Statistical Mechanics of Protein Complexed andCondensed DNA
Dissertationzur Erlangung des Grades“Doktor der Naturwissenschaften”am Fachbereich Physikder Johannes Gutenberg-Univerit¨atin MainzIgor Kuli´cgeb. in BelgradMainz, den 24. Mai 2004
Datum der Pr¨ufung : 11.11.2004
Zusammenfassung
In der vorliegenden Doktorarbeit besch¨aftigen wir uns mit verschiedenen Themen, diemit der Verpackung und Komplexierung des DNS Molek¨uls durch Proteine sowie durcheingeschr¨ankte Geometrien zusammenh¨angen. In diesem Kontext werden Fragen derstatistischen Mechanik und der Dynamik der DNS mit verschiedene Methoden behan-delt.In der ersten H¨alfte (Kapitel 2) der Arbeit wird zum ersten mal die Einzelmolek¨ul-Zustandsgleichung (Kraft-Dehnungsrelation) der DNS mit Selbstkontakt (durch Zuhil-fenahme von Pfadintegralmethoden) hergeleitet. Wir zeigen in diesem Zusammen-hang, dass elastische Teilstrukturen wie Schleifen sowie Winkelrandbedingungen beider Molek¨ulverankerung (z.B. bei AFM Experimenten) eine starke Renormalisierungder scheinbaren Persistenzl¨ange induzieren und erkl¨aren damit r¨atselhafte Befunde bei
Einzelmolek¨ulexperimenten.In Kapitel 3 wird das thermisch induzierte Wandern des Nukleosoms entlang der DNSuntersucht. Nach eingehender Betrachtung der Experimente und theoretischer Mod-ellierung der m¨oglichen Mechanismen schliessen wir, dass der ”Korkenziehermechanis-mus” die wahrscheinlichste Ursache f¨ur diesen biologisch wichtigen Prozess sein muss.Das Kapitel 4 zeigt, dass ”DNS-Spulen” - Strukturen, die aus zylindrisch oder toroidalgewundener DNS bestehen - eine bemerkenswerte kinetische Tr¨agheit gegen¨uber kraftin-duzierter Destabilisierung aufweisen. Wir schlagen damit eine Br¨ucke zwischen ver-schiedenen Streckungsexperimenten an Nukleosomen und DNS-Toroiden sowie Simula-tionen und zeigen, dass die auftretenden ”Kraftpeaks” in Kraft-Dehnungsexperimentenvom gleichen Ursprung sind.Wir zeigen schliesslich in Kapitel 5, dass eine toroidal verpackte DNS (wie z.B. inViren, DNS-Kondensaten oder in Spermienchromatin) einen bemerkenswerten Ver-drillungs¨ubergang aufweist, sobald der zugrundeliegende Torus ein kritisches Verh¨altniszwischen Querschnitt und (¨ausserem) Radius ¨uberschreitet. Der vorgestellte Mecha-nismus rationalisiert und verbindet verschiedene experimentelle Funde aus den letzten25 Jahren und er¨offnet die M¨oglichkeit einer ”topologischen Einkapselung” der DNSmit potentiellen Anwendungen in der Gentechnologie.
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Igor Kulic- Statistical Mechanics of Protein Complexed and Condensed DNA
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