Professional Documents
Culture Documents
STRUKTUR DNA
Terdiri
dari dua untai rangkaian nukleotida yang saling melilit kekanan dengan aksis yang sama. Satu lilitan berukuran 36 , atau tersusun atas 10,5 pasangan basa. Struktur utama, yang merupakan rangkaian deoksiribosa yang berselangseling dengan gugus fosfat, berada di bagian luar lilitan. Pasangan basa purin dan pirimidin dari masing-masing untaian mengisi bagian dalam lilitan.
Pasangan basa C-G (merah) dan A-T (biru) merupakan pasangan isosterik (bentuk dan ukurannya sama), sehingga memungkinkan pengisian ruang antar lilitan yang tidak dipengaruhi oleh urutan basa penyusunnya.
Franklin memperoleh data difraksi sinar x (di awal tahun 1950s) yang menunjukkan adanya 2 periodisitas DNA, yakni 3.4 dan 34 . Watson dan Crick membuat model 3-D dari data tersebut.
ASAM NUKLEAT
M1 RNA yang panjangnya 337 nukleotida sebagai bagian dari enzim RNase P (memproses tRNA) yang dimiliki oleh E. coli memiliki banyak struktur hairpin loops Rangkaian RNA acakpun dapat membentuk struktur (60-70%)
Pasangan G-U juga ditemukan, karena secara termodinamika dimungkinkan. Beberapa bagian lain dapat berpasangan sehingga membentuk lipatan tersier.
Replikasi: Pembentukan salinan tepat dari suatu molekul. Replikasi DNA merupakan sesuatu yang sangat penting bagi kehidupan karena hal ini yang memulai pembentukan keturunan. Transkripsi: Penyalinan informasi genetik yang disimpan dalam DNA membentuk RNA Translasi: Penterjemahan informasi genetik yang telah tersalin dalam bentuk RNA menjadi polipeptida yang tersusun atas urutan asam amino tertentu Fungsi-fungsi ini pada molekul sekompleks DNA, RNA, dan polipeptida harus dilaksanakan tanpa kesalahan (kesalahan mengakibatkan mutasi). Oleh karenanya, perubahan kimia asam nukleat harus dicegah, dimonitor, dikendalikan, dan diperbaiki bila diperlukan.
Fisik Denaturasi (Meleleh) Renaturasi (Menempel) Tergores (Aus) Kimia Replikasi, sintesis Pemotongan Deaminasi Depurinasi Crosslinking Alkilasi Oksidasi
DENATURASI DNA
Untaian benang DNA dapat dipisahkan (didenaturasi) oleh peningkatan suhu, oleh karenanya disebut pelelehan DNA. Proses ini dapat diikuti dengan mengamati serapan sinar ultraviolet oleh DNA. Basa DNA yang berikatan dengan pasangannya menyerap sinar uv lebih sedikit daripada DNA yang terlepas; hal ini disebut hypochromism.
Temperatur pelelehan (melting temperature, Tm) adalah titik tengah dari bagian kurva pelelehan yang linier. Bagaimana bentuk kurvanya?
Gambar mikroskop elektron di samping menunjukkan DNA yang mengalami denaturasi sebagian oleh pemanasan. Anak panah merah menunjukkan daerah yang menjadi untai tunggal, yang tampak seperti gelembung (bubble).
Apakah bagian yang mengalami denaturasi paling awal selalu sama tiap kali DNA didenaturasi menggunakan panas? Kalau ya kenapa, kalau tidakpun kenapa? Apakah ciri-ciri daerah Bubble?
Tm tergantung pH, kekuatan ion, panjang DNA, dan komposisi basa DNA
Denaturasi merupakan akibat dari rusaknya interaksi yang menstabilkan struktur DNA: Ikatan Hidrogen Kumpulan Base Renaturasi dari untai DNA yang terpisah terjadi melalui 2 tahap. Renaturasi dari untai DNA yang mengalami denaturasi parsial terjadi melalui 1 tahap yang cepat
ANNEALING: HIBRIDISASI
Percobaan:
DNA manusia dan lalat yang mengalami denaturasi total. Cuplikan DNA terdenaturasi dicampur dan dibiarkan pada suhu ~ 65 C selama beberapa jam Dalam kondisi ini basa-basa yang berpasangan akan mengalami annealing. Sebagian besar DNA lalat akan anneal dengan DNA lalat; sedangkan DNA manusia akan anneal dengan DNA manusia Beberapa potongan DNA lalat akan anneal dengan potongan DNA manusia membentuk hybrid duplexes. Hal ini menunjukkan adanya bagian yang sama antara DNA manusia dan lalat sebagai bukti adanya kesamaan nenek moyang.
REPLIKASI DNA
Pada replikasi DNA, masingmasing untai DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai pasangannya yang baru, menghasilkan dua molekul DNA. Cara ini disebut cara replikasi semikonservatif. Replikasi cara semikonservatif membutuhkan pemisahan untai DNA (pelelehan sebagian, atau denaturasi) sehingga untai tetua menjadi cetakan.
Apa akibatnya?
DEAMINASI BASA
Basa nukleotida dapat mengalami kehilangan gugus amino eksosiklik secra spontan (deamination). Pada kondisi dalam sel, deaminasi sitosin dari DNA terjadi dengan frekuensi satu di antara 107 residu setiap 24 jam. Deaminasi A dan G terjadi pada frekuensi 1/10nya.
berubah menjadi
urasil Urasil yang dihasilkan berpasangan dengan A (C seharusnya berpasangan dengan G) Hal ini mengakibatkan penggantian G menjadi A di untai DNA pasangannya
Uracil
U, sering
terjadi. Hal ini bersifat mutagenik (kenapa?) Enzime urasil glikosilase mengenali U di DNA dan memotong ikatan glikosidanya untuk menghilangkan basa ini. Sel mutan yang tidak memiliki urasil glikosilase sering mengalami mutasi G-C menjadi A-T.
DEPURINASI
Ikatan N-b-glikosil yang terjadi antara basa nitrogen dengan gula deoksiribosa dapat mengalami hidrolisis. Hal ini terjadi lebih cepat pada basa purin dibandingkan dengan basa primidin. 1/100.000 purin hilang dari DNA setiap 24 jam. Depurinasi RNA berlangsung lebih lambat.
CROSSLINKING OF BASES
Dimer pirimidin dapat terjadi karena paparan sinar UV. Paling sering ditemukan pada T yang berdampingan dalam untai DNA yang sama. Membentuk siklobutana, atau dimer berikatan 6-4. Sinar X dan sinar g (gamma) dapat menyebabkan pemecahan struktur cincin dan fragmentasi basa nitrogen.
SENYAWA KIMIA PENGALKILASI BERBAHAYA BAGI ANAK-ANAK DAN MAHLUK HIDUP LAINNYA
Nitrogen
mustard. Digunakan pada penangan penyakit Hodgkin dan tumor otak. Gejala awal akibat paparan: iritasi pada kulit, mata dan saluran pernapasan, terasa terbakar dan melepuh. Dampak jangka panjang: leukemia.