie.
Figure 1. Croissance bactérienne sur milieu gélosé contenantdu sang de mouton(à gauche : un seul type de colonies, à droite : culture polymi-crobienne).
Afin de permettre la croissance d’un maximum debactéries, un panel de différents milieux de culture variable selon l’analyse à effectuer sera utilisé : unecombinaison de deux milieux de culture est le plussouvent utilisée pour la mise en culture des urinesdans le cadre d’un examen cytobactériologique desurines (ECBU) alors qu'on peut être amené à ense-mencer jusqu'à neuf milieux de culture différents lorsde la réalisation d’une coproculture.
3. Conditions environnementales et condi-tions d’analyse
3.1. Conditions environnementales
Plusieurs facteurs environnementaux vont condi-tionner la croissance bactérienne :•
Le pH
: certaines bactéries se développent à pHcompris entre 6 et 8 : elles sont appelées bactériesneutrophiles (exemple :
Escherichia coli
), d’autres sedévelopperont préférentiellement à pH alcalin (>8) etsont appelées bactéries alcalinophiles (exemple :
Pseu- domonas
). Enfin, la croissance de certaines bactériesdites acidophiles est optimale à pH acide (<6) (exem-ple :
Lactobacillus
).•
La pression osmotique
: les bactéries ont unebonne tolérance générale au sel. Certaines bactériesdites halophiles nécessitent du chlorure de sodium(NaCl) pour leur croissance ; d’autres sont dites halo-tolérantes.•
La pression mécanique ou hydrostatique
: lesbactéries ont une bonne tolérance générale à la pres-sion ; certaines espèces vivants dans les grands fondsmarins supportent une pression très importantes etsont dites barophiles.•
La température
: cinq catégories de bactéries sontdifférenciées sur la base de leur fourchette de tempé-ratures de croissance :- les bactéries mésophiles dont la croissance est pos-sible de 10 à 45°C mais ayant une température opti-male de croissance comprise entre 30 et 37°C etparmi lesquelles se trouvent la plupart des bactériesd’intérêt médical,- les bactéries psychrophiles poussant de -15 à 20°C(optimum : 5-10°C) (exemple :
Listeria monocytogenes
,agent de la listériose, dont la croissance est optimale àla température des réfrigérateurs),- les bactéries psychrotropes se développant à destempératures de -5 à 35°C (optimum : 20-25°C),- les bactéries thermophiles poussent de 45 à 70°C,- les bactéries hyperthermophiles peuvant croître àdes températures > à 80°C.
• L’oxygène moléculaire
Les bactéries possèdent des modes respiratoires va-riés : certaines nécessitent de l’oxygène pour leurcroissance alors que, pour d’autres, l’oxygène peutêtre délétère.On distingue :1. Les bactéries
aérobies strictes
(exemple :
Pseudo- monas
) nécessitant une teneur en oxygène moléculairesuffisante pour pouvoir se multiplier,2. Les bactéries
micro-aérophiles
(exemple :
Campy- lobacter
) se développant uniquement lorsque la teneuren oxygène moléculaire est réduite,3. Les bactéries
aéro-anaérobies facultatives
(exemple :
Escherichia coli
) dont la croissance n’est pasaffectée par la concentration en oxygène moléculaire,4. Les bactéries
anaérobies strictes
ne se dévelop-pant qu’en absence d’oxygène (exemple :
Clostridium
).
Figure 2. Représentation schématique des différents modesrespiratoires dans le monde bactérien.
3.2. Conditions d’analyse bactériologique
En pratique, afin de pouvoir réunir les conditionsenvironnementales favorables à la croissance d’un
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Coloniebactérienne
Croissancebactérienne
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maximum de bactéries différentes, les laboratoires debactériologie disposent d’étuves permettantl’incubation des milieux de culture ensemencés àdiverses températures (30°C, 37°C, …) et des systè-mes permettant la création des atmosphères microaé-rophiles et anaérobies (exemple : jarres avec généra-teurs d’atmosphère particulière).
4. Division bactérienne, délai de croissanceet délai des résultats
4.1. Division bactérienne
La croissance bactérienne est un accroissementordonné et coordonné de tous les composants de labactérie. Le nombre de bactéries augmente entraînantun appauvrissement du milieu de culture en nutri-ments et un enrichissement du milieu en sous-produits du métabolisme.Les bactéries sont des organismes asexués dont lareproduction a lieu par division cellulaire ou
repro-duction binaire
encore appelée
scissiparité
.La reproduction se fait selon trois phases :- Allongement de la bactérie,- Duplication des constituants,- Séparation
Figure 3. Bactérie en cours de division(la flèche représente la zone de future séparation des deuxbactéries néo-formées).
Une bactérie mère va donc engendrer deux bacté-ries filles identiques qui pourront à leur tour se diviserpar scissiparité. L’ensemble des bactéries issues d’unemême cellule mère formera une colonie bactérienne.
Figure 4. Représentation schématique de la division bacté-rienne par scissiparité.
4.2. Délais de croissance
Le temps de division et les délais de croissancedépendent de l’espèce bactérienne et des conditionsdu milieu extérieur (favorables ou défavorables).
Tableau 1. Temps de génération de quelques espèces bacté-riennes.
Bactérie
In vitro
In vivo
(min) (h)
Escherichia coli
20-40 5
Staphylococcus aureus
40 3-5
Pseudomonas aeruginosa
40 4
Mycobacteriumtuberculosis
120-240 24-48
4.3. Délais d’obtention des résultats de l’analyse cytobactériologique
Les délais de croissance bactérienne condition-nent le délai de l’analyse et donc du rendu des résul-tats. L’analyse cytobactériologique des urines permet-tant le diagnostic d’une infection urinaire à entérobac-térie (
Escherichia coli
ou
Klebsiella pneumoniae
par exem-ple) durera dans la plupart des cas 48 heures environalors que le diagnostic bactériologique d’un cas detuberculose causé par
Mycobacterium tuberculosis
peutnécessiter un délai de 4 semaines.
5. Dynamique de la croissance bactérienneet implication dans le diagnostic bactériolo-gique
5.1. Dynamique de la croissance bactérienne
La croissance bactérienne est un phénomènedynamique qui comporte six phases représentéesschématiquement dans la figure suivante.
Figure 5. Courbe de croissance bactérienne en milieu liquideadapté non renouvelé(en abscisse figure le temps d’incubation et en ordonnée lavaleur logarithmique du nombre de bactéries).
- Phase 1 :
phase de latence
: la croissance est nulle,il y a accoutumance des bactéries à l’environnement,- Phase 2 :
phase d’accélération
avec augmentationde la vitesse de croissance,- Phase 3 :
phase de croissance exponentielle
durant laquelle le taux de croissance est maximal,
Etc, …
1 colonie bactérienne
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