ANALISIS GENE BAR CODE SEBAGAI UPAYA KONSERVASI TERHADAP BURUNG GEREJA (Passer montanus) Wely Ella Sandika/309342417631

A. Latar Belakang Masalah Memahami dan mempertahankan keragaman suatu populasi sangat penting dalam konservasi karena keragaman genetik yang tinggi akan sangat membantu suatu populasi beradaptasi terhadap perubahan-perubahan yang terjadi di lingkungan sekitarnya, termasuk mampu beradaptasi terhadap penyakit-penyakit yang ada di alam. Keragaman turut menentukan keberhasilan populasi untuk dapat beradaptasi kedalam lingkungan yang berubah-ubah. Individu dengan alel tertentu atau kombinasi alel mungkin memiliki sifat-sifat yang sesuai yang diperlukan untuk bertahan dan berkembang biak didalam kondisi yang baru. Dengan mengetahui status genetik suatu populasi, kita dapat merancang program konservasi untuk menghindari kepunahan suatu spesies. Burung memiliki daya dukung terhadap kelangsungan hidup di alam. Oleh karena itu, konservasi terhadap keanekaragaman hayati menjadi penting sebab fungsi-fungsi mereka di alam tidak dapat tergantikan dan saling berkaitan. Semakin menyempitnya habitat burung, aktifitas manusia, pembangunan gedung, serta meningkatnya perburuan dan perdagangan illegal merupakan alasan utama konservasi burung. Kebutuhan untuk melakukan identifikasi spesies sangat tinggi dengan munculnya berbagai masalah dalam mengidentifikasi spesies. Permasalahan tersebut dapat berakibat pada kesamaan dari dua spesies yang berbeda yang dapat dimungkinkan karena kesamaan morfologinya. Maka dari itu, barcoding memberikan keuntungan untung mengidentifikasi identifikasi spesies melalui urutan sekuens DNA yang dimilikinya. Daftar spesies di dunia yang sudah ter-barcode tersimpan dalam Barcode of Life Database (www.barcodeoflife.org) yang data sekuensnya dapat diakses melalui GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Banyaknya pembangunan gedung baru di Univesitas Negeri Malang dan masih adanya pemburuan liar dapat mengakibatkan perubahan habitat pada burung gereja (Passer montanus). Hal tersebut dapat berakibat terfragmentasinya habitat yang akan mendorong putusnya aliran gen (gen flow) dan meningkatnya genetic drift dan inbreeding (kawin silang dalam) antar populasi. Populasi kecil lebih rentan pada sejumlah efek genetik yang merugikan, misalnya penurunan keragaman karena efek

inbreeding serta terfiksasinya beberapa alela tertentu dalam populasi sehingga hewan tersebut menjadi monomorf dan mengalami penurunan kemampuan berevolusi atau adaptasinya pada lingkungan yang berubah. Sehingga perlu diadakannya penelitian dalam upaya konservasi untuk meneliti apakah terdapat keanekaragam sequens DNA pada masing-masing spesies burung gereja (Passer montanus) dengan perbedaan habitat yang sekarang ini telah terjadi. DNA barcoding merupakan suatu teknik untuk mengkarakterisasi jenis fauna dengan menggunakan standar sekuen DNA. Barcoding menggunakan marker pada gen mitokondria dapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan. mt-DNA memiliki jumlah salinan DNA sangat banyak dalam satu organelnya. Pada umumnya dalam satu sel hanya terdapat dua salinan sekuens n-DNA dan pada sel yang sama terdapat 10010.000 salinan genom mitokondria. Selain itu perbedaan sekuens mt-DNA antara spesies hewan yang berkerabat sangat dekat pun dapat mencapai 5-10 kali lipat dibandingkandengan gen n-DNA. Dengan adanya perbedaan sekuens intraspesifik yang sangat kecil dan perbedaan sekuens interspesifik yang sangat besar, maka marker mtDNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies dengan sangat tepat. Di dalam DNA mitokondria diketahui memiliki beberapa region, tiga belas di antaranya merupakan gen yang mengkode protein yang salah satu dari gen-gen ini adalah Cytochrome c oxidase subunit I (CO1). Gen ini sudah diakui sebagai DNA barcode pada fauna karena sifatnya yang memiliki mutasi yang cepat dan variasi yang sangat signifikan pada tingkat antar spesies Cytochrome c oxsidase I, II dan III (CO I) dapat digunakan sebagai DNA barcoding telah digunakan diantaranya pada jenis burung di Amerika utara dan jenis burung yang telah di barcoding tersebut dilaporkan berjumlah (260- 667 spesies). CO I merupakan gen kandidat sebagai DNA barcoding karena memiliki konsentrasi sekuens asam amino yang tinggi dan besar kemampuan pada primer yang digunakan. Menurut Hebert et al. dalam CO I merupakan resolasi dalam mengetahui keanekaragaman pada semua jenis hewan. Hal ini menunjukkan bahwa gen CO I cukup variable diantara spesies yang dapat digunakan sebagai marker dalam menentukan filogeni dan studi populasi. Selain itu gen CO I mutasinya lebih besar di bandingkan dengan 12S dan 16S (Hebert et al. 2003). Burung Gereja (Passer montanus) termasuk Kelas Aves, Ordo Passeriformes, Famili Passeridae, Genus Passer, dan Spesies Passer montanus Linnaeus, 1758. Burung Gereja (Passer montanus) memiliki ukuran kurang lebih 12.5 - 14 sentimeter. Burung Gereja dapat dibedakan dengan melihat kepala dan tengkuknya yang berwarna kecoklatan dan warna hitam di sekitar muka, warna hitam yang berbentuk tiga segi pada pipinya yang putih, serta jalur kembar yang sempit dan yang berwarna putih pada

sayapnya, Ukuran burung ini juga lebih kecil dan gerakan yang lebih dinamis. Warna paruhnya dapat berubah-ubah sesuai dengan musim, coklat pada musin hujan dan hitam pekat pada musin panas. Dagu dan lehernya hitam. Kakinya coklat pucat. Remaja: berwarna lebih pucat dengan tanda khas yang kurang jelas. Iris coklat, paruh abu-abu, kaki coklat. Hidup berkelompok. Mencari makan di tanah. Makanan: biji-bijian, buah kecil, serangga. Sarang berbentuk kubah tidak rapih, dari jalinan rumpur kering, dilapisi bulu di bagian dalam, pada vegetasi lebat, lubang pohon, sudut bangunan. Telur berwarna putih, berbintik halus coklat abu-abu, jumlah 3-6 butir. Berbiak sepanjang tahun. Berasosiasi dekat dengan manusia. Lahan pertanian, kebun, tegalan, sawah, pedesaan, perkotaan. Tersebar sampai ketinggian 1.500 m dpl. Status konservasi Passer montanus dalam IUCN adalah least concerned karena ukuran populasi yang besar dan terjadi penurunan lebih dari 10% pada 10 tahun atau 3 generasi. B. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk: 1. 2. Menambah referensi mengenai fauna, terutama tentang Burung Gereja Gereja (Passer montanus) di (Passer montanus). Mengetahui gene bar code padaBurung Universitas Negeri Malang. C. Metode Penelitian 1. a) Prosedur Identifikasi sampel

Identifikasi dilakukan dengan bantuan buku identifikasi McKinnon. Sampel diambil secara menyebar pada titik yang ditentukan di Universitas Negeri Malang. b) Koleksi contoh darah Darah diambil dengan menggunakan disposible syringe 10 ml, kemudian darah dimasukkan kedalam tabung reaksi yang telah diisi alkohol absolut sebanyak 10 ml, dan di beri label menurut masing-masing sampel individu. Tabung yang telah berisi darah ini dikocok dan kemudian disimpan rapi untuk selanjutnya dibawa ke laboratorium. c) Ekstraksi dan isolasi DNA (menurut Hebert et al) spesimen: 425 spesies: 260 amplifikasi target: 695 (F1/R1)

Ekstrak DNA dibuat dari sampel kecil dari otot menggunakan DNA GeneElute Miniprep Kit (Sigma, St Louis, Missouri, Amerika Serikat), mengikuti protokol produsen. Ekstrak DNA resuspended dalam 10 ml H2O, dan wilayah 749-bp dekat ujung 5' dari gen COI diamplifikasi menggunakan primer (BirdF1-

TTCTCCAACCACAAAGACATTGGCAC

dan

BirdR1-

ACGTGGGAGATAATTCCAAATCCTG). Dalam kasus di mana pasangan ini gagal, sebuah primer terbalik alternatif (BirdR2-ACTACATGTGAGATGATTCCGAATCCAG) pada umumnya dikombinasikan dengan BirdF1 untuk menghasilkan produk 751-bp, tetapi primer terbalik ketiga (BirdR3-AGGAGTTTGCTAGTACGATGCC) digunakan untuk dua jenis Falco. Para 50-ml campuran reaksi PCR termasuk 40 ml air ultra murni, 1,0 U polimerase Taq, 2,5 ml
MgCl2,

4,5 ml dari 10 PCR penyangga, 0,5 ml

primer masing-masing (0,1 mM), 0,25 ml dari masing-masing dNTP (0,05 mM), dan 0,5-3,0 ml DNA. Rezim amplifikasi terdiri dari 1 menit pada 94 C diikuti oleh 5 siklus dari 1 menit pada 94 C, 1,5 menit pada 45 C, dan 1,5 menit pada 72 C, diikuti secara bergantian oleh 30 siklus dari 1 menit pada 1 4 C, 1,5 menit pada 51 C, dan 1,5 menit pada 72 C, dan 5 menit akhir pada 72 C Produk PCR divisualisasikan dalam gel agarosa 1,2%. Semua reaksi PCR yang dihasilkan, sekitar tahun 750-bp tunggal, produk itu maka siklus sequencing, sedangkan pemurnian gel digunakan untuk memulihkan produk target gen dalam kasus di mana lebih dari satu band hadir. Sequencing reaksi, dilakukan dengan menggunakan Big Dye v3.1 dan primer BirdF1, dianalisis pada sequencer ABI 377. d) 2. Sequencing Teknik Analisis Data

Sekuens yang didapat kemudian dibandingkan dengan sekuens referensi yang terdapat di GenBank dan dihitung persentase homologinya sehingga pada akhirnya kita dapat mengetahui seberapa besar kemiripan spesies sampel dengan referensi yang sudah ada. D. Target yang Diharapkan Penelitian ini akan menghasilkan informasi bagaimanakah susunan gene bar code pada Burung Gereja (Passer montanus). E. Referensi
Handayani. 2008. Analisis Dna Mitokondria Badak Sumatera Dalam Konservasi Genetik. Bogor: IPB. Stoeckle, Mark. 2009.Identify with CO1 - Passer montanus. (Online), (mark.stoeckle@rockefeller.edu, diakses tanggal 3 April 2012) Kolomi. 2010. Passer montanus. (Online), (http://www.treesparrows.com, diakses tanggal 3 April 2012) IUCN. 2008. Passer montanus. (Online), (http://www.iucnredlist.org/apps/redlist/static/categories_criteria, diakses tanggal 3 April 2012) Baskoro. 2009. Passer montanus. (Online), (http://www.bio.undip.ac.id/sbw/index.htm, diakses tanggal 3 April 2012) ABBI. 2012. Passer montanus. (Online), (http://www.barcodingbirds.org, diakses tanggal 3 April 2012)