I. A.

PERKEMBANGAN TEORI SEL

PENDAHULUAN

Perkembangan penemuan tentang sel mendorong berkembangnya persepsi tentang sel yang melahirkan teori-teori sel. Beberapa teori sel yang penting sebagai berikut :

a) Pada tahun 1665, Robert Hooke, mengamati sayatan gabus (Quercus suber) dengan menggunakan mikroskop. Dalam pengamatannya, ia menemukan adanya ruang-ruang kosong yang dibatasi dinding tebal. Robert Hooke menyebut ruang-ruang kosong tersebut dengan istilah cellulae artinya sel. Sejak penemuan itu, beberapa ilmuan semakin berlomba untuk mengetahui lebih banyak tentang sel.

b)

Sel merupakan kesatuan/ unit struktural makhluk hidup. Teori ini dikemukakan oleh Jacob Schleiden (1804-1881) dan Theodor Schwan (1810-1882).Tahun 1839, Schleiden ahli botani berkebangsaan jerman, mengadakan pengamatan miroskopis terhadap sel tumbuhan. Pada waktu yang bersamaan Thodor Schwan melakukan pengamatan yang sama terhadap sel hewan. Dari hasil pengamatannya mereka menarik kesimpulan sebagai berikut : - Tiap sel makhluk hidup terdiri dari sel - Sel merupakan unit struktural terkecil dari makhluk hidup

- Organisme bersel tunggal terdiri dari sebuah sel, organisme lain yang tersusun lebih dari satu sel disebut organisme bersel banyak

c) Sel sebagai unit fungsional makhluk hidup. Max Schulze (1825-1874) menyatakan bahwa protoplasma merupakan dasar fisik dari kehidupan. Protoplasma bukan hanya bagian struktural sel, tetapi juga merupakan bagian penting sel tempat proses hidup terjadi. Berdasarkan hal ini muncullah teori sel yang mengatakan bahwa sel merupakan kesatuan fungsional kehidupan. d) Sel sebagai unit pertumbuhan makhluk hidup. Rudolph Virchow (18211902) berpendapat bahwa omnis cellula ex cellulae (semua sel bersal dari sel sebelumnya) e) Sel sebagai unit hereditas makhluk hidup. Ilmu pengetahuan dan teknologi mendorong penemuan unit-unit penurunan sifat yang terdapat dalam nukleus, yaitu kromosom. Dalam kromosom terdapat gen yang merupakan unit pembawa sifat. Dengan penemuan ini munculah teori bahwa sel merupakan unit hereditas makhluk hidup. Penemuanpenemuan yang mendukung teori sel sebagai berikut: Robert Brown (1812), Biolog Schotlandia, menemukan benda kecil terapung dalam cairan sel yang ia sebut nucleus Felix Durjadin (1835), beranggapan bahwa bagian penting sel adalah cairan sel yang sekarang disebut protoplasma

 Johanes

Purkinye

(1787-1869),

orang

pertama

yang

mengajukan istilah embrional sel telur

protoplasma untuk menamai bahan

B. STRUKTUR UMUM SEL a) PROKARIOTA

Sel Prokariotik. Kata prokariota (prokaryote) berasal dari bahasa Yunani, pro yang berarti sebelum dan karyon yang artinya kernel atau juga disebut nukleus. Sel prokariotik tidak memiliki nukleus. Materi genetiknya (DNA) terkonsentrasi pada suatu daerah yang disebut nukleoid, tetapi tidak ada membran yang memisahkan daerah nukleoid ini dengan bagian sel lainnya. Organisme prokariota tidak memiliki inti sel dan mempunyai organisasi internal sel yang relatif lebih sederhana. Prokariota terbagi menjadi dua kelompok yang besar: eubakteria yang meliputi hampir seluruh jenis bakteri, dan archaea, kelompok prokariota yang sangat mirip dengan bakteri dan berkembang-biak di lingkungan yang ekstrem seperti sumber air panas yang bersifat asam atau air yang mengandung kadar garam yang sangat tinggi. Ciri-ciri Prokariota

1) Nukleoid (Nukleus) atau inti sel berfungsi sebagai pengendali dan pengatur sel. seluruh aktifitas sel diatur oleh nukleus. Nukleus juga berfungsi sebagai pembawa informasi genetik yaitu kromosom, yang diwariskan ke generasi selanjutnya. Kromosom adalah struktur yang 3

tersusun oleh molekul DNA dan protein (histon). Nukleus sel bakteri terpapar atau kontak langsung dengan sitoplasma karena tidak memiliki membran inti. 2) Cytoplasm (Sitoplasma) adalah bagian sel yang berisi cairan tempat berlangsungnya metabolisme sel. Kandungan terbesar dalam

sitoplasma adalah air (80-90%). 3) Ribosome (Ribosom) merupakan struktur berupa butiran-butiran kecil yaang merupakan tempat sintesis protein. Protein disintesis atau dibuat dengan menggabungkan beberapa asam amino yang sesuai informasi genetik yang ada di molekul DNA. Ribosom berada di sitoplasma. Cytoplasmic membrane (Membran Plasma) adalah lapisan di luar sitoplasma yang tersusun atas . Fungsi membran plasma adalah sebagai pelindung dan mengatur transportasi sel. Pengaturan transportasi sel dimasksudkan untuk mengatur keluar masuknya substansi ke dalam dan ke luar sel. Membran plasma juga berperan dalam penerima rangsang yang datang dari luar sel. 4) Membran sel pada sel prokariot mengalami pelekukan ke arah dalam membentuk struktur yang disebut mesosome (mesosom). Mesosom berfungsi sebagai tempat terjadinya respirasi sel sehingga dihasilkan energi yang akan digunakan untuk aktifitas di dalam sel. 5) Cell wall (Dinding Sel) adalah struktur pelindung kedua setelah membran plasma. 6) Capsule (Kapsul) adalah struktur pelindung sel ketiga setelah membran plasma dan dinding sel. 4

7) Pili (Bulu Rambut) berfungsi sebagai alat pelekatan sel bakteri pada suatu permukaan substrat atau benda. 8) Flagella (Flagel) berfungsi dalam pergerakan sel. Baik flagel dan pili disusun oleh mikrotubulus.

penampang sel prokariota(sel bakteri) b) EUKARIOTA sel eukariotik, eu berarti sebenarnyadan karyon berarti nukleus. Eukariotik mengandung pengertian memiliki nukleus sesungguhnya yang dibungkus oleh selubung nukleus. Sel EukariotSel Eukariot memiliki struktur yang lebih komplek dibandingkan dengan sel prokariot. Sel eukariot memiliki membran inti yang memisahkan Nukleus dengan sitoplasma. Sel ini juga memiliki struktur

endomembran yang disebut dengan Organel. Organel-organel sel eukariot memiliki

fungsi-fungsi tertentu yang menunjang kehidupan sel eukariot. Macam organel yang dimiliki Sel eukariot antara lain

TUMBUHAN

Dinding sel bersifat permeabel, berfungsi sebagai pelindung dan pemberi bentuk tubuh. Sel-sel yang mempunyai dinding sel antara lain: bakteri, cendawan, ganggang (protista), dan tumbuhan. Kelompok makhluk hidup tersebut mempunyai sel dengan bentuk yang jelas dan kaku (rigid). Pada protozoa (protista) dan hewan tidak mempunyai dinding sel, sehingga bentuk selnya kurang jelas dan fleksibel, tidak kaku. Pada bagian tertentu dari dinding sel tidak ikut mengalami penebalan dan memiliki plasmodesmata

Membran plasm membatasi sel dengan lingkungan luar, bersifat semi/selektif permeabel, berfungsi mengatur pemasukan dan pengeluaran zat ke dalam dan ke luar sel dengan cara difusi, osmosis, dan transport aktif. Membran plasma disusun oleh fosfolipid, proten, kolesterol, dl.

Nukleus (Inti sel) dibatasi oleh membran inti, mengandung benang-benang kromatin dan nukleolus (anak inti sel). Membran inti terdiri atas dua lapis dan mempunyai pori. Benang-benang kromatin akan memendek pada waktu proses pembelahan sel membentuk kromosom. Nukleus berfungsi mengatur segala aktivitas yang terjadi dalam sel

Ribosom terdiri atas dua unit yang kaya akan RNA, berperan dalam sintesis protein. Ribosom ada yang menempel pada RE kasar dan ada yang terdapat bebas dalam sitoplasma.

Mitokondria, Organel yang berperan dalam respirasi sel. Respirasi sel bertujuan untuk mengahasilkan energi yang akan digunakan dalam aktivitas sel.

Aparatus Golgi, Oraganel yang berperan dalam sekresi produk, baik protein, polisakarida maupun lemak.

Retikulum Endoplasma (RE), organel yang berperan dalam sintesis produk. Ada dua jenis RE, yaitu RE kasar (RE yang di bagian permukaannya terdapat butiran ribosom) dan RE halus (RE yang tidak memiliki ribosom). RE kasar berfungsi untuk mensintesis protein, sedangkan RE halus berfungsi dalam sintesis lemak dan sterol.

Plastida, organel yang mengandung pigmen (warna).

Vakuola, organel yang berfungsi dalam penyimpanan cadangan makanan, minyak atsiri dan sisa metabolisme sel.

Badan Mikro, ada dua macam badan mikro, yaitu Peroksisom (mengandung enzim katalase) dan Glioksisom (mengandung enzim katalase dan oksidase)

HEWAN

Membran plasma

membatasi

sel

dengan

lingkungan

luar,

bersifat

semi/selektif permeabel, berfungsi mengatur pemasukan dan pengeluaran zat ke dalam dan ke luar sel dengan cara difusi, osmosis, dan transport aktif. Membran plasma disusun oleh fosfolipid, proten, kolesterol, dl.

Nukleus (Inti sel) dibatasi oleh membran inti, mengandung benang-benang kromatin dan nukleolus (anak inti sel). Membran inti terdiri atas dua lapis dan mempunyai pori. Benang-benang kromatin akan memendek pada waktu proses pembelahan sel membentuk kromosom. Nukleus berfungsi mengatur segala aktivitas yang terjadi dalam sel

ribosom terdiri atas dua unit yang kaya akan RNA, berperan dalam sintesis protein. Ribosom ada yang menempel pada RE kasar dan ada yang terdapat bebas dalam sitoplasma.

lisosom, Organel yang berperan dalam pencernaan sel. Organel ini mengandung enzim lisozim yang akan melisis bagain sel yang telah mati, rusak atau sudah tua.

Mitokondria, Organel yang berperan dalam respirasi sel. Respirasi sel bertujuan untuk mengahasilkan energi yang akan digunakan dalam aktivitas sel.

Aparatus Golgi, Oraganel yang berperan dalam sekresi produk, baik protein, polisakarida maupun lemak.

Retikulum Endoplasma (RE), organel yang berperan dalam sintesis produk. Ada dua jenis RE, yaitu RE kasar (RE yang di bagian permukaannya terdapat butiran ribosom) dan RE halus (RE yang tidak memiliki ribosom). RE kasar berfungsi untuk mensintesis protein, sedangkan RE halus berfungsi dalam sintesis lemak dan sterol.

Sentriol, organel yang berperan dalam pembelahan sel. Sentriol berfungsi menarik kromosom ke arah kutub yang berlawanan.

C. BAHAN PENYUSUN SEL:PROTOPLASMA

Pada sel hewan dan tumbuhan, protoplasma mengandung sekitar

1. 75-85% air, 2. 10-20% protein 3. 2-3% lipida 4. 1% karbohidrat 5. dan 1% zat-zat anorganik lainnya

protoplasma pada semua sel terdiri atas dua komponen utama, yaitu

1. air Di dalam sel, air terdapat dalam dua bentuk Dua bentuk itu yaitu bentuk bebas dan bentuk terikat. Air dalam bentuk bebas mencakup 95% dari total air di dalam sel. Umumnya air berperan sebagai pelarut dan sebagai medium dispersi sistem koloid. Air dalam bentuk terikat mencakup 4-5% dari total air di

dalam sel Air berfungsi: Pelarut berbagai zat organik dan anorganik, misalnya berbagai jenis ionion, glukosa, sukrosa, asam amino, serta berbagai jenis vitamin. Air merupakan media transpor berbagai zat yang terlarut atau yang tersuspensi untuk berdifusi atau bergerak dari suatu bagian sel ke bagian sel yang lain.

10

Air digunakan untuk mengabsorbsi panas dan mencegah perubahan temperatur yang drastis atau mendadak di dalam sel.

air sebagai bahan baku untuk reaksi hidrolisis dan sintesis karbohidat . misal dalam fotosintesis

2.

komponen anorganik / komponen organik. a) komponen anorganik Komponen-komponen anorganik terdiri atas air, garam-garam mineral, gas oksigen, karbon dioksida, nitrogen, dan ammonia. b) komponen organik. Komponen organik terutama terdiri atas karbohidrat, lipida, protein, dan beberapa komponen-komponen spesifik seperti enzim, vitamin, dan hormon komponen / unsur unsur penyusun protoplasma

D.

PENTINGNYA MEMPELAJARI SEL

Segala sesuatu yang dipelajari pasti memiliki manfaat. Begitu halnya dengan biologi sel. Ilmu yang mempelajari tentang suatu organisme dalam tingkatan seluler

11

ini memiliki berbagai manfaat antara lain dalam bidang ketahanan pangan, ekonomi, kesehatan dsb. Bidang Sains

`dalam bidang sains manfaat yang didapat daripembelajaran biologi sel adalah munculnya bioteknologi yang memudahkan dalam suatu penelitian dsb. Fokus bioteknologi modern dan konvensional harus diarahkan sehingga menguntungkan petani miskin di negara-negara miskin dan tidak hanya petani kaya di negara-negara kaya.ketika bioteknologi ada maka akan sangat membantu pemerintah dalam meningkatkan kesejahtraan dari petani-petani yang ada bidang kesehatan

Dengan adanya biologi sel maka manfaat yang kita peroleh dalam bidang kesehatan adalah ditemukannya penyebab dari suatu penyakit. Ketika penyebab suatu penyakit telah diketahui maka penanggulangan dan pegobatan penyakit tersebut dapat ditemukan.

Dapat dipelajarinya DNA maka dapat membantu dalam proses penentuan kesehatan dari seseorang. Dari hasil DNA maka dapat dipelajari penyakit-penyakit menurun yang berbahaya seperti hemofilia dsb. ( anonim, 2008 )

Manfaat lain yang boleh kita dapat dalam mempelajari biologi sel dalam bidang kesehatan adlah ditemukannya berbagai jenis obat-obatan dengan menggunakan mikroba dsb. Bidang perikanan

12

dalam bidang perikanan manfaat dari kita belajar biologi sel adalah usaha pembudidayaan ikan-ikan yang diketahui bernilai gizi tinggi atau yang bernilai ekonomis adalah dengan dilakukannya pemijahan. Dengan teknik pemijahan dalam tambak-tambak, spermatozoa dan sel telur dari ikan jantan dan ikan betina, dapat dengan mudah bertemu menjadi zigot, tanpa harus terganggu oleh arus air laut. Selain itu telur-telur yang dihasilkan juga akan terhindar dari para

pemangsa/predatornya, sehingga besar kemungkinannya telur-telur itu akan menetas dan menjadi ikan. Contoh pemanfaatan Biologi lainnya dalam bidang ini adalah dengan diketemukannya manfaat daun singkong yang ternyata dapat dijadikan pakan tambahan bagi ikan nila merah sehingga dapat mempercepat pertumbuhan ikan tersebut.(arnold suasanaseg,2008). Bidang industri

Contoh dalam industri makanan adalah sebagai berikut; Setelah diketemukannya jenis bakteri Lactobacillus yang sifat-sifatnya dapat bermanfaat bagi manusia dan dapat dibuat menjadi yoghurt, maka berkembanglah industri pembuatan yoghurt. Yoghurt ini dibuat dari susu yang difermentasikan dengan menggunakan bakteri Lactobacillus, pada suhu 40 derajat celcius selama 2,5 jam sampai 3,5 jam. Contoh lainnya pemanfaatan mikrobiologi dalam bidang industri makanan adalah pada industri kecap, tempe, oncom, keju, roti, dan nata de coco, serta minuman anggur.

Dalam industri obat-obatan, telah diketahui sifat-sifat bakteri Escherichia coli yang ternyata dapat dibuat/disintesis menjadi insulin; insulin ini sangat berguna bagi penderita penyakit Diabetes Melitus pada manusia.

13

Contoh perkembangan mikrobiologi dalam industri obat-obatan lainnya adalah pada industri pembuatan antibiotik dan vaksin. Macam-macam antibiotik yang sudah berhasil dibuat antara lain adalah: Penisilin (dibuat dari jamur Penicillium), Sefalosporin (dihasilkan oleh jamur Cephalosporium), dan Tetrasiklin (dihasilkan oleh jamur Streptomycin). Bidang ekonomi

Manfaat yang dihasilkan dari pemanfaatan biologi sel dalam bidang industri salah satunya adalah ditemukan teknologi-teknologi dan penemuan-penemuan membuat kesejahtraan dari masyarakat secara khusus (penemu) dan masyarakat secara umum (negara) meningkat.

Masih banyak lagi manfaat yang akan kita peroleh pada saat kita mempelajari biologi sel asalkan kita sungguh-sungguh belajar.

14

II. SELAPUT PLASMA

Selaput Plasma Yaitu selaput atau membran sel yang terletak paling luar yang tersusun dari senyawa kimia Lipoprotein (gabungan dari senyawa lemak atau Lipid dan senyawa Protein). Lipoprotein ini tersusun atas 3 lapisan yang jika ditinjau dari luar ke dalam urutannya adalah: Protein - Lipid -

Lemak bersifat Hidrofebik (tidak larut dalam air) sedangkan protein bersifat Hidrofilik (larut dalam air); oleh karena itu selaput plasma bersifat Selektif Permeabel atau Semi Permeabel (teori dari Overton). Selektif permeabel berarti hanya dapat memasukkan /di lewati molekul tertentu saja. Fungsi dari selaput plasma ini adalah menyelenggarakan Transportasi zat dari sel yang satu ke sel yang lain. Khusus pada sel tumbahan, selain mempunyai selaput plasma masih ada satu struktur lagi yang letaknya di luar selaput plasma yang disebut Dinding Sel (Cell Wall).

Dinding sel tersusun dari dua lapis senyawa Selulosa, di antara kedua lapisan selulosa tadi terdapat rongga yang dinamakan Lamel Tengah (Middle Lamel) yang dapat terisi oleh zat-zat penguat seperti Lignin, Chitine, Pektin, Suberine dan lainlain Selain itu pada dinding sel tumbuhan kadang-kadang terdapat celah yang disebut Noktah. Noktah/Pit sering terdapat penjuluran Sitoplasma yang disebut

Plasmodesma yang fungsinya hampir sama dengan fungsi saraf pada hewan.

15

A. Membran Model Danielle-Davson

PadaPada tahun 1935, Hugh Davson dan James Danielli mengusulkan model membran sel di mana fosfolipid dua lapis terletak di antara dua lapisan globular protein. Lapisan ganda phosopholipid sudah diusulkan oleh Gorter dan Grendel pada tahun 1925, tetapi lapisan mengapit Davson-Danielli model protein yang baru dan dimaksudkan untuk menjelaskan pengamatan Danielli pada tegangan permukaan bilayers lipid. (Sekarang diketahui bahwa kelompok fosfolipid kepala cukup untuk menjelaskan tegangan permukaan diukur). Model Davson-Danielli

didominasi sampai Singer dan Nicolson maju model mosaik cair pada tahun 1972. Model mosaik cair diperluas pada model Danielli Davson termasuk protein transmembran, dan menghilangkan lapisan protein yang sebelumnya yang diusulkan mengapit yang tidak baik didukung oleh bukti eksperimental.

B. Unit Membran Menurut Konsep Robertson

Pada tahun 1959 David Robertson berdasarkan studi mikroskopis elektron, mengusulkan gagasan membran unit. Dia melihat tiga lapis (gelap-terang-gelap) pengaturan untuk semua membran yang dia belajar. Gagasan ini menyatakan bahwa membran terdiri dari lapisan ganda lipid phospho terjepit di antara dua monolayers protein dan berbagai bahwa membran dalam suatu sel membran unit. Sekarang diterima bahwa ide membran unit berlaku dengan beberapa pengecualian. Membran sel, membran retikulum endoplasma, kompleks dan lisosom Golgi adalah selaput membran Unit sementara nuklir, membran mitokondria dan plastida adalah membran satuan ganda.

16

C. Membrane model mozaik cair Singer Nicolson

pada

akhir

tahun

1960-an,

semakin

terakumulasi

bukti-bukti

yang

menunjukkan bahwa hipotesis membran unit tidak cukup untuk menjelaskan sifat dinamis protein membran, walaupun hipotesis tersebut sesuai dengan distribusi yang sudah diketahui dari lipid membran. Tahun 1972, sebuah hipotesis struktur membran baru dikembangkan oleh Singer dan Nicholson. Hipotesis yang dikenal sebagai model mosaik cair tersebut memandang membran sebagai sebuah lapisan ganda fosfolipid cair, dengan protein-protein yang terselip ke dalamnya dengan berbagai cara (suatu mosaik), bukan sebuah lapisan yang tak putus. Protein-protein yang terasosiasi dengan permukaan eksterior atau interior mosaik lipid disebut protein ekstrinsik. Protein-protein ini sangat bervariasi keberadaanya pada membran-membran yang berbeda, bahkan mungkin tak ada sama sekali. Protein yang ditemukan di dalam lapisan ganda lipid dikenal sebagai proteinprotein intrinsik. Protein-protein intrinsik bisa terbatas seluruhnya pada lapisan ganda lipid, atau bisa juga menyembul ke permukaan interior ataupun eksterior. Dalam beberapa kasus sebuah protein intrinsik yang besar dapat membentang dari permukaan yang satu ke permukaan yang lainnya. Protein-protein yang ditemukan dalam matriks lipid cenderung kaya akan asam amino hidrofobik, yang memungkinkan interaksi dalam jumlah maksimum antara protein-protein tersebut dengan medium yang mengelilinginya; sebaliknya protein-protein ekstrinsik

cenderung kaya akan gugus-gugus hidrofilik, yang mendorong interaksi dengan air yang mengelilinginya dan ion-ion yang terkandung dalam air tersebut.

17

Dalam banyak kasus, protein-protein tunggal yang berasosiasi dengan membran, memuntir dan melipat sehingga bagian yang hidrofobik tetap tertanam dalam matriks lipid, sementara daerah-daerah yang bermuatan, atau hidrofilik, cenderung menyembul dari permukaan ke medium berair yang mengelilinginya.

Protein-protein terpisah dalam membran bisa berinteraksi satu sama lain untuk membentuk suatu unit kompleks, misalnya saja saluran atau pori. Tautan protein-protein dalam membran bisa juga menghasilkan stabilitas bagi susunan protein, suatu kondisi yang diperlukan untuk memastikan keberlangsungan fungsional membran. Lapisan fosfolipid yang cair relatif bebas untuk bergerak ke arah yang partikel dengan bidang membran itu sendiri, sebab molekul-molekul lipid umumnya disatukan oleh gaya-gayalemah, bukan ikatan kovalen. Akan tetapi, baik kolesterol maupun protein intrinsik mungkin melakukan pergerakan seperti itu di dalam membran sehingga menyebabkanmembran sedikit kaku.

D. Komposisi Kimia Membran Plasma

Membran plasma merupakan batas kehidupan, batas yang memisahkan sel hidup dari sekelilingnya yang mati. Berdasarkan dari komposisi kimia membran dan

18

pemeabilitasnya terhadap solut maka dapat disimpulkan bahwa membran sel terdiri atas lipid dan protein.

Tiga macam lipida polar yang utama adalah fosfolipida, glukolipida dan sedikit sulfolipida. Pada lipida polar, asam lemak yang hidrofobik berorientasi ke bagian dalam membran. Variasi antara panjang dan tingkat ketidakjenuhan (jumlah ikatan rangkap) dari rantai asam lemak berpengaruh terhadap titik cair.

Membran sel terdiri atas dua lapis molekul fosfolipid. Bagian ekor dengan asam lemak yang bersifat hidrofobik (non polar), kedua lapis molekul tersebut saling berorientasi kedalam, sedangkan bagian kepala bersifat hidrofilik (polar), mengarah ke lingkungan yang berair. (Anonimous, 2008). Pada membran terdapat lapisan ganda dan molekul-molekul posfolipid yang letaknya teratur sedemikian rupa sehingga ujung karbon yang hidropobik terbungkus sedemikian rupa di dalam sebuah lapisan amorf dalam senyawa lipid. (Prawiranata, 1981).

Membran plasma memiliki permeabilitas selektif, yakni membran ini memungkinkan beberapa substansi dapat melintasinya dengannya lebih mudah dari pada substansi yang lainnya. Kemampuan sel untuk membedakan pertukaran kimiawinya ini dengan lingkungannya merupakan hal yang mendasar bagi

kehidupan, dan membran plasma inilah yang membuat keselektifan ini bisa terjadi. (Campbell, dkk, 2002). Adanya sifat hidrofobik di bagian tengah lapisan lipid membran plasma menyebabkan membran tersebut tidak mudah ditembus oleh molekul polar, sehingga membran sel mencegah keluarnya komponen-komponen dalam sel yang larut dalam air. Namun, sel juga memerlukan bahan-bahan nutrisi dan membuang limbahnya ke luar sel. Untuk memenuhi kebutuhan ini, sel harus

19

mengembangkan suatu sistem/mekanisme khusus untuk transpor melintasi membran sel. (Subowo, 1995).

E. Fungsi Membran Plasmaa

Membran Plasma sangat penting untuk menjaga kehidupan sel. fungsi membranPlasma adalah sebagai berikut: 1. Melindungi Isi sel Membran plasma berfungsi mempertahankan isi sel. 2.Mengatur keluar masuknya molekul-molekul membran plasma bersifat

semipermeabel (selektif permeabel), artinya ada zat-zat tertentu yang dapat melewati membran dan ada pula yang tidak. Molekul tersebut berguna untuk mempertahankan kehidupan sel. 3. Menerima rangsangan dari luar sel (sebagai reseptor) Rangsangan itu berupa zat-zat kimia, misalnya hormon, racun, rancangan listrik, dan rangsangan mekanik, misalnya tusukan dan tekanan, sebagai contoh adalah sel Amoeba. Sel Amoeba yang tidak memiliki indra ternyata mampu menerima rangsangan, baik rangsangan kimia, listrik, maupun mekanik. Bagian sel yang berfungsi sebagai reseptor adalah gilikoprotein. Walaupun penelitian-penelitian terbaru dengan mikroskop elektron

cenderung mengkonfirmasi prediksi-prediksi model mosaik cair, hipotesis membran unit selama ini sangat berguna dalam mengarahkan penelitian penelitian tentang membran dan tidak sepantasnya dipandang sebagai suatu langkah yang salah dalam pemahaman kita yang makin meningkat akan struktur membran. model mosaik cair sendiri bisa saja suatu hari nanti digantikan oleh sebuah konsep yang lebih berguna.

20

F. Mekanisme Transpor Melalui Membran

Setiap sel yang hidup harus selalu memasukkan materi yang diperlukan dan membuang sisa-sisa metabolismenya.Untuk mempertahankan konsentrasi ionion di dalam sitoplasma, sel juga selalu memasukkan dan mengeluarkan ion-ion tertentu. pengaturan keluar masuknya materi dari dan menuju ke dalam sel sangat dipengaruhi oleh permeabilitas membran.

Bagian dalam lapisan lipid bilayer bersifat hidrofobik, sehingga tidak dapat ditembus oleh molekul-molekul polar dan substansi yang larut dalam air.Transpor materi-materi yang larut di dalam air dan bermuatan diperankan oleh protein integral membran.

1. Transpor pasif

Transpor pasif merupakan suatu perpindahan molekul menuruni gradien konsentrasinya.Transpor pasif ini bersifat spontan. Difusi, osmosis, dan difusi terfasilitasi merupakan contoh dari transpor pasif.Difusi terjadi akibat gerak termal yang meningkatkan entropi atau ketidakteraturan sehingga menyebabkan campuran yang lebih acak. Difusi akan berlanjut selama respirasi seluler yang mengkonsumsi O2 masuk. Osmosis merupakan difusi pelarut melintasi membran selektif yang arah perpindahannya ditentukan oleh beda konsentrasi zat terlarut total (dari hipotonis ke hipertonis). Difusi terfasilitasi juga masih dianggap ke dalam transpor pasif karena zat terlarut berpindah menurut gradien konsentrasinya.

21

a. Difusi

Adalah peristiwa mengalirnya/berpindahnya suatu zat dalam pelarut dari bagian berkonsentrasi tinggi ke bagian yang berkonsentrasi rendah.Contoh yang sederhana adalah pemberian gula pada cairan teh tawar. Lambat laun cairan menjadi manis. Contoh lain adalah uap air dari cerek yang berdifusi dalam udara

b. Osmosis

Adalah perpindahan air melalui membran permeabel selektif dari bagian yang lebih encer ke bagian yang lebih pekat.Membran semipermeabel harus dapat ditembus oleh pelarut, tapi tidak oleh zat terlarut, yang mengakibatkan gradien tekanan sepanjang membran.Osmosis merupakan suatu fenomena alami, tapi dapat dihambat secara buatan dengan meningkatkan tekanan pada bagian dengan konsentrasi pekat menjadi melebihi bagian dengan konsentrasi yang lebih encer. Gaya per unit luas yang dibutuhkan untuk mencegah mengalirnya pelarut melalui membran permeabel selektif dan masuk ke larutan dengan konsentrasi yang lebih pekat sebanding dengan tekanan turgor.Osmosis adalah suatu topik yang penting dalam biologi karena fenomena ini dapat menjelaskan mengapa air dapat ditransportasikan ke dalam dan ke luar sel.

c. Transport Lintas

Proses transport melalui membran terjadi melalui 2 mekanisme, yaitu transport aktif dan transport pasif. Transport pasif terjadi tanpa memerlukan energi sedangkan transport aktif adalah memerlukan energi. Yang termasuk transport pasif

22

a. difusi sederhana, b. transport dengan fasilitas, c. transport lewat ion channel.

d. Difusi_Terfasilitas

Transport dengan cara difusi fasilitas mempunyai perbedaan dengan difusi sederhana yaitu difusi fasilitas terjadi melalui carrier spesifik dan difusi ini mempunyai kecepatan transport maksimum (Vmax). Suatu bahan yang akan ditransport lewat cara ini akan terikat lebih dahulu dengan carrier protein yang spesifik, dan ikatan ini akan membuka channel tertentu untuk membawa ikatan ini ke dalam sel. Jika konsentrasi bahan ini terus ditingkatkan, maka jumlah carrier akan habis berikatan dengan bahan tersebut sehingga pada saat itu kecepatan difusi menjadi maksimal (Vmax). Pada difusi sederhana hal ini tidak terjadi, makin banyak bahan kecepatan transport bahan maakin meningkat tanpa batas.

e. Transport_Ion_Channel

Transport lewat ion channel khusus bagi ion-ion yang sulit ditransport secara difusi akibat muatan listriknya. Ion channel ini mempunyai sifat yang sangat selektif dan terbukanya channel tersebut akibat potensial listrik sepanjang membran sel dan melalui ikatan channel dengan hormon atau neurotransmitter.

23

f.

Transpor aktif

Merupakan kebalikan dari transpor pasif dan bersifat tidak spontan.Arah perpindahan dari transpor ini melawan gradien konsentrasi.Transpor aktif

membutuhkan bantuan dari beberapa protein. Contoh protein yang terlibat dalam transpor aktif ialah channel protein dan carrier protein, serta ionophore. Transport aktif terbagi atas transport aktif primer dan sekunder. Transport aktif sekunder juga terdiri atas co-transport dan counter transport (exchange).

Transport aktif primer memakai energi langsung dari ATP, misalnya pada NaK pump dan Ca pump. Pada Na-K pump, 3 Na akan dipompa keluar sel sedang 2 K akan dipompa kedalam sel. Pada Ca pump, ca akan dipompa keluar sel agar konsentrasi Ca dalam sel rendah.

24

g. Transport sekunder co-transport

Pada transport sekunder co-transport , glukosa atau asam amino akan ditransport masuk dalam sel mengikuti masuknya Natrium. Natrium yang masuk akibat perbedaan konsentrasi mengikutkan glukosa atau asam amino ke dalam sel, meskipun asam amino atau glukosa di dalam sel konsentrasinya lebih tinggi dari luar sel, tetapi asam amino atau glukosa ini memakai energi dari Na (akibat perbedaan konsentrasi Na). Sehingga glukosa atau asam amino ditransport secara transport aktif sekunder co-transport

h. Transport sekunder counter-transport

Pada proses counter transport/exchange, masuknya ion Na ke dalam sel akan menyebabkan bahan lain ditransport keluar. Misalnya pada Na-Ca exchange dan Na-H exchange. Pada Na-Ca exchange, 3 ion Na akan ditransport kedalam sel untuk setiap 1 ion Ca yang ditransport keluar sel, hal ini untuk menjaga kadar Ca intrasel, khususnya pada otot jantung sehingga berperan pada kontraktiitas jantung. Na-H exchange terutama berperan mengatur konsentrasi ion Na dan Hidrogen dalam tubulus proksimal ginjal, sehingga turut mengatur pH dalam sel.

Interaksi Antigen-Antibodi

Antibodi adalah molekul protein (immunoglobulin) yang memiliki satu atau lebih tempat perlekatan (combining sites) yang disebut paratope (Brownlee, 2007).Antigen adalah molekul asing yang mendatangkan suatu respon spesifik dari limfosit. Salah satu cara antigen menimbulkan respon kekebalan adalah dengan cara mengaktifkan sel B untuk mensekresi protein yang disebut antibodi. Istilah

25

antigen

sendiri

merupakan

singkatan

antibody-generator bentuk molekuler

(pembangkit khusus dan

antibodi).Masing-masing

antigen mempunyai

merangsang sel-sel B tertentu untuk mensekresi antibodi yang berinteraksi secara spesifik dengan antigen tersebut (Campbell, 2004).Interaksi antigen antibodi merupakan interaksi kimiawi yang dapat dianalogikan dengan interaksi enzim dengan substratnya.Spesifitas kerja antibodi mirip dengan enzim (Sadewa, 2008).

Kompleksitas antara antigen-antibodi terjadi saat antiserum dicampur dalam perbandingan 1:1 dengan antigen. Ikatan antara antigen-antibodi terjadi karena kekuatan kimia dan molekuler yang dibangkitkan antara faktor antigen dan area pengikat antigen pada Fab end molekul antibodi. Faktor antigen berasal dari permukaan molekul dan dalam reaksinya dengan imunoglobulin akan cocok dengan salah satu reseptor imunoglobulin. Ikatan yang terjadi antara antigen dan molekul imunoglobulin walaupun sangat spesifik namun ikatannya lemah dan

reversibel.Ikatan elektrostatik yang didapatkan dari interaksi antara beban positif dan negatif dalam molekul antigen dan antibodi, ikatan hidrogen, dan kekuatan intermolekul tipe Van der Waals adalah yang terpenting.

Tes aglutinasi adalah pendiagnosa yang berguna untuk mendeteksi dan mengukur antibodi spesifik dalam serum pasien, untuk mengidentifikasi antigen seperti bakteri dan virus (yang dikenal dengan antisera) serta untuk menentukan golongan darah.Hemaglutinasi adalah aglutinasi sel darah merah oleh antibodi yang spesifik untuk antigen membran sel. Pemeriksaan golongan darah adalah contoh dari hemaglutinasi.Molekul antibodi dengan satu reseptor pengikat dan satu reseptor bebas terikat pada antigen membentuk jembatan (linkage) antara 2 mokelul

26

antigen.Ikatan silang antigen-antibodi ini berlanjut membentuk pola geometris komplek tiga dimensi sampai menghasilkan satu kelompok besar.Aglutinasi ini terjadi bila ukuran antigen lebih dari 2 m (Nolte, 1977).

Golongan

darah

ditentukan

oleh

kehadiran

atau

ketidakhadiran

antigen.Struktur kimia antigen golongan darah disusun oleh rantai gula panjang berulang-ulang yang disebut fukosa, yang dengan sendirinya membentuk antigen O bagi golongan darah O. Fukosa juga berperan sebagai dasar dari golongan darah lainnya. Golongan darah A adalah antigen O (fukosa) ditambah gula yang disebut Nasetil galactosamin yang ditambahkan pada ujungnya. Golongan darah B adalah fukosa ditambah gula berbeda, D-galactosamin, pada ujungnya.Golongan darah AB adalah fukosa ditambah N-asetil galactosamin dan D-galactosamin.Rantai gula panjang berulang-ulang ini seperti antena, yang memproyeksi keluar dari permukaan sel-sel kita, mengawasi antigen asing.

Masing-masing golongan darah memproduksi antibodi terhadap golongan darah lainnya.Inilah mengapa kita bisa menerima transfusi dari sebagian golongan darah tetapi tidak dari yang lainnya. Antibodi golongan darah ini tidak berada di sana untuk memperumit transfusi, tetapi lebih untuk melindungi tubuh dari zat-zat asing, seperti bakteri, virus, parasit dan beberapa makanan nabati yang mirip antigen golongan darah asing. Ketika sistem kekebalan tubuh berusaha mengidentifikasi karakter yang mencurigakan, salah satu hal pertama yang dicarinya adalah antigen golongan darah. Jika sistem kekebalan tubuh bertemu salah satu zat yang mirip golongan darah yang berbeda, ia akan menciptakan antibodi untuk melawannya. Reaksi antibodi ini dikarakteristikkan oleh proses yang disebut aglutinasi

27

(penggumpalan sel). Ini berarti antibodi melekat pada antigen dan menjadikannya sangat lengket.

28

III. SITOSOL DAN SITOSKELET A. SITOSOL 1. Pengertian Sitosol dan Organisasi Sitosol Sitosol adalah bagian sitoplasma yang berupa cairan yang terdapat di selasela organela berselaput. Lima puluh persen volume suatu sel berupa sitosol. Dalam sitosol terdapat beribu-ribu jenis enzim yang berguna dalam proses metabolisme intermedia serta ribosom yang aktif mensintesis protein. Lima puluh persen protein tersebut tetap berada dalam sitosol. Sebagian dari protein-protein tersebut teranyam membentuk jejala yang disebut sitoskeleton. Pada sel mamalia, sitoskeleton terdiri atas kelompok elemen-elemen berbentuk serabut yang beraneka ragam yang berperan penting menunjang beberapa fungsi sel baik digestif maupun nondigestif, misalnya sekresi, absorpsi, motilitas, integritas mekanik serta mitosis atau pembelahan sel (Ku et al., 1999). Sitoskeleton terdiri atas tiga kelompok protein utama , yaitu mikrofilamen (MF), mikrotubul (MT) dan filamen intermedia (IF) (Karp, 1979) Beberapa tipe sel berkembang dengan struktur dan bentuk terpolarisasi yang penting bagi fungsi biologisnya. (Ku et al., 1999). Contoh tipikal sel terpolarisasi adalah sel-sel saraf (neuron) dan sel-sel epitel. Pada sel-sel epitel, permukaan apikal menghadap lumen atau canaliculus dan permukaan ini merupakan tempat sekresi ataupun absorpsi. Permukaan basolateral menghadap ke area basal, terdapat hemidesmosom dan terhubung dengan matrik ekstraseluler (ECM). Sedangkan sisi lateral berhubungan dengan sel-sel epitel yang lain melalui desmosom dan gap-junction (bisa disimak pada Gambar 1). Tiga aktivitas utama selsel epitel pencernaan, yaitu sekresi digesti dan absorpsi memerlukan adanya polaritas sel dan transpor intraseluler. Semua fungsi tersebut berhubungan erat dengan sitoskeleton. 29

Sitosol berbentuk fase cair di dalam sitoplasma. Media tempat adanya organel, ribosom, dan komponen granula sitoplasma adalah fase cair

berkesinambngan yang mengisi sel, disebut sitosol. Sitosol tidak hanya merupakan larutan encer, akan tetapi mempunyai komposisi yang kompleks dan konsistensinya hampir seperti gel. Sitosol mengadung berbagai enzim dan system enzim dalam bentuk terlarut, dan juga protein yang mengikat, menyimpan atau mengangkut zat makanan, mineral kelumit dan oksigen. Sitosol juga mengandung berbagia jenis biomolekul kecil dalam bentuk terlarut, tidak hanya molekul penyusun seperti asam amino dan nukleotida, tetapi juga ratusan molekul organik kecil yang disebut metabolit, yang merupakan senyawa antara di dalam biosintesa atau degradasi molekul unit penyusun dan makromolekul.

B. STRUKTUR dan FUNGSI SITOSKELET 1. Komposisi Kimia dan Struktur Mikrotubulus Mikrotubulus memiliki bentuk silinder dengan diameter luarnya 30 nm dan lumernya 1 14 nm dengan ketebalan dindingnya 8 nm. Panjangnya bervariasi tergantung dari tipe sel dan spesies, namun kadang-kadang dapat mencapai 1000 kali tebalnya yaitu hingga 25 m, namun tidak memiliki cabang. Dinding dari mikrotubulus tersusun dari 9-14 protofilamen/protofibril yang identik. Perhatikan gambar berikut :

30

Setiap sub unit adalah merupakan suatu dimer dengan berat molekul protein 110.000 - 120.000. Protein tubulin dibedakan atas 2 macam, yaitu: Tubulin Tubulin

Struktur monomer dari tubulin oc tidak sama dengan tubulin (3. Satu dimer dapat terdiri dari 2 monomer identik disebut homodimer, atau 2 monomer yang berbeda disebut heterodimer (monomer tubulin + monomer tubulin ). Protofilamen merupakan kesatuan, dapat dari homodimer atau heterodimer, tergantung jenis atau sifat dari mikrotubulus yang bersangkutan. Pasangan sub unit (heterodimer dan heterodimer ) membentuk suatu heliks. Colehieine yang merupakan suatu alkaloid memiliki kemampuan bergabung

31

pada subunit mikrotubulus dan juga menghambat asosiasinya membentuk mikrotubulus. Merupakan penyebab terhambatnya pembelahan sel pada stadium metafase. Dimer tubulin memiliki tempat berikatan dengan GTP (guanosine

tryphosphate) dan tempat untuk alkaloid penghambat polimerisasi (colchicine, vinblastine, podophylline). Suhu dingin dan jenis alkaloid yang telah disebutkan sebelumnya menyebabkan depolimerasi dari mikrotubulus. Fiksasi colchicine menyebabkan pemendekan, selanjutnya mikrotubulus menghilang oleh kegagalan polimerisasi. Polimerisasi dapat terjadi oleh kehadiran GTP dan Mg ++. Polimerisasi berawal dari satu kecambah inti (bakal inti) yang berbentuk cincin (tersusun dari tubulin). Tubulin-tubulin bersatu pada eksteremitas dari cincin dan selanjutnya memulai membentuk protofilamen primer, sekunder, dan seterusnya membentuk satu mikrotubulus berdinding terbuka. Bilamana protofilamen semua telah terbentuk, dinding tertutup dan mikrotubulus yang kecil tersebut selanjutnya memainkan perannya lag] sebagai kecambah (bakal ). Kecamhah atau bakal disebut sebagai Microtubule Organizing Centers (MTOCs). Lokasi dan orientasinya menentukan pola pertumbuhan dari organel. MTOCs memiliki beberapa bentuk seperti yang terdapat pada sentriol, capsule basal, kromosom, dan lain-lain. 2. Komposisi Kimia dan Struktur Mikrofilamen Pengamatan dengan mikroskop elektron menunjukkan bahwa mikrofilamen ukurannya lebih pendek dari mikrotubulus yaitu panjangnya 1-2 m dan tebal 5-7

32

nm. Struktur dari mikrofilamen berhubungan dengan fungsinya, tersusun dari protein actin.

Gambar Organisasi molekular dari filamen actin. (A) actin G (globular); (B)actin F (polimer actin G): (C) actin F dengan kedua butir; satu molekul tropomyosin dan setiap 36 nm satu molekul troponine; (D) myofilament dalam bentuk gel dan cair. 1. Aktin G; 2. Aktin F; 3. tropomyosin; 4. troponin; 5_ filamen ABP; 6. galsoline dan villine

Actin terdapat dalam 2 bentuk yaitu: a. Actin-G dalam bentuk globular dengan berat molekul 42.000 Da dan dicirikan oleh kandungan asam amino N-methylhistidine.

b.Actin-F dalam bentuk fibrilair.

33

Bila konsentrasi Mg++ dan ATP meningkat, actin-G terpolimerasi menjadi actin-F, membentuk suatu double helix yang berdiameter 7 nm dan jarak 72 nm. Polimerisasi tersebut her jalan seperti berikut: Suatu molekul ATP melekat pada actin-G. Molekul actin-G yang aktif bersatu pada satu molekul ADP. Molekul actin-G aktif membentuk dua untai berpilin. ADP melekat pada setiap monomer berfungsi sebagai regulator allosterik. Actin-F terdapat dalam semua sel-sel nonanusculer (jaringan sub-

membraner sumbu microvilli) berasosiasi dengan molekul lain seperii speetrin, a,actinin dan vinculin. Actin berpartisipasi pada organisasi myofibril dan sel muscular skelet atau myocyte cardiac. 3. Komposisi Kimia dan Struktur filament Intermediet Memiliki struktur fibriler dengan diameter antara 7 dan 11 nm

menghubungkan antara mikrotubulus dan mikrofilamen. Filamen intermediat tidak ditemukan pada semua tipe sel. Dibedakan atas beberapa kelompok utama dari filamen intermediat. Filamen intermediat umumnya terdiri dari 31 asam amino, memiliki bagian yang heliks dan menyerupai jarum. Bagian pusat dikelilingi oleh amino dan karboksil terminal. Filamen intermediat dapat dibedakan atas 2 berdasarkan struktur biokimianya yaitu: Homopolimer yang termasuk protein seperti: Vimentine (sel mesenchim): karakteristik dari sel mesenchim, terutama fibroblast, fibrocyte, chondrocyte dan sebagainya. 34

Desmine (sel otot): Terdapat pada sel muscular pada lapisan tengah dari dinding vascular.

Gilial Fibrillary Acidic protein/GFA (astrosit): Spesifik pada sel gilial, sel neuroectodermis yang berperan antara lain dalam jaringan nervus.

Heteropolimer yang dibedakan atas sitokeratin (epitel) dan neurofilamen (sel saraf). Jenis protein yang membentuk filamen intermediat member) karakteristik sel dan jaringan yang dibentuk.

Filamen intermediat merupakan bagian dari kerangka sel (sitoskeleton) yang memiliki diameter antara 8 hingga 12 nm, lebih besar daripada diameter mikrofilamen tetapi lebih kecil daripada diameter mikrotubula, yang fungsinya untuk menahan tarikan (seperti mikrotubula). Filamen intermediet terdiri dari berbagai jenis yang setiap jenisnya disusun dari subunit molekuler berbeda dari keluarga protein yang beragam yang disebut keratin. Mikrotubula dan mikrofilamen, sebaliknya mempunyai diameter dan komposisi yang sama di seluruh sel eukariot. Dibandingkan mikrofilamen dan mikrotubula yang sering dibongkar-pasang dalam berbagai macam bagian sel. Filamen intermediet termasuk peralatan sel yang lebih permanen. Perlakuan kimiawi yang memindahkan mikrofilamen dan mikrotubula dari sitoplasma meninggalkan jalinan filamen intermediet yang mempertahankan bentuk aslinya.

35

4. Penyebaran dan Fungsi Mikrotubulus Dalam banyak sel, mikrotubulus tumbuh dari sentrosom, suatu daerah yang terletak dekat nukleus. Mikrotubulus memanjang dengan menambah molekul tubulin di ujung-ujungnya. Tubulin dapat berpolimerisasi membentuk mikrotubulus.

Percobaan polimerisasi dapat dibuat dengan campuran tubulin, larutan penyangga, dan GTP pada suhu 37 C. Dalam tahapannya, jumlah polimer mikrotubulus mengikuti kurva sigmoid. Pada fase lag, tiap molekul tubulin berasosiasi untuk membentuk agregat yang agak stabil. Beberapa di antaranya berlanjut membentuk mikrotubulus. Saat elongasi, tiap subunit berikatan dengan ujung ujung

mikrotubulus. Saat fase plato, (mirip fase log pada pembelahan sel), polimerisasi dan depolimerisasi berlangsung secara seimbang karena jumlah tubulin bebas yang ada pas-pasan. Dalam pembentukan mikrotubulus, sebelum molekul-molekul tubulin menjadi mikrotubulus, telebih dahulu mereka menyusun diri membentuk protofilamen dengan jalan subunit -tubulin dari sebuah molekul tubulin berlekatan dengan subunit dari molekul tubulin yang lain yang berada di sampingnya. Sebuah mikrotubulus yang juga terdiri dari 13 protofilamen ysng tersusun membentuk suatu lingkaran. Jika 3 buah protofilamen dari sebuah mikrotubulus (mikrotubulus A), juga menjadi milik mikrotubulus lain (mikrotubulus B), maka dua buah mikrotubulus tersebut di beri nama doublet. Mikrotubulus memiliki kutub positif, yaitu kutup yang pertumbuhannya cepat, dan kutub negative yaitu kutub yang pertumbuhannya lambat. Hal ini di sebabkan oleh susunan profilamen yang sejajar satu terhadap yang lain dan sesuai dengan polaritas masing-masing.

36

Pengelompokan mikrotubulus Terdapat dua kelompok mikrotubulus : a. Mikrotubulus stabil yaitu mikrotubulus yang dapat diawetkan dengan larutan fisikatif apapun, misalnya : OsO4, MnO4 atau aldehida dan suhu berapapun. Contoh mikrotubulus stabil adalah pembentukan silia dan flagella.

b. Mikrotubulus labil yaitu, mikrotubulus yang dapat diawetkan hanya dengan larutan fisikatif aldehida dan pada suhu sekitar 4o C. Contoh mikrotubulus labil adalah mikrotubulus pembentuk gelendong pembelahan. Sifat kelabilan mikrotubulus ini berguna untuk menerangkan arah

pertumbuhannya. Mikrotubulus yang kedua ujungnya terdapat bebas di dalam sitoplasma akan segera lenyap. Mikrotubulus ysng tumbuh dengan ujung negatif melekat pada sentroma dapat dibuat stabil apabila ujung positifnya dilindungi sehingga menghalangi terjadinya depolimerisasi.

Mikrotubulus labil dijumpai di dalam sitoplasma, oleh karena itu disebut pula mikrotubulus sitoplasmik. Mereka seringkali tersusun secara sejajar terhadap satu sama lain, seperti yang terdapat dalam aksoplasma sel saraf. Namun, dapat pula terlihat terpancar dari satu pusat ke dekat inti seperti yang terlihat pada sel yang sedang membelah. Mikrotubulus sitoplasmik dapat memberikan polaritas kepada sel dan membantu mengatur bentuk sel, gerakan sel dan menentukan bidang pembelahan sel.

37

Mikrotubulus sitoplasmik, di dalam sel pada stadium interfase dari sel yang dibiakkan dapat ditunjukkan dengan teknik immunofluoresen. Mikrotubulus terlihat paling banyak disekitar inti. Dari daerah ini terpancar dalam bentuk anyaman benang-benang halus kearah perifer sel. Asal mikrotubulus dapat diketahui dengan tepat dengan jalan mendepolimerisasi dan membiarkannya tmbuh kembali. Mikrotubulus yang timbul kmbali semula akan terlihat seperti bintik kecil yang berbentuk bintang, oleh karena itu disebut aster terletak di dekat inti. Pancaran benang-benang halus itu memanjang ke arah tepi sel. Sampai penyebaran awal terbentuk kembali. Daerah tempat timbulnya aster disebut MTOC (microtubule organizing center). Dengan menggunakan perunut, dapat diketahui bahwa kutub negative mikrotubulus berada di daerah MTOC sedangkan kutub positifnya menjauhi MTOC. Kegiatan dan fungsi mikrotubulus Mikrotubulus merupakan serabut penyusun sitoskeleton terbesar.

Mikrotubulus menjalankan beberapa fungsi, terutama sebagai sarana transport material di dalam sel serta sebagai struktur sporting bagi fungsi-fungsi organel lainnya. Beberapa fungsi lain dari mikrotubulus yaitu: Mempertahankan bentuk sel (balok penahan-tekanan), Motilitas sel (seperti pada silia atau flagella), Pergerakan kromosom dalam pembelahan sel, serta pergerakan organel. Kegiatan dan fungsi mikrotubula sebagian besar berdasarkan kelabilannya. Salah satu contoh yang mencolok adalah terbentuknya gelondong mitosis, yang terbentuk setelah mikrotubula sitoplasma terurai setelah mitosis. Mikrotubula ini umumnya sangat labil, cepat terakit dan cepat pula terurai. Hal inilah yang

38

menyebabkan sangat pekanya gelondong mitosis terhadap pengaruh obat-obatan seperti colcisine. Obat ini dapat menghentikan mitosis untuk beberapa menit. Senyawa-senyawa yang memiliki kemampuan menghambat mitosis disebut dengan antimitosis. Zat amitosis dapat mencegah sel membelah, sehingga dapat untuk menghambat sel kangker.

Beberapa organel yang tersusun dari mikrotubulus adalah sentriol, silia dan flagella. Di dalam sentrosom sel hewan terdapat sepasang sentriol, masing-masing tersusun atas sembilan pasang triplet mikrotubula yang tersusun dalam suatu cincin. Masing-masing triplet terdiri dari satu mikrotubul lengkap dan dua mikrotubul tidak lengkap (salah satu C hilang). Triplet disusun secara paralel satu dengan yang lainnya dan membentuk badan silindris yang berdiameter dari 150-250nm. Sembilan kelompok semacam ini membentuk dinding sentriol. Tiap kelompok tidak tegak lurus dengan inti tabung, tetapi agak miring. Sentriol terbentuk dari polimerisasi dimerdimer (gabungan dari tubulin alfa dan tubulin beta) yang jumlahnya sembilan dan dihubungkan ke pusat (hub) oleh protein. Cincin tertutup akan bertambah panjang karena pertambahan dimer-dimer yang membentuknya. Dibagian dasar akan membentuk cincin terbuka 1 yang menempel pada bagian basal cincin tertutup. Bagian dasar cincin terbuka 1 akan terbentuk cincin terbuka 2 yang menempel pada bagian dasar cincin terbuka 1. Cincin terbuka 1, dan cincin terbuka 2 serta cincin tertutup akan mengalami polimerisasi sehingga lebih panjang dan terbentuklah sentriol yang berbentuk tabung dengan lebar 0,2 m dan panjangnya 0,4 m. Sentriol berfungsi membentuk benang spindel untuk memisahkan kromosom.

39

Sebagian sel hewan memiliki MTOC atau pusat sel disebut sentrosoma. Sentrosoma terletak disalah satu sisi inti dan padanya terdapat sepasang sentriola yang tersusun tegak lurus satu dengan yang lain. Perlu diingat bahwa tidak semua MTOC memiliki sentriola, misalnya MTOC pada sel tumbuhan. Di sini mukrotubulus aster muncul dari sentroma yang hanya terdiri dari materi padat electron. Demikian pula sentriola juga tidak dijumpai di gelondong meosis oosit mencit, meskipun kemudian akan terlihat pada perkembangan embrio. Oleh karena itu tidak seperti aksonema silia yang tumbuh langsung dari sentriola, mikrotubulus sitoplasmik tidak langsung berpangkal pada sentriola itu sendri, melainkan timbul dari materi tanpa gatra yang terdapat di sekeliling sentriola. Mikrotubula pada sel hewan cenderung memancar kesegala arah dari sentrosoma. Bagaimanapun sel hewan bersifat polar.dan perakutan molekul tubulin menjadi mikrotubula dipantau sedemikian rupa sehingga mikrotubula yang terbentuk menjulur kearah tertentu dari sel. Mekanisme kejadiannya tampak kepada sifat dinamis dari mikrotubula. Mikrotubula dalam kultur sel cenderung berada dalam salah satu keadaan yaitu tumbuh terus menerus secara ajeg atau terurai dengan cepat. In vivo, mikrotubula juga cenderung berada dalam keadaan seperti yang telah diuraikan. Umur rata-rata mikrotubula fibroblas dalam kultur sel pada stadium interfase kurang dari 10 menit. Pancaran mikrotubula dari sentrosoma tampak selalu berubah-ubah seiring dengan pertumbuhan dan perombakannya. Mikrotubulus selain sebagai sitoskelet juga dapat berfungsi untuk

pergerakan sel, yaitu menggetarkan silia dan flagel (alat bantu pergerakan yang menonjol dari sebagian sel). Silia umumnya relative pendek daripada flagel (panjangnya 5-10 m vs 150 m) dan jumlahnya lebih banyak. Sekalipun berbeda

40

dalam hal panjang, jumlah per sel, dan pola kibasannya, silia dan flagel sebenarnya memiliki kesamaan ultrastruktur. Pada flagel terbentuk dua cincin tertutup yang dihubungkan oleh protein, dibungkus oleh selaput yang membentuk poros disebut aksoneme. Unsur-unsur aksoneme dari silia dan flagel hampir smua sama dan berisi 9+2 susunan mikrotubula. Sementara itu sembilan mikrotubula doublet yang mengelilingi axoneme akan dihubungkan oleh batang-batang penghubung yang disebut spoke. Bagian doublet cincin luar akan membentuk cncin terbuka. Cincin terbuka melekat pada cincin tertutup yang akan dihubungkan oleh cincin tertutup di sebelahnya yang akan dihubungkan oleh kedua lengan yang disebut dynein. Dynein ini memiliki gugus ATP-ase , sehingga dapat dikatakan bahwa dynein bertanggung jawab pada hidrolisis ATP. Mikrotubulus juga memiliki peran penting pada dinding sel tanaman. Dinding sel tanaman adalah matriks ekstraseluler yang kokoh. Dinding sel ini terdiri atas mikrofibrilis dalam banyak matriks polisakarida (sebagian besar pektin dan hemiselusosa) dan glikoprotein yang saling silang. Pada bagian korteks dari dinding sel, ada array mikrotubulus yang menentukan posisi mikrofibrilis. Penyusunan mikrofibrilis ini menentukan arah perkembangan dinding sel, bentuk akhir sel, serta pola pembelahan sel. Dalam susunannya pada dinding sel, mikrofibrilis selulosa saling silang dalam jaringan yang diikat oleh hemiselusosa. Jaringan ini saling ekstensif dengan jaringan polisakarida pektin. Jaringan selulosa-hemiselulosa memberi kekuatan tegangan sementara jaringan pektin melawan kompresi. Pada dinding sel utama, jumlah ketiganya secara kasar sama, tetapi lamela tengah memiliki lebih banyak pektin untuk merekatkan sel yang berdekatan.

41

 Beberapa senyawa pengikat tubulin (senyawa antimitotik) Jenis Senyawa Pengaruh terhadap mikrotubulus: Colcicine, colcemid, nocadazole.Vinblastine, vincristine Taxol. - Menghambat penambahan molekul tubulin ke mikrotubulus, menyebabkan depolimerisasi mikrotubulus. Memacu pembentukan kelompokkan parakristalin dari tubalin, menyebabkan depolimerisasi mikrotubulus. Memacu perakitan mikrotubulus, menstabilkan mikrotubulus.

5. Penyebaran dan Fungsi Mikrofilamen Actin-F berperan dalam pembentukan sitoskeleton dan pergerakan selular. Dalam pembentukan sitoskeleton actin F antara lain bertindak sebagai factor gelifikasi (perekat), menyebabkan sitoplasma tetap dalam bentuk gel. Faktor gelasi. ABP (Actin Binding Protein) dan Filamen memodifikasi viscoelastisitas dari sitoplasma dengan suatu menginduksi, jaringan melalui rigid. hubungan Dengan dengan demikian berkas actin,

pembentukan

yang

menyebabkan

terbentuknya semacam skeleton dan sitoplasma yang senantiasa dalam kondisi gel. Dalam pergerakan sel, actin-F berperan secara aktif pada mekanisme kontraksi oleh adanya 2 kofaktor yaitu: Tropomyosine (protein fibrilair yang terdapat di antara setiap molekul actin) Troponine (protein globular melekat pada satu bagian ekstremitas molekul tropomyosine)

42

Di samping itu dimungkinkan pula oleh adanya filamen myosine yang tersusun dari molekul myosine yang mengandung 4 rantai polipeptida (2 panjang dan 2 pendek). Kedua rantai polipeptida memintal satu dengan yang lain membentuk heliks. Filamen myosin memiliki panjang yang bervariasi, umumnya pendek pada sel non-muskular dan kadang dapat mencapai 1,5 mikrometer pada sel muscular yang berdiferensiasi. Filamen myosine terdiri dari meromyosine yang dibedakan lagi atas yang meromyosin ringan (LMM) dan meromyosin berat (HMM). Meromyosine berat merupakan jembatan terputar ("cross bridge") menuju eksterior, dalam bentuk heliks yang berjarak 42.9 rim. Heliks aktin merupakan struktur dari myofilamen tipis. Meromyosine berat terdiri dari 3 sub fragmen yaitu 1 subfragmen S2 (batang) dan 2 sub fragmen SI (kepala globular). Segmen S1 memiliki sifat yaitu melekat pada actin dan menerima ATPase myosin oleh adanya Ca++ . Energi yang diperlukan untuk kontraksi diperoleh dari penguraian ATP oleh ATPase. Transisi antar istirahat (relaksasi) dan kontraksi bergantung pada konsentrasi ion Ca bebas di sekitarnya. Jika tidak ada Ca2+, maka protein regulator (tropomyosin dan berbagai troponin) nenghalangi interaksi antara aktin dan myosin.

Struktur myosin

43

Mekanisme kontraksi (interaksi antara aktin dan myosin) dan relaksasi (tidak ada interaksi antara aktin dari myosin) dari filamen myosine terjadi tanpa adanya modifikasi dari ukurannya, menyebabkan meluncurnya filamen actin. Sel eukariot mengandung aktin dalam konsentrasi yang tinggi dan myosin berkonsentrasi yang rendah. Filamen aktin dan myosin terdapat pada amuba sehingga diketahui berperan dalam pergerakan amuba yaitu dengan kontraksi frontal.

44

IV. A. Gerakan Sel Otot 1. Gerakan sel otot Seran Lintang

GERAKAN SEL

Otot lurik disebut juga otot rangka atau otot serat lintang. Otot ini bekerja di bawah kesadaran. Pada otot lurik, fibril-fibrilnya mempunvai jalur-jalur melintang gelap (anisotrop) dan terang (isotrop) yang tersusun berselang-selang. Sel-selnya berbentuk silindris dan mempunvai banvak inti. Otot rangka dapat berkontraksi dengan cepat dan mempunyai periode istirahat berkali - kali. Otot rangka ini memiliki kumpulan serabut yang dibungkus oleh fasia super fasialis. Gabungan 1.ventrikel otot berbentuk merupakan kumparan bagian dan tengah terdiri yang dari bagian:

(empal),

menggembung

2. urat otot (tendon), merupakan kedua ujung yang mengecil. Urat otot (tendon) tersusun dari jaringan ikat dan bersifat keras serta liat. Berdasarkan cara melekatnya pada tulang, tendon dibedakan sebagai berikut ini: 1. Origo merupakan tendon yang melekat pada tulang yang tidak berubah kedudukannya ketika otot berkontraksi. 2. Insersio merupakan tendon yang melekat pada tulang yang bergerak ketika otot berkontraksi. Otot yang dilatih terus menerus akan membesar atau mengalami hipertrofi, Sebaliknya jika otot tidak kisut atau mengalami atrofi. digunakan (tidak ada aktivitas) akan menjadi

45

Gambar otot lurik mempunyai serabut kontraktil yang memantulkan.

Cahaya berselang-seling gelap (anisotrop) dan terang (isotrop). Sel atau serabut otot lurik berbentuk silindris atau serabut panjang. Setiap sel mempunyai banyak inti dan terletak di bagian tepi sarkoplasma. Otot lurik bekerja di bawah kehendak (otot sadar) sehingga disebut otot volunter dan selnya dilengkapi serabut saraf dari sistem saraf pusat. Kontraksi otot lurik cepat tetapi tidak teratur dan mudah lelah. Otot lurik disebut juga otot rangka karena biasanya melekat pada rangka tubuh, misalnya pada bisep dan trisep. Selain itu juga terdapat di lidah, bibir, kelopak mata, dan diafragma. Otot lurik berfungsi sebagai alat gerak aktif karena dapat berkontraksi secara cepat dan kuat sehingga dapat menggerakkan tulang dan tubuh.

46

2. Gerakan sel otot jantung Otot jantung mempunyai struktur yang sama dengan otot lurik hanya saja serabut serabutnya bercabang - cabang dan saling beranyaman serta dipersarafi oleh saraf otonom. Letak inti sel di tengah. Dengan demikian, otot jantung disebut juga otot lurik yang bekerja tidak menurut kehendak.

Gambar . Otot jantung berbentuk silindris atau serabut pendek. Otot ini tersusun atas serabut lurik yang bercabang-cabang dan saling berhubungan satu dengan lainnya. Setiap sel otot jantung mempunyai satu atau dua inti yang terletak di tengah sarkoplasma. Otot jantung bekerja di luar kehendak (otot tidak sadar) atau disebut juga otot involunter dan selnya dilengkapi serabut saraf dari saraf otonom.

47

Kontraksi otot jantung berlangsung secara otomatis, teratur, tidak pernah lelah, dan bereaksi lambat. Dinamakan otot jantung karena hanya terdapat di jantung. Kontraksi dan relaksasi otot jantung menyebabkan jantung menguncup dan mengembang untuk mengedarkan darah ke seluruh tubuh. Ciri khas otot jantung adalah mempunyai diskus interkalaris, yaitu pertemuan dua sel yang tampak gelap jika dilihat dengan mikroskop. 3. Gerakan sel otot polos Otot polos disebut juga otot tak sadar atau otot alat dalam (otot viseral). Otot polos tersusun dari sel sel yang berbentuk kumparan halus. Masing masing sel memiliki satu inti yang letaknya di tengah. Kontraksi otot polos

tidak menurut kehendak, tetapi dipersarafi oleh saraf otonom. Otot polos terdapat pada alat-alat dalam tubuh, misalnya pada: 1.Dinding saluran pencernaan 2.Saluran-saluranpernapasan 3.Pembuluh darah 4. Saluran kencing dan kelamin

48

B. Gerakan bukan sel otot

Mekanisme gerakan kromosom padasaat mitosis Mitosis adalah fase terpendek tetapi paling visual yang menakjubkan dari siklus sel, terutama di sel metazoan, di mana aparat dan kromosom mitosis dapat diikuti langsung oleh resolusi tinggi mikroskop. Dalam sel, gelendong mitosis mesin makromolekul yang bertanggung jawab untuk pemisahan kromosom - terdiri lebih dari 800 protein . Secara struktural, spindle dibangun dari mikrotubulus yang sangat dinamis ( BOX 1 ). Sebagian besar mikrotubulus kurang dinamis dikurangi berakhir berada di dekat kutub gelendong, sedangkan ditambah lebih dinamis berakhir memperpanjang menuju khatulistiwa spindle dan korteks sel ( Gambar. 1 ). Akibatnya, mikrotubulus antara kutub gelendong tersebut akan disusun dalam sebuah array antiparalel, dan mikrotubulus luar tubuh membentuk dua spindle aster radial yang berkumpul di kutub gelendong.

49

Mikrotubulus adalah polimer dinamis yang dirakit dari tubulin heterodimer, yang diselenggarakan sedemikian rupa sehingga memiliki polaritas mikrotubulus intrinsik (lihat gambar, bagian). Mikrotubulus mengalami periode polimerisasi dan depolimerisasi dan interconvert secara acak antara negara-negara, sebuah properti yang dikenal sebagai ketidakstabilan dinamis. Meskipun mikrotubulus pameran ketidakstabilan dinamis di kedua ujung mikrotubulus, ditambah ujung yang lebih dinamis daripada berakhir minus. Mikrotubulus di spindle juga menunjukkan ketidakstabilan dinamis (lihat gambar, bagian b), yang terjadi terutama di ujung ditambah dari mikrotubulus sebagai ujung minus seringkali dibatasi pada Sentrosom tersebut. Namun, spindle mikrotubulus dan kinetokor (k)-serat pameran properti dinamis tambahan yang dikenal sebagai fluks mikrotubulus, di mana ada tambahan bersih tubulin heterodimer di ujung ditambah dekat kinetochores dan rugi bersih dari subunit tubulin di ujung dikurangi dekat centrosomes (lihat gambar, bagian c). Interaksi utama antara kromosom dan mikrotubulus terjadi pada sentromer kromosom, yang berisi dua kompleks makromolekul yang identik disebut kinetochores. Kinetochores melampirkan kromosom ke subset dari mikrotubulus gelendong yang disebut mikrotubulus kinetokor, yang diatur dalam bundel dikenal sebagai serat kinetokor (k-serat). Tantangan untuk sel yang memastikan bahwa mikrotubulus spindle menempel benar untuk masing-masing kromosom banyak (46 pada manusia), posisi mereka di khatulistiwa spindle dan pada akhirnya mendorong gerakan poleward dari kromatid kakak ke kutub berlawanan dari poros. Pemisahan kromosom dalam sel beberapa harus dijalankan selaras sempurna, yang menyiratkan bahwa negara setiap kromosom dipantau oleh spindle dan yang keluar mitosis ditunda sampai semua kromosom yang terpasang. Pemantauan ini dicapai melalui jalur pos pemeriksaan disebut spindle perakitan 50 . Akhirnya, mengingat

kompleksitas

sistem,

kesalahan

sporadis

di

lampiran

kromosom

dengan

mikrotubulus gelendong yang tak terelakkan. Kegagalan untuk memperbaiki hasil kesalahan dalam missegregation kromosom, suatu kondisi yang mendasari ketidakstabilan kromosom, yang merupakan ciri dari keganasan yang agresif , . Bagaimana spindle mengintegrasikan semua tugasnya masih belum jelas. Namun, kemajuan signifikan telah dibuat baru-baru dalam memahami mekanisme yang mendorong gerakan rumit kromosom pada poros.

Proses mitosis dibagi menjadi tahap yang berbeda yang didefinisikan sebagian besar oleh organisasi dan perilaku kromosom ( Gambar 1. ; melihat informasi S1 Tambahan (film) ). Selama profase kromosom menjadi semakin kental di dalam nukleus. Secara paralel, mikrotubulus nukleasi di centrosomes meningkat lima kali lipat dari tingkat yang terlihat selama interfase dan mikrotubulus menjadi lebih dinamis . Rincian amplop nuklir menandai transisi antara profase dan prometaphase, selama lampiran mikrotubulus ke kromosom dimulai. Selama prometaphase, kromosom menunjukkan pola kompleks gerakan yang sering digambarkan sebagai 'tarian kromosom' dalam literatur klasik sitologi. Beberapa kromosom bergerak poleward sementara kromosom lainnya bergerak menjauh dari kutub gelendong dan lain-lain tetap relatif bergerak. Seiring waktu, hasil ini tampaknya gerakan kacau di congression kromosom untuk khatulistiwa spindle, sehingga kromosom lebih dan lebih menjadi selaras antara kutub gelendong dipisahkan. Congression dari kromosom terakhir menandai transisi ke tahap berikutnya mitosis, metafase - tahap di mana semua kromosom diselaraskan di khatulistiwa kumparan. Tak lama setelah keselarasan metafase, kohesi antara kromatid kakak rusak, dan sel memasuki anafase. Pada tahap ini, kromosom putri

51

baru bergerak poleward (anafase A) dan kutub terpisah dari satu sama lain (anafase B). Selama tahap berikutnya, telofase, kromosom decondense sebagai reformasi amplop nuklir di seluruh inti putri dua. Sel dibagi dua oleh sitokinesis, tetapi sel-sel adik tetap dihubungkan oleh sebuah jembatan tipis yang disebut midbody. Akhirnya, amputasi hasil midbody dalam pemisahan lengkap dari dua sel anak.

Selama mitosis, kromosom yang dilekatkan oleh kinetochores mereka ke mikrotubulus gelendong. Dalam lampiran 'amphitelic', yang kinetokor (k)-serat bundel mikrotubulus melampirkan masing-masing kinetokor saudara kutub

gelendong yang berlawanan (lihat bagian dalam gambar). Membangun lampiran amphitelic dan bi-orientasi dari semua kromosom adalah tujuan perakitan mitosis spindle. Mono-berorientasi kromosom dapat dilampirkan dalam akhir pada cara ke tiang poros tunggal ('monotelic'; lihat b bagian dalam gambar, kromosom kiri) atau lateral melekat pada mikrotubulus (lihat bagian b dalam gambar, tepat kromosom).

52

Sebuah 'syntelic' lampiran adalah sebuah negara di mana kedua adik yang keliru kinetochores melekat pada tiang poros tunggal (lihat c bagian dalam gambar). Jika tidak dikoreksi, lampiran syntelic akan menghasilkan pemisahan kedua kromatid kakak ke sel anak tunggal. Dalam lampiran 'merotelic', sebuah kinetokor tunggal melekat pada mikrotubulus memperpanjang dari kedua kutub gelendong (lihat d bagian dalam gambar). Pada awal anafase, lampiran merotelic akan menyebabkan kromatid tertinggal yang tertinggal di khatulistiwa spindle dan dapat menyebabkan aneuploidi. Awalnya diusulkan bahwa kinase terlibat dalam proses koreksi kesalahan karena pengobatan sel dengan inhibitor kinase terganggu gerakan kromosom, mengakibatkan distribusi kromosom tidak akurat . Mekanisme koreksi sekarang

dikenal untuk melibatkan Aurora B kinase, yang mengatur aktivitas beberapa pemain kunci yang membantu memediasi lampiran mikrotubulus yang tepat. Telah mendalilkan bahwa fosforilasi Ndc80 mengatur dinamika akhir plus kinetokor mikrotubulus , yang memungkinkan Aurora B untuk memodulasi kekuatan lampiran mikrotubulus. Selain itu, Aurora fosforilasi B mitosis sentromer terkait kinesin ( MCAK , juga dikenal sebagai KIF2C) mengatur asosiasi MCAK dengan kinetochores dan sentromer, dan menghambat aktivitas depolimerisasi mikrotubulus dari MCAK. Kemampuan Aurora B untuk memfosforilasi protein kinetokor tergantung pada geometri sentromer. Dalam konfigurasi amphitelic kinetochores adik ditarik ke arah kutub gelendong berlawanan, yang memisahkan spasial Aurora B dari perusahaan substrat . Sebaliknya, salah lampiran tidak meregang sentromer, yang

memungkinkan Aurora B untuk mengacaukan k-serat mikrotubulus. Studi-studi barubaru ini penting karena mereka memungkinkan kita untuk menempatkan beberapa mikro-manipulasi eksperimen klasik melihat peran ketegangan pada sentromer dan 53

koreksi kesalahan ke perspektif molekul. Ada juga mekanisme tambahan yang mengatur stabilitas mikrotubulus, seperti adanya gradien dari Aurora B kinase . Bersama-sama, mekanisme ini memastikan bahwa lampiran yang tidak tepat cepat diperbaiki, sedangkan lampiran yang tepat dipertahankan. Kinetochores melampirkan mikrotubulus dinamis rang dinamis dari

mikrotubulus astral, kinetokor terkait mikrotubulus berakhir masih menjalani siklus polimerisasi dan depolimerisasi Bahkan sedikit penyimpangan dalam k-serat hasil mikrotubulus dinamika dalam ketidakstabilan kromosom . Jadi, kinetochores harus menjaga lampiran stabil untuk ujung mikrotubulus yang cukup longgar untuk dapat menyesuaikan diri dengan perubahan keadaan ujung mikrotubulus. Secara konseptual, jelas kontroversi ini dipecahkan oleh Hill, yang mendalilkan bahwa mikrotubulus individu dalam kinetokor yang dikelilingi oleh 'lengan' dengan beberapa kaitan yang dinamis antara kinetokor dan mikrotubulus kekuatan-menghasilkan mikrotubulus, tethers menghubungkan mikrotubulus . Dalam organisasi ini, dengan untuk dinding kompleks

lengan diakses

meninggalkan

ujung

bertanggung jawab untuk pengaturan dinamika tubulus mikro Sebuah resolusi tinggi mikroskop elektron terakhir studi tomografi membenarkan adanya dua koneksi yang berbeda berserat antara kinetokor dan k-serat mikrotubulus. Satu set dari serat langsung mengelilingi ujung mikrotubulus dan satu set serat menempel pada dinding mikrotubulus Menariknya, dua jenis koneksi tampaknya tidak membentuk tubulusmengikat mikro diskrit situs. Sebaliknya, organisasi dari pelat luar kinetokor menyerupai jaring laba-laba, yang memungkinkan kinetokor untuk berinteraksi dengan tubulus mikro di berbagai sudut. Sifat molekul yang tepat dari tethers antara kinetochores dan kisi mikrotubulus belum ditetapkan. Awalnya, itu adalah hipotesis bahwa tethers 54

dibentuk oleh protein motor, yang beberapa energi dari hidrolisis ATP untuk memaksa produksi. Baru-baru ini, kompleks Ndc80 muncul sebagai calon untuk membangun antarmuka kinetokor-mikrotubulus karena memiliki baik mikrotubuluskinetokor-mengikat dan situs . Para Ndc80-mikrotubulus interaksi tampaknya cukup kuat untuk mempertahankan hubungan dengan mikrotubulus ujung bawah berat kromosom terkait. Selain itu, Ndc80 ditunjukkan untuk processively melacak mikrotubulus depolymerizing berakhir, menyediakan dasar molekuler potensial untuk model lengan Hill, di mana keterkaitan dinamis Ndc80 slide kinetokor sepanjang mikrotubulus sebuah. Satu korelasi yang menarik adalah bahwa ukuran dan sudut dari serat bahwa pendekatan kisi mikrotubulus dalam rekonstruksi tomografi mikroskop elektron dari serat cocok dengan ukuran dan sudut dari Ndc80 kait yang menghiasi mikrotubulus in vitro, memberikan bukti bahwa Ndc80 mungkin linker mikrotubulus utama di kinetokor.

Sebuah pandangan alternatif dinamis kinetokor-mikrotubulus lampiran muncul dari studi tentang Saccharomyces cerevisiae Dam1 (juga dikenal sebagai DASH) kompleks . Dalam majelis vitro bentuk Dam1 kompleks struktur cincin

seperti yang mengelilingi mikrotubulus dan tetap berhubungan dengan mikrotubulus yang dinamis berakhir Ini adalah model menarik karena menghilangkan kebutuhan untuk tenaga-menghasilkan koneksi dari model Hill. Sebaliknya, mikrotubulus depolymerizing menyediakan energi yang diperlukan untuk memindahkan kromosom dan bertindak sebagai cincin Dam1 ratchet, memungkinkan kinetokor untuk melacak akhir ditambah mikrotubulus. Kompatibel dengan ide ini, telah menunjukkan bahwa akhir dikurangi diarahkan motor molekul tidak penting untuk gerakan kromosom di S. Saccharomyces . Selanjutnya, kompleks Dam1 tidak penting ketika dikurangi akhir-

55

diarahkan motor molekul yang hadir . Perlu dicatat bahwa Dam1 buruk dilestarikan pada eukariota lebih tinggi, dan gangguan orthologues mamalia diduga (spindle dan kinetokor terkait 1 ( SKA1 ), SKA2 dan SKA3 (juga dikenal sebagai RAMA1)) memiliki efek yang relatif ringan pada segregasi kromosom. Jadi, ada kemungkinan bahwa Dam1 merupakan adaptasi untuk S. unik Saccharomyces situasi, di mana setiap kinetokor menempel pada mikrotubulus tunggal. Jenis lampiran mungkin membutuhkan jenis khusus hubungan selain yang disediakan oleh kompleks Ndc80 dan / atau dengan komponen lainnya kinetokor dilestarikan. Akhirnya, perlu dicatat bahwa sejauh ini tidak ada cincin seperti struktur telah divisualisasikan dalam kinetochores di situ, bahkan di S. cerevisiae. Dengan demikian, kemungkinan bahwa non-mengelilingi serat Dam1 oligomer, bukan cincin lengkap, bertanggung jawab untuk kopling antara mikrotubulus dan kinetochores. Memang, sebuah penelitian terbaru yang diidentifikasi fibril tipis yang membentang dari kinetokor ke kisi batin mikrotubulus berakhir 2. Gerakan cilia dan flagela

Gerakan Cilia dan Flagela

Silia dan flagela merupakan bagian pelengkap dari sel hidup. Cilia membantu dalam mencegah akumulasi debu dalam tabung pernapasan dengan membuat lapisan tipis mukosa sepanjang tabung. Flagella terutama digunakan oleh sel sperma untuk menggerakan dirinya dalam organ reproduksi wanita.

Sejumlah besar makhluk hidup menggunakan organ tambahan ini untuk berbagai tujuan. Paramecium menggunakannya untuk berenang, kerang menggunakannya untuk makan.

56

Fakta yang menarik adalah bahwa silia dan flagella digunakan oleh ganggang hijau untuk proses perkawinan. Silia dan flagela juga memiliki struktur internal yang sama. Adanya bagian tertentu seperti berbagai tabung, doublet luar dan konektor protein seperti nexin dan lengan dynein, juga sama pada keduanya.

Namun, silia dan flagela juga memiliki fitur unik tertentu. Baik silia dan flagela terdiri dari sebuah kelompok filamen yang mencakup mikrotubulus lengkap dan parsial, dan juga bagian dari mikrotubulus tunggal. Mikrotubulus ini disebut axoneme. Rakitan mikrotubulus ini dibungkus oleh suatu membran yang merupakan perluasan dari membran plasma. Gerakan dari kedua silia dan flagela disebabkan oleh interaksi dari mikrotubulus. Cilia adalah struktur rambut-rambut yang kecil yang melingkupi sel dan membantu pergerakan dalam fluida.

Biasanya sel memiliki satu atau dua flagella yang membantu dalam bergerak melalui fluida. Flagella lebih panjang dalam ukuran sementara silia lebih pendek. Gerakan silia dapat diibaratkan seperti gaya dada dalam berenang. Flagella bergerak dengan gaya dayung.

Bagaimana silia dan flagela mendapatkan energi mereka untuk bergerak melalui fluida? Silia menggunakan molekul yang disebut kinesin yang melakukan aktivitas ATPase. Energi yang dihasilkan oleh kegiatan ini yang membantu silia untuk melakukan aktivitas seperti mengikat kinesin pada mikrotubulus yang menghasilkan pergerakan. Sebaliknya, flagela mengandung sel-sel lebih dan didukung oleh kekuatan proton oleh plasma membran. Cilia yang terdapat pada organisme multi-seluler membantu menggerakkan cairan di luar sel yang bergerak. Cilia juga membantu dalam memindahkan sekelompok sel. Siput menggunakan silia

57

menggerakan

makanan

melalui

sistem

pencernaan,

sementara

kerang

menggunakan silia untuk mengangkut makanan dan oksigen.

Flagella terutama banyak ditemukan di gamet. Spons dan coelenterata menggunakan untuk menjalankan fungsi pernapasan.

Ringkasan:

Ukuran Flagella lebih panjang dibandingkan silia. Cilia memberikan kontribusi dalam pencegahan akumulasi debu pada rongga pernapasan dengan membuat lapisan tipis lendir di tabung sedangkan flagella digunakan sel sperma untuk bergerak dan mendorong.

Cilia menggunakan kinesin yang memiliki aktivitas ATPase yang menghasilkan energi untuk melakukan gerakan, sedangkan flagella didukung oleh gaya proton-motif oleh membran plasma

Pergerakan silia seperti gerakan dada dalam olahraga renang sementara flagella bergerak seperti gaya dayung

Cilia

dapat

ditemukan

pada

organisme

multi-seluler

dan

membantu

menggerakan cairan di luar sel yang bergerak sedangkan flagela ini dapat ditemukan di gamet.

Apa perbedaan antara silia dan flagela dalam sel?

Biasanya hanya terdapat satu flagella per organisme sedangkan silia sangat banyak pada tiap sel. Secara Biokimiawi keduanya digunakan sebgai alat pergerakan dan ditentukan oleh mesin molekuler. Silia menggunakan molekul yang disebut kinesin yang memiliki aktivitas ATPase, yang menggunakan energi dalam

58

ATP sebagai mesin nya. Energi ini digunakan untuk membiarkan mengikat kinesin dan Microtubules.

Mengikat

kinesin

pada

mikrotubulus,

meregenerasi

kekuatan,

dan

menghasilkan pergerakan. Flagella are extracellular, attached to the cell at a structure which contains its Flagella ekstraselular, melekat pada sel dengan mesin molekuler.

59

V.

INTI SEL(NUKLEUS)

A. SALUT INTI 1. Morfologi Umum Salut Inti Salut inti terdiri atas membran rangkapa, yaitu membran dalam dan membran luar. Membran luar kadang-kadang bersinabungan dengan RE. Di antara kedua membran terdapaot suatu ruang di sebut ruang pernukleus. Pada daerah-daerah tertentu membran luar dan membran dalam melebur membentuk sauatu saluran melintasi salut inti. Lubang-lubang (Pori) ini bersamasama dengan bahan-bahan yang beasosiasi di sekitar pori di sebut kompleks pori. Kompleks pori mempunyai beberapa komponen. Struktur silinder bukan membran disebut anulus mengelilinggi bagian dalam pori. Di dalam terdapat suatu granulapusat. Dari granula pusat keluar serabut-serabut, selain itu terdapat bahan amorf yang membentuk siefagme.

60

Ribosom terdapat pada membran luar, sedangkan membran dalam di lapisi oleh lapisan serabut, di sebut korteks inti (lamina serabut zonula nucleum limintas,internal danse lamella)

Selubung inti dari Mikroskop elektron

2. Struktur Ultra salut Inti 1. Penampang melintang Salut Inti Lebar membran salut sekitaran 7-8 nm. Membran luar merupakan struktur dinamis yang pada titik-tikik tertentu dengan retikulum endoplasma. Di daerah yang yang tampak, ribosom membran luar yang menyerupai Retikulum endoplasma kasar sedang di daerah alain membentu seperti retikulum endoplasma. Membran luar dalam mempunyai pelekat dengan bagian dalam sel. Pada sel-sel tertentu terdapay filamen-filamen yang tebal kira-kira 10 nm yang panjang dari permukaan sebelah luar salut ke dalam sitosol, kadang-kadang seakan-seakan memasang ujung ke oraganel-oraganel atau ke membran plasma.

61

Permukaan dalam salut sering di lapisi dengan filamen dan struktur serabut. Beberapa filamen dapat memenjang sehingga ke bagian dalam inti, dan yang lain dapat melekat ke bahan kromatin. Dengan demikian inti buakn memrupakan lemen yang mengapung bebas dalam sel. Inti sel di tahan pada posisinya oleh filamen yang memanjang dari permukaan ke seluruh bagian sel. 2. Ruang perinukleus Diameter pori dalam jaringan dan tipe sel yang sama adalah tetap, yaitu berkisaran 40 hingga lebih dari 100nm. Yang umumnya adalah 80nm. Jumlah pori per unit luas intiniya bervareasi sesuai tipe dan perbedaan fisologi sel. Terdapat hubungan antara 8rantai granula yang terdapat dalam salurabn di perkirakan adalah partikel-partikel ribonukleoprotein yang kluar daari inti menuju sitoplasma. Ini dapat berupa prazat ribosom atau kompleks per-RNA dengan protein. Rasio poridengan corong rtidak sama dengan satu. Ini meyebabkan penelitian memperkirakan bahwa gelungan serabut memberi makan lubang-lubang pori menurut salah satu cara. 3. Komposisi kimia salut inti Salut inti yang diisolasi menunjukan bahwa terdapat proein, fosfolipida, RNA dan DNA. Senyawa yang paling dominana adalah protein, yaitu 65-75% dari bahan. DNA RNA mungkin merupakan kontaminasi karena membran inti erat berasosiasi dengan protein dalam mikrosom

62

Kosentrasi lipida dalam salut inti relatif sama dengan dalam RE Akitvitas enzim :

Umumnya aktivitas enzim salut inti mepunyai kesamaan dengan yang terdapat pada retikulum endoplasma, misanya glukosa-6-fosfatase. Sejumlah enzim dengan aktivitas pemindah elektron, dan sitokrom P-450. Selain utu terdapat enzim-enzim hidrolisis, transfarase, oksidoreduktasi dan lain-lain yang penggunaanyamasih belum jelas. Tetapi umunya aktivitas enzim tersebutmenunjukan kesamaa antara salut inti dengan retikulum endoplasma.

Peranan salut inti dalam interaksi Nukleostoplasma Salut inti memisahkan sel menjadia dua kompartemen yaitu sitoplasma dan

nukleoplasma. Fungsi salut ini adalah sebagai pembantas dan sebagai alat angkut antar kompartement.

Beberapa cara yang melibatkan salut inti : Kompleks pori sebagai saluran merupakan cara angkut langsun dari nukleoplasma atau sebaliknya. Angkut melintasi membran dalam, baihan akan di angkut ke ruang perinukleus dan dari ruang perinukleus ke sisterna retikulum endoplasma atau malahan ke luar sel. Dengan cara ini nukleusplasma mempunyai hubungan dengan lingkungan luar sel dan sebaliknya. Pinositosis membran luar salut atau seluruh inti dapat mengangkutr vesikula ke dalam sitoplasma.

63

1. Permaebilitas ion-ion anorganik dan molekul aanorganik kecil Air, ion-ion dan molekul kecil seperti gliserol dan sukrosa melintasi salut dengan cepat. Moleku dengan ukuran sperti nukleosida fosfat membangaun asam nukleat dan sbstrat-substrat untuk jalur metabolisme di dalam inti besar masuk melalui salut inti.

2. Permeabilitas protein dan kompleks makromolekul Banyaknya protein harus masuk ke dalam inti untuk melaksanakan fungsi sebagai enzim. Protein struktural dan zat pengatur. Sebagaian besar protein itu berat molekulnya berkisar antara 20.000-90.000 dalton. Jika bentuk protein itu globural maka radius molekulnya sekitaran 2-4nm. Protein itu dapat menebus saluran kompleks pori. Misalanya Dnase,Rnase dan tripsin Salut inti mulai membatasi gerakan patikel dengan diameter 29nm, dabn pertikel dengan diameter 15 nm ditolak.umumnya protein yang di perlukan dalam inti untuk replikasi dan transkripsi DNA relatif tidak di halangi masuk Salut protein bergerak masuk ke dalam inti, berbagai hasil harus ke luar termasuk berbagai macm RNA dan partikel ribonukleoprotein yang merupakan prazat bagi ribosom dan mRNA. Ribosom tidak matang dalam inti tetapi meninggalkan inti sebagai partikel dengan diameter 23nm. mRNA sebelum diangkut ke sitoplasma berkombinasi dengan protein membentuk kompleks makromolekuyl dengan diameter 40-50nm. Kedua macam ribonukleoprotein itu tidak dapat menembus saluran pori yang

64

diameter 9nm tenpa mengalami beberapa modifikasi pori atau partikel. Pada waktu granula yang besar bergerak memalui pori mereka mengalami perubahan konfigurasi, menyempit dan memanjang untuk dapat melintasi saluran di pori yang. Faktor yang menyebabkanperubahan bentuk dan tingkat keterlibatan kompleks pori aktif atau pasif.

Nasib salut inti selama daur sel Pada suatu waktu selama daur sel salut inti terlihant mengelilingi kromosom

profase yang tebal. Pada saat lain salut inti menghilang dan kromosom bebas bergerak dan terorientasi pada bidang metafase, pada anafse akhir, salut inti timbul kembali 1. Asosiasi kromatin dengan salut inti pada interfase Pada selama fase 3, DNA direplikasi sengga inti memerlukan ambahan volume. Antara G1 dan akhir interfase permukaan salut inti bertambah kira-kira 60%. Jadi selama periode ini mebran salut sangat stabil sehingga sukar untukj mengisolasi kromatin dengan membran secara terpisah. Intraksi antara kromosom dan membran tidak secara acak, bergantung kepada spesis yang berikatan dapat di daerah sentromer atau daerah telomer. Tidak hanya derah khusus kromosom berikatan dengan salut inti. Tetapi pada permukaan dalam salut terdapat tempat-tempat ikatan yang khs yang jumblahnya iterbatas. Asosiasi itu menunjukan bahwasalut inti tidak pernah hancur seluruhnya dalam daur sel. Salut akan pecah dan tregmnen-tragment tetap berasosiasi dalam kromatin, yang kemudian akan merupakan bagian untuk membentuk salut salut.

65

2. Dinamika salut selama pembelahan Sel Dinamika salut oyang berarti dalam dan di luar inti sebelum salut pecah adalah sebagai berikut: di dalam inti kromati berkombinasi dekat dengan membran dalam salut dan terbentuk kromosom. Di sebelah luar inti,mikrotubul terpancar dari sentriol ke arah kromosom. Dan sentriol ke tempat mikrotubul mencapai permukaan salut. Di perkirakan salut inti melemah karena tekanan menembus mikrotubul pada permukaansalut inti. Menjelang akhir profse mitosis atau miosis salut inti dan ciri morfologinya hilang. Vesikula dengan ruang perinukleus dan bentuk fragmen bilamela tanpa pori secara morfologi indentik dengan retikulum endoplasma licin terlihat dalam sitoplasma. Pada anafase lanjut, vesikal yang sukar dibedakan dari RE dan yang terkumpul mengelilingi kromosom bergabung membentuk lembaran bilamela. Lembaran bilamela meluas dan melebar sehingga mengelilingi seluruh inti. Akhirnya pori-pori terlihat kembali pada membran. Tidak terdapat pola umum mengenal pemecahan dan pembentukan kembali salut inti tetapi bervareasi sesuai spesis sel.

B. METRIKS INTI

Komponen kimia matriks inti adalah protein 90% sisanya RNA dan fosfolipida. Metrikas berperan dalam tiga peristiwa inti yaitu : 1. Replikasi 2. Transkripsi 3. Processing (pengelolahan) posttranskrip serta angkutan RNA yang di hasilkan. 66

C. NUKLEOLUS (ANAK INTI)

Dalam Inti, Nukleolus terdapat pada tempat yang khas pada kromosom tertentu, yaitu konstriksi sekunder atau daerah pengorganisasri nukleolus nucleolus organizer NORs jumlah nukleolus dalam inti tergantung kepada jumlah kromosom yang mengandung daerah pengorganisasi nukleolus/konstriksi sekunder. Swlama daur sel bentuk nukleolus berubah, selama interfase nukleolus terlihat sangat jelas dengan bentuk sangat ridak teratur. Pada profase , nukleolus tidak terlihat. Pada fase metafase kromosom sangat terkondensasi dan nukleolus teidak terlihat, pada telofase nukleolus terlihat kembali. A. Ultra struktur nukleolus Nukleolus dapat dibedakan ats : 1. Komponene granular : mengandung partikel/granular dengan diameter 15nm dan yaitu partikel prekurso ribosom yang sudah matang. Komponen garnular di kelilingi oleh. 2. Komponen fibrila : yaitu terdiri atas fibril-fibril dengan diameter 5nm yaitu serabbut ribonukleoprotein halus yang merriupakan transkrip RNA. 3. Kromatin yang berasosiasi dengan nukleolus, berupa fibril-fibril kromatin yang menhalangi nukleolus dan menembus nukleolus. Fibril-fibril itu adalah DNA yang membentuk NDRg B. Fungsi Nukleolus Nukleolus merupakan tempat pembentukan dan akumulasi prekursor ribosom (rRNA dan protein ribosom) sebelum di angkut ke sitosol. 3 peristiwa yang merupakan ciri fungsi nukleolus

67

a. Transkripsi gen-gen yang mengkode RNA ribosom b. Pengolahan molekul preribosom c. Perakitan subunit-subunit ribosom

1. Transkrip gen-gen yang mengkode RNA Ribosom DNA yang membentuk NOR (rDNA). Gen-gen berganda yag mengkode RNA Ribosom (rRNA) gen-gen tersusun dalam rangkaian yang saling di pisakan oleh spacer DNA yang panjangnya bervareasi. DNA Ribosom (rRNA) di transkrip oleh RNA Polimase I. Tiap gen menghasilkan transkrip RNA primer yang sama (pre rRNA). Pada eukariota transkrip primer dalam pre rRNA 45S 2. Pengolahan Pre rRNA Hasil transkrip rDNA adalah pre RNA 45S. Pre RNA mengalami metalisasi , dipotong dan ukuran-nya direduksi menjadi tiga unit yang lebih kecil, yaitu rRNA 48S, rRNA 58S dan rRNA 28S

Ribosom yang matang dengan dua subunit dan empat tipe nrRNA tidak di rakit di dalam inti. Penampakan ribosom yang pertama sebagai suatu partikel yang lengkap terlihat di dalam sitosol selama translasi dengan membentuk kompleks dengan mRNA. Subunit pre ribosom di bentuk di dalam intidengan tahap awal perakitan terjadi di nukleolus. Subunit per ribosom bermigrasi ke sitosol melalui salu inti.

68

D. PENGELOLAHAN mRNA EUKARIOTIK

Dalama sel eukariot, mRNA tidak dibentuk sebagai mRNA bebas dalam inti, tapi dihasilkan sebagai sekelompok molekul heterogen dengan berat molekul tinggi yang terikat dengan protein. RNA itu disebut RNA inti yang heterogen (hn RNA) atau pre mesengeres RNA (pre/mRNA). Kompleks yang mengandung RNA dan protein disebut ribonukleuprotein yang heterogen (hn RNP). hnRNA dan pre/mRNA adalah bentuk yang dihasilkan oleh transkripsi didaerah luar nucleus (ekstranukleus) inti. mRNA mencerminkan RNA dengan berat molekul tinggi dan heterogen sedang pre/mRNA menunjukkan fungsi dan nasib RNA yang akan menjadi mRNA bebas untuk ditranslasi menjadi protein pada ribosom di sitoplasma. Pada sel prokariota terdapat gen dengan kodon yang kontinyu (tanpa interupsi). Tiap gen ditrankripsi menjadi transkrip primer yaitu mRNA yang sama panjangnya dengan gen dan yang menentukan urutan asam amino yang akan dirakit menjadi protein. Pada sel eukariota terdapat gen dengan urutan kodon yang diskontinyu. Struktur gen seperti itu disebut split gene yang dapat dibedakan antara ekson yaitu komponen gen sebenarnya dan indron yaitu daerah yang tidak mengkode asam amino (daerah non/koding : interveningsequences).

1. Pembentukan mRNA dari hnRNA (pre/mRNA)

69

Hasil transkrip primer yaiotu hnRNA (pre/mRNA) adalah RNA yng komplemen dengan seluruh panjang splt gen yang mengandung ekson dan intron. Pembentukan (pengolahan kematangan untuk) mRNA dari hnRNA

terjadidalam inti sebelum diangkut sitoplasma. Proses pematangan terjadi dalam dua tahap: tahap pertama adalah capping danpoliadenilasi. Capping terjadi pada ujung lima dengan penambahan 7/metilduanosin sedang poliadenilasi berlangsung pada ujung tiga dengan menambahkan 50/250 nukleotida (poli/A). Peran cap dan ekorpoli/A adalah untuk melindungi dan menstabilkan pesan serta membantu mempercepat translasi. Tahap dua pematangan adalah splicing (penyambungan) adalah syarat untuk dapat keluar dari inti.

E. MATERI GENETIKA 1. Genomprokariota: DNA bakteri

Panjang DNA Escherichia coli jika direntangkan adalah 1,4mm. berat molekulnya 2500 X dalton dan jumlah gennya 400. Molekul DNA E.coli beruntai

ganda, naked (tanpa asosiasi dengan protein) dan sirkular. Didalam sel bakteri, DNA sepanjang 1400m terdapat dalam badan nukleoid dengan diameter 1nm yang menempati kira-kira 15% volume sel. Tingkat kekusutan DNA sangat tinggi, tetapi heliks untai ganda dapat direplikasi dan pada kondisi tumbuh yang ideal, setiap untaian yang dihasilkan oleh replikasi terpisah satu dari yang lain tanpa gangguan.

70

Genom E coli mengalami belitab super (supercoiled) menjadi kurang lebih 50 loops yang semuanya berasal dari satu central core yang ditahan dalam bentuknya oleh RNA. Nukleoid tidak dibatasi oleh suatu membrane tetapi nukleoid adalah suatu daerah pada sel prokariota yang terbatas cukup tegas.Kalau sel tumbuh dalam media pengaya dan laju sintesis tinggi, permukaan nukleoid kusut atau berjumbai sedang permukaan nukeoid pada sel yang in aktif batasnya lebih jelas dan padat. Dengan demikian, jika nukleoid padat maka DNA sangat memadat atau sangat terkondensasi dan dalam keadaan inaktif. Kalau tersedia banyak nutrient dan sintesis tinggi, DNA akan membentuk loop keluar nuleoid untuk menyiapkan tempat bagi transkripsi dengan bantuan enzim RNA polymerase.

STRUKTUR DNA

2. Sifat Genom Prokariota Yang Diisolasi

71

Komposisi molekuler nukleoid adalah sbb:sejumlah RNA, beberapa protein terutama RNA polymerase dan banyak DNA. Dari komposisi molekuler nulkeoid itu dapat diambil keismpulan bahwa nukleoid yang di isolasi dalam keadaan sedang melangsungkan transkripsi. DNA sedang di transkripsi oleh RNA polymerase dan RNA yang dihasilkan masih merupakan sebagian dari kompleks. DNA dalam nukleoid bakteri yang di isolasi itu berada dalam keadaan terbelit super. Baik protein maupun RNA nampaknya memantapkan keadaan pelitan super itu. Yang penting dari model itu adalah peran RNA, yaitu sebagai pengendali molekul DNA yang sirkular dengan mendekatkan tempat yang berjauhan pada unta yang terbuka. Hasilnya adalah loop atau domain. Tiap loop atau domain itu mengalami belitan super dan rata-rata memiliki satu putaran heliks super untuk tiap 200 pasang basah. Kalau DNA pada salah satu loop ditarik atau ditoreh hingga putus, loop akan terbuka dan belitan super akan hilang sedang DNA sisahnya tidak terpengaruh. Kalau digunakan radiasi untuk menghasilkan tarikan, 100/30 tarikan diperlukan untuk membuka sempurnah molekul DNA. Jadi diperkirakan terdapat jumlah loop yang sama/genom nukleoid. Meskipun model ini adalah hasil percobaan dengan nukleoid invitro, belum diketahui susunannya invivo. Mungkin invivo nukleoid distabilkan oleh protein dan RNA untuk memberikan keteraturan pada bagian yang penting untuk replikasi, pemisahan genom dan aktifitas transkripsi genom yang tepat.

72

3. Genom eukariota: kromosom

Genom sel eukariot terdapat ddidalam inti sebegai suatu kompleks nukleoprotein yaitu kromatin dalam sebagian besar sel, genom terdapat dalam kromosom yaitu satu bentuk kromatin terkondensasi. A. Komposisi kromatin Kromatin mengandung protein histon dan protein nonhiston protein histon adalah protein sangat basah karena mengandung asam amino basah arginin dan lisin. Diketahui lima kelas histon yaitu H1, H2A, H2B, H3, dan H4. Protein histon berperan dalam memelihara integritas struktur dan fungsi kromatin. 50% nonhiston merupakan protein structural yaitu sebagai protein mikrofilamen yaitu aktin dan miosin serta protein mikrotubul yaitu /tubulin dan tubulin. Fungsi protein structural itu ialah dalam kondensasi kromosom dan gerakan kromosom selama mitosis dan meiosis. 50% protein nonhiston sisanya mempunyai aktifitas enzim, misalnya RNA polymerase, serin proteiase dan asetil transferase. Dengan demikian setengah dari protein non histon berperan sebagai enzim dan factor yang terlibat dalam replikasi, transkripsi dan pengaturan transkripsi. B. Sifat serabut kromatin

73

Diameter serabut kromatin berrkisar antara 3-25nm diameter serabut kromatin manusia mendekati 20nm pada interfase dan metaphase. Pada inti limfosit masa serabut rata-rata/mm serabut adalah gr masa kering kromatin/inti masa gr panjang total serabut kromatin/inti 7,6cm

dengan demikian serabut dengan diameter 20mm panjang 7,6cm mempunyai isi . Isi rata-rata adalah , sehingga serabut

menempati 20% isi inti. Serabut dengan diameter 20mm itu tidak merupakan silinder licin, tetapi tidak beraturan karena terdapat tonjolan-tonjolan. Jika kromosom direntangkan diameter serabut tereduksi hingga 3mm dan bila diregang lebih lanjut serabut akan putus. Kalau panjang total DNA dan panjang total serabut kromatin dalam inti dipdoid manusia diukur maka diperoleh perbandingan antara DNA dengan serabut kromatin yaitu 200:7,6=29:1 dengan demikian, setiap panjang serabut kromatin mengandung kira-kira 29 panjang heliks DNA dengan diameter 2mm dalam serabut kromatin tidak terlentang sempurnah tetapi harus terdapat sebagai struktur terbelit. Hingga tahun 1950 serabut kromatin dianggap sebagai serabut dengan diameter 20mm tempat DNA terbelit berasosiasi dengan histon yang tersebar merata sepanjang DNA.

F. NUKLEOSOM

Nukleosom merupakan suatu unit yang mengandung 200 pasang basah DNA. Jadi nukleosom yang lengkap terdiri atas 200 pasang basah DNA dengan 9

74

protein histon. Kadang-kadang partikel kor, DNA penghubung dan histon H1 yang membentuk suatu unit itu disebut satu mono nukleosom atau kromatosom.

G. PARTIKEL CORE

Diluar core terdapat DNA yang melingkari core sebanyak 2 kali. Jadi partikel core dibangun oleh DNA dan oktamer histon. DNA terdiri atas 146 pasang basah dan oktamer histon terdiri atas empat pasang masing-masing sepasang H2A, H2B, H3 dan H4 sedang H1 tidak terdapat. H1 terikat dekat oktamer histon pada tempat masuk dan keluar untai DNA dan menempati kurang lebih 20 pasang basah pada kedua untai DNA yang masuk dan keluar tersebut. Panjang DNA penghubung bervariasi diantara spesies yang berbeda pada jaringan berbeda didalam satu spesies. DNA penghubung dapat mengandung 0 basah hingga 80 pasang basah sebab tidak teraturnya panjang DNA penghubung itu tidak diketahui.

H. SOLENOID DAN SUPER SOLENOID

Dikenal dua kelas serabut kromatin yaitu yang mempunyai diameter 10nm dan 30nm serabut 10nm dibentuk dari nukleosom yang teratur linear, sedang serabut 30nm dibentuk oleh serabut 10nm yang membelit secara heliks. Setiap putaran heliks dalam serabut 30nm terdiri atas 6 nukleosom.

75

Solenoid dengan diameter 30nm mengalami belitan super disebut super solenoid dengan diameter 400nm setiap putaran heliks super solenoid mengandung 150000 pasang basah DNA seperti yang terdapat pada kromosom metaphase.

I.

PERANCAH KROMOSOM

Kalau histon dihilangkan dari kromosom, didalam core terdapat struktur seperti perancah dari protein non histon. Untau DNA dalam kromosom tanpa histon tetap mempertahankan struktur rangka kedua kromatin. DNA berkelompok dan tertanam pada satu pusat perancah protein non histon. Untai DNA terdapat sebagai loop yang panjangnya kira-kira 1530nm terdiri atas 45000-90000 pasang basah. Loop DNA terdapat dalam bentuk nsolenoid dan super solenoid. Misalnya perancah berbentuk silinder dengan diameter 0,4nm dan panjang 10nm, maka 8000 loop dengan diameter 20nm dapat melekat disepanjang sumbuh perancah. Ini sesuai dengan jumlah DNA dalam kromatid dengan ukuran ini.

76

VI. A. STRUKTUR RIBOSOM

RIBOSOM

Ribosom merupakan partikel yang padat terdiri dari ribonukleoprotein. Ribosom ada yang tersebar secara bebas di sitoplasma dan ada yang melekat pada permukaan external dari membran Retikulum Endoplasma. Ribosom ini adalah organel yang memungkinkan terjadinya sintesa protein. Strukur dari ribosom memilki sifat sebagai berikut : 1. Bentuknya universal, pada potongan longitudinal berbentuk elips. 2. Pada teknik pewarnaan negatif, tampak adanya satu alur transversal, tegak lurus pada sumbu, terbagi dalam dua sub unit yang memiliki dimensi berbeda. 3. Setiap sub unit dicirikan oleh koefisiensi sedimentasi yang dinyatakan dalam unit Svedberg (S). Sehingga koefisien sedimentasi dari prokariot adalah 70S untuk keseluruhan ribosom (50S untuk sub unit yang besar dan 30S untuk yang kecil). Untuk eukariot adalah 80S untuk keseluruhan ribosom (60S untuk sub unit besar dan 40S untuk yang kecil). 4. Dimensi ribosom serta bentuk menjadi bervariasi. Pada prokariot, panjang ribosom adalah 29 nm dengan besar 21 nm. Dan eukariot, ukurannya 32 nm dengan besar 22 nm. 5. Pada prokariot sub unitnya kecil, memanjang, bentuk melengkung dengan 2 ekstremitas, memiliki 3 digitasi, menyerupai kursi. Pada eukariot, bentuk sub unit besar menyerupai ribosom E. coli.

77

B. RIBOSOM DAN SINTESIS PROTEIN Ribosom merupakan partikel yang kampak/padat, terdiri dari

ribonukleoprotein, melekat atau tidak pada permukaan external dari membran RE, yang memungkinkan sintesa protein.

SINTESIS PROTEIN Sebelum pembelahan sel, DNA di dalam kromosom mengganda sehingga setiap sel anak memiliki kromosom yang sama. DNA bertanggungjawab untuk mengkode semua protein. Setiap asam amino di kode oleh satu atau lebih triplet nukleotida. Kode ini dihasilkan dari satu untai DNA melalui proses yang disebut dengan transkripsi. Proses ini menghasilkan mRNA yang akan dibawa keluar dari inti untuk selanjutnya diterjemahkan menjadi protein. Hal ini dapat dilakukan karena pada sitoplasma terdapay kelompok ribosom yang disebut dengan poliribosom. Atau dapat dilakukan pada ribosom yang menempel pada reticulum endoplasma.

78

Kode seperti yang disebut di atas diterjemahkan pada suatu struktur yang disebut ribosom yang juga dibuat di dalam inti. Ribosom ini merupakan tempat bagi mRNA di mana mRNA akan terikat. Asam amino untuk sintesis protein akan di bawa ketempat ini oleh RNA transfer (tRNA). Setiap tRNA memiliki triplet yang akan berikatan dengan urutan nuklotida yang sesuai pada mRNA. Sebagai contoh fenil alanin yang terikat pada tRNA yang miliki tiplet AAA (adenin-adenin-adenin) akan berikatan dengan urutan nukleotida yang sesuai pada mRNA yaitu UUU (urasil, urasil, urasil).

79

Kode Genetik Inisiasi Gambar di bawah memperlihatkan proses inisiasi. Proses tersebut dimulai ketika ribosom subunit kecil berikatan dengan mRNA. Inisiator tRNA yang membawa metionin berikatan pada daerah AUG yang mengkode asam amino metionin. Selanjutnya ribosom sub unit besar akan menempel Pada ribosom subunit kecil. Catatan, sisi A dan sisi P merupakan tempat pengikatan tRNA.

80

Elongasi

Pada gambar di di bawah terlihat bahwa kompoleh tRNA bergerak dari sisi A ke sisi P. Sisi A meruapakan tempat bagi tRNA berikitnya. Pada contoh ini adalah tRNA yang membawa prolin yang dibawa oleh tRNA yang memiliki kode GGC. tRNA ini akan berpasangan dengan urutan nukleotida CCG pada mRNA. Setelah

menempel pada sisi A, metionin dan protein akan diikat oleh ikatan peptida. Selanjutnya tRNA yang pertama (yang membawa metionin) akan meninggalkan ribosom dan tRNA yang membawa prolin akan berpindah kesisi A. Ribosom

81

selanjunya akan bergerak ke triplet berikutnya dengan arah 5' - 3' (ditunjukkan oleh arah panah pada mRNA). Sedangkan tRNA akan bergerak dari arah 3' 5.

Ribosom selanjutnya akan membaca kode dengan arah 5' - 3' dan menambahkan asam amino pada rantai peptide. Pada gambar tRNA yang membawa glisin yang dikode oleh CCA, berpasangan dengan basa GGU pada mRNA. Proses ini akan berjalan terus sampai mencapai stop codon. Pada gambar di bawah diperlihatkan dengan tanda merah.

82

Akhir translasi (terminasi)

Ketika robosom mencapai stopkodon, dan tidak ada tRNA yang menempel maka ribosom sub uni kecil dan besar akan terpisah dan meninggalkan mRNA.

83

C. PERAKITAN RIBOSOM Pembentukan ribosom pada eukariot RNA 45S hasil transkripsi bergabung dengan protein (RNP), tetapi tidak semua molekul kompleks tersebut menjadi bagian dari sub unit ribosom yang lengkap. Ada berapa protein yang dilepaskan seperti pada sintesis RNA. Nukleoptioda kembali ke kelompok nukleolar dan digunakan kembali. Protein yang di tahan selama proses kemudian bagian sub unit yang sempurna disebut protein ribosom. Pemutusan kompleks RNP secara enzimatis menghasilkan 3 kelompok Frakmen, yaitu : a. Frakmen pertama (1), berisi spacer RNA nukleolar protein (spacer RNA

dihasilkan dari transkripsi rDNA dan bukan spacer DNA diantara gen). spacer RNA di hidrolisis dan nukleolar protein yang bebas kembai pada kumpulannya. b. Fragmen kedua (2), berisi suatu kompleks dari RNA 18S dan protein Ribosom

tertentu yang akhirnya menghasilkan sub unit ribosom 40S dalam sitoplasma.

84

c.

Fragmen ketiga (3), berisi RNA 28S dan 5,85 dan protein ribososm yang

bergabung dengan RNA 5S hasil transkripsi gen rDNA ekstra nukleolar. Kompleks ini ada di dalam inti menghasilkan sub unit 60S dalam sitoplasma. Seperti halnya pada gen gen untuk RNA 45S, gen gen RNA 5S ekstra nukleolar terdapat dalam kelipatan dua.

Proses terbentuknya poliribosom Mula-mula dRNA yang keluar dari nukleus menempel pada ribosom 30S dengan perantara IF1, IF2, IF3 dan GTP (guanosin tripospat). setelah menempel pada ribosom 30S maka terbentuklah kompleks permulaan. tRNA akan mengikat asam amino yang terdapat didalam sitoplasma, sebelum asam amino diikat oleh tRNA terlebih dahulu asam amino diaktifkan dulu oleh ATP dan dipengaruhi oleh enzim aminosil sintetase dan dihasilkan aminoasil adenosin monopospat (AA-AMP) dan pospat anorganik (P). Kode dari dRNA tidak hanya dibaca oleh sebuah ribosom saja tetapi oleh banyak ribosom hal ini mengakibatkan terbentuknya poliribosom ( penggabungan ribosom 30S dan ribosom 50S) menjadi ribosom 70S

85

VII.

RETIKULUM ENDOPLASMA

A. Sifat Umum Retikulum Endoplasma

Retikulum Endoplasma adalah suatu system membran berupa kantung pipih yang menembus semua daerah sel eukariot antara membrane plasma dan salut inti ( nuclear envelope). Retikulum endoplasma merupakan komponen system

membran intra sel yang dinamis (tidak statis ). Komponen-komponen sel yang berbatas membran lainnya adalah mitokondria, lisosom, kompleks golgi, mikrobodi, dan salut inti. Retikulum endoplasma bersama-sama dengan system membran lainnya itu membentuk suatu jalinan di dalam sel yang disebut jalinan rongga sel ( cytocavitary network ). Jalinan ronga sel tersebut memisahkan sel menjadi dua kompartmen yaitu kompartmen sitoplasma dan kompartmen rongga dalam (intracavity) dengan satu sisi mengarah ke sitosol dan sisi lain menghadap ke lumen jalinan. Jalinan rongga sel umumnya dan reticulum endoplasma khususnya membentuk suatu system peredaran di dalam sel dan enzim-enzim disebarkan secara meluas untuk aktivitas katabolisme dan anabolisme.

86

B. Struktur Retikulum Endoplasma

Berdasarkan membrane pembentuk, retikulum endoplasma dibagi atas dua bentuk yaitu : (1) reticulum endoplasma kasar, permukaannya Nampak kasar karena terdapat ribosom; (2) reticulum endoplasma licin/halus, membrannya tanpa ribosom. Selain itu berdasarkan bentuk fisik, retikulum endoplasma terapat dalam tiga bentuk: (1) reticulum endoplasma sering terlihat dlam bentuk lamella.

C. Komposisi Kimia Retikulum Endoplasma

Pada membran mikrosom hati tikus terdapat 60-70% protein dan 40% fosfolipida berdasarkan berat. Didalam sel,reticulum endoplasma adalah tempat sejumlah besar enzim.glukosa-6-fosfatase um di gunakan sebagai marker enzim bagi membrane reticulum endoplasma. Enzim yang terbanyak adalah sitokrom p450 yang merupakan salah satu anggota dari rantai transport electron retikulum endoplasma. Suatu enzim membrane yang lain adalah sitokrom b5 yang ikut serta dalam beberapa aspek transport electron.

87

D. Fungsi Retikulum Endoplasma

Retikulum endoplasma kasar merupakan tempat sintesis protein. Sintesis protein berlangsung pada ribosom terikat pada retikulum endoplasma maupun ribosom bebas.Ribosom menghasilkan protein sitosol, beberapa protein itu meninggalkan sitosol, misalnya histon. Banyak protein kromatin setelah disintesis dalam sitosol segera berdifusi melalui pori-pori inti dan berikatan kepada strukturstruktur dalam inti . Sebagian besar protein dalam kloroplas dan mitokondria dan beberapa protein peroksisom ditranslasi oleh ribosom bebas dalam sitosol dan kemudian diangkut melewati membrane organel sel tersebut. Ribosom melekat dengan sub unit besarnya pada reticulum endoplasma oleh 2 protein integral transmembran yaitu ribofori 1 dan 2. Reticulum endoplasma licin melaksanakan berbafai reaksi sintesis lain dan juga memodifikasi kimia dengan bahan-bahan berat melekul rendah.fungsi reticulum endoplasma licin adalah metabolism siterol: reticulum endoplasma mengandung enzim yang

mensintasis kolesterol,kolesterol merupakan prazat dalam pembentukan hormone steroid dan asam empedu. 88

fungsi sebagai pelindung: reticulum endoplasma licin secara kimia memdifikasi xenobiotiks,bahan-bahan toksik yang berasal dari dalam dan luar sel.

metabolisme karonhidrat: Retikulum endoplasma licin berperan dalam dua system yaitu homeostatis glukosa darah dan sintesis glikoprotein

89

VIII. A. Struktur kompleks golgi

BADAN GOLGI

Struktur badan Golgi berupa berkas kantung berbentuk cakram yang bercabang menjadi serangkaian pembuluh yang sangat kecil di ujungnya. Karena hubungannya dengan fungsi pengeluaran sel amat erat, pembuluh mengumpulkan dan membungkus karbohidrat serta zat-zat lain untuk diangkut ke permukaan sel. Pembuluh itu juga menyumbang bahan bagi pembentukan dinding sel. Badan golgi dibangun oleh membran yang berbentuk tubulus dan juga vesikula. Dari tubulus dilepaskan kantung-kantung kecil yang berisi bahan-bahan yang diperlukan seperti enzimenzim pembentuk dinding sel. Badan Golgi merupakan bagian sel yang hampir serupa dengan Retikulum Endoplasma. Hanya saja, Badan Golgi terdiri dari berlapis-lapis ruangan yang juga ditutupi oleh membran. Badan Golgi mempunyai 2 bagian, yaitu bagian cis dan bagian trans. Bagian cis menerima vesikel-vesikel [vesicle] yang pada umumnya berasal dari Retikulum Endoplasma Kasar. Vesikel ini akan diserap ke ruanganruangan di dalam Badan Golgi dan isi dari vesikel tersebut akan diproses

90

sedemikian rupa untuk penyempurnaan dan lain sebagainya. Ruangan-ruangan tersebut akan bergerak dari bagian cis menuju bagian trans. Di bagian inilah ruangan-ruangan tersebut akan memecahkan dirinya dan membentuk vesikel, dan siap untuk disalurkan ke bagian-bagian sel yang lain atau ke luar sel

B. Komposisi kimia Kompleks golgi

badan golgi juga mengandung senyawa lipida yang terdiri atas fosfolipida dan lemak netral. Sedangkan protein terdiri atas glikoprotein, mykoprotein, dan enzim.

1. Kandungan Lemak

Membran badan golgi memiliki kandungan lipida yang berbeda dari membran sel lain

Senyawa

% Fraksi Total

91

RE Total Fosfolipida 84,9

BG 53,9

MP 61,9

Sfingomielin Fosfatidilkolin

3,7 60,9

12,3 45,3

18,9 39,9

Fosfatidilserin Fosfatidilinositol Fosfatidiletanolamin Fosfatidilhialin Lisofofatidiletanolamin Total lipida netral Kolesterol

33,3 8,9 18,6 4,7 15,1

4,2 8,7 17,0 5,9 6,3 46,1

3,5 7,5 17,8 6,7 5,7 38,1

Asam lemak bebas

Trigliserida

Ester-ester kolesterol

92

2. Kandungan Enzim

Analisa enzimatik dari badan golgi yang diisolasi didapatkan bahwa, badan golgi mengandung enzim-enzim yang sangat heterogen, misalnya enzim-enzim glikolisil transferase, oksidoreduktase, fosforase, dan sebagainya

Glikolisistransferase

: untuk biosintesis glikoprotein

Sialitransferase

UDP-Galaktosa

: N-Asetilglukosamin galaktosil transferase

Glikoprotein

: Galaktosiltransferase

UDP-N-asetilglukosamin-glikoprotein-N-asetilglukosaminiltransferase

Sulfo dan Glikosil transferase : Untuk biosintesis glikolipida

Galaktoterebroside sulfotransferase

CPM-NANA laktosil siramide sialitransferase

CPM-NANA

: GM1 sialitransferase

CPM-NANA

: GM3 sialitransferase

UDP-Galaktose

: GM2 galaktosiltransferase

UDP-GalNac

: GM3 N-asetilglukosaminil

93

Oksidireduktase

NADH sitokrom c reduktase

NADH sitokrom reduktase

Fosfatase 5 nukleotidase

Adenosin trifosfatase

Tiamin pirofosfatase

Kinase

Kasein fosfokinase

Mannosidase

Mannosidase

Transferase

Lysolesitin asil transferase

Gliserolfosfat fosfatidil transferase

Fosfolipase

94

Fosfolipase A1

Fosfolipase A2

C. Fungsi kompleks golgi

Fungsi badan golgi: 1. Membentuk kantung (vesikula) untuk sekresi. Terjadi terutama pada sel-sel kelenjar kantung kecil tersebut, berisi enzim dan bahan-bahan lain. 2. Membentuk membran plasma. Kantung atau membran golgi sama seperti membran plasma. Kantung yang dilepaskan dapat menjadi bagian dari membran plasma. 3. Membentuk dinding sel tumbuhan 4. Fungsi lain ialah dapat membentuk akrosom pada spermatozoa yang berisi enzim untuk memecah dinding sel telur dan pembentukan lisosom. 5. Tempat untuk memodifikasi protein 6. Untuk menyortir dan memaket molekul-molekul untuk sekresi sel 7. Untuk membentuk lisosom 95

8. Membentuk Akrosom pada spermatozoa

Kedudukan kompleks golgi dalam jalur sekretoris

Secara morfologis, kompleks golgi menunjukkan suatu polaritas yang terkait secara langsung dengan fungsi organel. Di dalam sel-sel sekresi, kompleks golgi merupakan suatu pusat fungsional dalam rantai sekresi. Elemen-elemen

penghubung lintasan sekresi tersebut adalah retikulum endoplasma, vesikula transisi, kompleks golgi, vesikula sekresi, dan membran plasma. Lintasan skretori meliputi minimal 6 tahap, yaitu (i) tahap sintesis, (ii) tahap segregasi, (iii) tahap transpor intraseluler, (iv) tahap konsentrasi, (v) tahap penyimpanan, dan (vi) tahap pengeluaran. Selama berlangsungnya sekresi, terjadi aliran materi dari retikulum endopla-sma ke arah badan golgi. Permukaan cekung badan golgi yang terorientasi ke arah retikulum endoplasma disebut permukaan pembentukan atau permukaan cis, sedangkan permukaan cembung yang terorientasi ke arah permukaan sel disebut permukaan matang atau permukaan trans. Pada permukaan matang badan golgi, dibentuk vesikulavesikula sekresi, sedangkan pada permukaan pembentukan terdapat vesikula-vesikula transpor yang

96

dibentuk dari membrane retikulum endoplasma. Selama berlangsungnya proses sekresi, terjadi aliran materi yang dibentuk dalam retikulum endoplasma dan bergerak melalui permukaan badan golgi dari permukaan pembentukan ke permukaan matang. Selanjutnya bergerak sebagai granula-granula sekresi pada daerah apikal sel dan pada akhirnya menuju ke membran plasma dimana bahanbahan tersebut dikeluarkan.

97

IX. BADAN MIKRO A. Sruktur dan Penyebarannya

Badan mikro merupakan organel kecil dalam sel dengan diameter yang berfariasi, rata-rata 400 nm. Organel ini berbentuk bundar atau lonjong, berselaput unit membrane, dan berbeda dalam sitosol. Terdapat pada hewan dan tumbuhan, jumlahnya beratus-ratus dalam sel. Terdapat 2 golongan badan mikro yaitu yang berisi enzim katalase dan oksidasa digolongkan pada peroksisom. Badan mikro yang berisi semua atau sebagian enzim dari daur glikosilat disamping katalase dan oksidasa biasanya disebut glioksisom.enzim katalase pada peroksisom

mengkatalisis perombakan hydrogen peroksida.

Pada jaringan hewan, badan mikro letaknya tersebar tapi biasanya terletak sekitar reticulum endoplasma. Pada tumbuhan, badan mikro sering terdapat berdekatan dengan kloroplas. Pada hewan, peroksisom banyak terdapat di hati dan ginjal. Glioksisom hanya terdapat pada sel tumbuhan, misalnya pada lapisan aleuron biji padi-padian

B. Komposisi kimia badan mikro a. Membrane

Membrane badan mikro (6-8nm) lebih tipis dari pada membrane plasma dan menyerupai membrane reticulum endoplasma dan membrane mitokondria sebelah luar.

98

b. Lipida

Komposisi lipida badan mikro menyerupai mikrosom, yaitu mengandung fosfatidilkolin, fosfatidoletanolamin, fosfatidilinositol, fosfatidilsherin, sfingomielin, dan kardiolipin. Membrane peroksisom dan membrane mikrosom tidak dapat dibedakan, tetapi membrane-membran itu sangat berbeda dari membrane mitokondria yang mengandung kadar kardiolipin yang lebih tinggi.

c. Enzim membrane

Dua enzim berasosiasi dengan membrane badan mikro yaitu sitokrom b5 dan NADH b5 reduktase. Beberapa enzim lain juga berasosiasi dengan membrane.

d. Enzim matriks

Enzim badan mikro yang umum terdapat dalam sebagian besar atau semua jaringan adalah katalase dan flavin oksidase penghasil H2O2. Katalase merupakan enzim marker badan mikro. Selain itu pada peroksisom daur terdapat enzim-enzin daur glioksilat dan pada glioksisom endosperma tumbuhan terdapat enzim-enzim daur glioksilat dan enzim-enzim untuk oksidasi- asam lemak.

C. Fungsi badan mikro a. Oksidasi substrat pada sistem mamalia

Reaksi yang berlangsung pada peroksisom jaringan mamalia dibantu oleh flavin oksidase, yang menggunakan molekul oksigen sebagai akseptor electron dan mengubahnya menjadi hydrogen peroksida (H2O2). H2O2 yang terbentuk toksik

99

bagi sel dan diubah menjadi H2O dan O2 oleh katalase enzim flavin oksidase juga terdapat dalam mitokondria dan ikut serta selama angkutan electron. Tetapi aktifitas katalisis dalam badan mikro pada dasarrnya berda dari reaksi-reaksi yang terjadi dalam mitokondria

b. Oksidasi asam lemak-KoA dalam peroksisom mamalia

Lemak yang disimpan dalam sitosol dihidrolisis oleh lipase menjadi asam lemak dan gliserol. Selanjutnya asam lemak diangkut ke mitokondria dan diuraikan secara oksidasi menjadi asetil-KoA. Proses ini semula diperkirakan hanya terjadi dalam mitokondria. Kini diketahui bahwa periksisom hati tikus juga mampu mengoksidasi asam lemak-KoA menjadi asetil-KoA, dengan menggunakan O2 dan NAD sebagai akseptor electron. Asetil-KoA yang terbentuk oleh proses ini kemudian akan diangkut ke mitokondria dan masuk ke daur asam sitrat. Atau jika asetil-KoA itu masuk ke dalam sitosol, asetil-KoA dapat diubah kembali menjadi asam lemak dan kemudian menjadi lemak. c. Oksidasi- asam lemak dalam glioksisom endosperma tumbuhan Enzim yang diperlukan untuk oksidasi- asam lemak dalam badan mikro mula-mula ditemukan dalam glioksisom endosperma tumbuhan oleh Cooper dan Beevers. Jalur oksidasi- yang sama terdapat dalam periksisom mamaila dan glioksisom tumbuhan. Ensprema tumbuhan adalah satu jaringan penyimpan lemak. Endosprema menyediakan nutrient yang diperlukan untuk melaksanakan proses perkecambahan 100

biji. Sumber energy untuk perkecambahan adalah karbohidrat bukan lemak jadi perubahan lemak menjadi karbohidrat dilakukan dengan bantuan enzim-enzim glioksisom. Hasil oksidasi- yaitu asetil-KoA digunakan di glioksisom untuk membentuk asam-asam C4 menurut daur glioksilat.

d. Daur glioksilat dalam glioksisom endosperma tumbuhan

Daur glioksilat dianggap sebagai suatu bentuk modifikasi dari daur asam sitrat. Daur glioksilat menghindari tahap-tahap reaksi daur asam sitrat yang menghasilkan CO2. Jadi reaksi daur asam gleosilat menggunakan asam lemak sebagai satu-satunya sumber karbon untuk mensintesis karbohidrat. Untuk setiap dua molekul asetil-KoA yang masuk kedalam daur, dibentuk satu molekul subsinat, yang kemudian akan digunakan sebagai pra-zat untuk glukoneogenesis dalam mitokondria. Didalam mitokondria subsinat diubah menjadi oksaloasetat, dan dalam sitosol oksaloasetat diubah menjadi fosfoenolpiruvat untuk digunakan dalam pembentukan glukosa baru.

e. Daur glikolat dalam peroksisom daun tumbuhan

Daur glukolat dimulai dalam kloroplas tempat terbentuknya secara fotosintesis fofogliserat, glikolat, dan fosfogliserat. Kloroplas mempunyai fosfatase yang memisahkan gugus fosfat dari substrat yang mengandung fosfat sehingga mengandung glikolat. Glikolat kemudian meniggalkan kloroplas menuju peroksisom. Disini glikolat dioksidasi oleh suatu oksidase menghasilkan H2O2 dan glioksilat. Glioksilat akan tetap berada dalam peroksisom untuk mengalami aminasi menjadi sherin, atau glioksilat akan kembali ke kloroplas untuk melengkapi suatu daur kecil

101

selain daur glikolat. Daur samping itu merupakan mekanisme penggunaan kelebihan NADPH menglami oksidasi kembali tanpa menghasilkan H2O2. Glisin yang dibentuk dari glioksilat, didalam mitokondria mengalami satu reaksi dan diubah menjadi sherin. Sherin dikembalikan ke peroksisom dan mengalami deaminasi menjadi hidroksipiruvat, kemudian hidroksipiruvat direduksi menjadi gliserat yang akan diangkut kembali ke kloroplas. Didalam kloroplas gliserat mengalami foforilasi menjadi fosfogliserat.

102

X. A. Definisi lisosom

LISOSOM

Lisosom berasal dari kata lyso yang berarti pencernaan, dan som artinya tubuh. Lisosom yaitu organel yang berfungsi untuk mencerna atau menghancurkan suatu zat atau bahan. Organel ini berbentuk bundar, diselaputi selapis unit membran dengan diameter bervariasi. Membrane itu tahan terhadap lysis dan impermeable terhadap enzim-enzim yang dikandungnya. Dengan demikian enzim-enzim itu tidak merembes ke sitoplasma dan mencerna organel lain. Lisosom terdapat pada hamper semua sel, terutama pada sel-sel yang terlibat dalam kegiatan fagositik seperti pada sel darah putih dan makrofag. Lisosom yang terbentuk sebelum terlihat dalam proses kegiatan sel disebut lisosom primer (lisosom yang baru dilepaskan oleh kompleks golgi). Sedangkan lisosom yang sedang terlibat dalam proses pencernaan didalam sel disebut lisosom sekunder yang mempunyai dua fungsi nyata yaitu mencerna materi yang berasal dari luar sel yang diambil dengan cara endositosis (fagositosis atau pinositosis). Fagositosis yaitu proses pemasukan bahan-bahan dari luar sel dengan jalan melingkupinya dengan membrane sel. Fungsi kedua ialah untuk mencerna materi-materi intraselnya sendiri. Kedua bentuk pencernaan itu disebut hetero lisosom atau vakuola pencernaan dan otolisosom atau vakuola otofag.

B. Nomenklatur dan bentuk-bentuk lisosom

Lisosom yang paling awal dibentuk oleh sel sebelum ikut serta dalam suatu peristiwa dalam selyang disebut lisosom primer. Lisosom yang berperan dalam

103

aktifitas pencernaan dalam sel disebut lisosom sekunder. Lisosom sekunder ini mempunyai dua fungsi yang berbeda, yaitu:

a. Mencerna bahan yang berasal dari luar sel yang masuk secara endositosis dan lisosom ini disebut heterolisosom atau vakuola pencerna. b. Mencerna bahan intra sel kepunyaan sel itu sendiri, lisosom ini disebut auto lisosom atau vakuola autofagik.

C. Kehadiran lisosom dalam sel hewan dan sel tumbuhan a. Lisosom dalam sel hewan Lisosom pada sel hewan pertama kali diteliti yaitu pada jaringan hati dan ginjal tikus. Selain pada jaringan hati dan ginjal lisosom telah ditemukan dalam berbagai jaringan. Bahkan sekarang ini telah diketahui bahwa sel-sel hewan berisi lisosom kecuali pada sel darah merah. b. Lisosom dalam sel tumbuhan Dahulu kala sel tumbuhan dikira tidak mengandung lisosom. Tetapi pada kenyataannya sel tumbuhan juga mengandung lisosom. Namun hal ini masih dalam taraf perbincangan atau perdebatan apa peranan lisosom itu. Lisosom terutama banyak terdapat pada sel-sel jamur,kecambah biji, karet, pepaya, mangga dan nangka.

D. Struktur ultra dan komposisi lisosom a. Membrane lisosom Struktur unit membrane lisosom tebalnya adalah 9nm, sama dengan membrane plasma tetapi lebih tebal dari membrane mitokondria.

104

Sifat fisik membrane lisosom sangat menyolok adalah kemampuan membrane itu berfusi dengan membrane sel yang lain. Yang paling sering terjadi adalah fusi antara lisosom dan membrane plasma selama sekresi seluler. Pada kedua peristiwa itu, fusi terjadi antara membrane lisosom dengan membrane plasma atau dengan membrane plasma atau dengan derivat mambran plasma.

b. Kandungan lisosom

Lebih dari 50 macam enzim berasosiasi dengan lisosom. Mungkin tidak ada satu lisosom atau malahan sel yang mengandung semua enzim itu. Beberapa dari enzim itu seperti katepsin, ribonuklease dan fosfatase asam diteliti secara lebih teliti dari pada enzim-enzim lain.

E. Peran lisosom a. Peran lisosom dalam mencerna Peran fisiologis lisosom dalam sel sangat bermacam-macam, tetapi semua peran berkaitan dengan sifat mencerna yang sebagian besarr terjadi didalam sel. Pencernaan interna bahan-bahan eksogen disebut heterofagi. Heterofagi adalah satu bentuk cara makan yang umum pada hewan rendah yang kini dianggap sebagai suatu proses yang dilakukan hamper semua sel termasuk tumbuhan. Pencernaan intra sel bahan-bahan endogen disebut auto fagi. Proses ini umum bagi sebagian besar organism, baik protozoa, dan merupakan proses biasa yang penting dalam cell turnofer atau dapat dirangsang oleh factor-faktor seperti stress atau kelaparan.

105

 Heterofagi Untuk proses pencernaan bahan-bahan eksogen dengan berat molekul tinggi diperlukan endositosis. Hasil endositosis yaitu vakuola makanan berfusi dengan lisosom primer menghasilkan vakuola pencerna atau lisosom sekunder. fagosit darah adalah sel-sel yang berperan pada proses vagositosis sehingga membantu organisme terhadap invasi za-zat asing. Terdapat 4 tipe fagosit yaitu neutrofil, eosinofil, basifil dan monosil. Autofagi Autofagi dianggap sebagai suatu peristiwa sel yang umum. Vakuola autofagi dianggap bertanggung jawab atas beberapa tipe aktifitas sel. Yang akan dijelaskan adalah cell turnover dan metamorphosis jaringan. Bahan-bahan sel baik organel maupun makromolekul yang dapat larut mempunyai karakteristik yaitu adanya turnover yang khas, dimana semua komponen sel dipaksa untuk dibongkar dan di daur secara terkendali. Aktifitas autofagi juga terjadi selama perkembangan atau remodeling. Metamorphosis amfibi menunjukkan bahwa regresi jaringan berkaitan dengan meningkatnya hidrolase pada xenopus, satu tipe katak, diikuti dengan pembersihan oleh makrofag yang kaya lisosom.

b. Peran lisosom dalam sekresi Sel hewan Lisosom melakukan beberapa aktifitas penting yang berkaitan dengan peristiwa yang terjadi di luar sel. Untuk meneliti sifat ini, diamati peran lisosom pada pelepasan hormon dalam kelenjar hipofisis dan tiroid.

106

Dalam system ini enzim lisosom bekerja didalam untuk membantu persiapan bahan yang ditujukan untuk berfungsi diluar sel. Sel tumbuhan Umumnya sel tumbuhan tidak mampu memakan partikel besar, karena adanya dinding sel. Karena itu sekresi enzim hidrolase untuk

melaksanakan pencernaan diluar sel merupakan proses penting bagi sel tumbuhan. Jamur biasanya mensekret berbagai enzim hidrolase sehingga jamur mampu menguraikan dan hidup pada makromolekul yang tidak dapat diangkut didalam sel. Tumbuhan tinggi juga mensekret beberapa enzim hidrolase. Contohnya tumbuhan insektivor yang menghasilkan cairan mengandung protein nase yang memerangkap mangsanya mangsanya. dan mencernakan

c. Peran lisosom dalam perkembangan dan dinamika jaringan Metamorfosis Sebagai contoh adalah peran lisosom pada regresi ekor berudu katak, yang merupakan suatu tipe autofagi. Regresi jaringan diikuti oleh meningkatnya makrofag. Perkecambahan biji Peran lisosom dalam perkembangan tumbuhan masih belum jelas, tetapi bukti menunjukkan bahwa enzim hidrolisis terlibat selama aktifitas lisosom dan hidrolase serta peningkatan

perkecambahan biji. Ini merupakan suatu contoh mengenai aktifitas 107

hidrolase yang dikendalikan oleh hormone tumbuh yaitu asam giberelat. Asam giberelat dibebaskan embrio kelapisan aleuron, selanjutnya aleuron melepaskan hidrolase ke endosperma. Struktur seperti lisosom terlihat dalam kotiledon biji pea (kacang kapri, kacang ercis), tembakau dan kapas yang sedang berkecambah, tetapi bukti nyata mengenai perananya dalam perkecambahan belum ada.

108

XI. A. DEFINISI

MITOKONDRIA

Mitokondria sudah lama dikenal dalam periode sebelum penemuan mikroskop elektron. Altmann (1894) adalah orang yang pertama kali menyeledikinya dan menganggapnya sebagai mikroba di dalam sel. Benda (1898) menyebutnya sebagai organel sel dan memberi nama mitokondria. Bensley dan Hoerz (1934) adalah orang yang pertama yang dapat mengisolasi mitokondria dan menganalisa struktur kimianya. Setelah diisolasi tampak bahwa mitokondria terdiri dari butiranbutiran berbentuk batang pendek atau benang yang sangat mudah larut dalam alcohol dan asam asetat. Bentuknya ternyata dapat berubah-ubah dan tumbuh terus.Clause (1943) meneliti mitokondria dengan sentrifugasi dan menemukan bahwa mitokondria terdiri dari molekul protein dengan 25% lipid dan 10% DNA serta banyak terdapat enzim oksidasi di dalamnya. Ia menganggap bahwa organel ini berfungsi dalam penggunaan energi untuk oksidasi lemak. Pada tahun 1948, Clause akhirnya mengidentifikasi mitokondria sebagai mesin pembangkit energi di dalam sel.Penelitian tentang mitokondria yang baru dan penting dilmulai pada tahun 1950, ketika digunakan mikroskop elektorn untuk mengamati ultrastrukturnya. Penemuan ini banyak memberikan pengertian tentang hubungan antara struktur dan fungsi mitokondria serta bagaimana organel ini dapat bereproduksi yang terbukti bersifat otonom dan bebas dari pola genetik dalam inti sel.

109

Energi yang langsung dikonsumsi oleh sel adalah energi dalam bentuk adenosin trifosfat atau ATP. Substansi yang kaya energi tersebut diubah menjadi adenosin difosfat atau ADP dan selanjutnya diubah menjadi atau AMP.

adenosin monofosfat

Peristiwa tersebut dike-nal dengan nama hidrolisis ATP. Rumus kimia ATP ditun-jukkan pada gambar 1 Gambar . Rumus kimia ATP Sel memiliki tiga jalur utama untuk menghasilkan energi utama dalam bentuk ATP, yaitu: 1.ATP dihasilkan di dalam sitosol selama glikolisis; 2. ATP dihasilkan di dalam kloroplas dengan memanfaatkan energi matahari; 3. ATP dihasilkan di dalam mitokondria melalui reaksi oksidasi substrat. Para pakar biologi sel sependapat bahwa mitokondria berasal dari bakteri aerobik yang mengadakan endosimbiosis dengan eukariot anaerobik. Endosimbiosis adalah jika organisme dari suatu species hidup didalam organisme dari species yang lain. Proses yang terjadi adalah sel-sel bakteri aerobik tertelan oleh sel eukariot anaerobik namun bakteri aerobik tidak mengalami pencernaan. Bakteri aerobik yang tertelan selanjutnya hidup di dalam sel eukariot. Eukariot mensuplai bakteri dengan proteksi dan komponen-komponen karbon, sedangkan bakteri mensuplai eukariot dengan energi ATP.

110

Beberapa bukti yang mendukung teori tersebut adalah:(i) Mitokondria dapat menggandakan diri menyerupai pembelahan biner pada bakteri, (ii) DNA mitokondria menyerupai DNA prokariot, berupa molekul sirkular tunggal dan ribosom pada mitokondria dibuat dari sub unit dengan koofisien sedimentasi yang lebih menyerupai ribosom prokariot dibandingkan dengan eukariot, (iii) Ukuran

mitokondria hampir sama dengan ukura bakteri. (iv) Mitokondria memiliki membran ganda, memiliki kemi-ripan dengam membran sejumlah prokariota, dan (v) urut- an DNA pada mitokondria tertutup dan memiliki kemiripan dengan DNA proteobakteril (vi) Mitokondria memiliki kemiripan fisik dengan prokariota.

l pada tahun 1850 oleh Kollicker melalui pengamatannya pada jaringan otot lurik serangga. Ia menemukan adanya granula- granula dengan struktur yang bebas dan

111

tidak berhubungan secara langsung dengan struktur internal sel. Pada tahun 1890, Altmann mengidentifikasi granula-granula tersebut dan Ia berikan nama bioblast. Istilah tersebut diganti dengan mitokondria (Yunani:mito yang berarti benang danchondrio n yang berarti granula) sebab penampakan granula-granula tersebut menyerupai benang bila diamati dengan menggunakan mikroskop cahaya.Pada tahun 1900, Michaelis menunjukkan bahwa di dalam mitokondria berlangsung reaksi-reaksi oksidatif. Pada tahun 1911, Warburg menemukan bahwa mitokondria mengandung enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi oksidatif sel. Pada tahun 1911, Kingsbury mendu-kung bahwa mitokondria merupakan tempat spesifik untuk reaksi-reaksi oksidasi. Pada tahun 1930, Sir Hans Krebs menjelaskan beberapa reaksi siklus asam trikarboksilat atau daur Krebs. Dari tahun 1950, Lehninger, Green, Kennedy, dan Hogeboom dan lain-lain menunjukkan secara jelas reaksi-reaksi seperti oksidasi asam lemak, fosforilasi oksidatif serta sifat-sifat lain mitokondia (Sheeler dan Bianchii, 1983).

112

B. .STRUKTUR MORFOLOGI MITOKONDRIA

Mitokondria dijumpai baik pada sel hewan maupun pada sel tumbuhan. Ukuran

mitokondria kira-kira sama dengan ukuran rata-rata bakteri basil. Mitokondria hati secara umum agak memanjang dengan diameter kira-kira 0,5-1,0m dan panjang kira-kira 3m. Umumnya panjang

mitokondria dapat mencapai 7m (Sheeler & Bianchi, 1983; Thorpe, 1984). Di dalam sel mitokondria terletak secara acak seperti pada hati atau tersusun teratur dengan polapola tertentu seperti pada sel sperma. Contoh yang paling umum adalah susunan yang teratur dari di mitokondria dalam diantara lurik. pada

serabut-serabut Mitokondria

otot

umumnya

ditemukan

tempat-tempat di dalam sel yang membutuhkan energi dalam jumlah yang besar, misalnya pada otot lurik dan flagel sperma.

Tidak seperti organel lain, mitokondria cukup besar untuk dapat dilihat dengan mikroskop cahaya dan kehadirannya dalam sel telah diketahui lebih dari seratus tahun. Mitokondria berukuran panjang 1-4 m dengan diameter 0,2 - 1 m. sehubungan dengan fungsinya, ukuran, jumlah dan lokasinya dalam sel bervariasi sesui dengan jenis sel. Rata-rata jumlah mitokondria dalam sel hati Mammalia

113

sekitar 1.500 buah atau 15-20% dari volume sel. Jumlah mitokondria yang besar terdapat pula dalam sel otot. Hal ini disebabkan oleh karena sel otot membutuhkan jumlah ATP yang besar untuk kontraksi. Lokasi mitokondria didalam sel yang bervariasi sesuai jenis sel dapat dilihat pada sel sperma. Pada sel sperma, mitokodria terdapat di belakang nukleus. Pergerakan sperma dimungkin oleh produksi ATP pada daerah ini. Setiap mitokondria mengandung membran luar dan membran dalam. Membran luar menutupi mirokondria dan bertindak sebagai batas luar. Membran dalam berlekuk-lekuk atau mengalami invaginasi dan disebut dengan krista. Pada beberapa sel, seperti sel hati Mammalia, krista sangat panjang dan memotong sepanjang diameter mitokondria. Pada sel tumbuhan, krista lebih berbentuk tubular. Pelipatan membran dalam ini ditujuan untuk memperluas permukaan membran yang penting untuk respirasi aerob. .Membran mitokodria membagi organel ini menjadi dua kompartemen. Yang pertama adalah matriks yang berada ditengah dan ruang antarmembran yang terdapat antara membran luar dan membran dalam. Matrik berbentuk gel dengan kandungan protein lebih dari 500 gr/ml.

Membran mitokondria Membran dalam dan membran luar mitokondria memiliki penyusun yang berbeda. Membran luar tersusun atas lebih dari 50% lipid serta mengandung berbagai macam enzim seperti enzim yang beroperan oksidasi epinefrin, degradasi triptofan dan pemanjangan rantai asam lemak. Sebaliknya, membran dalam memiliki ratio protein/lemak yang tinggi. Ditemukan lebih dari 60 polipeptida berbeda pada membran ini. Membran luar mengandung porin, suatu protein integral dan

merupakan merman yang tidak selektif sehingga memungkinkan molekjul dengan

114

ukuran 10.000 dalton dapat dengan masung ke dalam ruang antar membran, dengan demikian ruang antar membran berhubungan dengan sitosol. Sebalinya membran dalam sengan tidak permeabel, sehinggan molekul dan ion yang diperlukan semuanya terdapat dalam matriks mitokondria.Di bawah mikroskop cahaya mitokondria berbentuk batang dengan diameter 0,5 - 1 mikron dan panjang hingga 7 mikron. Namun bentuknya dapat mengikuti aktivitas sel dan dapat bermodifikasi mengikuti siklus sekresi. Mitokondria tersebar merata pada sitoplasma, bergerak berpindah mengikuti aliran sitoplasma. Dinding mitokondria terdiri dari 2 membran yang diantarai oleh ruang eksternal, yaitu: satu membran eksternal dengan struktur trilamellar tersusun dari 60% protein intrinsik globular yang terdapat di antara alam lapisan lemak dengan kwantitas berkisar 40%. Satu membran internal yang susunan molekulnya berbeda dari membran eksternal yaitu kaya akan protein (80%) dan lemak hanya 20%. Satu ruang internal yang merupakan pelipatan ke dalam rongga (matriks), yang disebut krista.

Gambar 9.1

Mitokondria

dalam

struktur tiga dimensi memperlihatkan bagian-bagian mitokondria

115

C. .STRUKTUR ULTRA MITOKONDRIA

Mitokondria dibatasi oleh dua membrane yaitu membrane luar dan membrane dalam. Membrane dalam mebentuk Krista,karena struktur membrannya rangkap maka mitokondria mempunyai dua ruangan yaitu ruang antar membran dan matriks. Ruang antar menbran sangat sempit tetapi luas permukaanya besar karena melipatnya membrane dalam. Matriks Nampak halus pada perbesaran rendah,tetapi pada perbesaran kuat,bebrapa bahan partikel terlihat antara lain granula matriks,ribosom,poliribosom dan filament DNA.Secara morfologi yang paling bervariasi adalah Krista. Dalam satu sel tertentu Krista biasanya seragam dank has bagi sel itu. Sebagian besar mitokondria mempunyai Krista seperti lamela. Lenela relative parallel atau bertumpuk teratur. Contohnya mitokondria pancreas dan ginjal. Variasi lain Krista adalah tenestrated 9berlubang-lubang) contoh mitokondria otot terbang insekta. Pada mitokondria lain, Krista berbentuk tubul,misalnya pada protozoa dan sel mamalia penghasil steroid. Efek umum Krista adalah menambahh luas permukaan membrane dalam,sehingga sel menerima enzim respirasi yang cukup untuk memenuhi permintaan ATp. KRISTA Membran dalam melakukan pelipatan ke dalam/berinvaginasi membentuk tubuli atau sakulus (kantong) yang berpenetrasi ke dalam matriks mitokondria yang disebut dengan krista. Krista dapat berubah bentuk sesuai dengan kegiatan sel. Ketika sel dalam keadaan istirakat, permukaan krista menjadi labih lapang dan kurang berlekuk. Gambaran ini disebut ortodoks. Sebaliknya ada sel-sel yang sedang giat beraktivitas maka krista memberikan gambaran yang banyak berlekuk

116

dan matrik menjadi sempit. Gambaran ini disebut dengan condensed. Secara umum bentuk krista dibedakan menjadi dua golongan besar yaitu berbentuk lempeng dan pembuluh. Krista bentuk lempeng (lamella)terdapat pada kebanyakan jaringan, sedangkan krista berbentuk pembuluh (tubuler) terdapat khusus pada sel-sel yang mensekresikan steroid seperti sel Leydig, sel-sel desidua ovarium dan sel-sel lapisan korteks adrenal.

Gambar 9.3. Struktur tiga dimensi membran mitokondria perannya yang dalam

memperlihatkan transpor ekeltron

Kedua membran interna dan eksterna memainkan peranan sebagai rangka untuk mitokondria, bersifat elastis fleksibel dan stabil serta dapat bergerak. Bahan penyusun membran mitokondria berupa lemak (fosfolipida dan kolesterol) dan protein. Membran eksternal mengandung enzim transferase, kinase, ATP asetil koenzim A syntetase, sitokrom B, NADH sitokrom B reductase, fosfotidase fosfatase dan fosfolipase. Sedangkan membran internal mengandung sejumlah: Enzim yang berperan dalam perlewatan atau transit metabolit

117

Enzim

yang

bertanggung

jawab

pada

reaksi

oxydase

yang

membebaskan energi untuk fosforilase oksidatif (ATP dari ADP). Jadi ATP disintesa dalam membran interna, selanjutnya melewati ruang internal dan membran eksternal untuk berpenetrasi dalam hyaloplasma (plasma yang transparant). Transferase (carnitine-acytransferase). Enzim yang berperan dalam system pemanjangan asam lemak dan beta-oksidase asam lemak. Pada tahun (1962) melepaskan membran dalam dan kristanya dan menemukan struktur bulat seperti butiran dsengan diameter 8,5 nm yang melekat pada permukaan arah matriks. Butiran ini disebut dengan subunit membran dalam. Menurut Wringglesworth (1970) subunit membran ini terdapat pada seluruh permukaan dalam krista. Racher dkk (1966) menjelaskan bahwa sub unit membran dalam adalah berupa butiran-butiran merupakab melekul enzim ATP-ase. Enzim ini berperan pada proses sintesis ATP.Palade (1956) menemukan bahwa struktur permukaan krista pada berbagai tipe mitokondria sesuai dengan aktivitasnya ntuk oksidasi. Miotokdria pada otot jantung lebih banyak mengandung krista dan enzim dibandingkan dengan mitokondria hati. Ia menyimpulkan bahwa pada kristalah berlangsung respirasi sel. Krista ini adalah suatu cara untuk memperluas permukaan membran dalam. Dengan makin luas permukaan maka semakin banyak ula enzim sehingga dapat memperbesar aktivitas oksidasi. Lehninger (1964) menaksir luas permukaan krista pada sel hati yang seluruhnya 10 kali lebih luas dari permukaan membran selnya. MATRIKS MITOKONDRIA

118

Ruang interna dan krista mitokondria berisi suatu matriks yang densitasnya bervariasi, tergantung kondisi fungsional dari organel. Namun umumnya berisi: Molekul DNA Mitoribosome (mtRNA) Granula padat yang tidak beraturan Enzim yang terlibat dalam siklus Krebs dan sintesa asam lemak.

Matriks mitokondria yang mengisi bagian dalam mitokondria berupa cairan. Di dalamnya banyak mengandung enzim. Dalam matriks mitokondria terkandung pula DNA dan ribosom. Selain itu, matriks DNA mengandung enzim yang berperan dalam daur Krebs, enzim untuk sintesis asam nukleat dan enzim-enzim oksidasi lainnya. Metabolisme oksidatif berlangsung dalam sitosol dan mitokondria. Proses dimulai dengan glukosa yang dioksidasi oleh enzim-enzim glikolisis yang berlangsung di mitokondria. Sepuluh jalur diperlihatkan pada gambar di bawah.

119

Gambar 9.4 Skema metabolisme karbohidrat pada sel eukariot. Glikolisis dimulai dengan aktivasi molekul glukosa dengan cara fosforilasi dua atom karbon glukosa dengan bantuan dua molekul ATP. Hasil adalah fruktosa 1-6 difosfat yang meruapan molekul yang memiliki 6 atom C dan dua fosfat. Selanjutnya fruktosa 1-6 difosfat dipecah menjadi dua molekul monofosfat dengan 3 atom C. Reasksi selanjutnya adalah, aldehid 3 atom C di oksidasi menjadi asam 3 C yang menghasilkan NADH dan dua atom P yang akan bereaksi dengan ADP membentuk 2 molekul ATP. Selanjutnya terbentuk piruvat yang merupakan produk akhir glikolisis.

Gambar 9.5 Skema terjadinya siklus krebs dan transport elektron pada respirasi sel

120

Selain

untuk

menghasilkan

ATP,

mitokodria

juga

berfungsi

dalam

metabolisme lemak, sintesa lemak dan hormone steroid serta produksi panas. Untuk metabolime lemak, asam lemak diubah menajdi asetil Ko-A lebih dulu.

Gambar. 9.6 Skema reaksi sintesis yang terjadi dalam mitokondria Pembentukan asetil Ko-A dapat terjadi di luar mitokondria (di dalam sitosol) kemudian masuk ke dalam matriks mitokondria. Untuk sintesis lemak dan hormone steroid, mitokondria bekerja sama dengan retikulum endoplasma halus. Steroid dibentuk dari kolesterol. Kolesterol diubah menjadi pregnenolon lalu menjadi progesterone. estrogen. Selanjutnya, progesterone diubah menajdi testosterone atau

121

D. .KOMPOSISI KIMIA MITOKONDRIA

Pada mitokondria utuh,secara kuantitatif air merupakan komponen paling dominan. Air berperan dalam reaksi enzimatis,selain sebagai medium fisis agar metabolit dapat berdifusi di antar sistem enzim. Komopen utama berat kering mitokondria adalah protein. Persentase protein berkaitan dengan jumlah menbran dalam yang ada,karena banyak protein enzimatis dan structural terdapat dalam membrane dalam. Protein mitokondria di kelompokkan menjadi dua bentuk yaitu protei yang larut dan yang tidak dapat larut. Protein dapat larut terutama adalah enzim matriks dan protei membrane perifer. Protein tidak dapat larut adalah protein integral dan protein enzim lainnya. total lipid adalah fosfolipida. Perbedaan yang jelas antara membrane dalam dan membrane luar adalah membrane dalam

mengandung kardiolipin lebihbbanyak. Kolestrol terutama terdapat di membrane luar. Membrane luar menyerupai membrane integral. Selain lipida, sejumlah molekul organic kecil yang berbeda terdapat berasosiasi dengan membrane mitokondria antara lain molekul redokks yang berpartisipasi dalam transport electron. Ubikinon(koenzim Q),flavin dan NDA+ biasanya terikat membrane yaitu berasosiasi dengan membrane dalam.Monoaminoksidase merupakan marker membrane luar. Suksinat dehidrogenase adalah enzim marker membrane dalam. Matriks

mengandung sekumpulan enzim daur asam sitrat dan enzim yang terlibat dalam sintesis protein,asam nulkeat dan asam lemak. Semua enzim daur asam sitrat terdapat bebas dalam matriks kecuali suksinat dehidrogenase,yang merupakan komponen membrane dalam. Jadi agar piruvat dapat teroksidasi sempurna menjadi CO2 dan H2O dengan bantuan enzim-enzim matriks,suksinat harus mengadakan kontak dengan membrane dalam sebelum dapat dioksidasi menjadi fumarat.

122

E. .GENETIKA DAN BIOGENESIS MITOKONDRIA GENETIKA MITOKONDRIA DNA mitokondria manusia merupakan DNA sirkuler tertutup yang berada pada matriks mitokondria yang mengandung 37 gen, dan berukuran 16569 pasang basa. Dua puluh empat gen (24) diperlukan untuk translasi mtDNA [2 RNA ribosom (rRNAs) dan 22 RNA transfer (tRNA)] dan 13 mengkode subunit rantai respirasi, dengan perincian sebagai berikut: 7 subunit untuk kompleks I [ND1, ND2, ND3, ND4, ND4L, ND5 DAN ND6 (ND singkatan dari NADH dehydrogenase)], 1 subunit untuk kompleks III (sitokrom b), 3 subunit untuk sitokrom oksidasi (COX1,II,III) serta 2 subunit untuk ATP sintetase. Sebagian rantai respirasi dikode oleh DNA nukleus.

123

Genetika mitokondria berbeda dengan hukum Mendel dalam 3 aspek utama: diturunkan dari ibu, heteroplasmi dan segregasi mitotik. 1. Diturunkan dari ibu Secara hukum umum, semua DNA mitokondria dalam zigot berasal dari ovum. Sehingga seorang ibu membawa mutasi mtDNA pada semua anak-anaknya, tetapi hanya anak perempuannya yang akan memindahkan mutasi tersebut pada

124

keturunannya. Bukti baru transmisi paternal mtDNA pada otot rangka (tetapi tidak pada jaringan lain) pada pasien dengan miopati mitokondria memberikan peringatan penting bahwa sifat mtDNA yang diturunkan dari ibu bukan merupakan hukum yang mutlak, tetapi tidak disangkal bahwa penyakit-penyakit yang berhubungan dengan mtDNA terutama diturun-kan dari pihak ibu 2. Heteroplasmi dan efek ambang batas (threshold effect) Terdapat ribuan molekul mtDNA dalam tiap sel, dan secara umum terdapat beberapa mutasi patogenik mtDNA, tetapi bukan semuanya. Sehingga sel dan jaringan tercampur mtDNA normal dan mutan, keadaan ini disebut heteroplasmi. Heteroplasmi juga terdapat pada tingkat organel yaitu mitokondrion dengan mtDNA normal dan mutan yang bercampur. Pada orang normal semua mtDNA adalah identik (homoplasmi). Tidaklah mengherankan bila dengan jumlah mtDNA minimal belum terjadi disfungsi oksidatif dan belum tampak tanda klinis, ini yang disebut efek ambang batas. Tiap-tiap sel organ memiliki ambang batas tersendiri, tergantung metabolisme jaringan tersebut. Efek tersebut lebih rendah pada jaringan yang tergantung pada metabolisme oksidatif, seperti: otak, jantung, otot rangka, retina, tubulus ginjal, dan kelenjar endokrin.

3. Segregasi mitotik Redistribusi acak organela saat pembelahan sel dapat mengubah proporsi mtDNA mutan yang diterima oleh sel anak perumpuan, jika efek ambang patogenik dalam jaringan yang tidak terkena terlampaui, maka fenotip dapat juga berubah. Pada gangguan mtDNA sering berhubungannya dengan umur, jaringan yang terkena, dan variabilitas gambaran klinik.Mutasi DNA mitokondria ternyata relatif tinggi. mtDNA secara alami dihadapkan 125 pada faktor-faktor yang tidak

menguntungkan

(Tabel 2) seperti: (a) tingginya kadar spesies oksigen reaktif

sebagai produk samping metabolisme oksidatif mitokondria, (b) terpaparnya mtDNA terhadap oksigen reaktif tersebut karena tidak adanya proteksi oleh nukleoprotein, yang berlainan dengan DNA inti sel dan (c) tidak adanya sistem repair DNA yang efektif di dalam organela ini.

BIOGENESIS MITOKONDRIA Pengamatan dengan mikroskop elektron dari jaringan hewan yang sedang tumbuh dan diambil dalam interval waktu yang teratur memperlihatkan adanya pembelahan mitokondria.

Gambar 9.7 Pengecatan

mitokondria

dengan

radioaktif

kolin.

1.

pembentukan "de novo"; 2. pembentukan yang berasal dari membran sel; 3. pembentukan dengan pembelahan

Dikenal

mekanisme

utama

yang

dapat

digambarkan

mengenai

pembentukan mitokondria atau biogenesis mitokondria yaitu

126

Pembentukan "de novo" Differensiasi sebelumnya. yang berasal dari membran yang telah ada

Pembelahan mitokondria yang telah terbentuk

Mekanisme pertama dan kedua masih belum banyak ditemukan/diamati, namun mekanisme yang ketiga sudah sangat sering terbukti dan diamati. Mitokondria yang mengalami pembelahan menjadi mitokondria yang berukuran kecil selanjutnya mengikuti fase pertmnbuhan untuk mencapai ukuran yang umum.Sintesa berbagai molekul organic yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dibuktikan oleh para ahli. Selanjutnya diakui akan adanya DNA intramitokondria (mtDNA) dalam matriks. mtDNA tersebut bentuknya sirkuler dengan panjang 5 - 25 mikron tergantung jenis organismenya. Letaknya bersebelahan dengan krista mitokondria. Kwantitas mtDNA sekitar 1 - 5 % dari total DNA sel, namun juga dipengaruhi oleh kondisi fisiologis sel.Replikasi dari mtDNA terjadi secara semi konservatif dan selanjutnya mengalami transkripsi dan translasi. Untuk

berlangsungnya seluruh proses tersebut maka dilengkapi komponen seperti DNA dan RNA polimerasi, tRNA, mRNA dan rRNA yang disebut mitoribosomal RNA.

F .STRUKTUR DAN FUNGSI DNA MITOKONDRIA

DNA mitokondria, Berbeda dengan organel sel lainnya, mitokondria memiliki materi genetik sendiri yang

karakteristiknya berbeda dengan materi genetik di inti sel. Mitokondria, sesuai dengan namanya, merupakan rantai

127

DNA yang terletak di bagian sel yang bernama mitokondria. DNA mitokondria memiliki ciri-ciri yang berbeda dari DNA nukleus ditinjau dari ukuran, jumlah gen, dan bentuk. Di antaranya adalah memiliki laju mutasi yang lebih tinggi, yaitu sekitar 10-17 kali DNA inti [Wallace et al., 1997]. Selain itu DNA mitokondria terdapat dalam jumlah banyak (lebih dari 1000 kopi) dalam tiap sel, sedangkan DNA inti hanya berjumlah dua kopi. DNA inti merupakan hasil rekombinasi DNA kedua orang tua sementara DNA mitokondria hanya diwariskan dari ibu (maternally inherited) [Browning, et al., 1979, Giles et al.,1980].Besar genom pada DNA mitokondria relatif kecil apabila dibandingkan dengan genom DNA pada nukleus. Ukuran genom DNA mitokondria pada tiap tiap organisme sangatlah bervariasi. Pada manusia ukuran DNA mitokondria adalah 16,6 kb, sedangkan pada Drosophila melanogaster kurang lebih 18,4 kb. Pada khamir, ukuran genom relatif lebih besar yaitu 84 kb.Tidak seperti DNA nukleus yang berbentuk linear, mtDNa berbentuk lingkaran. Sebagian besar mtDNA membawa gene yang berfungsi dalam proses respirasi sel. Eksperimen yang dilakukan dengan menghilangkan mtDNA pada S. cerevisceae menunjukan penurunan tingkat pertumbuhan yang signifikan yang ditandai dengan mengecilnya ukuran sel. Struktur DNA Mitokondria

DNA mitokondria (mtDNA) berukuran 16.569 pasang basa dan terdapat dalam matriks mitokondria, berbentuk sirkuler serta memiliki untai ganda yang terdiri dari untai heavy (H) dan light (L). Dinamakan seperti ini karena untai H memiliki berat molekul yang lebih besar dari untai L, disebabkan oleh banyaknya kandungan basa purin [Anderson et al., 1981].MtDNA terdiri dari daerah pengode (coding

128

region)dan daerah yang tidak mengode (non-coding region). MtDNA mengandung 37 gen pengode untuk 2 rRNA, 22 tRNA, dan 13 polipeptida yang merupakan subunit kompleks enzim yang terlibat dalam fosforilasi oksidatif, yaitu: subunit 1, 2, 3, 4, 4L, 5, dan 6 dari kompleks I, subunit b (sitokrom b) dari kompleks III, subunit I, II, dan III dari kompleks IV (sitokrom oksidase) serta subunit 6 dan 8 dari kompleks V. Kebanyakan gen ini ditranskripsi dari untai H, yaitu 2 rRNA,14 dari 22 tRNA dan 12 polipeptida. MtDNA tidak memiliki intron dan semua gen pengode terletak berdampingan [Anderson et al., 1981, Wallace et al., 1992, Zeviani et al., 1998]. Sedangkan protein lainnya yang juga berfungsi dalam fosforilasi oksidatif seperti enzim-enzim metabolisme, DNA dan RNA polimerase, protein ribosom dan mtDNA regulatory factors semuanya dikode oleh gen inti, disintesis dalam sitosol dan kemudian diimpor ke organel [Wallace et al., 1997].Daerah yang tidak mengode dari mtDNA berukuran 1122 pb, dimulai dari nukleotida 16024 hingga 576 dan terletak di antara gen tRNApro dan tRNAphe. Daerah ini mengandung daerah yang memiliki variasi tinggi yang disebut displacement loop (D-loop). D-loop merupakan daerah beruntai tiga (tripple stranded) untai ketiga lebih dikenal sebagai 7S DNA. D-loop memiliki dua daerah dengan laju polymorphism yang tinggi sehingga urutannya sangat bervariasi antar individu, yaitu Hypervariable I (HVSI) dan Hypervariable II (HVSII). Daerah non-coding juga mengandung daerah pengontrol karena

mempunyai origin of replication untuk untai H (OH) dan promoter transkripsi untuk untai H dan L (PL dan PH) [Anderson et al., 1981]. Selain itu, daerah non-coding juga mengandung tiga daerah lestari yang disebut dengan conserved sequence block (CSB) I, II, III. Daerah yang lestari ini diduga memiliki peranan penting dalam replikasi mtDNA

129

 Daerah Hipervariabel DNA Mitokondria

Daerah kontrol memiliki tingkat mutasi dan polymorphism yang paling tinggi di dalam genom DNA mitokondria. Pada daerah D-loop terdapat hipervariabel 1 (HV1) dan hipervariabel 2 (HV2). Hypervariable I (HVSI) pada urutan nukleotida 16024-16383 dan Hypervariable II (HVSII) yang terletak pada nukleotida 57-372. Dua daerah ini memiliki laju mutasi yang lebih tinggi dari daerah pengode [Howell et al., 1996]. Oleh karena sifatnya yang polimorfik, daerah ini sangat beragam antar individu tetapi sama untuk kerabat yang satu garis keturunan ibu. Laju mutasi sejauh ini diketahui 1:33 generasi, jadi perubahan urutan nukleotida hanya akan terjadi setiap 33 generasi [Hall, 1998]. Oleh karena itu, daerah ini sering dianalisis dan sangat penting untuk digunakan dalam proses identifikasi individu. Sifat-sifat DNA Mitokondria

MtDNA diwariskan secara maternal [Browning, et al., 1979, Giles et al.,1980]. Sel telur memiliki jumlah mitokondria yang lebih banyak dibandingkan sel sperma, yaitu sekitar 100.000 molekul sedangkan sel sperma hanya memiliki sekitar 1001500 mtDNA [Chen, et al., 1995b, Manfredi, et al., 1997]. Dalam sel sperma mitokondria banyak terkandung dalam bagian ekor karena bagian ini yang sangat aktif bergerak sehingga membutuhkan banyak ATP.Pada saat terjadi pembuahan sel telur, bagian ekor sperma dilepaskan sehingga hanya sedikit atau hampir tidak ada mtDNA yang masuk ke dalam sel telur. Hal ini berarti bahwa sumbangan secara paternal hanya berjumlah 100 mitokondria. Apalagi dalam proses pertumbuhan sel, jumlah mtDNA secara paternal semakin berkurang. Maka jika dibandingkan dengan sumbangan secara maternal yaitu 100.000, maka sumbangan secara paternal

130

hanya 0,01%. Oleh karena itu dapat dianggap tidak terjadi rekombinasi sehingga dapat dikatakan bahwa mtDNA bersifat haploid, diturunkan dari ibu ke seluruh keturunannya [Cann et al., 1987, Giles et al., 1980, Wallace, 1997].

DNA mitokondria juga memiliki sifat unik lainnya yaitu laju mutasinya yang sangat tinggi sekitar 10-17 kali DNA inti [Wallace et al., 1997]. Hal ini dikarenakan mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien [Bogenhagen, 1999], tidak memiliki protein histon, dan terletak berdekatan dengan membran dalam mitokondria tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping [Richter, 1988]. Selain itu, DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah DNA polimerase yang tidak mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam replikasi DNA). Tidak adanya aktivitas ini menyebabkan mtDNA tidak memiliki sistem perbaikan yang dapat menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA yang tidak akurat ini akan menyebabkan mutasi mudah terjadi.Salah satu bentuk keunikan lainnya dari mitokondria adalah perbedaan kode genetik mitokondria menunjukkan perbedaan dalam hal pengenalan kodon universal. UGA tidak dibaca sebagai berhenti (stop) melainkan sebagai tryptofan, AGA dan AGG tidak dibaca sebagai arginin melainkan sebagai berhenti, AUA dibaca sebagai methionin [Anderson et al., 1981]. Perbedaan DNA mitokondria dan DNA inti

Perbedaan DNA mitokondria dan DNA inti sebagai berikut : Letak DNA mitokondria terletak di dalam mitokondria, mitokondria adalah organel sel. Sedangkan DNA inti sel terletak di dalam inti sel. mtDNA terletak di

131

matriks mitokondria berdekatan dengan membran dalam mitokondria, tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping (Richter, 1988). Laju Mutasi lebih cepat Laju mutasi DNA mitokondria lebih tinggi sekitar 1017 kali dibandingkan DNA inti. Karena mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien (Bogenhagen, 1999). DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah DNA polimerase yang tidak mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam replikasi DNA). Tidak adanya aktivitas ini menyebabkan mtDNA tidak memiliki sistem perbaikan yang dapat menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA yang tidak akurat ini akan menyebabkan mutasi mudah terjadi. Tidak memiliki protein histon. Pada DNA inti, disusun dalam bentuk yang khas, dengan adanya beberapa macam protein histon sehingga bentuknya seperti berpilin-pilin. Jumlah Lebih Banyak dan Ukuran genom lebih kecil DNA mitokondria mempunyai jumlah lebih banyak jika dibandingkan DNA inti, karena jumlah mitokondria banyak di dalam sel.Dari segi ukuran genom, genom DNA mitokondria relatif lebih kecil. Hanya diwariskan dari Ibu DNA mitokondria diwariskan hanya dari ibu, sedangkan DNA inti dari kedua orang tua (dari DNA ayah dan ibu). Pada saat pembuahan sel, sel sperma hanya berpusi materi DNA saja,

sedangkan sedangkan bagian-bagian sel sperma lain tidak. Sehingga DNA mitokondria pada anak hanya dari ibu. Bentuknya Lingkaran dan sirkuler

132

DNA mitokondria berbentuk lingkaran, berpilin ganda, sirkular, dan tidak terlindungi membran (prokariotik). Sedangkan bentuk DNA inti panjang tidak sirkuler, duble helik, pada saat akan pembelahan sel berbentuk kromosom. Tidak memiliki intron DNA mitokondria tidak memiliki intron dan semua gen pengkode terletak berdampingan,sedangkan pada DNA inti terdapat ekson dan intron, pada saat sintesis protein terjadi pemotongan intron yaitu pada pemerosesan mRNA. Haploid (2n) DNA mitokondria bersifat haploid karena hanya berasal dari ibu. Stop kodonnya berbeda. Salah satu bentuk keunikan lainnya dari mitokondria adalah perbedaan kode genetik mitokondria menunjukkan perbedaan dalam hal pengenalan kodon universal. UGA tidak dibaca sebagai berhenti (stop) melainkan sebagai tryptofan, AGA dan AGG tidak dibaca sebagai arginin melainkan sebagai berhenti, AUA dibaca sebagai methionin (Anderson et al., 1981). DNA mitokondria mempunyai daerah yang tidak mengode dari mtDNA. Daerah ini mengandung daerah yang memiliki variasi tinggi yang disebut displacement loop (D-loop). D-loop merupakan daerah beruntai tiga (tripple stranded) untai ketiga lebih dikenal sebagai 7S DNA. D-loop memiliki dua daerah dengan laju polymorphism yang tinggi sehingga urutannya sangat bervariasi antar individu, yaitu Hypervariable I (HVSI) dan Hypervariable II (HVSII). Daerah non-coding juga mengandung daerah pengontrol karena mempunyai origin of replication untuk untai H (OH) dan promoter transkripsi untuk untai H dan L (PL dan PH) (Anderson et al., 1981). Selain itu, daerah

133

non-coding juga mengandung tiga daerah lestari yang disebut dengan conserved sequence block (CSB) I, II, III. Daerah yang lestari ini diduga memiliki peranan penting dalam replikasi mtDNA.

G. .TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI MITOKONDRIA

mekanisme transkripsi dan translasi di dalam mitokondria bergantung kepada genetic inti. Bahan-bahan tertentu seperti rRNA,tRNA dan mRNA tidak bergantung kepada inti. Tetapi, protein tertentu di tentukan oleh seperti protein ribosom, RNA polymerase, DNA polymerase Trna aminoalis sintetase dan fakror-faktor sintesis protein. Fenomena yang menarik adalah bahwa mtDNA tidak dapat di ekspresi dan di replikasi tanpa bantuan inti.Sifat semiotonomi mitokondria terlihat dari cara sintesis ribosom mitokondrio. RNA ribosom mitokondria ditranskripsi di mtDNA sedang protein ribosom mitokondria di transkripsi dari DNA inti. Kemudian di translasi dari ribosom sitoplasma dan akhirnya di angkut ke dalam mitokondria untuk perakitan partikel nucleoprotein(ribosom).

Transkripsi dan Translasi pada Prokariot

Pada prokariot, translasi molekul mRNA sering kali dimulai sebelum proses transkripsi usai. Hal ini disebabkan molekul mRNA disintesis dan ditranslasi pada jarak 5-3dan juga dapat disebabkan karena tidak adanya membran inti yang memisahkan transkripsi dengan translasi seperti pada eukariot.

134

Transkripsi Dan Translasi Pada Eukariot

Pada eukariot proses transkripsi dan translasi tidak terjadi secara bersamaan, karena transkripsi terjadi pada inti sedangkan translasi terjadi pada sitoplasma. Berbeda dengan proses transkripsi dan translasi pada prokariot yang dapat terjadi secara bersamaan. Proses transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks daripada prokariot.

mRNA pada eukariot berasal dari transkrip gen primer yang melalui beberapa tipe proses, antara lain:

Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul mRNA yang lebih kecil.

Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA caps) pada ujung 5 molekul.

Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida adenilet (poly-A tails) pada ujung 3 molekul.

Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.

Pembelahan termasuk dalam konversi pre-mRNAs menjadi mRNAs yang sering kali diikuti pemindahan leader sequences (urutan dari ujung 5 sampai kodon inisiasi translasi) dan noncoding sequences (intervening sequences or introns yang berada di antara coding sequences). Masing-masing gen transkrip dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses tersebut. Tidak semua mRNA mengandung 5cap dan tidak semuanya mengandung poly-A.Sebagian besar RNAs nonribosom yang disintesis dalam nukleus sel eukariot mengandung sebagian besar molekul yang

135

berbeda ukurannya. RNA ini disebut RNA inti heterogen (hnRNA). Proses cepat pada hnRNA besar atau molekul pre-RNA dalam nukleus terjadi setelah hasil transkripsi jelas kelihatan dalam: 1) sebagian besar RNA nonribosom yang disintesis dalam nukleus menurun dengan cepat; 2) susunan molekul mRNA yang lebih kecil dipindahkan menuju sitoplasma. Translasi pada eukariot dianalogkan dengan translasi pada prokariot kecuali: 1) kelompok protein dari methyonil-dRNAi Afet tidak dibentuk;2) sebagian besar mRNA eukariot dipelajari untuk memperoleh monogenik.

Perpindahan Rantai Intron melalui Penyambungan RNA

Sebagian besar gen eukariot tingkat yang lebih tinggi mengandung noncoding intervening sequences atau intronsseparating the coding sequences or axons. Sedangkan transkrip primer mengandung seluruh urutan gen dan noncoding sequences yang di potong selama proses.Mekanisme penyambungan dengan menggabungkan urutan dengan tepat pada nukleotida tunfggal untuk meyakinkan bahwa kodon pada ekson distal ke intron terbaca dengan tepat dan

benar.Penamaan subscibps mengidentikasikan frekuensi dari basa umum tiap-tiap posisi. N mengindikasi bahwa sebagian dari 4 standar nukleotida yang ditunjukkan pada posisi yang diindikasi. Ekson-intron junction memiliki perbedaan dalam gen tRNA gen struktural dalam mitokondria dan kloroplas, yang menggunakan mekanisme penyambungan RNA ysng berbeda.hanya satu urutan pendek yang ada di dalam intron gen inti yang disebut TACTAAC box. TACTAAC box memunculkan pemilihan untuk purin dan pirimidin yang lain pada masing-masing sisi.Sisa adenin pada posisi enam dalam TACTAAC box lengkap dan diketahui untuk menentukan petunjuk dari reaksi penyambungan. Urutan sisa intron pada sebagian besar gen inti

136

sangat divergen atau berbeda dan muncul secara acak. Intron gen mitokondria dan kloroplas mengandung urutan konserv yang berbeda dengan gen inti.

Tiga tipe yang berbeda penyambungan RNA

Penemuan intron non koding dalam gen menstimulasi pengaruh yang penting dalam mekanisme pemindahan intron selama pengekspresian gen. 3 kelas intron yang sangat umum dan sangat penting dalam ekspresi gen eukariot, antara lain:

intron tRNA prekursor yang dipotong melalui pembelahan endonukleotik dan reaksi ligasi yang dikatalisasi oleh enzim endonuklease dan ligase.

intron rRNA prekursor Tetrahymena yang dipindahkan dengan autokatalisasi dalam reaksi unik oleh molekul RNA itu sendiri.

intron transkrip pre-mRNA inti yang dipotong dalam reaksi dua tahap yang umumnya membawa partikel ribonukleoprotein yang disebut splikeosom.

Penyambungan tRNA Prekursor: Nuklease dan Ligase khusus 137

Reaksi penyambungan prekursor tRNA telah dilakukan secara terperinci pada ragi Saccharomyces. Penyambungan dilakukan secara in vitro baik pada sistem maupun temperatur pada penyambungan mutan penyambungan telah digunakan dalam pada S.cerevisiae.

pemotongan

mekanisme

tRNA

penghilangan intron pada tRNA prekursor yeast dilakukan dalam dua tahap yaitu

membran inti dan splicing endonuklease membuat due potongan yang sama pada ujung akhir intron.

splicing ligase menggabungkan dua bagian tRNA untuk menghasilkan bentuk matang molekul tRNA.

Pembelahan tRNA menghasilkan ujung 5OH dan kelompok fosfat siklik 2-3 pada ujung 3. Tahap kedua proses ligasi menyangkut 4 reaksi yang terpisah, yaitu: reaksi pertama adalah penambahan kelompok fosfat pada ujung 5-OH, reaksi ini membutuhkan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP) kelompok fosfat 5 diaktifkan dengan mentransfer kelompok AMP menuju terminus intermediet AMP-ligase fosfat siklik 2-3 dibuka oleh aktivitas phophodiesterase cyclic yang menghasilkan 2 fosfat dan 3 hidroksil bebas. reaksi ligase terakhir melalui pemecahan 3-OH bebas pada interior 5 fosfat dengan melepaskan AMP. Dua tahap penyambungan intron tRNA tersebut akan terjadi pada organisme. Pada tumbuhan terjadi reaksi yang sama, tetapi tidak sama dengan yang terjadi pada mamalia.

138

Penyambungan autokatalisis rRNA prekursor Tetrahymena

Dalam biologi peristiwa metabolisme terjadi dengan bantuan reaksi enzim katalis. Enzim umumnya membutuhkan senyawa protein, yang merupakan polipeptida tunggal dan kadang-kadang heteromultimer yang komplek, dan senyawa nonprotein kotaktor untuk menjalankan fungsi enzim. Dalam intron rRNA prekursor Tetrahymena reaksi enzim terjadi tanpa membutuhkan banyak protein, ini merupakan penemuan besar dalam biologi.Autokatalisis pada intron rRNA prekursor Tetrahymena tidak membutuhkan energi eksternal dan proten. Akan tetapi membutuhkan transfer ikatan fosfoester tanpa adanya kehilangan atau penambahan ikatan. Reaksi ini juga membutuhkan nuklusida guanin atau nukleotida dengan kelompok 3-OH bebas sebagai kofaktor dan kation monovalen dan divalen. Aktivitas autokatalitik dipengaruhi oleh struktur sekunder intron atau sedikit pengaruh dari struktur sekunder molekul RNA prekursor.Point kunci dari reaksi penyambungan autokatalitik terjadi secara intramolekular dan dan tidak tergantung konsentrasi. RNA prekursor memungkinkan pembentukkan pusat aktif yaitu ikatan kofaktor guanosin 3-OH.

Penyambungan pre-mRNA: snRNAs, snRNPs dan Spliceosome

Intron dalam mRNA prekursor inti melalui 2 tahap pemotongan seperti pada intron yeast dan Tetrahymena. Penyambungan inti pre-mRNA tidak dibelah oleh simple splicing nuklease dan ligase atau autokalitik, tetapidilakukan oleh RNA kompleks atau struktur protein yang disebut Spliceosome. Spiceosome terlihat seperti ribosom yang terdiri dari beberapa molekul rna kecil yang disebut snRNAs dan beberapa protein. snRNAs tidak berdiri sendiri sebagai molekul RNA bebas,

139

tetapi bekeja sama membentuk protein RNA inti yang kecil yang disebut snRNPs.Lima snRNAs dinamakan U1, U2, U4, U5 dan U6 merupakan komponen spliceosome. snRNA U1, U2 dan U5 menunjukkan 3 partikel snRNP yang berbeda, masing-masing mengandung snRNA tunggal. snRNA U4 danU6 bersama-sama dalam snRNP keempat. Tahap penyambungan pre-mRNA inti meliputi tahap pertama yaitu pembelahan pada ujung 5 intron dan susunan fosfodiester molekular berada di antara 5rantai karbon G pada sisi pembelahan dan 2rantai karbon konserve sisa A di dekat ujung 3 intron. Tahap ini terjadi pada spliceosome komplet dan membutuhkan hidrolisis ATP. snRNA kedua akan ditambahkan pada penyambungan komplek yang menjadi snRNP U2 yang diikat pada urutan konsensus yang mengandung 100% residuA. Pada akhirnya U5 snRNPs berikatan pada daerah penyambungan 3 dan U4/U6 snRNP akan bertambah dan berkembang menjadi daerah spliceosome yang 3 lengkap.Pada intron thap kedua dua reaksi akson

penyambungan

penyambungan

dibelah

dan

digabungkan dengan penyambungan fosfodiester 5-3 sehingga mRNA yang sudah dipotong siap untuk dikirimkan menuju sitoplasma dan melanjutkan proses translasi pada ribosom.

H. MITOKONDRIAGENESIS

proses mitokondriogenesis

terdiri atas dua fase,yaitu: fase pertama,

pertumbuhan mitokondria dan reproduksi individu: fase, difernsiasi organel menjadi suatu rangsangan yang akan melaksanakan fosfolasi oksidatif.mitokondria tumbuh dengan penambahan komponen komponen pada struktur tua. Akibatnya mito kondria membela menjadi dua. Gambar 6.7 menunjukan skema cara pembelahan

140

mitokondria.Satu atau lebih krists yang terletak di tengah-tengah tumbuh memanjang melewati matriks dan berfusi dengan membran di depannya sehingga membentuk satu pemisah. Matriks di pisakan menjadi dua komponen. Membran luar berinvaganasi pada bidang pemisah. Setelah itu mengadakan kontriksi sehingga terjadi fusi antara kedua membrane dalam. Dengan demikian terbentuklah dua mitokondria anak yang terpisah. Selutuh proses tumbuh yang di tunjukan oleh bertambahnya luas permuakaan membrane dan pembelahan, di atur oleh inti. Diferensiasi mitokondria menjadi organel yang berfungsi bergatung pada genom mitokondria dan bekrja bersama-sama genom inti dalam mengadakan perakitan enszim respirasi. Pada tingkat inilah terlihat dengan jelas saling ketergantungaan dua genom sel itu. Tidak satupun dari genom yang berfungsi secara terpisa dapat mendiferensiasi mitokondria.

I.TRANSFORMASI ENERGI PADA MITOKONDRIA

Di dalam mitokondria energi kimia digunakan untuk mengubah karbohidrat dan senyawa lainnya sebagai energi ikatan fosfat melalui respirasi sel untuk oksidasi DNA, RNA, protein, dan lemak. Mitokondria banya k terdapat pada sel-sel otot makhluk hidup dan sel-sel saraf.

141

XII. A. Asal Mula Kloroplas

KLOROPLAS

Kata kloroplas berasal dari kata Yunani chloros ,yang berarti hijau, dan plastis, yang berarti "orang yang bentuk".Kloroplas adalah anggota dari kelas yang dikenal sebagai organel plastida .Kloroplas adalah salah satu dari berbagai jenis organeldalam sel tumbuhan.Secara umum, mereka dianggap berasal dari cyanobact eria melalui endosimbiosis Ini pertama kali diusulkan oleh Mereschkowsky pada

1905 .setelah pengamatan dengan Schimper pada tahun 1883 yang sangat miripkloroplas cyanobacteria. Hipotesis endosimbiosis kloroplas ini dikemukakan berdasarkan kenyatan pada saat ini, bahwa:1. Kloroplas memiliki membran rangkap dan membran luarnya mirip denganstruktur membran sel.2. Ada beberapa fotosintetik (cyanobakteria) yang memiliki membranefotosintetik, yang mirip dengan tilakoid pada kloroplas.3. Didalam kloroplas terdapat DNA yang juga banyak dijumpai melalui pada bakterifotosintetik. seperti

4. Kloroplas dapat

bertambah

pembelahan,

halnyabakteri.Semua kloroplas diperkirakan berasal langsung atau tidak langsung dariaktivitas endosymbiotic tunggal (dalam Archaeplastida ), kecuali untukPaulinella chromatophora, yang baru-baru ini mengakuisisi endosymbiontcyanobacterial fotosintesis yang tidak berkaitan erat dengan kloroplas dari eukariota lainnya.Bahwa mereka berasal dari sebuah acara endosymbiotic, kloroplas mirip dengan mitokondria, tapi kloroplas hanya ditemukan di tanaman dan Protista.kloroplas ini dikelilingi oleh membran komposit berlapis ganda denganruang antarmembran, lebih lanjut, telah reticulations, atau infoldingsbanyak, mengisi ruang batin. kloroplas memiliki sendiri DNA ,yang kodeuntuk protein redoks yang terlibat dalam transpor elektron dalam fotosintesis, ini disebut sebagai plastomePada tumbuhan hijau, 142

kloroplas dikelilingi oleh dua -bilayer membran lipid .Mereka diyakini sesuai dengan dan dalam membran luar cyanobacteriumleluhur. Kloroplas terdapat pada sel-sel tumbuhan eukariotik, sel tumbuhan tinggi berisi 50-200 kloroplas. Kloroplas dapat dilihat dengan mikroskop biasa. Panjang antara 5 10 m. pada tumbuhan rendah bentuknya sangat bervariasi, euglena gracillis memiliki 10 buah kloroplas setiap sel, pada chlamidomonas hanya sebuah berbentukmangkuk,spirogyramempunyaikloroplas seperti pita yang letaknya spiral s epanjang sel.

B. Tata Nama Dan Kompartemen Dalam Kloroplas Kloroplas memilki membran rangkap seperti pada mitokondria. Membran dalam dan membran luar dipisahkan oleh ruang antarmembran. Membran dalam memiliki hubungan dengan kompleks membrane dalam kloroplas. Kompleks membran (membran internal) sebagian besar memiliki bentuk seperti kantung pipih yang disebut tilakoid. Susunan /tumpukan tilakoid disebut granum, satu tilakoid dari granum disebut tilakoid granum. Sebagian tilakoid melebar kedalam stroma disebut tilakoid stroma. Tilakoid yang menghubungkan antar grana disebut fret. Pada beberapa literatur tidak ditemukan istilah tilakoid grana. Fret umumnya disebut lamela grana, bagian dalam tilakoid disebut lokulus Dengan adanya kompleks membran pada kloroplas terdapat tiga

kompartemen yang terpisah yaitu ruang antarmembran lokulus dan stroma. Dari banyak penelitian menunjukkan bahwa lokulus merupakan ruangan yang terpisah da ri ruang antar membran.

143

C. Membran Luar Membran luar kloroplas tumbuhan tinggi dipisahkan dari membran dalam dengan ruang antarmembran sejauh 10nm. Membran ini permeabel terhadap persenyawaan yang berat molekulnya rrendah seperti nukleotida, fosfat organik, derifat yang mengandung fosfat, asam karboksilat dan sukrosa. Jadi ruang antarmembran merupakan jalan masuk bebas untuk segala macam molekul makanan dari sitosol. Dilihat dari permeabilitasnya fungsi dari membran luar kloroplas dan mitokondria mempunyai persamaan.

D. Membran Dalam Membran dalam mempunyai sebagai barrier antara sitosol dan stroma kloroplas yang bersifat impermeable terhadap sukrosa, sorbitol dan berbagai anion misalnya di dalamtrikarboksilat,fosfat, dan persenyawaan seperti nukleotida dan gula fosfat). Meskipun impermeable terhadap berbagai persenyawaan, membran dalam permeable terhadap CO2 dan asm mono karboksilat tertentu (misalnya asam asetat, asam gliserat, asam glikolat) dan kurang permeabel pada asam amino.Seperti

144

membran dalam mitokondria, membran dalam kloroplas memiliki carrier spesifik untuk mentranslokasi berbagai bahan metabolik yang penting seperti fosfat, fosfogliseerat, dehidroaseton fosfat, dikarboksilat dan ATP. E. Sistem Membran Interenal Membran internal merupakan jaringan membran yang kompleks pada stroma dan sukar digambarkan seperti keadaan sebenarnya. Tapi bagaimanapun bentuk fisik yang sebenaranya, telah diketahui bahwa membran tilakoid berisi kelengkapan enzim yang komplit untuk melakukan reaksi terang pada fotosintesis. Disinilah letaknya klorofil pada organel kloroplas. Selain itu pada membran tilakoid terdapat carrier elektron dan faktor penggandeng (coupling facttors) transpor elektron pada waktu fosforilasi. Gambar-gambar mikroskop elektron dari sistem membran internal menunjukkan adanya struktur yang serupa dengan F1 pada mitokondria yang berisi faktor penggandeng dengan ATPa. Kloroplas ditemukan pada sel tumbuhan. Pengamatan dengan mikroskop cahaya, dengan pembesaran yang paling kuat, kloroplast terlihat berbentuk butir. Bentuk kloroplast yang beraneka ragam ditemukan pada alga. Kloroplast bernbentuk pita spiral ditemukan pada Spirogyra, sedangkan yang berbentuk jala ditemukan pada Cladophora, sedangkan kloroplast berbentuk pita ditemukan pada Zygnema.

Seperti halnya mitokondria, kloroplas dikelilingi oleh membran luar dan membran dalam (Gambar 1). Membran dalam menutupi daerah yang berisi cairan yang disebut stroma yang mengandung enzim untuk reaksi terang pada proses fotosintesis. Stroma juga mengandung DNA dan ribosom. Pelipatan membran dalam membentuk struktur seperti tumpukan piringan yang saling berhubungan yang

145

disebut tilakoid yang tersusun membentuk grana. Membran tilakoid yang mengelilingi ruang interior tilakoid yang berisi cairan mengandung klorofil dan pigmen fotosintesis lain serta rantai transport elektron. Reaksi terang dari fotosintesis terjadi di tilakoid. Membran luar kloroplas menutupi ruang intermembran antara membran dalam dan membran luar kloroplas. Walaupun kloroplas memiliki DNA, sebagian besar protein dalam kloroplas dikode oleh gen nuklear, dihasilkan di sitoplasma dan selanjutnya dikirim ke kloroplas.

F. Struktur Dan Sifat Genom 1. Karakteristik fisik genom organel Hampir semua eukariot memiliki genom mitokondria. Genom kloroplas terdapat pada semua eukariot yang berfotosintesis. Genom organel merujuk pada genom mitokondria dan genom kloroplas. DNA organel pada umumnya sirkuler dengan variasi pada organisme yang berbeda. Pada banyak eukariot genom sirkuler dan genom linier terdapat bersama2 didalam organel dan untuk kloroplas sering dijumpai lingkaran2 kecil yang mengandung subkomponen genom. Alga laut dinoflagellata misalnya memiliki genom kloroplas yang terbagi dalam banyak lingkaran kecil yang masing2 mengandung satu gen tunggal. Genom mitokondria 146

beberapa mikroba eukariot seperti Paramecium, Chlamydomonas dan beberapa ragi selalu linier. Jumlah salinan genom organel dan bagaimana transmisi genom organel dari tetua kepada keturunannya belum banyak diketahui. Ukuran genom mitokondria bervariasi dan tidak berhubungan dengan kompleksitas organisme. Kebanyakan hewan multiseluler memiliki genom mitokondria kecil dan kompak. Kebanyakan eukariot rendah seperti S. cerevisiae dan tanaman berbunga memiliki genom mitokondria lebih besar dan kurang kompak degan sejumlah gen yang mengandung intron. Ukuran genom kloroplas lebih sedikit variasinya dan pada umumnya strukturnya mirip genom kloroplas padi.

2. Kandungan Genetik Genom Organel Genom organel jauh lebih kecil dan karenanya megandung lebih sedikit gen dibandingkan genom nuklear. Kandungan gen genom mitokondria bervariasi, mulai dari 5 pada parasit malaria P. falciparum sampai 92 pada protozoa R.. americaca. Semua genom mitokondria mengandung gen untuk noncoding r-RNA dan sedikitnya beberapa komponen protein untuk pernapasan. Genom yang lebih banyak kandungan gennya juga menyandi tRNA, protein ribosomal dan protein yang berperan dalam transkripsi, translasi dan transpor protein lainnya dari sitoplasma kedalam mitokondria. Kebanyakan genom kloroplas memiliki sekitar 200 gen yang menyandi rRNA, tRNA, protein ribosomal dan protein yang berperan untuk fotosintesis. Protein2 lainnya disandi oleh gen2 nuklear, disintesis dalam sitoplasma dan ditranspor kedalam organel. Pertanyaannya adalah mengapa tidak semua protein organel disandi oleh gen2 nuklear? Diduga sebagian protein yang disandi oleh genom organel bersifat sangat hidrofobik sehingga tdk dapat ditransfer melalui 147

membran mitokondria dan kloroplas, demikian pula tidak dapat ditransfer dari sitoplasma kedalam organel. Satu2nya cara adalah organel membuat sendiri protein2 tersebut.

3. Asal Usul Genom Organel Teori endosimbion diyakini merupakan teori yang paling tepat tentang asal usul genom organel. Teori ini menyatakan bahwa genom organ el merupakan sisa2 bakteri bebas yang bersimbiosa dengan prekursor sel eukariot pada tahap awal evolusi. Dugaan ini didasarkan pada kenyataan bahwa proses ekspresi dan sekuens nukleotida gen2 organel sangat mirip dengan gen2 bakteri dibandingkan dengan gen2 nuklear eukariot. Disamping itu telah ditemukan beberapa organisme dengan tahap endosimbiosis sedikit terbelakang dibandingkan mitokondria dan kloroplas. Protozoa C. paradoxa misalnya memperlihatkan tahap awal endosimbiosa dimana struktur fotosintesisnya berbeda dengan kloroplas dan lebih mirip dengan cyanobakteri. Rickettsia yang hidup didalam sel eukariot dianggap sebagai bentuk modern bakteri yang kemudian berkembang menjadi mitokondria. Bila genom organel pada mulanya adalah bakteri bebas, maka suatu ketika dalam proses evolusi telah terjadi transfer gen dari organel kedalam nukleus. Proses ini belum banyak terungkap tetapi diyakini bahwa transfer gen dari organel kedalam nukleus terus terjadi. Pada tahun 1980an ditemukan beberapa tanaman yang genom kloroplasnya mengandung sgmen2 DNA, bahkan seluruh DNAnya merupakan salinan dari bagian genom mitokondria. Genom mitokondria Arabidopsis mengandung berbagai segmen gen nuklear DNA dan 16 fragmen genom kloroplas termasuk 6 gen2 tRNA yang tetap aktif setelah transfer ke mitokondria. Genom

148

nuklear Arabidopsis mengandung beberapa segmen pendek genom mitokondria dan kloroplas. 4. Struktur Fisik Genom Prokariot Genom prokariot umumnya berukuran kurang dari 5 Mb walaupun beberapa melebihi ukuran ini. B. Megaterium misalnya berukuran kira2 30 Mb. Pandangan tradisional meyakini genom prokariot tipikal berupa molekul DNA tunggal berbentuk sirkuler. DNA dikemas didalam nukleoid dalam bentuk supercoil. Model untuk genom E. coli digambarkan dengan 40-50 loop superkoil DNA yang terikat pada sebuah sumbu protein. Setiap loop berukuran sekitar 100 kb. Komponen protein nukleoid meliputi DNA gyrase dan DNA topoisomerase I, keduanya berperan mempertahankan struktur superkoil, dan sedikitnya 4 protein yang berperan lebih spesifik dalam pengepakan DNA bakteri. Diantara protein2 ini protein HU ketersediaannya paling berlimpah. Dari segi struktur protein HU sangat berbeda dengan protein eukariot tetapi perilakunya serupa dengan protein eukariot, yaitu membentuk tetramer yang dililit oleh sekitar 60 bp DNA. Terdapat sekitar 60 000 protein HU dalam 1 sel E. coli. Akhir-akhir ini semakin jelas bahwa pandangan tentang genom prokariot berdasarkan studi pada E. coli terlalu disederhanakan. Pertama, sekalipun mayoritas kromosom bakteri dan arkaea berbentuk sirkuler, bentuk linier semakin banyak ditemukan, misalnya pada Borrelia burgdorferi, Streptomymyces dan bakteri lainnya. Kedua, berhubungan dengan status plasmid. Beberapa tipe plasmid dapat berintegrasi dengan genom utama, sementara sebagian lainnya bersifat

independen. Plasmid berisi gen2 yang tidak terdapat dalam kromosom utama, tetapi pada umumnya gen2 tsb tidak dibutuhkan oleh bakteri. Banyak plasmid dapat berpindah dari satu sel ke sel lainnya dan plasmid yang sama terkadang ditemukan 149

pada bakteri dari spesies yang berbeda. Hal2 ini menunjukkan bahwa plasmid bersifat independen dan selayaknya tidak dimasukkan dalam definisi genom sel prokariot. Pada bakteri tertentu seperti E.coli K12 dengan kromosom berukuran 4.6 Mb dan dapat mengakomodasi beberapa kombinasi plasmid, identifikasi kromosom utama sebagai genom mudah dilakukan. Plasmid2 tersebut hanya berukuran beberapa kb. Tetapi untuk prokariot lain, hal ini tidak mudah. Vibrio cholerae misalnya, memiliki 2 molekul sirkuler DNA, 2.96 Mb dan 1.07 Mb dimana molekul yang lebih besar mengandung 71% dari total 3885 gen. Apakah kedua molekul merupakan genom Vibrio? Kebanyakan gen2 untuk aktivitas seluler seperti ekspresi genom dan produksi energi, dan gen2 untuk patogenitas terdapat dalam molekul besar. Molekul kecil mengandung banyak gen2 esensial sekaligus memiliki karakteristik seperti plasmid, terutama sebuah integron, suatu set gen dan sekuens DNA lain yang memungkinkan plasmid mengambil gen2 dari bakteriofage dan plasmid2 lain. Karena itu genom kecil kemungkinan adalah megaplasmid yang diperoleh oleh nenek moyang Vibrio dalam proses evolusi. Contoh lainnya adalah Deinococcus radiodurans R1 yang memiliki gen2 yang tersebar dalam 2 kromosom sirkuler dan 2 plasmid. Borrelia burgdorferi B31 memiliki kromosom linier (911 kb dan mengandung 853 gen) dan 17-18 plasmid linier (total 533 kb dengan 430 gen).

Ketiga, perbedaan sistim pengemasan DNA antara bakteri dan arkaea. Salah satu alasan mengapa arkaea diklasifikasikan sebagai kelompok yang berbeda dari bakteri adalah arkaea tidak memiliki protein pengemas seperti HU tetapi memiliki protein yang lebih mirip dengan histon, protein inilah yang diduga berperan dalam pengemasan DNA arkaea. 150

5. Organisasi Genetik Genom Prokariot Genom bakteri bersifat kompak dengan hanya sedikit ruang antar gen. Gambaran sederhana genom prokariot terlihat pada peta gen E. coli K12. Noncoding DNA dalam genom E. coli hanya sebesar 11% dari total genom dan terdistribusi sebagai segmen2 kecil di sepanjang genom. Organisasi genom yang kompak ini berguna bagi prokariot misalnya memungkinkan berlangsungnya proses replikasi yang cepat, namun hal ini belum didukung oleh bukti2 eksperimental. Operon adalah karakteristik genom prokariot Salah satu kekhasan genom prokariot adalah adanya operon. Operon adalah sekelompok gen yang terletak berurutan didalam genom, yang hanya diselingi satu atau dua nukleotida antara gen satu dengan lainnya. Semua gen dalam operon diekspresikan sebagai suatu unit tunggal. Contoh klasik operon adalah operon laktosa pada E. coli yang teridiri atas 3 gen yang berperan dalam mengkonversi disakarida laktosa menjadi monosakarida glukosa dan galaktosa sehingga dapat dimanfaatkan oleh E. coli sebagai sumber energi. Secara natural, laktosa bukanlah komponen umum lingkungan E. coli, sehingga pada umumnya operon ini tidak terekspresikan. Adanya laktosa memicu opero ke kondisi on, ketiga gen diekspresikan bersama-sama menghasilkan sintesis enzim2 untuk pemanfaatan laktosa secara terkoordinasi. Contoh lainnya adalah operon triptopan pada E. coli berperan dalam sintesis asam amino. Terdapat sekitar 600 operon dalam E. coli K12, masing2 mengandung 2 atau lebih gen. Dalam banyak kasus, seperti yang terlihat pada E. coli, Bacillus subtilis dan banyak prokariot lainnya, gen2 dalam operon berhubungan secara fungsional dan berperan dalam aktivitas biokimia tunggal seperti penggunaan gula sebagai 151

sumber energi atau sintesis asam amino. Tetapi dalam kasus2 lain seperti pada arkaea Methanococcus jannaschii dan bakteri Aquifex aerolicus, gen2 dalam operon2nya jarang memiliki hubungan biokimia. Salah satu operon A. Aerolicus mengandung 6 gen yang menyandi 2 protein untuk rekombinasi DNA, 1 enzim untuk sintesis protein, 1 protein untuk motility, 1 enzim untuk sintesis nukleotida dan 1 enzim untuk sintesis lipid. Dengan demikian teori bahwa operon menghasilkan sintesis enzim yang terkoordinasi untuk satu jalur biokimia tidak berlaku untuk kedua spesies ini. Tidak seperti prokariot pada umumnya, M. jannaschii dan A. aerolicus bersifat autotrop, mampu mensistesis komponen organik dari karbon dioksida.

6. Genom Prokariot Dan Konsep Spesies Para ahli taksonomi mula-mula, menggambarkan spesies dalam arti morfologi, semua anggota dari suatu spesies memiliki fitur2 struktur yang sama atau sangat serupa. Konsep ini menjadi masalah utama dalam mikrobiologi karena definisi biologi standar tentang spesies sulit diterapkan pada mikroorganisme. Spesies bakteri misalnya mencakup strain2 dengan karakteristik yang cukup berbeda. E. coli misalnya memiliki berbagai strain dengan kemampuan patogenitas beragam mulai dari yang tidak berbahaya sampai yang mematikan. Pada abad ke 20 para ilmuwan mendefinisikan kembali spesies dalam konteks evolusi, suatu spesies merupakan sekelompok organisme yang dapat saling kawin mawin (interbreed). Konsep inipun sulit diterapkan bagi mikroorganisme karena terdapat banyak cara pertukaran gen antar prokariot yang secara biokimia dan fisiologi termasuk dalam spesies yang berbeda.

152

Proyek sekuensing genom semakin memperjelas kesulitan penerapan konsep spesies pada prokariot. Strain2 yang berbeda dari suatu spesies dapat memiliki sekuens genom yang sangat berbeda, bahkan dapat memiliki suatu set gen yang spesifik untuk strain tertentu. Dua strain E. coli, K12 dan O157:H7, misalnya memiliki ukuran genom yang sangat berbeda masing2 4.64 Mb dan 5.53 Mb. Strain K12 bayak digunakan di laboratorium sementara strain O157:H7 merupakan strain yang sangat patogenik. Strain O157:H7 mengandung 1387 gen yang tidak terdapat pada strain K12, kebanyakan menyandi toksin dan protein2 lain yang berperan dalam patogenitasnya. K12 juga mengandung 234 segmen DNA unik yang mengandung 528 gen yang tidak terdapat pada O157:H7. E. coli O157:H7 dan E.coli K12 masing2 memiliki gen spesifik sebesar 26% dan 12% dari katalog gennya. Variasi sebesar ini terlalu besar untuk dapat ditolerir dalam konsep spesies untuk organisme yang lebih tinggi . Kesulitan penerapan konsep spesies pada mikroorganisme semakin nyata pada genom bakteri dan arkaea yang lain karena gen2 dengan mudah dapat berpindah diantara spesies prokariot yang berbeda. Besarnya transfer gen lateral berdasarkan hasil sekuensing genom sangatlah mengejutkan. Hampir semua genom mengandung beberapa ratus kb DNA yang diperoleh langsung dari spesies yang lain, pada E. coli K12 misalnya mencapai 12.8% atau setara dengan 0.59 Mb. Hal kedua yang juga mengejutkan adalah transfer gen terjadi diantara spesies yang sangat berbeda, bahkan antara bakteri dan arkaea. Bakteri termofilik Thermatoga maritima misalnya memilikii 1877 gen yang diperoleh dari arkaea. Tampaknya prokariot yang hidup dalam lingkungan nice ekologi yang serupa saling bertukar gen untuk meningkatkan kemampuan survival individu dalam lingkungan tertentu.

153

Transfer gen lateral berperan penting dalam evolusi prokariot. Tidak seperti organisme tingkat tinggi, evolusi bakteri dan arkaea tidak dapat digambarkan dengan pola percabangan sederhana karena adanya aliran gen secara horisontal diantara spesies. Transfer gen lateral juga mempengaruhi hubungan pilogenetik yang dibangun berdasarkan data molekuler. Pada organisme tingkat tinggi, perbandingan sekuens gen2 yang ekuivalen pada spesies yang berbeda dapat digunakan untuk merekonstruksi hubungan antara spesies2 tersebut dengan asumsi bahwa evolusi berlangsung mengikuti pola percabangan sederhana. Tidak demikian halnya dengan prokariot mengingat adanya transfer gen lateral antar spesies. Namun analisis ini telah digunakan untuk waktu yang lama sebelum para ilmuwan menyadari adanya transfer gen lateral, karenanya validitas rekonstruksi sejarah evolusi sebelum era genomik perlu ditinjau kembali.Spekulasi kandungan minimal genom dan identitas gen-gen pembeda Sekalipun sekuens2 genom prokariot telah dipublikasikan, katalog gen lengkap untuk suatu spesies belum dapat dibuat karena banyak gen2 yang belum diketahui fungsinya. Perbandingan gen antara spesies2 yang berbeda menarik untuk dicermati. Untuk energi metabolisme, E. coli menggunakan 243 gen, Haemophilus influenza 112 dan Mycoplasma genitalium 31. Pertanyaan mendasar adalah berapa jumlah gen minimal yang diperlukan untuk sel hidup? Berdasarkan pertimbangan teoritis awalnya diduga dibutuhkan sekitar 256 gen yang kemudian berkembang berdasarkan penelitian menjadi 265-350 gen. Para ahli juga mencari gen-gen pembeda, yaitu gen2 yang dapat membedakan suatu spesies dari spesies lainnya. Dari 470 gen dalam M. genitalium, 350 terdapat pula pada kerabat jauh M. genitalium, Bacillus subtillis. Artinya, karakteristik biokimia dan struktur yang

154

membedakan Mycoplasma dari Bacillus disandi oleh 120 gen yang hanya terdapat pada Mycoplasma. 7. Kandungan Sekuens Dna Berulang Dalam Genom Repetitif DNA (sekuens DNA berulang) ditemukan hampir pada semua organisme dan pada sejumlah organisme tertentu termasuk manusia merupakan proporsi substansial dari total genom. Repetitif DNA terdiri atas repetitif DNA yang membentuk kelompok secara beruntun (Tandemly repeated DNA) dan repetitif DNA yang tersebar di sepanjang genom (Interspersed genome-wide repeat).

8. Tandemly Repeated DNA Bentuk repeat ini merupakan karakteristik umum genom eukariot tetapi lebih sedikit dijumpai pada prokariot. Disebut juga DNA satelit karena fragmen2 DNA mengandung sekuens berulang pita satelit yang dapat dilihat dari fraksinasi DNA genom melalui sentrifugasi. Sebagai contoh, DNA manusia bila difragmentasi menjadi segmen2 50-100 kb, akan membentuk sebuah pita utama dan 3 pita satelit. Pita utama mengandung fragmen DNA penyusun sekuens kopi tunggal dengan komposisi GC mendekati 40.3%. Pita2 satelit mengandung fragmen2 repetitif DNA dan karenanya kandungan GC dan kerapatan apungnya merupakan tipikal genom secara keseluruhan. DNA satelit ditemukan pada sentromer dan tempat2 lain pada kromosom eukariot. DNA satelit manusia, misalnya sekuens berulang alphoid ditemukan pada daerah sentromer. Sekalipun beberapa DNA satelit tersebar di sepanjang genom, pada umumnya DNA satelit terletak pada sentromer. Perannya diduga sebagai situs pengikatan satu atau lebih protein sentromerik. Repetitif DNA pada sentromer dapat pula merupakan sinyal bahwa sentromer merupakan bagian akhir dari kromosom 155

yang akan direplikasi. Untuk menunda replikasi sampai akhir tahap siklus sel, sentromer harus tidak memiliki ORI. Karakteristik pengulangan sekuens pada sentromer diduga memastikan bahwa ORI tidak terdapat pada daerah ini. 9. Minisatelit Dan Microsatelit Minisatelit dan mikrosatelit merupakan tipe lain dari tandemly repeat DNA. Keduanya tidak nampak dalam pita satelit hasil sentrifugasi. Minisatelit membentuk cluster sampai 20 kb dengan unit berulang sampai 25 bp; mikrosatelit membentuk cluster 150 bp dengan unit berulang 13 bp atau kurang.Minisatelit berhubungan dengan karakteristik struktur kromosom. DNA telomerik, pada manusia terdiri atas beratus kopi motif 5-TTAGGG-3, merupakan minisatelit. Telomerik DNA sangat penting dalam replikasi DNA. Selain minisatelit telomerik, sebagian genom eukariot mengandung minisatelit lainnya. Kebanyakan walaupun tidak semua terletak dekat ujung-ujung kromosom. Mikrosatelit tipikal terdiri atas 1, 2, 3, atau 4 unit pb yang berulang 10-20 kali. Walaupun pendek, terdapat banyak mikrosatelit dalam genom. Pada manusia misalnya, mikrosatelit dengan pengulangan CA seperti : 5-CACACACACACACAC -3 3-GTGTGTGTGTGTGTG-5 menyusun sampai 0.25% genom, atau sekitar 8 Mb. Pengulangan pasangan basa tunggal seperti 5-AAAAAAAAAAAAAAA-3 3-TT TT TT TT TT TT TTT-5 menyusun sekitar 0.15% dari total genom. Fungsi minisatelit dan mikrosatelit belum banyak diketahui. Walaupun demikian mikrosatelit sangat berarti bagi para ahli genetik. Jumlah pengulangan mikrosatelit sangat bervariasi pada anggota spesies yang sama karena adanya insersi maupun 156

delesi selama replikasi DNA. Tidak ada dua orang yang memiliki kombinasi panjang mikrosatelit yang persis sama. Karenanya mikrosatelit dapat digunakan untuk membuat profil genetik yang khas bagi setiap orang (kecuali kembar identik). Profil genetik sangat berguna dalam forensik dan pemecahan kasus2 kriminal. Interspersed genome-wide repeats Sekuens tandemky repeated DNA diduga dihasilkan dari kesalahan selama replikasi (replication slippage) atau dari proses rekombinasi DNA. Interspersed genome wide repeat diduga dihasilkan dari proses transposisi. Pada umumnya interspersed repeat memiliki aktivitas transposisi. Transposisi melalui intermediat RNA Terdapat dua macam transposisi: 1) dengan melibatkan intermediat RNA (disebut retrotransposisi) dan 2) tidak menggunakan intermediat RNA. Proses

retrotransposisi terdiri atas 3 tahap: (1). Salinan RNA transposon disintesis melalui transkripsi (2). Transkrip RNA dikopi menjadi DNA dengan bantuan enzim reverse transcriptase. Seringkali enzim ini disandi oleh gen dalam transposon dan ditranslasi dari salinan RNA yang disintesis pada tahap (1) (3). Salinan DNA transposon berintegrasi kedalam genom, mungkin menempati kromosom yang sama dengan DNA asalnya atau menempati kromosom yang berbeda. Hasilnya, terdapat 2 kopi transposon pada tempat yang berbeda dalam genom.Transposon RNA merupakan karakteristik genom eukariot dan belum ditemukan pada prokariot. Terdapat kemiripan antara beberapa tipe transposon RNA (retroelemen) dengan sejumlah virus yang disebut retrovirus baik yang tidak berbahaya maupun yang bersifat virulen seperti virus penyebab AIDS.

157

Genom retrovirus berupa RNA. Retrovirus menginfeksi berbagai jenis vertebrata. Didalam sel, genom RNA dikopi menjadi DNA oleh reverse transcriptase yang disandi oleh gen virus dan salinan DNA berintegrasi kedalam genom inang. Virus2 baru dapat dihasilkan dengan mengkopi DNA yang telah terintegrasi dengan genom menjadi RNA dan kemudian dikemas menjadi virus coat protein, proses terakhir disandi oleh gen env yang terdapat pada genom virus. Retrovirus endogen (ERVs) adalah genom retrovirus yang telah berintegrasi kedalam kromosom vertebrata. Diantaranya ada yang masih aktif dan pada fase tertentu dalam hidup sel mengatur sintesis virus exogen, tetapi sebagian besar adalah sisa2 integrasi yang tidak dapat lagi membentuk virus. Sekuens2 inaktif ini merupakan genom wide repeat tetapi tidak lagi mampu berproliferasi.

Retrotransposons memiliki sekuens serupa dengan ERVs tetapi lebih merupakan karakteristik genom eukariot (tanaman, fungi, invertebrata dan mikroba) daripada vertebrata. Retrotransposon memiliki jumlah salinan yang sangat banyak dalam sejumlah genom dan terdiri atas beragam tipe. Hampir semua genom wide repeat pada jagung adalah retrotransposon dan menyusun hampir separuh genom. Terdapat 2 macam retrotransposon yaitu: famili Ty3/gypsy yang anggota2nya memiliki set gen yang sama untuk ERV, dan famili Ty1/copia yang anggota2nya tidak memiliki gen env. Kedua tipe retrotransposon dapat berpindah tempat (transpose) tetapi karena tidak memiliki gen env famili Ty1/copia tidak dapat membentuk virus infektif. Famili Ty3/gypsy memiliki gen env dan beberapa genom Ty3/gypsy dapat membentuk virus. Walaupun retrotransposon merupakan

interspersed elemen yang letaknya tersebar, kadang2 dijumpai retrotransposon yag

158

berkelompok sebagai akibat adanya situs integrasi favorit dalam perpindahan elemen2 ini.

Ketiga tipe retroelemen yang digambarkan di atas merupakan elemen LTR karena memiliki long terminal repeat (pengulangan panjang pada bagian ujung) pada salah satu ujung yang berperan dalam proses transposisi. Retroelemen lainnya tidak memiliki LTR dan disebut retroposon. Berikut contoh2 retroposon pada mamalia: LINEs (long interspersed nuclear element) mengandung gen seperti reverse transcriptase yang diduga berperan dalam proses transposisi. Contoh: elemen LINE1 pada manusia memiliki 516 000 salinan dalam genom manusia. G. Kloroplas Dan Fotosintesis Pemahaman pertama menyangkut fotosintesis ditunjukkan oleh C.B. van Niel pada tahun 1930 dengan memberikan reaksi fotosintesis sebagai berikut: CO2 + H2O (CH2O) + O2. Energi dari matahari digunakan untuk memecah CO2, melepaskan O2 dan mentransfer atom karbon ke molekul air untuk membentuk karbohidrat (CH2O). Dari melihat reaksi di atas tampak bahwa reaksi fotosintesis merupakan kebalikan dari reaski respirasi sel. Akan tetapi tumbuhan tidak menghasilkan makanan dengan hanya membalik reaksi. Pada respirasi reaksinya merupakan reaksi redoks. Energi dilepas dari gula pada saat elektron yang berikatan dengan hidrogen diangkut ke oksigen yang membentuk air sebagai hasil samping. Elektron akan kehilangan energi potensialnya

159

karena oksigen elektronegatif yang akan menarik elektron melalui rantai transport elektron. Mitokondria menggunakan energi ini untuk menghasilkan ATP. Seperti respirasi sel, fotosintesis juga merupakan reaksi redoks yang membalik arah aliran elektron. Air terurai dan elektron ditransfer bersama dengan ion hidrogen dari air ke karbondioksida dan mereduksinya menjadi gula. Elektron bertambah energi potensialnya ketika electron ini dipindahkan dari air ke gula. Persamaan reaksi fotosintesis tampak seperti suatu reaksi yang sangat sederhana dari suatu proses yang sangat rumit. Akan tetapi sebenarnya fotosintesis bukanlah merupakan suatu poses tunggal. Fotosintesis terdiri dari dua proses yang masing-masing terdiri dari banyak tahapan reaksi. Kedua tahap reaksi tersebut terdiri dari reaksi terang (fotolisis) dan reaksi gelap (siklus Calvin). H. Reaksi Terang Reaksi terang merupakan tahapan fotosintesis dimana energi matahari diubah menjadi energi kimia. Cahaya yang diserap oleh klorofil menggerakkan transfer elektron dan hidrogen dari air ke akseptor elektron yang disebut dengan NADP+ (nikotiamin adenine dinukleotida fosfoat) yang menyimpan elektron berenergi tinggi ini untuk sementara. Dalam proses ini air terurai dan melepaskan O2. Klorofil merupakan pigmen adalah merupakan suatu molekul yang mengandung kromofor yang merupakan suatu kelompok senyawa kimia yang mampu menyerap cahaya dengan panjang gelombang tertentu. Daun tumbuhan berwarna hijau karena mengandung sejumlah besar pigmen klorofil. Pigmen ini menyerap cahaya warna merah dan biru. Molekul klorofil terdiri dari dua bagian utama yaitu cincin porfirin yang berperan dalam penyerapan cahaya dan rantai fitol

160

yang menjaga agar klorofil tetap tetrbenam dalam membran fotosintesis. Porfirin tidak sama dengan pigmen merah, heme yang merupakan penyusun hemoglobin, porfirin mengandung atom magnesium. Klorofil tersusun bersama protein dan molekul organik yang lebih kecil

membentuk fotosistem. Fotosistem memiliki kompleks antena pengumpul cahaya yang tersusun atas klorofil a dan b serta karotenoid. Hla yang khusus pada klorofil a adalah kedudukannya sebagai pusat reaksi di mana terjadi reaksi kimiawi pertama fotosintesis yang digerakkan oleh cahaya. Molekul yang secara bersama-sama menggunakan pusat reaksi dengan klorofil a adalah molekul khusus yang sisebut dengan ekseptor elektron primer. Membran tilakoid dipenuhi oleh dua jenis fotositem yang secara bersamasama bekerja dalam reaksi terang. Kedua fotosistem itu adalah fotosistem I dan II. Klorofil pada pusat reaksi fotosistem I dikenal P700 karena pigmen ini paling baik menyerap cahaya dengan panjang gelombang 700 nm (bagian spectrum yang sangat merah). Klorofil pada pusat reaksi fotosistem II dikenal P680 karena spectrum penyerapannya memiliki puncak pada panjang cahaya 680nm (spetrum merah). Reaksi terang dapat dibedakan menjadi dua tahap yaitu fosforilasi siklik dan fosforilasi nonsiklik. Fosforilasi siklik hanya melibatkan fotosistem I. Fosforilasi siklik dimulai ketika klorofil diaktifkan oleh foton (Pigmen ini menyerap cahaya dengan panjang gelombang 700 nm). Bila setiap foton diabsorbsi sebuah elektron dari klorofil a menjadi aktif sehingga dapat melompat dari klorofil a ke sebuah molekul

161

penerima. Dalam hal ini molekul penerima memindahkannya pada suatu sistem transport elektron. Bila sebuah elektron melewati sistem transport ini dari suatu molekul ke molekul berikutnya elektro secara bertahap kehilangan energinya. Energi ini akan digunakan untuk memompa ion hodrogen melintasi mebran masuk ke dalam lumen mebangun suatu chemiosmotic differential (perbedaan kemiosmotik). Energi bebas dari perbedaan ini akan digunakan untuk menambahkan fosfat inorganic pada ADP untuk membentuk ATP. Ketika elektro tiba pada akseptor terakhir, maka elektron akan kembalin ke molekul klorofil a. Oleh karena itu disebut dengan fosforilasi siklik. Fosforilasi siklik itu sendiri tidak dapat menunjukkan produksi glukosa bilatidak ada reaksi NADP+ menjadi NADPH. Fosforilasi nonsiklik dimulai ketika fotosistem II kenyerap cahaya, suatu elektron akan dieksitasi ke tingkat energi yang ebih tinggi dalam klorofil di pusat reaksi (P680) dan ditangkao oleh akseptor eklektron primer. Selanjutnya suatu enzim yang mengektrasi elektron dari air engirimnya ke p680 mengganti setiap elektron yang keluar dari kolorofil ketika menyerap enerhi cahaya. Reaksi ini mengurai air menjadi dua ion hidrogen dan satu oksigen yang segera bergabung dengan ion oksigen lain membentuk o2. Setiap elektron yang terfoto eksitasi mengalir dati akseptor elektron primer fotosistem II ke fotosistemI melalui rantai transport elektron. Begitu elektron menuruni rantai tersebut, eksergoniknya jauth ke tingkat energi yang kebih rendah. Energi bebas yang ada selnajutnya oleh membran tilaoid digunakan untuk membentuk ATP.

162

I.

Siklus Calvin (Reaksi Gelap) Siklus Calvin terjadi dalam stroma, di mana terdapat sejumlah molekul yang

mengandung karbon. Salah satunya dalah senyawa dengan 5 atom C yaitu ribulosa bifosfat (RuBP). Siklus ini di mulai ketika sebuah molekul RuBP secara enzimatik berikatan dengan molekul CO2 dari udara menghasilkan molekul antara 6 C yang sangat tidak stabil. Molekul ini segera terpecah menjadi du molekul 3 fosfogliserat (PG). karena itu setiam molekul CO2 yang bergabung dengan RuBP membentuk 12 PG. Pada saat inilah, ATP dan NADPH yang terbentuk pada reaksi cahaya mulai digunakan. Dua belas PG dari masing-masing molekul diperlukan untuk mereduksi PG menjadi fosfogliseraldehid (PGAL)

163

XIII. SEL DAN JARINGAN

Sel merupakan unit organisasi terkecil yang menjadi dasar kehidupan dalam arti biologis. Semua fungsi kehidupan diatur dan berlangsung di dalam sel. Oleh karena itu, sel dapat berfungsi secara autonom asalkan seluruh kebutuhan hidupnya terpenuhi. Semua organisme selular terbagi ke dalam dua golongan besar berdasarkan arsitektur basal dari selnya, yaitu organisme prokariota dan organisme eukariota.

A. PEMBELAHAN SEL

Sel merupakan unit terkecil dari mahluk hidup yang dapat melakukan reproduksi yang biasa disebut dengan pembelahan. Setiap hari tubuh kita kehilangan sel dalam jumlah ribuan bahkan jutaan. Ada juga sel sel yang mengalami kematian karena sesuatu hal, misalnya ketika kulit kalian tergores hingga terkelupas dan berdarah akan menyebabkan ribuan diganti oleh sel yang baru agar pulih seperti sedia kala. Pembelahan / reproduksi pada sel dapat dibagi menjadi 3, yaitu amitosis (biner), mitosis, meiosis.Sel dalam tubuh mahluk hidup multiseluler pada umumnya dibedakan menjadi dua macam sel, yaitu sel tubuh (sel somatis) dan sel kelamin (sel gonad). Kedua jenis sel tersebut melakukan pembelahan sel dengan cara yang berbeda beda. Sel somatic dalam tubuh akan membelah dengan cara yang disebut dengan pembelahan meiosis. Jika pada sel organism multiseluler membelah dengan cara mitosis dan meiosis maka sel sel organisme prokariotik dapat melakukan pembelahan sel secara langsung

164

 PEMBELAHAN MITOSIS

Pembelahan mitosis menghasilkan sel anakan yang jumlah kromosomnya sama dengan jumlah kromosom sel induknya, pembelahan mitosis terjadi pada sel somatic (sel penyusun tubuh). Sel sel tersebut juga memiliki kemampuan yang berbeda beda dalam melakukan pembelahannya, ada sel sel yang mampu melakukan pembelahan secara cepat, ada yang lambat dan ada juga yang tidak mengalami pembelahan sama sekalisetelah melewati masa pertumbuhan tertentu, misalnya sel sel germinatikum kulit mampu melakukan pembelahan yang sangat cepat untuk menggantikan sel sel kulit yang rusak atau mati. Akan tetapi sel sel yang ada pada organ hati melakukan pembelahan dalam waktu tahunan, atau sel sel saraf pada jaringan saraf yang sama sekali tidak tidak mampu melakukan pembelahan setelah usia tertentu. Sementara itu beberapa jenis bakteri mampu melakukan pembelahan hanya dalam hitungan jam, sehingga haya dalam waktu beberapa jam

165

saja dapat dihasilkan ribuan, bahkan jutaan sel bakteri. Sama dnegan bakteri, protozoa bersel tunggal mampu melakukan pembelahan hanya dalam waktu singkat, misalkan amoeba, paramecium, didinium, dan euglena. Pada sel sel organisme multiseluler, proses pembelahan sel memiliki tahap tahap tertentu yang disebut siklus sel. Sel sel tubuh yang aktif melakukan pembelahan memiliki siklus sel yang lengkap. Siklus sel tersebut dibedakan menjadi dua fase(tahap ) utama, yaitu interfase dan mitosis. Interfase terdiri atas 3 fase yaitu fase G, ( growth atau gap), fase S (synthesis), fase G2(growth atau Gap2). Pembelahan mitosis dibedakan atas dua fase, yaitu kariokinesis dan sitokinesis, kariokinesis adalah proses pembagian materi inti yang terdiri dari beberapa fase, yaitu Profase, Metafase, dan Telofase. Sedangkan sitokinesis adalah proses pembagian sitoplasma kepada dua sel anak hasil pembelahan.

1. Kariokinesis Kariokinesis selama mitosis menunjukkan cirri yang berbeda beda pada tiap fasenya. Beberapa aspek yang dapat dipelajari selama proses pembagian materi inti berlangsung adalah berubah ubah pada struktur kromosom,membran inti, mikro tubulus dan sentriol. Cirri dari tiap fase pada kariokinesis adalah:

a) Profase 1. Benang benang kromatin berubah menjadi kromosom. Kemudian setiap kromosom membelah menjadi kromatid dengan satu sentromer.

2. Dinding inti (nucleus) dan anak inti (nucleolus) menghilang.

166

3. Pasangan sentriol yang terdapat dalam sentrosom berpisah dan bergerak menuju kutub yang berlawanan. 4. Serat serat gelendong atau benang benang spindle terbentuk diantara kedua kutub pembelahan.

b) Metafase Setiap kromosom yang terdiri dari sepasang kromatida menuju ketengah sel dan berkumpul pada bidang pembelahan (bidang ekuator), dan menggantung pada serat gelendong melalui sentromer atau kinetokor.

c) Anaphase Sentromer dari setiap kromosom membelah menjadi dua dengan masing masing satu kromatida. Kemudian setiap kromatida berpisah dengan pasangannya dan menuju kekutub yang berlawanan. Pada akhir nanfase, semua kroatida sampai pada kutub masing masing.

d) Telofase

Pada telofase terjadi peristiwa berikut: 1. Kromatida yang berada jpada kutub berubah menjasadi benang benangkromatin kembali. 2. Terbentuk kembali dinding inti dan nucleolus membentuk dua inti baru. 3. Serat serat gelendong menghilang. 4. Terjadi pembelahan sitoplasma (sitokenesis) menjadi dua bagian, dan terbentuk membrane sel pemisah ditengah bidang pembelahan. Akhirnya ,

167

terbentuk dua sel anak yang mempunyai jumlah kromosom yang sama dengan kromosom induknya.

Hasil mitosis: 1. Satu Sel induk yang diploid (2n) menjadi 2 sel anakan yang masing masing diploid. 2. Jumlah kromosom sel anak sama dengan jumlah kromosom sel induknya.

2. Sitokinesis

Selama sitokinesis berlangsung, sitoplasma sel hewan dibagi menjadi dua melalui terbentuknya cincin kontraktil yang terbentuk oleh aktin dan miosin pada bagian tengah sel. Cincin kontraktil ini menyebabkan terbentuknya alur pembelahan yang akhirnya akan menghasilkan dua sel anak. Masing masing sel anak yang terbentuk ini mengandung inti sel, beserta organel organel selnya. Pada tumbuhan, sitokinesis ditandai dengan terbentuknya dinding pemisah ditengah tengah sel. Tahap sitokinesis ini biasanya dimasukkan dalam tahap telofase.

168

Keterangan: (a) Sitokinesis pada hewan (b) Sitokinesis pada tumbuhan

Pembelahan meiosis

Merupakan pembelahan sel yang menghasilkan 4 sel anak dengan jumlah kromosom separuh dari yang dimiliki induknya. Tujuan dari pembelahan

meiosisadalah untuk pembentukan sel kelamin (gametogenesis). Pembentukan sperma pada hewan jantan disebut spermatogenesis sedangkan pembentukan ovum disebut oogenesi. Pada tumbuhan tingkat tinggi pembentukan serbuk sari disebut mikrosporogenesis, sedangkan pembentukan bakal buah disebut

makrosporogenesis atau megasporogenesis.

169

Keterkaitan

/hubungan

pembelahan

sel

dengan

pewarisan

sifat

Pembelahan sel baik itu mitosis maupun meiosis sebenarnya mempunyai tujuan yang sama yaitu mewariskan sifat (genetik) yang ada pada sel yang sedang membelah tersebut kepada sel-sel turunannya. Di dalam sel terdapat kromosom yang mengandung gen. Ketika sel melakukan pembelahan, kromosom di dalam inti akan menduplikat yang akan diwariskan kepada sel anak. Sehingga sel anak akan menerima (mewarisi) kromosom-kromosom dan gen-gen dengan tipe dan ukuran yang sama dari induknya.

Dengan demikian setiap individu mempunyai jumlah kromosom yang sama dengan induknya dan masing-masing kromosom tersebut merupakan sumbangan dari kedua induknya.

B. PERTAUTAN ANTAR SEL

Sel-sel pada suatu jaringan atau organ dapat mengadakan hubungan dengan sesama sel maupun dengan substansi antar selnya. Pada jaringan pengikat pertautan antar sel dengan matriks ekstra sel atau substansi antar sel sangat melimpah, sedangkan sel yang tersebar di dalamnya sangat jarang. Matriks ini banyak mengandung polimer yang berupa serabut- serabut (polimer yi kolagen). Pada jaringan ikat, matriks lah yang menahan tekanan yang mengenainya. Sel-sel jaringan ikat ini melekat pada bagian matriksnya. Jaringan epithelium pertautan antar sel dengan adanya anyaman filamen sitoskeletal yg terikat pada permukaan dalam dari membran sel di tempat adanya pertautan antar sel.

170

Pertautan dapat dibedakan atas 3 macam, yaitu 1.Pertautan Penyumbat 2. Pertautan Penambat 3. Pertautan Penghubung C. SEL DAN SUBSTANSI ANTAR SEL Setiap organ tubuh merupakan agregasi dari banyak sel-sel berbeda yang merupakan struktur penyangga antar sel. Seluruh tubuh manusia terdiri atas sekitar 100 milyar sel. Setiap jenis sel beradaptasi untuk membentuk suatu fungsi tertentu.Sel dalam tubuh berada dalam media cairan yang disebut cairan ekstraseluler (extracellular fluid). Cairan ini merupakan lingkungan internal dalam tubuh, yang berisi ion-ion dan nutrisi yang diperlukan untuk kelangsungan hidup sel. Ion-ion yang banyak terdapat dalam cairan ekstraseluler adalah sodium (Na+), khlorid (Cl-), dan bikarbonat.Sebuah sel terdiri atas cairan intraseluler dan organelaorganela yang dibungkus oleh suatu membran. Cairan intraseluler terdiri atas lima substansi dasar yaitu air, elektrolit, protein, lemak, dan karbohidrat. Di dalam elektrolit terdapat berbagai macam ion, diantaranya yang sangat penting adalah potasium, magnesium, fosfat, sulfat, bikarbonat, serta sejumlah kecil sodium, khlorid, dan kalsium. Tabel 1 memperlihatkan komposisi elektrolit cairan intraseluler dan ekstrseluler. Komposisi sebagian elektrolit cairan ekstraseluler dan intraseluler

171

Antara cairan intraseluler di dalam sel dan cairan ekstraseluler di luar sel dipisahkan oleh membran sel. Membran sel adalah pembungkus sel yang berupa struktur yang lembut, lentur, dan tipis, yaitu ketebalannya hanya 7,5 sampai 10 nm. Struktur dasar membran sel adalah berupa lipid bilayer yang tipis, masing-masing layer hanya setebal satu molokul. Gambar 1 memperlihatkan struktur membran sel tersebut. Lipid bilayer dasar tersusun dari molokul-molokul phospholipid. Salah satu ujung setiap molokul phospholipid yaitu ujung fosfat dapat larut dalam air (hydrophilic), dan ujung lainnya yaitu fatty acid dapat larut hanya dalam lemak (hydrophobic).

Bagian hydrophobic terletak di tengah membran dan bagian hydrophilic terletak di kedua sisi membran yang berhubungan dengan cairan intraseluler dan ekstraseluler. Lapisan lipid di tengah membran bersifat impermeabel (sukar ditembus) bagi substansi-substansi yang terlarut dalam air yaitu ion, glukosa, dan urea. Sebaliknya, substansi-substansi yang larut dalam lemak yaitu oksigen, karbondioksida, dan alkohol dapat dengan mudah menembus bagian membran ini (bersifat permeabel bagi substansi yang larut dalam lemak).

172

Gambar Struktur membran sel

Dalam Gambar tersebut terlihat adanya gumpalan protein yang disebut protein membran, yang berupa glycoprotein. Ada dua jenis protein membran yaitu protein integral dan protein periferal. Perbedaan antara kedua protein tersebut adalah bahwa pada protein integral kedua ujungnya menembus kedua sisi lipid bilayer, sedang protein periferal hanya mempel pada salah satu sisi saja dan tidak menembus kedua sisi membran. Protein integral banyak yang berfungsi sebagai kanal/lubang (pore) penghubung antara cairan intraseluler dan ekstraseluler. Molokul air dan substansi-substansi yang larut dalam air terutama ion dapat berdifusi melalui kanal tersebut. Kanal protein ini juga bersifat selektif, yaitu lebih mengutamakan difusi ion tertentu dibandingkan ion lainnya. Protein integral lainnya berperan sebagai protein pembawa (carrier protein) dan enzim. Protein pembawa berfungsi untuk transportasi substansi yang tidak dapat menembus lipid bilayer. 173

Kadang-kadang transportasi substansi ini berlawanan arah dengan arah difusi alamiahnya, sehingga disebut transport aktif.

Protein integral dapat juga bertindak sebagai reseptor substansi kimiawi yang larut dalam air, misalnya hormon peptida, yang sulit menembus membran sel. Interaksi reseptor membran sel dengan ligan tertentu yang terikat pada reseptor menyebabkan perubahan konformasi dalam protein reseptor. Perubahan ini selanjutnya mengaktivasi bagian intraseluler protein secara enzimatik, atau menginduksikan interaksi antara reseptor dan protein dalam sitoplasma yang berperan sebagai second messenger. Dengan demikian, second messenger ini merelay signal dari bagian ekstraseluler reseptor ke bagian dalam sel. Jadi protein integral tersebut berfungsi membawa informasi mengenai lingkungan sekitar sel ke bagian dalam sel. Molokul protein periferal seringkali menempel pada protein integral. Protein periferal ini hampir seluruhnya berfungsi sebagai enzim atau sebagai pengendali transportasi substansi melalui lubang membran sel. Dalam Gambar 1 juga terlihat adanya karbohidrat yang menjuntai ke luar permukaan sel. Karbohidrat ini berperan sebagai substansi reseptor untuk mengikat hormon, misalnya insulin. Bila ikatan ini terjadi, maka kombinasi ini akan mengaktivasi protein yang menempel di bagian dalam sel, yang selanjutnya mengaktivasi kaskade (cascade) enzim internal.

D. SEL DAN DINDING SEL

Dinding sel hanya terdapat pada sel tumbuhan. Dinding sel itu tipis, berlapis-lapis, dan pada tahap awalnya lentur. Lapisan dasar yang terbentuk pada saat pembelahan sel terutama adalah pektin, zat yang membuat agar-agar

174

mengental. Lapisan inilah yang merekatkan sel-sel yang berdekatan. Setelah pembelahan sel, tiap belahan baru membentuk dinding dalam dari serat selulosa. Dinding ini terentang selama sel tumbuh serta menjadi tebal dan kaku setelah tumbuhan dewasa. (Sumber: Time Life, 1984).Pada dinding sel ada bagian yang tidak menebal, yaitu bagian yang disebut noktah. Melalui noktah ini terjadi hubungan antara antara sitoplasma satu dengan yang lain yang disebut plasmodesmata. Plasmodesmata berupa juluran plasma, yang berfungsi menjadi pintu keluar masuknya zat.Sebagian besar isi dari sel berupa air. Tekanan air atau isi sel terhadap dinding sel disebut tekanan turgor. Dinding sel dan vakuola berperan dalam turgiditas sel.

Gbr. Sel Tumbuhan dengan Dinding Sel diperbesar

175

Gbr. Model Dinding Sel

E. KOMUNIKASI ANTAR SEL

Jaringan komunikasi antara satu sel dengan yang lain menghasilkan suatu koordinasi untuk mengatur pertumbuhan, reproduksi, osmoregulasi, dan lain-lain pada berbagai jaringan maupun organ. Sistem komunikasi ini selain dilakukan oleh sistem saraf, juga dilakukan oleh sistem endokrin,atau bahkan sistem saraf bersama-sama dengan sistem endokrin mengontrol aktivitas organ atau jaringan tubuh. Kedua sistem ini saling mengisi secara fungsional yang demikian luar biasa,sehingga unsur-unsur saraf dan endokrin sering dianggap menyusun sistem neuroendokrin. Sistem saraf mengatur kegiatan tubuh dengan cepat, seperti kontraksi otot,peristiwa visceral yang berubah dengan cepat, dan bahkan kecepatan sekresi beberapa kelenjar endokrin. Sedangkan,sistem endokrin mengatur fungsi metabolik 176

tubuh pada jalur lambat. Sistem saraf menerima ribuan informasi kecil dari berbagai organ indra seperti salinitas,suhu,periode panjang harimenuju alat-alat gerak dan kemudian mengintegrasin dengan sistem endokrinuntuk mengontrol osmoregulasi, metabolisme, pertumbuhan, reproduksis dan lain-lain. Ada tiga kelompok komunikasi ekstraseluller, yaitu : endocrine,hormon yang merupakan substansi isysrat yang dilepaskan organ endokrin dengan sasaran organ target tertentu. isyarat parakrin, sel target bedekatan dengan sel sekretori,isyarat kimiawi parakrin disebut neurotransmitter atau neurohormon. isyarat autokrin biasanya terjadi pada kondisi patologik, misalya pada sel tumor. Komunikasi antar sel biasanya melewati enam tahap: 1)sintesis, 2) pelepasan hormon, 3) transpor ke organ target, 4) pengenalan petunjuk (sering oleh reseptor protein yang spesifik), 5) penerjemahan, 6) respons. A. Sistem Saraf Pada tubuh makhluk hidup terdapa dua kelompok kerja sistem saraf, yakni sistem saraf pusat dan sistem saraf otonom. Kedua sistem tersebut pada dasarnya tidak bekerja secara terpisah,tetapi saling melengkapi.

177

a) Sistem saraf pusat

Jaringan saraf yang menjalin seluruh tubuh berpusat dalam otak maupun sumsum tulang belakang. Otak memiliki tiga fungsi utama yaitu,1) menerima input dan menginterpretasikan informasi dari semua organ-organ sensor baik internal maujpun eksternal, 2) menghasilkan output berupa parintah untuk koordinasi semua bagian badan sebagai impuls saraf atau hormon, 3)integrasi antara kedua aspek fungsi otak Dari otak, serabut saraf berpencar menjadi 12 pasang saraf yang dinamakan saraf tengkorak, melayani kepala, mata, dan beberapa organ dalam. Dari sumsum tulang belakang beberapa saraf bercabang dan bercabang membentuk batangbatang sarafmenuju alat-alat gerak. Masing-masing saraf membawa impuls isyarat elektokimiawi yang dicetuskan oleh suatu rangsang.

c. Sistem saraf otonom Susunan saraf otonom terdiri atas saraf simpatis dan para simpatis. Saraf otonom mengontrol fungsi vegetatif badan, antara lain: 1) mengatur kegiatan jantung dan pembuluh darah, 2) mengatur kerja urat daging licin, dan, 3) mengatur kerja kelenjar-kelenjar. c. Bentuk umum sistem kerja saraf Satuan dasar sistem saraf adalah neuron. Neuron mempunyai satu ciri struktur yang menyebabkan kelihatan lain dari semua tipe sel tubuh lainnya. Bila digolongkan menurut fungsinya,neuron dapat dibagi menjadi tiga kelompok, 1) neuron sensoris yang membawa isyarat dari organ sensoris ke otak dan sumsum tulang belakang, 2) neuron motorik membawa petunjuk dari otak dan sumsum tulang

178

belakang ke alat gerak, jantung, usus dan organ tubuh yang lain, 3) interneuron yang menggerakkan isyarat bolak balik lewat lintasan antara otak, sumsum tumlang belakang dan lain-lain.

d. Mekanisme kerja saraf 1) fungsi sinap neuron : hubungan antara satu neuron dengan neuron berikutnya disebut sinaps, dalam sinaps terdapat bongkol yang mempunyai dua struktur internal yang penting untuk fungsi perangsangan atau penghambatan vesikel sinaptik dan mitokondria. 2) pengiriman dan pengolahan sinyal : pada hakikatnya, sekali dimulai impuls saraf pada ujung serabut saraf maka impuls ini akan diteruskan oleh serangkaian sentuhan elektrik, apabila satu impuls terjadi, misalnya oleh reseptor cahaya pada mata, selaput sel berubah sebentar untuk membiarkan mengalirnya ion kalium bermuatan keluar dari sel dan masuknya ion natrium bermuatan ke dalam sel. Gerak bolak balik ini menimbulkan potensial elektrik yang kecil membentuk impuls saraf. Bila jumlah potensial yang terkumpul pada ujung saraf sudah cukup banyak, sel berikutnya menembak . setelah itu impuls ini lewat, selaput sel kembali berfungsi sebagai pembatas sampai impuls lain timbul. Karena sistem saraf yang rumit dan sibuk dapat menyerap energi dengan laju yang sangat besar sehingga memerlukan bahan bakar (oksigen dan glukosa) yang lebih banyak\ 3) Neurotransmitter. Neuron-neuron otonom pada mamalia biasanya mengandung lebih dari satu neurotransmitter,seringkali,satu atau lebih neuropeptida bergabung satu sama lain atau bergabung dengan transmitter acetylcholine yang klasik ataupun transmitter adrenaline. Pada ikan hanya sedikit kasus-kasus gabungan seperti itu. Transmitter perangsang pada berbagai sinaps neuron saraf 179

pusat adalah asetilkolin,norepinerin,dopamin,serotonim,L-glutamat, dan L-asparat, sedangkan transmitter penghambat yang penting adalah asam gamma aminobutirat (GABA), glisin, taurin,dan alanin B. Sistem Endokrin Sistem endokrin pada ikan tidak jauh berbeda dengan sistem endokrin vertebrata pada umumnya. Organ endokrin melepaskan suatu zat kimia yang disebut hormon dengan organ target tertentu dibawa oleh darah,dan berperan mempengaruhi fungsi tubuh .karena itu hormon bisa juga disebut pesuruh kimia. Hubungan di antara sistem endokrin banyak dan kompleks, tetapi biasanya mengikuti dua prinsip,yakni : berdasarkan responnya dibagi menjadi dua kelenjar yang dihasilkan oleh kelanjar kedua seringkali menghambat produksi hormon pituitari proses ini disebut penghambat feedback.Yang menyebabkan terjadinya keseimbangan respon. C. Hormon dan Kelenjar Penghasilnya. Hormon adalah zat kimia organik yang dibentuk dalam sel atau kelenjar yang sehat dan normal,disekresi langsung ke dalam darah dan dibawa ke sel/organ target.hormon tidak akan bekerja pada sel yang tidak memiliki reseptornya, tetapi apabila hormon tersebut tiba pada sel/organ target maka reseptornya akan mengikat hormon tersebut.pada ikan, hormon dihasilkan dari kelenjar endokrin antara lain : 2) Pituitari

Kelenjar pituitari atau hipofisa terletak pada lekukan tulang di dasar otak(sela tursika),terdiri atas dua bagian utama,yakni adenohipofisa dan neurohipofisa. Hormon-hormon yang terdapat pada kelenjar pituitari yaitu :Prolaktin yang merupakan hormon yang berhubungan dengan reproduksi dan perawatan anak

180

serta osmoregulasi. Hormon adrenocorticotropic (ACTH) dan hormon pelepas melanosit(MSH),kedua hormon ini fungsinya serupa yaitu menggiatkan output steroid korteks adrenal,juga merangsang sintesis melanin. Hormon gonadotropin, adalah hormon pituitari yang berfungsi sebagai produksi telur dan sperma. Hormon tirotrofin (TSH), berfungsi merangsang kelenjar tiroid untuk membentuk dan melepasakan hormon-hormon tiroid.

3) Tiroid

Kelenjar tirod memiliki dua karekteristik utama, yakni 1) unit dasar histologisnya adalah sel tunggal yang dikelilingi oleh folikel, 2) jaringan yang dibentuknya memiliki kemampuan mengubah iodine dan inkorporasinya menjadi hormon tiroid.hormon yang dihasilkan adalah hormon tiroxin yang terdiri dari tetraiodotironin (T4) dan triiodotironin (T3) yang berfungsi dalam pertumbuhan, metamorfosis dan reproduksi.

4) Pankreas

Pankreas adalah suatu kelenjar majemuk yang terdiri atas jaringan eksokrin dan endokrin.hormon yang terdapat pada pankreas yakni insulin yang berperan besar terhadap metabolisme karbohidrat, protein dan lemak. Dan glukagon yang berfungsi merangsang pelepasan insulin dan menyebabkan peningkatan output jantung.

181

5) Gonad

Gonad merupakan kelenjar endokrin yang dipengaruhi oleh gonadotropin hormon (GtH) yang disekresi oleh kelenjar pituitari.

5) Ginjal Ginjal merupakan salah satu organ yang memiliki sel-sel endokrin antara lain jaringan internal ,sel-sel kromaffin,juxtaglomerulus,dan korpuskel stanius. Kelenjar ini dikontrol oleh pituitari melalui ACTH.

6) Kelenjar Uultimobranchial Kelenjar ultimobranchial terletak pada septum pemisah antara rongga abdomen dan sinus venosus, tampak sebagai pita berwarnaputih pada septum. Hormon yang terdapat pada kelenjar ini adalah kalsitonin yang berfungsi menurunkan kadar kalsium darah dan membuat ikan mampu menyusaikan diri terhadap lingkungan hidromineral yang berubah-ubah.

7) Urofisis Urofisis merupakan neurosekretori yang terletak pada bagian belakang spinal cord.fungsi hormon yang terdapat pada kelenjar ini masih menimbulkan kontraversi walaupun secara umum berhubungan dengan fungsi osmoregulasi, dimana pengaruh terbesarnya adalah pada ginjal.ada empat jenis hormon yang

diidentifikasikan dari urofis yakni urotensis I belum diketahui efeknya, II berperan dalam kontraksi otot licin, urotensis III menstimulasi peningkatan penyerapan Na

182

atau

ginjal,

dan

urotensi

IV

diduga

adalah

arginine

vasotocin

tetapi

hanyanteridentifikasi pada rainbow trout jepang

183

DAFTAR PUSTAKA Arbayah S, 1990. Proyek Pembinaan Tenaga Kependidikan; persiapan perkuliahan Program lanjutan MIP. BIOLOGI SEL. FMIPA-ITB Anonimous,2011http://nununghaerani.blogspot.com/2010/10/proses-transkrippasca-transkripsi.html Anonimous,2011.http://biomol.edublogs.org/kompetensi/bahan-ajar/2-genomorganisme/ Anonimous,2011http://inckzitbbandung.blogspot.com/2009/11/c-komposisi-kimiakloroplas.html Anonimous,2011http://23bios1unsoed.wordpress.com/dosen/catatankuliah/anatomi-genom/terjemahan-anatomi-genom-ir-alice-yuniati-msc-phd/ Anonimous,2011http://bamacute.blogspot.com/2009/12/struktur-kloroplas.html Anonimous,2011http://taufik-ardiyanto.blogspot.com/2011/07/ultra-strukturkloroplas.html Anonimous,2011http://biologi-news.blogspot.com/2010/10/aparatus-golgi-badangolgi.html#ixzz1YOIgO6BJ Anonimous,2011http://daftarcatatanku.wordpress.com/2011/03/16/badan-golgiaparatus-golgi/ Anonimous,2011http://biologi-news.blogspot.com/2010/10/aparatus-golgi-badangolgi.htmlAnonimous,2011http://id.wikipedia.org/wiki/Berkas:Human_leukocyte,_ showing_golgi_-_TEM.jpg Anonimous,2011http://id.wikipedia.org/wiki/Translasi_%28genetik%29 Anonimous,2011http://id.wikipedia.org/wiki/Transkripsi_%28genetik%29 Anonimous,2011http://iqbalali.com/2008/10/07/transkripsi-dan-translasi/

184

 Anonimous,2011http://www.budisma.web.id/2011/06/15/proses-transformasienergi-dalam-biologi/ Anonimous,2011http://www.news-medical.net/health/Metabolism-EnergyTransformations-(Indonesian).aspx Anonimous,2011http://id.wikipedia.org/wiki/Mitokondria Anonimous,2011http://iqbalali.com/2008/03/06/mitokondria/ Anonimous,2011http://biologi.blogsome.com/2007/06/17/mitokondria/ Anonimous. 2011.http://biologi.blogsome.com/2007/06/11/retikulum-endoplasma/ . 20/09/2011. 12:34 Anonimous, 2011. http://calongurubiologi.blogspot.com/2009/12/retikulum-

endoplasma.html. 20/09/2011. 12:55 Anonymous,2011.http://oryza-sativa135rsh.blogspot.com/2010/04/struktur-danfungsi-ribosom.html(23:56/19:09/2011) Anonymous,2011.http://mr-fabio2.blogspot.com/2009/02/sintesisprotein.html(20:45/19/09/2011) Anonymous,2011.http://biologiragil.blogspot.com/2010/09/ribosom.html(12:57/26 /09/2011) Anonimous, 2011http://bibiologi.blogspot.com/2011/05/communicating-junctionspertautan.html. 23/09/2011. 13:45 Anonimous,2011.http://askaryunusumi.blogspot.com/2009/05/komunikasi-antarsel.html. 23/09/2011.15:00 Anonimous,2011.http://biologi.blogsome.com/2007/06/23/dinding-sel/. 23/09/2011, 16:34 Anonimous,2011.http://www.crayonpedia.org/mw/B._Pembelahan_Sel_Secara_ Mitosis_12.1. 23/09/2011. 15:56 185

186

187