Welcome to Scribd. Sign in or start your free trial to enjoy unlimited e-books, audiobooks & documents.Find out more
Download
Standard view
Full view
of .
Look up keyword
Like this
1Activity
0 of .
Results for:
No results containing your search query
P. 1
Modelado molecular orientado á Bioloxía de Segundo de Bacharelato

Modelado molecular orientado á Bioloxía de Segundo de Bacharelato

Ratings: (0)|Views: 16|Likes:
Published by Carlos de Paz
Preséntanse algúns exemplos de utilización das ferramentas informáticas de deseño e
modelado molecular. Lonxe de ser un manual de usuario, preténdese cubrir unha primeira
aproximación á utilización de ChemDraw e Chem3D tomando como referencia algúns problemas
propios dos estudios de Bioloxía no Bacharelato.

Este artigo formou parte dos cursiños de formación do profesorado, organizados polos Centros de Formación e Recursos dependentes da Consellería de Educación e O.U. da Xunta de Galicia, dirixidos ó adestramento no uso dos recursos de Bioloxía de Bacharelato.
Preséntanse algúns exemplos de utilización das ferramentas informáticas de deseño e
modelado molecular. Lonxe de ser un manual de usuario, preténdese cubrir unha primeira
aproximación á utilización de ChemDraw e Chem3D tomando como referencia algúns problemas
propios dos estudios de Bioloxía no Bacharelato.

Este artigo formou parte dos cursiños de formación do profesorado, organizados polos Centros de Formación e Recursos dependentes da Consellería de Educación e O.U. da Xunta de Galicia, dirixidos ó adestramento no uso dos recursos de Bioloxía de Bacharelato.

More info:

Categories:Types, Research
Published by: Carlos de Paz on Nov 07, 2008
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

06/14/2009

pdf

text

original

 
Equipamento Informático de Bioloxía ChemOffice,
1/13
 
Modelado molecular orientado á Bioloxíado Bacharelato LOXSE. ChemOffice.
 
Carlos de Paz
1
 
Resumo
Preséntanse algúns exemplos de utilización das ferramentas informáticas de deseño emodelado molecular. Lonxe de ser un manual de usuario, preténdese cubrir unha primeiraaproximación á utilización de ChemDraw e Chem3D tomando como referencia algúns problemaspropios dos estudios de Bioloxía no Bacharelato
.
 
Introducción
Dentro do DCB de Bioloxía do Bacharelato está a unidade “Compoñentesmoleculares das células: tipos, estructuras, propiedades e papel que desempeñan”, asícomo o estudio de procesos metabólicos dentro do bloque “Fisioloxía Celular”. Entre osobxectivos se especifica “
ter certa autonomía nas estratexias características da investigación científica (...) utilizando os procedementos propios da Bioloxía para simular pequenas investigacións de xeito teórico (usando o ordenador) (...)
Un dos principais obstáculos no ensino-aprendizaxe de Bioloxía no Bacharelato éa observación das biomoléculas como estructuras tridimensionais. A estructura espacialten implicacións de suma importancia na práctica totalidade dos procesos biolóxicos ose-la responsable das propiedades dos diferentes compostos e, polo tanto, do seucomportamento. É imprescindible que os alumnos e alumnas acaden unha imaxe mentaldas biomoléculas máis aló do plano do papel ou o encerado, o que sen dúbida setraduce nun mellor entendemento de estructuras celulares e procesos bioquímicos.Neste sentido, o paquete ChemOffice é unha potente ferramenta para a EAO daBioloxía, deseñado para axudar no debuxo, a visualización de estructuras químicas e aorganización de datos. Por unha banda, fronte ós clásicos modelos moleculares devariñas e bolas, os programas informáticos presentan a avantaxe de non ter limitado onúmero de elementos, o que é particularmente importante no caso que nos ocupa polaimposibilidade que suporía para formar modelos macromoleculares por parte de cadaalumno e alumna. Por outra, a diferencia dos modelos estáticos do libro, o encerado, ouas diapositivas e transparencias, os ordenadores permiten interactuar cos modelosxerados poñendo en evidencia a disposición espacial, mediante diferentes códigos decores e deseños, segundo as fins perseguidas.Neste documento preséntanse distintos exemplos de creación de moléculasutilizando o ChemOffice. As principais funcións do programa ChemDraw e asposibilidades de visualización tridimensional do Chem3D. Finalmente se presentanoutros complementos de aplicación do modelado molecular baseados na Web.
1
Dpto. de Bioloxía e Xeoloxía. IES “A Sardiñeira”. A Coruña.cdepaz@edu.xunta.es 
 
Equipamento Informático de Bioloxía ChemOffice,
2/13
 
1.
ChemDraw
2
. Técnicas básicas de deseño molecular.
Para ilustrar este apartado o mellor é comezar co máis sinxelo e ir analizando osproblemas que xurdan e o xeito de arranxalos.
Empezando de cero: debuxar unha molécula de auga
Unha vez aberta a aplicación, selecciona-la ferramenta de ligazón simple:facendo ‘
clic 
’ sobre ela.
Apuntar onde se quere situar ún calquera dos átomos.
Arrastra-lo rato ó tempo que se preme o botón esquerdo ata debuxa-laprimeira ligazón. Aparecerá unha liña na zona de debuxo.
Para engadir a segunda ligazón, situarse sobre un dos extremos daprimeira e repeti-lo proceso de arrastre ata que apareza formando o ángulodesexado. O debuxo así obtido será como o que segue:
Para inseri-las letras dos átomos, sitúa-lo cursor sobre asituación desexada ata que quede resaltado cun cadro negro aposición correcta dentro do debuxo (1 para o osíxeno, 2 e 3para os hidróxenos) e preme-la letra correspondente en cada caso. Oresultado é o seguinte:
De cero a cen nun par de parágrafos: debuxo “a man alzada”
Esta é a técnica básica para debuxar moléculas con ChemDraw. Para conseguirestructuras de moléculas máis complexas non hai máis que ir engadindo ligazóns.Disponse de diferentes tipos (barra á esquerda na seguinte ilustración), incluíndo ascaracterísticas das proxeccións estereoquímicas. Para cambiar de tipo é preciso terpresente que se debe selecciona-la ferramenta correspondente antes de debuxa-laligazón desexada. Para as ligazóns dobres se parte dunha simple e, coa mesmaferramenta, se fai ‘clic’ nun dos átomos implicados e se arrastra o rato ata o outrosoltando mentres estea destacado. Combinando as ferramentas dispoñibles se podenchegar a debuxar moléculas como as seguintes:
2
En todo o artigo se da por suposto que o lector xa domina procedementos informáticos básicos, como recuperar egardar arquivos ou copiar e pegar obxectos a través do portapapeis de Windows.
 
Equipamento Informático de Bioloxía ChemOffice,
3/13
 
A diferencia de ChemDraw con outros programas de deseño gráfico vectorial(CorelDraw, Freehand,...) é que neste caso as estructuras obtidas non son só unconxunto de liñas nesta ou aquela dirección. Ben ó contrario, as liñas representanligazóns químicas e os vértices que forman cando están xuntas representan elementosquímicos; logo se non se indica o contrario, o programa asume que nun vértice existe unCarbono. E do mesmo modo, o programa trata sempre de completa-las valencias doselementos que interveñen saturando con hidróxenos. Así, nos exemplos anteriores nonfoi preciso teclear tódolos símbolos químicos que aparecen senón que, por exemplo nocaso da glicosa, os hidróxenos de cada grupo hidroxilo apareceron automaticamente opoñe-lo ‘O’ na súa posición. E o mesmo sucedeu no caso dos hidróxenos asociados ósnitróxenos na guanina.
Aforrando tempo: uso de “ferramentas-atallo”
 ChemDraw incorpora un conxunto de galerías que permiten aforra-lo traballo dedebuxar “a man alzada” todas e cada unha das moléculas. Moitas das que son dointerese nos cursos de bacharelato están listas xa para ser usadas baixo a icona deferramenta “
Templates 
”: . Entre outras, compostos aromáticos, aminoácidos,nucleótidos e desoxirribonucleótidos, hexosas, diferentes estructuras estereoquímicas econformacións como as da seguinte figura:Así,
debuxar unha molécula de glicosa segundo a proxección de Haworth
é domais sinxelo.1. Escolle-lo anel axeitado na galería de conformacións.2. Situa-lo osíxeno e os grupos hidroxilo nas situacións axeitadas.3. Coa ferramenta
borrador 
eliminamos as ligazóns que non nos interesan,facendo ‘clic’ sobre os elementos que queremos eliminar. Lembremos que oprograma satura con hidróxeno se non se indica outra cousa, polo que enrealidade non estamos eliminando ligazóns químicas da molécula, só liñas nodebuxo.4. Colocamos o C
6
tecleando o ‘C’ mentres a súa posición está destacada cuncadriño negro
3
.
3
E preciso deseleccionar primeiro a ferramenta borrador e seleccionar calquera de ligazón.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->