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Este processo requer energia e ela aparece-nos sob a forma de ATP. Além de
energia, o anabolismo requer uma fonte de electrões reservada, pois o anabolismo é um
processo redutivo e os electrões são adicionados às pequenas moléculas enquanto estas
são usadas para formar as macromoléculas.
Resumindo…
1. Fase citoplasmática
2. Fase membranar
3. Fase parietal
Fig 8.1: Síntese do peptidoglicano
Outra síntese que estudamos nos procariotas é a síntese do DNA. Esta síntese é
mais normalmente chamada de Replicação do DNA, e é importante para a duplicação
do material genético. É semiconservativa, ou seja, as moléculas filhas contêm uma
cadeia igual à molécula mãe e uma cadeia nova. O DNA na E. coli é circular e a
replicação começa num único local, a origem (ver figura 8.3). Daí se dizer que o
genoma bacteriano é um replicão. Quando se dá a conjugação da E. coli, observa-se um
diferente tipo de mecanismo chamado “rolling-circle replication”, que é também
observado quando há replicação de plasmídeos e reprodução de alguns vírus. Durante
este processo, a extremidade 3’-OH livre cresce por obra das enzimas da replicação. À
medida que esta extremidade cresce, enquanto o growing point anda à volta do molde
circular, a extremidade 5’ é retirada (do inglês, “displaced”) e forma uma cauda que está
constantemente a crescer. Este mecanismo é particularmente útil para os vírus porque
permite uma produção rápida e contínua de muitas cópias do genoma a partir de um
único evento de iniciação.
As enzimas que catalisam a síntese do DNA são as chamadas DNA polimerases.
A E. coli possui três: a I, que está envolvida em mecanismos de reparação de DNA, a II
e a III, que está mais envolvida na replicação do DNA, mas para funcionar tem existir
um primer, uma molécula iniciadora, que possui sequências curtas de ácidos nucleicos,
com a extremidade 3’-OH livre, que se vai ligar à cadeia complementar. Todas as DNA
polimerases conhecidas catalisam a síntese de DNA na direcção 5’ para 3’.
Para que as DNA polimerases catalizem uma cadeia complementar de DNA, são
necessárias três coisas: (1) um molde, que se leia na direcção 3’ para 5’, (2) um primer e
(3) dNTPs.
Na E. coli, a replicação começa quando um conjunto de proteínas DnaA se liga
a sequências de nucleótidos específicas no sítio de origem da replicação (o locus oriC).
Estas proteínas hidrolisam ATP de modo a que as ligações de hidrogénio que ligam as
duas cadeias de DNA se partam e o molde seja de apenas uma cadeia. Mas não só estas
proteínas conseguem manter esta única cadeia funcional. Outras proteínas, como as
helicases, as single-stranded DNA binding proteins (SSBs) e as topoisomerases ajudam-
nas.
As helicases são responsáveis por desenrolar as cadeias de DNA. As SSBs
mantêm as cadeias longe umas das outras assim que elas são separadas e as
topoisomerases aliviam a tensão gerada pelo rápido desenrolamento da dupla hélice.
Isto é importante porque por causa deste rápido desenrolamento, pode haver formação
de superenrolamentos positivos na hélice e estes podem impedir a replicação se não
forem removidos. A enzima DNA girase (uma topoisomerase) desfaz os
superenrolamentos positivos que ocorrem à frente da bifurcação de elongação durante a
síntese do DNA.
Assim que o molde estiver preparado, o primer que é necessário para a DNA
polimerase III pode ser sintetizado. Este é sintetizado por uma primase, com a ajuda de
outras proteínas – formando um complexo chamado primossoma.
Como a DNA polimerase deve sintetizar DNA na direcção 5’ para 3’, apenas
uma das cadeias, chamada cadeia líder ou primária, pode ser sintetizada
continuamente na sua terminação 3’, à medida que o DNA desenrola. A outra cadeia,
chamada de cadeia secundária, não se pode formar na mesma direcção pois não há
nenhuma extremidade 3’-OH livre onde os nucleótidos possam ser ligados. Então, esta
cadeia é sintetizada descontinuamente na direcção 5’ para 3’ como uma série de
fragmentos, chamados de fragmentos Okazaki (que são pequenos fragmentos de
cadeias de DNA simples que se emparelham com a cadeia complementar, que se ligam
covalentemente na extremidade 5’ a um primer).
Ou seja; enquanto a cadeia primária precisa apenas de um primer (e apenas um
primossoma) para iniciar a síntese, a cadeia secundária precisa de vários primers e
vários primossomas, que serão, depois, eventualmente retirados. Quando isso acontece,
os fragmentos Okazaki são ligados pela enzima DNA ligase, que forma uma ligação
fosfodiéster entre a extremidade 3’-hidroxil da cadeia que está a crescer e a extremidade
5’-fosfato do fragmento de Okazaki.
Fig 8.3: Genoma bacteriano é circular. Na figura maior, síntese do DNA
resumida.
Esta síntese é feita, tal como a do DNA, na direcção 5’ -> 3’, com os nucleótidos
a serem adicionados à terminação 3’ da cadeia que cresce. É produzido pirofosfato que é
depois hidrolisado a ortofosfato. Esta reacção faz com que a síntese do DNA e RNA
seja irreversível.
A transcrição envolve três processos distintos: iniciação, elongação e
terminação. Apenas uma pequeno segmento de DNA é transcrito (enquanto que na
replicação do DNA é preciso que todo o molde seja copiado) e a iniciação começa
quando a RNA polimerase se liga à região promotora do gene. É nesta altura que o
factor sigma entra. Ele vai reconhecer a região promotora do gene e vai fazer com que
se dê o início da transcrição. É de notar que o factor sigma serve apenas para reconhecer
a região promotora e fazer com que a RNA polimerase se ligue lá, de modo a começar a
transcrição. Ele sai dessa zona mesmo antes da transcrição em si começar.
Essas regiões promotoras onde se vai iniciar a transcrição têm, nas bactérias,
duas características: uma sequência de seis bases (muitas vezes TTGACA) que se situa
35 pares de bases antes do local de iniciação da transcrição, e uma sequência TATAAT
que se situa 10 pares de bases abaixo do mesmo local. Estas regiões são chamadas -35 e
-10 sites. É entre eles (e até ao local +1, onde se inicia a transcrição) que se situa a
região promotora, onde a RNA polimerase se liga. Assim que estiver ligada, a RNA
polimerase começa a desenrolar o DNA sem a ajuda de helicases. O sítio -10 é rico em
adeninas e timinas, o que faz com que as ligações de hidrogénio que mantém a dupla
hélice do DNA enrolada sejam mais fáceis de serem “partidas”. Quando o DNA é
desenrolado nesta zona, forma-se o “open complex”, que se move com a RNA
polimerase à medida que esta procede à transcrição de mRNA a partir do DNA, durante
a elongação. É também durante a elongação que mRNA’s com uma única cadeia são
libertados e as duas cadeias de DNA ficam de novo com a sua estrutura de dupla hélice.
A terminação da transcrição dá-se quando a RNA polimerase se dissocia do
molde de DNA. Isso acontece quando a enzima encontra no gene sequências de
nucleótidos que a “mandam” parar de sintetizar mRNA – sequências terminadoras.
Forma-se então mRNA com dois genes (formam operão – conjunto de genes
transcritos pelo mesmo DNA e dependentes do mesmo promotor).
Fig 8.6: Outra imagem relativa à transcrição: aqui pode ver-se as três fases desta
síntese.
A última síntese de que falamos é a Síntese Proteica nos procariontes. Esta dá-se
por interacção entre os ribossomas e o mRNA. O ribossoma procariótico é constituído
por duas subunidades, 30S e 50S, sendo que quando juntas, perfazem um valor de
sedimentação de 70S (ver Fig 8.7). Estas subunidades são construídas a partir de uma
ou duas moléculas de rRNA e muitos polipéptidos. A região do ribossoma directamente
responsável pela tradução é chamada de domínio da tradução. Ambas as subunidades
contribuem para este domínio.
A síntese proteica pára assim que o ribossoma chega a um destes três codões –
UAA, UAG e UGA. Estes são encontrados no mRNA.
- Lincosamidas
- Oxazolidinonas
- Everninomicinas
- Streptogaminas