RAPD consiste en amplificar al azar secuencias de ADN mediante la utilizacin de cebadores cortos (10 bases) de secuencia arbitraria.

Estos cebadores se unirn a muchos sitios de la secuencia complementaria en el ADN molde desnaturalizado, hibridando de manera inespecfica y aleatoria. Si dos cebadores se alinean con el molde en cadenas opuestas, con la orientacin apropiada y con una distancia amplificable entonces sern amplificados fragmentos polimrficos de ADN. Estos fragmentos se pueden separar en geles de agarosa para obtener perfiles electroforticos que segn el polimorfismo, proporcionarn una huella dactilar caracterstica.