You are on page 1of 29

PROSES YANG TERJADI PADA DNA

STRUKTUR DNA
Terdiri

dari dua untai rangkaian nukleotida yang saling melilit kekanan dengan aksis yang sama. Satu lilitan berukuran 36 , atau tersusun atas 10,5 pasangan basa. Struktur utama, yang merupakan rangkaian deoksiribosa yang berselangseling dengan gugus fosfat, berada di bagian luar lilitan. Pasangan basa purin dan pirimidin dari masing-masing untaian mengisi bagian dalam lilitan.

UNTAIAN BENANG DNA


Pasangan benamg DNA bukan identik tetapi berpasangan. C berpasangan dengan G, sedangkan A dengan T. Kedua benang DNA berpasangan secara antiparallel. Urutan basa ditulis dari ujung yang memiliki fosfat bebas di atom C no 5' dari gugus deoksiribosanya ke arah ujung

yang memiliki hidroksil bebas di atom C no 3' dari gugus deoksiribosanya.


Struktur ini sangat sesuai untuk penyimpanan dan transfer informasi!

IKATAN BASA DALAM DNA

Pasangan basa C-G (merah) dan A-T (biru) merupakan pasangan isosterik (bentuk dan ukurannya sama), sehingga memungkinkan pengisian ruang antar lilitan yang tidak dipengaruhi oleh urutan basa penyusunnya.

Pengisian ruang antar lilitan.

PENEMUAN STRUKTUR DNA

Franklin memperoleh data difraksi sinar x (di awal tahun 1950s) yang menunjukkan adanya 2 periodisitas DNA, yakni 3.4 dan 34 . Watson dan Crick membuat model 3-D dari data tersebut.

ASAM NUKLEAT

36 pasangan basa Struktur penopang - biru; Basa- abu-abu

Konformasi B Konformasi DNA. Konformasi A Konformasi RNA.

RINGKASAN STRUKTUR ASAM NUKLEAT

RNA MEMILIKI STRUKTUR YANG BERAGAM


Pasangan basa Watson-Crick (bagian yang membentuk heliks; konformasi A). Heliks adalah struktur sekunder.

Perhatikan pasangan A-U di RNA


DNA juga dapat membentuk struktur seperti ini.

M1 RNA yang panjangnya 337 nukleotida sebagai bagian dari enzim RNase P (memproses tRNA) yang dimiliki oleh E. coli memiliki banyak struktur hairpin loops Rangkaian RNA acakpun dapat membentuk struktur (60-70%)

RNA berukuran besar membentuk struktur kompleks


G-U pairs

Pasangan G-U juga ditemukan, karena secara termodinamika dimungkinkan. Beberapa bagian lain dapat berpasangan sehingga membentuk lipatan tersier.

RNA MEMBENTUK STRUKTUR TERSIER


RNA untai tunggal dalam heliks memilin ke kanan Hijau = Struktur utama tRNAPhe dari khamir (1TRA)

Bentuk kepala palu dari ribozim (1MME)

Intron T. thermophila, Suatu ribozim (enzim dari RNA) (1GRZ)

REAKSI PADA ASAM NUKLEAT

Replikasi: Pembentukan salinan tepat dari suatu molekul. Replikasi DNA merupakan sesuatu yang sangat penting bagi kehidupan karena hal ini yang memulai pembentukan keturunan. Transkripsi: Penyalinan informasi genetik yang disimpan dalam DNA membentuk RNA Translasi: Penterjemahan informasi genetik yang telah tersalin dalam bentuk RNA menjadi polipeptida yang tersusun atas urutan asam amino tertentu Fungsi-fungsi ini pada molekul sekompleks DNA, RNA, dan polipeptida harus dilaksanakan tanpa kesalahan (kesalahan mengakibatkan mutasi). Oleh karenanya, perubahan kimia asam nukleat harus dicegah, dimonitor, dikendalikan, dan diperbaiki bila diperlukan.

TRANSFORMASI ASAM NUKLEAT

Fisik Denaturasi (Meleleh) Renaturasi (Menempel) Tergores (Aus) Kimia Replikasi, sintesis Pemotongan Deaminasi Depurinasi Crosslinking Alkilasi Oksidasi

DENATURASI DNA

Untaian benang DNA dapat dipisahkan (didenaturasi) oleh peningkatan suhu, oleh karenanya disebut pelelehan DNA. Proses ini dapat diikuti dengan mengamati serapan sinar ultraviolet oleh DNA. Basa DNA yang berikatan dengan pasangannya menyerap sinar uv lebih sedikit daripada DNA yang terlepas; hal ini disebut hypochromism.

PERCOBAAN PELELEHAN DNA

Temperatur pelelehan (melting temperature, Tm) adalah titik tengah dari bagian kurva pelelehan yang linier. Bagaimana bentuk kurvanya?

UNTAIAN BENANG DNA YANG TERDENATURASI SEBAGIAN

Gambar mikroskop elektron di samping menunjukkan DNA yang mengalami denaturasi sebagian oleh pemanasan. Anak panah merah menunjukkan daerah yang menjadi untai tunggal, yang tampak seperti gelembung (bubble).

Apakah bagian yang mengalami denaturasi paling awal selalu sama tiap kali DNA didenaturasi menggunakan panas? Kalau ya kenapa, kalau tidakpun kenapa? Apakah ciri-ciri daerah Bubble?

PELELEHAN DAN PENEMPELAN (MELTING AND ANNEALING) DNA


Denaturasi DNA bersifat dapat balik (reversible). Pembentukan DNA double heliks dari DNA yang mengalami denaturasi disebut annealing (penempelan). Penurunan suhu hingga di bawah Tm (perubahan pH, kekuatan ion, dll.) mengakibatkan annealing.

Tm tergantung pH, kekuatan ion, panjang DNA, dan komposisi basa DNA

DENATURASI DAN ANNEALING

Denaturasi merupakan akibat dari rusaknya interaksi yang menstabilkan struktur DNA: Ikatan Hidrogen Kumpulan Base Renaturasi dari untai DNA yang terpisah terjadi melalui 2 tahap. Renaturasi dari untai DNA yang mengalami denaturasi parsial terjadi melalui 1 tahap yang cepat

ANNEALING: HIBRIDISASI
Percobaan:

DNA manusia dan lalat yang mengalami denaturasi total. Cuplikan DNA terdenaturasi dicampur dan dibiarkan pada suhu ~ 65 C selama beberapa jam Dalam kondisi ini basa-basa yang berpasangan akan mengalami annealing. Sebagian besar DNA lalat akan anneal dengan DNA lalat; sedangkan DNA manusia akan anneal dengan DNA manusia Beberapa potongan DNA lalat akan anneal dengan potongan DNA manusia membentuk hybrid duplexes. Hal ini menunjukkan adanya bagian yang sama antara DNA manusia dan lalat sebagai bukti adanya kesamaan nenek moyang.

Bagaimana jika DNA manusia dan simpanse?

REPLIKASI DNA
Pada replikasi DNA, masingmasing untai DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai pasangannya yang baru, menghasilkan dua molekul DNA. Cara ini disebut cara replikasi semikonservatif. Replikasi cara semikonservatif membutuhkan pemisahan untai DNA (pelelehan sebagian, atau denaturasi) sehingga untai tetua menjadi cetakan.

NUCLEIC ACIDS CAN BE CHEMICALLY ALTERED


Deaminasi Depurinasi Crosslinking Alkilasi Oksidasi

Apa akibatnya?

DEAMINASI BASA
Basa nukleotida dapat mengalami kehilangan gugus amino eksosiklik secra spontan (deamination). Pada kondisi dalam sel, deaminasi sitosin dari DNA terjadi dengan frekuensi satu di antara 107 residu setiap 24 jam. Deaminasi A dan G terjadi pada frekuensi 1/10nya.

Can now pair with

MUTASI KARENA DEAMINASI


Deaminasi C bersifat mutagenik. Sitosin yang mengalami deaminasi

berubah menjadi

urasil Urasil yang dihasilkan berpasangan dengan A (C seharusnya berpasangan dengan G) Hal ini mengakibatkan penggantian G menjadi A di untai DNA pasangannya

Uracil

TIMIN DALAM DNA MEMUNGKINKAN KOREKSI ATAS KESALAHAN


Mengapa U hanya ada di RNA, dan T di DNA? Deaminasi spontan dari C, yang menghasilkan

U, sering

terjadi. Hal ini bersifat mutagenik (kenapa?) Enzime urasil glikosilase mengenali U di DNA dan memotong ikatan glikosidanya untuk menghilangkan basa ini. Sel mutan yang tidak memiliki urasil glikosilase sering mengalami mutasi G-C menjadi A-T.

DEPURINASI
Ikatan N-b-glikosil yang terjadi antara basa nitrogen dengan gula deoksiribosa dapat mengalami hidrolisis. Hal ini terjadi lebih cepat pada basa purin dibandingkan dengan basa primidin. 1/100.000 purin hilang dari DNA setiap 24 jam. Depurinasi RNA berlangsung lebih lambat.

CROSSLINKING OF BASES
Dimer pirimidin dapat terjadi karena paparan sinar UV. Paling sering ditemukan pada T yang berdampingan dalam untai DNA yang sama. Membentuk siklobutana, atau dimer berikatan 6-4. Sinar X dan sinar g (gamma) dapat menyebabkan pemecahan struktur cincin dan fragmentasi basa nitrogen.

KERUSAKAN DNA KARENA UV


Pembentukan dimer siklobutan pirimidin dimer mengakibatkan tekukan pada heliks DNA. Hal ini terjadi 50-100 kali setiap detik pada sel-sel kulit yang disebabkan oleh sengatan sinar matahari. Sebagian besar kerusakan ini dikenali dan segera diperbaiki. Jika kerusakan tidak diperbaiki, mutasi permanen akan terjadi. Mutasi CC menjadi TT terjadi juka dimer CC salah berpasangan dengan dua basa adenin. Hal ini yang ditemukan pada gen p53 pada kasus kanker kulit.

MUTASI KARENA METILASI

ALKILASI KARENA PAPARAN KIMIA

Dimetilsulfat dapat memetilasi guanin sehingga menghasilkan O6-metilguanin. Apa akibatnya?

SENYAWA KIMIA PENGALKILASI BERBAHAYA BAGI ANAK-ANAK DAN MAHLUK HIDUP LAINNYA

Nitrogen

mustard. Digunakan pada penangan penyakit Hodgkin dan tumor otak. Gejala awal akibat paparan: iritasi pada kulit, mata dan saluran pernapasan, terasa terbakar dan melepuh. Dampak jangka panjang: leukemia.

You might also like