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Genoma Humano Pasada

Genoma Humano Pasada

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Genoma Humano
M\u00e1s all\u00e1 de secuenciar y caracterizar las prote\u00ednas, la asociaci\u00f3n procesos enzim\u00e1ticos a la
integraci\u00f3n total de complejos que unen v\u00edas metab\u00f3licas que trabajan para un fin conjunto.
Cuando empieza el PGH hay unos pocos genomas secuenciados. Pero actualmente hay un
n\u00famero mayor de especies secuenciadas en procariontes y eucariontes.

En t\u00e9rminos generales, sabemos que los organismos son muy variados. Tenemos los dos extremos un oso polar y una bacteria term\u00f3fila. Y esas caracter\u00edsticas distintas se ven reflejadas en la naturaleza como genomas de tama\u00f1os y estructuras distintas. Los virus tienen material gen\u00e9tico, es complejo considerarlo como vivo. Se pueden considerar como genoma que no son independiente ni como genoma ni como organismo.

Podemos encontrar virus de 5000 pb, plantas de 10 a la 11 pb. No solo hay diversidad en t\u00e9rminos estructurales, sino tambi\u00e9n en cuanto a tama\u00f1os gen\u00f3micos. Si vemos los tama\u00f1os gen\u00f3micos de los procariontes vemos que por lo general son peque\u00f1os. En esta lista vemos organismos que se tratan de eubacterias, que van desde 640mil pb a 4 millones y medio de pb. El n\u00famero de genes estimados a partir de esos genomas oscila entre 500 y 4000 genes. En procariontes hay tama\u00f1os gen\u00f3micos y g\u00e9nicos son muy peque\u00f1os. Lo que tienen va a codificar. Si uno hace una recta entre los tama\u00f1os de los genomas y cantidades de dna, damos cuenta que los tama\u00f1os del genoma crece en funci\u00f3n de la cantidad de genes. Lo cual es lo esperable, si un organismo aumenta la cantidad de genes tienen que ponerlos en alg\u00fan lugar. En procariontes no hay intrones, una parte de sus genes est\u00e1n organizados en operones, comparten regiones reguladoras y promotoras (como parte de los operones) y las regiones interg\u00e9nicas muy cortas.

En genomas eucariontes la cosa cambia. En eucariontes unicelulares y multicelulares son diferentes, los tama\u00f1os gen\u00f3micos son mayores en multicelulares. En el caso de los n\u00fameros de genes son mayores tambi\u00e9n. Pero un detalle importante como que cuando miramos algunos genomas de organismos no vertebrados, los tama\u00f1os del genomas son m\u00e1s peque\u00f1os que los de vertebrados. Y las cantidades de genes no necesariamente son m\u00e1s peque\u00f1as. Aqu\u00ed vemos un ejemplo una planta y rat\u00f3n, los cuales difieren en su genoma por m\u00e1s de un orden de magnitud, pero que no difieren en genes en forma importante. No hay una relaci\u00f3n necesaria entre cantidad de genes, tama\u00f1o gen\u00f3mico y \u201ccomplejidad\u201d.

Esto se explica en la organizaci\u00f3n de los genes en eucariontes presentan intrones, por consiguientes son discontinuos, tienen extensas regiones reguladoras 5`y 3`, los RNAm tienen acceso a regiones extensas no traducibles. A diferencias de regiones que se leen hasta el final en procariontes. Desde el punto de vista de los genes en su estructura, deber\u00edamos tener genomas bastante m\u00e1s grandes. El otro factor aparte de que los genes sean m\u00e1s grandes, es que hay mucha cantidad de dna espaciador (extrag\u00e9nico), y es esto lo que da un salto cu\u00e1ntico cuando pasamos de unicelulares a pluricelulares y de vertebrados a no vertebrados. En un ejemplo m\u00e1s claro en E. coli tiene dna extrag\u00e9nico en menor cantidad, en cambio en humano hay grandes zonas de dna que no corresponden a ning\u00fan gen.

En un resumen final, tendr\u00edamos que para bacterias tenemos genes sin intrones agrupados en operones y en una estructura bastante compacta. Y en eucariontes tenemos de todo: genes con intrones y dna espaciador (que varia si nos pasamos de levadura a drosophila y humanos). Si llevamos esto a tablas:

Uno se puede dar cuenta que en eucariontes hay un cierto numero de genes continuos y discontinuos, tenemos una gr\u00e1fica en donde en el eje de las x coloca cantidad de exones y en eje y el % que representa dentro del genoma del organismo. El n\u00famero de exones crece progresivamente cuando pasamos de eucariontes unicelulares a mam\u00edferos.

Si uno ve la estructura de los genes en torno al tama\u00f1o de los genes, vemos que a mayor cantidad de exones hace que el gen sea m\u00e1s grande. Y al comparar los mismo organismos uno encuentra que los tama\u00f1os gen\u00f3micos crecen y la curva se desplaza a tama\u00f1os de genes mayores.

Expresi\u00f3n de los genes codificantes, lo que surge de la diapo anterior, cuando uno habla de
complejidad tiene que ver con c\u00f3mo se las arregla un organismo para vivir con pocos genes.

Cuando se inicio el proyecto genoma se esperaba encontrar 120000 genes (de acuerdo a una regla de tres, complejidad v/s tama\u00f1o gen\u00f3mico). Lo que se obtuvo fue que hay entre 26000 genes y algunos m\u00e1s por identificar. \u00bfc\u00f3mo se explica mayor complejidad con pocos genes? Puede ser splicing alternativo (procesamiento de mensajero) este permite a partir de un mismo gen poder tener varios productos g\u00e9nicos. Otra opci\u00f3n son las interacciones interg\u00e9nicas, estas ocurren en organismos de menor complejidad. Pero pensando m\u00e1s que nada en la estructura del genoma, deber\u00edan haber m\u00e1s funciones ya que son m\u00e1s complejos ya que hay m\u00e1s cantidad de productos g\u00e9nicos. Los factores que hacen que podamos tener m\u00e1s funciones que los genes que tenemos: una es el splicing alternativo, edici\u00f3n de los genes (diping: cambio de algunos nucle\u00f3tidos post transcripcional que permite producir modificaciones que no est\u00e1n codificadas en el genoma), uso alternativo de promotores y uso de terminadores alternativos (que pueden ser regulados o no, dependiendo del tipo de prote\u00ednas que se pretende formar, en donde el rna polimerasa se puede pasar de largo en transcripci\u00f3n y codificar una hebra m\u00e1s larga u otras veces m\u00e1s corta). En el caso de humanos m\u00e1s del 40% de los genes tienen splicing alternativo, por lo cual uno obtiene una gran cantidad de prote\u00ednas y se obtienen m\u00e1s de los 120000 funciones propuestos al comienzo, con solo unos 20000 genes.

El PGH tiene una historia relativamente larga y tiene dos puntos de resoluci\u00f3n el 2001, cuando se publica el borrador del genoma humano, y el 2003 cuando se anuncia que el genoma ya est\u00e1 secuenciado. De ah\u00ed en adelante viene un proceso asociado a ver como son las interacciones reales, cu\u00e1les son los productos g\u00e9nicos, etc. El PGH hab\u00eda sido abordado en forma sectorial por laboratorio en donde solo se estudiaban los gene que a cada laboratorio le interesaba. Pero luego grandes institutos en varios pa\u00edses se distribuyen el genoma en t\u00e9rminos de cromosoma para ir secuenciando. Esta estrategia es bastante conservadora, esta estrategia consist\u00eda en separar el fragmento de cromosoma, luego es digerida con endonucleasas, se obtienen trozo de gran tama\u00f1o, estos trozos se pueden clonar en BAC o YAC. luego uno cr\u00eda esa levadura o bacteria y obtiene copias de ese trozo, se extrae el dna y se digiere nuevamente. Se vuelve a clonar en otro organismo hasta llegar un tama\u00f1o de fragmento de 3000 pb que quedan clonados en plasmidios. Aqu\u00ed ya se sabe la secuencia completa de estos trozos, pero \u00bfc\u00f3mo volvemos a tener la hebra completa? no es tan dif\u00edcil porque se puede hacer alineamiento con herramientas que comparan secuencias y se van comparando entre varios sets de fragmento, y se ven los extremos que coincidan y se va obteniendo el cromosoma que se desea. Es un proceso progresivo, la gracia de esto es que cuando uno corta con enzimas de restricci\u00f3n, estas pueden cortar en diferentes puntos. Esto permite que uno obtenga secuencias de dna sobrelapadas, estas zonas coinciden al alinearlos y por lo tanto se va obteniendo la secuencia completa.

Una empresa privada se independizo del consorcio internacional, y se opt\u00f3 por una t\u00e9cnica m\u00e1s dr\u00e1stica. Se digiere totalmente el dna, se obtienen fragmento muy peque\u00f1os y ese pedacito de clona, se secuencia todo y se arma el genoma. La estrategia es m\u00e1s r\u00e1pida pero c\u00f3mo de trocitos peque\u00f1os se arma todo el genoma. La ventaja que ten\u00eda es que el PHG del consorcio p\u00fablico se iba secuenciando en forma aparte pero paralela el dna (con el m\u00e9todo conservador), y de acuerdo a esa informaci\u00f3n puede ir comparando su secuencia para saber si esta en lo correcto. La otra ventaja es que cuando se terminara de secuenciar los trocitos, iba a crear un software que hiciera todo este trabajo se secuenciar, y lo logr\u00f3.

Todo esto requer\u00eda que existiera una estructura del cromosoma, ten\u00eda que ver con un mapeo g\u00e9nico y f\u00edsico. Esto permit\u00eda saber en que lugar se encontraba cada gen. Si no hubiera un mapa f\u00edsico o gen\u00e9tico probablemente ninguno de los dos (consorcio p\u00fablico y privado) podr\u00edan haber obtenido el genoma.

Aqu\u00ed vemos organismos que est\u00e1n secuenciados: drosophila, fucus (pez), pez cebra, etc.

Generalidades del genoma, no han cambiado mucho los grandes n\u00fameros. 3200 mega bases es el tama\u00f1o del genoma completo, es variable esto porque hay partes del genoma que no son constantes. Las regiones centrom\u00e9ricas son repeticiones que pueden variar en miles de pb entre una persona y otra. La secuencia publicada al 2001 era de 2910 pb al 2003 eran 3017 pb. Nuestro genoma tiene mayor contenido en AT 54%, genoma repetido 35%, genes identificados 26000

(gracias a secuencias comparadas con un tipo de pez). Los genes con funci\u00f3n desconocida van disminuyendo, y los genes con procesamiento alternativo. Con el tiempo se ver\u00e1 que la gran mayor\u00eda de los genes tiene procesamiento alternativo.

Para ver el genoma humano primero abordaremos lo que esta asociado a la parte codificante, pero primero veremos la parte estructural. No se debe perder la relaci\u00f3n entre genoma, con el hecho de que tiene comportamiento mit\u00f3tico y mi\u00f3tico particulares.

Ah\u00ed vemos el cariotipo humano ordenados por tama\u00f1o y posici\u00f3n del centr\u00f3mero. En general se muestra con bandeo G. El genoma esta dividido en veintitantos fragmentos que van desde millones de pb, y no son m\u00e1s que dna muy compactado. Se parte de una secuencia nucleot\u00eddica, con la estructura de nucleosomas. Esa foto que sale en el de Robertis, vemos que luego de ser tratada con una enzima proteica, se esta condensando el dna en el cromosoma y vemos el descondensado.

El bandeo G permite detectar las regiones ricas en AT. Y produce ese tipo de bandeo que es bandas G+ (AT) y bandas G- (GC). El cromosoma en general tiene un constricci\u00f3n primaria que es la del centr\u00f3mero en donde se organiza el complejo sinapton\u00e9mico. Y una constricci\u00f3n segundaria en el tel\u00f3mero que se da en los cromosomas 13, 14, 15, 21 y 22, que se llama sat\u00e9lite y esta asociada con los genes ribosomales. Esto participa en la organizaci\u00f3n de nucleolo (NOR). Los cromosomas se les designa su brazo dependiendo del largo en p y q, con el p hacia arriba.

Algunas generalidades... las bandas G+ replican tard\u00edamente aunque no es absoluto, y son pobres
en genes. En cambio las bandas G- replican tempranamente y son ricas en genes.

Si uno se remonta a la historia, vemos que de todo el genoma (como se ve en la diapo) tiene un 2% que se expresa en prote\u00ednas. Dentro de ese genoma, una buena parte son intrones un 25%, lo que nos deja que el 75% restante no tiene mucho que ver con la funci\u00f3n de expresi\u00f3n de prote\u00ednas. Y aqu\u00ed vemos estructuras de elementos repetidos del tipo LINEs o SINEs que son retrotramposones. La regi\u00f3n que se ve morada son secuencias \u00fanicas no g\u00e9nica dispersas a lo largo de todo el genoma. Entonces tenemos un 25% de genes que codifican de los cuales se expresan en prote\u00ednas un 2% o menos.

1 mega base = 1 mill\u00f3n de pares de bases.

\u00bfc\u00f3mo uno puede explicar en un splicing alternativo cu\u00e1les son intrones o exones? En realidad es un gen que puede tener decenas de exones y son solo unos pocos involucrados en lo que se quiere copiar. Y cuando un ex\u00f3n no est\u00e1 en la prote\u00edna final se comporta como un intr\u00f3n. El splicing alternativo est\u00e1n asociados con sitios dadores o aceptores de splicing que est\u00e1n dentro de los intrones, de tal manera que la enzima puede saltar el intr\u00f3n. De tal forma que solo se copia el ex\u00f3n necesario. Entonces el ex\u00f3n que codifica para una prote\u00edna es un ex\u00f3n funcionalmente, en cambio un ex\u00f3n que no se exprese en esa prote\u00edna que estoy buscando se comporta como un intr\u00f3n. Por ello es dif\u00edcil dar categor\u00edas a exones e intrones.

Cuando miramos el contenido GC, vemos un gr\u00e1fico en donde las barras azul son % de genoma, en amarillo % de genes. Cuando miramos las regiones con 45 a 55% de GC el genoma que cae en esa regi\u00f3n es poco. Entonces un 18% del genoma contiene al 25% de los genes. Es decir hay un marcado aumento de la cantidad de genes en regiones que son de mayor contenido g\u00e9nico. Y se ve m\u00e1s claro en este otro gr\u00e1fico en donde muestra densidad g\u00e9nica relativa v/s contenido CG y a mayor contenido CG aumenta la cantidad g\u00e9nica relativa. Eso es respecto al dna que codifica.

El otro 75% del genoma humano es el que tiene menos tiempo de ser estudiado y ha sido mirado de distintas formas a lo largo del tiempo. Cuando se dieron cuenta que hab\u00eda dna que no codificaba lo declararon dna basura. Este dna se divide en dna \u00fanico o en bajo n\u00famero de copias y el moderadamente o altamente repetitivo. Este conjunto de dna \u00fanico es variable, uno puede encontrar gene virales, genes de organismos bacterianos que han sido transferido de manera horizontal y que se incorporan permanentemente al genoma. La transferencia horizontal es la transferencia de genes entre organismos de distinta especie (no en forma heredada), puede ser una infecci\u00f3n por virus (herpes, hepatitis b, varicela).

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