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6. La transcripcin
Cuando se supo que las protenas se sintetizan en el citoplasma, result evidente que tena que existir un intermediario entre los genes del ncleo y las fbricas de protenas que son los ribosomas. Este mensajero tena que ser un polinucletido. La transcripcin consiste en la formacin o sntesis de una molcula de ARN complementaria de un fragmento de una de las cadenas de ADN. La sntesis de ARN cumple una serie de requisitos: - Todos los ARN, mensajeros, ribosmicos y transferentes, se sintetizan a partir de nucletidos trifosfato, por medio de reacciones catalizadas por las enzimas RNApolimerasas y gracias a la informacin contenida en el ADN, que sirve de patrn o molde. - La sntesis se produce por complementariedad. La cadena de ARN que se forma es complementaria de un fragmento de una de las cadenas de ADN que componen la doble hlice. Ser un fragmento de una u otra en funcin de las secuencias de nucletidos especficas que reconoce a RNA- polimerasa. En la cadena de ARN no aparecer la base timina, que ser sustituida por uracilo.

El resultado de la transcripcin es un RNA transcrito primario, que slo en algunos casos ser RNA mensajero. En otros sufrir un proceso de maduracin para convertirse en los RNA que intervienen en la sntesis de protenas (mensajeros, ribosmicos y transferentes). Existen diferencias entre la sntesis de ARN en las clulas procariotas y las eucariotas.

6.1 La transcripcin en procariotas

Fue descubierta en E. coli. Comprende las siguientes fases: - Iniciacin, o ensamblaje de las molculas - Elongacin, o crecimiento de la cadena de RNA - Terminacin, o conclusin de la sntesis - Maduracin, o transformacin del RNA transcrito, en ciertos casos.

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6.1.1 Primera fase: Iniciacin

El ADN patrn o molde, posee los llamados centros promotores, constituidos por una determinada secuencia que indica el lugar de unin de la ARN-polimerasa. En las bacterias existen dos centros promotores, que estn perfectamente localizados e identificados. La funcin de estos centros promotores es indicar donde se inicia la transcripcin, en cul de las dos cadenas y en qu punto exacto.

6.1.2 Segunda fase: Elongacin

La RNA-polimerasa separa las fibras de ADN y se forma una burbuja que recorre el DNA en la direccin de lectura de la fibra patrn: de 3a 5ya que la direccin de sntesis del RNA es de 5a 3. La energa necesaria para la unin de los nucletidos procede de la hidrlisis de los enlaces fosfato.

6.1.3 Tercera fase: Terminacin.

En el DNA molde existen seales de terminacin, que son reconocidas por la RNA-polimerasa y desencadenan la separacin de la enzima, del DNA y del RNA transcrito. En E. coli se descubrieron dos mecanismos de terminacin. En unos casos interviene una protena o factor (rho) que reconoce una seal de terminacin.

6.1.4 Cuarta fase: Maduracin.

El RNA sintetizado es ya ARN mensajero sin apenas modificaciones. Ser traducido en la sntesis de protenas, y no necesita maduracin. Los RNA ribosmicos y los transferentes se forman a partir de la maduracin de los transcritos primarios. Esta maduracin consiste en diversas modificaciones que se producen gracias a la intervencin de nucleasas especficas (realizan diversos cortes y empalmes).

6.2 La transcripcin en eucariotas

En las clulas eucariotas a transcripcin se lleva a cabo en el ncleo. Consideraciones: La mayora de los genes estructurales (los que codifican protenas) estn fragmentados, es decir, son discontinuos. Las interrupciones son secuencias
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intermedias que no codifican protenas y que se denominan intrones. Las regiones que codifican las protenas son los exones. Se transcriben tanto unos como otros, y en el proceso de maduracin se eliminan las secuencias de intrones, para formar un RNA mensajero que contiene la informacin continua para la sntesis de la protena. En eucariontes existen tres tipos de RNA-polimerasas diferentes con funciones distintas: - RNA-polimerasa I. Transcribe para la obtencin de ARN ribosmicos. Se localiza en el nuclolo. - RNA-polimerasa II. Sintetiza los precursores de ARN mensajeros. Se encuentra en el nucleoplasma. - RNA-polimerasa III. Transcribe los precursores de ARN transferentes y un tipo de RNA ribosmico. En eucariontes, el DNA est asociado a histonas formando los nucleosomas. Se observ que en genes que se transmiten continuamente, el ADN est siempre extendido, en otros siempre est, aparentemente, en forma de nucleosomas, y en otros hay transicin a la forma extendida slo durante la transcripcin. Al igual que en los procariontes, la transcripcin se lleva a cabo en un proceso en el que se distinguen varias fases: iniciacin, elongacin, terminacin y maduracin.

6.2.1 Primera fase: Iniciacin

El DNA eucaritico tiene centros promotores. El ms frecuente es el llamado compartimento TATA. Adems en los eucariontes superiores, muchos centros promotores son activados por secuencias intensificadoras, que pueden estar muy alejadas del lugar de iniciacin y que estimulan la transcripcin de determinados genes. Estas secuencias intensificadoras se activan por protenas reguladoras que forman complejos con hormonas esteroides.

6.2.2 Segunda fase: Elongacin

La cadena de ARN crece en direccin de 5a 3. Se transcriben exones e intrones. Cuando ya van unos 30 nucletidos transcritos, al extremo 5del RNA sintetizado se le une un casquete o caperuza de metilguanosina trifosfato, que protege este extremo del ataque de las nucleasas cuando el ARN sale del ncleo hacia los ribosomas citoplasmticos.

6.2.3 Tercera fase: Terminacin

Aunque no se conocen bien las seales de terminacin de la transcripcin, parece que una de las secuencias posibles es TTATTT, que se transcribe como AAUAAA. En cuanto se produce la separacin del ARN transcrito, la enzima poli-A-polimerasa aade al extremo 3del ARN transcrito primario un segmento de unos 200 ribonucletidos de adenina, la llamada cola de poli-A

6.2.4 Cuarta fase: Maduracin

Este RNA transcrito primario se transforma en gran medida en el ncleo hasta constituir el RNA mensajero. La transformacin ms importante consiste en la eliminacin de los fragmentos correspondientes a los intrones. La realiza la enzima ribonucleoprotena pequea nuclear (RNPpn). Esta enzima contiene unas secuencias que son complementarias de las de los
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extremos de los intrones. Al asociarse, el intrn se curva y se desprende. A continuacin actan unas RNA-ligasas especficas que empalman los exones. El RNA mensajero ya maduro sale el citoplasma.

Para los RNA ribosmico y transferente, adems de la eliminacin de los intrones se produce una modificacin de las bases, necesaria para poder lograr la estructura espacial de estos cidos nucleicos. Algunos antibiticos corrientes utilizados cuando uno enferma, por ejemplo la actinomicina D, inhiben la transcripcin en bacterias al unirse al ADN, y por este motivo son utilizados en infecciones bacterianas. Algunas setas como Amanita phaloides contienen tambin substancias que inhiben la transcripcin en eucariotas, adems de otras que afectan la estructura del citoesqueleto y, de ah, su elevada peligrosidad para el hombre.

6.3 La reversotranscripcin
Mientras que la transcripcin es la copia de la informacin contenida en una molcula de DNA y el paso de la misma a una molcula de ARN, la reversotranscripcin, descubierta en 1970, es la copia de la informacin contenida en el RNA y su paso a DNA, gracias a la enzima retrotranscriptasa, reversotranscriptasa o transcriptasa inversa.

7. El cdigo gentico.
La ltima finalidad del ARNm es la de ser traducido en los ribosomas y, con su informacin, permitir la sntesis de una secuencia polipeptdica. Ante esto, la clula debe utilizar un cdigo de traduccin en el que se establezcan las correspondencias entre las combinaciones de bases en la secuencia de ARNm y el aminocido que le corresponde en el nuevo polipptido. Este cdigo gentico (clave que permite pasar de secuencias de nucletidos a aminocidos, descubierto en 1966 gracias a S. Ochoa y otros) result prcticamente universal (excepto por
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ejemplo en las mitocondrias y en algunos ciliados que tienen ligeras diferencias), pues est presente en casi toda forma de vida. Esta universalidad es consecuencia de que se trata de unas correspondencias que ya quedaron establecidas muy temprano en la historia de la vida, permaneciendo inmutables a lo largo de la evolucin. Por otra parte, ya que las correspondencias se establecen entre tripletes de bases y 20 aminocidos, existen 64 combinaciones posibles de tripletes. Consecuentemente existen secuencias que a pesar de ser distintas codifican un incluso aminocido (sinnimas), as la Phe est codificada por UUU o tambin UUC. Se dice por esto que el cdigo gentico es degenerado Incluso, existen tres combinaciones que no se relacionan con ningn aminocido, son los tripletes sin sentido, que son utilizados como signos de puntuacin para indicar el fin de la traduccin.

Este cdigo gentico se refiere los tripletes del ARNm, es decir, sus codones. Y estos son complementarios de los anticodones de los RNA transferentes que son los que portan los aminocidos.

8. La traduccin: biosntesis de protenas

Consiste en la sntesis de nuevos polipptidos siguiendo el orden determinado por la secuencia de nucletidos del RNAm. En la traduccin estn implicados: - El RNAm que lleva el mensaje - Los ribosomas, que leen este mensaje y construirn protenas - Los RNAt, que se encargan de transportar aas desde el citoplasma, para su incorporacin a la cadena peptdica - Enzimas, ATP, aas ... La traduccin puede ocurrir: en los ribosomas del retculo endoplasmtico rugoso, si las protenas fabricadas van a ingresar en el retculo o van a ser secretadas o en los ribosomas libres del citoplasma, si las protenas quedan en el citoplasma. En la biosntesis de protenas se pueden diferenciar las siguientes etapas:
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1. Activacin de los aas 2. Traduccin: iniciacin de la sntesis, elongacin de la cadena polipeptdica y terminacin de la sntesis 3. Asociacin de varias cadenas polipeptdicas y, las veces, de grupos prostticos, para construir las protenas.

8.1 Activacin de los aminocidos

Para que cada aminocido pueda participar en la codificacin de la nueva secuencia polipeptdica, antes debe activarse, es decir, unirse la un RANt especfico. Existen 20 aminocidos diferentes, por lo que como mnimo han de existir otros tantos RNAt distintos (en realidad existen muchos ms, ya que el cdigo gentico presenta tripletes sinnimos). Cada uno tiene una pequea secuencia caracterstica de tres nucletidos llamada anticodn que es complementaria del codn del RNAm. Cada ARNt presenta adems: - Un lugar por donde se une el aa -extremo 3- Un lugar por donde se une al ribosoma - Un lugar por donde se une la enzima activadora del aa. La enzima activadora de los aminocidos es la aminoacil-ARNt-sintetasa. Los aas, en presencia de esta enzima y de ATP, son capaces de asociarse a su ARNt especfico y dar lugar a un aminoacil-ARNt (aa activado), liberndose AMP, PPi y quedando libre la enzima para volver a actuar. La unin del aa con su ARNt especfico se realiza entre el grupo carboxilo (del aa) y el radical -OH del extremo 3del ARNt. aa + ARNt + ATP + Enz Aminoacil-ARNt + AMP + Ppi + Enz

8.2 Traduccin
Para iniciar la sntesis de una nueva secuencia polipeptdica, en el citoplasma de las clulas deben estar presentes varios elementos: Toda la gama necesaria de aminocidos activados. El RNAm transcrito del DNA y listo para ser ledo. Las dos subunidades de cada ribosoma. Los factores proteicos que participarn en la traduccin. Energa qumica en forma de GTP.
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8.2.1 Iniciacin
En el extremo 5 del RNAm existe una zona denominada lder, necesaria junto con la capucha (ve antes del lder), para el encaje de este con la subunidad menor del ribosoma. Al final de esta pequea secuencia lder siempre aparece un triplete o codn de inicio (AUG) que determina el inicio de la secuencia verdaderamente codificable. A continuacin, sobre este triplete de inicio se sita el RNAt que presenta el anticodn complementario (UAC) y que adems porta el aminocido Met. Este ser el primer aminocido de todas las protenas, aunque posteriormente ser eliminado enzimaticamente. La iniciacin termina con la unin de la subunidad mayor, junto con los factores proteicos de iniciacin y el GTP que aporta energa. Queda as constituido el llamado complejo ribosmico, preparado para originar el resto de la cadena proteica. En este complejo quedan delimitadas dos zonas: la zona del peptidilo (P) ocupado por el transferente de la Met; y la zona del aminoacilo (A), en principio vaco.

8.2.2 Elongacin
Para continuar el proceso es necesario que se incorpore un nuevo aminocido activado (con su transfer) en el sitio A, de tal manera que el anticodn de este RNAt se complemente con el codn situado en esa zona (por ejemplo UUC como codn que se corresponde con Phe). A continuacin se forma el enlace peptdico entre ambos aminocidos, el ubicado en el lugar P (Met) y el nuevo en el lugar A (Phe). La reaccin de formacin del enlace peptdico est catalizada por la enzima peptidil-transferasa. Como consecuencia se deshace la unin entre el primer aminocido y su transfer, quedando este libre. El ribosoma se desplaza hacia el extremo 3del ARNm tres nucletidos (translocacin ribosomial), entrando un nuevo codn en el sitio A, y situndose la cadena de aminocidos unida al ltimo RNAt en el sitio P. Como ahora vuelve a estar vaco el sitio A, un nuevo aminocido activado se incorpora a l, pero solo aquel que tenga un transfer con un anticodn que sea complemen tario del codn que se est leyendo en ese lugar.

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8.2.3 Terminacin
Cuando en el sitio A entra un codn no codificador tal como UAG, UAA o UGA, no existe ningn transfer que pueda encajar en l y, en su lugar, lo hacen un grupo de protenas llamadas factores de liberacin, que precisan gasto de GTP para actuar. Cuando estos se sitan en el sitio A se bloquea la traduccin, se desprende la nueva cadena polipeptdica y termina disocindose el complejo ribosmico. Tanto en eucariotas como en procariotas la sntesis de protenas debe realizarse lo ms rpidamente posible y en la cantidad suficiente para que estas entren en funcionamiento inmediatamente. Por eso, cada vez que un gen se abre para ser transcrito, se hacen mltiples copias de RNAm que salen hasta el citoplasma para traducirse. Adems, un mismo RNAm, si es lo suficientemente largo, puede ser traducido por varios ribosomas a la vez, un detrs de otro. Se puede observar al microscopio electrnico como un rosario de ribosomas que se denomina polirribosoma o polisoma.

8.3 Asociacin de varias cadenas polipeptdicas para formar protenas

A medida que se va sintetizando la cadena polipeptdica, sta va adoptando una determinada estructura secundaria y terciaria mediante los enlaces por puentes de H y de los enlaces disulfuro. Tras finalizar la traduccin hay protenas enzimticas que ya son activas y otras que precisan eliminar algunos aminocidos para serlo. Generalmente se produce la separacin del aminocido Met (aminocido iniciador). Algunas enzimas necesitan asociarse a iones o a coenzimas para ser eficaces. Las protenas pueden estar constituidas por una cadena polipeptdica o por varias subunidades, que pueden ser iguales o diferentes segn el gen que las codific.

9. Regulacin de la expresin gnica

La complejidad del metabolismo le permite a la clula (y a todos los ser vivos) adaptar determinadas caractersticas del mismo a las circunstancias del momento. Estas alteraciones metablicas se deben a algn cambio cuantitativo o cualitativo en las protenas que se sintetizan en el citoplasma y, por lo tanto, controlando estos parmetros proteicos la clula puede hacer variar su actividad y estructura interna. El mecanismo ms importante de control radica en la regulacin de la sntesis de las protenas, ya a nivel de la propia transcripcin del DNA.

9.1 Regulacin en procariotas

En el 1961, Jacob y Monod, postularon un posible mecanismo de regulacin en E. Coli, que denominaron opern; concretamente ellos estudiaron el opern para la lactosa u opern lac. Para Jacob y Monod, el opern es un conjunto de genes que codifican las protenas que intervienen en un determinado proceso metablico ms un centro de control o secuencia asociada que permite o no su transcripcin. El opern est constituido por: Un promotor (p): secuencia del DNA a la que se une la RNA pol para la transcripcin. Un operador (o): secuencia inmediatamente anterior a los genes estructurales y que puede ser bloqueada por una protena represora. Genes estructurales (x, y, z): codifican las protenas de un proceso metablico Gen regulador (r): codifica la protena represora.

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Cuando la bacteria se encuentra en uno medio rico en lactosa y pobre en glucosa, utiliza la lactosa como fuente de carbono. En el metabolismo de la lactosa intervienen ciertas enzimas que estn codificadas por genes estructurales contiguos (x que codifica la enzima galactosidasa, necesaria para la hidrlesis de la lactosa, y que codifica una permeasa, necesaria para la entrada de la lactosa en la clula y z, que codifica una transacetilasa de funcin no totalmente conocida). Cuando hay glucosa en el medio, la bacteria puede utilizarla y entonces el gen regulador se transcribe y produce una protena represora que se une al operador impidiendo la transcripcin de los genes estructurales. Si hay lactosa pero no glucosa, la lactosa acta como inductor y se une a la protena represora, impidiendo que esta bloquee al operador, con el cual pueden transcribirse los genes estructurales que permiten el metabolismo de la lactosa. El sentido de estos sistemas de control (operones) es producir las enzimas en funcin de las necesidades. Cuando se encuentra un determinado nutriente, se transcriben los genes de las enzimas necesarias para su aprovechamiento. Si el nutriente se agota, la maquinaria enzimtica es intil y no se sintetiza.

9.2 Regulacin en eucariotas

De la complejidad de los organismos eucariontes se deriva algo obvio: los mecanismos de regulacin de la expresin gnica son muy variados y complejos. Aunque la transcripcin es tambin el principal punto de control en las clulas eucariotas, hace falta explicar otra consecuencia de la regulacin de la expresin de los genes: la diferenciacin celular. Las clulas de un organismo pluricelular constituyen diferentes tejidos que desempean distintas funciones. Como su contenido gentico (DNA) es el mismo, la expresin gnica debe ser diferente. La regulacin de la expresin gnica en las clulas eucariotas no se conoce con precisin. Con todo, existen algunos datos que estn esclareciendo esta cuestin tan compleja: - La mayor parte del DNA de una clula eucariota se encuentra en el ncleo, empaquetado en la cromatina, gracias a la unin con las histonas. Para que el DNA se pueda transcribir es preciso que se relaje la cobertura de histonas. - Slo una pequea porcin de los genes de una clula eucariota se transcribe a protenas. La mayor parte del DNA no codifica protenas y contiene numerosas secuencias repetitivas. - En las clulas eucariotas, la transcripcin tiene que ser activada, hecho que se produce por la unin al DNA de determinados factores de transcripcin. - De los RNA transcritos primarios se eliminan las secuencias que corresponden a los intrones. Se observ algn caso en el que, en diferentes tejidos, se originan ARN mensajeros diferentes desde el mismo transcrito primario.
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Las posibilidades de regulacin son muy variadas, pero la clave est en la unin de protenas a lugares especficos del DNA. En las clulas eucariotas, adems de la secuencia promotora, existen otras que pueden estar muy alejadas del lugar de iniciacin, pero que son sitios de unin especficos que activan la transcripcin. Son las secuencias intensificadoras. As en los linfocitos B, determinadas protenas se unen a secuencias intensificadoras para activar la transcripcin y formar anticuerpos. Las hormonas proteicas, como la insulina, son hidrfilas y pueden actuar sobre receptores especficos de la membrana y desencadenar una serie de seales que provocan que ciertas protenas nucleares se unan al DNA y provoquen la transcripcin. En la transmisin de seales, el segundo mensajero es el AMP cclico. Las hormonas esteroideas (estrgenos, corticoides) pueden penetrar en la clula a travs de la membrana ya que son hidrfobas. En el citoplasma se unen a protenas receptoras que transportan al ncleo el complejo formado y se unen a un intensificador del ADN. Otras molculas proteicas que se unen en lugares concretos del DNA; son las protenas con dedos de zinc, estructura polipeptdica mantenida por iones de Zn, y las protenas cremallera de leucina, en forma de Y, que se unen al DNA y desencadenan la transcripcin de un considerable n de genes.

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