DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) merupakan suatu makromolekul beruntai ganda dan berbentuk heliks dengan basa yang

menonjol ke bagian dalam molekul tersebut. Basa nitrogen DNA terdiri atas adenin, timin, sitosin dan guanin. Adenin selalu berikatan dengan timin dan sitosin dengan guanian, urutan nukleotida kedua untai bersifat komplementer. Untaian yang satu merupakan cetakan pembentuk untaian yang lain (Mathews dan van Holde, 1997). Suatu molekul DNA berukuran sangat panjang dan umumnya terdiri atas ratusan atau bahkan ribuan gen. Ketika sel bereproduksi sendiri dengan cara membelah, DNA-nya akan disalin dan diteruskan dari satu generasi sel ke generasi sel berikutnya. Informasi yang terkode dalam struktur DNA merupakan program dari aktivitas sel tersebut (Gibbons, 1993). Gibbons, A. 1993. Genetics Trace the DNA Trail of the First American. Journal Science News 15(01):82-83 DNA mempunyai struktur yang disebut struktur heliks ganda. Ciri-ciri penting dari struktur heliks ganda (Nur dan Adijuwanda, 1989): 1. DNA terdiri dari 2 rantai polinukleotida yang melingkar menurut satu sumbu heliks. 2. Kedua helix bersifat putar kanan dan arahnya berlawanan menurut ujung-ujung 3 dan 5nya. 3. Basa purinnya. Nur, M.A dan Adijuwana. 1989. Teknik Pemisahan dalam Analisis Biologis. IPB, Bogor. DNA dan RNA termasuk kedalam anggota makromolekul yang disebut asam nukleat. Asam nukleat adalah polinukleotida yaitu gabungan lebih dari satu nukleotida. Nukleotida terdiri atas satu siklik yang tersusun atas 5 ikatan karbon gula, 1 phospat dan 1 basa nitrogen. Gula pada DNA berupa deoxyribosa sedangkan gula pada RNA adalan ribosa. Ribosa memiliki gugus hydroksil (OH) pada karbon ke-2 sedangkan deoxyribosa tidak ada, sehingga deoxyribosa bersifat lebih stabil. Phospat terikat pada karbon ke-5 dari gula DNA maupun RNA. Basa nitrogen pada DNA diantaranya adalah adenine(A), guanine(G), cytosine(C), thymine(T), dan uracil(U). Nuklotida terbentuk saat phospat menempel (berikatan) dengan karbon ke-5 dari gula dan basa Nitrogen menempel pada karbon ke-1 glukosa. Molekul DNA tersusun atas dua rantai nukleotida dan membetuk double helik. Ikatan gula-phospat berada di bagian luar heliks dan basa berada diantara dua rantai gula-basa. Ikatan Nitrogen

menggabungkan basa tersebiut dan mempertahankan struktur double heliks (Alberts dkk. 1994). Albert,B; D.Bray; J.Lewis; M.Raff; K.Robets; J.D.Watson. 1994. Molecular biology Of The Cell. Third Edition. Garland Publishing. New York DNA pada sel-sel eukariotik sebagian besar terdapat di dalam nukleus dan DNA tersebut yang dinamakan DNA kromosomal. DNA kromosomal dipisahkan dengan bagian sel lainnya lapisan ganda membran. Mitokondria yang berperan dalam degradasi oksidatif molekul nutrisi juga mengandung DNA dan disebut DNA mitokondria. Sel-sel eukariot yang mampu melaksanakan fungsi fotosintesis memiliki kloroplas yang mengandung DNA kloroplas (Viers, 1999). Baik DNA kromosomal maupun DNA ekstrakromosomal memiliki ukuran yang berbeda-beda tergantung pada jenis organisme dan lokasinya. Ekstraksi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Masalah-masalah dalam ekstraksi DNA masih merupakan hal penting yang perlu diatasi. Jumlah dan kualitas DNA hasil ekstraksi bervariasi tergantung dari spesies tanaman sehingga mempengaruhi analisis lebih lanjut seperti hibridisasi DNA, pemotongan DNA dengan enzim restriksi maupun analisis dengan polymerase chain reaction (PCR) (Pharmawati, 2009).

Pharmawati, made. 2009. OPTIMALISASI EKSTRAKSI DNA DAN PCR-RAPD PADA Grevillea spp. (PROTEACEAE). Jurnal Biologi XIII (1) : 12 -16. Elektroforesis adalah perpindahan partikel-partikel bermuatan karena pengaruh medan listrik. Kegunaan elektroforesis antara lain menentukan berat molekul ( estimasi) dan mendeteksi terjadinya pemalsuan bahan dapat mendeteksi terjadinya kerusakan bahan seperti protein dalam pengolahan dan penyimpanan untuk memisahkan species molekul yang berbeda secara kualitatif dan kuantitatif yang selanjutnya masing-masing species yang dianalisis menetapkan titik isoelektrik protein. Waktu yang diperlukan untuk tercapainya pemisahan molekul yang optimum tergantung pada jenis molekul yang dipisahkan, serta buffer yang digunakan (Nur dan Adijuwanda, 1989).