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I-2 BIOELEMENTOS Y BIOMOLCULAS

LOS BIOELEMENTOS: CONCEPTO Y CLASES

Los bioelementos son los elementos qumicos que constituyen los seres vivos. De los aproximadamente 100 elementos qumicos que existen en la naturaleza, unos 70 se encuentran en los seres vivos. De estos slo unos 22 se encuentran en todos en cierta abundancia y cumplen una cierta funcin. Clasificaremos los bioelementos en:
>Bioelementos primarios: O, C, H, N, P y S. Representan en su conjunto el 96,2% del total. >Bioelementos secundarios: Na+ , K+ , Ca2+ , Mg 2 + , Cl-. Aunque se encuentran en menor proporcin que los primarios, son tambin imprescindibles para los seres vivos. En medio acuoso se encuentran siempre ionizados. Oligoelementos o elementos vestigiales: Son aquellos bioelementos que se encuentran en los seres vivos en un porcentaje menor del 0.1%. Algunos, los indispensables, se encuentran en todos los seres vivos, mientras que otros, variables, solamente los necesitan algunos organismos.

TABLA BIOELEMENTOS Primarios O C H N P S Secundarios Na+ K+ Mg 2 + Ca2 + ClOLIGOELEMENTOS Indispensables Mn Fe Co Cu Zn Variables B Al V Mo I Si

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PRINCIPALES CARACTERSTICAS DE LOS BIOELEMENTOS PRIMARIOS

El hecho de que los bioelementos primarios sean tan abundantes en los seres vivos se debe a que presentan ciertas caractersticas que los hacen idneos para formar las molculas de los seres vivos. As: * Aunque no son de los ms abundantes, todos ellos se encuentran con cierta facilidad en las capas ms externas de la Tierra (corteza, atmsfera e hidrosfera). TABLA Los elementos qumicos ms abundantes en la corteza terrestre y en los seres vivos (en % en peso). Elementos Oxgeno Silicio Aluminio Hierro Corteza (%) 47 28 8 5 Elementos Oxgeno Carbono Hidrgeno Nitrgeno Seres vivos (%) 63 20 9,5 3

* Sus compuestos presentan polaridad por lo que fcilmente se disuelven en el agua, lo que facilita su incorporacin y eliminacin.

Tabla de los Bioelementos

H Li Na K Rb Cs Fr Be Mg Ca Sr Ba Ra Sc Y La Ac
Cs Th Pr Pa Nd U Pm Np Sm Pu Eu Am Gd Cm Tb Bk Dy Cf Ho Es Er Fm Tm Md Yb No Lu Lw

He B Al Ti Zr Hf V Nb Ta Cr Mo W Mn Tc Re Fe Ru Os Co Rh Ir Ni Pd Pt Cu Ag Au Zn Cd Hg Ga In Tl C Si Ge Sn Pb N P As Sb Bi O S Se Te Po F Cl Br I At Ne Ar Kr Xe Rn

Primarios Bioelementos Secundarios Oligoelementos

Indispensables Variables

15

* El C y el N presentan la misma afinidad para unirse al oxgeno o al hidrgeno, por lo que pasan con la misma facilidad del estado oxidado al reducido. Esto es de gran importancia, pues los procesos de oxidacin-reduccin son la base de muchos procesos qumicos muy importantes y en particular de los relacionados con la obtencin de energa como la fotosntesis y la respiracin celular.

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* El C, el H, el O y el N son elementos de pequea masa atmica y tienen variabilidad de valencias, por lo que pueden formar entre s enlaces covalentes fuertes y estables. Debido a esto dan lugar a una gran variedad de molculas y de gran tamao. De todos ellos el carbono es el ms importante. Este tomo es la base de la qumica orgnica y de la qumica de los seres vivos.

LAS BIOMOLCULAS: CLASIFICACIN

Los bioelementos se unen entre s para formar molculas que llamaremos biomolculas: Las molculas que constituyen los seres vivos. Estas molculas se han clasificado tradicionalmente en los diferentes principios inmediatos, llamados as porque podan extraerse de la materia viva con cierta facilidad, inmediatamente, por mtodos fsicos sencillos, como : evaporacin, filtracin, destilacin, disolucin, etc.

Los diferentes grupos de principios inmediatos son:

Inorgnicos Orgnicos

-Agua -CO2 -Sales minerales

-Glcidos -Lpidos -Prtidos o protenas -cidos nucleicos

LOS COMPUESTOS ORGNICOS DE LOS SERES VIVOS.

Son compuestos orgnicos los compuestos de carbono. Esto es, aquellos en los que el tomo de carbono es un elemento esencial en la molcula y forma en ella la cadena bsica a la que estn unidos los dems elementos qumicos. Los seres vivos contienen compuestos orgnicos. Son stos los que caracterizan a la materia viva y la causa de las peculiares funciones que realiza. La gran variedad de compuestos orgnicos que contienen los seres vivos no se clasifican desde un punto de vista qumico, sino a partir de criterios muy simples, tales como su solubilidad o no en agua, u otros. Siguiendo estos criterios se clasifican en : -Glcidos o hidratos de carbono -Lpidos -Prtidos (protenas) -cidos nucleicos

Las funciones que cumplen estos compuestos en los seres vivos son muy variadas,

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as: -Glcidos y lpidos tienen esencialmente funciones energticas y estructurales. -Las protenas: enzimticas y estructurales. -Los cidos nucleicos son los responsables de la informacin gentica. Algunas sustancias son de gran importancia para los seres vivos pero estos las necesitan en muy pequea cantidad y nunca tienen funciones energticas ni estructurales. Por esta causa reciben el nombre de biocatalizadores. Son biocatalizadores las vitaminas, las enzimas y las hormonas.

REPARTICIN DE LOS COMPONENTES MOLECULARES DE LA CLULA (en % sobre masa total)

Principios inmediatos Glcidos Lpidos Prtidos cidos Nucleicos ARN ADN Precursores Agua Sales minerales

PROCARIOTAS

EUCARIOTAS

3 2 15 6 2 1 70 1

3 4,5 18 1,25 0,25 2 70 1

EL ENLACE COVALENTE

Los tomos que forman las molculas orgnicas estn unidos mediante enlaces covalentes. Se trata de un enlace muy resistente cuando la molcula est en disolucin acuosa, lo que es el caso de los seres vivos.

H O H H C C C S H H H

Este tipo de enlace se forma cuando dos los diferentes tomos que constituyen una biomolcula. tomos comparten uno o ms pares de electrones. Si comparten 2 electrones, uno cada tomo, diremos que ambos estn unidos mediante un enlace simple; si comparten 4, aportando dos cada uno, el enlace ser doble, y si son seis tendremos un enlace triple. Los enlaces se representan mediante trazo entre los tomos a los que une. As, por

Fig. 1 Unin mediante enlaces covalentes de

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ejemplo: -C-C-, para el enlace simple carbono-carbono o -C=C- , para el doble. Es de destacar que el enlace simple permite el giro, lo que no sucede con los enlaces doble y el triple. El enlace covalente se da entre elementos no metlicos de electronegatividad similar: C-C, C-O, C-N, C-H. Si existe una mayor diferencia de electronegatividad, como ocurre entre el oxgeno y el nitrgeno con el hidrgeno, el elemento ms electronegativo (el oxgeno y el nitrgeno, respectivamente) atrae hacia s los electrones crendose una polaridad. Esto es, la molcula tendr zonas cor carga elctrica positiva y otras con carga negativa.

+ +

Polaridad del enlace O-H

Polaridad del enlace N-H

Fig. 2 Polaridad del enlace-O-H y del enlace >N- H.

CARACTERSTICAS DEL TOMO DE CARBONO

El carbono es el elemento nmero 6 de la tabla peridica (Z=6 y A =12). Su estructura electrnica es 1s 2 2s 2 2p 2 . Como ya se ha dicho, es el elemento ms importante de los seres vivos, aunque no sea el que se encuentra en ms abundancia. En la corteza terrestre es un elemento relativamente raro. Lo encontramos en la atmsfera en forma de CO2 , disuelto en las aguas formando carbonatos y en la corteza constituyendo las rocas calizas (CO3 Ca) el carbn y el petrleo.

C
Cuatro simples

C
Uno doble y dos simples

C
Dos dobles.

C
Uno triple y uno simple.

Fig. 3 Enlaces covalentes que puede tener el tomo de carbono al unirse a otros bioelementos.

LOS ENLACES COVALENTES DEL CARBONO Y DE OTROS BIOELEMENTOS

El tomo de carbono tiene 4 electrones en la ltima capa. Esto hace que pueda unirse a otros tomos mediante cuatro enlaces covalentes pudindose formar tres estructuras distintas. Estas son: -La hibridacin tetradrica. En la que el tomo de carbono est unido mediante cuatro enlaces covalentes simples a otros cuatro tomos. En este tipo de hibridacin el tomo de carbono ocupa el centro de un tetraedro y los cuatro enlaces simples se dirigen hacia sus vrtices.

O O

S S

N N N

El hidrgeno tiene un electrn de valencia.

El oxgeno tiene dos electrones de valencia.

El azufre tiene dos electrones de valencia.

El nitrgeno tiene tres electrones de valencia.

Fig. 4 Enlaces covalentes que pueden tener el resto de los bioelementos primarios.

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-La hibridacin trigonal. En la que el tomo de carbono se une a otros tres tomos mediante dos enlaces simples y uno doble. En este caso los cuatro tomos forman un tringulo con el tomo de carbono situado en el centro. Debe tenerse en cuenta que el enlace doble es algo ms corto que los enlaces simples, por lo que el tringulo no ser equiltero sino issceles.

H. tetradrica

H. trigonal

H. digonal

H. digonal

Fig. 5 Hibridaciones del tomo de carbono.

-La hibridacin digonal. Cuando el tomo de carbono est unido a otros dos tomos mediante un enlace simple y uno triple o mediante dos dobles. Los dems bioelementos van a poder formar, bien con el carbono o entre s, los enlaces covalentes que pueden verse en el recuadro.

LOS ESQUELETOS DE LAS MOLCULAS ORGNICAS

Tipos de esqueletos de las molculas orgnicas

-C- C- C- C- C- C- C- C-

Las diferentes biomolculas van a estar constitudas bsicamente por tomos de carbono unidos entre s mediante enlaces covalentes. La resistencia y versatilidad de los enlaces carbono-carbono y del carbono con otros elementos: oxgeno, nitrgeno o azufre, va a posibilitar el que se puedan formar estructuras que sern el esqueleto de las principales molculas orgnicas.

1) Cadena lineal saturada

-C- C- C=C- C- C=C- C2) Cadena lineal insaturada 4) Doble ciclo mixto.

-C- C- C-C- C- C- C- C-C- C- C3) Cadena ramificada. 5) Ciclo mixto.

Fig. 6 Ejemplos de esqueletos carbonados de las biomolculas.

FUNCIONES ORGNICAS

Las molculas orgnicas van a tener determinadas agrupaciones caracters ticas de tomos que reciben el nombre de funciones o grupos funcionales. Las principales funciones son: -Alcohol o hidroxilo -Aldehdo -Cetona -cido orgnico o carboxilo -Amina -Amida -Tiol o sulfidrilo

FUNCIONES ORGNICAS Concepto: Agrupaciones caractersticas de tomos Alcohol: Cetona: Aldehdo: cido: Amino: Amida: Tiol: -O-H >C=O -CHO -COOH -NH2 -CONH2 -S-H

Fig. 7 Los principales frupos funcionales.

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Las cuatro primeras estn formadas por C, H, y O (funciones oxigenadas); las dos siguientes, por tener nitrgeno, se denominan funciones nitrogenadas. Los aldehdos se diferencian de las cetonas por estar siempre en un carbono situado en el extremo de la mol cula; esto es, el carbono que lleva una funcin aldehdo se encuentra unido a otro carbono o a un hidrgeno. Entre las funciones con azufre la ms importante en los compuestos de los seres vivos es la funcin tiol (-SH). Encontraremos esta funcin en algunos aminocidos. El fsforo se encuentra sobre todo en los cidos nucleicos y sus derivados en forma de cido fosfrico (H3 PO4 ) o sus iones (iones fosfato). Las diferentes funciones pueden representarse de una manera simplificada tal y como se indica en la figura.

C O H
Funcin alcohol

H
Funcin aldehdo

O
Funcin cetona Funcin cido

C O C C C O

C S H
Funcin tiol

C O H O
Funcin amida

C N
Funcin amina

H H

C N

H H

* En los enlaces libres slo puede haber o carbonos o hidrgenos.

Fig. 8 Los principales grupos funcionales.

Fig. 9 Representacin en un modelo de esferas de una biomolcula: un aminocido.

ALGUNAS PROPIEDADES QU MICAS DE LAS FUNCIONES ORGNICAS

Los alcoholes por deshidrogenacin (oxidacin) se transforman en aldehdos o cetonas y estos por una nueva oxidacin dan cidos. Por el contrario, los cidos por reduccin dan aldehdos y estos a su vez dan alcoholes. Estos procesos son de gran importancia en el metabolismo de los seres vivos, en particular en los procesos de obtencin de energa.

FORMULACIN DE LAS BIOMOLCULAS

Las sustancias orgnicas pueden representarse mediante diferentes tipos de frmulas. Estas pueden ser: a) Frmulas desarrolladas o estructurales: En ellas se indican todos los tomos que forman la molcula y todos los enlaces covalentes los unen. Este tipo de frmulas da la mxima informacin pero las molculas complejas es laborioso representarlas.

CH3-CH3 H H H C C H H H
Frmula desarrollada Frmula semidesarrollada

C2H6
Frmula emprica

Fig. 10 Frmulas desarrollada, semidesarrollada y emprica del etano.

b) Frmulas semidesarrolladas: en las que se indican nicamente los enlaces de la cadena

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carbonada. El resto de los tomos que estn unidos a un determinado carbono se agrupan segn ciertas normas (ejemplo: CH3 -, -CH2 - , CH2 OH-, -CHOH-, CHO-, -CO-, -COOH, -CHNH2 -). c) Frmulas empricas: En ellas se indican nicamente el nmero de tomos de cada elemento que hay en la molcula; as, frmula emprica de la glucosa: C6 H12 O6 . Es de destacar que las frmulas empricas no dan una idea de la estructura de la molcula y que puede haber muchos compuestos que, siendo diferentes, tengan la misma frmula emprica y diferente frmula estructural. En ciertos casos, por ejemplo, si la molcula es muy compleja, se recurre a determinadas simplificaciones. As, las largas cadenas carbonadas de los cidos grasos pueden representarse mediante una lnea quebrada en la que no se indican ni los carbonos ni los hidrgenos pero s se indican las funciones, los dobles enlaces u otras variaciones que posea la molcula. Tambin se simplifican las cadenas cclicas, en las que a veces tampoco se indican ni los carbonos ni los hidrgenos.

CH2OH C H C OH OH C H H C OH H

O
OH C H

Fig. 11 Ejemplo de representacin entre desarrollada y semidesarrollada de la glucosa, en la que algunas funciones se han agrupado.

CH2OH
Funcin alcohol

CHO C CO C
Funcin aldehdo Funcin cetona Funcin cido

CHSH
Funcin tiol

COOH
Funcin amida

CH2NH2

CONH2

Fig. 12 Representacin semidesarrollada de los principales grupos funcionales.

O COOH

OH OH

Fig. 13 Representacin simplificada de una biomolcula.

CONCEPTOS DE POLMERO Y MONMERO

Frecuentemente los compuestos que constituyen los seres vivos estn formados por la unin ms o menos repetitiva de mol culas menores. Por ejemplo, el almidn y la celulosa estn formados por la unin de miles de molculas de glucosa. Las protenas por decenas, centenares o miles de aminocidos, y la unin de miles o millones de nucletidos forma los cidos nucleicos. Cada una de las unidades menores que forman estas grandes molculas es un monmero y el compuesto que resulta de la unin se llama polmero. Los polmeros son, a su vez, macromolculas, molculas de elevado peso molecular. Pequeas molculas.........................................................................de 100 u a 1000 u Grandes molculas (macromolculas)..................................... de 10 4 u a ms de 10 6 u

Unidad de masa molecular: unidad de masa atmica (u) o dalton (da). 1u = 1da = 1,660*10 -24 g

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monmero

Fig. 14 Fragmento de la molcula de almidn. El almidn es un polmero formado por el monmero glucosa.

ENLACES INTRA E INTERMOLECULARES

Los medios biolgicos son una mezcla compleja de compuestos qumicos, tanto orgnicos como inorgnicos. Unos son de pequeo tamao: como el in H+ (1da). Otros, como los cidos nucleicos, pueden tener 10 8 da o incluso ms. Todas estas molculas van a interaccionar entre s. La principal de estas interacciones es la reaccin qumica en la que se produce una trasformacin qumica de las sustancias que intervienen en ella. Otros tipos de interaccin son los diferentes enlaces que pueden darse entre molculas o entre partes de una misma molcula. Estos enlaces van a dar una mayor estabilidad a las macromolculas por la formacin de agregados o de molculas de mayor tamao. Estas uniones pueden ser, entre otras: 1-Enlaces inicos. Se suelen dar preferentemente en mol culas que contienen grupos -COOH y -NH2 . Estos grupos en agua se encuentran ionizados: -COOH -COO- + H+ -NH2 + H+ -NH3 + El enlace se debe a las fuerzas de carcter elctrico que se establecen entre las cargas negativas de los grupos -COO- y las positivas de los grupos -NH+ 3 , bien dentro de una misma mol cula o entre molculas prximas. Estos enlaces en medio acuoso son muy dbiles. 2- Los puentes disul fu ro. Se llama as a los enlaces covalentes que se forman al reaccionar entre s dos grupos -S-H para dar -S-S- . Este tipo de enlaces son extraordinariamente resistentes. Los encontraremos en las protenas uniendo las subunidades

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que componen algunas molculas proteicas. 3-Enlaces o puentes de hidrgeno. Se trata de enlaces dbiles pero que si se dan en gran nmero pueden llegar a dar una gran estabilidad a las mol culas. Los enlaces de hidrgeno se deben a la mayor o menor electronegatividad de los elementos que participan en un enlace covalente. As, por ejemplo, en los grupos -C-O-H, el oxge no es ms electronegativo que el hidrgeno y atrae hacia s el par de electrones que forma el enlace covalente. En las proximidades del oxge no habr un exceso de carga negativa y, por el contrario, el hidrgeno estar cargado positivamente. Lo mismo sucede con los grupos -C-N-H, u otros, en los que tambin se produce una diferencia de electronegatividad. Como consecuencia se generarn fuerzas elctricas entre tomos que presentan un exceso de carga positiva (H) y otros con exceso de carga negativa (O, por ejemplo). Estos enlaces son de gran importancia en determinados compuestos y, en particular, en las protenas y en los cidos nucleicos. 4-Fuerzas de Van der Waals. Se trata de fuerzas de carcter elctrico debidas a pequeas fluctuaciones en la carga de los tomos. Actan cuando las molculas se encuentran muy prximas unas a otras. 5- Uniones hidrofbicas. Ciertas sustancias insolubles en agua cuando estn en un medio acuoso van a mantenerse unidas entre s por su repulsin al medio en el que se encuentran. Estas uniones, aunque son muy dbiles, van a ser de gran importancia en el mantenimiento de los componentes lipdicos de la membranas celulares y en la configuracin de muchas protenas.
Grupo -COOH

+
Grupo H2N-C-

Fig. 15 Enlaces inicos entre grupos -COOH y H2N-

Fig. 16 Puentes disulfuro (4) entre las subunidades de una protena.

Fig. 17 Puentes o enlaces de hidrgeno entre las bases nitrogenadas del ADN.

Es de destacar que los enlaces ms dbiles, inicos y de hidrgeno, particularmente, pueden contribuir en gran manera a la estabilidad de la configuracin de una molcula cuando se dan en gran nmero.

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