Tidak seperti analisis PCR tradisional, RAPD (diucapkan "cepat") tidak memerlukan pengetahuan khusus dari urutan DNA

dari organisme sasaran: 10-mer primer identik akan atau tidak akan memperkuat segmen DNA, tergantung pada posisi yang saling melengkapi primer 'urutan. Sebagai contoh, tidak ada fragmen dihasilkan jika anil primer terlalu jauh atau berakhir 3 'primer tidak saling berhadapan. Karena itu, jika telah terjadi mutasi pada DNA template yang di lokasi yang sebelumnya melengkapi primer, produk PCR tidak akan diproduksi, menghasilkan pola yang berbeda dari segmen DNA pada gel diperkuat. Contoh RAPD merupakan metode mengetik murah namun kuat untuk banyak spesies bakteri. RAPD profil, misalnya Perak bernoda polyacrylamide gel menampilkan tiga profil RAPD yang berbeda dihasilkan oleh primer OPE15 untuk Haemophilus ducreyi isolat dari Tanzania, Senegal, Thailand, Eropa, dan Amerika Utara. Memilih urutan yang tepat untuk primer sangat penting karena urutan yang berbeda akan menghasilkan pola band yang berbeda dan mungkin memungkinkan untuk pengakuan lebih spesifik strain individu. Keterbatasan RAPD Hampir semua penanda RAPD yang dominan, yaitu tidak mungkin untuk membedakan apakah suatu segmen DNA diamplifikasi dari lokus yang heterozigot (1 copy) atau homozigot (2 eksemplar). Co-dominan penanda RAPD, diamati sebagai yang berbeda-ukuran segmen DNA diamplifikasi dari lokus yang sama, jarang terdeteksi. PCR reaksi enzimatik, sehingga kualitas dan konsentrasi DNA template, konsentrasi komponen PCR, dan kondisi PCR bersepeda sangat mungkin mempengaruhi hasilnya. Dengan demikian, teknik RAPD ini sangat tergantung dan kebutuhan laboratorium laboratorium hati-hati protokol dikembangkan untuk direproduksi. Ketidaksesuaian antara primer dan template dapat mengakibatkan ketiadaan total dari produk PCR serta dalam jumlah penurunan hanya produk. Dengan demikian, hasil RAPD bisa sulit untuk menafsirkan. Mengembangkan Lokus-spesifik, Co-dominan Penanda dari RAPDs Band penanda RAPD polimorfik diisolasi dari gel. Hal ini diperkuat dalam reaksi PCR. Produk PCR diklon dan diurutkan. Primer lebih lama dan spesifik baru ini dirancang untuk urutan DNA, yang disebut sequencing Ditandai Amplified Daerah Marker (SCAR).