KLASIFIKASI MIKROBA

KLASIFIKASI MIKROBA
Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari klasifikasi, identifikasi, dan nomenklatur. Untuk
tujuan klasifikasi, organisme dikelompokkan pada organisasi (katagori) takson dari hirarki
tertinggi sampai terendah. Untuk hewan species adalah organisme yang mampu melakukan
perkawinan dan memperoleh keturunan yang fertil.
KIasifikasi adalah metode pengorganisasian, pengelompokan, dan pengurutan
informasi. Pengelompokan biasanya berdasarkan karakter pembeda dan penyama. Karakter
pembeda dipakai untuk membedakan kelompok satu dengan kelompok lainnya. Sedangkan
karakter penyama adalah karakter yang dimiliki bersama dalam satu kelompok. Pengurutan
biasanya berupa pengurutan hirarki, di mana hirarki tertinggi biasanya diurutan pertama,
sedangkan hirarki terendah diurutan paling akhir.
Identifikasi adalah pengunaan praktis kriteria klasifikasi untuk membedakan organisme
satu dengan yang lainnya. omenkIatur adalah penamaan yang menunjukkan karakteristik
organisme untuk setiap hirarki katagori takson. Penamaan ini harus bersifat universal dan
mampu dipahami oleh semua ilmuwan yang ada di dunia. Oleh karena itu pengunaan bahasa
universal sangat penting. Bahasa universal untuk penamaan organisme adalah bahasa Latin
dan Yunani. Kedua bahasa ini telah menjadi bahasa sains dan elit bagi ilmuwan pada abad
Permulaan sampai abad Pertengahan. Dengan demikian terdapat bahasa pemersatu untuk
sains khususnya biologi.
Linnaeus telah membangun sistem klasifikasi organisme. Sistem klasifikasi Linnaeus
masih digunakan untuk klasifikasi tanaman dan hewan. Dengan modifikasi sistem Linnaeus
dapat diterapkan untuk klasifikasi jamur dan bakteri. Sistem klasifikasi Linnaeus menerapkan
sistem hirarki yang dimulai dari hirarki tertinggi dan diakhiri hirarki terendah. Hirarki tertinggi
sistem klasifikasi Linnaeus adalah Kingdom, sedangkan hirarki terendah adalah Species.
Setelah introduksi takson Domain oleh Woese, maka hirarki tertinggi adalah Domain.
omain
Kingdom
!IIum
CIass
Ordo
FamiI
enus
Species
SEJARAH KETURUA
eskipun tidak ada metode pasti dalam mengklasifikasi suatu benda, maka ketika suatu
organisme hendak diklasifikasi, maka timbul suatu pertanyaan "berasal dari manakah dia?.
Organisme selalu memiliki sejarah perkembangan genetik masing-masing. Secara kasat mata
kita dapat melihat bahwa banyak organisme memiliki persamaan meskipun mereka berbeda.
Hal ini karena organisme memiliki nenek moyang bersama.
Pada abad 19 ahli biologi mulai sadar bahwa species dinamis tidak statis. Oleh karena itu
species berubah setiap saat. Penemuan fosil memperkuat pemikiran tersebut bahwa bentuk
kehidupan kuno berbeda dengan bentuk kehidupan sekarang. Penemuan fosil yang
menunjukkan proses perubahan organisme secara gradual semakin memperkuat dugaan
tersebut. Dengan kenyataan seperti itu, maka suatu kelompok species dapat berubah pada
kurun waktu tertentu menjadi species baru yang berbeda dengan kelompok species lain yang
dulu merupakan satu kelompok species. Kelompok species lain dapat masih bertahan (tidak
berubah) atau berubah ke arah berlawanan.
SISTEM ALAMI KLASIFIKASI
%idak ada aturan baku dalam mendisain klasifikasi. Kita dapat mengkalsifikasi organisme
berdasarkan kriteria yang kita anut. Namun terdapat beberapa pertanyaan "apa yang dapat kita
pelajari darri klasifikasi?, "seberapa pentingkah?, "Adakah klasifikasi alternatif dari klasifikasi
yang kita pakai dan hal itu memberikan lebih banyak informasi? Kriteria yang kita pakai dalam
klasifikasi harus dapat memberikan informasi penting dan berguna. Kita lebih mementingkan
kriteria patogenik dan non-patogenik daripada bentuk organisme.
Pada awal sistem klasifikasi organisme dicetuskan oleh Linnaeus karakter bersama dipakai
sebagai petunjuk hubungan kekerabatan. Hal ini terjadi karena saat itu belum ditemukan ilmu
yang mampu menjelaskan hubungan kekerabatan (genetika). Ketika genetika telah ditemukan,
maka sistem klasifikasi organisme mengarah ke hubungan kekerabatan (filogeni). Darwin
memilih klasifikasi berdasarkan sejarah evolusi sebagai sistem alami. Darwin menyatakan
bahwa Linnaeus berhasil membuat sistem alami klasifikasi berdasarkan persamaan karakter
yang merefleksikan sejarah evolusi pada tumbuhan dan hewan.
ikroba khususnya bakteri dan protista sulit diklasifikasi. Hal ini karena mereka sederhana dan
memiliki morfologi serupa. Beberapa karakter yang dapat dipakai untuk klasifikasi bakteri
adalah struktur dinding sel (pewarnaan Gram), persentase G+C genom, suhu pertumbuhan,
kemampuan membentuk spora, sumber elektron, kemampuan fotosintesis, motilitas, bentuk sel,
variasi sumber karbon dan nitrogen, dan kebutuhan khusus nitrisional (vitamin, dll). Karakter
tersebut bukan mencerminkan suatu sistem alami klasifikasi bakteri, tetapi tidak ada alternatif
lain yang memuaskan dalam klasifikasi bakteri. Alhasil kriteria tersebut dibakukan dalam
sebuah manual klasifikasi dan identifikasi bakteri (Berges ManuaI of eterminative
BacterioIog).
TEKIK KLASIFIKASI
!endekatan umerik (Numeric Approach
Ketika mempelajari anggota Enterobacteriaceae, Edwards dan Ewing membangun prinsip
karakterisasi, klasifikasi, dan identifikasi organisme sebagai berikut. Klasifikasi dan identifikasi
organisme harus berdasarkan morfologi keseluruhan dan pola biokimia. Karakter tunggal
(partogenik, variasi inang, reaksi biokimia) jika tidak memiliki nilai penting, tidak dapat dipakai
sebagai dasar klasifikasi dan identifikasi organisme.
Pada taksonomi numerik (taksonomi fenetik) mengunakan 50200 karakteristik biokimia,
morfologi, dan karakter koloni (termasuk sensitivitas terhadap antibiotik) digunakan untuk
menentukan derajat kesamaan di antara beberapa organisme. Dalam kajian numerik, peneliti
sering mengkalkulasi koefisien persentase persamaan di antara galur-galur maupun species-
species. endogram atau matriks persamaan memperlihatkan hubungan individual antar-galur
dan dibuat berdasarkan koefisien persentase persamaan di antara mereka. Dendogram pada
Gambar 7.1 menunjukkan bahwa group 1 terdiri atas 4 galur Citrobacter freundii di mana 3
galur memiliki persamaan sekitar 95% di antara mereka, sedangkan 1 galur memiliki
persamaan 90% dengan 3 galur pertama. Group 2 terdiri atas 3 galur Citrobacter diversus yang
memliki persamaan sekitar 95% di antara mereka dan 70% dengan C. freundii (group 1).
Escherichia coli (group 3) memiliki persamaan sekitar 50% dengan Citrobacter.

ambar 7.1 Contoh sebuah dendogram
Ketika pendekatan ini digunakan sebagai satu-satunya dasar klasifikasi, maka akan
menyulitkan dalam menentukan banyaknya uji yang harus dipilih yang cocok mencerminkan
hubungan antar-genus maupun antar-species.
!endekatan FiIogenetik (!hylogenetic Approach
etode ideal identifikasi dan klasifikasi organisme adalah membandingkan urutan gen antara
galur tersedia dan beberapa species yang telah diketahui luas. Hal ini sulit dilakukan, kalaupun
dapat dilakukan akan memerlukan biaya cukup banyak dan waktu lama. Beberapa teknik
dipakai dalam pendekatan filogenetik, diantaranya hibridisasi DNA. etode ini mengukur
sejumlah urutan DNA umum 2 organisme dan mengestimasi persentase divergensi dalam
urutan DNA yang mirip tetapi tidak identik. Kajian kemiripan DNA berdasarkan hibridisasi DNA
telah dilakukan untuk khamir, virus, bakteriofag, dan banyak bakteri.
Lima faktor yang dapat dipakai untuk menentukan kemiripan DNA adalah ukuran genom,
jumlah G+C, reasosiasi optimal DNA, stabilitas DNA terhadap panas, dan reasosiasi
supraoptimal DNA.
Ukuran Genom
DNA bakteri memiliki ukuran (diukur ekuivalen berat molekul) sebesar 1x10
9
8x10
9
. Ukuran
genom biasanya dapat langsung membedakan antar-kelompok. egionella pneumophila
(bakteri penyebab penyakit legionnare) berbeda dengan Bartonella quintana (Rickettsia). .
Pneumophila memiliki ukuran genom 3X10
9
, sedangkan B. Quintana sekitar 1X10
9
.
umlah G+C
umlah G+C bakteri DNA bervariasi antara 25 sampai 75%. Persentase G+C ini spesifik, tetapi
tidak eksklusif. Artingan 2 galur dengan persentase G+C mirip dapat termasuk dalam kelompok
species sama atau berbeda. ika persentase G+C cukup berbeda, maka dapat dipastikan
kedua galur berbeda species.
Reasosiasi optimal DNA
Kekerabatan DNA ditentukan dengan mengasosiasikan pita tunggal DNA galur satu dengan
galur lainnya untuk berasosiasi membentuk pita ganda DNA. Reasosiasi DNA merupakan
reaksi tergantung suhu. Suhu optimal reasosiasi DNA adalah 2530HC di bawah denaturasi
DNA. Di bawah suhu tersebut pita ganda DNA (berbeda) tereasosiasi menjadi tunggal kembali.
Studi menunjukkan bahwa galur-galur suatu species bakteri memiliki kemiripan urutan DNA
sebesar 70100%. Namun kemiripan DNA antar-species bervariasi antara 0 sampai 60%.

ambar 7.2 reasosiasi dua DNA tunggal menghasilkan 3 pola yaitu reasosiasi sempurna
(atas), reasosiasi sebagian (tengah), tanpa reasosiasi (bawah)
Stabilitas DNA terhadap Panas
Setiap 1% basa nukleotida takberpasangan dalam pita ganda DNA menurunkan stabilitas DNA
terhadap panas sebesar 1% juga. Oleh karena itu perbandingan stabilitas DNA terhadap panas
antara DNA dupleks (original) 2 galur berbeda dan DNA heterodupleks (hibridisasi) dapat
menunjukkan divergensi di antara kedua galur tersebut.
Reasosiasi Supraoptimal DNA
Ketika suhu inkubasi untuk reasosiasi DNA dinaikkan dari 2530HC di bawah denaturasi DNA
menjadi 1015HC di bawah denaturasi DNA, hanya DNA yang sangat mirip yang dapat
bereasosiasi (lebih stabil terhadap panas). Galur dalam satu species biasanya mirip 60% pada
uji reasosiasi supraoptimal DNA.
Penetapan Species Berdasarkan Kemiripan DNA
Berdasarkan 5 faktor kemiripan DNA, galur-galur pada E. coli dapat ditetapkan sebagai berikut>
umlah G+C 4952 persen mol, ukuran genom 2,33,0x10
9
, reasosiasi lebih dari 70% pada
suhu optimal dengan 04% divergensi dan 60% pada suhu supraoptimal.
aktor Lain dalam Pendekatan ilogenetik: Urutan RNA Ribosom
embandingkan urutan DNA dapat dengan mudah diaplikasikan pada eukariota. Hal ini karena
DNA eukariota tidak mudah mengalami mutasi. Sebaliknya DNA prokariota mudah bermutasi.
Oleh karena itu dicari material genetik yang tidak mudah mengalami mutasi. ateri genetik
yang paling sulit bermutasi adalahmaterial genetik ribosom. aterial genetik ribosom adalah
RNA. Prokariota memiliki 3 jenis RNA ribosom (rRNA) yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA (%abel 7.1).
Karena 5S rRNA relatif kecil, maka yang sering digunakan adalah 16S dan 23S rRNA. Urutan
16S rRNA berbagai organisme terlihat pada %abel 7.2
TabeI 7.1 karakterisasi rRNA
Tipe rRA Ukuran (bp Lokasi
5S
16S
23S
120
1500
2900
Subunit besar
Subunit kecil
Subunit besar
Bernadette Pace, seorang mahasiswa University llinois melakukan anelisasi rRNA
dengan DNA genom untuk mengukur kemiripan rRNA berbagai species. Percobaannya
menunjukkan bahwa metode pengurutan rRNA dapat diterima secara ilmiah sebagai metode
perbandingan luas antar organisme daripada hibridisasi DNA-DNA.
TabeI 7.2 Urutan 16S rRNA berbagai organisme
Species Urutan RA
anusia
Khamir
agung
Escherichia
coli
Anacystis
nidulans
Thermotoga
maratima
Methanoco
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%%CCAGC%CCAA%AGCG%A%A%%AAAG%%GC
%GCAG%%AAAAAG...
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%%CCAGC%CCAA%AGCG%A%A%%AAAG%%G%%
GCAG%%AAAAAG...
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%%CCAGC%CCAA%AGCG%A%A%%%AAG%%G%%
GCAG%%AAAAAG...
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%ACGGAGGG%GCAAGCG%%AA%CGGAA%%A
C%GGGCG%AAAGCG...
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%ACGGGAGAGGCAAGCG%%A%CCGGAA%%A
%%GGGCG%AAAGCG...
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%ACG%AGGGGGCAAGCG%%ACCCGGA%%%A
ccus
vannielii
Thermococ
cus celer
Sulfolobus
sulfotaricu
s
C%GGGCG%AAAGGG...
...G%GCCAGCAGCCGCGG%AA%ACCGACGGCCCGAG%GG%AGCCAC%C%%A
%%GGGCC%AAAGCG...
...G%GGCAGCCGCCGCGG%AA%ACCGGCGGCCCGAG%GG%GGCCGC%A%%A
%%GGGCC%AAAGCG...
...G%G%CAGCCGCCGCGG%AA%ACCAGC%CCGCGAG%GG%CGGGG%GA%%A
C%GGGCC%AAAGCG...
Carl Woese menyadari potensi urutan rRNA dalam menentukan hubungan filogenetik. Pada
mulanya dia hanya mengurutkan RNA hanya 25% dari total urutan 16SrRNA. Namun sekerang
seluruh 16S rRNA (10000 nukleotida) telah dapat diurutkan dan dipakai untuk mencari
kekerabatan antar-organisme

ambar 7.3 dentifikasi bakteri melaui pendekatan polifasik
!endekatan !oIifasik (!olyphasic Approach
Secara praktis, pendekatan taksonomi organisme khususnya bakteri harus polifasik (Gambar
7.3). Langkah pertama adalah mengelompokan secara fenotip galur-galur secara morfologik,
biokimiawi, dan karakter lainnya. Kelompok fenotip kemudian diuji kemiripan DNA untuk
menentukan apakah homogenitas atau heterogenitas fenotip mencerminkan homogenitas atau
heterogenitas filogenetik. Langkah berikutnya adalah menguji ulang karakteristik biokimiawi dari
kelompok galur yang diuji. Langkah ini untuk memperjelas batas sifat biokimiawi dari galur-galur
yang diuji.
Karakter orfologi
Awetan basah dan pewarnaan mampu memberi informasi awal terhadap karakter morfologi sel
bakteri. Dari teknik ini diperoleh karakter morfologi sebagai berikut. Reaksi sel terhadap
pewarnaan Gram dan Acid-fast, motilitas, aransemen flagela, ada-tidaknya spora dan kapsula,
dan bentuk sel. nformasi ini dapat mengidentifikasi bakteri sampai tingkat genus. Karakter
koloni dan pigmentasi dapat memberi informasi cukup penting. Sebagai contoh beberapa
species Porphyromonas berautoflouresens jika terpapar sinar UV dengan panjang gelombang
tinggi dan Proteus sp. melakukan swarming pada media.
Karakter Pertumbuhan
Karakter pertumbuhan meliputi ketergantungan terhadap oksigen (aerob, anaerob, atau
mikroaerofil), pH, suhu, kebutuhan nutrien, dan resistensi antibiotik. Sebagai contoh
Campylobacter jejuni (penyebab diare) tumbuh baik pada suhu 42HC dengan adanya antibiotik.
Sedangkan ersinia enterocolitica tumbuh lebih baik daripada bakteri lain pada suhu 4HC.
eginella, Haemophilus, dan beberapa bakteri patogen lainnya memerlukan faktor pertumbuhan
spesifik, sementara itu E. coli dan bakteri enterik dapat tumbuh di media minimal.
Sensitivitas terhadap Antigen dan ag
Antigen dinding sel, flagela, dan kapsula biasanya digunakan untuk mengklasifikasi organisme
pada tingkat species. Serotipe terkadang digunakan untuk membedakan galur dalam
kepentingan medis, misalnya '. cholerae (galur O1 yang pandemik) dan E. coli (serotipe
enterotoksigenik, enteroinvasif, enterohomoragik, dan enteropatogenik).
ag tipe (sensitivitas isolat terhadap bakteriofag) telah digunakan untuk memantau
epidemiologik penyakit yang disebabkan Staphylococcus aureus, P. aureginosa, '. cholerae,
dan S. Thypi. Sensitivitas terhadap bakteriosin juga dipakai sebagai penanda (marker) galur
epidemiologik.
Karakter Biokimiawi
Sebagian besar bakteri diidentifikasi dan diklasifikasi berdasarkan reaksi terhadap serangkaian
pengujian biokimia. Beberapa metode pengujian (uji oksidase, reduksi nitrat, degradasi amino,
dan fermentasi karbohidrat) rutin dilakukan terhadap sebagian besar bakteri. Beberapa bakteri
dilakukan pengujian khusus seperti uji koagulase untuk Staphylococcus, uji pyrrolidonyl
arylamidase untuk bakteri kokus gram positif. enis-jenis pengujian untuk identifikasi bervariasi
tergantung kelompok dan species bakteri. enurut Pusat Kontrol dan Pencegahan Penyakit
(CDC) di Amerika Serikat melakukan 46 pengujian untuk mengidentifikasi anggota
Enterobacteriaceae. Sementara itu laboratorium klinis menggunakan perangkat uji cepat
komersial (comercial rapid test kit) untuk mengidentifikasi isolat dengan kriteria lebih sedikit.
KLASIFIKASI I ATAS A I BAWAH S!ECIES
i Bawa Species
Untuk tujuan epidemiologi, ahli mikrobiologi klinis harus dapat membedakan galur-galur dengan
karakter khusus dalam species sama. Sebagai contoh E. coli serotipe O157:H7 berasosiasi
dengan diare berdarah, sehingga menghasilkan sindrom hemolitik uremic.
Pada tingkat di bawah species, yaitu galur biasanya dinyatakan sebagai kelompok atau tipe
dengan basis reaksi biokimiawi atau serologi, sensitivitas terhadap fag atau bakteriosin, sifat
patogenitas atau karakter lainnya. Karakter yang diterima sebagai kelompok atau tipe di bawah
tingkat species adalah serotipe, tipe fag, tipe kolkisin, bioserotipe, dan patotipe.
i Atas Species
Ahli mikrobiologi harus terbiasa dengan karakter genus dan famili suatu organisme. Genus
adalah kumpulan species yang berkerabat dekat dan famili adalah kumpulan genus berkerabat
dekat. Genus ideal sebaiknya terdiri dari species-species dengan karakter fenotip dan
filogenetik mirip. Citrobacter, ersinia, dan Serratia memiliki kemiripan fenotip satu dengan
yang lainnya, Bacillus, Clostridium, dan eigonella memiliki kemiripan fenotip, tetapi tidak mirip
secara filogenetik (065%). ika baik secara fenotip dan genotip tidak mirip, maka karakter
fenotip dipakai sebagai prioritas penentuan kekerabatan genus. Secara praktis identifikasi
tingkat genus sebagian besar berdasarkan karakter fenotip khususnya pengujian biokimiawi.
Urutan rRNA yang relatif tidak mudah termutasi selama evolusi, memberikan suatu peluang
bagi ahli mikrobiologi untuk membandingkannya (filogenetik) antar organisme. Urutan rRNA
dapat dipakai sebagai dasar penentuan identifikasi dan kekerabatan organisme pada tingkat
genus, famili, dan tingkat taksonomi (takson) lebih tinggi. Namun untuk tingkat genus dan famili
harus didukung oleh kemiripan fenotip.
!ERUBAHA AMA A S!ECIES BARU
Nama species harus mengacu pada prinsip dan pedoman tata nama pada masing-masing
organisme (Untuk bakteri harus mengikuti Bacteriological Code). Nama ilmiah harus berbahasa
Latin atau Yunani. Nama species dan takson di atasnya harus ditentukan berdasarkan 3
kriteria, yaitu publikasi valid, legitimasi nama berdasarkan aturan tata nama, dan prioritas
publikasi.
Validasi publikasi terhadap usulan species harus berisi hama species, diskripsi species,
penentuan tipe galur species dan harus dipublikasi di nternational ournal for Systematic
Bacteriology (SB). Setelah diusulkan, nama species tidak langsung diterima, tetapi mengalami
koreksi secara formal. Koreksi dimulai dengan publikasi permintaan opini kepada udicial
Commission of the nternational Association of icrobiological Societies yang merupakan
bagian dari SB. Nama species tidak serta merta diterima tetapi diakomodir, sehingga satu
species mempunyai nama ganda, seperti Providencia rettgeri/Proteus rettgeri, Moraxella
catarrhalis/Branhamella catarrhalis, dan egionella micdadei/Tatlockia micdadei. Sesuai
perkembangan, maka terjadi pengunaan dari salah satu nama ganda tersebut, sehingga
akhirnya nama species tersebut menjadi tunggal. adi legalitas nama species tergantung pada
diterimanya nama tersebut secara umum oleh ilmuwan di seluruh dunia.
Sejumlah genus terbagi menjadi beberapa genus (Aerobacter merupakan genus baru beberapa
anggota genusCaplylobacter) dan beberapa species berubah atau berpindah nama baik yang
berubah nama species saja atau berubah atau berpindah nama genusnya (Campylobacter
cinaedi dan C. fennellie berpidah menjadi Heliobacter cinaedi dan H. fennellie).
Sumber utama informasi usulan species baru dan perubahan nama species dapat ditemukan di
SB. Selain itu ournal of Clinical icrobiology juga mempublikasikan deskripsi mikroba baru
(nilai penting medis, penyakit baru yang ditimbulkan). Semua informasi baik dari SB maupun
journal lainnya di-update ke update Bergey's anual of Systematic Bacteriology sebagai teks
referensi taksonomi bakteri.
KLASIFIKASI BAKTERI BERASARKA BEREY
Berdasarkan Bergey anual bakteri dibedakan menjadi 2 yaitu bakteri primitif disebut Arkhaea
dan bakteri sejati disebut Eubacteria. Arkhaea adalah bakteri yang dulu dikelompokan sebagai
bakteri ekstrim dan non-patogen, sedangkan Eubacteria adalah bakteri moderat baik patogen
maupun non-patogen.
Arkaea
Karakter utama fisiologi Arkhaea adalah termofiI ekstrim (termasuk termoasidofil), pereduksi
suIfat, metanogen, dan aIofiI ekstrim. Pengelompokan ini tidak mencerminkan filogeni.
Secara filogeni metanogen lebih primitif dan menurunkan beberapa kelompok termasuk halofil,
pereduksi sulfat, dan non-metanogen termofil.
Arkhaea termofil merupakan organisme paling termofil yang hidup di bumi. ereka mampu
tumbuh dengan suhu optimal pertumbuhan >100HC. Arkhaea termofil aerob termasuk asidofil,
dia mampu mengoksidasi sulfur.
Arkhaea halofil ekstrim adalah organisme paling toleran terhadap kadar garam tinggi. ereka
biasanya aerob atau mikroaerofil. Sebagian dari mereka mampu berfotosintesis tanpa klorofil.
TabeI 7.1 Kelompok filogeni Eubacteria
KeIompok Anggota (Species
Hydrogen oxidizers
(oxygen reducers)
%hermotogales
%hermodesulfobacterium group
Green nonsulfur
Deinococcus group
%hermodesulfovibrio group
Synergistes group
Low G+C Gram positive
High G+C Gram positive
Aquifex
Thermotoga, Fervidobacterium
Thermodesulfobacterium
Chloroflexus*|, Herpetosiphon, Thermomicrobium
Deinococcus, Thermus
Thermodesulfovibrio
Synergistes
Bacillus, Clostridium, Eubacterium, Heliobacterium*,
actobacillus, Mycoplasma, Spiroplasma
Bifidobacterium, Mycobacterium, Propionibacterium,
Streptomyces
Cyanobacteria
Planctomycetales
Chlamydiales
Green sulfur
Cytophaga group
ibrobacter group
Spirochetes
Proteobacteria (Purple bacteria):
alpha subdivision
beta subdivision
gamma subdivision
delta/epsilon subdivision
scillatoria*|, Prochlorococcus*, Synechococcus*,
chloroplasts*
Planctomyces
Chlamydia
Chlorobium*
Bacteriodes, Cytophaga|, Flexibacter|,
Flavobacterium, Rhodothermus
Fibrobacter
Borrelia, eptonema, Spirochaeta (including
Spirochaeta sp. str. Antarctic), Treponema
Agrobacterium, Anaplasma, Rhodobacter*,
Rhodospirillum*, Rickettsia, mitochondria
Neisseria, Rhodocyclus*
Beggiatoa|, Chromatium*, Escherichia, Haemophilus,
egionella, Pseudomonas, Salmonella, 'ibrio,
ersinia
Bdellovibrio, Campylobacter, Desulfovibrio,
Helicobacter, Myxococcus|, Wolinella
otosintetik
otil
Arkhaea pereduksi sulfat mempunyai anggota yang luas. ereka mampu mengasinkan
(meningkatkan kadar sulfur) sumur minyak, sehingga menjadi perhatian khusus oleh ilmuwan.
Hal ini dapat meningkatkan biaya produksi (menambah biaya pemurnian minyak). Selain
mengarami sumur minyak, mereka juga dapat menyerang pipa minyak sehingga menurunkan
keawetan pipa.
Arkhaea metanogen adalah mikroba anaerob obligat. ereka menghasilkan gas metana. Gas
metana dapat merusak ozon. Sebagian besar produksi metana dari aktivitas manusia, yaitu
peternakan dan pertanian (padi).
Eubacteria
Beberapa pengelompokan (division) pada Eubacteria mencerminkan filogeni di anggota mereka
(%abel 7.1). eskipun demikian masih terdapat pengelompokan yang belum mencerminkan
filogenetik Eubacteria.
Diposkan oleh marsidi di 04:21


$%#
Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam
taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup
taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme
prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan fuga
teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk
menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang
tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanfang, sehingga diperlukan alat bantu untuk
dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat
luas, terdiri dari berbagai kelompok dan fenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan
atau pengklasifikasian
Key word: KlasiIikasi, identiIikasi,mikroba, mikroorganisme
!AHULUA
Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan
menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti
mikroskop, lup dan lain-lain Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai
kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasiIikasian
KlasiIikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan
dengan taksonomi Taksonomi adalah ilmu mengenai klasiIikasi atau penataan sistematis
organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi
penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentiIikasi sebagai mana mestinya dan
diberi nama Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasiIikasian penamaan dan
pengidentiIikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba
Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan
pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan
tumbuhan Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti
Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa Baru pada tahun
(1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia
lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan KlasiIikasi
bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara
berangsur-angsur sampai sekarang
Banyak kesulitan dalam mengklasiIikasikan mikroorganisme Misalnya dalam klasiIikasi bakteri
Kriteria dalam kalasiIikasi berbeda dengan mengklasiIikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan
hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada siIat-siIat marIologisnya Tetapi hal ini sulit
dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasiIikasi bakteri di dasarkan sebagian pada siIat-siIat
morIologi, dan siIat-siIat Iisiologinya termasuk imunologi
Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morIologi yang sama, tetapi siIat-siIat
Iisiologi mereka berlainan sama sekali Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya,
tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak Ada
pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak
Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan siIat-siIat morIologi
saja
Rumusan Masalah
Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan
Tujuan
O Mengetahui klasiIikasi dan identiIikasi suatu mikroorganisme
O Mengetahui manIaat mikroorganisme bagi kehidupan
!MBAHASA
Klasifikasi dan Identifikasi
Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasiIikasi dan identiIikasi KlasiIikasi
merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup KlasiIikasi
merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik Tujuan klasiIikasi ialah mengatur kedudukan dari
berbagai organisme di alam Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan
perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya Hal ini
dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan
antara unsur kimia tersebut
KlasiIikasi dan identiIikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu karakteristik atau
ciri-ciri mikroorganisme Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, tidaklah mungkin bagi kita
untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang dipelajari adalah karakkteristik suatu
biakan yang merupakan populasi dari suatu mikroorganisme
Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut .
1 MorIologi
Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer ( m)
1 m 0,001 mm
Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba Mikroskop
yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti
2 SiIat Kimiawi
Sel terdiri dari berbagai bahan kimia Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi, maka sel ini
memperlihatkan susunan kimiawi yang spesiIik Sebagai contoh, bakteri Gram negatiI memiliki
lipopolisakarida dalam dinding selnya, Sedangkan bakteri Gram positiI tidak Sebaliknya pada
banyak bakteri Gram positiI terdapat asam teikoat Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram
negatiI Dinding sel Iungsi dan algae berbeda dari bakteri Pada kelompok virus, pembagian
dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung, apakah merupakan DNA atau RNA
3 SiIat Biakan
Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya
dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum, darah) Sebaliknya ada
pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino, karbohidrat,
purin, pirimidin, vitamin, koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh
pada sel hidup, berupa inang, telur, bertunas, biakan jaringan
4 SiIat Metabilisme
Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme
Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan
mikroorganisme
5 SiIat Antigenik
Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh, akan terbentu antibodi yang mengikat antigen
Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba Antibodi ini bersiIat sangat spesiIik
terhadap antigen yang menginduksinya Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang
berbeda, maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentiIication) terhadap
mikroorganisme Reaksi ini sangat sepesiIik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system
6 SiIat Genetik
DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesiIik bagi
mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme
Susunan basa DNA
Untuk perbandingan di gunakan mol GC

7 Patogenitas
Mikroba dapat menimbulkan penyakit, kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan
ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya
(dellovibrio) dan virus (bakterioIag)yang menginIesi dan menghancurkan bakteri
8 SiIat Ekologi
Habitat merupakan siIat yang mencirikan mikroorganisme Mikroorganisme yang hidup di lautan
berbeda dengan air tawar Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan
saluran pencernaan
!erkembangan Klasifikasi
Pada klasiIikasi 'Five-kingdom System Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara
yaitu :
a Forosintesis
b Absorpsi
c Ingesti
Prokariot termasuk dalam Monera, cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti Yukariot
uniseluler termasuk protista, ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini
Mucroalgar bersiIat Iorosintetik, Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi
Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi Mikroorganisme masuk dalam :
a Monera (bacteria dan cyanobacteria)
b Protista (microalgae dan protozoa)
c Fungsi (yeasts dan mold)
Tabel Perkembangan KlasiIikasi
Two-Kingdom system
Lennaeus
Four-Kingdom System
Capeland
Five-Kingdom system
Whitaker
Animalia
Plantae
Monera
Protoctista
Monera
Protista
Metaphyta
Metazoa
Plantac
Fungsi
Animalia
Koefisien Kesamaan
Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan Derajat perbedaan
sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda
dengan organisme lain Dengan mengetahui koeIisien kesamaan dapat disusun Cluster dari
organisme yang serupa
Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan
a Cluster analysis
b Phenogram / dendrogram
c Ordination methods
Menggunakan Principal component analysis
d Similarity Matrix
Keterkaitan Sifat Genetik
Metode klasiIikasi yang paling cermat adalah keterkaitan siIat genetika anta organisme Metode
ini paling obyektiI dan didasarkan pada DNA Pada tahun 1960, cabang ilmu yang disebut
biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme Pada
mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah mol G C saja Organisme yang berkaitan
erat memiliki G C yang sama, sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai G
C yang berbeda pula Namun demikian, organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki
G C yang sama Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara
membandingkan urutan dari nukleotida Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar
suatu organisme
Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah :
1 Homologi DNA
DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal Untaian tunggal ini kemudian
dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali Bila dua organisme ini berkaitan
erat maka akan terbentuk Heterodupleks Ini berarti untaian dari satu organisme akan
berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat
heterodupleks Metode ini paling berguna dalam tingkat klasiIikasi species
1 Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida
Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya, tetapi masih memperlihatkan homologi DNA
rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron Pada bakteri ternyata
rRNA cistron ini 'highlyy conserved lestari Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini
memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain
Taksonomi Mikroba
a. asar !engelompokan
Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau
takson yang sesuai Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan
dan hewan, tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan
Mikroba sesuai dengan bentuk dan siIatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan
Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu :
1 Monocotyledoneae, yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal
2 Dicotyledoneae, yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua, maka sekarang
akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya
3 Acotyledoneae, atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji, yaitu Cryptogamae (kriptos
tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa, gamae alat perkembangbiak)
Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan siIat alat untuk
perkembangbiakannya
Dari segi mikrobiologi sendiri, dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya,
pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti, baik yang sudah terdiIerensiasi ataupun
yang belum Yaitu :
1 Prokaryota, yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak
terdiIerensiasi Kedalam kelompok ini termasuk :
a) Bakteria,
b) Mikro-alga biru-hijau (BGA blue-green algae),
2 Karyota, yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah
terdiIerensiasi Kedalam kelompok ini termasuk :
a) Jamur, termasuk didalamnya ragi,
b) Mikro-alga lainnya
Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada
bentuk dan siIatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi
kehidupannya, ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia
Mikroba yaitu :
1 Protozoa
2 Virus
Klasifakasi Bakteri
Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler, tidak mempunyai kloroIil
berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner Karena tidak mempunyai kloroIil, bakteri
hidup sebagai jasad yang saproIitik ataupun sebagai jasad yang parasitik Tempat hidupnya
tersebar di mana-mana, sejak di udara, di dalam tanah, didalam air, pada bahan-bahan, pada
tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan
Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri
Kriteria sesuai untuk tujuan klasiIikasi bakteri termasuk siIat-siIatnya telah diterangkan dalam
bab terdahulu, inIormasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat
lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau Ilagella Prosedur
pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan
yang dekat Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme
yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik Studi Iisik membuktian bahwa
kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan
kromosom DNA untuk dikawin silangkan
Tabel Tingkat Taksonomi
Tingkatan Resmi Contoh
Kingdom Prokaryotae
Divisi Gracilicutes
Klas Scotobacteria
Ordo Eubacteriales
Famili Entobacteriaceae
Genus Escherichia
spesies Coli
Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan
DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA
diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik
dari gen-gen yang berhubungan dekat, dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar
secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang
hubungannya jauh
Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein Gen penanda RNA ribosom dan protein
ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen
kromosom lainnya Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber
biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan
menunjukkan adanya kingdom baru, yaitu Arecbaebacteria
Penemuan terbaru, hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan
untuk mengidentiIikasi spesies
Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus,(2)batang,(3)spiral
Klasifikasi Virus
a Virus Bakterial
BakteriIage (Iage) adalah virus yang menginIeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam
sel bakteri Kemudahan relatiI dalam penangannya dan kesederhanaan inIeksi Iage bakteri
membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak
masalah dasar di dalam biologi, termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi
Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung
protein pelindung Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai
berikut : adsorbsi partikel Iage, penetrasi asam nukleat, replikasi asam nukleat virus, perakitan
partikel-partikel Iage baru, dan pembebasan partikel-partikel Iage ini di dalam suatu ledakan
bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang, Iage-Iage virulen telah digunakan untuk mendeteksi
dan mengidentiIikasi bakteri patogenik
b Virus Hewan dan Tumbuhan
Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil Setiap
virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid Secara morIologis, virus
hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral, halikal bersampul atau kompleks
Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang Peristiwa ini disusul
dengan penetrasi dan pelepasan selubung, biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan
serta pematangan virion Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang
Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasiIikasi virus terlihat pada sistem ini, yang
diperkenalkan oleh A LoII dan kawan-kawan dalam tahun 1962, virus dikelompokkan menurut
siIat virionnya yaitu semacam asam nukleat, bentuk susunan kapsid, ada tidaknya selubung dan
ukuran kapsid Pembagian lebih lanjut didasarkan atas siIat-siIat lain virion itu, seperti sejumlah
untaian asam nukleat (satu atau dua, siIat pertumbuhan virus, seperti sejumlah untaian asam
nukleat (satu atau dua, siIat pertumbuhan virus, seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam
sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus, seperti digambarkan oleh kisaran inang
Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasiIikasi alami atau Iilogenik, berarti sistem ini
bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus Hubungan yang
sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa
siIat-siIat kimiawi dan strukturnya yang merupakan siIat tetap yang dapat ditentukan dengan
cermat
Klasifikasi 1amur
Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi), kemudian serat atau Iilamen (paling banyak di
dapatkan), sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah
(misalkan pada jamur merang Mushrooms, dan sabagiannya) Seperti bakteria, Jasad ini tidak
mempunyai kloroIil, karena dia hidup secara saproIik ataupun parasitik
Klasifikasi Alga-Hijau
Bentuknya sama seperti BGA, walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap
dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersiIat semu
(Chara dan Nitella)
Didapatkan dimana-mana, terutama pada tanah yang lembab, pada air, menempel pada tanaman
ataupun bersiIat endoIitik (hidup di dalam jaringan jasad lain) Misal pada Hydra, atau
menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut
mempunyai kloroIil karena berawarna hijau Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan
jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak)
Klasifikasi Alga-Biru Hijau
Berbentuk sel tunggal atau Iilamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang
terdiri dari lendir (polisakharida), atau berbentuk koloni sederhana
Termasuk kedalam kelompok jasad yang Iotosintetik karena mempunyai kloroIil, disamping
pigmen lainnya seperti Iikobilin (biru), Iukosantin (coklat) dan Iukoeritrin (merah) hidup
didalam air, di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain, sejak paku-pakuan
(Azolla) didalam rongga udara daunnya, atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan
membentuk akar karang
!eran mikroorganisme dalam khidupan
Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi, dkk,
2003) Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas
kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan, menghasilkan energi dan bereproduksi
dengan sendirinya Mikroorganisme memiliki Ileksibilitas metabolisme yang tinggi karena
mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga
apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang
tinggi pula Akan tetapi karena ukurannya yang kecil, maka tidak ada tempat untuk menyimpan
enzim-enzim yang telah dihasilkan Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan
disimpan dalam bentuk persediaanenzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan
bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada
Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar, mudah ditumbuhkan dalam
media buatan, dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni, 2001) Oleh karena
aktivitasnya tersebut, maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan, baik
yang merugikan maupun yang menguntungkan
!eranan yang Merugikan
O Penyebab penyakit, baik pada manusia, hewan maupun tumbuhan
Misalnya $trptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae
penyebab dipteri
O Penyebab kebusukan makanan (spoilage)
Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh
dalam makanan tersebut Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta
aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk Dalam
pembusukan daging, mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak
protein-protein Pada proses pembusukan sayur dan buah, mikroorganisme pektinolitik mampu
merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan
(Tarigan, 1988) Mikroorganisme seperti bakteri, khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat
menyebabkan perubahan yang tidak dikehendaki pada penampakan visual, bau, tekstur atau rasa
suatu makanan Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya, seperti
proteolitik, lipolitik, dll Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termoIilik, haloIilik, dll
!eranan yang Menguntungkan
Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi
kehidupan hewan, tumbuhan, dan manusia, misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan
Iitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit
dengan siIat-siIat kehidupannya yang khas Meskipun demikian, masih banyak manIaat yang
dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut Penggunaan mikroorganisme dapat
diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan, seperti bidang pertanian, kesehatan, dan
lingkungan Beberapa manIaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut:
Bidang pertanian
Dalam bidang pertanian, mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah
melalui Iiksasi N
2
, siklus nutrien, dan peternakan hewan Nitrogen bebas merupakan komponen
terbesar udara Unsur ini hanya dapat dimanIaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan
pengambilan khususnya melalui akar Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena
adanya mikroorganisme Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus
bakteri secara sinergetik
Kajian religi:
$urat An-Nur 45.
45 Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air, maka sebagian dari hewan itu ada
yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang
lain) berjalan dengan empat kaki Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya, sesungguhnya
Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu
$urat An-Nahl 12.
12 Dan Dia menundukkan malam dan siang, matahari dan bulan untukmu Dan bintang-bintang
itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-
benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya)
$urat Al-aqaroh 164.
164 Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi, silih bergantinya malam dan siang,
bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia, dan apa yang Allah
turunkan dari langit berupa air, lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya
dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan, dan pengisaran angin dan awan yang
dikendalikan antara langit dan bumi; sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran
Allah) bagi kaum yang memikirkan
KSIM!ULA
Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan
menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti
mikroskop, lup dan lain-lain
KlasiIikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka
dengan taksonomi
Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu:
1 Karyota, yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah
terdiIerensiasi
2 Prokaryota, yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak
terdiIerensiasi
Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu.
a) MorIologi
b) SiIat Kimiawi
c) SiIat Biakan
d) SiIat Metabilisme
e) SiIat Antigenik
I) SiIat Genetik
g) Patogenitas
h) SiIat Ekologi
Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan, baik yang merugikan maupun yang
menguntungkan yaitu:
Peranan yang Merugikan
O Penyebab penyakit, baik pada manusia, hewan maupun tumbuhan
Misalnya $trptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae
penyebab dipteri
O Penyebab kebusukan makanan (spoilage)
Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh
dalam makanan tersebut Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta
aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk
Peranan yang Menguntungkan
Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan
tanah melalui Iiksasi N
2
, siklus nutrien, dan peternakan hewan
AFTAR !USTAKA
Anonymous 2008 klasifikasi mikroba(online) (http//wwwpustakacoid) diakses tanggal 22
Desember 2008
Anonymous2008identifikasi mikroba(online)(http//wwwPustakacoid) diakses tanggal 22
Desember 2008
Budiyanto Mak, 2008 Hand Out dan Klasifikasi Mikroba Malang : Universitas Muhammadiyah
Malang
Dwijoseputro, 1990 Dasar-dasar Mikrobiologi Jakarta : Djambatan
Suriawira U, 1995 Pangantar Mokrobiologi Umum Bandung : Angkasa
Suka
Be the Iirst to like this post
hLLp//zalfblowordpresscom/2009/02/26/klaslflkaslmlkrobaklaslflkasldanperananmlkrobadalam
kehldupan/