Chap V.

Le cycle de Krebs
Le cycle de lacide citrique Le cycle tricarboxylique

dans les mitochondries conditions AROBIES Actyl-CoA nergie CO2 Voie finale, COMMUNE de loxydation des molcules nergtiques : acides amins, acides gras, glucides Figures tires de
Lehninger Principles of Biochemistry Fourth Edition Copyright 2004 by W. H. Freeman & Company

Vue gnrale du cycle de lacide citrique

C6 C4

C6

C4 C4 C4 C4

C5

 2 carbones entrent dans le cycle, 2 autres carbones en sortent sous forme de CO2 4 ractions doxydo rduction ont lieu - 6 lectrons sont transfrs sur 3 NAD+ - 1 paire datomes dhydrogne (2 lectrons) sont transfrs sur FAD 1 liaison phosphate, riche en nergie est forme chaque tour (1 GTP) Rgnration de NAD+ et de FAD conduit la formation de 3 ATP et de 2 ATP respectivement, dans la chane respiratoire 33 + 12 + 11 = 12 ATP

Vue dtaille du cycle de lacide citrique

I. Les 9 tapes en dtail

1. Condensation de loxaloactate et de lactyl coenzyme A
C CH 2 COO Oxaloactate COO O

CH 3

+ H2O

S-CoA

Actyl-CoA Citrate synthtase

CH 2 HO C CH 2

COO COO
-

+ HS-CoA + H+
CH 2

O C COO
-

COO -

S-CoA

Acide citrique

Intermdiaire = Citryl-CoA

HO

C CH 2

COO -

2. + 3. Isomrisation du citrate

COO HC H
-

COO -

COO -

H2O
OH
-

H OOC

C C CH 2 COO
-

H2O
-

H OOC

C C H CH 2

OH

OOC

C CH 2

aconitase
-

aconitase

COO

COO

Citrate

Cis-Aconitate

Isocitrate

4. Oxydo-rduction I isocitrate + NAD+ -ctoglutarate + CO2 + NADH + H+

COO CH 2 H H C C

NAD+
-

COO CH 2 H C C

COO
H+ CO2

CH 2 CH 2 C O
-

COO OH
-

COO O
-

COO

NADH + H+

COO

COO

Isocitrate

Oxalosuccinate Isocitrate dshydrognase

-ctoglutarate

5. Dcarboxylation oxydative -ctoglutarate + NAD+ + CoA succinyl-CoA + CO2 + NADH

COO CH 2 CH 2 C

COO CH 2
+ NAD+ + HS-CoA + CO2 + NADH + H+

CH 2 C O

O
-

COO

S-CoA

Enz = complexe -ctoglutarate dshydrognase Cofacteurs = NAD+, CoA, TPP, lipoamide, FAD

6. Formation dune liaison riche en nergie succinyl~CoA + Pi + GDP Transfert sur ADP GTP + ADP 7. Rgnration de loxaloactate
COO CH 2 CH 2 COO succinate COO -

succinate + GTP + CoA

Succinyl CoA synthtase

GDP + ATP

Nucloside diphosphate kinase

+ FAD succinate dshydrognase

CH HC COO fumarate

+ FADH2

8.

COO CH HC COO fumarate

fumarase (trans addition strospcifique)

COO HO C CH 2 COO L-malate H

9.

COO HO C CH 2 COO L-malate H + NAD+

COO C O + NADH + H+

malate CH 2 dshydrognase

COO oxaloactate

II. Bilan du cycle de lacide citrique

actyl-CoA + oxaloactate + H2O citrate cis-aconitate + H2O isocitrate + NAD+ -ctoglutarate + NAD+ + CoA succinyl-CoA + Pi + GDP succinate + FAD (li) fumarate +H2O malate + NAD+ citrate + CoA + H+ cis-aconitate + H2O isocitrate -ctoglutarate + CO2 + NADH succinyl-CoA + CO2 + NADH succinate + GTP + CoA fumarate + FADH2 (li) malate oxaloactate + NADH + H+

Actyl-CoA + 2 H2O + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi 2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP + 2 H+ + CoA

Bilan nergtique du cycle de Krebs

isocitrate dshydrognase 1 NADH form -ctoglutarate dshydrognase 1 NADH form succinyl CoA synthtase 1 GTP form succinate dshydrognase 1 FADH2 form malate dshydrognase 1 NADH form 2 liaisons ~ 3 liaisons ~ 12 liaisons ~ 1 liaison ~ 3 liaisons ~ 3 liaisons ~

III. Particularits et mcanismes

entre du pyruvate dans la mitochondrie (cf. avant) devenir des atomes de C :
oxaloactate S-CoA

citrate isocitrate

+
succinate succinyl-CoA CO2

CO2

-ctoglutarate

 complexe de l-ctoglutarate dshydrognase Trs semblable au complexe pyruvate dshydrognase Mmes cofacteurs : TPP, lipoamide, CoA, FAD, NAD+ 3 enzymes : A : -ctoglutarate dshydrognase B : transsuccinylase C : dihydrolipoyl dshydrognase A A B B C C A A B B C C

Complexes fonctionnels

 La citrate synthtase oxaloactate + actyl-CoA

citrate + CoA

- enzyme = 2 monomres en interaction - (a) = enzyme sans substrat - (b) = enzyme avec substrats changement conformationnel, le site actif se referme - prsence dhistidines dans le site actif qui stabilisent les diffrents intermdiaires

 Laconitase Aspect structural :

COO C H2 HO C CH 2 COO 1
-

A
1 COO 2 CH 3C 1 2

B
COO CH 2 C CH COO COO
-

COO

ou

3 4

COO

4 5

CH 2 COO
-

cis aconitate
COO
-

citrate
HO

COO CH 2 COO OH

H COO
-

ou

HC
4 5

HC H
4 5

CH 2 COO
-

isocitrate

COO -

 Comment lenzyme peut elle tre spcifique sur une molcule symtrique

CH2COOSite COOSite CH2COO-

Site OH

Molcule symtrique reconnue de manire asymtrique

 Aspect fonctionnel :

Dichapetelum cymosum
O C F CH 2 S-CoA

Aconitase inhibe par fluoroactate

COO CH 2 F

CoA-SH

fluoroactate

fuoroactyl CoA oxaloactate

COO -

Fluor

Blocage
Site COO-

C H2 HO F C C COO H

Fe2+
Site OH

Site CH2COO-

Aconitase
Attention

COO -

fluorocitrate

IV. Rgulation du cycle de Krebs

Rgulation du cycle : Complexe pyruvate dshydrognase : Actyl-CoA inhibe la transactylase NADH inh. Dihydrolipoyl dshydrognase modification covalente : P de Ser P si ATP, NADH, Actyl-CoA ADP NAD+ CoA levs

dphosphorylation si pyruvate lev Citrate synthtase : inhibe allostriquement par ATP (ATP baisse laffinit de lenzyme par lActyl-CoA)

 Isocitrate dshydrognase : stimulation allostrique par ADP (ADP augmente laffinit pour les substrats) NADH inhibe lenzyme car dplace le NAD+ -ctoglutarate dshydrognase : inhibition par succinyl-CoA et par NADH

Rsum : si taux nergtique cellulaire lev, vitesse du cycle et vitesse dincorporation de C2 rduites

V. Le cycle de lacide citrique : source de prcurseurs

Remarques : Dans situation alimentaire dsespre : voie noglucogense : oxaloactate glucides (glucose pour le cerveau) Compensation par ractions anaplrotiques : Ex : pyruvate + CO2 + ATP + H2O pyruvate carboxylase oxaloactate + ADP + Pi + 2 H+

VI. Cycle de Krebs et Bribri

paralysie / tremblement mains + pieds, parfois tout le corps provoqu par carence en vitamine B1 = thiamine TPP = groupe prosthtique de 3 enzymes importants
Cycle de Krebs

pyruvate dshydrognase -ctoglutarate dshydrognase

Voie des pentoses

transctolases Activits enzymatiques faibles

Extrme Orient / riz, faible teneur en vit. B1

VII. Le cycle glyoxylique

NADH + H+ NAD+ Oxaloactate
Actyl-CoA CoASH

Malate dshydrognase CoASH Malate synthase Actyl-CoA

Glucose

Malate Fumarate

Citrate Isocitrate CO2

Glyoxylate

Isocitrate lyase

Succinate Succinyl CoA

-ctoglutarate CO2

Bilan : 2 Actyl-CoA + NAD+ + 2 H2O Remarque : Actate + CoA + ATP

succinate + 2 CoA + NADH + H+ Actyl-CoA + AMP + PPi