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Biomolecules in a structured solvent

Biomolecules in a structured solvent

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Categories:Types, Research, Science
Published by: Ayesh aldiri on Nov 15, 2011
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03/11/2013

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Biomolecules in a structured solvent
A novel formulation of nonlocal electrostatics and its numericalsolution
Dissertation zur Erlangung des Grades des Doktors der Naturwissenschaften derNaturwissenschaftlich–Technischen Fakult¨aten der Universit¨at des Saarlandesvorgelegt vonDipl. Inform. Andreas HildebrandtSaarbr¨ucken im Februar 2005
 
Tag des Kolloquiums 27.04.2005Dekan Professor Dr. J¨org EschmeierMitglieder des Pr¨ufungsausschusses Professor Dr. Thomas Lengauer (Vorsitzender)Professor Dr. Hans-Peter Lenhof Professor Dr. Volkhard HelmsProfessor Dr. Oliver KohlbacherDr. Dirk Neumann
 
Abstract
The accurate modeling of the dielectric properties of water is crucial for many applications in physics,computational chemistry, and molecular biology. In principle this becomes possible in the frameworkof nonlocal electrostatics, but since the complexity of the underlying equations seemed overwhelming,the approach was considered unfeasible for biomolecular purposes. In this work, we propose a novelformulation of nonlocal electrostatics which for the first time allows for numerical solutions for thenontrivial molecular geometries arising in the applications mentioned before. The approach is illus-trated by its application to simple geometries, and its usefulness for the computation of solvationfree energies is demonstrated for the case of monoatomic ions. In order to extend the applicability of nonlocal electrostatics to nontrivial systems like large biomolecules, a boundary element method for itsnumerical solution is developed and implemented. The resulting solver is then used to predict the freeenergies of solvation of polyatomic molecules with high accuracy. Finally, the nonlocal electrostaticpotential of the protein trypsin is computed and interpreted qualitatively.
German Abstract
Die pr¨azise Modellierung der dielektrischen Eigenschaften des Wassers ist ur viele Anwendungen inPhysik, Computational Chemistry und Molekularbiologie von entscheidender Bedeutung. Theoretischist eine solche Modellierung im Rahmen der sogenannten nichtlokalen Elektrostatik m¨oglich, doch dadie dabei auftretenden Gleichungssysteme bislang als beinahe unl¨osbar schwierig galten, schien dieserZugang f¨ur biomolekulare Problemstellungen ungeeignet. In dieser Arbeit pr¨asentieren wir eine neuar-tige Formulierung der nichtlokalen Elektrostatik, die zum ersten Mal die Entwicklung numerischerMethoden erlaubt, die auf die nichttrivialen molekularen Geometrien, wie sie in den oben genanntenForschungsgebieten auftreten, anwendbar sind. Wir demonstrieren unseren Zugang zun¨achst durchdie Anwendung auf einfache Modellgeometrien und zeigen seine N¨utzlichkeit f¨ur die Berechnung freierSolvatationsenergien einatomiger Ionen. Um die Anwendbarkeit der nichtlokalen Elektrostatik auf nichttriviale Systeme, wie z.B. große Biomolek¨ule zu erweitern, wird eine Randelementmethode zur nu-merischen L¨osung der pr¨asentierten Gleichungen entwickelt und implementiert. Der resultierende Ran-delementl¨oser wird daraufhin zur genauen Vorhersage der freien Solvatationsenergien kleiner Molek¨uleverwendet. Schließlich wird das nichtlokale elektrostatische Potential des Proteins Trypsin berechnetund qualitativ interpretiert.v

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