Informacioni putevi.

Geni i hromosomi

Centralna dogma molekularne biologije pokazuje tok informacije preko replikacije, transkripcije i translacije. Termindogmauveo je F.Crick u vrijeme kada je malo dokaza podupiralo ovu ideju. Bakterije obino sadre samo jedan hromozom po eliji i samo jednu kopiju svakog gena.Regulatorne sekvence i geni ine najvei dio DNA u prokariota.Geni u prokariota su precizno kolinearni sa RNA i aminokiselinskom sekvencom. Organizacija gena u eukariotskoj DNA funkcionalno i strukturno je mnogo kompleksnija. Oko 10% DNA sastoji se iz kratkih segmenata sa manje od 10 baznih parova koji se u eliji ponavljaju milionima puta. Nazvani su visokorepetitivne sekvence, jednostavnesekvence DNA ili satelitska DNA. Oko 20% DNA nalazi se u segmentima duine vee od nekoliko stotina baznih parova koje se ponavljaju najmanje 1000 puta; ova DNA oznaena je kao umjereno repetitivna. Jedan dio repetitivnih DNA spada u tzv. otpad DNA, koji je nekada bio funkcionalni dio DNA, a sada predstavlja ostatke evolucije. Preostalih 70% eukariotske DNA sastoji se od jedinstvenih segmenata i segmenata koji se ponavljaju samo nekoliko puta.Jedinstvene sekvenceu eukariotskim hromozomima predstavljaju glavninu gena. Centromere eukariotskih hromozoma su sekvence DNA na koje se tokom diobe elije veu proteini koji povezuju hromozom i diobeno vreteno. Ovo vezivanje je osnova za ravnomjernu i ureenu distribuciju hromozoma u elije keri. Sekvence centromera viih eukariota sadre satelitsku DNA. Tana uloga satelitske DNA u funkciji centromera jonije pojanjena.Telomere su sekvence na krajevima eukariotskih hromozoma koje pomau stabilizaciju hromozoma. Da bi se bolje razumio i pojasnio funkcionalni zanaaj pojedinih strukturnih karakteristika eukariotskih hromozoma konstruisani su vjetaki hromozomi. Najvei dio umjereno repetitivnih sekvenci sastoji se od 150 do 300 baznih parova koji se ponavljaju i koji su raspreni u genomu viih eukariota.Kod ovjeka, jedna klasa ovih ponavljajuih sekvenci duine oko 300 baznih parova je Alu familija. Stotine Alu sekvenci raspreno je u ljudskom genomu inei do 3% ukupne DNA. Restrikcione endonukleaze Alu I prepoznaju ovu sekvencu. Funkcija ove DNA jo nije poznata.

Intervencijski nizovi ili introni, ne kodiraju aminokiselinsku sekvencu polipeptidnog produkta. Na taj nain oni prekidaju inae kolinearnu uzajamnu vezu izmeu nukleotidne sekvence gena i aminokiselinske sekvence.Segmenti koji kodiraju aminokiselinsku sekvencu polipeptida nazivaju se egzoni. Geni za histone nemaju introna. U veini sluajeva funkcija introna nije pojanjena. Virusi generalno sadre znatno manje genetskih informacija nego elija, jer virusi koriste resurse elije domaina za procese vlastitog razmnoavanja.Infektivna virusna estica obino se sastoji iz genoma ( RNA ili DNA molekula) koji je okruen proteinskim omotaem.Gotovo svi biljni virusi, kao i neki bakterijski i ivotinjski virusi imaju RNA genome. Ovi genomi su maleni.Genomi DNA virusa jako variraju po veliini. Neki virusi sadre jednolananu, a ne dvolananu uzvojnicu DNA. Mnoge virusne DNA su cirkularne barem u dijelu svog ivotnog ciklusa.U toku replikacije virusa u eliji domainu, mogu se pojaviti specifini tipovi virusnih DNA koji se nazivaju replikativni oblici; na primjer mnoge linearne DNA postaju cirkularne molekule, a jednolanane DNA postaju dvolanane DNA. Bakterija sadri mnogo vie DNA od virusa.Jedna elija E.coli sadri stotinu puta vie DNA od estice bakteriofaga .Hromozom E.coli je jedna dvolanana cirkularna DNA molekula. Bakterijska DNA prema tome mora imati mnogo vre pakovanu tercijarnu strukturu od virusne DNA. Pored veoma velikog, cirkularnog DNA hromozoma u nukleoidu, bakterija sadri jednu ili vie malih, cirkularnih DNA molekula koje su slobodne u citosolu.Ovi ekstrahromozomski elementi nazivaju se plazmidi. Duina hromozoma E.coli (1,7 mm) u odnosu na veliinu elije E.coli (2m). Plazmidi sadre genetske informacije i podlijeu procesu replikacije. Pored bakterija plazmidi se nalaze u kvascu i nekim gljivama.U mnogim sluajevima plazmidi nisu posebno korisni za domaina i njihova jedina funkcija, ini se, da je samorazmnoavanje. Ali, neki plazmidi sadre gen koji bakteriju ini rezistentnom na antibakterijske agense.Plazmidi koji nose gen za laktamazu daju rezistentnost na -laktamske antibiotike kao to su penicilin i amoksicilin. Plazmidi se lako izoliraju iz elija kvasca i bakterija i koristan su model za istraivanje mnogih procesa u metabolizmu DNA.Oni su postali centralna komponenta modernih tehnologija za izolaciju, kloniranje i vjetaku modifikaciju gena.Geni razliitih vrsta mogu se ugraditi u izolirane plazmide.Izmijenjeni plazmid, koji sadri strani gen, ponovno se uvodi u eliju domaina. Strani gen se replicira i transkribira, tako da se pri ovomprocesu u

eliji domainu mogu sintetizirati proteini koje kodira strani gen ugraen u plazmid, mada taj gen nije dio normalnog elijskog genoma. DNA iz lizirane E.coli. Bijelim strelicama su oznaeni mali cirkularni plazmidi. elija kvasca koja je najjednostavnija eukariotska elija sadri etiri puta vie DNA od E.coli.Ljudske elije i elije mnogih drugih sisara sadre oko 600 puta vie DNA od E.coli.Genom eukariotskih elija sadri vie nekodirajue DNA. Glavnina ove nekodirajue DNA ima vanu ulogu u organizaciji strukture eukariotskog hromozoma. Ukupna duina cjelokupne DNA u jednoj ovjeijoj eliji iznosi oko 2 m, DNA u E.coli iznosi 1.7 mm. Stupanj kondenzacije DNA u ljudskim elijama je veoma velik. U nukleusu eukariotskih elija, u toku diobe, genetski je materijal rasporeen u hromozome, a broj hromozoma zavisi od vrste.Somatske elije ovjeka sadre 46 hromozoma. Svaki hromozom eukariotskih elija sadri jednu veoma veliku dvolananu DNA molekulu, koja je od 4 do 100 puta vea od molekule DNA u eliji E.coli.DNA molekule u 24 razliita tipa ljudskih hromozoma ( 22 koji se nalaze u paru, plus X i Y hromozomi koji odreuju spol) meusobno se razlikuju po duini preko 25 puta. Svaki tip hromozoma u eukariotskim elijama nosi karakteristian komplet gena. Eukariotske elije i u mitohondrijama i hloroplastima sadre DNA koja se po sekvenci baza razlikuje od DNA locirane u nukleusu. U mitohondrijama tipinih somatskih elija nalazi se manje od 0.1% ukupne elijske DNA, dok je u oploenoj jajnoj eliji i jajnoj eliji koja se dijeli, zbog velikog broja mitohondrija, relativna koliina mitohondrijske DNA mnogo vea. Molekule mitohondrijske DNA (mtDNA ) mnogo su manje od molekula DNA iz jedra elije. Mitohondrijska DNA ivotinjskih elija sadri manje od 20 000 baznih parova ( 16 569 baznih parova u ovjeijim mitohondrijama ), dvostruka je uzvojnica i ima cirkularni oblik. Evolucijsko porijeklo mitohondrijske i hloroplastne DNA predmet je mnogobrojnih spekulacija. iroko je prihvaeno miljenje da predstavljaju rudimente hromozoma pradavnih bakterija koje su se naselile u citoplazmu elija domaina.Mitohondrijska DNA kodira mitohondrijske tRNA i rRNA i nekoliko mitohondrijskih proteina.Preko 95% mitohondrijskih proteina kodira nuklearna DNA. Eukariotski hromozomi.Set hromozoma iz ljudskih leukocita. U svakoj somatskoj eliji ljudi ima 46 hromozoma. Mitohondrijska DNA se replicira svaki put kada se dijele mitohondrije, aprije diobe elije.

Najvei dio elijske DNA nalazi se u vidu superuzvojnice. Superuvijanje znai uvijanje uzvojnice. Superuvijanje je unutranja osobina tercijarne strukture DNA. Deava se u svim celularnim DNA i strogo ga regulira svaka elija. Postoje dva oblika superuzvojnica. Plektonemike superuzvojnice (usukana vlakna) su izduenog oblika. Solenoidno superuvijanje omoguava stvaranje daleko kompaktnijih superuzvojnica pa stoga dominira u ivim elijama. Hromozom predstavlja molekulu nukleinske kiseline koja je spremite genetske informacije u virusu, bakteriji, eukariotskoj eliji, ili, u nekoj organeli.U periodu koji prethodi diobi elije ili u toku same mitoze, eukariotski hromozomi u nukleusu imaju izgled otro ocrtanih tijela.U eukariotskim elijama koje nisu u fazi diobe, hromozomski materijal se naziva hromatin. Hromatin predstavlja rahlu, amorfnu strukturu, rasprenu u nukleusu.Kada se elije pripremaju za diobu, hromatin se kondenzuje i rasporeuje u odreeni broj hromozoma. Hromatin se sastoji od vlakana koja sadre proteine i DNA u priblino jednakoj koliini, te male koliine RNA. U hromatinu DNA je vrsto povezana s histonima, malim bazinim proteinima, koji se pakuju sa DNA u strukturne jedinice nukleozome. U hromatinu su prisutni i mnogobrojni nehistonski proteini, od kojih neki reguliraju ekspresiju specifinih gena. Nukleozomi su prvi nivo u strukturnoj organizaciji eukariotske hromozomske DNA. Perlicepredstavljaju komplekse histona i DNA. Perlica plus segment DNA koji je povezuje sa sljedeom perlicom ini nukleozom, koji se dalje pakuje i pri tome se upostavljaju vii nivoi u strukturi hromatina.Na taj nain molekula DNA se kondenzuje i konano dobija dimenzije koje joj umoguavaju smjetanje u elijski nukleus. Nukleosomi Pravilno rasporeeni nukleosomi sastoje se od histonskih kompleksa povezanih sa DNA. Perlica svakog nukleozoma sadri osam histonskih molekula: po dvije kopije H2A, H2B, H3 i H4.Uvijanjem DNA oko histona, DNA se kondenzuje za sedam puta. Pakovanjem u hromozome DNA se kondenzuje za 10.000 puta, to je dokaz postojanja viih nivoa u strukturnoj organizaciji hromozoma.

Postulirane strukture nukleozoma i hromatozoma. Sr nukleozoma se sastoji od priblino 146 bp DNA koja je 1,75 puta obavijena oko histonskog oktamera. Hromatozom, se sastoji od 166 bp DNA koja je 2 puta uvijena oko histonskog oktamera. H1 podjedinica histona se moe asocirati za hromatozom. Hromatozom koji sadri manje od 166 bp ne vee H1 podjedinicu histona. Histoni su prisutni u hromatinu svih eukariotskih elija. Relativna molekulska masa histona iznosi izmeu 11 000 i 21 000. Veoma su bogati baznim aminokiselinama argininom i lizinom. U eukariotskim elijama nalazi se pet glavnih klasa histona: H1, H2A, H2B, H3 i H4. Aminokiselinske sekvence histona H3 i H4 svih eukariota gotovo su identine to ukazuje na striktnu ouvanost njihove funkcije. U hromozomima koji su izolirani veoma blagim tretmanima, nukleozomi su organizirani u strukture koje se nazivaju 30 nm vlakna. 30 nm vlakna su drugi nivo u strukturnoj organizaciji hromatina, kojim je omogueno 100-struko zbijanje DNA. Vii nivoi svijanja jonisu pojanjeni, ali izgleda da neka podruja DNA asociraju s proteinima koji slue kao skele. Postoje dokazi o dodatnim nivoima organizacije eukariotskih hromozoma. Pri uspostavljanju svakog od tih nivoa u strukturnoj organizaciji hromozoma dramatino se poveava stupanj kondenzacije DNA Bakterijska DNA zbijena je u strukturu koja se naziva nukleoid. Nukleoid zauzima veliki dio ukupnog volumena elije. Bakterijska DNA je u jednoj ili vie taaka vezana na unutranju stranu plazma membrane. Lokalna organizacija, kao to su nukleozomi eukariota, ne postoji.Proteini slini histonima u izobilju su prisutni u E.coli. Najbolje okarakteriziran je protein oznaen kao HU. Ciklus dijeljenja bakterijskih elija krai je od 15 minuta, dok se tipina eukariotska elija ne dijeli satima, nekada ni mjesecima.