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Riassunti Russo

Riassunti Russo

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REGOLAZIONE DELLA TRASCRIZIONE

Cominciamo con un poco di numeri:
2% del genoma codifica per proteine
30% comprende sequenze in cis(che stanno cio\u00e8 sul DNA) che regolano la trascrizione
10% elementi in trans(proteine sintetizzate che poi agiscono sul DNA) che regolano la
trascrizione. La maggior parte di questi lega il DNA in maniera sequenza specifica.

Ogni gene viene finemente regolato sia nel suo statoON/O FF che nell\u2019intensit\u00e0 dell\u2019espressione
del gene stesso.
I fattori trascrizionali sono sicuramente uno degli attori di questo complicato sistema, quello a cui

siamo maggiormente abituati, ma non sono gli unici infatti essi utilizzano:
Co-regolatori(attivatori e repressori)
Fattori di rimodellamento della cromatina ATP- dipendenti(ex SWI)

Enzimi che modificano gli istoni (HAT ed HMT)

Enzimi che modificano i F.trascrizionali ecc.
Il modo con cui viene regolata la trascrizione negli eucarioti \u00e8 differente dai procarioti. Questi per
accelerare i tempi di replicazione hanno dovuto rinunciare ad alcun cose, ed hanno rinunciato ad
una fine regolazione della trascrizione. La trascrizione viene regolata ma i fattori che intervengono

sono minori.
Alcuni cenni sulla trascrizione.

In Biologia molecolare, lat ra sc ri zion e \u00e8 il processo mediante il quale le informazioni contenute nel
DNA vengono trascritte enzimaticamente in una molecola complementare di RNA.
La trascrizione presenta un meccanismo di controllo della fedelt\u00e0 (oproof reading), ma esso \u00e8 molto
meno efficace di quelli legati alla replicazione del DNA.Lo stesso meccanismo di sintesi dell'RNA,
nel quale l'enzima RNA polimerasi ha un ruolo centrale, comporta un numero di errori decisamente
maggiore.

La trascrizione consta essenzialmente di tre fasi: l'iniziazione, l'allungamento e laterm in azion e. Dato l'elevato numero di geni presenti in un organismo eucariote, la trascrizione \u00e8 un meccanismo molto complesso perch\u00e9 necessita di un sistema di regolazione complicato che agisca su pi\u00f9 livelli. La complessit\u00e0 del genoma eucariocito \u00e8 tale da giustificare la presenza di 3 RNA Polimerasi e dei sistemi di regolazione che regolano , appunto, la funzionalit\u00e0 di questi enzimi.

Prima fase: legame con la TBP

Il riconoscimento del promotore da parte della proteinaTBP. Tutto ci\u00f2 vale solo nei geni con
l'elemento TATA(infatti TBP sta per TATA binding protein). La TBP ha la funzione di produrre
due forti piegature al DNA (o kink) a livello della sequenza TATA che inducono in questo punto un

angolo di circa 90\u00b0. Questo forte angolo non sar\u00e0 la causa dell\u2019apertura del promotore ma ha la
funzione di allargare i solchi maggiori al fine di favorire una migliore interazioni delle altre proteine
del complesso di attivazione basale.
Seconda fase: assemblaggio del complesso DAB
La TBP intercetta la sequenza TATA spesso legata ad altri fattori chiamati TAF's, e in questa forma
viene chiamata TFIID (\u201cTBP+TAF's\u201d = TFIID)per formare il complesso di inizio preliminare. A

questo punto la topologia del DNA \u00e8 tale da poter reclutare altri fattori di trascrizione ovvero il
TFIIA e il TFIIB. Tale complesso trimerico TBP TFIIA TFIIB e chiamato anche DAB. Il
complesso DAB cos\u00ec assemblato \u00e8 capace di legare un quarto fattore di trascrizione che porta con se

la RNA Polimerasi II che \u00e8 TFIIF. La funzione di TFIIF \u00e8 quella di permettere il riconoscimento del
promotore alla RNA Polimerasi II.
Terza fase: superamento dello stallo

Quando TFIIF porta la RNA Polimerasi II sul promotore essa interagisce con la coda carbossi
terminale alla TBP. Tale interazione richiama sulla TBP altri 2 fattori di trascrizione la TFIIE e
TFIIH, la prima ha attivit\u00e0 elicasica mentre la seconda attivit\u00e0 chinasica sulla RNA Polimerasi II,

queste reazioni causano rispettivamente un\u2019allargamento della bolla di trascrizione e un
cambiamento conformazionale alla RNA Polimerasi II che se opportunamente fosforilata nella
regione C-Terminale supera la fase di stallo e inizia a diventare processiva.
Quarta fase: pulizia del promotore e allungamento

Nelle prime fasi la velocit\u00e0 di trascrizione non pu\u00f2 essere elevata a causa delle forti interazioni con
tutti gli altri fattori ancora legati alla RNA Polimerasi II. La fase di pulizia del promotore avviene
grazie al rilascio del DAB e di TFIIF che avevano inizialmente il solo ruolo di stabilizzare il
complesso di inizio. Tale rilascio avviene grazie a opportune fosforilazioni/defosforilazioni della
RNA Polimerasi II a livello del dominio C-Terminale che potremmo definire una sorta di pannello
di controllo su cui accedono molti altri regolatori della trascrizioni sia in fasi precoci che tardive.

Quinta fase: terminazione.

Dalla figura \u00e8 abbastanza chiaro di come il processo di trascrizione e di regolazione della
trascrizione sia estremamente semplice nei procarioti. Le poche regioni regolative superstiti servono
per la sopravvivenza.

Procarioti
Eucarioti
Fatto questo accenno alla trascrizione negli eucatioti possiamo dire che il processo di assemblaggio
di questo macchinario pu\u00f2 avvenire in 3 modi:
COSTITUTIVAMENTE: per geni che in ogni tempo ed in ogni condizioni devono essere
trascritti;
REGOLATA: per geni che devono essere trascritti solo in determinate condizioni;
MAI: geni che sono spenti e quindi mai trascritti.

Sono presenti molti elementi di regolazione sia a valle che a monte del promotore, siti di legame per
proteine che funzionano come repressori, attivatori o repressori/attivatori della trascrizione. Ma un
momento fondamentale, senza il quale tutto ci\u00f2 non potrebbe mai verificarsi, \u00e8 il rimodellamento
della cromatina.
Se ci concentriamo maggiormente sui fattori trascrzionali ci rendiamo conto che essi sono degli
oggetti che non hanno cognizione di quello che fanno, la loro funzione \u00e8 dettata dalla loro forma e
dalla capacit\u00e0 di cambiare forma, chi detta questi cambiamenti conformazionali sono le interazioni
covalenti e non che queste proteine stabiliscono con altre molecole vicine. La regolazione
trascrizionale viene definita di tipocomb in at orial e per cui la regolazione della espressione di un
gene viene fatta da pi\u00f9 proteine. I F.trascrizionali dimerizzano ed agiscono in maniera sincrona con
elementi in CIS sul DNA.
Raramente in F.trascrizionali che legano il DNA in maniera sequenza specifica hanno una attivit\u00e0
enzimatica in s\u00e9, nella maggior parte dei casi questi fattori reclutano proteine che non interagiscono
direttamente con il DNA ma sono dotate della attivit\u00e0 regolatoria vera e propria. Per cui oltre che
combinatoriale la regolazione della trascrizione \u00e8 anchemod u la re .

Ma i F.trascrizionali possono fare ben poco se il DNA \u00e8 riluttante nell\u2019interagire con loro, se \u00e8

condensanto al max. Quindi un altro meccanismo, il principale, di attivazione e repressione della
trascrizione si basa sul grado di accessibilit\u00e0 della cromatina.
Il DNA si addensa in livelli maggiori fino ad arrivare ad uno stato di condensazione tale da non
vederlo bene nemmeno al microscopio. Questa struttura non \u00e8 casuale , dobbiamo pensare che il
DNA \u00e8 estremamente delicato quindi lo stato di ipercondensazione lo protegge da eventuali danni
meccancici. Il DNA , data la sua delicatezza deve essere esposto solo in casi strettamente necessari,
per la replicazione, per la trascrizione e per riparare eventuali danni al DNA.
La cromatina \u00e8 costituita da nucelosomi(istoni attorno a cui sono avvolti un giro e un poco di DNA.

Il giro e un poco di DNA attorno all\u2019istone \u00e8 circa 140bp).

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