Welcome to Scribd, the world's digital library. Read, publish, and share books and documents. See more
Download
Standard view
Full view
of .
Save to My Library
Look up keyword
Like this
1Activity
0 of .
Results for:
No results containing your search query
P. 1
Monceau-msat-ZA-CG-2009

Monceau-msat-ZA-CG-2009

Ratings: (0)|Views: 5 |Likes:
Estudio que desarrolló microsatélites (marcadores moleculares) para desarrollar estudios de genética de poblaciones en palomas del género Zenaida
Estudio que desarrolló microsatélites (marcadores moleculares) para desarrollar estudios de genética de poblaciones en palomas del género Zenaida

More info:

Categories:Types, Research, Science
Published by: Diego Santiago Alarcon on Dec 08, 2011
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

02/04/2014

pdf

text

original

 
TECHNICAL NOTE
Twenty-three polymorphic microsatellite markersfor the Caribbean endemic Zenaida dove,
Zenaida aurita,
and its conservation in related
Zenaida
species
Karine Monceau
Æ
Maria Gaillard
Æ
Estelle Harrang
Æ
Diego Santiago-Alarcon
Æ
Patricia. G. Parker
Æ
Frank Cezilly
Æ
Re´mi A. Wattier
Received: 10 December 2008/Accepted: 16 December 2008/Published online: 4 January 2009
Ó
Springer Science+Business Media B.V. 2009
Abstract
Twenty-three polymorphic microsatellite loci,six dinucleotidic loci and 17 tetranucleotidic loci, weredeveloped for the Zenaida dove (
 Zenaida aurita
), a birdspecies endemic to the Caribbean Islands. From a set of 30individuals captured at one single location in Barbados, weobtained 20 loci that did not deviate from Hardy–WeinbergEquilibrium. Number of alleles per locus ranged between 2and 11 (average 7.05) and the expected heterozygosity perlocus,
He
ranged between 0.321 and 0.881 (average 0.712).This gives an exclusionary power for parental analysis of 0.9999 and 1.0000, knowing the genotype of one socialparent, or both, respectively. Such results indicate thatthese 20 loci will be useful for both studying populationgenetics and mate choice patterns in
.
aurita
. All 20 lociamplified in four other
Zenaida
species, the Gala´pagosdove,
Z. galapagoensis
, the eared dove,
Z. auriculata
, themourning dove,
Z. macroura
, the Pacific dove,
Z. meloda
,with 30–96% being polymorphic.
Keywords
Endemic species
Á
Extra-pair paternity
Á
Gene flow
Á
Mate choice
Á
Microsatellite
Á
Zenaida doveThe Zenaida dove (
 Zenaida aurita
) is a columbid speciesendemic to the Caribbean Islands (Wiley1991). Thisspecies is of patrimonial interest, and is legally hunted inPuerto Rico, Guadeloupe and Martinique. It suffers in someislands from competition with the invasive Eurasian col-lared dove (
Streptopelia decaocto
), habitat destruction, andillegal hunting (Barre´et al.1997; Rivera-Milan1997), very little is known, of movements of individuals betweenislands. In addition, knowledge of the mating system of theZenaida dove remains limited. Although the species isterritorial and socially monogamous (Wiley1991), theoccurrence of extra-pair paternity has not been investigatedso far. However, data on mate fidelity and extra-pairpaternity in tropical species that maintain year-round pairbonds is particularly valuable, yet rare (Stutchbury andMorton2001).Molecular markers are needed to both assess the con-servation genetics of this species (i.e. allelic diversityrelated to island size, level of gene flow, and differentia-tion) and study mate choice and mating patterns (i.e.female choice related to male heterozygosity and geneticsimilarity, and rates of extra-pair paternity).Four
Zenaida aurita
partial genomic DNA librariesenriched for microsatellite sequences containing CA, GA,CATC and TAGA repeat motifs were constructed followingthemethodsdescribedinJonesetal.(2002).Highmolecularweight DNA was extracted from blood using chloroform/ phenol/isopropanol extraction (Sambrook et al.1989) from10 individuals from one location in Barbados. DNA waspartially digested with a cocktail of seven blunt-endrestriction enzymes (
 Rsa
I,
Hae
III,
Bsr 
BI,
Pvu
II,
Stu
I,
Sca
Iand
Eco
RV). Fragments 350–700 bp long were adaptedwith 20 bp oligonucleotides which contained a
Hind 
III siteat the 5
0
end, and subjected to magnetic bead capture using5
0
-biotinylated microsatellite oligonucleotides as capture
K. Monceau
Á
M. Gaillard
Á
E. Harrang
Á
F. Cezilly
Á
R. A. Wattier (
&
)Equipe Ecologie Evolutive, UMR CNRS 5561 Bioge´osciences,Universite´de Bourgogne, 6 Boulevard Gabriel, 21000 Dijon,Francee-mail: Remi.wattier@u-bourgogne.frD. Santiago-Alarcon
Á
Patricia. G. ParkerDepartment of Biology, University of Missouri-St. Louis,One University Boulevard, Saint Louis, MO 63121, USAPatricia. G. ParkerWild Care Institute, Saint Louis Zoo, 1 Government Drive,St. Louis, MO 63110, USA
 123
Conserv Genet (2009) 10:1577–1581DOI 10.1007/s10592-008-9798-4
 
      T    a      b      l    e      1
    C    h   a   r   a   c    t   e   r    i   z   a    t    i   o   n   o    f    2    3   p   o    l   y   m   o   r   p    h    i   c   m    i   c   r   o   s   a    t   e    l    l    i    t   e    l   o   c    i    f   o   r    Z   e   n   a    i    d   a    d   o   v   e    (
     Z   e   n   a     i     d   a   a   u   r     i    t   a
    )    L   o   c   u   s    R   e   p   e   a    t   m   o    t    i    f    P   r    i   m   e   r   s   e   q   u   e   n   c   e    (    5
             0
  –    3
             0
    )    G   e   n    b   a   n    k    A   c   c   e   s   s    i   o   n    #    S    i   z   e    R   a   n   g   e    (    b   p    )    N    N
     A
     H   o     H   e
    P    E  -    1    P    E  -    2    Z   a    A    4    (    G    T    )
     1     9
    F   :    A    G    C    A    C    G    C    T    C    A    T    T    A    A    C    A    C    A    T    T    A    G    G    F    0    9    1    7    4    4    2    4    3  –    2    7    3    2    9    6    0 .    8    9    7    0 .    7    9    6    0 .    3    9    6    0 .    5    7    5    R   :    A    C    C    T    G    T    A    G    T    T    C    A    G    G    G    C    G    T    A    T    A    G    Z   a    A    5    (    G    T    )
     2     1
    F   :    G    G    C    A    C    A    C    A    A    A    T    A    C    T    T    T    A    A    G    A    G    G    G    F    0    9    1    7    6    6    2    5    1  –    2    8    5    2    9    1    1    0 .    7    2    4    0 .    8    4    8    0 .    5    0    1    0 .    6    7    0    R   :    G    A    C    C    T    T    T    G    C    T    C    A    C    T    C    A    C    T    A    T    T    C    Z   a    A    7    (    A    C    )
     2     4
    F   :    T    G    G    C    A    C    T    G    A    A    G    A    A    C    A    A    G    C    G    F    0    9    1    7    4    5    1    0    1  –    1    4    7    2    6    9    0 .    7    6    9    0 .    7    5    9    0 .    3    6    7    0 .    5    5    1    R   :    C    T    G    G    G    A    C    T    C    G    G    G    A    T    T    T    A    C    Z   a    A    1    1    2    (    A    C    )
     1     9
    F   :    C    T    C    C    C    T    G    G    T    T    T    C    A    T    T    T    C    A    G    A    C    G    F    0    9    1    7    4    6    1    9    4  –    2    0    4    2    9    6    0 .    8    6    2    0 .    7    3    6    0 .    3    1    0    0 .    4    8    5    R   :    A    T    G    G    T    G    C    A    T    T    T    G    T    G    T    T    G    T    A    G    G    Z   a    A    1    1    3    (    A    C    )
     2     1
    F   :    A    G    C    T    T    T    T    T    G    A    T    A    A    G    C    C    T    G    A    A    C    G    F    0    9    1    7    4    7    2    1    0  –    2    4    8    2    9    9    0 .    8    2    8    0 .    8    7    2    0 .    5    4    9    0 .    7    1    2    R   :    C    T    T    G    C    T    G    T    A    T    G    T    C    C    A    C    A    A    T    G    Z   a    A    1    2    7    (    C    A    )
     1     7
    F   :    G    C    A    T    T    T    G    T    C    T    C    T    C    C    A    G    T    A    G    A    T    T    G    F    0    9    1    7    4    8    2    4    5  –    2    4    7    3    0    2    0 .    3    3    3    0 .    4    2    7    0 .    0    8    8    0 .    1    6    6    R   :    A    A    G    C    C    T    G    A    C    A    G    T    A    T    T    C    A    A    G    A    A    G    Z   a    C    1    (    T    C    C    A    )
     9
    F   :    T    C    C    T    G    A    G    C    T    T    C    T    G    G    G    A    C    A    C    G    F    0    9    1    7    4    9    1    7    4  –    1    9    4    2    9    4    0 .    5    8    6    0 .    6    0    7    0 .    1    8    7    0 .    3    4    4    R   :    G    G    G    A    C    A    A    G    G    A    G    C    A    T    C    C    A    C    Z   a    C    3    (    T    C    C    A    )
     1     0
    F   :    T    T    C    T    T    C    T    G    C    C    A    G    C    A    C    T    G    T    G    G    F    0    9    1    7    5    0    2    5    2  –    2    7    2    2    8    4    0 .    4    2    9    0 .    4    5    9    0 .    1    0    3    0 .    2    3    8    R   :    T    T    T    T    C    C    C    T    A    C    C    T    G    C    C    T    T    T    T    C    Z   a    C    1    1    (    T    G    G    A    )
     4
    G    G    G    A    (    T    G    G    A    )
     4
    F   :    G    C    T    T    T    C    A    T    C    T    G    T    G    T    G    A    G    G    A    C    G    F    0    9    1    7    5    1    1    2    3  –    1    5    1    2    9    5    0 .    8    2    8    0 .    7    9    1    0 .    3    8    6    0 .    5    6    5    R   :    A    G    G    A    C    A    T    C    C    A    T    A    G    C    C    T    G    A    T    A    C    Z   a    C    1    2    (    T    C    C    A    )
     1     2
    F   :    A    G    C    G    T    C    C    G    A    A    C    T    C    C    T    A    A    C    T    A    C    G    F    0    9    1    7    5    2    2    7    9  –    3    2    3    3    0    9    0 .    7    0    0    0 .    7    8    8    0 .    4    0    0    0 .    5    7    9    R   :    G    A    T    A    G    G    C    T    C    T    C    T    C    T    G    C    T    G    A    T    G    Z   a    C    1    1    7    (    G    G    A    T    )
     1     1
    F   :    A    A    G    G    C    A    A    A    A    A    G    G    A    A    G    G    A    A    A    G    G    F    0    9    1    7    5    3    1    2    8  –    1    5    6    2    7    7    0 .    8    5    2    0 .    6    6    5    0 .    2    4    6    0 .    4    1    2    R   :    T    C    C    G    T    G    A    T    T    C    T    A    T    G    C    T    G    T    A    G    C    Z   a    D    1    (    T    A    G    A    )
     1     1
    F   :    T    A    G    C    G    T    G    G    A    C    A    G    A    C    T    T    G    T    T    G    G    F    0    9    1    7    5    4    1    2    1  –    1    6    5    2    9    8    0 .    7    5    9    0 .    8    4    6    0 .    4    9    2    0 .    6    6    4    R   :    G    G    G    T    G    A    T    T    T    G    A    T    G    T    T    C    C    T    T    C    Z   a    D    5    (    T    A    T    C    )
     1     3
    F   :    A    C    C    A    C    C    C    T    C    A    T    T    G    T    A    A    A    A    G    A    T    G    F    0    9    1    7    5    5    1    6    2  –    2    8    2    2    9    7    0 .    2    0    7    *    0 .    7    9    7  –  –    R   :    A    C    A    C    C    A    C    A    G    C    A    G    T    A    A    G    T    T    G    A    C    Z   a    D    6    (    T    A    G    A    )
     8
    F   :    T    C    T    T    G    A    C    T    T    C    A    C    T    C    C    T    G    A    C    A    C    G    F    0    9    1    7    5    6    2    4    1  –    2    6    9    3    0    6    0 .    5    0    0    0 .    5    4    8    0 .    1    6    3    0 .    3    3    0    R   :    C    C    C    T    A    C    T    C    C    A    C    A    T    C    T    T    C    T    G    T    T    Z   a    D    7    (    T    C    T    A    )
     4
    T    C    C    T    A    A    (    T    C    T    A    )
     9
    F   :    C    C    T    T    T    T    G    A    A    G    G    T    G    T    T    C    A    T    C    G    F    0    9    1    7    5    7    3    0    4  –    3    3    2    3    0    8    0 .    8    3    3    0 .    8    3    3    0 .    4    7    7    0 .    6    5    1    R   :    G    C    A    T    C    C    A    A    A    T    G    A    G    T    A    T    G    C    Z   a    D    1    0    (    T    T    C    T    A    )
     8
    (    T    T    C    T    G    )
     4
    N
     2     1
    (    T    C    C    T    A    )
     1     6
    F   :    C    G    A    G    C    C    T    G    T    C    A    G    T    G    T    T    T    C    G    F    0    9    1    7    5    8    3    6    8  –    4    1    6    3    0    1    1    0 .    4    0    0    *    0 .    8    9    4  –  –    R   :    T    C    A    T    G    G    G    T    T    A    C    T    G    T    T    A    C    A    A    C    T    C    Z   a    D    1    1    (    T    C    T    A    )
     1     5
    F   :    T    G    A    A    C    C    A    T    T    G    C    T    C    C    A    G    A    G    G    F    0    9    1    7    5    9    2    3    0  –    2    6    6    2    8    7    0 .    8    9    3    0 .    8    0    3    0 .    4    1    8    0 .    5    9    6    R   :    T    G    C    C    A    T    A    A    C    T    T    G    T    A    G    A    A    C    T    G    C    Z   a    D    1    0    4    (    G    A    T    A    )
     1     0
    F   :    A    C    C    G    A    A    A    T    C    C    T    A    A    C    C    T    G    A    A    C    G    F    0    9    1    7    6    0    2    4    5  –    2    7    3    2    8    7    0 .    9    2    9    0 .    8    4    1    0 .    4    7    7    0 .    6    5    1    R   :    A    T    G    C    C    A    G    T    C    T    G    T    G    A    A    A    C    A    A    G
1578 Conserv Genet (2009) 10:15771581
 123
 
molecules. Fragments enriched for microsatellites weresubsequently PCR amplified using primer complementarytotheadaptator,digestedwith
 Hind 
IIItoremovetheadaptorsequences, and ligated into the
Hind 
III site of pUC19. Theplasmids were then electroporated into
Escherichia coli
DH5
a
. Recombinant clones, identified by white–bluescreening, were chosen at random for sequencing on anABI373 automated sequencer, using ABI Prism Taq dyeterminator cycle sequencing methodology. A total of 81 outof 94 positive clones sequenced contained microsatellites(86.17%). Primers were designed for 50 microsatellite-bearing clones using Designer PCR, versus 1.03 (ResearchGenetics,Inc.).Enrichedlibraryconstruction,sequencingof positive clones and primer design were performed byGenetic Identification Services (www.genetic-id-services.com). Primers pairs were synthesized (GENCUST, France)for 33 potential loci, each forward primer being 5
0
tailedwith a M13 sequence (5
0
-CACGACGTTGTAAAACGAC-3
0
). PCRs were carried out in 10
l
l volume including 5 ngDNA template, 200
l
M each dNTP, 200 nM each primer(Table1),0.025
l
Mof5
0
labelledM13primerwith700and800fluorochromes (LICOR),1
9
reaction bufferand0.15 UHotMaster DNA polymerase (5-PRIME). A T3 thermocy-cler (Biometra) was used beginning with an initialdenaturation at 94
°
C for 1.5 min, followed by 35 cyclesconsisting of 20 s at 94
°
C, 30 s at 46
°
C and 30 s at 65
°
C,and a final extension step at 65
°
C for 3 min. All 33 locisuccessfully amplified as tested on 6 cm long 2% agarosegels (TBE 1
9
) for 30 min at 100 V in a RunOne electro-phoresis chambers (EmbiTec). Product size variations werevisualized using a LICOR 4000L automated sequencer,6.5%acrylamide,41 cmlonggels.Imageanalysisandallelescoring were carried out by eye by two independent inves-tigators and then compared. Ten primer pairs either failedtoreveal any polymorphism or produced unreadable patternson a set of eight individuals from one location in Barbados.Polymorphism of the 23 remaining loci was assessed on anextra set of up to 22 Zenaida doves from the same location.Estimates of observed (
 Ho
) and expected (
 He
) heterozy-gosities, deviations from Hardy–Weinberg equilibrium(HWE), and genotypic linkage disequilibrium (LD) wereestimated using the software FSTAT version 2.9.3.2(Goudet1995). Exclusion probabilities knowing the geno-type of one or both social parents, PE-1 and PE-2,respectively, were estimated for loci not deviating signifi-cantly from HWE using the software CERVUS 2.0(Marshall et al.1998).No linkage disequilibrium was detected after Bonferronicorrection for multiple tests. Three loci ZaD5, ZaD10 andZaD116 showed a heterozygote deficiency, significantlydeviating (after Bonferroni correction) from Hardy–Weinberg Equilibrium (Table1) probably due to nullalleles associated with absence of conservation of flanking
      T    a      b      l    e      1
   c   o   n    t    i   n   u   e    d    L   o   c   u   s    R   e   p   e   a    t   m   o    t    i    f    P   r    i   m   e   r   s   e   q   u   e   n   c   e    (    5
             0
  –    3
             0
    )    G   e   n    b   a   n    k    A   c   c   e   s   s    i   o   n    #    S    i   z   e    R   a   n   g   e    (    b   p    )    N    N
     A
     H   o     H   e
    P    E  -    1    P    E  -    2    Z   a    D    1    0    5    (    G    A    T    A    )
     1     1
    F   :    G    C    A    G    G    A    A    T    C    A    C    T    T    T    C    A    G    A    G    T    A    C    G    F    0    9    1    7    6    1    2    6    4  –    2    8    4    3    0    6    0 .    7    3    3    0 .    6    4    7    0 .    2    2    6    0 .    3    8    8    R   :    T    T    G    A    A    G    A    T    G    A    T    A    C    A    G    C    A    G    A    G    T    G    Z   a    D    1    0    8    (    T    C    T    A    )
     1     0
    F   :    C    C    T    T    C    C    T    T    T    C    A    A    T    G    A    C    T    T    A    C    C    G    F    0    9    1    7    6    2    1    4    1  –    1    7    3    3    0    9    0 .    8    3    3    0 .    8    8    1    0 .    5    7    1    0 .    7    2    9    R   :    G    C    A    T    C    T    G    T    G    T    C    C    A    T    C    C    A    G    Z   a    D    1    1    6    (    C    T    A    T    )
     1     3
    F   :    C    A    G    G    G    G    G    A    A    A    A    A    A    A    A    A    T    C    T    G    F    0    9    1    7    6    3    1    2    3  –    1    4    3    2    8    6    0 .    3    2    1    *    0 .    7    6    1  –  –    R   :    T    T    C    T    G    A    G    T    G    A    A    G    A    T    G    G    G    T    A    A    A    T    Z   a    D    1    1    9    (    G    A    T    A    )
     1     2
    F   :    C    A    T    T    A    A    C    G    C    A    A    T    G    T    T    T    T    C    T    G    A    G    G    F    0    9    1    7    6    4    1    6    2  –    1    8    6    2    9    7    0 .    8    9    7    0 .    7    5    8    0 .    3    5    3    0 .    5    3    1    R   :    T    G    C    C    C    A    A    A    G    G    T    T    T    G    T    A    T    T    T    T    A    C    Z   a    D    1    2    1    (    G    A    T    A    )
     1     3
    F   :    C    T    G    A    G    G    T    T    C    C    A    A    C    A    A    A    C    T    T    G    G    F    0    9    1    7    6    5    2    0    3  –    2    4    7    2    9    1    0    0 .    8    9    7    0 .    9    0    9    0 .    6    4    1    0 .    7    8    3    R   :    T    T    A    G    A    G    G    A    C    T    G    T    C    G    T    T    C    T    G    T    G    O   v   e   r   a    l    l    0 .    9    9    9    1 .    0    0    0
     N
   =
    N   u   m    b   e   r   o    f    i   n    d    i   v    i    d   u   a    l    t   y   p   e    d ,   a    l    l   c   o   m    i   n   g    f   r   o   m    t    h   e   s   a   m   e    l   o   c   a    t    i   o   n    i   n    B   a   r    b   a    d   o   s .    N
     A
   =
    N   u   m    b   e   r   o    f   a    l    l   e    l   e   s   p   e   r    l   o   c   u   s .
     H   o
   a   n    d
     H   e
   =
    O    b   s   e   r   v   e    d   a   n    d   e   x   p   e   c    t   e    d    h   e    t   e   r   o   z   y   g   o    t    i   e   s ,   r   e   s   p   e   c    t    i   v   e    l   y .    P    E  -    1   a   n    d    P    E  -    2   a   r   e   e   x   c    l   u   s    i   o   n   p   r   o    b   a    b    i    l    i    t    i   e   s   o    f    k   n   o   w    i   n   g    t    h   e   g   e   n   o    t   y   p   e   o    f   o   n   e   o   r    b   o    t    h   p   a   r   e   n    t   s ,   r   e   s   p   e   c    t    i   v   e    l   y    *    S    i   g   n    i    fi   c   a   n    t    d   e   v    i   a    t    i   o   n    f   r   o   m    H   a   r    d   y  –    W   e    i   n    b   e   r   g   e   q   u    i    l    i    b   r    i   u   m   a    f    t   e   r    B   o   n    f   e   r   r   o   n    i   c   o   r   r   e   c    t    i   o   n    f   o   r   m   u    l    t    i   p    l   e    t   e   s    t   s    (
     P
     \
    0 .    0    0    2    1    2    )
Conserv Genet (2009) 10:15771581 1579
 123

You're Reading a Free Preview

Download
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->