Biota Perairan Benthos adalah organisme nabati (fitobenthos) maupun hewani (zoobenthos) yang hidupnya di dalam atau di atas

sedimen di dasar suatu perairan. Benthos sebagai biota dasar perairan mempunyai habitat yang relatif tetap. Keberadaan benthos di suatu perairan dipengaruhi oleh kondisi fisik (seperti tipe substrat, kekeruhan, arus, kedalaman dan suhu), disamping juga dipengaruhi oleh faktor kimia (pH, Oksigen terlarut, dan bahan-bahan toksik) dan faktor biologi (adanya kompetitor dan predator). Kondisi arus sungai, substrat dasar sungai dan kualitas air (fisik dan kimia) sangat mempengaruhi habitat benthos dan selanjutnya akan berpengaruh terhadap kelimpahan dan keanekaragaman. Pengambilan contoh dilakukan pada beberapa titik (stasiun pengamatan). Benthos diambil contohnya dengan menggunakan alat Eckman Grab yang umum digunakan untuk pengambilan contoh benthos pada dasar perairan sungai yang cukup dalam (> 1,5 m). Pada perairan sungai yang dangkal, pengambilan contoh benthos dilakukan dengan cara mengambil contoh lumpur / subtrat dari dasar sungai menggunakan alat Jala Surber (luas permukaan mulut jala adalah 40 cm x 25 cm = 1.000 cm2 atau 0,1 m2). Contoh lumpur / subtrat tersebut disaring dengan menggunakan penyaring seperti ayakan dengan mata saringan 0,5 mm. Pada setiap titik lokasi sampling dilakukan 3 kali pengambilan contoh lumpur secara acak (random) dan dikompositkan. Komposit contoh lumpur yang mengandung benthos tersebut disimpan dalam kantong plastik dan dibubuhkan pengawet berupa larutan formalin 8 %. Penyortiran dan penyaringan contoh benthos dilakukan di laboratorium. Selanjutnya contoh lumpur tersebut akan disaring melalui saringan (sieve filter) stainless steel bertingkat. Saringan bertingkat tersebut memiliki mata saringan yang berturut-turut dari atas ke bawah berukuran 1 mm, 250 m, 258 m dan 180 m. Contoh benthos hasil penyaringan kemudian disimpan pada toples plastik berlabel dan diawetkan di dalam larutan formalin 10 % atau ethanol 70 %. Identifikasi jenis benthos dilakukan dengan menggunakan alat stereomikroskop. Plankton adalah sekumpulan organisme yang berukuran kecil yang diwakili hampir semua tumbuhan (phytoplankton) maupun hewan (zooplankton) baik sebagai produser primer, herbivora, karnivora maupun sebagai transformer (jamur dan bakteri). Cara hidupnya dapat sebagai saprophyte ataupun parasit, dan di dalam air hidupnya terapung secara pasif, sehingga dapat hanyut dan ada juga yang dapat bergerak dengan organ atau mekanisme tertentu. Plot pengambilan contoh plankton sama dengan plot pengambilan contoh kualitas air yaitu secara purposive. Pengambilan contoh plankton dilakukan dengan cara menyaring air sungai dengan plankton-net (mesh size= 35 m). Air yang disaring dengan jaring plankton tersebut disimpan dalam botol sample diberi formalin 4 %, sebanyak beberapa tetes atau 1/10 bagian. Kemudian dibawa ke laboratorium untuk diamati.