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Table Of Contents

1.1.4 Utilisation de fonctions
1.2.1 Nature (au type, au mode) des donnees
1.2.1.1 Type numerique (numeric)
1.2.1.2t Type complexe (complex)
1.2.1.3 Type boolean ou logique (logical)
1.2.1.4 Donnees manquantes (NA)
1.2.1.5 Type chaines de caractcres (character)
1.2.1.6t Donnees brutes (raw)
TAB. 1.1: Les differents types de donnees en R
1.2.2 Structure des donnees
1.2.2.1 Les vecteurs (vector)
1.2.2.2 Les matrices (matrix) et les tableaux (arrays)
1.2.2.3 Les listes (list)
1.2.2.4 Le tableau individusxvariables (data. frame)
TAB. 1.2: Les differentes structures de donnees en R
Fiche de TP
Importation-exportation et production de donnees
Importer des donnees
2.1.1 Importer des donnees depuis un fichier texte ASCII
TAB. 2.1: Fonctions d'importation de donnees
2.1.1.1 Lecture de donnees avec read. table()
2.1.1.2 Lecture de donnees avec read. ftable ()
2.1.1.3 Lecture de donnees avec la fonction scanO
2.1.2.1 Utiliser Ie copier-coller
2.1.2.2 Passer par un fichier ASCII interrnediaire
2.1.2.3 Utiliser des packages specialises
2.1.4 Les gros fichiers de donnees
Exporter des donnees
2.2.1 Exporter des donnees vers un fichier texte ASCII
2.2.2 Exporter des donnees vers Excel ou OpenOffice Calc
Creation de donnees
2.3.1 Entrer des donnees jouets
2.3.2 Generer des donnees pseudo-aIeatoires
2.3.3 Entrer des donnees issues d'un support papier
Termes aretenir
Manipulation de donnees
Operations sur les vecteurs, matrices et listes
3.1.2 Le recyclage
3.1.3 Fonctions basiques
3.1.4 Operations sur les matrices au les data.frames
3.1.4.1 Informations sur l'architecture
3.1.4.2 Fusion de tables
3.1.4.3 La fonction applyO
3.1.4.4 La fonction sweepO
3.1.4.5 La fonction stackO
3.1.4.6 La fonction aggregate 0
3.1.4.7 La fonction transformO
3.1.5 Operations sur les listes
Operations logiques et relationnelles
TAB. 3.1: Operateurs et fonctions agissant sur ou creant des logiques
Operations ensemblistes
3.4.1 Instructions de condition
3.4.2 Instructions de boucles
3.5.1 Extraction/Insertion dans les vecteurs
3.5.2 Extraction/Insertion dans les matrices
3.5.3 Extraction/Insertion dans les arrays
3.5.4 Extraction/Insertion dans les listes
Manipulation de chaines de caracteres
Manipulation de dates et d'unites de temps
3.7.1 Affichage de la date courante
3.7.2 Extraction de dates
3.7.3 Operations sur des dates
R et sa documentation
_ Aide integree au logiciel R
4.1.1 La commande help()
4.1.2 Quelques commandes complement.aires
t Aide accessible sur I'Internet
4.2.1 Moteurs de recherche
4.2.2 Forums de discussion
4.2.3 Listes de diffusion (mailing lists)
Techniques pour tracer des courbes et des graphiques
Les fenetres graphiques
5.1.1 Feriet.re graphique de base, manipulation, sauvegarde
5.1.2 Decoupage de la fenet.re graphique: layout ()
Les fonctions de trace de bas niveau
5.2.1 Les fonctions plot () et points ()
5.2.3 La fonction arrows e)
5.2.4 La fonction pol ygonO
5.2.5 La fonction curve()
5.2.6 La fonction box ()
La gestion des couleurs
5.3.1 La fonction colors ()
5.3.2 Le codage hexadecimal des couleurs
5.3.3 La fonction image ()
5.4.1 La fonction text ()
5.4.2 La fonction mtext ()
Titres, axes et legendes
5.5.1 La fonction title()
5.5.2 La fonction axis ()
5.5.3 La fonction legend()
L'interaction avec Ie graphique
5.6.1 La fonction locator()
5.6.2 La fonction identifyO
t La gestion fine des parametres graphiques pare)
TAB. 5.2: Parametres de gestion de la couleur
TAB. 5.3: Parametres de gestion du texte affiche sur le graphique
TAB. 5.4: Parametres pour la gestion des axes
TAB. 5.5: Parametres pour la gestion des lignes et symboles
t Graphiques avances rgl, lattice et ggplot2
Exercices
Developper des fonctions
6.2.2 Concepts de base sur les fonctions
6.2.2.1 Corps de fonction
6.2.2.2 Liste de parametres formels et effectifs
6.2.2.3 Objet retourrie par une fonction
6.2.3 Application ala problematique
6.2.4 Operateurs
6.2.5 Le R vu comme un langage fonctionnel
t Programmation orientee objets
6.3.1 Comment fonctionne le mecanisme oriente objet
6.3.1.1 Classe d'un objet et declaration d'un objet
6.3.2 Retour ala problernat.ique
6.3.3 Information sur les methodes
6.3.4 Heritage de classe
t Aller plus loin en programmation R
6.4.1 Attributs R
6.4.1.1 Attribut class
6.4.1.2 Attribut dim
6.4.1.3 Attributs names et dimnames
6.4.2 Autres objets R
6.4.2.1 Expression R
6.4.2.2 Formule R
6.4.2.3 Environnement R
6.5.1 Debogage de fonctions
Les commandes R, les objets et leur stockage
Environnement de travail : les fichiers d'extension .RData
Historique des commandes : les fichiers d'extension .Rhistory
Sauvegarder des graphiques
La gestion des packages
8.2.1 Operations de base
8.2.2 Produit exterieur
8.2.3 Produit de Kronecker
8.2.4 Matrices triangulaires
8.2.5 Operateurs vee et demi-vee
8.2.6 Determinant, trace, nombre de eonditionnement
8.5.1 Fonctions d'optimisation
8.5.2 Racines d'une fonction
Statistique descriptive
Structuration des variables suivant leur type
9.2.1 Structurer les variables qualitatives
9.2.2 Structurer les variables ordinales
9.2.3 Structurer les variables quantitatives discretes
9.2.4 Structurer les variables quantitatives continues
Tableaux de donnees
9.3.1 Tableaux des donnees individuelles
9.3.2 Tableaux des effectifs au des frequences d'une va- riable
9.3.3 Tableaux de donnees regroupees en classes
9.3.4 Tableaux croisant deux variables
9.3.4.1 Tableaux de contingence
9.3.4.2 Distribution conjointe
9.3.4.3 Distributions marginales
9.3.4.4 Distributions conditionnelles
9.4.1 Resumes de position d'une distribution
9.4.1.1 Le ou les modes
9.4.1.3 La moyenne
9.4.1.4 Les fractiles
9.4.2 Resumes de dispersion d'une distribution
9.4.3 Resumes de forme d'une distribution
Mesures d'association
9.5.1 Mesures de liaison entre deux variables qualitatives
9.5.2.1 Le T et Ie r» de Kendall
9.5.3 Mesures de liaison entre deux variables quantita- tives
9.5.4.1 Le rapport de correlation 1 7 ~ l x
Representations graphiques
9.6.1 Graphiques pour les variables qualitatives
9.6.1.1 Diagramme en croix
9.6.1.2 Diagramme en tuyaux d'orgue
9.6.5.1 Croisement de deux variables qualitatives
9.6.5.2 Croisement de deux variables quantitatives
_ La statistique inferentielle
10.4.1 Estimation (ponctuelle) de parametres
10.4.2 La fonction de repartition empirique
10.7.2 t Lois moms usuelles
Termes a retenir
Intervalles de confiance et tests d'hypotheses
Intervalles de confiance
11.2.1 Intervalles de confiance pour une moyenne
11.2.2 Intervalles de confiance pour une proportion p
11.2.3 Intervalles de confiance pour une vanance
11.2.4 Intervalles de confiance pour une mediane
11.2.6 Tableau recapit.ulatif des intervalles de confiance
_ Tests d'hypotheses usuels
11.3.1 Tests parametriques
11.3.1.1 Tests de moyenne
11.3.1.2 Tests de variance
11.3.1.3 Tests de proportion
11.3.1.4 Tests de coefficient de correlation
11.3.2 Tests d'Indeperidance
11.3.2.3 Test de Fisher exact
11.3.3 Tests non parametriques
Regression lineaire simple et multiple
La regression lineaire simple
12.2.1 Objectif et modele
12.2.2 Ajustement sur des donnees
12.2.4 Analyse des residus
FIG. 12.4: Inspection graphique de la norrnalite des residua
FIG. 12.5: Graphe des residue en fonction des valeurs predites
La regression lineaire multiple
12.3.1 Objectif et modele
12.3.2 Ajustement sur des donnees
FIG. 12.6: Diagramme de dispersion de toutes les paires de variables
12.3.5 Cas des variables qualitatives aplus de deux mo- dalit.es
12.3.6 Interaction entre les variables
FIG. 12.7: Effet de l'age sur BWT dans un modele sans interaction
FIG. 12.8: Effet de l'age sur BWT dans un modele avec interaction
12.3.7 Problems de la colinearite
12.3.8 Selection de variables
FIG. 12.9: Selection de variables par le critere BIC
12.3.9 Analyse des residus
Valeurs ajustees
FIG. 12.13: Visualisation d'observations influentes : distance de Cook
12.3.10 Cas de la regression polynomiale
Analyse de la variance aun facteur
13.1.1 Les objectifs, les donnees et le modele
13.1.2 Exemple et inspection graphique
13.1.3 Table d'ANOVA et estimations des parametres
13.1.4 Validation des hypotheses
13.1.5 Comparaisons multiples et contrastes
Analyse de la variance a deux facteurs
13.2.1 Objectifs, donnees et modele
13.2.2 Exemple et inspection graphique
13.2.3 Table d'ANOVA, tests et estimation des parametres
13.2.4 Validation des hypotheses
13.2.5 Contrastes
13.2.6 Recapit.ulatif
Analyses de variance a mesures repetees
13.3.1 Modele aun facteur amesures repetees
Annexes: Installation du logiciel R et des packages R
Installation de R SOllS Microsoft Windows XP
Installation de packages supplement.aires
C.2.1 Installation apartir d'un fichier situe sur le disque
C.2.2 Installation directement depuis l'Internet
C.2.3 Installation depuis la ligne de commande
C.2.4 Installation de packages sous Linux
Chargement des packages installes
References
Index general
Index des commandes et symboles R
Index des auteurs
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P. 1
Le logiciel R - Maîtriser le langage, Effectuer des analyses statistiques

Le logiciel R - Maîtriser le langage, Effectuer des analyses statistiques

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