Welcome to Scribd, the world's digital library. Read, publish, and share books and documents. See more
Download
Standard view
Full view
of .
Look up keyword
Like this
16Activity
0 of .
Results for:
No results containing your search query
P. 1
petunjuk praktikum kimia komputasi

petunjuk praktikum kimia komputasi

Ratings:

5.0

(2)
|Views: 969 |Likes:
Published by api-26187517

More info:

Published by: api-26187517 on Oct 29, 2008
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

10/14/2013

pdf

text

original

PERCOBAAN I
ANALISIS BUTANA
Tujuan :Minimisasi energi konformasi butana dengan menggunakan medan gaya
(Force Field)MM+.
Latar Belakang :

Minimisasi energi mengubah geometri dari molekul ke energi yang lebih rendah dari suatu sistem dan untuk menghasilkan konformasi yang lebih stabil. Selama berlangsungnya minimisasi , akan dicari suatu struktur molekul yang tidak mengalami perubahan energi jika geometri molekul diubah dengan besaran tertentu. Hal ini berarti bahwa turunan dari energi sebagai fungsi koordinat kartesian \u2013yang sering disebut gradient- berharga nol. Keadaan ini disebut sebagai titik stasioner pada permukaan energi potensial.

Jika perubahan kecil pada parameter geometri akan menaikkan energi molekul, konformasi relatif stabil dan posisi ini dinamakan dengan minimum. Jika energi lebih rendah dengan perubahan kecil pada satu atau lebih dimensi tertentu, tetapi tidak pada semua dimensi, dinamakan saddle point. Sistem molekul dapat mempunyai beberap keadaan minimum. Satu dari keadaan minimum yan gpaling rendah energinya disebut minimum global dan keadaan yang lain dinamakan dengan minimum lokal. Dengan perhitungan energi untuk 6 titik stasioner dari butana, dapat dibandingkan harga energi untuk menentukan konformasi energi pada minimum global.

Prosedur
a. Pemilihan medan gaya

Sebelum menggambarkan dan menjalankan optimisasi dengan mekanika molekular, kita harus memilih medan gaya mekanika molekular yagn tersedia pada program HyperChem. Medan gaya berisi jenis atom dan parameter yang harus ditandakan pada molekul sebelum kita menjalankan perhitungan mekanika molekular. Sebagai contoh, kita memilih medan gaya MM+.

Untuk memilih medan gaya (1) pilih Molekular Mechanics pada menu Setup,
(2) jika kotak dialog muncul, pilihMM+.
b. Menggambar butana
Bentuk butana pertama yang harus dibuat adalah bentuk eklips yaitu sudut
dihedralCCCC sebesar 0o. Untuk membuat bentuk eklips dilakukan langkah

sebagai berikut :
1. Atur Default Element pada karbon dan dapatkan dalam modeDraw.
2. Atur level pilihan pada atoms.
3. PilihLabels pad amenuDisplay dan beri label atom dengan nomor.

4. Yakinkan bahwa Explicit Hydrogens pad akeadaan tidak aktif (pada
menuBuild.
5. Gambarkan struktur 2D dengan mengklik dan menggeser sedemikian
hingga keempat karbon terhubungkan.
6. Pilih Add H & Model Build pada menuBuild.
Model Builderakan membentuk konformasi anti dari butana sebagai
strukturdefault dengan sudut dihedralCCCC sebesar 180o. Kita ingin

mengubahnya menjadi sudut 0o dengan cara berikut :
7. Kembali ke dalam modeSelection
8. Yakinkan bahwa Multiple Selection dalam keadaan aktif.

9. Pilih sudut torsi 4-atom dengan memilih ikatan dengan urutan 1-2, 2-3
dan 3-4.
10. Pilih pengaturan Bond Torsion pada menuBuild, dan aturBond
Torsion pada 0o dan tekan OK.
11. R-klik pada area yang kosong pada bidang kerja.

12.Klik ganda pada Selection sebagai ganti dari Model Builder. HyperChem akan menentukan struktur baru dengan bond torsion sesuai yang telah ditentukan.

c. Optimasi struktur
Langkah berikutnya adalah meminimisasi struktur dengan menjalankan

optimasi mekanika molekul dengan melakukan langkah berikut :
13. PilihCompute.
14. Pilih Single Point

15. L-klik pada OK untuk menutup kotal dialog dan memulai perhitungan. Perhitungan dimulai dan informasi tentang akan muncul di baris status. Setelah beberapa menit, program akan selesai. Catat energi dengan melakukan perhitungan single point pada struktur yang telah tergambar. Perhitungan ini akan memberikan energi tanpa optimasi dengan sudut ikatan dihedral eksak. Ukur sudut dihedralCCCC dan catat hasilnya.

16. Optimasi struktur dengan memilihCompute dan kemudianGeometry
Optimizisation.

17. L-klik pada OK unutk memulai perhitungan. Catat energi teroptimasi dan sudut ikat dihedralCCCC. Cetak strutkur dan lampirkan pada lembar laporan.

18. Kembali ke langkah 9 dan ulangi proses untuk sudut ikat dihedral 60,
120, 180, 240 dan 300o. Lengkapi lembar jawaban yang tersedia.
PERCOBAAN II
ANALISIS SIKLOHEKSANA
Tujuan :
Menentukan konformasi yang paling stabil dari sikloheksana dengan
menggunakan perhitungan medan gaya AMBER.
Latar Belakang :

Pada temperatur ruang sikloheksana secara cepat mengalami perubahan konformasi dengan rotasi sepanjang ikatan C-C. Ketika konformasi sikloalkana berubah, hidrogen yang terikat pada setiap atom karbon juga berganti posisi, dan molekul diasumsikan berada pada ruang tiga dimensi. Perubahan dari konformasi kursi ke bentuk yang lain (perubahan hidrogen aksial menjadi ekuatorial sebaliknya) dinamakan interkonversi kursi-kursi. Dengan menentukan panas pembentukan dari konformasi kursi dan bentuk antara dari interkonversi kursi, kita dapat menentukan stabilitas relatif dari setiap konformasi.

Prosedur :
a. Pemilihan medan gaya
1. Pilihlah Molecular Mechanics pada menuSetup
2. Jika kotak dialog muncul, pilihlahAMBER.

b. Menggambar sikloheksana bentuk kursi.
1. Atur Default Element pada karbon dan masuk pada modeDraw.
2. Atur level pemilihan pada tingkatAtoms.
3. PilihLabels pada menuDisplay dan label atom dengan nomor.

4. Yakinkan bahwa Explicit Hydrogen dalam keadaan tidak aktif pada menu
Build.
5. Gambarkan dengan strutkur 2D dengan mengklik dan menggeser.
6. Pilih Add H & Model Build pada menuBuild.
7. Matikan.
c. Menghitung sifat struktural sikloheksana bentuk kursi
1. Pilih modeSelection
2. Atur level seleksi pada tingkatAtoms dan matikan modeMultiple
selection.
3. Pilih beberapa ikatan, sudut dan sudut torsi untuk mempelajari geometri
dari struktur. Catat nilainya pada lembar laporan.
4. R-klik pada daerah kosong pada ruang kerja untuk menyakinkan tidak ada
atom yang dipilih.
d. Menghitung energi sikloheksana bentuk kursi
1. Pilih Single Point pada menuCompute untuk menghitung energi
struktur yang aktif pada kertas kerja.
2. Baca energi single point pada baris status
e. Optimasi struktur

Langkah selanjutnya adalah meminimisasi struktur kursi dengan melakukan perhitungan optimisasi mekanika molekul dengan melakukan langkah berikut : 1. PilihCompute

Activity (16)

You've already reviewed this. Edit your review.
1 hundred reads
1 thousand reads
yamin chem liked this
Pamalaz Punya liked this
Pamalaz Punya liked this
Hidayatun Nafiah liked this
Fals Annarkis liked this
Ghee JheeVhee liked this
Winnda Part II liked this

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->