Materiały do ćwiczeń dla studentów Wydziału Biologii (kierunek Ochrona Środowiska)

BIOCHEMIA

(wersja mała)

PODSTAWY BIOCHEMII

dla

OCHRONY ŚRODOWISKA

Materiały do ćwiczeń dla studentów Międzywydziałowych Studiów Ochrony Środowiska

Rafał Derlacz, Agnieszka Girstun, Barbara Kowalska-Loth, Piotr Kozłowski,

Agnieszka Piekiełko-Witkowska, Anna Szakiel i Joanna Trzcińska-Danielewicz

Uniwersytet Warszawski
Wydział Biologii
Instytut Biochemii

wersja 4.0
skrypt przygotowano przy użyciu pakietu biurowego OpenOffice.org 2.0
skrypt dostępny w formie elektronicznej na www.biol.uw.edu.pl/zbm/

Biochemia (wersja mała) / Podstawy biochemii dla ochrony środowiska

Ćw. 1. AMINOKWASY, PEPTYDY i BIAŁKA

Aminokwasy

Aminokwasy są to związki drobnocząsteczkowe, będące podstawowymi jednostkami strukturalnymi peptydów

i białek. W budowie białek wszystkich organizmów uczestniczy tylko 20 typowych aminokwasów.

W cząsteczce typowego aminokwasu (α-aminokwasu) wyróżnia się centralnie położony atom węglaα, do którego przyłączone są kowalencyjnie: grupy aminowa i karboksylowa, atom wodoru oraz łańcuch boczny (R) (rys. 1).

Łańcuchy boczne determinują właściwości fizykochemiczne aminokwasów. Podział aminokwasów ze względu

na budowę ich łańcucha bocznego przedstawiono w tab. 1.

aminokwasy

hydrofobowe

alifatyczne

glicyna, alanina, walina, leucyna,
izoleucyna, metionina, cysteina i
prolina

aromatyczne

fenyloalanina, tyrozyna i

tryptofan

aminokwasy
hydrofilowe
(polarne)

pozbawione ładunkuasparagina, glutamina, seryna i

treonina

obdarzone ładunkiem

zasadowe

lizyna, arginina i histydyna

kwasowe

kwas asparaginowy i kwas

glutaminowy

Tab. 1. Podział aminokwasów występujących w białkach ze względu na właściwości łańcucha bocznego.

U niektórych organizmów występują dodatkowe aminokwasy, które nie uczestniczą w budowie białek

(np. ornityna i cytrulina).

Peptydy i białka

Aminokwasy mogą łączyć się między sobą wiązaniem peptydowym, które jest tworzone między grupą

α−karboksylową jednego aminokwasu a α-aminową kolejnego (rys. 1). Powstają wówczas peptydy.

HC COOH

H2N

HC COOH

H2N

HC C

H2N

C COOH

H R2

H2O

aminokwas 1

aminokwas 2

dwie reszty aminokwasowe połączone

wiązaniem peptydowym

Rys.1. Budowa aminokwasu oraz tworzenie wiązania peptydowego

Cząsteczki zbudowane z <25 reszt aminokwasowych określa się mianem oligopeptydów, a dłuższe, zbudowane z >25 reszt aminokwasowych – polipeptydów. Przykładami oligopeptydów występujących w naturze są: przeciwutleniacz glutation, niektóre hormony (oksytocyna lub wazopresyna) oraz niektóre antybiotyki (gramicydyna lub walinomycyna). Łańcuch polipeptydowy stanowi podstawę budowy białka. Białka mogą być