ANALISIS KEKERABATAN

BUDI IRAWAN
LAB. TAKSONOMI TUMBUHAN

JURUSAN BIOLOGI UNPAD

TUJUAN

Mengetahui jauh-dekatnya hubungan kekerabatan antara takson-takson (OTU=Operational Taxonomy Unit) yang diuji

PENDEKATAN

FENETIK - Berdasarkan derajat kesamaan dari ciri-ciri yang dipilih - Tanpa memperhatikan faktor evolusi - Hasilnya dalam bentuk Fenogram/Dendrogram

PENDEKATAN (lanjutan)

Phylogenetik - Berdasarkan kesamaan ciri moyangnya - Memperhatikan faktor evolusi - Hasilnya Cladogram

Prinsip Kerja Analisis Fenetik

Menentukan Operational Taxonomy Unit (OUT) Menentukan ciri dan sifat ciri,lalu ditentukan kode numerik (choding characters) Menghitung nilai koefisien kesamaan, setiap OUT yang diuji Membuat Dendrogram=pohon kekerabatan

Penghitungan Nilai Koefisien

Nilai Koefisien Kesamaan Nilai koefisien Ketidaksamaan MENUNJUKAN JARAK KEKERABATAN

Metode
Jaccard Simple Matching Coeficient (SMC) Besarnya nilai perbandingan antara jumlah total ciri berkode sama pada dua OTU dibagi dengan jumlah total ciri Dengan Rumus : Sij = a + d p Dimana Sij= Nilai Koefisien kesamaan antara OTUi dan OTUj, a dan d adalah jumlah ciri berkode sama, p adalah jumlah total ciri

Contoh
OTU/ci ri A
B C D

1
1 1 1 0

2
1 0 1 0

3
0 0 1 0

4
0 0 0 1

5
1 0 1 1

Nilai Koefisien kesamaan

OTU A & B = 3/5=0,6 A & C = 4/5=0,8 A & D = 2/5=0,4 B & C = 2/5=0,4 B & D = 2/5=0,4 C & D = 1/5= 0,2

Nilai Koefisien disusun ke dalam matriks

Matriks Nilai kesamaan

OTU
A B C D

A
1 0,6 0,8 0,4

1 0,4 0,4 1 0,2 1

Clustering Methods

Single Linkage Clustering Nilai koefisien kesamaan paling besar Complete Linkage Clustering Nilai koefisien kesamaan paling kecil Average linkage Clustering rata-rata nilai koefisien kesamaan

Contoh Dendrogram
Bombay Batu

Maja

BmBreb

Menteng

Sumenep

Kuning

KnGbng

0.29

0.43

0.56

0.70

0.83

Coefficient