LA TEORIA DE OPARIN

En 1922, el bioqumico ruso Alexander Oparin public un libro que expona su teora sobre el origen de la vida en la sopa primordial prebitica La teora postulaba que la atmsfera primitiva de la tierra estaba compuesta por gases como metano (CH4), amonaco (NH3), hidrgeno (H2) y vapor de agua, estaba en contacto con el agua de los ocanos que an estaban calientes, y expuesta a intensas lluvias, tormentas elctricas y una fuerte radiacin UV

En esta atmsfera primitiva se habran originado las primeras molculas biolgicas por condensacin de gases que aportaban el carbono, nitrgeno y oxgeno y con la energa de la radiacin UV y elctrica

EL EXPERIMENTO DE STANLEY MILLER (I)

En 1953, los cientficos americanos Harold Urey y Stanley Miller realizaron, en base a lo descrito por Oparn, un experimento de simulacin de la atmsfera primitiva caliente (80C) y luego de varias semanas recolectaron y analizaron los compuestos sintetizados Con sorpresa, detectaron algunos aminocidos simples (glicina, alanina, c. asprtico), algunos cidos orgnicos (cianhdrico, frmico, actico, lctico), urea y otros compuestos orgnicos simples (formaldehido y sarcosina)

EL EXPERIMENTO DE STANLEY MILLER (II)

En experimentos posteriores se han utilizado atmsferas que contienen CO2, soluciones acuosas con cido cianhdrico (HCN) y cido frmico (HCNO) y energa de rayos X, rayos , ultrasonido y/o radiacin y y se han podido obtener hasta 10 aminocidos, 4 bases nitrogenadas, cidos tricarboxlicos, cidos grasos de hasta 10 carbonos y polisacridos lineales y ramificados que contienen pentosas y hexosas

LAS PRIMERAS MACROMOLECULAS BIOLOGICAS

Se ha verificado experimentalmente que aminocidos y nucletidos mezclados en seco y en caliente, junto con polifosfatos y/o catalizadores minerales, tienden a polimerizar y formar polmeros de aminocidos (pptidos) y de nucletidos (cidos nucleicos) 20 aminocidos 8 nucletidos 8-10 azcares pptidos cidos nucleicos (RNA y DNA) polisacridos

ACTIVIDAD CATALITICA DEL RNA

Hace algunos aos se determin que una molcula de RNA, la cual puede plegarse y adoptar estructuras secundarias (dominios tipo horquilla) y terciarias (dominios espaciales) es capaz de promover su propia sntesis y el corte de su secuencia de manera dirigida (actividad cataltica del RNA). Adems, existen RNAs como los tRNAs capaces de cargar aminocidos por lo que tambin los RNAs pueden promover la sntesis de protenas. aa

tRNA cargado con aminocido

EL MUNDO RNA Y SU EVOLUCION

(rol ancestral de tRNAs)

EL AGUA EN LAS CELULAS

El principal componente de todas las clulas es el agua (70% del peso total) por lo que es el solvente universal con el que tienen que interactuar todas las biomolculas (protenas, cidos nucleicos, azcares y lpidos)

EL AGUA Y LA UNION PUENTE HIDROGENO

PUENTES HIDROGENO Y PROPIEDADES FISICOQUIMICAS DEL AGUA

FORMACION DE PUNTES DE HIDROGENO DEL AGUA CON DISTINTOS GRUPOS ORGANICOS

MOLECULAS POLARES, APOLARES Y AMFIPATICAS

FORMACION DE CLATRATOS CON MOLECULAS O REGIONES APOLARES

MEMBRANA SEMIPERMEABLE Y OSMOLARIDAD

CLASE 3: LOS LIPIDOS

FUNCIONES DE LOS LIPIDOS

Los lpidos son compuestos celulares que comparten la propiedad de ser insolubles en agua Los lpidos sirven para el almacenamiento de energa en forma de triacilgliceroles, para formar las membranas biolgicas como fosfolpidos, para la sntesis de pigmentos, como agentes formadores de emulsiones y como hormonas y segundos mensajeros celulares

ESTRUCTURA DE UN ACIDO GRASO

SATURADO

INSATURADO

Los cidos grasos son cidos carboxlicos constitudos por una cadena aliftica de 4 a 36 carbonos en su forma ms reducida. La cadena aliftica puede estar completamente saturada o presentar algunas insaturaciones (dobles enlaces entre los carbonos). Las cadenas saturadas de los cidos grasos son lineales y las insaturadas presentan un quiebre en el sitio de insaturacin.

NOMENCLATURA
El carbono 1 de la cadena hidrocarbonada es el cido carboxlico. La mayora de los cidos grasos naturales tienen entre 12 y 22 carbonos, presenta entre 2 y 4 insaturaciones muchas veces en posicin 9, 12 y 15 y estos dobles enlaces nunca estn conjugados Para nombrar un cido graso se indica primero el nmero de carbonos de la cadena hidrocarbonada, seguido de dos puntos (:) y el nmero de dobles enlaces, luego entre parntesis se agrega una delta () y en superndice la posicin de los carbonos que presentan los dobles enlaces ej. Los cido linoleico y linolnico de membrana de clulas vegetales corresponden a C18:2 ( 9,12) y C18:3 ( 9, 12, 15), respectivamente. El cido araquidnico (AA) de la membrana de clulas animales corresponde a C20:4 ( 5, 8, 11, 14). Este cido graso no es sintetizado por clulas animales sino que se obtiene de la dieta. El AA se acumulan en aceites de pescado pero son primariamente sintetizados por microalgas marinas

LOS ACIDOS GRASOS NATURALES

LA PROPIEDADES FISICAS
Las propiedades fsicas de los cidos grasos estn determinadas por el largo de la cadena carbonada y el nmero de dobles enlaces. Los cidos grasos de cadena de 12 a 24 carbonos sin insaturaciones tienen a temperatura ambiente una consistencia serosa (semi-slida), en cambio aquellos que contienen una o ms insaturaciones son aceitosos (lquidos). Esto se debe a que las cadenas lineales (sin insaturaciones) tienen mayor nmero de interacciones entre ellas y se ordenan como empalizadas

En animales los cidos grasos no ciculan libres en la sangre sino que unidos a protenas especficas como la seroalbmina

LOS TRIGLICERIDOS
Los triacilgliceroles o triglicridos son compuestos de almacenamiento de cidos grasos en las clulas animales y vegetales, estn compuestos por una molcula de glicerol unida a tres cidos grasos distintos de los cuales generalmente uno es insaturado Estos compuestos son muy hidrofbicos y se almacenan como gotas en las clulas animales especializadas (adipocitos) y en las semillas de los vegetales Los triglicridos no acumulan agua como los polisacridos y su oxidacion entrega el doble de enrga que la de los polisacridos de reserva (almidn y glicgeno)

ADIPOCITO

SEMILLA VEGETAL

TRIGLICERIDOS EN ACEITES Y GRASAS

En los aceites vegetales naturales que son lquidos los triglicridos predominantes son C18 insaturados En la mantequilla que es un slido que cantidad mayor de triglicridos C16 a C18 insaturados que saturados En la grasa de animales exxiste una cantidad equivalente de triglicridos C16 a C18 saturados e insaturados

SAPONIFICACION DE TRIGLICERIDOS

La saponificacin de un triglicrido o saponificacin consiste hidrolizar el enlace ster que a une los cidos grasos con el glicerol mediante un tratamiento con cido o alcali y calor lo que libera sales de cidos grasos o jabones. Los jabones ayudan a solubilizar el material disperso insoluble en agua formando agregados microscpicos En las clulas los cidos grasos pueden ser liberados de los triglicridos por lipasas especficas y transportados en la sangre por protenas desde los adipocitos hacia otros tejidos

LOS LIPIDOS DE MEMBRANA

LOS FOSFOLIPIDOS

LOS FOSFOLIPIDOS MAS ABUNDANTES EN LA MEMBRANA

En las membranas de clulas animales, los principales fosfolpidos (ms del 50%) son la fosfatidilcolina (PC), fosfatidiletanolamina (PE), fofatidilserina (PS) y la esfingomielina (SM). Slo la PS tiene carga negativa en la regin polar y los otros son neutros a pH=7.0. El fosfatidilinositol es un fosfolpido de membrana ms escaso pero tiene gran importancia en la transduccin de seales del medio externo hacia el interno de la clula.

ASIMETRIA DE LOS FOSFOLIPIDOS EN LA MEMBRANA PLASMATICA

La fosfatidilcolina y la esfingomielina (ambos fosfolpidos contienen colina) se ubican principalmente en la capa externa de la membrana plasmtica as como la fosfatidilserina (con carga ) y fosfatidiletanolamina se localizan en la cara interna (citoslica). Esto genera una diferencia de composicin y de carga entre la cara extrena e interna de la membrana lo que se designa como asimetra de la membrana plasmtica. Muchos fosfolpidos de la cara externa pueden estar glicosilados. Cuando una clula entra en apoptosis la fosfatidilserina pasa a la cara externa de la membrana y es reconocida por macrfagos que fagocitan y digieren las clulas.

LOS ESFINGOLIPIDOS

Los esfingolpidos tienen, en vez de glicerol, un alcohol de cadena larga (C18) llamada esfingosina. Los esfingolpidos de base son las ceramidas. La esfingomielina tiene en C1 unida fosfocolina y es abundante en la vaina de mielina que recubre los axones neuronales. Los cerebrsidos que tiene en C1 un azcar como la galactosa y son abundantes en la membrana de las neuronas y los que tiene glucosa en la membrana de otros tejidos animales.

LOS ANTIGENOS SANGUINEOS

GLICO-ESFINGOLIPIDOS

HIDRLISIS DE FOSFOLIPIDOS

HIDROLISIS DEL FOSFATIDIL INOSITOL POR DISTINTAS FOSFOLIPASAS

ROL DEL DIACILGLICEROL E INOSITOLTRIFOSFATO

El inostitol trifosforilado (IP3) (DAG) liberados por la fosfolipasa C y el diacilglicerol que queda unido a la membrana desencadenan procesos de transduccin de seales en respuestas a distintas molculas seales que se unen a receptores de membrana.

LAS PROSTAGLANDINAS, LEUCOTRIENOS Y TROMBOXANOS

Prostglandinas, tromboxanos y leucotrienos son sintetizados a partir de cido araquidnico liberado por la fosfolipasa A2 desde los fosfolpidos de membrana. Las prostaglandinas participan en procesos inflamatorios y contraccin del msculo liso uterino. Los tromboxanos son producidos por las plaquetas y regulan la coagulacin sangunea. Los leucotrienos son producidos por leucocitos y otras clulas y participan en la contraccin del msculo liso de los bronquios y su excesiva secrecin puede causar asma.

EL COLESTEROL Y LOS ESTEROLES

Los esteroles son todos derivados del colesterol el cual es sintetizado por condensacin de unidades de isopreno. El colesterol es una molcula planar que se intercala entre los fosfolpidos aumentando la rigidez de la membrana y dismuyendo su fluidez

HORMONAS ESTEROIDALES

VITAMINA D
La vitamina D regula el metabolismo del calcio y fosfato en animales. El primer paso en la va de sntesis de la vitamina D es la transformacin del colesterol en colecalciferol a nivel de la piel y requiere la luz UV del sol. Luego, el colecalciferol debe sufrir dos hidroxilaciones, una en el hgado y otra en el rin para originar el 1,25 dihidroxi-colcalciferol que es la vitamina D activa.

Vitamina D3 activa es 1,25 dihidroxicolecalciferol

ACIDOS BILIARES

DERIVADOS DEL ISOPRENO: VITAMINAS A, E y K

Vitamina A, 11-cis retinal, cido retinoico

CLASE 4: AMINOACIDOS, PEPTIDOS Y PROTEINAS

LAS PROTEINAS
Las protenas estn compuestas por 20 aminocidos unidos covalentemente a travs de una unin peptdica. Las protenas son instrumentos moleculares a travs de los cuales la informacin gentica es expresada, su tamao es diverso y va desde pptidos muy pequeos hasta protenas muy grandes

PROTEINAS, LAS BIOMOLECULAS MAS ABUNDANTES EN LA CELULA

ESTRUCTURA GENERAL DE LOS AMINOACIDOS

Los 20 aminocidos de las protenas son -aminocidos ya que tienen el grupo amino y el carboxlico en el carbono El grupo R o cadena lateral es lo que los diferencia y les otorga las propiedades fisicoqumicas (tamao, carga y solubilidad). Los carbonos de la cadena lateral son designados por las letras griegas , , y

PROPIEDADES ESTEREOQUIMICAS
Todos los aminocidos, salvo la glicina, tienen un carbono que acta como centro quiral ya que presenta cuatro grupos sustituyentes distintos ubicados de manera diferente en el espacio. Esto define estereoismeros, ms exactamente enantimeros de cada aminocido (imgenes especulares no superponibles), que presentan propiedades pticas diferentes (sentido de giro de la luz polarizada) y definen enetimeros de tipo D y L (sentido dextro o levo rotatorio de la luz polarizada) Todos los aminocidos de las protenas son L-aminocidos, slo algunos de pptidos de pared bacteriana y con propiedades antibiticas son D-aminocidos

CLASIFICACION DE LOS AMINOACIDOS SEGN GRUPO R

NIVELES ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

ESTRUCTURAS SECUNDARIAS

ESTRUCTURAS TERCIARIAS Y DOMINIOS FUNCIONALES

DENATURACION DE PROTEINAS

Denaturacion con agente caotrpico como la urea permite renaturacin

Agentes desnaturantes que no permiten renaturacin

CLASE 5: AZUCARES Y POLISACARIDOS

FUNCIONES DE LOS AZUCARES

Los polisacridos son las biomolculas ms abundantes en la tierra. Las plantas convierten ms de 100.000 millones de toneladas mtricas de C02 y H2O en celulosa y otros polisacridos de pared mediante el proceso de fotosntesis La sacarosa y el almidn son los principales polisacridos en plantas que sirven de alimentos para obtener energa a humanos Los polisacridos son los principales componentes de la pared celular de bacterias, hongos y clulas vegetales as como de la matriz extracelular de clulas animales Los polisacridos pueden encontrarse unidos covalentemente a protenas o lpidos (glicoprotenas y glicolpidos) y forman tambin parte de la pared celular Algunos monosacridos fosforilados pueden servir de de seal de localizacin intracelular, como es el caso de la manosa-6-P que marca las protenas dirigidas al lisosoma

CLASIFICACION POR NUMERO DE SUBUNIDADES

MONOSACARIDOS: azcares simples de una sola subunidad. En la naturaleza los ms comunes son la glucosa, la galactosa y la manosa
OLIGOSACARIDOS: cadenas de 2 a 100 unidades de azcares. En la naturaleza los ms comunes son los disacridos, como la sacarosa POLISACARIDOS: cadenas de cientos hasta miles de unidades de azcares que pueden ser lineales o ramificadas. En la naturaleza los ms comunes son la celulosa y el almidn

LA UNIDAD MINIMA DE UN AZUCAR

Los azcares son esencialmente polihidroxialdehidos y polihidroxicetonas

CARBONO QUIRALY ENANTIOMEROS

Las formas isomricas pticamente activas D y L se denominan enantimeros

D-ALDOSAS Y D-CETOSAS

EPIMEROS

Los estereoismeros que difieren un en la configuracin de un slo carbono asimtrico se denominan epmeros

LAS D-ALDOSAS NATURALES

LAS D-CETOSAS NATURALES

D-ALDOSAS DE CINCO CARBONOS

D-ALDOSAS DE SEIS CARBONOS

ANOMEROS EN SOLUCION ACUOSA Y MUTAROTACION

En solucin acuosa se produce el ataque electroflico del grupo hidroxilo del C5 sobre el grupo carbonilo del C1 formndose anillos piransicos (C6) o furansicos (C5) en los cuales el hidroxilo formado en el C1 puede ubicarse en dos configuraciones espaciales lo que origina los anmeros y . El C1 se tranforma as en el carbono anomrico.
En solucin acuosa las formas y se interconvierten hasta llegar a un equilibrio entre las dos formas lo que se denomina mutarotacin. En el caso de la D-glucosa el equilibrio se alcanza cuando existe 1/3 de -D-glucosa y 2/3 de -D-glucosa y slo un mnimo est en forma lineal

ANILLOS PIRANOSICO Y FURANOSICO

ESTRUCTURA FURANOSICA TIPO SILLA

DERIVADOS DE MONOSACARIDOS

LA UNION GLICOSIDICA
La unin O-glicosdica se forma cuando un grupo hidroxilo de un monosacrido reacciona con el carbono anomrico de otro monosacrido. Se forma as una unin acetlica y en el caso de que de que el carbono anomrico provenga de una cetosa se forma una unin cetlica. La unin glicosdica (acetlica o cetlica) no puede ser oxidada por el reactivo de Fehling, es decir, ya no tiene poder reductor. Sin embargo, pueden ser hidrolizadas por un cido dbil en caliente y no as por una base. Existe tambin la unin unin Nglicosdica entre el carbono anomrico de un azcar y el hidroxilo aportado por un aminocido o una base nitrogenada (en glicoprotenas y entre la ribosa y la base nitrogenada de los nucletidos)

DISACARIDOS COMUNES
Lactosa: azcar de la leche, tiene poder reductor porque tiene carbono anomrico libre

Sacarosa: azcar sintetizada por una enzima en plantas, no tiene poder reductor porque la unin glicosdica involucra los carbonos anomricos de la glucosa (aldohexosa) y de la fructosa (cetohexosa)

Trehalosa: azcar sintetizada en insectos, no tiene poder reductor porque involucra los carbonos anomricos de dos unidades de glucosa

ESTRUCTURA DE POLISACARIDOS

Los polisacridos no tiene un peso molecular definido (a diferencia de las protenas que son decodificadas desde de un RNAm) porque dependen de la actividad de las enzimas que los sintetizan, las cuales son reguladas post-trancripcionalmente (por fosforilacin, en general). Cada tipo de unin O-glicosdica es realizada por una enzima especfica.

EL ALMIDON (I)
El almidn es un homopolisacrido de glucosa compuesto por una mezcla de amilosa y amilopectina. La amilosa es un homopolmero lineal de glucosa de P.M. aprox. 500.000 Daltons en que las unidades de glucosa estn unidas por uniones 1-4 por lo que tiene un azcar con poder reductor al final de la cadena. Las uniones 1-4 generan tensin y hacen que la amilosa se curve sobre s misma y adopte una forma de hlice

La amilopectina es un polmero ramificado de glucosa de aprox. 1000.000 Daltons constitudo por cadenas de 24 30 residuos de glucosa con uniones 1-4 que se unen a otra cadena con unin 1-6 lo que genera un polmero que tiende tambin a enrollarse sobre s mismo. Los carbonos anmericos de cada cadena estn bloqueados por la unin 1-6 por lo que la amilopectina y el almidn en general no tiene poder reductor

EL ALMIDON (II)

AMILOSA

El almidn se acumula en la clula vegetal como grnulos de 1 m, a nivel de los amiloplastos ubicados en el citoplasma y de los cloroplastos. El almacenamiento de almidn ocurre en rganos especficos principalmente en tubrculos y semillas. El almidn tiene una enorme cantidad de grupos hidroxilos lo que hace que tienda a estar hidratado pero su alto peso molecular no favorece su solubilidad en agua. Los animales degradan el almidn porque secretan amilasas.

EL GLICOGENO
El glicgeno es un homopolmero ramificado de glucosa, al igual que la amilopectina, en que la unin entre las glucosas de una cadena es 1-4 y cada 8-12 residuos esa cadena se une a otra igual mediante una unin 1-6. El glicgeno, al igual que la amilopectina, tiende a enrollarse sobre s mismo, aunque es ms compacto que la amilopectina y tiene un P.M. de varios millones de Daltons. Adems siempre tiene asociado las enzimas de sntesis y degradacin. En los animales, el glicgeno se encuentra como grnulos de 0.1 m en clulas especializadas como las clulas hepticas

LA CELULOSA
La celulosa es un homopolmero lineal de glucosa, a diferencia de la amilopectina y el glicgeno que son ramificados. El polmero est constituido por 10.000 a 15.000 residuos de glucosa unidas por enlaces 1-4 lo que genera polmeros lineales rgidos debido a que los residuos adyacentes forman puentes hidrgeno entre ellos, as como fibras resistentes ya que los residuos de las distintas cadenas tambin interaccionan entre ellos. La celulosa es parte esencial de la pared vegetal, junto con la hemicelulosa y ligninas. Los animales no pueden degradar la celulosa a diferencia de muchos bacterias, hongos y protozoos que secretan celulasas y que existen en el rumen (estmago extra) de los rumiantes.

LA QUITINA
La quitina, al igual que la celulosa, es un polmero lineal pero formados por residuos de N-acetil glucosamina unidos por enlaces 1-4. La quitina, al igual que la celulosa, forma fibras resitentes y es el componente principal de la caparazn de muchos artrpodos (insectos, jaivas y langostas). Despus de la celulosa, la quitina es el polisacrido natural ms abundante.Los animales tampoco pueden degradar la quitina a diferencia de muchos hongos que secretan quitinasas.

CLASE 6: LOS ACIDOS NUCLEICOS

ESTRUCTURA DE UN NUCLEOTIDO

NUCLEOSIDO= RIBOSA + BASE NITROGENADA NUCLEOTIDO = FOSFATO + NUCLEOSIDO En una base nitrogenada el C1 de la -D-ribosa se une al N1 de las pirimidinas y al N9 de las purinas. Los carbonos y nitrgenos de las bases se identifican con un nmero y los carbonos de la ribosa con un nmero prima.

LAS BASES NITROGENADAS

unin glicosdica

NOMENCLATURA DE NUCLEOTIDOS

LOS 4 DEOXINUCLEOTIDOS

LOS 4 RIBONUCLEOTIDOS

NUCLEOTIDOS MODIFICADOS

Tanto en el DNA como RNA algunos nucletidos pueden presentar modificaciones en las bases nitrogenadas. Las modificacin ms comn es la metilacin de la adenosina, guanosina y citidina. En algunos virus en su genoma pueden presentar bases hidroximetiladas y los tRNAs presentan varias otras modificaciones (pseudouridina, dihidrouridina, isopenteniladenosina, etc.).

LA UNION FOSFODIESTER

Tanto en el DNA como en el RNA, los nucletidos se unen mediante un enlace fosfodiester entre el 3 OH de la ribosa de un nucletido con el 5 fosfato del nucletido siguiente La unin entre dos nucletidos es posible cuando reaccionan dos nucletidos trifosfato y la enzima que realiza la polimerizacin (DNA polimerasa o RNA polimerasa) une dos nucletidos y libera pirofosfato (P-P) Los grupos fosfatos estn ionizados en solucin acuosa por lo que el DNA y RNA son cidos Los polmeros de nucletidos que contiene menos que 50 residuos se denominan oligonucletidos.

EL SENTIDO 5- 3DEL POLIMERO

La hebra de DNA y RNA se escribe en el sentido 5a 3 y puede representarse grficamente como se indica. Asimismo cuando se menciona una secuencia como la anterior se puede escribir como ACGTA y siempre el primer nucletido tiene un 5libre y el ltimo nucletido un 3libre.

EL RNA ES HIDROLIZADO POR ALCALI

PUENTES HIDROGENO ENTRE BASES NITROGENADAS

LA DOBLE HELICE DEL DNA

Para que las bases nitogenadas puedan ubicarse frente a frente y ser complementarias la primera hebra deben ubicarse en sentido 53y la segunda de manera antiparalela 3- 5 La doble hebra tiende en solucin acuosa a girar hacia la derecha para que las bases nitrogenadas se apilen como monedas y disminuyan su interaccin con el agua y las ribosas y fosfatos se ubiquen hacia fuera de la doble hebra (modelo de Watson y Crick)

FORMA B DE LA DOBLE HELICE

En la doble hlice la distancia entre las bases es de 3.4 A, la longitud de cada giro es 36 A y el ancho de la doble hlice es 20 A. Adems cada giro comprende 10. 5 bases. El giro del de la doble hlice define un zurco mayor y un zurco menor.

DENATURACION Y RENATURACION DEL DNA

La doble hebra de DNA puede desnaturarse por aumento de la temperatura o disminucin del pH ya que se rompen los puentes hidrgenos que aparean las bases nitogenadas. Si la temparatura baja o el pH se hace neutro las hebras vuelven a aparearse, es decir, se renatura la doble hebra de DNA. La Tm de una doble hebra con una determinada secuencia es la temperatura a la cual el 50% de las molculas estn desnaturadas. Esto depende principalmente de la cantidad de G+C de la secuencia.