Bahan utama pembuat keju adalah susu, terbanyak susu sapi, setelah itu susu kambing.

Ada puluhan bahkan ratusan jenis keju, yang cara pembuatannya sangat bervariasi. Menurut DR Anton Apriyantono, secara prinsip keju dibuat melalui 5 tahap yaitu: 1) persiapan susu, 2) koagulasi atau penggumpalan susu dengan menggunakan enzim atau asam yang akan menghasilkan curd (bagian susu yang terkoagulasi atau tergumpalkan) dan whey (bagian susu yang dalam bentuk cairan setelah curd terbentuk dan dipisahkan), 3) pemisahan whey untuk mendapatkan curd, 4) pengolahan curd dan 5) pematangan keju. Titik Rawan Pada tahap persiapan, susu dijernihkan agar steril, lalu dilakukan standarisasi komposisi susu dan pasteurisasi untuk membunuh bakteri patogen dan yang dapat merusak susu. Nah, tahap koagulasi rawan dari segi kehalalan keju. Sebab proses ini memerlukan bahan yang bisa membuat keju menjadi tidak halal. Pada dasarnya ada tiga metoda yang biasa dilakukan dalam koagulasi susu. Pertama, yang paling banyak digunakan dalam pembuatan berbagai jenis keju, yaitu dengan menggunakan enzim (suatu protein yang mempunyai kemampuan mempercepat reaksi biologis) yang mampu menggumpalkan susu (koagulan). Koagulan mula-mula berasal dari perut sapi muda, disebut rennet. Tapi kini, rennet diperoleh juga dari perut sapi dewasa, anak kambing, kambing dewasa, domba, dan babi. Selain itu, koagulan ada yang berasal dari mikroorganisma, tumbuh-tumbuhan, dan hasil fermentasi GMO (Genetically-Modified Organism, mikroorganisma yang telah diubah genetiknya). Pada prakteknya, penggunaan koagulan rennet biasanya dilakukan bersama-sama dengan penambahan bakteri asam laktat yang digunakan pada metode kedua. Penambahan bertujuan bukan hanya untuk menghasilkan asam yang akan memudahkan proses penggumpalan susu, tapi juga untuk menghasilkan flavor (citarasa) tertentu. Dari segi kehalalan, penggunaan koagulan yang berasal dari hewan jelas rawan menghasilkan keju yang tidak halal karena disamping bisa berasal dari babi juga bisa berasal dari sapi atau kambing yang tidak disembelih secara Islami (sebagian besar koagulan diproduksi oleh negara maju non muslim). Hal ini karena koagulan dari hewan ini disamping bisa tidak halal juga bercampur dengan keju yang dihasilkan.

Oleh karena itu yang relatif aman adalah jika koagulannya berasal dari tumbuh-tumbuhan, mikroorganisma atau hasil fermentasi GMO dimana pada fermentasinya digunakan media (tempat pertumbuhan dan sumber makanan mikroorganisma) yang halal. Sayang sekali, pada saat ini yang paling banyak digunakan adalah koagulan yang berasal dari hewan. Tapi, seiring dengan permintaan, koagulan yang berasal dari mikroorganisma meningkat penggunaannya. Di pasaran, khususnya di luar negeri, keju yang dibuat dengan menggunakan koagulan yang berasal dari mikroorganisma (dalam bahasa Inggris disebut microbial rennet) dapat dikenali melalui daftar ingredien yang menyebutkan microbial rennet. Metoda penggumpalan kedua, menggunakan asam yang dapat dihasilkan bakteri asam laktat yang ditambahkan kedalam susu, atau dengan menggunakan asam organik seperti asam sitrat, asam asetat, asam tartarat atau whey yang telah diasamkan. Metoda ini dipakai dalam produksi keju Cottage dan keju Cream. Bakteri asam laktat mula-mula ditumbuhkan dalam suatu media (tempat pertumbuhan dan sumber makanan mikroorganisma), dipekatkan, dibekukan atau dikeringbekukan. Kemudian, bakteri yang masih mengandung media dicampurkan dalam susu. Dari segi kehalalan perlu dicermati media yang digunakan karena biasanya terdiri dari komponen susu dan nutrien lain seperti ekstrak khamir (yeast extract), mineral dan vitamin. Komponen susu yang perlu dicermati adalah whey karena bisa tidak halal. Ekstrak khamir bisa tidak halal jika diperoleh sebagai hasil samping industri bir, atau jika untuk memproduksinya menggunakan media yang mengandung bahan yang tidak halal. Metode ketiga, menggunakan asam dan pemanasan yang tinggi. Metoda ini diterapkan misalnya dalam pembuatan keju Ricota dan Queso blanco. Setelah tahap koagulasi yang menghasilkan curd, tahap selanjutnya adalah pemisahan curd dengan cairan yang disebut whey. Dilanjutkan dengan pengolahan curd. Tahap terakhir pada pembuatan keju yaitu tahap pematangan melalui pemeraman, kecuali untuk beberapa jenis keju seperti keju pasta filata (Mozarella), cottage dan cream. Pemeraman dimaksudkan untuk menumbuhkan mikroorganisma yang diinginkan dan menghambat yang tidak diinginkan. Hal ini berkaitan dengan pembentukan flavor (citarasa) yang diinginkan disamping juga tekstur (kekerasan) yang sesuai. Pada pembuatan keju juga sering ditambahkan enzim

untuk menghasilkan flavor yang disukai. Enzim itu kebanyakan proteinase (enzim yang memecah protein) dan kadang-kadang lipase (enzim yang memecah lemak). Keduanya dapat berasal dari hewan, selain dari mikroorganisma. Dengan demikian, penambahan enzim ini menambah titik kritis kehalalan keju.